مهدی عیسی زاده در 22 خرداد 1388 در توانست در انتخابات میان دوره ای مجلس هشتم با کسب 29 درصد آراء به عنوان نماینده مردم میان دوآب، شاهین دژ و تکاب از توابع استان آذربایجان غربی به خانه ملت راه یابد.وی در این دوره 15 طرح و لایحه را امضا کرد که برخی از آنها عبارتند از:- طرح تشدید مبارزه با جرایم خشونت بار-  طرح تمدید قانون بازنشستگی پیش از موعد کارکنان دولت- طرح انتزاع خدمات بیمه درمانی مددجویان روستایی، عشایری و شهری با جمعیت کمتر از 20 هزار نفر از سازمان بیمه خدمات درمانی و الحاق آن به کمیته امداد امام خمینی (ره)و ... 

یکی از اقداماتی که در سال 1389 از سوی عبدالله جاسبی و با هدایت "هیئت مؤسس دانشگاه آزاد" دنبال شد، "وقف اموال دانشگاه آزاد" بود. وقف اموال دانشگاه آزاد از سوی مسئولان این دانشگاه به طرق مختلف پیگیری شد؛ یکی از این طرق، مجلس شورای اسلامی و البته کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس بود.پس از فروردین سال 1389 که "تصویب اساسنامه جدید دانشگاه آزاد" از سوی شورای عالی انقلاب فرهنگی باعث شد تلاش‌های هیئت موسس این دانشگاه برای "وقف اموال دانشگاه آزاد" به نتیجه نرسد، در مورخ 29 اردیبهشت‌ماه 1389 مجلس شورای اسلامی یک فوریت طرح وقف اموال دانشگاه آزاد، تحت عنوان "طرح اجازه وقف اموال در اختیار مؤسسات غیردولتی و غیرانتفاعی" را با 129 رأی موافق، 69 رأی مخالف و 2 رأی ممتنع از مجموع 207 نماینده حاضر در صحن علنی مجلس، به تصویب رساند. این اقدام دانشگاه آزاد که با همکاری برخی نمایندگان خانه ملت صورت گرفت، باعث شد نمایندگان تشکل‌های دانشجویی و کارشناسان مسائل فرهنگی و آموزشی به این اقدام اعتراض کنند. با وجود این اعتراضات، برخی نمایندگان مجلس در جلسه علنی روز یکشنبه (30 خرداد 1389) ضمن نقض مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی، وقف اموال دانشگاه آزاد را تصویب کردند. براین اساس، خانه‌ ملتی‌ها مصوب کردند وقف اموال مراکز آموزش عالی و غیردولتی، غیرانتفاعی و سایر موسسات غیردولتی غیرآموزشی که هیئت موسس یا هیئت امنای آنها حق تصرف مالکانه نسبت به آن را دارند و تا تاریخ تصویب این قانون صیغه وقف آن جاری شده است و یا در آن جاری شود معتبر است که در حقیقت همان تأیید "وقف اموال دانشگاه آزاد" بود. عیسی زاده از طراحان معتبر بودن مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگییک فوریت طرح "معتبر بودن مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی" در واکنش به مصوبه روز یکشنبه 30 خرداد 1389 پارلمان مبنی بر وقف اموال دانشگاه آزاد و نقض مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه علنی 2 تیر ماه سال 1389 از سوی 81 تن از نمایندگان از جمله مهدی عیسی زاده در صحن علنی مجلس مطرح شد. بر اساس ماده واحده این طرح خانه ملتی ‌ها و در صورت تصویب نهایی به موجب این قانون کلیه مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی در خصوص دانشگاه آزاد اسلامی همچنان معتبر و لازم الاتباع است.جلسه علنی مجلس شورای اسلامی در 2 تیر ماه 1389 در حالی به پایان رسید که نمایندگان با 116 رای موافق، 56 رای مخالف و 11 رای ممتنع از مجموع 199 رای، یک فوریت "طرح معتبر بودن مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی درباره دانشگاه آزاد اسلامی" را به تصویب رساندند. 

اواخر سال 1390 و در آستانه پایان هشتمین دوره مجلس شورای اسلامی مهدی عیسی زاده مجددا خود را کاندیدای شرکت در انتخابات کرد و توانست با کسب 74481 رای برای بار دوم به عنوان نماینده مردم "میاندوآب"، "تکاب" و "شاهین دژ" راهی مجلس نهم شود. او در این دوره نیز به عضویت کمیسیون اجتماعی مجلس در آمد.برخی از طرحها و لوایحی که توسط عیسی زاده در مجلس نهم به امضا رسید عبارتند از:- طرح حمایت از هنرمندان و استادکاران صنایع دستی- طرح نقل و انتقال حق بیمه یا بازنشستگی- طرح تقویت و توسعه سازمان بسیج رسانه- طرح جامع جمعیت و تعالی خانوادهو ... 

امضای طرح استیضاح وزیر راه 12 بهمن سال 1389، در پی وقوع سوانح هوائی متعدد و اعلام نظر غیر کار‌شناسانه در خصوص نرمال بودن سوانح هوائی در کشور و استفاده غیرموجه و غیر اقتصادی از ناوگان هوائی مستهلک و غیرقابل اعتماد، طرح استیضاح "حمید بهبهانی" وزیر راه و ترابری دولت دهم، توسط برخی از نمایندگان مجلس نهم من جمله مهدی عیسی زاده، به مجلس ارائه شد. سرانجام نمایندگان مجلس شورای اسلامی با 147 رای با برکناری "حمید بهبهانی"، وزیر راه و ترابری دولت دهم موافقت کردند. اواخر دی سال 1389، عیسی زاده در خصوص موافقت با استیضاح وزیر راه به خبرنگار پایگاه خبری تحلیلی "تابناک" گفت: «آقای بهبهانی رکورددار سقوط هواپیما در دوران مدیریت خود هستند و در مصاحبه‌های خود اعلام کرده‌اند که هنوز جای سقوط داریم. ضمن اینکه عدم توجه به توسعه راه‌های بین شهری و راه‌آهن از دیگر دلایل استیضاح است. افراد امضا کننده اعلام کردند به هیچ عنوان و تحت هیچ شرایطی تسلیم نخواهیم شد. » مخالفت با استیضاح وزیر کاردر 4 بهمن 1391 طرح استیضاح شیخ الاسلامی، وزیر کار دولت دهم با امضای 18 نماینده اعلام وصول شد. علت استیضاح بی توجهی به قانون و بلکه قانون ستیزی در نصب و عدم عزل سعید مرتضوی از مسئولیت صندوق تأمین اجتماعی بود.در همین راستا مهدی عیسی زاده که از مخالفان طرح سؤال از رئیس جمهور و استیضاح وزیر کار بود؛ در 11 بهمن 1391 دلایل خود را در گفتگو با خبرنگار پایگاه خبری تحلیلی "فردا" اینگونه بازگو کرد: «دوستان نماینده که استیضاح وزیر کار را در دست دارند از حق قانونی خود استفاده می کنند، اما اگر این استیضاح رای آورد مشکلات بسیاری با خود به همراه دارد. من از جمله کسانی بودم که خواستار پاسخگویی وزیر در مجلس در خصوص موارد پیش آمده مانند سرپرست شدن مرتضوی و مسائل دیگر شدم اما اکنون مخالف استیضاح هستم. استیضاح در شرایط فعلی برای این وزارتخانه که با مشکلات اساسی مردم دست و پنجه نرم می کند، اقدام مفیدی به نظر نمی رسد. ... همان زمان که مرتضوی نصب شد باید استیضاح صورت می گرفت نه امروز که تا انتخابات زمان زیادی باقی نمانده و مقام معظم رهبری هم تاکید بر آرامش قبل از انتخابات دارند.»15 بهمن سال 1391 استیضاح عبدالرضا شیخ الاسلامی، وزیر کار دولت دهم، حواشی بسیاری را به همراه داشت. برخی از نمایندگان آن روز را "یکشنبه سیاه" مجلس خواندند. در این جلسه محمود احمدی نژاد رئیس جمهور وقت، در حین دفاع از وزیر کار با پرداختن به مسائلی غیر از موارد مطرح شده موجب شد تا علی لاریجانی، رئیس وقت مجلس نیز به ایراد توضیحاتی بپردازد.سرانجام شیخ ‏الاسلامی با تعداد 192 رأی موافق 56 رأی مخالف و 24 رأی ممتنع از سمت وزارت رفاه، کار و امور اجتماعی برکنار شد. 

در پی اظهارات آیت الله هاشمی رفسنجانی در دیدار با جمعی از خبرنگاران، نویسندگان، دانشجویان و طلاب اصلاح طلب در ساختمان مجمع تشخیص مصلحت نظام در تاریخ 8 اردیبهشت 1392، مبنی براینکه ما با اسرائیل سرجنگ نداریم، 150 نفر از نمایندگان مجلس نهم شورای اسلامی از جمله مهدی عیسی زاده، در اعتراض به این اظهارات، بیانیه ای را در 4 بند، صادر کردند. بخشی از این بیانیه به شرح زیر است: «...ما نمایندگان مجلس ضمن تذکراتی چند از وی [آیت الله هاشمی رفسنجانی] می خواهیم که به اندیشه های امام و حضرت آیت الله خامنه ای بازگردد و به جای آن فاصله خود را از کسانی که دل در گروه انقلاب ندارند و تلاش می کنند انقلاب اسلامی را از مبانی خود تهی گردانند حفظ نمایند. این ساده اندیشی که ما اعلام کنیم با اسرائیل سر جنگ نداریم و اگر کشورهای عربی با اسرائیل جنگیدند ما از آرمانهای آنها حمایت خواهیم کرد. امام بزرگوار و رهبر عزیز همه تلاش خود را به کار بردند تا مسئله فلسطین را یک مسئله اسلامی نمایند و از حصار عربیت خارج نمایند. اگر امروز ظهور گروه هایی مانند حزب الله لبنان، حماس و جهاد اسلامی را شاهد هستیم که پوزه اسرائیل را با همه مظلومیت و نابرابری به خاک مالیده اند نتیجه همین تفکر امام است. اگر ما با اسرائیل سر جنگ نداشته باشیم تا انقلاب اسلامی، انقلاب اسلامی باشد اسرائیل با ما سر جنگ خواهد داشت و نباید فراموش کنیم که امام خمینی محو اسرائیل را از آرمانهای انقلاب اسلامی قرار داده است...» 

اوایل تیر ماه سال 1393، مهدی عیسی زاده در یک گفت‌و‌گوی تفضیلی با خبرگزاری "تسنیم"، در خصوص عملکرد اقتصادی دولت یازدهم در یک ساله سپری شده از عمر این دولت اظهار داشت: «قضاوت در مورد فعالیت های دولت یازدهم در زمینه های مختلف اقتصادی، سیاسی، اجتماعی و فرهنگی،پس از کمتر از یک سال به روی کار آمدن وی، عادلانه نیست و باید به دولت فرصت بیشتری داد. پس از به روی کار آمدن دولت یازدهم شاهد ثبات در بازار ارز بوده ایم و تا کنون وضعیت مطلوبی در این زمینه رقم خورده است. خوشبختانه دولت یازدهم بر اوضاع اقتصادی کشور تسلط کامل داشته و ضمن حل مشکل مسکن جوانان در حد زیادی تورم را نیز کنترل کرده است و اصولاً باید جامعه حداقل فرصت دو ساله ای برای پیشرفت های آینده به دولت یازدهم بدهند.» 

امضای طرح الزام دولت به حفظ حقوق هسته اینمایندگان مجلس شورای اسلامی در نشست علنی 14 بهمن ماه 1393، یک فوریت طرح "الزام دولت به حفظ حقوق و دستاوردهای هسته ای" را مورد بررسی قرار داده و با رأی بالایی به تصویب رساندند. مهدی عیسی زاده یکی از 255 نماینده مجلس نهم بود که این طرح را امضا کرد. این طرح یک فوریتی در جهت حمایت از تیم مذاکره کننده و در راستای رهنمودهای مقام معظم رهبری و در پاسخ به ضرب العجل امریکایی ها مبنی بر تحمیل خواسته های نامشروع آنها به تیم مذاکره کننده هسته ای به مجلس ارائه شد. بر اساس این طرح در صورت تصویب تحریم جدید از سوی امریکا، توافق نامه ژنو لغو و اقدامات ایران در راستای فناوری هسته ای به نطقه قبل از این توافقنامه باز خواهد گشت.کلیات طرح "الزام دولت به حفظ حقوق هسته ای" در نشست علنی مجلس شورای اسلامی در 31 خرداد ماه 1394 با رأی بالایی از سوی نمایندگان به تصویب رسید؛ پس از آن جزئیات این طرح در جلسه علنی 2 تیر ماه مورد بررسی قرار گرفت و با 213 رای موافق، 10 رای مخالف و 6 رای ممتنع از مجموع 244 نماینده حاضر در صحن علنی مجلس به تصویب رسید. امضا طرح سه فوریتی توقف مذاکرات هسته ایدر جریان مذاکرات هسته ای ایران و 1+5، در اواسط اردیبهشت ماه 1394 جان کری، وزیر وقت امور خارجه امریکا و جو بایدن، معاون وقت رئیس جمهور امریکا در اظهارنظرهایی ضمن تهدید کشورمان باز هم از "گزینه نظامی" سخن به میان آوردند. هر چند انتظار می رفت با توجه به در جریان بودن مذاکرات هسته‌ای مقامات غربی سخنی از تحریم و فراتر از آن "گزینه نظامی" به میان نیاورند اما اظهارات دو مقام آمریکایی نشان از عدم تغییر رویکرد ایالات متحده در قبال جمهوری اسلامی ایران داشت.پس از این اظهارات خبر دیگری مبنی بر "طرح کنگره امریکا برای نظارت بر توافق هسته ای" به گوش رسید. طرحی که انتقاد نمایندگان مجلس شورای اسلامی را در پی داشت؛ نمایندگان بر این اعتقاد بودند که این اقدام کنگره در راستای اظهارات مقامات رسمی این کشور و نوعی فشار بر جمهوری اسلامی ایران و تیم مذاکره کننده هسته ای کشورمان بوده است.در همین راستا، جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی با تهیه و تدوین طرحی 3 فوریتی خواستار توقف مذاکرات هسته‌ای تا قطع تهدیدات آمریکایی‌ها شدند.علی لاریجانی، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی در جلسه فراکسیون اصولگرایان رهروان ولایت در 20 اردیبهشت ماه 1394، بر حمایت جدی از تیم مذاکره کننده هسته ای و پرهیز از واکنش های سریع و بدون فکر در این زمینه تأکید کرد.طرح سه فوریتی که طرح "دفاع اسلامی و انقلابی و قانونمند از عزت، عظمت، هویت، شخصیت و اقتدار ملت ایران در طول ادامه مذاکرات هسته‌ای" نام داشت، با پیگیری جواد کریمی قدوسی (نماینده وقت مردم مشهد) توسط 80 تن از نمایندگان از جمله مهدی عیسی زاده امضا شد و در 22 اردیبهشت ماه 1394، تقدیم هیئت رئیسه مجلس شد؛ ماده واحده تنظیم شده در این طرح دولت و مسئولین سیاست خارجی و اعضای تیم مذاکره‌ کننده هسته‌ای را از هر گونه ارتباط و مذاکره با آمریکایی ‌ها در موضوع هسته‌ای تا زمانی که دولت آمریکا رسماً و علناً تهدید ملت ایران را کنار نگذارد، منع نموده و آنها را موظف می کرد تا مذاکره را با بقیه گروه 1+5 بدون حضور آمریکایی ‌ها ادامه دهند.پس از تقدیم این طرح به هیئت رئیسه مجلس، اعتراضاتی در چگونگی گرفتن امضا، از سوی برخی از نمایندگان مطرح شد؛ اعتراض بیشتر نمایندگان بر این اساس بود که آنها طرح دو فوریتی را امضا کرده اند و طرح کریمی قدوسی به هیچ وجه طرح سه فوریتی نبوده است.