مظفرالدین شاه تا سال قتل پدرش قریب چهل سال در ولیعهدی به سر می برد و در این مدت با وجود سه سفر که ناصرالدین شاه به فرنگستان کرد و در غالب نقاط کشور به سیاحت پرداخت، مظفرالدین میرزا کمتر از آذربایجان خارج شد. چون مردی ضعیف النفس، ترسو و از اواسط عمر به بعد علیل المزاج نیز بود. تامین اعتبار سفر مظفرالدین میرزا توسط انگلیس زمانیکه ناصرالدین شاه در حرم عبدالعظیم بدست میرزا رضای کرمانی کشته شد، امین السلطان صدراعظم ناصرالدین شاه به وسیله کلنل کاساکوفسکی رئیس سواران قزاق امنیت پایتخت را حفظ و مراتب را به سفرای روس و انگلیس و دول دیگر اطلاع داد و با حضور آنان در تلگرافخانه با مظفرالدین میرزا ولیعهد، که مقیم تبریز بود به وسیله تلگراف حضوری تماس گرفت و وفات شاه را به ولیعهد خبر داد. امین السلطان تهی بودن خزانه و عقب افتادگی جیره قراولان و نوکران دربار را به اطلاع سفرای روس و انگلیس رساند و از آنها برای تهیه هزینه سفر ولیعهد به تهران درخواست کمک کرد. به این ترتیب مظفرالدین میرزا به کمک اعتباری که از طرف انگلستان به بانک شاهنشاهی حواله شده بود روانه تهران گردید تا بر تخت سلطنت جلوس کند. مظفرالدین میرزا پس از رسیدن به سلطنت امین السلطان را که قدرتی فوق العاده داشت همچنان در مقام صدارت باقی گذارد.  

پس از کشته شدن ناصرالدین شاه به دست میرزای رضای کرمانی در سال 1275 شمسی، مظفرالدین میرزای ولیعهد از تبریز به تهران فراخوانده شد و 40 روز بعد در عمارت بادگیر تاج‌گذاری کرد. دو ماه پس از جلوس وی میرزا رضای کرمانی، قاتل ناصرالدین شاه، در میدان مشق به دار آویخته شد. مظفرالدین شاه در سال اول سلطنت خود امین‌السلطان را از مقام صدارت عزل كرد و پیشكار سابق خود میرزا علی خان امین‌الدوله را به جای وی به صدارت برگزید، ولی امین‌الدوله كه افكار تجددخواهی و غرب‌گرائی داشت از ابتدای زمامداری خود با مخالفت علما مواجه شد و بعد از شش ماه از صدارت كناره‌گیری كرد. مظفرالدین شاه پس از امین‌الدوله، محسن‌خان مشیرالدوله را به صدارت انتخاب كرد، ولی صدارت او هم بیش از سه ماه به طول نینجامید و مظفرالدین شاه مجدداً امین‌السلطان را به صدارت برگزید.  

مظفرالدین شاه مانند پدرش مشتاق سفر به فرنگستان ـ اروپا ـ بود و مانند او به دشواریهای تامین هزینه سفرها اعتنا نمی‌كرد. شاه كه چهارمین سال سلطنت خود را پشت سر می‌گذاشت، شدیداً علاقه‌مند بود كه به تقلید از پدرش سفری به «فرنگستان» برود ولی با خزانه خالی، امكان تامین هزینه چنین سفری فراهم نبود، تا این كه روز 9 بهمن 1278 امین‌السلطان (اتابك اعظم) صدراعظم وقت، كه برای دومین بار با وعده تامین مخارج سفر شاه به این مقام منصوب شده بود، قراردادی برای دریافت 23 میلیون و پانصد هزار روبل قرضه از روسیه امضا كرد و عایدات گمركات ایران را كه ممر اصلی درآمد خزانه بود در ازاء آن به وثیقه گذاشت. اولین سفر مظفرالدین شاه با روبلهای قرضی روسیه با دریافت این قرضه مقدمات سفر مظفرالدین شاه به فرانسه فراهم شد و موكب ملوكانه با جمع كثیری همراه كه خود امین‌السلطان در راس آنان قرار داشت در روز 23 فروردین سال 1279 راهی اروپا شد. اولین سفر مظفرالدین شاه به اروپا هفت ماه به طول انجامید و در این مدت پنجمین پادشاه قاجار از كشورهای روسیه و اتریش و سوئیس و آلمان و بلژیك و فرانسه و در راه بازگشت از تركیه عثمانی دیدن كرد. مظفرالدین شاه می‌خواست از انگلستان هم دیدن كند كه به علت مرگ ملكه ویكتوریا و سوگواری دربار انگلیس برنامه این مسافرت لغو شد. سوءقصد به جان مظفرالدین شاه از وقایع مهم سفر مظفرالدین شاه به اروپا سوءقصد به جان وی در پاریس بود، كه ضارب در كار خود توفیق نیافت و آسیبی به مظفرالدین شاه نرسید. سفر مظفرالدین شاه به اروپا كه بخش اعظم قرضه دریافتی از روسیه صرف آن شد كمترین ثمره سیاسی یا اقتصادی برای ایران نداشت. وی در بازگشت از این سفر امتیاز نفت جنوب ایران را با شرائطی سهل به یك سرمایه‌دار انگلیسی به نام «ویلیام نكس دارسی» واگذار كرد تا ممر عایدی تازه‌ای برای تامین مخارج دربار و مسافرتهای بعدی خود به اروپا فراهم آورد. دومین سفر پرهزینه مظفرالدین شاه دو سال بعد، مظفرالدین شاه هوس سفر پرهزینه دیگری به فرنگستان كرد. وی بعد از دریافت قرضه جدیدی به مبلغ ده میلیون روبل از روسیه و اعطای امتیازات تازه‌ای در شمال ایران به روس‌ها عازم فرنگستان شد. دومین سفر مظفرالدین شاه به اروپا كه در 22 فروردین 1282 آغاز شد شش ماه به طول انجامید و در این مدت مظفرالدین شاه از اتریش و آلمان و بلژیك و فرانسه و انگلستان و ایتالیا بازدید كرد. مقصد نهائی مظفرالدین شاه در این سفر انگلستان بود. سومین سفر مظفرالدین شاه، زمینه ساز قیام عمومی در ایران در جریان دومین سفر مظفرالدین شاه به اروپا نارضایتی عمومی در ایران بالا گرفت و مظفرالدین شاه بعد از بازگشت از این سفر مجبور شد امین‌السلطان را از كار بركنار و هیئتی مركب از پنج وزیر برای اداره امور مملكت تعیین نماید. عنصر شاخص این هیئت عین‌الدوله داماد مظفرالدین شاه بود كه وزارت داخله را به عهده داشت و یك سال بعد با این مأموریت كه هزینه سفر سوم شاه را به اروپا تامین نماید، به مقام صدراعظمی منصوب شد. روس‌ها و انگلیسی‌ها دیگر حاضر نبودند وام تازه‌ای به ایران بدهند و عین‌الدوله برای تامین هزینه سفرشاه، مسیونوزبلژیكی را كه به تازگی برای اداره امور گمركات ایران استخدام شده بود با اختیارات فوق‌العاده‌ای مأمور افزایش درآمد گمركات نمود. فشار به تجار برای افزایش حقوق گمركی بر نارضایی عمومی افزود و هنگامی كه مظفرالدین شاه در خرداد ماه سال 1284 شمسی سومین سفر خود را به اروپا آغاز كرد زمینه برای قیام عمومی در ایران فراهم شده بود.  

مظفرالدین شاه پس از بازگشت از سفر دوم خود، امین‌السلطان را برکنار کرد و پس از یک سال، که هیئتی 5 نفره مدیریت امور کشور را در دست داشت، دامادش عین‌الدوله را به عنوان صدراعظم منصوب کرد. عین‌الدوله برای تأمین هزینۀ سفر سوم شاه، مسیو نوز بلژیکی، مدیر امور گمرکات ایران را مأمور افزایش درآمد گمرک کرد. افزایش تعرفۀ گمرکی به تحصن تجار تهران در حرم عبدالعظیم انجامید. پس از بازگشت شاه، حوادث دیگری چون به چوب بستن تجار قند توسط عین‌الدوله، به تحصن بزرگ تری در حرم عبدالعظیم در 23 آذر 1284 با درخواست تأسیس عدالتخانه منجر شد. با قول شاه تحصن پایان یافت اما تعلل در برپایی عدالتخانه موجب تحصن علمای تهران در قم و افزایش خواسته‌ها به عزل عین‌الدوله و برپایی دارالشورا شد. شاه نهایتاً عین‌الدوله را عزل و مشیرالدوله را صدراعظم کرد. مسافرت سوم شاه به اروپا در تاریخ  16 خرداد 1284 آغاز شد و 4 ماه به طول انجامید. این سفر نیز متعاقب دریافت یك وام 290 هزار لیره‌ای از بانك شاهی انگلیس عملی شد. شاه یك سال پس از پایان سفر سوم خود در روز 13 مرداد 1285 در بستر بیماری فرمان مشروطیت را كه متضمن ترتیبات تشكیل مجلس بود امضا كرد در این فرمان خطاب به صدراعظم جدید "مشیرالدوله" نوشت: شورای ملی از منتخبین شاهزادگان و علما و قاجاریه و اعیان و اشراف و ملاکین و تجار و اصناف به انتخاب طبقات مرقومه در دارالخلافه تهران تشکیل و تنظیم شود." این حکم رضایت علما را جلب نکرد و شاه در 16 جمادی الثانی فرمان دیگری خطاب به مشیرالدوله صادر کرد و این بار بر اسلامی بودن مجلس تأکید نمود. این حکم باعث بازگشت پیروزمندانه روحانیون و مردم به تهران شد. مظفرالدین شاه نیز عضدالملک را به قم فرستاد تا آقایان را با احترام بازگرداند و جشن های بسیار به این مناسبت برپا و چراغان شد. 14 مهر ماه همان سال اولین دوره مجلس شورای ملی در حضور شاه افتتاح شد. مظفرالدین شاه در نخستین جلسه افتتاحیه مجلس شورای ملی که در 18 شعبان 1324 در کاخ گلستان برگزار شد در حالی که بیمار بود با کمک اطرافیان بر تخت نشست و اظهار داشت: "سالها در آرزوی چنین روز بودم و خدای را شکر که به آرزوی دیرین خود رسیدم." امضای نخستین قانون اساسی ایران چند ماه پس از افتتاح مجلس شورای ملی، مظفرالدین شاه نخستین قانون اساسی ایران را كه در دوره اول مجلس تنظیم شده بود در تاریخ هشتم دی ماه 1285 امضا كرد. 

خزانه ایران پس از قتل امیرکبیر به امر ناصرالدین شاه به طور کلی در اختیار سلطان وقت قرار گرفت و پرداختهای خزانه از نظارت وزیر مالیه و خزانه دار و سایر مسئولین امور مالی مملکت خارج گردید. ناصرالدین شاه نهایت کوشش را به کار برد تا از گرفتن وام خارجی خودداری کند. اما در این امر موفق نشد در زمان مظفرالدین شاه مسئله خالی بودن خزانه و گرفتن وام از خارج به منتهی خود رسید. امین السلطان که هیچ دلبستگی به امور اداری کشور و مملکتداری نداشت در این مورد نفش فعالی را ایفاء کرد. وام اول مظفرالدین شاه از روسیه       امین السلطان دو سال پس از انتصاب به مقام صدارت عظمی وسایل سفر اول مظفرالدین شاه را به اروپا فراهم ساخت. او برای تأمین مخارج سفرشاه و همراهانش به دولت روسیه متوسل شد و آن دولت به وسیله (بانک استقراضی) در تهران – که تابع وزارت مالیه روسیه بود – وام مورد تقاضای امین السلطان را پرداخت. مبلغ این وام 000/500/22 منات طلا با درصد نزول 5 درصد و به مدت 75 سال و قسط سالانه آن بابت اصل وام و سود آن 288/156/1 منات بود دولت روسیه قبول کرد که پرداخت اقساط استهلاکی وام مزبور از 19 ذی حجه سال 1327 قمری از طرف دولت ایران آغاز شود . این وام ضمانت شده روی گمرکات ایران به استثنای گمرکات فارس و بنادر خلیج فارس بود. از شرایط وام این بود که درآمد گمرکات مزبور بایستی کلا تسلیم بانک استقراضی روس در تهران شود و بعد از آن بانک قسط استهلاکی سالانه وام را برداشت، مابقی درآمد مزبور را، پس از 6 ماه به دولت ایران بپردازد. در صورتیکه ایران عایدات گمرکی را مرتباً به بانک استقراضی روس نپردازد، دولت روسیه گمرکات را زیر نظارت و در صورت لزوم زیر ادارة مستقیم خود قرار خواهد داد. از شرایط مهم وام این بود که تا زمانی که دولت ایران تمامی مبلغ اصل و ضرع وام خود را به آن دولت نپرداخته، حق ندارد بدون رضای دولت روس از یک کشورخارجی وام بگیرد. وام مظفرالدین شاه از انگلستان رقابت سیاسی و اقتصادی دو دولت روس وانگلیس در ایران، که هدف آنها محاصرة کامل اقتصادی این کشور بود، موجب آن شد که بانک شاهنشاهی، از همکار روسی خود در میدان رقابت عقب نماند به همین جهت در سال 1318 قمری قرضه ای با شرایط زیر مظفرالدین شاه و به نام دولت ایران داد: 1- مبلغ قرضه 314281 لیره انگلیسی و 16 شیلینگ و 4 پنس طلا 2- ربع سالانه 5 درصد و مدت 15 سال 3- قسط استهلاک سالانه از بابت اصل و ضروع 30278 لیره و 12 شیلنگ و 7 پنس 4- اولین تاریخ تأدیه نوروز 1346 قمری 5- در تاریخ ششم شعبان 1331 قمری باقیمانده قرضه معادل است با خود مبلغ قرضه 6- مبلغ قرضه و استهلاک آن روی عواید شیلات دریای خزر وعایدات پستخانه و تلگرافخانه و نیز درآمد گمرکات فارس و بنادر خلیج فارس و اهواز و بندر خرمشهر تضمین شده بود. 7- بدون رضای طرفین هیچ گونه تغییری در ترتیب تأدیه نمی توان داد . 8- این قرضه را بانک شاهنشاهی ایران به عنوان تأمین اعتبار از طرف حکومت انگلیس هند به دولت ایران پرداخت و طلبکاران ایران، حکومت هند و در حقیق دولت بریتانیا بود. وام دوم مظفرالدین شاه از روسیه برای تهیه مقدمات سفر دوم مظفرالدین شاه به اروپا بار دیگر امین السلطان موضوع وام از روسیه را پیش کشید. او سرانجام در سال 1320 قمری مبلغ ده میلیون مکنات طلا (روبل) به وسیله بانک استقراضی از روسیه قرض گرفت. شرایط این وام مانند وام اول از روسیه و آغاز استهلاک اصل و فروع از 11 محرم 1320 و قسط استهلاکی سالانه آن 514006 مات و 20 کپک بود و با آن که دولت ایران می بایستی هر سال سود وام را بپردازد، در تاریخ 6 شعبان 1331 قمری تمامی ده میلیون منات وام برعهده ایران باقی بوده است. این وام با وام اول روسیه یک کاسه شد و از آن پس دولت ایران می بایستی سالانه بابت هر دو وام 1670294 منات و 20 کپک (معادل با 9541800 قران آنروز) جمعاً مبلغی معادل با 000/196/182 قران به دولت روسیه بدهکار بود.  

امتیازاتی که ناصرالدین شاه به اتباع دول خارجی، خصوصاً روس و انگلیس داد، از لحاظ کسب آثار و مظاهر تمدن جدید اروپائی برای کشوری که تازه می خواست، با این تمدن آشنا شود ضروری و مفید به نظر می آمد. ناصرالدین شاه شیفته تمدن غرب و طالب اصلاحات در شئون اداری و اقتصادی در کشور خود بود، در عین حال می خواست اقتدارات سلطنت خود را حفظ کند و به نوعی بین امتیازاتی که به دول خارجی می داد موازنه برقرار کند. گرچه هیچ گونه موازنه ای از لحاظ قوای سیاسی و نظامی بین گیرندگان امتیاز و کشور ایران وجود نداشت و غالب مذاکرات دربارة امتیازات در موقعی صورت می گرفت که خزانه کشور دچار فقر و دولت و تنگنای بی پولی و شاه با حرص و طمع عجیب در فکر تدارک سفرهای تفریحی به اروپا بود. اما سیاست استبدادی همراه با متفکرانه ناصرالدین شاه مانع از واگذاری امتیازات هنگفت بدون دریافت سود می شد. البته مخالفتها و اعترافات مردم در این مورد نیز قابل تأمل بود. اما در دورة سلطنت مظفرالدین شاه که پادشاهی ضعیف و بی اراده بود و زمام امور را در دست صدراعظمی خائن و بی کفایت سپرده بود، امتیازات سنگین دراز مدت به دولتهای روس و انگلیس داده شد. واگذاری ذخائر عظیم معادن از جمله نفت، کاوشهای باستانی، راهها و گمرکات از عمده ترین امتیازاتی بود که مظفرالدین شاه به دولتهای روس و انگلیس و فرانسه واگذار کرد. امتیازات روس ها در این دوره: 1. امتیاز ساختن راه 2. امتیاز معادن قرابه داغ 3. ایجاد تعرفه جدید گمرکی 4. تمدید امتیاز شیلات امتیاز فرانسویان در این دوره: کاوشهای علمی در ایران امتیازات انگلیسیها در این دوره: مسئله نفت و کشف و استخراج آن امتیاز نفت به رویتر در ایران جستجوی اولیه نفت در ایران جلب توجه انگلیسی ها به نفت ایران امتیاز دارسی در نفت ایران ویلیام ناکس دارسی آغاز استخراج نفت در ایران واگذاری امتیاز تلگراف 

مظفرالدین شاه از جمله پادشاهان نالایق ایران بود. در دوران حكومت وی اقتصاد ایران به ورشكستگی كامل رسید و بسیاری از منابع طبیعی، راهها و معادن كشور به بیگانگان واگذار شد. ولخرجی‌ها و بذل و بخشش‌های بیجای شاه، خزانه كشور را خالی كرد. دریافت وامهای سنگین با شرائط سخت از روسیه یا دولتهای اروپائی و سپس واگذاری امتیازات متعدد اقتصادی به آنان در تمام طول دوران سلطنت 10 ساله مظفرالدین شاه قاجار ادامه داشت. گرانی، تورم، كمبود نان و ارزاق، تصرف املاك مردم توسط نزدیكان شاه و ظلم دولتهای منتخب وی علیه مردم، جامعه را به ستوه آورده بود. شاه در اكثر سالهای حكومتش بیمار بود و اداره امور كشور در این مدت عمدتاً بر عهده امین‌السلطان،امین‌الدوله و عین‌الدوله، صدراعظم‌های وی بوده است. مظفرالدین شاه مانند پدرش ناصرالدین شاه سفر سفرنامه نوشت. اولین همسر او ام‌الخاقان دختر میرزا تقی‌خان امیركبیر بود كه محمدعلی شاه قاجار حاصل این ازدواج بود. به هنگام فوت مظفرالدین شاه از وی 18 دختر و 6 پسر به نامهای محمدعلی میرزا، ملك‌منصور میرزا شعاع‌السطنه، ابوالفتح میرزا سالارالدوله، ابوالفضل‌میرزا عضدالسلطان، حسنعلی‌میرزا نصرت‌السلطنه و ناصرالدین میرزا ناصری باقی ماند. 

مظفرالدین شاه 4 روز پس از امضای نخستین قانون اساسی ایران، در تاریخ 12 دی ماه سال 1285، برابر با 24 ذیقعده 1324 پس از امضای نظامنامه انتخابات مجلس شورای ملی در بستر بیماری درگذشت و در کربلا به خاک سپرده شد.