وی دوران ابتدایی را در دبستان بوعلی سینا و مقطع راهنمایی را در مدرسه آیت‌الله کاشانی گذراند و دیپلم ریاضی فیزیک خود را در سال 1359 در دبیرستان دکتر علی شریعتی گرفت. پس از آن در سال 1361 وارد دانشگاه امام صادق (ع) شد و افزون بر تحصیل دروس حوزوی تا پایان دوره سطح، مدرک لیسانس و فوق‌لیسانس خود را در رشته علوم سیاسی از این دانشگاه دریافت کرد. او در سال 1376 مدرک دکترای علوم سیاسی را از دانشگاه تربیت مدرس دریافت کرد.  

نماينده مردم شريف شهرستان هاي سمنان و مهدی‌شهر در مجلس هشتمعضو هیئت‌علمی دانشگاه علامه طباطباييرئيس فراکسيون دانشگاهيان مجلس هشتمعضو کميسيون امنيت ملي و سياست خارجي مجلسعضو کميته حقوق بشر مجلسعضو کميته سياست خارجي مجلس عضو ارشد فراکسيون خط امام (ره) مجلس هشتمعضو ارشد فراکسيون کارگري مجلس هشتمرئيس گروه دوستي ايران و تاجيکستان در مجلس شوراي اسلاميمؤسس و دبیر کل حزب مردم‌سالاریمؤسس و رئيس جبهه مردم‌سالاریمدیرمسئول روزنامه مردم‌سالاریصاحب امتياز و مدیرمسئول روزنامه پيام استان سمنانصاحب مؤسسه غیرانتفاعی "فضیلت " در سمنان 

دکتر کواکبيان  استاديار و عضو هیئت‌علمی دانشگاه علامه طباطبايي می‌باشد و تدريس در دانشگاه‌ها را از سال 1365 آغاز کرد و در مراکز بسياري همچون «دانشگاه امام صادق (ع)، علوم پزشکي ايران، مرکز آموزش مديريت دولتي، دانشگاه‌هاي پيام نور و آزاد، دفاتر سياسي عقيدتي سپاه پاسداران، ارتش جمهوري اسلامي و نيروي انتظامي دروس مختلف علوم سياسي، جامعه‌شناسی و الهيات و فلسفه و  معارف اسلامي را تدريس نموده است.از مهم‌ترین فعاليت هاي علمي پژوهشي دکتر کواکبيان در طول سال هاي تحصيل و تدريس، نگارش کتب، مقالات و جزوات متعدد علمي و دانشگاهي بوده است که از جمله مهم‌ترین آن‌ها کتاب "دموکراسي در نظام ولايت فقيه" از انتشارات سازمان تبليغات اسلامي، کتاب "مباني مشروعيت در نظام ولايت فقيه" و جزوات "انقلاب اسلامي و ريشه هاي آن، "مباني علم سياست"، "اصول سياست خارجي جمهوري اسلامي ايران"، "حقوق اساسي جمهوري اسلامي ايران"، "اخلاق و تعليم و تربيت اسلامي" می‌باشد. 

مصطفي کواکبيان پس از پيروزي شکوهمند ملت غيور ايران بر حکومت جبار پهلوي همگام با مردم انقلابي به عنوان مسئول انجمن اسلامي دبيرستان دکتر شريعتي سمنان، در راه تثبيت انقلاب و نظام اسلامي گام برداشت کما اينکه تأسیس تشکيلات «الخمينيون» که بسياري از اعضاي هسته اوليه آن به مقام رفيع شهادت نائل آمده‌اند (آن هم قبل از تشکيل سپاه، کميته و حزب) يکي ديگر از فعاليت هاي ايشان در همين راستا بوده است. مصطفي کواکبيان به دنبال کار تشکيلاتي در انجمن اسلامي دبيرستان شريعتي و گروه «الخمينيون» و با اعتقاد به ضرورت تشکل هاي اسلامي در طول سال هاي 1359 تا 1361 به عنوان قائم‌مقام دبير حزب جمهوري اسلامي در استان سمنان فعاليت هاي عمده و موثري در راستاي اهداف و آرمان‌های والاي انقلاب شکوهمند ملت ايران به رهبري حضرت امام خميني (ره)  انجام داد. 

کواکبیان، 20 روز پس از شروع جنگ تحمیلی، در جبهه  حضور یافت. شهادت برادر بزرگوارش «شهيد محمد کواکبيان»، برادر همسرش «شهيد عباس يزدي فر» و بسياري از وابستگان نزديک و مجروح و جانباز شدن خود او در عمليات فتح المبين از افتخاراتي است که در راستاي حفظ دستاوردهاي نظام اسلام نصيب وي گرديده است. 

وی در پاسخ به سؤالی در خصوص ازدواج خود می‌گوید: «يكي از افتخارات بنده اين است كه رهبر انقلاب خطبه عقدم را جاري كردند.» كواكبيان با بيان اينكه ناگفته‌هاي زيادي از ماجرای عقد و ازدواجش در محضر رهبر معظم انقلاب دارد، گفت: «در سال 61 به همراه چند نفر از دوستان كه همگي قصد تشكيل زندگي را داشتيم، براي ازدواج و قرائت خطبه عقد خدمت رهبري رسيديم كه ايشان در ابتدا از تمامي آقايان حاضر در جلسه ميزان مهريه توافقي با همسرانشان را پرسيدند. همه افراد به ترتيب مهريه خود را اعلام كردند تا اينكه نوبت به من و همسرم رسيد، در اين لحظه من با همان شور و شوق دوران جواني و براي اينكه هرچه سريع‌تر وضعيت ازدواجم مشخص شود، با صداي بلند گفتم: «مهريه ما 200 هزار تومان است» اين در حالي بود كه مهريه زوج‌هاي ديگر در آن روز در حد يك جلد الميزان يا چند شاخه گل خلاصه مي‌شد. بعد از اعلام ميزان مهريه رهبر انقلاب تأملي كردند و به یک‌باره رو به من و همسرم فرمودند: من خطبه شما را نمي‌خوانم، برويد با مهريه متعارف بياييد.»كواكبيان در پاسخ به اين سؤال مبني بر دلایل انتخاب مهريه 200 هزار توماني آن هم در سال 61 اظهار داشت: «برادرم چند سال قبل از ازدواج من در جبهه شهيد شد و در زمان حيات برادرم تأكيد فراواني به اين ميزان مهريه براي دوام زندگي داشت، چرا كه اين نوع مهريه را موجب دوام و پايداري زندگي يك زوج جوان مي‌دانست. در زمان خواندن خطبه عقد در محضر رهبر معظم انقلاب علت انتخاب اين مهريه را به صورت كامل توضيح دادم و گفتم كه به خاطر شهيد شدن برادرم و براي اينكه نظر يك شهيد محترم شمرده شود، اين مهريه را انتخاب کرده‌ام، رهبر انقلاب هم ضمن توصيه به مهريه 14 سكه‌اي سرانجام خطبه عقد من و همسرم را قرائت كردند.» 

مصطفی کواکبیان سال 1382 زمانی که بحث استعفای نمایندگان مجلس ششم مطرح شد ضمن انتقاد از استعفای برخی از نمایندگان گفت: «ما به شدت با تمام اين راه‌حل‌ها مخالفيم و اگر قرار است كسي استعفا بدهد اولويت اول با شخص رئیس‌جمهور است و بعد با هیئت دولت و بعد نوبت مجلس و نمايندگان می‌رسد، زيرا بساط دوم خرداد بعد از حضور خاتمي به وجود آمد.» 

کواکبیان که دبیر کل حزب مردم‌سالاری و رئیس ائتلاف مردمی اصلاحات است، پیش از این نایب‌رئیس شورای حزب همبستگی بوده است. حزب مردم‌سالاری در سال 1377 و با انشعاب از حزب همبستگی اسلامی ایران ابتدا در شهرهاي استان سمنان شكل گرفت و پس از تصويب اساس‌نامه آن در تاريخ 78/7/3 در كميسيون ماده 10 قانون احزاب پروانه آن در دهم آبان 1378 به نام حزب مدافعين پيام دوم خرداد صادر شد كه البته در پي برگزاري اولين كنگره در سال گذشته يعني دوم خرداد 1381 تغيير نام يافت و اصلاحات اساس‌نامه آن در مورخ 81/6/4 به تصويب كميسيون ماده 10 قانون احزاب رسيد. این حزب فعاليت سراسري و منسجم خويش را عملاً پس از 18 خرداد 1380 و به دنبال راه‌اندازی روزنامه مردم‌سالاری در نيمه دوم سال 1380 شروع كرده است. کواکبیان درباره شکل‌گیری این حزب می‌گوید: «حزب مردم‌سالاری با سه شعار خداباوري، نوگرايي و مردم‌سالاری و با سه ويژگي ايران محوري، جوان‌گرایی و تخصص مداري شكل گرفت. افتخار بزرگ دست‌اندرکاران حزب مردم‌سالاری اين است كه اين حزب به معناي واقعي كلمه از «پايين» به «بالا» شكل گرفته است و هرگز هيچ مقام دولتي يا حكومتي در تأسيس آن نقشي نداشته است و خوشبختانه تاكنون وامدار هيچ نهاد و مؤوسسه و يا به اصطلاح شخصيت حقيقي يا حقوقي نشده و با هويتي مستقل به صورت خودجوش از متن عموم مردم برخاسته است.»یعقوب مهر نهاد سرپرست روزنامه مردم‌سالاری در استان سیستان و بلوچستان، مرداد 1387 به اتهام ارتباط با جندالله اعدام شد. اعدام وی و اتهامات وارده به وی با سکوت حزب مردم‌سالاری همراه بوده است. همایون نادری فر، از فعالان سیاسی ارومیه و دبیر حزب مردم‌سالاری استان آذربایجان غربی که در سال 1386 توسط نیروهای امنیتی دستگیر و در نهایت با وثیقه 250 میلیونی آزاد گردید و هنوز پرونده او در دادگاه انقلاب مفتوح است. دستگیری وی نیز با سکوت حزب مردم‌سالاری همراه بود. 

 مدیرمسئول روزنامه مردم‌سالاری و صاحب امتیاز و مدیرمسئول روزنامه محلی پیام استان سمنان . (روزنامه مردم‌سالاری از یکم دی ماه سال 1380 منتشر شد.پیام استان سمنان در سال 1371 در قالب هفته‌نامه شروع به انتشار کرد.)کواکبیان ریاست شورای مرکزی خانه مطبوعات استان سمنان و همچنین سردبیری هفته‌نامه همبستگی (ارگان حزب همبستگی ایران) و مدیرمسئولی نشریه نماد (ارگان دانشگاه شاهد) را بر عهده داشته است. 

کواکبیان در مورد تغییر قانون اساسی می‌گوید: هشت محور پيشنهادي براي اصلاح قانون اساسي در نظر گرفته‌ايم كه توقيت رهبري و دوره‌اي درآمدن آن يكي از اصلاحات مد نظر ما در قانون اساسي است. وی  با انتقاد از نظارت شوراي نگهبان بر انتخابات گفته است: «هيچ دليل شرعي براي نظارت شوراي نگهبان بر انتخابات وجود ندارد. هر چند معتقدم در انطباق شريعت و قانون حضور اين نهاد ضروري است، ولي می‌توان نظارت را از آن گرفت و ضرورت پاسخگويي به قوانين شريعت را در اين نهاد حفظ كرد.شوراي نگهبان بايد نهادي باشد كه امكان شكايت از اعضاي آن در قانون اساسي تصريح شود. ما اعتقاد داريم وجود دادگاه قانون اساسي بهتر از مواردي است كه در تبيين اختيارات رياست جمهوري آمده است چرا كه اصل قانون اساسي تغيير ناپذير است.» وي اصل نظارت بر رهبري و نهادهاي تابع وي را از ديگر موارد مهم براي تصريح در قانون اساسي برشمرد و آن را توهين به رهبري نمی‌داند. «عضويت در خبرگان رهبري نبايد مختص به مجتهدين باشد چرا كه هيچ دليل شرعي در اين مورد وجود ندارد و اين نهاد بايد به طور شفاف به مردم گزارش دهد و پاسخگوي آنها باشد. در صورتي كه موارد مربوط به خبرگان رهبري در قانون تصريح شود بايد تعداد اعضا و طول دوره آنها نيز معين گردد.» وي رئیس‌جمهوری را مجري قانون اساسي دانسته و از برخي موانع در برابر اختيارات رئیس‌جمهوری انتقاد كرده و مدعي شده است می‌توان برخي از مسئولیت‌های رهبري مانند انتصاب فرمانده كل نيروهاي انتظامي را به رئیس‌جمهور واگذار كرد. كواكبيان خواستار بازنگري در تعريف رجال در قانون اساسي شده و تاكيد می‌کند: «زنان نيز می‌توانند كانديداي رياست جمهوري شوند و هيچ منعي براي آنان از لحاظ شرعي وجود ندارد.»  

وی در جریان انتخابات دهمین دوره ریاست جمهوری از حامیان جدی میرحسین موسوی به شمار می‌رفت. او در همین راستا ریاست ائتلاف مردمی حامیان میرحسین موسوی را به عهده گرفته بود. کواکبیان پس از انتخابات 88 که تنور مناظرات سیاسی در کشور داغ شده است؛ یکی از افرادی است که در بسیاری از این محافل حاضر شده و به مناظره می‌پردازد. صفارهرندی، حسین شریعتمداری، منوچهر متکی و... از مهم‌ترین شخصیت‌هایی هستند که وی با آنها مناظره کرده است.  

دبیر کل حزب مردم‌سالاری پس از اعلام نتایج انتخابات 88 با اعلام تمکین از رأی مردم مواضع خود را ابراز کرد وی در این رابطه اظهار داشت ما اعتقادي به تقلب در انتخابات نداريم ولي تا بخواهيد تخلف شده است بحث شخم زدن به گذشته كار را حل نمي‌كند، ما اكنون شرايطي داريم كه خط امام در مملكت رعايت نمي‌شود ما معتقد هستيم خط امام مشعل فروزاني فراروي ماست و الآن كساني كه از خط امام تخطي مي‌كنند، از خط ولی‌فقیه هم تخطي مي‌كنند. ما اعتقادي به تقلب در انتخابات نداريم ولي تا بخواهيد تخلف شده است دو شب مانده به رأي‌گيري سهام عدالت توزيع كردند. به كروبي گفته شد چرا 300 ميليون از شهرام جزايري پول گرفت خوب علما پول مي‌گيرند اگر خط امام مورد توجه است، وزير ميلياردي مال كدام دولت است، به كروبي گفته شد چرا 300 ميليون از شهرام جزايري پول گرفت خوب علما پول مي‌گيرند اما الآن بحث 7 ميليارد تومان است اگر قرار است خط امام رعايت ‌شود بايد كساني كه از بيت‌المال سو‌ء استفاده مي‌كنند، معرفي شوند مگر آقاي احمدی‌نژاد ده‌ها بار نگفتند كه اسامي مفسدان اقتصادي را مطرح مي‌كنند، گفته مي‌شود 100 بدهكار عمده بانكي داريم، اسامي را مشخص كنيد. آقاي احمدي‌نژاد گفتند كه در كشور اين مقدار شغل ايجاد مي‌كنيم كه مردم انتخاب كنند ولي اين تحقق نمي‌يابد. من دولت دهم را قانوني می‌دانم من دولت دهم را قانوني می‌دانم در مورد ضرورت مرزبندي افراد با دشمنان نظام، من منکر جريان سازمان‌یافته ضدانقلاب نيستم. عملکرد اينها با ذات انقلاب اسلامي مخالف است. اينها فرصت گير آوردند که عقده‌های خود را خالي کنند اما معتقدم که می‌شد تدبير کرد و نبايد جو را امنيتي می‌کردیم و اينها را نبايد با مردم عادي يکي بدانيم. انتقاد از موسوی و کروبی كواكبيان در واكنش به اقدامات فتنه‌گران برای تظاهرات 25 بهمن 1389 كه با همراهی دشمنان داخلي و خارجي همراه و سپس مورد حمايت رژيم صهيونيستي و آمريكا قرار گرفتند، خطاب به سران‌ فتنه گفت: «آقاي موسوي و كروبي شما اشتباه كرديد كه فراخوان داديد. من به‌عمد نام آقاي موسوي و كروبي را مي‌آورم، چرا كه مي‌خواهم بگويم كه ما به‌عنوان نمايندگان فراكسيون اقليت مجلس و يا خط امام (ره) همان‌گونه كه سخنگوي فراكسيون اعلام كردند با اقدامات غیرقانونی مخالفيم.» شعار جمهوری ایرانی انحرافی است کواکبيان در مناظره با حسین شریعتمداری مدیر مسئول کیهان گفت:  من در جاهاي مختلف گفتم که شعار جمهوري ايراني و امثال اينها مانند نه غزه نه لبنان شعارهاي انحرافي است و بارها در روزنامه‌مان هم موضع‌گیری کرديم اما آقايان از روز اول خواستند که جريان معترض در انتخابات را با جريان اغتشاشات يکي کنند. وي با اشاره به حماسه بی‌نظیر 22 خرداد اضافه کرد: «اگر از اول می‌آمدند همه آنها را يکي نمی‌کردند به اينجا نمی‌رسید. روز 25 خرداد بيش از 2 ميليون نفر از ميدان انقلاب تا ميدان آزادي بدون دادن شعار راهپيمايي کردند اما گفتيم همه وابسته به آمريکا و اسرائيل و فتنه است. آن کسي هم که می‌گوید نه غزه نه لبنان، به خاطر لج بازي با فرد است و حساب اينها با مثلاً انجمن پادشاهي که می‌گوید ما ترور کرديم، جداست.» ولایت اصل است كساني كه به اصل ولايت توهين كنند جزو 40 ميليون نفري نبودند كه رأي دادند. آنها نظام را قبول ندارند و در اقلیت‌اند. من حاضر هستم ثابت كنم چراغ سبزي كه اين دولت به آمريكا نشان داده بي‌سابقه است، حداقل سه نامه نوشته، نامه‌اي كه جواب نمي‌دهند آنها مي‌خواهند سر به تن جمهوري اسلامي نباشد چه چپ و چه راست باشد آنها هر كس دم از اسلام بزند با او مخالف هستند. بايد ببينم آمريكا مي‌خواهد نظام با پشتوانه عظيم مردم باشد يا فاصله با مردم داشته باشد؟ هركس شكاف در بين مردم ايجاد مي‌كند از آمريكاست فرقي نمي‌كند از اصلاح‌طلبان يا اصولگراها باشد.  

کواکبیان از اصلاح‌طلبانی است که به میراث امام راحل در یکی دانستن حوزه‌های دین و سیاست مصر است، وی در این رابطه گفته است: در بحث اسلاميت نظام، جمهوري نظام و برخورد با مسائل سياست خارجه و بين‌المللي نكاتي را امام خميني (ره) به ارمغان گذاشتند كه اين مجموعه مي‌تواند خط امام را شكل دهد. در بحث اسلاميت نظام قطع يقين كساني كه سكولاريسم را تبليغ مي‌كنند و مبلغ جدايي دين و سياست باشند، خط امامي نيستند، زيرا امام به شدت طرفدار باهم بودن دين و سياست بودند و اين دو مقوله را تفكيك‌ناپذير مي‌دانستند و نكته ديگر اينكه، مقررات شرعي و الهي بايد در حكومت ديني جاري و ساري باشد و تخلف از قوانين شرعيت مي‌تواند تخلف از خط امام باشد، بنابراين بايد به اين امر عمل كنيم. درباره نظريه ولايت مطلقه فقيه، امام خميني (ره) اين نظريه را مطرح كردند و نظريه‌پردازي خاص امام (ره) است كه سه تفسير از اين نظريه ولايت مطلقه فقيه وجود دارد كه يك نظريه، نظريه انتصابيون است كه به رأي مردم اعتقاد نداشته و مشروعيت بخش نظام نمي‌دانند، يك نظر مربوط به انتخابيون است كه در نقطه مقابل انتصابيون است بر اساس اين نظر تا مردم رأي ندهند كسي ولي‌فقيه نمي‌شود و نظر ديگر مشروعيت دوگانه است يعني مشروعيت الهي و مشروعيت مردم است كه اثبات مي‌كنيم نظر امام مشروعيت الهي و مردمي است و تا مردم مصداق را تعيين نكنند نمي‌توانيم بگوييم ديدگاه امام را عمل كرديم. در بحث جمهوريت نظام، بحث آزادي از نكات محوري ديدگاه امام است، البته آزادي از همه شاخص‌هاي اجتماعي و فردي گرفته تا آزادي سياسي است كه سه شاخص معروف آن بيان و مطبوعات، احزاب و جمعيت‌ها و اجتماعات و ميتينگ‌هاي سياسي است كه امام مطرح مي‌كنند. مردم‌سالاری دینی: این عضو ائتلاف اصلاح‌طلبان، مردم‌سالاری دینی را تأیید و می‌افزاید: امام در بحث مردم‌سالاري ذره‌اي زاويه با مردم‌سالاري ندارد و مردم‌سالاري در چارچوب اسلاميت نظام، امام خميني (ره) مي‌فرمودند دموكراسي در ذات اسلامي مندرج است و دموكراسي ما بالاتر از غرب است و عده‌‌اي كه امروزه اسلام را با ضديت دموكراسي بدانند قطع يقين خط امامي نيستند، هر كسي مي‌خواهد باشد. اين دو مقوله باهم هستند، يك عده پشت ارزش‌هاي اسلامي به مردم حمله كرده و اينها به همان اندازه مقصر در تخطي از خط امام هستند كه كساني پشت آزادي سنگر گرفته و بخواهند به ارزش‌هاي ديني و اسلامي اهانت كنند. اگر كسي بگويد اسلام با دموكراسي جور درنمي‌آيد آنها منظورشان اين است كه اسلام مشكل دارد، امام اين دو مقوله را جمع كردند و هنر امام اين بود كه ما دموكراسي ديني را بتوانيم تصور كنيم، در آن عدالت، آزادي، حقوق بشر، كرامت انسان و معنويت رعايت شود. استقلال نكته ديگري بود كه امام خميني (ره) بر آن تكيه داشتند، مفهوم اين بود هيچ قدرتي نمي‌تواند حق تعيين سرنوشت را از مردم بگيرد و بخواهد به آنها چيزي را تحميل كند، اين ملت‌ها هستند كه بايد سرنوشت خود را به‌دست بگيرند. مفهوم سخن امام اين نبود با همه كشورها قطع ارتباط كنيم و سر جنگ با همه قدرت‌ها داشته باشيم، بحث اين بود مردم آزاد هستند تعيين سرنوشت كنند و حكومت با رضايت مردم شكل گيرد، البته استكبارستيزي نكته مهمي است كه بايد توجه كرد همان طور كه ملت‌ها آزادند تعيين سرنوشت داشته باشند قدرت‌ها ظالم آزاد نيستند كه بر ملت‌ها چيزي را تحميل كنند و استكبارستيزي از نكات محوري ديدگاه امام است. آن كساني مصادق امور هستند با كساني كه خارج دولت هستند، تفاوت دارند، يعني علاوه بر اينكه بايد پاسداشت خط امام را داشته باشد بايد در عمل رعايت كنند، مهم عملکردها است كه چه قدر مطابق با خط امام است و روح امام را در اين مسير با عزت و احترام  حفظ و ادامه داديم. 

پس از سخنان رهبر معظم انقلاب در مورد امکان اصلاح سیستم اداره کشور، مباحثی در زمینه پارلمانی یا ریاستی بودن نظام پیش می‌آید. کواکبیان نیز در این زمینه نظراتش را اعلام کرده است: اگر نظام پارلمانی با همه پیش‌شرط های ضروری شکل بگیرد بدون شک بهتر از نظام ریاستی است. با اطلاعی که بنده کسب کرده‌ام نظام پارلمانی هیچ ارتباطی با تحولات منطقه ندارد البته باید به نکته‌ای اشاره کرد و آن نکته نحوه ارتباط روسای جمهور با رهبر معظم انقلاب اسلامی است. در دوره‌های مختلف یعنی دوران سازندگی، اصلاحات و در دوره فعلی روسای جمهور با رهبر معظم انقلاب با مشکلاتی مواجه می‌شدند که این مشکلات بیشتر کاری بود اما در نظام پارلمانی رئیس‌جمهور از سوی خود پارلمان انتخاب می‌شود.  

نماینده دوره هشتم مجلس شورای اسلامی در پرونده اختلاس سه هزار ميلياردي مجلس را بی‌تقصیر نمي‌داند و می‌افزاید: اگر مجلس از حقوق نظارتي خود كوتاه نمي‌آمد شاهد چنين پرونده‌اي نبوديم. با بركناري چند مدير از سيستم بانكي چنين موضوع‌هایی اصلاح نمی‌شود چرا كه با وجود حضور مديراني كه در خدمت «نوكيسه‌گان» هستند، باز هم چنين پرونده‌اي را شاهد خواهيم بود.  

مصطفی کواکبیان در محرم سال 91 با حضور در یکی از محافل عزاداری شهرستان ساری، اقدام به روضه‌خوانی و سخنرانی بر بالای منبر کرد. پس از این اتفاق محافل حوزوی از جمله جامعه روحانیت شهرستان ساری و بخش چهاردانگه، نسبت به منبرنشینی وی به عنوان یکی از سیاسیون غیرروحانی، واکنش نشان دادند. 

کواکبیان در جدیدترین موضع‌گیری‌های خود از طرفداران برقراری رابطه با ایالت متحده آمریکا است وی در این مورد معتقد است رابطه با آمریکا مشکلمان را نقد می‏کند. «تا زمانی که ما با آمریکا ارتباط برقرار نکنیم امکان ندارد که تحریم‌ها رفع شود، امکان رفع مشکلات انرژی و مسئله فلسطین وجود نخواهد داشت.» کواکبیان با طرح این سؤال که  چرا کشورهایی مانند هندوستان و پاکستان که دارای بمب اتمی هم هستند کسی با آنها کاری ندارد؟ خاطرنشان کرده است: مشکل سیاسی که ما به دلیل نبود ارتباط با آمریکا داریم سبب بروز مشکلاتی برای انرژی هسته‌ای ما شده است. دبیر کل حزب مردم‌سالاری با بیان اینکه ما در تمامی نقاط دنیا با آمریکا مشکل داریم، یادآورشده است: یکی از راه‌های این مشکل برقراری دیپلماسی و مذاکره است که با توجه به شرایط متعدد می‌بایست با حفظ کرامت، عزت و مصلحت این کار صورت گیرد. کواکبیان مذاکره با آمریکا را در شرایط کنونی ضروری خوانده و خاطرنشان کرده است: معتقدم هر دولتی که قصد مذاکره با آمریکا دارد باید مورد حمایت قرار گیرد اما از تمامی استعدادها و نیروهای انسانی متخصص از هر طیف و گروهی بهره ببرد.  

مصطفی کواکبیان، دبیرکل حزب مردم سالاری به عنوان گزینه این تشکل سیاسی در تاریخ 1392/2/17 (روز اول ثبت نام کاندیداها) در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم ثبت نام کرد اما از سوی شورای نگهبان احراز صلاحیت نشد.کواکبیان نام دولتش را «دولت اخلاق» و شعارش را «زنده باد اصلاح طلب» با رنگ انتخاباتی سبز معرفی کرد. وی  در مورد عنوان «دولت اخلاق» گفت: واژه اخلاق مخفف پنج برنامه اصلی ما شامل الف؛ اقتصاد پیشرفته، خ؛ خدمت بی شائبه، ل؛ لغو تحریمهای بین المللی، الف؛ اصلاحات همه جانبه و ق؛ قانونمداری مقتدرانه است.این کاندیدای ریاست جمهوری بیش از این بیان داشته بود که در صورت کاندیداتوری خاتمی و هاشمی از انتخابات کناره گیری می کند اما در عین حال بارها تأکید کرد که خاتمی و هاشمی نمی آیند. 

مناظره عملکرد مطبوعات در ایران در شهریور سال 92 با حضور سید نظام‌الدین موسوی مدیرعامل خبرگزاری فارس، مصطفی کواکبیان مدیرمسئول روزنامه مردم‌سالاری، سیدمحمد صفی‌زاده مدیر مسئول روزنامه ابرار، محمدکاظم انبارلویی و محمدرضا راه‌چمنی از شبکه یک سیما پخش شد. در این مناظره مصطفی کواکبیان، دبیر انجمن روزنامه‌های غیردولتی کشور، سخنان خود را با یادو خاطره شهدای دولت بویژه شهیدان رجایی و باهنر آغاز کرد. محکومیت حمله به سوریه و برخود نامناسب با مطبوعات: کواکبیان با بیان اینکه ما تنها حزبی هستیم که هر روز کرکره‌مان بالاست و روزنامه خودمان را داریم به چند مشکل موجود در حوزه مطبوعات اشاره کرد. وی عدم وجود قانون جامع برای مطبوعات و خطوط قرمز توهمی و سلیقه‌ای که به ادعای او موجب تعطیلی فله ای مطبوعات می‏شود را از جمله مشکلات موجود دانست و با بیان اینکه ما همانطور که غرب و حمله به سوریه را محکوم میکنیم برخود نامناسب با مطبوعات از جمله ندادن مساوی امکانات به مطبوعات را محکوم کرد.وی در اینباره اظهار داشت: اکثر مطبوعات فعلی دولتی هستند و در این بین مطبوعات غیردولتی امکان رقابت ندارند و همین وابستگی دولتی به نهادهای حکومتی و پول‌هایی که از این طریق می‌گیرند مشکلات زیادی را برای مطبوعات غیردولتی ایجاد کرده است.کواکبیان عدم پاسخگویی مسئولان به اهالی مطبوعات و مواجهه نشدن با خبرنگاران داخلی، کمبود کاغذ و کاهش تیراژ، خودسانسوری و بداخلاقی در مطبوعات را مشکل جدی دیگر در این عرصه معرفی کرد.