یاسر عرفات در سال 1958 به همراه "خلیل الوزیر" معروف به "ابوجهاد"، "خالد یشروطی" و "صلاح خلف" که از مبارزان فلسطینی بودند شبکه زیرزمینی جنبش فتح را تاسیس کرد. به دنبال آن در سال 1959 گروه فتح با چاپ مجله بطور علنی رژیم صهیونیستی را به جنگ طلبید. جنبش فتح برپایه این ایده تاسیس شد که فلسطینیان بایستی خود آزادی سرزمین‌های فلسطینی را بدست گیرند و بر اتحاد جهان عرب برای رسیدن به این هدف نیز تاکید می ‌کرد. عرفات و همرزمانش در سال 1963 یک ساختار تکاوری منظم را در کرانه باختری ایجاد کردند و در سال 1964 كویت را با هدف گسترش جنبش انقلابی خود ترک و تلاش کردند این سازمان را در اردن توسعه داده و تقویت کنند.  سازمان آزادی ‌بخش فلسطین (ساف) در سال 1964 پس از توافق در اجلاس سران اتحادیه عرب که سال قبل از آن برگزار شده بود، تأسیس شد. در نشست سال 1969 قاهره، یاسر عرفات به عنوان رهبر "ساف" انتخاب و تا هنگام مرگش در سال 2004 این مقام را بر عهده داشت.   نخستین عملیات نظامی  در دسامبر 1964 نخستین عملیات نظامی جنبش فتح با انفجار یک کارخانه تصفیه آب در سرزمین‌های اشغالی به انجام رسید. عرفات در سال 1965 به دبیر كلی سازمان فتح انتخاب شد و از همان زمان بود كه آموزش اعضای این سازمان توسط او آغاز شد. تخصصی که عرفات در زمینه مواد منفجره و تخریب در ارتش مصر پیدا کرده بود، او را برای هدایت شاخه نظامی جنبش فتح، موسوم به "العاصفه" آماده کرد که در سال 1965 آغاز بکار کرده بود.    از نبرد کرامه تا سپتامبر سیاه چریک‌های فتح مهمترین هدف نظامیان صهیونیستی در تهاجم 21 مارس 1968 به روستای "کرامه" در اردن بودند که در جریان آن حدود 30 نظامی صهیونیست، 100 تا 200 چریک عضو فتح و 40 تا 84 سرباز اردنی کشته شدند. "نبرد کرامه" در ابتدا موجب اتحاد اردن و فلسطینیان شد، اما خیلی زود با قدرت گرفتن فتح در اردن به درگیری خونین دولت اردن و فتح در سپتامبر 1970 انجامید. نبرد سپتامبر 1970 از سرفصل‌های مهم در تاریخ حیات جنبش فتح است. اردن در 24 سپتامبر نیروهای خود را در مواضع حساس کشور مستقر کرد، پست‌های کلیدی را به تصرف خود درآورد و پادشاه اردن در کشور حکومت نظامی برقرار کرد. درگیری فتح و نظامیان اردنی پس از 2 روز با توافق پادشاه اردن و "عرفات" برسر آتش‌بس پایان یافت. ژوئیه 1971 پادشاه اردن دستور اخراج تمام اعضای فتح و سازمان آزادیبخش فلسطین را از اردن صادر و ارتش اردن فلسطینیان را با زور به سوریه آواره کرد. در جریان این حادثه تلفات و خسارات بسیاری به فلسطینیان وارد آمد و حدود 3500 فلسطینی کشته شدند که بسیاری از آنان غیرنظامی بودند. این واقعه در بین فلسطینیان به سپتامبر سیاه معروف و موجب شد، نوامبر 1971 "گروه سپتامبر سیاه" در فتح تشکیل و حادثه گروگانگیری ورزشکاران صهیونیستی در المپیک مونیخ را رقم بزند. در این حادثه گروهی هشت نفره از رزمندگان فلسطینی در عملیاتی با نام "سپتامبر سیاه" دو نفر از مربیان ورزشی اسرائیلی را كشته و 9 نفر را به گروگان گرفتند که سرانجام به کشته شدن 5 مجاهد فلسطینی و همه گروگانها انجامید.   فتح و عرفات در لبنان حادثه سپتامبر 1970 در اردن و کشتار فلسطینیان، بسیاری از آنان را آواره لبنان کرد تا جنبش فتح در ادامه در این کشور به فعالیت خود ادامه دهد. فتح در لبنان موقعیت خود را میان گروه‌های سیاسی پیدا کرد و عمده فعالیت خود را در جنوب لبنان متمرکز نمود. این بهانه ‌ای در دست رژیم صهیونیستی شد تا به منظور سرکوب فلسطینیان به کشتار مردم و تخریب اماکن مسکونی در جنوب لبنان بپردازد. همچنین گسترش فعالیت‌های فتح در جنوب لبنان موجب درگیری "فالانژها" یا " کتائب" (حزب راستگرای افراطی در لبنان) با آنان شد که ناکام ماند. پس از آن فتح با همکاری جنبش "امل" (یک حزب شیعه در لبنان که امام موسی صدر بنیانگذار آن بود)، مقاومت سرسختانه‌ای را در مقابل فالانژها تشکیل داد. حمله اسرائیل به لبنان در سال 1982 باعث خروج عمده نیروهای فلسطینی و عرفات از لبنان شد.   تبعید عرفات و جنبش فتح به تونس در سال 1982 "آریل شارون"، وزیر جنگ وقت رژیم صهیونیستی به جنوب لبنان حمله کرد تا سازمان آزادیبخش فلسطین را از آنجا اخراج کند. این عملیات به اخراج "عرفات" به تونس در شمال آفریقا منجر شد که میان او و سرزمین‌های اشغالی فاصله زیادی می‌انداخت. تبعید "عرفات" به تونس درحالی آغازگر سال‌های انزوا برای "عرفات" بود که کرانه باختری و نوارغزه شاهد "انتفاضه" 1987 بود. یکی از مهارت‌های عرفات طی چند دهه توانایی او در بهره ‌برداری از مبارزات فلسطینیان بود و او توانست مدعی رهبری فلسطینیانی شود که با سنگ‌ پرانی اشغالگران سرزمین خود را به چالش می‌کشیدند، در حالی ‌که سر منشا این جنبش تقریبا هیچ ارتباطی به او نداشت. 

در سال 1974 در کنفرانس سران عرب در تونس، سازمان آزادی بخش فلسطین به عنوان تنها نماینده مشروع فلسطینیان شناخته شد و در نوامبر 1974، یاسر عرفات به عنوان نماینده فلسطینیان در مجمع عمومی سازمان ملل سخنرانی کرد. عرفات در این سخنرانی گفت: «در حالی ‌که در یک دست شاخه زیتون دارم، با دست دیگرم سلاح حمل کرده و با اسرائیل مبارزه می‌کنم.» وی تاکید کرد که ریشه مسئله فلسطین به قرن 19 بازمی‌گردد که ایده تاسیس وطنی برای یهود مطرح شد و صهیونیسم برای اینکه یهود را وادار به مهاجرت از کشورهایشان کند، مقوله‌ های مذهبی را به خدمت گرفت و در این راه جامعه بین المللی از جمله سازمان ملل با رها کردن فلسطینیان به حال خود، به دفاع از رژیم صهیونیستی برخاست تا با کمک آمریکا و انگلیس، صهیونیست‌ها سرزمین فلسطین را اشغال و صاحبان اصلی‌اش را آواره کنند. "عرفات" ادامه داد: «مسئله فلسطین کشمکش میان دو مذهب و دو ملت یا اختلاف مرزی میان کشورهای همسایه هم نیست، بلکه ریشه در خواسته‌های قومی دارد که از زندگی در موطن خویش محروم و در سراسر جهان پراکنده و بی‌خانمان شده و اکثرا در تبعید و آوارگی بسر می‌برند و صهیونیسم برای اینکه به خواسته خود در فلسطین برسد، تمام قوانین و حقوق بین الملل را نقض کرد.» او ضمن اشاره به مبارزه انقلابی فلسطینیان علیه رژیم صهیونیستی گفت: «انقلاب ما از‌‌ آغاز، تحت تاثیر عوامل نژادی یا مذهبی قرار نداشته، آماج آن نه به یهود به عنوان فرد، بلکه صهیونیسم نژادگرا و تجاوزپیشه را هدف قرار می‌دهد.» عرفات در ادامه گفت: «انقلاب فلسطینیان، انقلابی برای یهود به عنوان یک انسان نیز هست و تلاش می‌شود، یهودیان، مسیحیان و مسلمانان در برابری با یکدیگر زندگی کنند، از حقوق برابر بهره‌ مند باشند و فارغ از تبعیض‌های نژادی یا مذهبی به وظایف یکسان خویش اشتغال ورزند و اینکه فلسطینیان بین یهودیت و صهیونیسم فرق می‌گذارند. همانگونه که فرق بین یک انقلابی و یک تروریست در منطق جنگ و مبارزه آنها نهفته است و مبارزه عادلانه یک خلق، ترور محسوب نمی ‌شود و فلسطینیان چاره‌ای جز مقاومت و مبارزه ندارند.» 

آوازه پیروزی انقلاب اسلامی، عرصه جهانی را به سرعت طی کرد و از همان روزهای اول، پذیرش جهانی انقلاب و دولت موقت، شروع شد. اسرائیل از جمله معدود کشورهایی بود که پیروزی قطعی انقلاب اسلامی، برایش به هیچ وجه خوشایند نبود. اما از سوی دیگر، ملت فلسطین، شادمانه ­ترین سرود پیروزی را همراه با ملت ایران در سرنگونی رژیم شاه سر دادند. به همین علت، عصر روز 28 بهمن 1357، مصادف با روزهای آغازین پیروزی انقلاب اسلامی، یاسر عرفات رهبر سازمان آزادیبخش فلسطین به اتفاق هیئتی از این سازمان، به عنوان اولین رهبر عرب و همچنین اولین مقام سیاسی جهان به ایران آمد و با امام خمینی(ره) ملاقات کرد. در این دیدار که یک و نیم ساعت به طول انجامید علاوه بر عرفات، "هانی الحسن" یکی دیگر از مقامات فلسطینی، سید احمد خمینی و ابراهیم یزدی نیز حضور داشتند. عرفات در این دیدار از امام به عنوان رهبر و معلم اول فلسطین و مسلمانان جهان نام برد و پاک ترین احساسات فلسطینیان را تقدیم رهبر انقلاب کرد. یاسر عرفات پس از خوش آمد گویى نمایندگان ایرانى، گفت: «انسان، وقتى که به منزل خودش مى ‏آید، احتیاج به اجازه ندارد امروز، یکى از روزهاى بزرگ پیروزى مسلمانان جهان است. انقلاب ایران براى فلسطین یک پیروزى بزرگ است. وقتى وارد فضاى هوایى تهران شدم، احساس کردم که به فضاى بیت ‏المقدس، وارد شده ‏ام. ایران و امام خمینى[ره] نشان دادند که امت ما (مسلمانان) هیچ گاه سر فرود نخواهد آورد. ایرانیان، حصارى را که بر اطراف برادران فلسطینى بود شکستند و این انقلاب بزرگ شما، ضامن پیروزى ماست. امام خمینى[ره] را، ما رهبر و امام اول مى ‏دانیم. خیر به زودى از مشرق زمین خواهد آمد تا همۀ منطقه را فرا گیرد. هر چه تاریکى زیاد گردد، صبح نزدیکتر مى ‏شود، و ما این را با انقلاب ایران به چشم دیدیم.» یاسر عرفات و هیئت همراه سپس به حضور امام خمینى(ره) رسیده و پیروزى انقلاب اسلامى را به ایشان و مردم ایران، تبریک گفتند. آنگاه امام خمینى(ره) ضمن تشریح عوامل پیروزى انقلاب، براى مهمانان فلسطینى در غلبه بر مشکلاتشان آرزوى توفیق کرد و با اشاره به این موضوع که: «راجع به فلسطین، در نوشته ‏ها و گفته ‏ها راجع به فلسطین و راجع به جنایاتى که اسرائیل در آن حدود کرده است همیشه متذکر مى ‏شدم.» یادآور شدند: «و الآن هم ان ‏شاءاللّه‏ بعد از اینکه ما از این غائله فارغ بشویم، همان طورى که آن وقت در کنار شما بودیم حالا هم در کنار شما هستیم. و امیدواریم که همه با هم مثل برادر با مشکلات مقابله کنیم.»   انقلاب اسلامی زلزله ای نزدیک به سرزمین فلسطین در این دیدار، که با حضور حجت الاسلام والمسلمین حاج سید احمد خمینى صورت گرفت، یاسر عرفات، طى سخنانى، انقلاب اسلامى ایران را زلزله اى دانست که به سرزمین فلسطین، نزدیک شده و یا رسیده است. وى در پاسخ به اظهارات "موشه‏ دایان" و "مناخیم بگین" (وزیر خارجه و نخست‏ وزیر وقت رژیم اشغالگر قدس) که امریکا را پشتیبان اسرائیل دانسته بودند، گفت: «من هم مى ‏توانم پشتیبان پیدا کنم و این پشتیبان را پیدا کرده ‏ام و تکیه به ملت ایران به رهبرى حضرت آیت‏ اللّه‏ العظمى موسوى الخمینى دادم.» امام خمینى(ره)، خطاب به یاسر عرفات، یادآور شدند: «شاه هم تکیه کرده بود بر امریکا و انگلیس و چین و اسرائیل و همۀ اینها. لکن تکیه ‏گاهها سست است. آن تکیه ‏گاهى غیرسست و سنگین و مستحکم است که خدا باشد.» یاسر عرفات در بخش دیگرى از سخنانش گفت: «آنها [سردمداران اسرائیل] مى‏ گویند، زلزله ‏اى به وجود آمده، ما مى ‏گوییم که انفجار نور، ظاهر شده. ما مى ‏گوییم دورانى که امت ما و منطقه ما، آزاد و مستقل باشد، فرا رسید. مشکلات زیادى هست در پیش، ولى در عین حال، خوشبین هستیم به آینده.» امام خمینى (ره) پاسخ دادند: «ما امیدمان به خداست و مأیوس از خدا نیستیم؛ و بر مشکلات به امید خدا غلبه مى ‏کنیم. و به مادیات نظر را نداریم.» عرفات، توطئه‏ هاى دشمن را یادآور شد و گفت: «من فکر نمى ‏کنم که توطئه ‏هاى دشمن پایان یافته باشد. وقتى که سیل حوادث را در نظر مى‏ گذرانیم به یقین مى ‏یابیم که دشمن، ول نمى ‏کند اینجور دژى به این آسانى سقوط کند». و امام خمینى(ره) پاسخ دادند: «او مى‏ خواهد نکند، لکن خدا برخلاف او ان ‏شاءاللّه‏ عمل مى ‏کند.» عرفات، به شادمانى ملت فلسطین از پیروزى انقلاب اسلامى و تیراندازیهاى هوایى آنان در سراسر لبنان اشاره کرد و در عین حال گفت: «بگین [نخست وزیر وقت اسرائیل]، غمزده و غمگین است به علت حوادث ایران». او همچنین گفت: «اسرائیل، درست است که دوستانى دارد، ما هم برادران و دوستانى داریم». و حضرت امام ، باز هم متذکر شدند: «ما اعتمادمان به خداى تبارک و تعالى است.»   روزگار روشن برای تمام منطقه یاسر عرفات، روز یکشنبه 29 بهمن ماه 1357 در یک مصاحبۀ رادیو تلویزیونى شرکت کرد و خطاب به امام خمینى(ره) و مردم ایران گفت: «آیا هیچ کس مى ‏تواند باور کند که ما حالا در ایران هستیم؟ آیا کسى این حرف را باور مى‏ کند که انقلاب فلسطین، حالا در ایران است؟ اما حالا هم مى ‏توانند باور کنند که روزگارى نو، آغاز شده است.» در این مصاحبه که با حضور جمعى از شخصیتهاى ایرانى از جمله دکتر بهشتى، آیت الله منتظرى، آیت الله هاشمى رفسنجانى، محمدعلى هادى و... برگزار شد، یاسر عرفات در بخشى از سخنانش گفت: «روزگارى آغاز مى‏ شود، سرشار از نور و امید که به تمامى این منطقه، روشنایى خواهد بخشید.»   افتتاح دفتر جبهۀ آزادیبخش فلسطین همزمان با حضور هیئت فلسطینى و یاسر عرفات در تهران، تابلوى سفارت فلسطین بر بالاى ساختمان سفارت سابق اسرائیل نصب گردید. روز بعد (30 بهمن 1357)، یاسر عرفات به همراه حجت الاسلام حاج سیداحمد خمینى و دکتر ابراهیم یزدى (معاون وقت نخست ‏وزیر در امور انقلاب) در محل سفارت سابق اسرائیل حضور یافت و دفتر جبهۀ آزادیبخش فلسطین را در این محل، افتتاح کرد. وی سپس در پشت بام ساختمان حضور یافته برای تجمع کنندگان در مقابل سفارت سخنرانی کرد. یاسر عرفات، طى سخنانى اظهار داشت: «ما آمده‏ ایم تا دفتر سازمان آزادیبخش فلسطین را به جاى سفارت اسرائیل تأسیس کنیم. این موضوع به دستور حضرت آیت ‏اللّه‏ خمینى است. امروز در ایران و فردا در فلسطین، همه با هم، سرزمین فلسطین را آزاد خواهیم کرد. من در این لحظات حساس، بنام انقلابیون و مبارزین فلسطین با شما و در کنار شما، تعهد مى ‏کنم که تحت رهبرى امام [خمینی (ره)] بزرگ همه با هم سرزمین فلسطین را آزاد کنیم.» (صحیفه امام؛ ج 2، ص 180 تا 182) 

سال 1988 را باید سال تغییر سیاست‌‏های "عرفات" دانست. "عرفات" در سخنرانی خود در مقر سازمان ملل در ژنو خاطر نشان كرد، سازمان آزادیبخش فلسطین از تروریسم حمایت نمی‌‏كند، چراكه تمام احزاب و گروه‌‏ها در خاورمیانه خواهان زندگی در محیطی امن و مسالمت‌آمیز هستند كه این مسئله شامل ملت فلسطین، اسرائیل و همسایه‌‏های آنان نیز می‌‏شود. به این ترتیب سازمان آزادی بخش فلسطین در سال 1988 حق موجودیت اسرائیل را به رسمیت شناخته و قطعنامه 242 شورای امنیت را پذیرفت. در ادامه عرفات، شعار "فلسطینی کردن قضیه فلسطینی و استقلال تصمیم‌ گیری فلسطینی" را مطرح کرد تا این مسئله از جهت عربی و اسلامی خود جدا شود، اینگونه بود که رژیم صهیونیستی توانست تنها با مردم فلسطین در داخل فلسطین روبرو شود و آمریکا مجاب شد، عرفات تنها کسی است که می‌تواند به رژیم صهیونیستی مشروعیت ببخشد و با آن همکاری کند. دفاع عرفات در سال 1990 در بحران کویت از "صدام حسین"، دیکتاتور عراق، موجب شد تا حمایت از او در کشورهای عربی خلیج فارس ناگهان افت کند، به طوری‌ که آرمان فلسطینیان هرگز تا این اندازه به حاشیه رانده نشده بود.  

در 13 سپتامبر 1993، "عرفات" و "اسحاق رابین"، نخست‌وزیر وقت رژیم صهیونیستی پس از مذاکرات محرمانه با میانجیگری دیپلمات‌های نروژی در محوطه کاخ سفید "اعلامیه اسلو" را امضا کردند که در این توافقنامه‌ به فلسطینییان اجازه خودگردانی در نوار غزه و شهر "رام الله" در کرانه باختری را می‌ داد و در مقابل سازمان آزادی بخش فلسطین وجود رژیم صهیونیستی را به رسمیت می ‌شناخت. اما مسائل بنیادی همچون شهرک‌های صهیونیستی و شهرک ‌نشینان صهیونیست، آینده فلسطینیان 1948 (سال تاسیس دولت اسرائیل و آواره شدن فلسطینیان) و قدس همچنان بلاتکلیف به حال خود رها شده بود. در همین راستا عرفات در ژوئیه 1994 به فلسطین اشغالی بازگشت و دولت خودمختار فلسطین را تشکیل داد. رابین در نوامبر 1995 توسط یک یهودی دست ‌راستی تندرو ترور شد و اسرائیل از تخلیه سرزمین‌های اشغالی و آنچه به نام روند صلح خوانده می‌شد، صرف نظر کرد تا در سال 2000، با برگزاری اجلاس کمپ دیوید عملا فرآیند صلح اسلو به پایان برسد.   تاثیرات توافق اسلو در اقتصاد فلسطین آنچه که عاید فلسطینی ها شد دستیابی به دولتی با خودمختاری در کمتر از 80 درصد مساحت کرانه باختری و کمتر از 2 درصد مساحت اراضی فلسطینی بود. اراضی فلسطینی به گونه ای تقسیم شد که تبدیل به تکه پاره هایی در میان شهرک های اسرائیلی و مناطق نظامی اسرائیل به اضافه افزایش شهرک ها و مصادره اراضی و تداوم تسلط اشغالگران بر اراضی، ثروت های طبیعی، گذرگاه ها و مرزها می شد. درباره تاثیر این توافقنامه در بعد اقتصادی می توان گفت میزان بیکاری میان نیروی کار فلسطین حدود 40 تا 50 درصد شد که طبعا ناشی از تدابیر امنیتی شدید اشغالگران بر کارگران فلسطینی بود. در واقع میزان درآمد هر فلسطینی در کرانه باختری و نوار غزه حدود 30 درصد پس از اجرای توافقنامه اسلو کاهش یافت.   دستگیری دو هزار فعال فلسطینی تاثیر این توافقنامه در زمینه امنیتی نیز قابل توجه است. توافقنامه اسلو و الحاقات آن ضربه دیگری بر ملت فلسطین وارد کرد که تبعات آن هنوز پایان نیافته است. بر اساس آمارهای مختلف تشکیلات خودگردان فلسطینی اقدام به دستگیری فلسطینی ها و حتی کشتن آنها در حین دستگیری شان کرده است. در واقع می توان گفت اسرائیل به نوعی دست تشکیلات خودگردان را در این زمینه بازگذاشت. تشکیلات خودگردان فلسطینی دستگیری های گسترده ای را علیه اعضای حماس و دیگر گروه های مقاومت آغاز کرد و در کمتر از شش ماه دو هزار فعال فلسطینی دستگیر شدند. تشکیلات خودگردان فلسطینی در برقراری امنیت شهروندان فلسطینی چندان موفق نبود چرا که مقامات رژیم صهیونیستی به سلسله ترورهای خود علیه فعالان مقاومت ادامه دادند و بعضا با همدستی دشمن اسرائیلی در این زمینه توطئه چینی می کردند.   قدرت گرفتن دولت اسرائیل در مقابل شکست هایی که تشکیلات خودگردان فلسطین در زمینه های سیاسی، امنیتی و اقتصادی می خورد صهیونیست ها موفقیت های زیادی بدست آوردند و توانستند طی سال هایی که حزب کارگر بر سر کار بود در زمینه اقتصادی و سرمایه گذاری موفق عمل کنند. دولت اسرائیل توانست از سوی 10 کشور طرفدار فلسطین در درگیری های اسرائیل و فلسطین به رسمیت شناخته شود و روابط نظامی، تجاری و سیاسی اش را با کشورهای عربی و اسلامی مستحکم تر کند. رژیم صهیونیستی همچنین بخش مهمی از مشکلات حمایتی و امنیتی اش را به سیستم های امنیتی تشکیلات خودگردان فلسطین محول کرد، در حالیکه اشغالگران به طور مستقیم یا از طریق مزدورانشان در اراضی فلسطینی فعالیت می کردند.   دریافت جایزه صلح نوبل "عرفات" تا زمانی‌ که علیه اشغالگران صهیونیستی مبارزه می‌کرد، به عنوان یک تروریست معرفی می‌شد. اما در 14 اکتبر 1994 به همراه "اسحاق رابین" (نخست وزیر وقت) و "شیمون پرز" (رئیس جمهور وقت) و به خاطر انعقاد قرارداد اسلو جایزه صلح نوبل را دریافت کرد.  

پس از تشکیل حکومت خودگردان دوره دوم مذاکرات "عرفات" با اسرائیل که مکمل توافقنامه اسلو و تداوم حکومت خودگردان فلسطین بود در سپتامبر 1995 در واشنگتن آغاز شد و در نهایت منجر به امضای توافقنامه "اسلو2" یا "طابا" بین رابین و عرفات گردید. براساس این قرارداد حاکمیت بر شهرهای "جنین"، "طولکرم"، "نابلس"، "قلقیلیه"، "رام الله" و بخشی از شهر "الخلیل" به تشکیلات خودگردان داده شد و در قبال آن عرفات مقابل "بیل کلینتون" متعهد شد بندهای مربوط به نابودی اسرائیل را از منشور ملی فلسطین و اساسنامه سازمان آزادیبخش فلسطین حذف کند. همچنین بر ضرورت همكاری های علمی، فرهنگی، ‌اجتماعی و تشویق به گفتگو و جلوگیری از تحریک و تبلیغات خصمانه علیه یكدیگر تاكید می كرد. دو طرف در این توافقنامه تعهد كردند كه نظام های آموزشی طرفین باید مشوق فرهنگ صلح بین اسرائیل و فلسطین باشد.  

مذاکرات ساف‌ و ‌اسرائیل به علت پایبند نبودن رژیم صهیونیستی به مفاد توافقنامه‌‌های امضا شده با تواقفی 18 ماهه روبرو شد، اما سرانجام در 23 اکتبر 1998 توافقنامه "وای ‌ریور" بین عرفات و "بنیامین نتانیاهو"، نخست ‌وزیر وقت رژیم صهیونیستی با حضور "بیل کلینتون" امضا شد. این توافقنامه در حقیقت مرحله دوم توافقنامه طابا بود که یکی از محورهای آن عقب‌نشینی اسرائیل از 13 درصد سرزمین‌های کرانه باختری بود. توافقنامه "وای‌ریور" نیز همانند دیگر توافقنامه‌های قبلی رژیم صهیونیستی اجرا نشد. پایبند نبودن صهیونیست‌ها به این توافقنامه به این دلیل بود که این رژیم در مذاکرات خود تاکتیک تاخیر را دنبال می‌کرد تا بتواند با طولانی‌تر کردن روند مذاکرات از جزء‌جزء آن امتیازات بیشتری از فلسطینیان کسب کند. 

اجلاس "کمپ دیوید 2" سال 2000 در آمریکا با حضور آمریکا، رژیم صهیونیستی و تشکیلات خودگردان برگزار شد. موضوعات مورد بحث در این نشست؛ سرنوشت قدس، وضعیت آوارگان 1948 و 1967، اعلام موجودیت کشور مستقل فلسطینی، مرزهای حکومت خودگردان و وضعیت شهرک‌های صهیونیستی در کرانه باختری و نوارغزه بود. "ایهود باراک" یک روز پس از به دست گرفتن زمام امور به عنوان نخست وزیر در رژیم صهیونیستی بر چهار موضوع تحت عنوان خطوط قرمز اسرائیل برای مذاکره در دو روز پایانی مذاکرات صلح تأکید کرد که حاکمیت اسرائیل بر قدس، عدم بازگشت به مرزهای 1967، عدم دادن اجازه داشتن ارتش به تشکیلات خودگردان و حفظ شهرک‌های صهیونیست‌نشین کرانه باختری و نوارغزه بود. همچنین باراک قبل از شروع مذاکره دور آخر اعلام کرد، اجازه بازگشت به آوارگان 1948 و 1967 را نخواهد داد و این موجب شد، این دور مذاکرات عرفات با اسرائیل نیز با شکست روبرو شود. فلسطینیان بر این مسئله تأكید كردند كه تنها راه‏ حل، مبارره با رژیم صهیونیستی است. به همین دلیل وقتی ارزش‌های دینى و مذهبی آنان با دیدار "آریل شارون" (که در آن زمان رهبر حزب لیکود یکی از احزاب راستگرا در اسرائیل بود)، از مسجدالاقصى نادیده گرفته شد، دور دوم انتفاضه و قیام مردمی فلسطینیان در 28 سپتامبر 2000 آغاز شد. 

در جولای 2001 یعنی ده ماه بعد از آغاز انتفاضه الاقصی، مقر عرفات در "رام‌الله" تحت محاصره صهیونیست‌ها قرار گرفت و "عرفات" عملا به مدت دو سال در این ساختمان زندانی شد تا آمریکا نیز از ژوئن 2002 عرفات را بایکوت و از ارتباط با وی خودداری کند. در این مدت تنها معدودی از مقامات کشورهای غربی با "عرفات" دیدار کردند که این موضوع با خشم و غضب رژیم صهیونیستی مواجه شد،‌ بگونه ‌ای که شارون در آن زمان از پذیرفتن وزیر خارجه فرانسه به دلیل دیدار با عرفات خودداری کرد.   بیماری و درگذشت  روز 12 اکتبر 2004 منابع رسمی فلسطینی اعلام کردند عرفات به بیماری آنفلوانزا مبتلا شده اما بیماری او همراه با حالت تهوع، درد شدید در ناحیه شکم، اسهال و کاهش غیرعادی سلول‌های قرمز خون بود، وی برای درمان به بیمارستان نظامی" پرسی" در حومه پاریس منتقل شد. بیماری عرفات 17 روز بود و مدت کوتاهی پس از ورود به این بیمارستان به کما رفت و در 11 نوامبر 2004 در سن 75 سالگی درگذشت، در حالی ‌که به گفته منابع رسمی، پزشکان با وجود انجام انواع آزمایش‌ها نتوانسته بودند علت اصلی بیماری او را تشخیص دهند. بسیاری از فلسطینیان با اشاره به ناخرسندی مقامات صهیونیستی از خودداری عرفات از مقابله موثر با گروه‌های مبارز فلسطینی، سرویس‌های اطلاعاتی این رژیم را به قتل وی متهم کردند.   ایده مسمومیت  ایده مسمومیت عرفات، توسط رژیم صهیونیستی مطرح شد و پس از انتشار اسنادی در شبکه الجزیره درباره وجود مقادیر غیرطبیعی تششعات "پولونیوم" در وسایل مربوط به عرفات جدیت بیشتری پیدا کرد. از سوی دیگر دانشمندان مؤسسه تشعشعات فیزیک "لوزان" سوئیس اعلام کردند، شواهدی در دست دارند که نشان می‌دهد، عرفات احتمالا با "پلوتونیوم"، عنصری نادر با رادیواکتیو بالا، مسموم شده است.   اظهارات مفتی سابق تشکیلات خودگردان "شیخ تیسیر التمیمی"، مفتی سابق تشکیلات خودگردان که در روزهای پایانی عمر "عرفات" در بیمارستان همراه وی بود، اظهاراتی درباره مرگ "عرفات" کرد. التمیمی گفت: «زمانی‌ که وارد پاریس شدم، عرفات در کما بود، حضورم را حس نکرد. زمانی‌ که وارد اتاق شدم، در وضعیت پیچیده‌ای قرار داشت، از ناحیه صورت دچار خونریزی و در بخش مراقبت‌های ویژه بستری و یک سری دستگاه‌های پزشکی به وی وصل شده بود، نمی‌توانست تشخیص دهد، در اطرافش چه می‌گذرد. ساعاتی پس از مرگ "عرفات" او را شستیم، به جسد وی نگاه کردم، خون‌ریزی قطع نشده و همچنان از منافذ پوست و بخش‌های مختلف بدنش ادامه داشت، لکه‌هایی آبی و قرمز روی بدن، دستان و پاهایش مشاهده می‌ شد، این چیزی است که به یاد دارم.» التمیمی ادامه داد: «عرفات هنوز دچار خون‌ریزی بود. برای اینکه بتوانیم خونریزی را بند بیاوریم و وی را غسل دهیم، از پزشکان خواستم چسب زخم بیاورند، آنها آوردند. از پزشکی که چسب زخم را آورده بود، پرسیدم چرا پس از چند ساعت مرگ، عرفات هنوز دچار خونریزی‌ است و آیا این عجیب به نظر نمی‌رسد؟ در پاسخ گفت: «احتمالا وجود برخی مواد سمی در بدن وی موجب رقیق ‌شدن خون و مانع از لخته‌ شدن آن می‌شود.» از آن زمان بود، دریافتم "عرفات" مسموم شده است.»   دلایل منطقی و ساده نویسنده اسرائیلی برای مسمومیت  "یوری دونیری"،‌ نویسنده اسرائیلی و موسس جنبش "غوش شالوم"، با اشاره به جزئیات مرگ "عرفات" می‌نویسد: «شنیدن خبر مسمومیت "عرفات" برای من شگفت‌آور نبود، چون از همان روز اول نیز مطمئن بودم، " شارون"، او را مسموم كرده تا جایی‌ كه حتی مقالات زیادی در این زمینه منتشر كردم كه همه شامل دلایلی منطقی و ساده بودند. الف) در معاینات پزشكی دقیقی كه در بیمارستان فرانسه درخصوص مرگ "عرفات" و دلایل وخامت ناگهانی اوضاع جسمانی وی صورت گرفت، توجیهی برای این مسئله پیدا نشد. در این آزمایشات، هیچ اثری از هرگونه بیماری وجود نداشت كه زندگی عرفات را تهدید كند و تنها شایعاتی توسط رسانه‌های اسرائیلی منتشر شد، مبنی براینكه عرفات دچار "ایدز" بوده كه همه كذب محض بود و با هدف خدشه‌دار شدن چهره "عرفات" مطرح شد. ب) سازمان‌های جاسوسی سیا، اف‌ اس‌ بی و موساد سمومی در اختیار دارند كه هیچ اثری از آن در تحقیقات عادی یافت نمی‌شود. ج) فرصت برای ترور "عرفات" فراوان بود، چون تدابیر امنیتی كه برای حمایت از "عرفات" در اطراف مقر وی اتخاذ شده بود، ضعیف بودند و افراد كاملا بیگانه حتی گاهی اوقات مستقیما در كنار او و بر یک سفره می ‌نشستند. همچنین شمار زیادی از كسانی‌كه می‌توانستند، او را هدف ترور قرار دهند، ابزار لازم برای این اقدام را در اختیار داشتند و بیشتر آنها نیز توسط شارون حمایت می‌شدند.»   تصمیم آریل شارون برای ترور عرفات پس از اینکه عرفات در یکی از مصاحبه های تلویزیونی اطمینان خود را از تشکیل کشور مستقل فلسطین در دوره حیاتش اعلام کرد شارون برای ترور عرفات تصمیم جدی گرفت و شکست اسرائیلی ها در یافتن مکان اختفای عرفات در جنگ اول لبنان در بیروت شارون را به شدت عصبانی کرد. حتی پس از امضای معاهده اسلو و زمانی‌ كه عرفات به فلسطین بازگشت نیز شارون دست از تلاش نكشید، به نحوی ‌كه وقتی نخست ‌وزیر اسرائیل شد، اعلام كرد من به شدت از زنده ماندن "عرفات" می‌ ترسم. تمام موارد فوق احتمال مسمومیت عرفات توسط شارون را تقویت می‌ کند.  اندیپندنت در مقاله ای دیگر با عنوان "چرا عرفات پس از چندین سال ریاست بر حکومت خودگردان و در آستانه بازنشستگی به قتل رسید؟ " می نویسد: "شائول موفاز" وزیر دفاع سابق اسرائیل یک سال پیش از مرگ عرفات در کنفرانس مطبوعاتی مشترک با آریل شارون نخست وزیر سابق اسرائیل به صورت محرمانه، به وی گفته بود باید از شر عرفات خلاص شویم. اما او نمی دانست صدایش از میکروفون پخش می شود. 

آزمایشات صورت گرفته در لوازم شخصی "عرفات" ثابت کرد، وی با ماده‌ای سمی موسوم به "رادیواکتیو پلونیوم 210" مسموم شده است. از این ماده سمی برای کشتن "الکساندر لیتویننکو" جاسوس سابق روسیه در لندن در سال 2006 استفاده شده بود که به راحتی نمی ‌توان اثرات آن را در جسد فرد یافت در همین راستا همسر وی "سهی عرفات" از ماه اوت 2012 ضمن زیر سوال بردن فرانسه به دلیل اظهار بی‌اطلاعی درباره علت مرگ همسرش و نابود شدن نمونه‌های پزشکی وی در بیمارستان "پرسی" با ارائه درخواستی به یکی از دادگاه‌های فرانسه خواستار نبش قبر عرفات برای نمونه‌ برداری از جسد وی و فهم واقعیت، شد. با پیگیری‌ این درخواست توسط دادگاه فرانسوی و پافشاری "سهی عرفات" سرانجام کارشناسان فلسطینی در ساعات اولیه بامداد سه شنبه 27 نوامبر 2012 نبش قبر یاسر عرفات را آغاز کردند تا با بررسی نمونه‌هایی از باقی مانده جسد، پرده از اسرار مرگ مشکوکش بردارند. سهى عرفات به خبرنگار "ایندیپندنت" در مالت گفت: «نمی توانم کسی را متهم به قتل همسرم کنم، منتظر اعلام نتایج تحقیقات می مانم و در صورت مثبت بودن نتایج، موضوع را به دادگاه جنایی بین المللی ارجاع می دهم.» وی ادامه داد: «نتایج این آزمایشات زمانی اعلام می شود که دخترم "زهوه" تحصیلاتش را به پایان می رساند و مهم است که حقیقت را درباره علت مرگ پدرش بداند.»  در مراسم نبش قبر یاسر عرفات افرادی همچون "توفیق الطیراوی"، رئیس کمیته تحقیق درباره مرگ یاسر عرفات، "محمد العویوی"، دادستان کل تشکیلات خود گردان فلسطینی و "شیخ محمد حسین"، مفتی تشکیلات خودگردان فلسطینی به همراه کارشناسانی از کشورهای خارجی حضور داشتند. سرتیپ "توفیق الطیراوی" در این خصوص توضیح داد که پس از نمونه ‌برداری از جسد یاسر عرفات توسط کارشناسان فرانسوی و سوئیسی و روسی، جسد وی بار دیگر به داخل مقبره‌اش بازگردانده شد. "پاتریک مانجان"، رئیس تیم سوئیسی تحقیق درباره علل مرگ یاسر عرفات پس از نمونه ‌برداری از جسد عرفات گفت: «که شصت مورد نمونه ‌برداری از جسد یاسر عرفات انجام شد و این نمونه‌ها برای تجزیه و تحلیل آزمایشگاهی به سه گروه (روسی، سوئیسی و فرانسوی) تحویل داده شد.» وی تاکید کرد که: «قرار است، سه نوع آزمایش روی این نمونه‌‌ها برای تعیین هویت جسد، اطمینان از احتمال وجود مقادیری از پولونیوم 210 و انجام مطالعات پیشرفته انجام شود.»   نتیجه گزارشات کالبد شکافی 15 اکتبر 2013، یکسال بعد از کالبدشکافی جسد یاسر عرفات، خبرگزاری "آسوشیتدپرس" به نقل از «ولادیمیر اوبا»، رئیس وقت سازمان پزشکی و بیولوژیکی دولت فدرال روسیه گزارش کرد که تحقیقات صورت گرفته نشان می دهد که مرگ عرفات که 9 سال پیش به وقوع پیوست، طبیعی و نه به واسطه مواد سمی و رادیواکتیو بوده است. "ولادمیر اوبا" اعلام کرده بود که تحقیقاتش درباره مرگ یاسر عرفات، وجود هیچ‌گونه ماده سمی رادیواکتیو در بدن عرفات را نشان نمی‌دهد. یک ماه بعد از آن کارشناسان سوئیسی اعلام کردند که در دنده و لگن خاصره عرفات 18 برابر حد معمول ماده رادیواکتیو پولونیوم وجود دارد. آنها همچنین تاکید کردند که حتی در آن قسمت از خاک پیرامون جسد، که مایعات پیکر عرفات را به خود جذب کرده، به همین مقدار ماده رادیواکتیو وجود داشته است. جزئیات گزارش کارشناسان سوئیسی که نسخه اصلی آن تسلیم بیوه عرفات شد، از سوی شبکه تلویزیونی الجزیره و روزنامه بریتانیایی گاردین انتشار یافت. گزارش کارشناسان درباره آزمایش جسد عرفات قرار بود تسلیم دادگاهی شود که به درخواست وکلای بیوه عرفات به شکایت او رسیدگی می‌کرد. همسر عرفات در گفتگو با "رویترز" در پاریس گفت: «جنایت واقعی را کشف کردیم و آن ترور سیاسی است.»  

حزب کارگر اسرائیل مقامات و رهبران حزب کارگر، طرفدار تعامل با عرفات بودند و وی را تنها کسی می‌شناختند که اسرائیل می‌تواند پیمان صلح را با وی به مقصد برساند. شیمون پرز از رهبران حزب کارگر، عرفات را مستحق دریافت جایزه صلح نوبل دانسته و معتقد بود وی اقداماتی را انجام داد که هیچ مقام فلسطینی دیگری جرأت انجام آنها را نداشت؛ اولاً به طور علنی اعلام کرد که اسرائیل را به رسمّیت می‌شناسد. ثانیاً وی گفت "تروریسم" را متوقف خواهد کرد و ثالثاً موافقت کرد صلح بر مرزهای 1967 و نه مرزهای 1948 مبتنی باشد.   حزبهای افراطی لیکود و راست گرا اسرائیل در حالی که دیدگاه‌های افراطی در اسرا‎‎‎‏ئیل همانند حزب لیکود و سایر دستجات راست‌گرا معتقد بودند عرفات خود مانعی در راه صلح و از حامیان تروریسم است که باید از فرآیند مذاکرات اسرائیلی-فلسطینی به هر طریق ممکن (تبعید یا ترور) حذف شود، شارون، بارها عرفات را به ترور همانند "شیخ یاسین" (بنیانگذار جنبش مقاومت اسلامی) و "رنتیسی"  (از رهبران جنبش مقاومت اسلامی) تهدید ‌کرد. بارها مقر عرفات در رام‌ الله توسط ارتش اسرائیل محاصره و گلوله باران شده و اسرائیلی‌ها مکرراً از لزوم جایگزینی یک شخصیت میانه ‌رو به جای وی سخن گفتند. تندروهای اسرائیلی بر این باور بودند که تا وقتی عرفات زنده است امکان برون رفت از شرایط فعلی براساس خواست تل‌آویو وجود ندارد و تنها راه موجود، حذف وی از صحنه سیاست فلسطین به هر طریق ممکن است. برخی استدلال‌های ارائه شده توسط این دیدگاه بدین قرار است: الف) توانایی عرفات در بهره ‌گیری از احساسات ناسیونالیستی فلسطینی‌ها و سایر اعراب علیه اسرائیل (همانند ناصر و اسد) که مانعی در راه زیاده‌ خواهی اسرائیل است. ب) دیدگاه پان عربیستی عرفات و تلاش برای جلب حمایت کشورهای مهم عربی همانند مصر و عربستان، بین‌المللی کردن مسئله قدس و خنثی کردن تلاش اسرائیل برای محدود کردن مسئله فلسطین به مسئله‌ای اسرائیلی-فلسطینی. عرفات به خوبی از این امر آگاه بود که اگر بدون جلب نظر کشورهای مهم عربی دست به مصالحه بزند از حمایت آنها برخوردار نخواهد گردید و ناچار به دادن امتیازات بیشتری خواهد شد. ج) بر ملا کردن محتوای مذاکرات با اسرائیل توسط عرفات برای مردم فلسطین و شکست دیپلماسی مخفی‌کاری اسرائیل در مذاکرات برای گرفتن امتیازات بیشتر. د) برپایی یک سلسله مراتب اقتدارگرا در حکومت خودگردان که سبب شده بود انجام همه کارها فقط با تأیید شخص عرفات امکان‌پذیر باشد و در نتیجه اسرائیل نتواند با هیچ یک از دیگر رهبران فلسطینی به رایزنی یا توافقات مخفی دست یابد. و) تلاش عرفات برای ایجاد تعادل در میان گروه‌های مختلف فلسطینی (از طرفداران صلح گرفته تا گروه‌های جهادی) و قراردادن خود در مرکز ثقل این تعادل برای اعمال فشار علیه اسرائیلی‌ها و استفاده از آن به عنوان برگ برنده در مذاکرات که اسرائیل را از دریافت امتیازات حداکثری مورد نظر باز می‌داشت. ه) تجربه سیاسی و مبارزاتی عرفات که بحران‌های عظیمی را در هر سه دوره‌ مبارزه، زندگی در تبعید و تشکیل دولت، پشت سر گذاشته و به وی این توانایی را می‌بخشد که فلسطینی‌ها را در مقابله با بحران‌های جدید (همانند ارعاب رهبران فلسطینی تحت عنوان کشتارهای هدفمند) رهبری کند.   دیدگاه آمریکایی ها مقامات تندرو معروف به "بازها" در کابینه "جرج دبلیو بوش" معتقد بودند تا زمان حیات عرفات، منطقه خاورمیانه روی صلح را نخواهد دید، مقامات میانه ‌رو همانند "کالین پاول"(وزیر امورخارجه آمریکا در کابینه جرج دبلیو بوش) که به نظر می‌رسید دیدگاه غالب را در دستگاه حاکم آمریکا در قبال عرفات شکل می‌دادند، معتقد بودند پیامد حذف فیزیکی عرفات مثبت نخواهد بود، زیرا خشم سرتاسر جهان عرب، جهان اسلام و بسیاری از بخش‌های دیگر جهان را فرا خواهد گرفت. ضمن آنکه در صورت حذف قهری و فیزیکی وی، هیچ مقام دیگر فلسطینی قادر نخواهد بود نقش ناتمام عرفات را کامل نماید. در مجموع ایده قتل عرفات در واشنگتن حائز اکثریت نبود و همین امر یکی از عواملی بود که باعث شد دولت "شارون" در تبعید یا کشتن او درنگ کند و به محاصره و حبس خانگی او اکتفا نماید. واشنگتن عملاً به حذف غیر فیزیکی عرفات تمایل نشان می‌داد و یا لااقل اسرائیل را به خویشتن‌ داری تا زمان فرا رسیدن مرگ احتمالاً قریب‌ الوقوع عرفات فرا می خواند. البته سخنان بوش در تیر ماه 1381 مبنی بر عدم همکاری با عرفات، سرآغاز دیدگاه نومحافظه‌ کاران افراطی طرفدار اسرائیل که خواهان کنار گذاشتن عرفات از روند سیاست فلسطینی به عنوان مانع اصلی تحقق صلح در این منطقه هست، بود. اما عکس‌العمل‌های جهانی و عربی مانع اجرای این ایده در آمریکا و اسرائیل شد.    دیدگاه‌های درون فلسطینی اگر چه در فلسطین دیدگاه واحدی در قبال عرفات وجود نداشت و از حمایت کامل تا مخالفت با شیوه‌های او مشاهده می‌شد، اما اکثر فلسطینی‌ها به نوعی نقش وی را پذیرفته بودند و او به نماد مسئله فلسطینی مبدل شده بود. در عین حال، هر چه تهدیدات علیه عرفات بیشتر می‌ شد حمایت‌های داخلی از وی بیشتر می شد. هیچ جناح سیاسی فلسطینی، حتی رادیکال ‌ترین آنها، خواهان حذف عرفات از روند سیاسی فلسطین نبودند.   دیدگاه سایر کشورها سایر کشورهای جهان خصوصاً کشورهای اسلامی و عربی، ‌اتحادیه اروپا و روسیه خواهان تداوم حکومت و نقش عرفات بوده و از شیوه برخورد اسرائیل با وی ناراضی‌ بودند. آنها معتقد بودند عرفات، به هر حال، نماد ملت فلسطین است، و توانسته است گروه‌های متعدد فلسطینی را به یکدیگر نزدیک کند،‌ در راستای مذاکرات صلح گام بردارد و تا حدود زیادی بحران را مهار کند. بدین دلایل، آنها بارها مخالفت خود را با تهدیدات اسرائیل علیه عرفات اعلام کرده‌ بودند.