از اساتید و شاگردان مفسر قمی اطلاع چندانی در دست نمی باشد؛ اما از گفته ها و نوشته های برخی از رجال شناسان معتبر و متبحر و مورد اطمینان همانند محدث نوری در الفیض القدسی، محقق خوانساری در روضات الجنات و محدث قمی در فوائدالرضویه و سیدمحسن امین در اعیان الشیعه، برمی آید كه این شخصیت قرآنی از علامه مجلسی و فیض كاشانی بیش ترین بهره ها را برده و در سال 1107 ق (1074 ش) به افتخار اخذ اجازه از علامه مجلسی نایل آمده است. مفسر قمی با بزرگ ترین دانشمندان، محدثان، فقیهان و فیلسوفان سده یازده و دوازده همنشین بود. برخی از آن بزرگان عبارتند از: ملامحمد محسن فیض كاشانی، علامه محمدباقر مجلسی، علامه محقق ملامحمدباقر سبزواری، صاحب ذخیرة المعاد فی شرح الارشاد، شیخ محمد بن حسن حر عاملی، صاحب وسایل الشیعه و ملاخلیل بن غازی قزوینی نویسنده شرح عده الاصول والصافی فی شرح الكافی. میرزا محمد قمی بر اثر معاشرت با این بزرگان و سایر دانشمندان برجسته معاصر خویش، به مقامات عالیه علمی و معنوی و كمالات روحانی نایل آمد. 

میرزا محمد قمی كه در مشهد زندگی می كرد، دو پسر به نام های اسماعیل و محمدرضا و یك دختر نیكوكار داشته است كه در حفظ و نگهداری تفسیر كنزالدقائق نقش به سزایی ایفا نموده است. محمدرضا همانند پدر خویش در راه تألیف و تصنیف تلاش می كرد كه نگارش رساله ای در شرح و ترجمه قصیده حمیری در جمادی الثانی 1123 ق (1090 ش) در مشهد، شاهد بر این مدعا است. در دیباچه این رساله كه در مدح امام علی علیه السلام نگاشته شده، چنین آمده است: ... این رساله ایست مشتمل بر دو حدیث كه دلالت می كند بر فضیلت سیداسماعیل حمیری و شرح قصیده او كه مترجم آن هست بروجه اختصار... خادم محبان علی بن ابی طالب علیه السلام محمدرضا بن میرزا محمد بن محمدرضا بن اسماعیل القمی اصلاً، مشهدی مولداً و مسكناً. همچنین میرزا محمد قمی كتاب الفوائد الشارحه لمشكلات المنظومة الصرفیه را، كه مشتمل بر چهار هزار بیت است، در مشهد به نام پسرش اسماعیل نوشته و در سال 1090 ق آن را به پایان برده و به فرزندش اهدا نموده است. 

از مهم ترین ویژگی های عصر صفویه، رشد و بالندگی فرهنگ اسلامی، شیعی و ایرانی است. در آن دوران، علما و دانشمندان فرصت یافتند تا احكام و معارف دین اسلام بویژه مذهب شیعه را بسط و توسعه دهند و آموزه های فرهنگ اهل بیت را در قالب موسوعه های بزرگ فقهی، حدیثی، تفسیری همانند وسایل الشیعه، بحارالانوار، الوافی، العوالم، مرآةالعقول، روضةالمتقین، و تفسیرهای البرهان، نورالثقلین و كنزالدقائق تدوین و به دوستداران فرهنگ و معارف اهل بیت عرضه كنند. در این دوران علاوه بر تألیف متون دینی به زبان عربی، نهضت ترجمه كتاب های حدیث به زبان فارسی نیز شكل گرفت. دانشمندان و علمای عصر صفویه از این دوران طلایی استقبال كردند و هر كدام به سهم خویش از این فرصت برای اهداف اسلامی بهره گرفتند. میرزا محمد قمی مشهدی نیز با استفاده از فرصت به دست آمده، گذشته از تألیف كتاب تفسیر، كتاب های مختلف علمی دیگری به زبان های فارسی و عربی نگاشت و با پاسخ به شبهه ها و سؤالات به ایفای نقش پرداخت. او عالمی زمان شناس و نوگرا بود، به نیازهای عصر خود توجه كامل داشت و عرضه بخشی از آثار به زبان فارسی، ریشه در همین ویژگی او دارد. او در دیباچه كتاب ستة ضروریه خویش می نویسد: اما بعد، چنین گوید فقیر حقیر میرزا محمد بن محمدرضا القمی اصلاً، المشهدی مولداً و مسكناً كه این چند مسئله است كه به اعتقاد فقیر مبنای ایمان است و به گوش خاص و عام رسانیدن آن لازم... آن مسائل را به زبان فارسی كرد كه همه كس بفهمند، بیان نمود تا موالیان امیرالمؤمنین  علیه السلام منتفع گردند و ثواب آن به روزگار فرخنده آثار آن نامدار عاید شود. او همچنین كتاب های التحفةالحسینیه، سُلم درجات الجنه، تبیان سلیمانی، معاد، رساله وجود و شرح زیارت رجبیه را به زبان فارسی منتشر نمود. مفسر قمی از جذابیت شعر و ادب غافل نبود و در مباحث علمی و تفسیری و توضیح مقصود خویش، از آن بهره می گرفت. 

در هر عصری عالمان متعهد وظیفه دارند كه دین خداوند را از انحرافات نجات دهند و غبارها و زنگارها را از آن بپیرایند؛ در این راستا، مفسر قمی در فرصت های مناسب به مقابله با كج اندیشی و انحرافات برمی خیزد. در زمان این مفسر عالی مقام، صوفیه بسیار فعال بودند و سعی داشتند تا در میان اقشار مختلف ملت مسلمان ایران نفوذ كنند. از این رو، این دانشمند گرانمایه در آثار خویش فساد عقیده و انحراف آنان را بیان می دارد، بخصوص در تفسیر برخی آیات، به نكوهش و فساد آنان می پردازد؛ از جمله در تفسیر آیه شریفه اهدنا الصراط المستقیم بعد از نقل قولی از صوفیه، می گوید: «مخفی نماند این قول و تأویلی كه قبلاً گذشت و اقوال و آرایی كه بر این گفته ها مبتنی باشد، همه بر اساس مذهب صوفیه بنا شده و از اصول فاسد و باطل می باشد و غرض از نقل آن، توضیح بطلان آن بود.» همچنین در تفسیر آیه وَ منَ الناس مَنْ یَقُولُ آمَنا باز هم بعد از نقل قولی از صوفیه، می گوید: «غرض از طرح این گونه مباحث، توجه دادن خوانندگان به آرای بی ارزش و اعتقادات گمراه كننده آنان است؛ چرا كه حق با ضد خودش شناخته می شود.» مفسر قمی در تفسیر خود گاهی جهت تكمیل مطالب خویش سخنانی را از اقوال صوفیه آورده و با عبارات كوتاهی سریعاً از آن ها رد می شود. 

مهمترین اثر میرزا محمد مشهدی قمی تفسیر كنزالدقائق است؛ البته به جز آن تألیفات دیگری نیز داشته است كه مهم ترین آن ها عبارتند از: انجاح المطالب فی الفوز بالمآرب (در موضوع علم معانی بیان و به صورت منظوم) التحفة الحسینیه (این كتاب به زبان فارسی و در آداب نماز و سایر عبادات، ادعیه، آداب سفره) حاشیه بر كشاف زمخشری حاشیه بر حاشیه شیخ بهایی بر تفسیر بیضاوی جواب اعتراضات و شبهات علمای ماوراء النهر در مورد شیعه تبیان سلیمانی (تفسیر روایی قرآن از اول تا سوره عنكبوت به زبان فارسی) سته ضروریه (معارف دینی و اعتقادی) سُلم درجات الجنه فی معرفة فضائل ابی الائمه (ترجمه و شرح چهل حدیث در فضایل امیرمؤمنان علیه السلام به زبان فارسی) الفوائد الشارحه (منظومه ای در علم تصریف) شرح زیارت رجبیه  شرح صحیفه سجادیه كتاب صید و ذباحه (فقه استدلالی) كاشف الغمه (تاریخ و سیره و شرح حال پیشوایان معصوم) مراصدالعصمة والضلاله معاد و حشر و نشر اجساد رساله ای در وجود (نقد و نقض اشترك لفظی و معنوی در وجود اثر مولا رجبعلی) تصحیح شواهد ابن ناظمتفسیر كنزالدقائق 

تفسیر کنزالدقائق محصول سال ها تلاش و مطالعه مرحوم میرزا محمد قمی در آثار قرآنی به جای مانده از گذشتگان و مجموعه ای از بهترین نظریات برگزیده و زیباترین آثار دانشمندان و مفسران قبل از وی است. شیوه تفسیری كنزالدقائق در این تفسیر مباحث صرفی و نحوی، نقل و نقد اقوال دیگران، شناخت لغات، ارتباط الفاظ و آیات، توضیح الفاظ و مفردات روایات و احادیث وارده در ذیل آیات، و بهره گیری از اشعار برترین شعرای عرب همچون نابغه و كمیت بن زید اسدی به چشم می خورد. مفسر قمی در تفسیر خویش، احادیث قرآنی را از تفسیر فرات بن ابراهیم، تفسیر قمی، عیاشی و تبیان شیخ طوسی نقل می كند. در مباحث تفسیری از مجمع البیان، تفسیر امام حسن عسكری علیه السلام، تفسیر ابن مسعود و ابن عباس، كشاف، برهان، بیضاوی، الدرالمنثور، علی بن ابراهیم و دیگران بهره می گیرد. میرزا محمد قمی در آغاز تفسیر خویش، هدف از تألیف این اثر را چنین بیان می كند: من در گذشته، تعلیقاتی بر تفسیر مشهور علامه زمخشری نگاشته بودم و آن را با دقت و حوصله مطالعه و بررسی نمودم. سپس حواشی علامه زبردست، شیخ بهاءالدین عاملی را مطالعه نموده و در مورد مطالب آن اندیشیدم. آن گاه به نظرم آمد كه تفسیری را كه حاوی اسرار ناشناخته قرآن و دربردارنده نكات جدید و بكر در مورد تأویل آیات آن باشد، در پرتو احادیث و روایات و گفتارهای قرآنی ائمه اطهار علیه السلام تألیف نمایم. ترجمه این تفسیر در زمان مفسر انجام شده است و بخش هایی از آن در كتابخانه آیت الله مرعشی و قسمتی دیگر در كتابخانه آستان قدس موجود است. این تفسیر چكیده مهم ترین تفاسیر امامیه و عصاره اندیشه های قرآنی تا عصر مفسر قمی است. كنزالدقائق سرشار از عبارت های زیبای انوارالتنزیل بیضاوی، جمع بندی و نظم و ترتیب مجمع البیان طبرسی، نكات جذاب و دلنشین كشاف زمخشری و حاشیه های شیخ بهایی و سایرین است كه مؤلف، با تجزیه و تحلیل آن ها، بهترین نظرات را برگزیده و سپس اندیشه های بدیع خویش را بر آن ها افزوده، در نتیجه تفسیری نفیس، جامع و جالب توجه پدید آورده است. به همین جهت در طول سه قرن گذشته تفسیر كنزالدقائق مورد توجه قرآن پژوهان بوده است. نظر بزرگان در خصوص تفسیر کنز الدقائق علامه مجلسی در تقریظ خود بر این تفسیر می نویسد: خداوند جزای خیر دهد به عالم شایسته، دانشمند كامل، پژوهشگر ژرف نگر، جانشین زبردست گذشتگان، شخصیتی كه دقیق ترین معانی علمی را با فكر تیزبین خود به دست می آورد و گوهرهای حقیقت را با رأی صائب خود استخراج می كند، عالم مطلع، نیك اقبال و تربیت یافته مكتب اهل بیت، مولانا میرزا محمد مؤلف این تفسیر. ان شاءالله پیوسته تحت تأییدات پروردگار توانا موفق باشد. او این تفسیر را زیبا، متقن، با كمال دقت، پرفایده و بجا نوشته و آیات بینات قرآن را با روایات ائمه طاهرین علیه السلام تفسیر نموده است. نكته های ناب معانی را از پوسته لفظ جدا نموده و سنت و كتاب را با هم تلفیق كرده است. او تمام تلاش خود را در تفسیر خویش به كار گرفته و آنچه از اخبار و احادیث لازم بوده استخراج نموده است. او همچنین معانی لطیف و رازهای ناگفته را به تفسیر خویش افزوده و تفسیر خود را پربار و پسندیده تر كرده است. خداوند او را از بركات ایمانش بهره مند گرداند و اهل ایمان را از تفسیر وی بهره ور سازد و به او بهترین جزای نیكوكاران را عطا فرماید و با ائمه طاهرین - صلوات الله علیهم اجمعین - محشور بگرداند. روز عید غدیر مبارك 1102 محمدباقر بن محمدتقی آقا جمال خوانساری، زبده ترین استاد مجامع علمی شیعه در عصر صفوی و صاحب تألیفات گرانسنگ علمی و تحقیقی، در مورد میرزا محمد قمی و تفسیر وی می نویسد: اما بعد، خداوند متعال با فضل كامل خویش به جناب مولا، دانشمند عارف، فاضل هوشیار، جامع فضایل اخلاقی، دانای به علوم و حكمت های بشری، عالم به اسرار وحیانی و معارف قرآنی... مولانا میرزا محمد - كه خداوند در هر زمینه ای یاور او باشد - همچنان كه خداوند به او توفیق تألیف چنین تفسیر ارزشمندی را عنایت كرده است. وی در تألیف و گردآوری تفسیر خویش از معتبرترین تفاسیر و مشهورترین كتاب های حدیث بهره برده است. این تفسیر همانند نامش گنجینه نكات دقیق و دریای گوهرهای نایاب و ارزشمند است. هر خواننده ای كه با دید حقیقت بین به آن نظری بیفكند، با صدف های پر از مروارید حقیقت مواجه خواهد شد. خداوند دانش پژوهان و مشتاقان معارف قرآنی را از ثمرات و معارف آن بهره مند گرداند. و این تفسیر گرانسنگ را برای مؤلف فاضلش ذخیره آخرت قرار دهد. جمال الدین محمد بن حسین الخوانساری محرم الحرام، سنه 1107 علامه شیخ آقابزرگ طهرانی، كتابشناس مشهور اسلامی، در مورد تفسیر كنزالدقائق چنین می گوید: این تفسیر همچون تفسیر نورالثقلین در پرتو معارف اهل بیت  علیه السلام آیات قرآن را تفسیر كرده است؛ اما از جهات متعددی بر نورالثَقلین برتری دارد؛ از جمله این كه: اسناد روایات را بیان می كند؛ ارتباط آیات دیگر را با آیه مورد تفسیر روشن می نماید؛ نكات ادبی و اعراب آیات مورد توجه قرار گرفته است؛ توضیح آیات را به طور مختصر و با شرح مزجی برآورده است و سپس به نقل روایات در مورد آن می پردازد و گاهی نكاتی را برخلاف نورالثقلین مطرح می نماید. وقف نامه کنز الدقائق از دختر نیكوكار و خیراندیش مرحوم میرزا محمد قمی وقفنامه ای به یادگار مانده است كه در سال 1111 ق (1078 ش) نوشته شده و حاوی نكات قابل توجهی است، متن آن چنین است:                                                 بسم الله الرحمن الرحیم الحمدلله الواقف علی الضمائر، والصلوة علی محمد و آله اولی البصائر، یوم تبلی السرائر. و بعد، وقف مؤبد و حبس مخلد نمود ابتغاءاً لوجه الله و طَلَباً لمَرْضاته، بنت مرحوم مغفور مبرور مولانا میرزا محمد الشهیر بخیاط و مؤلف هذا الكتاب كه موسوم گردیده به كنزالدقائق و بحرالغرائب، بركافه مؤمنین و متوطنین مشهد مقدس كه مطالعه و مباحثه نموده، در مثوبات و اجور واقف و مؤلف شریك بوده باشند و متولی وقف نمود ارشد و اصلح و اعلم اولاد مرحوم مشارالیه را بطناً عن بطنٍ، به نظارت حاجی الحرمین الشریفین حاجی محمدرفیع، و بَعْدَ وَفاته به تجویز اصلح اولاد موصی الیه؛ مشروط آن كه اگر متولی و ناظر خود در كار داشته باشند فَبها وَ الا به هر یك از صُلحا و زوار ساكنین مشهد مقدس كه معتمد بوده باشند، بدهند و زیاده از سه ماه نزد كسی نباشد، مگر به تجدید اذن؛ و از حصار بند مشهد مقدس بیرون نبرند و نفروشند و رهن ننمایند و هبه ننمایند. فَمَنْ بَدلَهُ بَعْدَ ما سَمعَهُ فَانما اثْمُهُ عَلَی الذینَ یُبَدلُونَهُ ان اللهَ سَمیعٌ علیمٌ در این وقفنامه علاوه بر آشنایی با متون انشائات 300 سال قبل ایران، دختر دوراندیش مفسر عالی مقام شیعه به نكات جالبی اشاره كرده است كه از جمله آن ها توجه دقیق به احكام وقف - كه وسیله ای مطمئن برای حفظ آثار گذشتگان و میراث مكتوب فرهنگ دین بوده است - و چگونگی بهره گیری از آن در حفظ و نگهداری تفسیر گرانمایه قرآن، با توجه به امكانات نشر و پخش كتاب در سه قرن پیش است. 

همچنان كه از ملاحظه تألیفات مفسر قمی برمی آید، وی به علوم مختلف عصر خویش احاطه داشته و در مورد هر موضوعی رساله ای جداگانه نگاشته است. او بر موضوعاتی چون: علوم بلاغت، سیره و تاریخ، علوم قرآنی و تفسیر، كلام، فلسفه، علم حدیث، صرف و نحو، فقه، دعا، زیارت، شعر و ادبیات احاطه داشته و آرائی را ابراز نموده است. 

میرزا محمد قمی در موارد متعددی از تفسیر خویش به دفاع از مقام ولایت پرداخته و آیاتی را كه در مورد علی علیه السلام نازل شده، به نحو شایسته ای توضیح داده و شأن نزول آن را مستدل و محكم و در پرتو روایات اهل بیت علیه السلام مطرح نموده است. به عنوان نمونه او در ذیل آیه 55 سوره مائده كه به آیه ولایت معروف است، می نویسد: امام باقر علیه السلام در مورد آیه «انما وَلیكمُ اللهُ وَ رَسُولُهُ وَالذینَ آمَنُوا الذینَ یُقیمُونَ الصلوةَ وَ یُؤتُونَ الزكوةَ وَ هُمْ ركعُونَ» می فرماید: عده ای از یهودیان كه در میان آنان چهره های شاخصی مانند عبدالله بن سلام، اسید بن ثعلبه، ابن یامین و ابن صوریا وجود داشتند و به تازگی مسلمان شده بودند، آن روز برای تقویت ایمان و پرسش سؤالاتی، به محضر پیامبر آمده بودند. آنان به رسول اكرم صلی الله علیه و آله و سلم گفتند: ای پیامبر خدا، حضرت موسی برای خودش یوشع بن نون را وصی قرار داد، وصی شما كیست؟ ولی و سرپرست ما مسلمانان بعد از تو چه كسی خواهد بود؟ در این هنگام بود كه آیه ولایت بر پیامبر نازل گردید. بعد از نزول وحی، رسول خدا به حاضرین فرمود: برخیزید؛ آنان بلند شدند و به همراه پیامبر به مسجد رفتند. همزمان با ورود پیامبر كرم، سائلی از مسجد خارج می شد. پیامبر به سائل فرمود: ای سائل! آیا كسی به تو چیزی عطا كرد؟ گفت: بلی، این انگشتر را به من دادند. فرمود: آن را چه كسی به تو داد؟ او در حالی كه به علی علیه السلام كه در حال نماز بود اشاره می كرد، گفت: آن مردی كه در حال نماز است، این انگشتر را به من بخشیده است. پیامبر دوباره پرسید: او در چه حالی آن را به تو داد؟ سائل گفت: او در حال نماز و موقع ركوع، آن را به من عطا كرد. در این موقع صدای پیامبر به تكبیر بلند شد و جمعیت حاضر در مسجد با پیامبر هم صدا شدند. بعد پیامبر به مردم فرمود: علی بن ابی طالب بعد از من، ولی و سرپرست شما است. آنان گفتند: ما راضی و خشنود هستیم كه خداوند پروردگار ماست و اسلام دین ما و محمد صلی الله علیه و آله و سلم  پیامبر ما و علی بن ابی طالب علیه السلام رهبر و امام ما است. در این هنگام آیه بعد نازل شد كه: وَ مَنْ یَتَوَل اللهَ وَ رَسوُلَهُ وَالذینَ آمَنُوا فَان حزْبَ الله هُمُ الْغالبُونَ؛ و كسانی كه ولایت خدا و پیامبر او و افراد باایمان را بپذیرند (پیروزند؛ زیرا) حزب خدا پیروز و برتر است. 

این كاوشگر معارف عالیه قرآن در نیمه اول قرن دوازدهم و در حدود سال 1125 ق (1092 ش) دار فانی را وداع گفت و به لقاءالله پیوست.