دادستان انقلاب اسلامی خوزستان، بندرعباس، کرمانشاه و مشهد از سال 1358 ‪تا 1365دادستان انقلاب نظامی در مناطق غرب کشور در سال 1365رئیس اطلاعات خارجی وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی از سال 1369 تا 1378مشاور ریاست دفتر و مدیرگروه «سیاسی – اجتماعی» دفتر رهبری از سال 1381معاون و جانشین وزیر اطلاعات از سال 1366 تا 1378عضو هیأت مدیره جامعه الزهرا قم از سال 1366عضو و رئیس هیأت امناء مرکز اسناد انقلاب اسلامی از سال 1375 عضو هیأت مؤسس حوزه علمیه مسجد سلیماناستاد دانشگاه امام صادق از سال 1379 وزیر کشور در دولت اول احمدی نژاد (پس از دو سال و نیم کنار گذاشته شد)ریاست سازمان باززسی کل کشور به حکم  آیت الله شاهرودی، رییس قوه قضائیهرئیس هیئت مؤسس مؤسسه آموزش عالی طلوع مهر از سال 1390 

عضو مؤسس حوزه علمیه مسجد سلیمان عضو هیأت مدیره جامعة الزهرا (حوزه علمیه خواهران – قم) عضو هیأت امناء مرکز اسناد انقلاب اسلامی مدرس علوم سیاسی دانشگاه امام صادق (ع)  

از کارهای علمی وی می‌توان به تألیف دو جلد کتاب در رابطه با حقوق سیاسی، مبانی نظری اندیشه سیاسی در اسلام و مباحث سیاسی و اجتماعی، نگارش مقالات علمی پیرامون حق، مبانی نظری حکومت دینی، نظارت، ارتداد و سیاست خارجی، و تدریس دروس حقوق سیاسی، فقه سیاسی و اندیشه سیاسی اشاره کرد. 

پورمحمدی ریاست اطلاعات خارجی وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی را از سال 1369 تا 1378 بر عهده داشت .  پورمحمدی بعد از آن که دری نجف آبادی از وزارت اطلاعات رفت از این وزارتخانه خارج شد، وی در این زمینه می گوید :« اقای خاتمی و دوستان‌شان گفته بودند که فلانی نباید باشد. البته آقای خاتمی سعی می‌کرد همیشه به من ابراز محبت کند و به عنوان فردی که منطقی هستم و نسبت به او با صداقت و امانت عمل کردم برخورد کند و در گفت‌وگو و صحبت‌ها هم این مطالب را ابراز می‌کرد. حتی بعد از آن هم در جاهای مختلف گفته بود که فلانی در مواقع مختلف باید کمک کند که من گفتم وقتی فضای بی‌اعتمادی هست دلیلی ندارد من بخواهم ادامه بدهم، چه آنجا به‌جای دیگر.»   

مصطفی پور محمدی در تاریخ 23 مرداد 1384 از سوی محمود احمدی‌نژاد رئیس جمهور وقت برای تصدی وزارت کشور به مجلس معرفی و در اردیبهشت 1387 از این مقام برکنار شد.   عزل از وزارت کشور: اولین وزیر کشور دولت آقای احمدی نژاد که در آغاز واپسین سال دولت نهم عزل شد در گفت و گو با خبرآنلاین درباره 46 روزی که از تاریخ اعلام تا برکناری اش وزیر کشور بود سخن گفت. حجت الاسلام والمسلمین مصطفی پورمحمدی که پس از آن رئیس سازمان بازرسی کل کشور شد در گفت و گویی تفصیلی درباره فرایند عزلش از وزارت کشور در دوره انتخابات مجلس هشتم گفت: «دقیقاً روز 14 فروردین 1387 آقای رئیس جمهور در یک ملاقات گفتند تو دیگر وزیر نیستی!»  وی با اشاره به اینکه در ایام تعطیلات نوروز خبر برکناری ام را شنیده بودم ولی باور نکردم گفت: «روز سیزده فروردین من شمال بودم، از دفتر رئیس‌جمهور به من زنگ زدند که ساعت 10 صبح فردا یعنی چهاردهم ملاقات داری. صبح رفتم دیدن آقای رئیس‌جمهور، آقای رئیس‌جمهور گفتند کجا بودی ؟ خوش گذشته؟  انتخابات چه شد؟… یک مقدار شرح دادم مسائل و مشکلات  را و نیم ساعت گپ‌های عمومی بود. بعد گفتند که خب به هر حال زحمت کشیدی و کار کردی و…  من تصمیم دارم یک جابه‌جایی انجام بدهم در وزارت کشور. گفتم تصمیم با شماست، اگر کسی تعیین کردید به من بگویید که کمکش کنم. برنامه برایش بنویسم. اگربرای گرفتن رأی اعتماد در مجلس مشکل دارد بروم مجلس هر کاری که از دستم بر بیاید انجام بدهم. گفت نه من کسی را تعیین نکردم.»   چاهی کندند که خودشان در آن افتادند! مصطفی پورمحمدی با بیان اینکه روز 15 فروردین قرار بود جلسه استانداران با رئیس جمهور برگزار شود اظهارداشت: «به آقای رئیس جمهور گفتم فردا جلسه مشترک هیئت دولت و استانداران را داریم. آنجا می‌خواهید چیزی بروز داده شود یا نه؟ ایشان گفتند نه! کسی نفهمد. بگذار جلسه‌مان عادی برگزار شود. روز بعد در جلسه استانداران جدی‌تر از گذشته برخورد کردم تا اگر فردی حدسی زده، رد گم کند. آقای رئیس‌جمهور هم فهمید که من دارم جدی‌تر عمل می‌کنم .ایشان هم پا داد. جلسه خیلی جدی پیش رفت. یعنی هر کس آن جلسه را دید هر چه هم بهش می‌گفتند پور‌محمدی عزل شدنی است و می‌خواهد برکنار شود می‌گفت امکان ندارد. یعنی  جلسه نشان داد پور‌محمدی خیلی محکم است و سر پستش ایستاده و اگر به او گفته بودند برکنار می‌شود این قدر جدی برخورد نمی‌کرد.» وزیر پیشین کشور با بیان اینکه تلاش کردم که این حدس را نه وزرا بزنند و نه استاندار‌ها گفت: «جمعیت را می‌پاییدم ببینم کی حس دیگری دارد؟ یک نفر را در جمعیت پیدا کردم که حس دیگری داشت و من را می‌پایید و همه اش هم به من خیره شده بود. از نزدیکان رئیس‌جمهور بود که حدس می‌زدم او باید خبر داشته باشد. وقتی دیدم این فرد روی من متمرکز است، حدس زدم باید خبردار باشد و حدس من هم درست بود. جلسه تمام شد. فردا در سایتی نوشتند که پور‌محمدی جابه‌جا می‌شود. من به آن آقا زنگ زدم گفتم برای من که فرقی نمی‌کند جابه‌جا شوم یا نشوم، به آقای رئیس‌جمهور هم گفتم و قرار شد به کسی چیزی نگوییم تا در یک شرایط مناسب یک نفر مشخص شود. چرا کشور را متزلزل می‌کنید! من دارم برای برگزاری دور دوم انتخابات آماده می‌شوم. که او گفت من خبر ندارم، و از این حرف‌ها. گفتم این را من بی‌معرفتی و خلاف مروت می‌دانم. دور از انصاف می‌دانم که به من می‌گویند  کسی نفهمد و من طبق این قرار عمل می‌کنم  اما شما می‌آیید لو می‌دهید. البته این چاهی را که کندند دوستان خودشان در آن افتادند.»   دروغ سیزده: پورمحمدی درباره اینکه سخنگوی دولت در اولین جلسه اش در سال نو عزل شما را دروغ سیزده خوانده بود گفت: «چون آقای الهام جلسه با استانداران را دیده بود باور نمی‌کرد چنین اتفاقی افتاده باشد. یعنی اگر خبر هم داشت می‌گفت صحت نداشته و ‌گفت دروغ سیزده است. پس از این، مدام خبرنگاران می‌رفتند سراغ این آقایان مثلاً من یادم هست با آقای ثمره یا آقای مشایی و آقای داوودی مصاحبه می‌کردند. چند روز یک باری می‌گفتند بله حتماً پور‌محمدی جابه‌جا می‌شود. به آقایان گفتم نگران هستید که من دوباره تثبیت بشوم ؟چرا هر هفته هر کدامتان می‌آیید مانور می‌کنید و می‌گویید پور‌محمدی عزل می‌شود؟ ‌گفتند این‌طور نیست! وخبرنگاران از ما سؤال می‌کنند. من به شوخی و جدی می‌گفتم من رفتنی هستم نگران نباشید که ماندگار شوم. گفتم من الآن وزیر کشور این مملکت هستم خوب نیست، زشت است که هر هفته کسی بیاید و بگوید این عزل می‌شود.»   دوبار رهبری نگذاشت از وزارت کشور عزل شوم: مصطفی پورمحمدی در جمع طلاب و فضلای کرمانی مقیم قم، در محل سالن اجتماعات دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم در پاسخ به سؤالی مبنی بر اینکه مگر مشکل بین شما و احمدی‌نژاد چه بود که حضرت آقا وارد عمل شد؟ گفت: «اولین بار که به من گفتند از وزارت کشور استعفا بده، ده ماه از عمر مسئولیت من در وزارت کشور گذشته بود که پاسخ دادم اینکه شخصا استعفا دهم برای من بد است، استعفا دهم چون می‌گویند مگر ناموفق بودی که من نبودم. گفتم با این حال شما دو خط بنویس که نباش، من نیستم؛ گفتم برای من بد است که از مسئولیت فرار کنم، مگر اینکه آقا بفرماید؛ در آنجا زنگ زدم خدمت مقام معظم رهبری و عرض کردم داستان این طور شد، که ایشان گفتند محکم سر جایت بمان و به هیچ کس هم هیچ نگو، به همین دلیل این موضوع را حتی به معاونین و خانواده و بستگانم نیز نگفتم و در جای خود ایستادیم، بار دومی که می‌خواستند مرا بردارند، خودم نمی‌دانستم اما آقا نگذاشتند، اما دفعه سوم که موجب عزلم شود، قبل از اینکه بگویند و کسی متوجه شود این کار را انجام دادند و آقا نیز، دیگر کاری نکردند.»  

حجت الاسلام پورمحمدی در سال 1387 به حكم آیت الله هاشمی شاهرودی رئیس وقت قوه قضاییه به سمت ریاست سازمان بازرسی كل كشور منصوب شد. در همین ایام، دولت احمدی نژاد از پورمحمدی، به دادگاه شکایت کرد. علت شکایت از مصطفی پورمحمدی رئیس سازمان بازرسی «ارائه آمار غیر واقعی از سوی وی در باره عملکرد دولت نهم» بود. بر اساس این گزارش، آقای پور محمدی در گفتگو با شبکه اول سیما، با ارائه آماری غلط، عملکرد دولت در زمینه های گوناگون از جمله برنامه ها و اقدامات اقتصادی را زیر سؤال برد و با این اظهارات زمینه هجمه منتقدان و مخالفان علیه دولت را فراهم کرده است. شکایت دولت از آقای پورمحمدی در حالی صورت گرفت که وی بر اساس اصل 174 قانون اساسی، به عنوان رئیس سازمان بازرسی به نمایندگی از قوه قضائیه، نظارت بر حسن انجام امور و اجرای صحیح قوانین را بر عهده دارد.  

حجت الاسلام پورمحمدی در كشف پرونده های جنجالی، از جمله رو شدن فساد بزرگ مالی 3 هزار میلیاردی و اختلاس بیمه ایران نقش مؤثری ایفا كرد.اتهام رحیمی: معاون اول رئیس‌جمهور در شهریور ماه سال 91 در جشنواره تعاونی‌های برتر کشور جمله‌ای بر زبان آورد كه واكنش‌ها و اظهار نظرهای مختلفی را برانگیخته است. او در سخنانش به یكی از وزیران سابق اشاره كرد و گفت: «این شخص زمانی که در دولت مشغول بکار بود و پیش از آن‌که از دولت طرد شود، حدود 21 میلیارد تومان را که با سود متعلق به آن به بیش از 30 میلیارد تومان بالغ می‌شود، به‌طور غیرقانونی از وزارتخانه خارج و تاکنون که 4 سال از آن تاریخ می‌گذرد، عودت نداده است.» پاسخ پور محمدی: رحیمی در این سخنان نامی از وزیر مورد نظرش نبرد، اما این مصطفی پورمحمدی بود كه بلافاصله واكنش نشان داد و در گفت‌وگو با خبرگزاری‌ مهر در پاسخ به اظهارات معاون اول رئیس جمهور، با اشاره به اینکه چرا وقتی چنین اتهامی را اعلام می کنند آن را علنی نمی کنند تا ما نیز بتوانیم به آن پاسخگو باشیم گفت: «چنین پولی از وزارت کشور خارج نشده بلکه به‌عنوان وام در اختیار کارکنان این وزارتخانه قرار گرفته است. در زمانی که مسئولیت وزارت کشور را بر عهده داشتم به بیش از 3 هزار نفر از کارکنان این وزارت خانه وام پرداخت کردم که وام گیرندگان باید طی یک دوره زمانی آن را برگشت می دادند. بعد از اینکه وزارت کشور را رها کردم، وزیر بعدی باید در جهت بازپس گیری آن اقدام می کرده است. بنده سه ماه بعد از پرداخت این وام به کارکنان و کارمندان وزارت خانه را ترک کردم و مسئولان بعدی باید پاسخگو باشند.»وی با ابراز تأسف از حضور حاشیه سازان در دولت تاکید کرد: «در زمان حضورم در دولت ما همیشه یار دولت بودیم نه بار دولت، اینکه می گویند اخراجی ها، خودم هم آن را درک نمی کنم.» واکنش روزنامه ایران به سخنان پورمحمدی: فردای انتشار این سخن روزنامه دولتی «ایران» در گزارشی به اظهارات پورمحمدی واکنش نشان داد و نوشت: «ادعای وزیر اسبق کشور مبنی بر اینکه موارد مطرح شده از سوی این مقام ارشد دولتی مربوط به پرداخت وام به بیش از سه هزار نفر از کارکنان این وزارتخانه است و مسئولان بعدی باید آن را بازپس‌گیری می‌کردند در حالی است که بر اساس اطلاعات به دست آمده، آقای پورمحمدی با تغافل آشکار، موضوع را از مجرای اصلی خود خارج کرده است.» این روزنامه سپس اتهامات تازه‌ای را به وزیر کشور سابق نسبت داد. شکایت پورمحمدی: اما پس از انتشار گزارش روزنامه ایران و اتهام‌زنی‌های این رسانه دولتی بود که سازمان بازرسی کل کشور طی بیانیه‌ای اعلام کرد پورمحمدی از این مقام ارشد دولتی و روزنامه ایران به دلیل آنچه «افترازنی» و «نشر اکاذیب» اعلام شد به محاکم قضایی شکایت کرده است.  

مصطفی پورمحمدی  دی ماه سال 91 در جمع طلاب حوزه علمیه مروی در محل مسجد مروی تهران با اشاره به این نكته كه همیشه باید در برابر فتنه‌ها هوشیار بود گفت: «تجربه سال 1388 به ما نشان داد كه تنها با نخبگان حكومتی و یا ابزارهای حاكمیتی نمی‌توان به جنگ تمام عیار با فتنه رفت، بلكه در این كارزار باید به آحاد مردم توجه نشان داد و عموم شهروندان را در برابر خطرات فتنه آگاه كرد و آن‌ها را در صحنه فعال ساخت.» تجمع غیرقانونی 25 بهمن 89: رئیس سازمان بازرسی كل كشور با اشاره به تجمع غیرقانونی 25 بهمن ادامه داد: «ادعای حمایت از حركت مردم مصر و تونس از طرف این آقایان برای مردم قابل باور نیست. چگونه می‌توان با تبلیغات و تشویق غرب و در راه تأمین منافع غرب، تجمع غیرقانونی به راه انداخت و در آن از به خطر افتادن منافع غرب در مصر و تونس حمایت به عمل آورد؟ مسلم است كه شما در مسیر منافع دشمن و برای جلوگیری از صدور پیام انقلاب اسلامی به كشورهای منطقه دست به این اقدام زدید» وی در جمع بندی نهایی خود در این بحث بار دیگر تأكید كرد كه امروز با فتنه مواجه نیستیم، بلكه با ضدیت نسبت به انقلاب و مخالفت با ارزش‌های اسلامی روبرو هستیم. توصیه به هاشمی: آقای هاشمی رفسنجانی همشهری ماست، می‌دانید خانواده هاشمی و خانواده پورمحمدی، در کرمان با هم رقیب هستیم، ما شناخته می‌شویم به ولایی بودن، و آن‌ها نیز به گونه‌ای دیگر شناخته می‌شوند، البته آن‌ها نه اینکه ولایی نباشند، اما به گونه‌ای خاص شناخته می‌شوند. معتقدم آقای هاشمی رفسنجانی به عنوان نیروی انقلاب، رئیس جمهور، فرمانده جنگ و... خدماتی را به کشور داشته و ما نیز در دولت آقای هاشمی می‌دویدیم و ایشان هم خیلی جا‌ها از ما حمایت می‌کردند، عقیده دارم آقای هاشمی سرمایه‌ای برای انقلاب بودند و باید این سرمایه از کف انقلاب نرود و البته در برابر انقلاب نایستد. این مسئله مهمی است، البته انتقاد سر جایش و ما می‌توانیم انتقاد داشته باشیم و می‌توانیم نظر کسی را قبول نکنیم، اما دلیل ندارد به کسی بی‌احترامی و هتاکی کنیم، یعنی کاری نکنیم جبهه انقلاب شقه شقه شده و سرمایه‌های انقلاب در مقابل هم بایستند که این وضعیت هزینه‌اش بسیار سنگین است، باید به رهبر نگاه کرده و سرمایه‌های نظام را حفظ کنیم. در سیلی خوردن برای انقلاب شناسنامه دار هستم: پور محمدی در پاسخ به سؤالی مبنی بر اینکه نقش شما در فتنه 88 چه بود؟ گفت: «این گونه سؤال کردن خوب نیست، خیلی‌ها در انقلاب چوب خورده و سیلی خوردند، اما من در سیلی خوردن برای انقلاب شناسنامه دار هستم. 33 سال در انقلاب سرباز بودم و دویدم و انشاالله این سربازی بماند، خوشبختانه در هر روز که در انقلاب بودم، پرونده دارم و در جایی ثبت شده است، در سایت‌های ضد انقلاب هم هزاران صفحه علیه من مطلب دارند و این گونه حرف زدن دون شأن بنده است. البته اگر بپرسند در فتنه 88 چه کردید؟ بهتر است، ما در فتنه 88 مسئول تدبیر کار‌ها بودیم، و جدی هم ایستادیم، بعضی‌ها وظیفه‌شان سخنرانی کردن بود، اما چون ما در دستگاه قضایی بودیم، نباید خیلی حرف می‌زدیم تا بگویند شما از قبل حکم پرونده‌ها را دادید، سعی کردیم کارمان را جدی انجام دهیم.» پاسخ پورمحمدی به اتهام سکوت در دوران فتنه: پورمحمدی در پاسخ به این سؤال که شما در جریان فتنه سال 88 نیز جزو کسانی بودید که به نوعی سکوت کردید می گوید: «من اولین کسی بودم که پیش از نماز جمعه مقام معظم رهبری به میرحسین موسوی نامه نوشتم و در آن نامه خطاب به او گفتم که کاری که در پیش گرفته است درست نیست و اگر گلایه‌ای دارد باید آن را در مسیر قانونی به جریان بیندازد. در همان زمانها روزی در دفتر کارم دود غلیظی مشاهده کردم که پس از پرس و جو فهمیدم اتوبوسی در خیابان مطهری به آتش کشیده شده است. همان زمان با آقای مهندس موسوی تماس گرفتم و گفتم کارهایی که دارد به اسم گلایه از نتیجه انتخابات انجام می‌شود کارهایی غیر قانونی که کشور را به سمت و سوی بدی می‌برد و باعث به بهره‌برداری سیاسی می‌شود. حضرت آقا یک و نیم سال پس از فتنه به جذب حداکثری اشاره کرده است و حالا اگر ما تلاش کردیم این موضوع به حقیقت بپیوندد باید مماشات شویم.  مشکلات با مشت در کف خیابان حل نمی‌شود: من آدم ترسویی نیستم زیرا سابقه 34 ساله مدیریتی دارم و سابقه‌ام هم مشخص است اما باید کاری کرد که کشور با کمترین تنش و هزینه راهش را طی کند. شما فکر می‌کنید تمام مشکلات با مشت آن هم در کف خیابان حل می‌شود و شما نیازی نیست هیچ هزینه‌ای بپردازید؟ از همان روز اول فتنه، مشغول رفع معضلات به وجود آمده بودیم و در دستگاه قضایی تلاش می‌کردیم تا هر چه سریعتر وضعیت پرونده‌هایی که به واسطه دستگیری افراد مفتوح شده به نتیجه برسد آن وقت درست است که به خاطر اینکه ما در جلوی دوربین نبودیم به سکوت متهم شویم. من کسی بودم که روز و شب برای گذر از آن دوره سخت فعالیت کردم حال آنکه به دلیل آنکه همچون فلان آقا نیامدم در جلوی دوربین و هر روز مصاحبه نکردم و شعار ندادم به سکوت محکومم کنید؟ هر چند ایرادی ندارد شما جوان هستید و زمان می‌برد که حقایق را تشخیص دهید. ولی به زودی دستگیرتان خواهد شد که چه کسی در آن ایام فقط شعار داد و مصاحبه کرد و چه کسی کار واقعی انجام داد. در جریان قائله‌ای که روز عاشورا رخ داد اولین کسی که نامه‌ای منتشر کرد و هشدار داد که این فتنه گران به دنبال موفقیت و اجرای پروژه کشته سازی هستند من بودم. حالا از آنجا که یک خرده حسابی میان بنده و مسئولان سازمان صدا و سیما وجود دارد برخی از کارهای ما آن گونه که انجام شد به مردم ارائه نشد هر چند که من قصد ندارم از این تریبون در جهت صاف کردن آن خرده حسابها استفاده کنم. من همه تلاشم را در آن سال‏ها انجام دادم تا کشور از فتنه عبور کند زیرا می‌دانستم که در طول سی و چند سال پس از انقلاب ما چوب بسیار بزرگی از ضدانقلاب و مخالفان نظام خوردیم و باید تلاش کنیم تا با تجربه و تدبیر کشور را از بحران خارج کنیم. 

مصطفی پور محمدی رییس سازمان بازرسی کل کشور و وزیر اسبق کشور یکی از کاندیدای مطرح برای انتخابات ریاست جمهوری یازدهم بود، ولی هیچ تشکلی به طور رسمی از وی حمایت نکرد. از طرف دیگر با وجود این که پور محمدی از احتمال حضور در انتخابات سخن گفته بود اما تصمیم قطعی خود را در این باره به آینده موکول کرده بود. رئیس سازمان بازرسی کل کشور آخر تابستان سال 1391 گفته بود: «اگر تقدیر الهی باشد و فضا ایجاب کند، به عنوان سرباز ولایت کاندیدای انتخابات ریاست جمهوری خواهم شد.» به گزارش خبرنگار نیمروز نزدیكان مصطفی پورمحمدی، رئیس سازمان بازرسی كل كشور و مسئول كمیته سیاسی جامعه روحانیت مبارز، سایتی تحت عنوان نامه نیوز را برای پیگیری فعالیت های انتخاباتی پورمحمدی راه اندازی كردند. رئیس سازمان بازرسی كل كشور نیز در واكنش به سؤالی مبنی بر نامزدیش درانتخابات ریاست جمهوری یازدهم گفته بود: «حضور خود را در انتخابات نفی نمی‌كنم، ولی در زمان مشخص باید تصمیم به بلوغ برسد تا قابل انتشار شود. هم‌چنین شرایط اجتماعی هم باید برای اعلام حضور مناسب باشد، اما در حال حاضر زمان مناسبی نه برای تصمیم‌گیری است و نه شرایط اجتماعی، زمان پذیرش چنین تصمیماتی را دارد.» پورمحمدی در پاسخ به پرسشی مبنی بر اینكه اگر شما در انتخابات ریاست جمهوری كاندیدا شوید، آیا جامعه روحانیت از شما حمایت می‌كند؟ خاطرنشان كرده بود: « جامعه روحانیت به عنوان یك نهاد تاثیرگذار در حوزه‌ی اصولگرایی سعی دارد، نقش خود را به خوبی ایفا كند. اگر قرار باشد كاندیدای ریاست جمهوری شوم ،خوشحال خواهم شد كه نهادهای اصلی از من حمایت كنند.» همچنین وی در آن یام، سفرهای زیادی به استان های مختلف كشور داشته و در جمع دانشجویان و اقشار مختلف مردم به سخنرانی می پردازد كه شائبه انتخاباتی بودن فعالیت های زودهنگام را بیشتر كرده بود.   عضو ائتلاف پنچگانه و کناره گیری از کاندیداتوری: حجت الاسلام پورمحمدی در راستای حضور در انتخابات، عضو ائتلاف پنجگانه (2+3) شد. ائتلاف حداکثری اصولگریان بعد از ائتلاف برای پیشرفت تشکیل شد. این ائتلاف ابتدا با سه گزینه جبهه پیروان برای انتخابات ریاست جمهوری محمدرضا باهنر، منوچهر متکی و یحیی آل اسحاق تشکیل شد و سپس با پیوستن دو عضو جامعه روحانیت مبارز یعنی محمد حسن ابوترابی فرد و مصطفی پورمحمدی به یک ائتلاف 5 نفره تبدیل شد. اعضای این ائتلاف نیز با هم پیمان بستند که از میان آنان یک کاندیدای حداکثری انتخاب و به جامعه معرفی شود و سایر کاندیداها به نفع نامزد نهائی کنار روند. در نهایت براساس تصمیمی که در نشست ائتلاف گرفته شد "محمد حسن ابوترابی فرد" به عنوان خروجی ائتلاف اکثريت اصولگرايان (پنجگانه) معرفی شد و پور محمدی در انتخابات ثبت نام نکرد.  

به گفته حسن رحیمی مدیرکل روابط عمومی قوه‌قضاییه آیت الله صادق آملی لاریجانی رئیس قوه قضاییه، در اجرای اصل 160 قانون اساسی، حجت‌الاسلام مصطفی پورمحمدی را برای تصدی پست وزارت دادگستری (دولت یازدهم) به حجت الاسلام روحانی رئیس جمهور کشورمان پیشنهاد داده است در حالیکه تا پیش از این گزینه‌های دیگری چون بختیاری و حجت‌الاسلام منتظری از گزینه‌های پیشنهادی برای وزارت دادگستری بودند.در مراسم تحلیف حسن روحانی، مصطفی پورمحمدی در فهرست پیشنهادی اعضای کابینه به عنوان وزیر دادگستری به مجلس معرفی شد.  

صلاحیت حجت الاسلام پورمحمدی، وزیر پیشنهادی دادگستری در تاریخ 23 /5/ 1392 در مجلس بررسی و نظرات موافقان و مخالفان  مطرح شد. پس از آن وزیر پیشنهادی طی صحبت‌هایی از برنامه خود دفاع کرد. بررسی صلاحیت وزیر پیشنهادی دادگستری، با نطق محمود عزیزی نماینده شیروان به عنوان موافق تصدی این پست توسط حجت‌الاسلام پورمحمدی آغاز شد. وی مناصب اجرایی پورمحمدی در نظام را نشان‌ دهنده اعتماد به او دانست و با اشاره به سابقه کاری و خانوادگی، پورمحمدی، وی را مدیری همراه نظام و کارآمد خواند. کوچک‌زاده در مخالفت با وزیر پیشنهادی دادگستری، با اشاره به اینکه در زمان دولت احمدی‌نژاد هم به پورمحمدی رأی نداده‌ است از احتمال تغییر نظرش بعد از طرح مباحث گفت و در ادامه با اشاره به معاونت پورمحمدی در وزارت اطلاعات و حجم عظیم فعالیت اقتصادی در در زمان ایشان در آن وزارتخانه و تجمل گرایی برخی کارکنان، کارنامه پور محمدی را در مقابله با بی‌عدالتی مناسب ندید. در ادامه ابوترابی‌فرد، در موافقت با وزیر پیشنهادی دادگستری، پورمحمدی را فردی  باتجربه و کارآزموده‌ معرفی کرد که با توجه به  اشراف خوب به مسائل کشور، باعث افزایش کارایی کابینه خواهد شد. بخشایش نیز، در مخالفت با وزیر پیشنهادی دادگستری، با اشاره به تصدی وزارت کشور توسط پورمحمدی در دولت احمدی نژاد و ترک آن و همچنین قرادادی که در سال 90 با رقم دو میلیارد تومان بین او و معاونت اجرایی مجلس منعقد شد که پس از دریافت 500 میلیون تومان  آنرا رها کرد، وی را فردی ناآرام دانست که  محتوایی در برنامه ارائه شده اش برای وزارت دادگستری وجود ندارد. اما هاشمی در واکنش به اظهارات بخشایش، تخریب پورمحمدی را حاصل یک معامله سیاسی  نامید. زارع نیز در موافقت وی را دایرة‌المعارف مبارزه با فساد دانست و با اشاره به حمله  رسانه های معاند به ایشان، وی را سرباز نظام و ولایت معرفی کرد.   دفاعیات پرحرارت پور محمدی: مصطفی پورمحمدی در دفاعیات خود، با بیان اینکه مسئولیت‌های سختی که متوجه اوست به نوعی لطف است اظهار داشت که برای یکی از منتقدینش دو رکعت نماز خوانده است. وی همچنین به هجمه رسانه‌های خارجی علیه مطرح شدن وی در لیست وزرای پیشنهادی نیز پرداخت و با اشاره به سخنان احمد بخشایش اظهار داشت که پستش در دولت دهم را رها نکرده بلکه برکنارشده است.  پورمحمدی در مورد شائبه هایی که علیه او مطرح است اظهار داشت: «از رئیس قوه قضاییه خواستم که گزارش علیه من را منتشر کند. اما گفتند تو قاضی هستی اول باید تعلیق شوی وگرنه باید کتبأ بخواهی. کتبأ خواستم و نهایتا گفتند که جرمی نکرده ای.» و اتهامات وارده به خود را نتیجه عدالت خواهی اش دانست.  

نمایندگان در نشست علنی 1392/5/24 مجلس شورای اسلامی در پایان بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی رئیس جمهور با 201  رأی موافق، 64 رأی مخالف و 19 رأی ممتنع از مجموع 284 نماینده حاضر در صحن به مصطفی پورمحمدی وزیر پیشنهادی دادگستری رأی اعتماد دادند. 

اهم برنامه پورمحمدی برای وزارت دادگستری عبارت است از:افزایش هماهنگی و اتخاذ ساز و کارهای ناظر به ارتقا و استفاده از تمام ظرفیت های وزارت دادگستری در تحقق اهداف و مأموریت های موضوع فصل یازدهم قانون اساسی.شفاف سازی مسئولیت قانونی وزیر دادگستری و تمهید ساز و کار پاسخگویی مناسب، بهنگام و قانونی به مجلس شورای اسلامی، در اجرای اصل 160 قانون اساسی.ارتقاء نقش و عملکرد سازمان تعزیرات حکومتی به منظور تأمین سیاست های دولت و رفاه و معیشت مردم و گسترش عدالت اقتصادی.تقویت رویکرد تعاملی و ارتقاء مناسبات و همکاری های فرابخشی و بین بخشی در کلیه مسایل مربوط به روابط قوه قضاییه با قوه مجریه و قوه مقننه و تسهیل در ارتباطات و رفع تعارضات اجرایی و ایجاد و افزایش همگرایی و هم افزایی فعالیت های قانونی.تعمیق و ارتقاء راهبری های قانونی در فرآیند تدوین خط مشی های اجرایی و وضع موازین و مقررات و ساماندهی موثر و کاربردی قوانین و مقررات موضوعه در فعالیت های ناظر به مسئولیت های وزارت دادگستری.تبیین، تعمیق و ارتقاء جایگاه و حیثیت نظام دادرسی، حقوق اساسی و شهروندی در دادگستری جمهوری اسلامی ایران و شفاف سازی رویکردها و پیرایه زدایی رفتارها در عرصه بین المللی.اتخاذ ساز و کارهای مناسب برای انجام بهینه، مؤثر و هدفمند وظایف مقرر در اصل 160 قانون اساسی