حسین رجوی و همسرش راضیه جلالیان – پدر و مادر مسعود – اهل مشهد بودند پدر مسعود رجوی از کارمندان رده‌بالای ثبت اسناد بود و به عنوان رئیس ثبت در شهرهای مختلفی خدمت می‌کرد؛ بدین ترتیب هر یک از فرزندانش در شهری به دنیا آمده‌اند و در شهری دیگر تحصیل‌کرده‌اند. وی از اوایل دهه 1330 در مشهد ساکن و مقیم شد و یک دفتر اسناد رسمی به راه انداخت؛ پدر مسعود رجوی از وضعیت مالی مرفهی برخوردار بود و از این جهت توانست فرزندان خود را برای ادامه تحصیل به خارج از کشور بفرستد.  این خانواده گرایش مذهبی متوسطی داشتند؛ هرگز سیاسی نبودند؛ و با عامه مردم و نیز باکسانی که سوابق مبارزاتی داشته و شناخته‌شده بودند، معاشرت نمی‌کردند.خانواده مسعود رجوی خانواده  مسعود رجوی گرایش مذهبی متوسطی داشتند؛ هرگز سیاسی نبودند و با عامه مردم و نیز باکسانی که سوابق مبارزاتی داشته و شناخته‌شده بودند، معاشرت نمی‌کردند.    پدر و مادر مسعود: پدرش چندان هم انسان درستکاری نبود و برای بسیاری از پرونده‌ها رشوه می‌گرفت تا کار آن‌ها را راه بیندازد، حسین رجوی به یکی از دوستان و آشنایان خود می‌گوید: چون می‌خواهم حق به حق دار برسد و حقوق مردم احیاء شود از آنان رشوه می‌گیرم تا کارشان را درست کنم! و از طرفی خودم نیز به این پول نیاز دارم و پس از این که وضع مالی‌ام بهبود یافت رشوه‌های گرفته‌شده را در راه خدا صدقه می دهم و با این توجیه شدیداً به رشوه‌خواری آلوده شده بود! مادر رجوی زن ساده و تنهایی بود و همیشه می‌گفت: "بر پدر حنیف نژاد لعنت که مسعود را کشید به این راه و ما پدر و مادرها را بدبخت کرد. من شب و روز به حنیف نژاد لعنت می‌کنم. من بچه ندارم، چند تا پسر دارم انگار که ندارم، اگر مسعود راست می‌گوید و مسلمان است رضایت پدر و مادر شرط است، من که از او هیچ راضی نیستم و همیشه نفرینش می‌کنم راه او راه اسلام و خدا نیست و اسم او را جلوی من نیاورید. مسعود پیش خدا مسئول است، اگر مسلمان است و این حرف‌ها را می‌فهمد (حالا من بی‌سواد) او که سواد دارد، کوچکی و بزرگی را نمی‌فهمد، دلش برای من نمی‌سوزد، صبر و تحملم تمام شده است، این خر طبسی (مسعود) زندگی من را تباه کرد، من از او راضی نیستم، دل من شکسته است، او مسلمان نیست، هر کس من را می‌بیند مسعود را نفرین می‌کند به پدرش لعنت می‌فرستد، پدر و مادرهای سازمان نیز او را لعنت می‌کنند، او باید بیاید توبه کند، او که یک خر طبسی بیشتر نیست، او را به این کارها چی؟ می‌خواهد بزرگی کند. او زندگی‌مان را از هم پاشید و برادرانش را نیز آواره و بدبخت کرد، من او را عاق کردم و شیرم حرامش باشد. وقتی کسی از اطرافیان نامی از مسعود می‌برد مادر مسعود می‌گفت اسم او را نبرید، دندان کجی بود، کشیدم و انداختم بیرون! آوارگی بچه‌هایم و ندیدن بچه‌هایم و تنهاییم همه‌اش تقصیر مسعود خیر ندیده است."   برادران مسعود: مسعود رجوی دارای چهار برادر، به نام‌های کاظم، صالح، هوشنگ و احمد بود:   کاظم رجوی: متولد 1312، فرزند بزرگ خانواده، در اواسط دهه 1330 برای ادامه تحصیل در رشته حقوق به فرانسه رفت و سپس در سوئیس (ژنو) اقامت گزید. وی عضو هیأت علمی انستیتوی عالی حقوق بین‌الملل دانشگاه ژنو بود. کاظم رجوی قبل از انقلاب با نوشتن مقالات شاه پسندانه در خارج از کشور و در جهت جلب رضایت شاه قدم بر می‌داشت و این موضوع که سازمان از وی یک چهره انقلابی ساخته است دروغ محض است، چرا که کاظم با مأموران رژیم شاهنشاهی ارتباط تنگاتنگ داشت و کلاً شاه دوست بود. کاظم رجوی در تاریخ 26 فروردین 58 از طرف وزیر امور خارجه وقت، دکتر کریم سنجابی به سمت سفیر جمهوری اسلامی ایران و نماینده دائم ایران در دفتر سازمان ملل متحد در ژنو منصوب شده بود.   صالح رجوی: متولد 1314 و هوشنگ رجوی: متولد 1319، چند سال بعد به دنبال برادر بزرگ‌تر عازم فرانسه شدند. صالح در رشته پزشکی تحصیل کرد و از دانشگاه پاریس، دکترای تخصصی قلب گرفت؛ هوشنگ نیز از همان دانشگاه مدرک مهندسی برق و مکانیک گرفت. این دو نفر هم-اکنون عضو شورای به اصطلاح ملی مقاومت می‌باشند از سر سپردگان رژیم شاه بودند، لذا با بورسیه دولت جهت ادامه تحصیل به پاریس فرستاده شدند و به علت همکاری بی‌شائبه در جهت اهداف ساواک مورد عنایات شاهانه قرار گرفتند. صالح رجوی به علت موفقیت‌هایش در امور محوله از سفیر کبیر و بازرس مخصوص شاه کمک نقدی دریافت داشته است. صالح شدیداً زن باره و مشروب‌خوار است با این که زن خارجی داشت به عراق که آمده بود از مسعود از دختران سازمان طلب کرده بود.   احمد رجوی: کوچک‌ترین برادر در میان برادران مسعود، در زمان دستگیری و محکومیت برادرش از فرانسه دکترای طب گرفت و در همان جا مشغول بکار شد. کاظم و صالح نیز در اروپا ماندگار شدند و حتی در سال‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز به کشور بازنگشتند. هوشنگ از سال‌های اواخر دهه 1340 در ذوب‌آهن اصفهان کار می‌کرد. وی در مصاحبه رادیویی در لس‌آنجلس گفته بود که در ایران تحت حاکمیت مجاهدین نوشیدنی، کشیدنی و پوشیدنی آزاد خواهد بود. هوشنگ رجوی به علت سکونت طولانی مدتش در اروپا از قبل از انقلاب به تمام راه‌های غیرقانونی برای اقامت و زندگی آشنا بود که این پتانسیل را بعد از انقلاب برای کمک به گروه تروریستی مجاهدین بکار گرفت. احمد رجوی نیز فردی ناشایست و فاسد است که همانند صالح وقتی به عراق آمده بود از مسعود درخواست زن مجاهد کرده بود! جالب این که هواداران مجاهدین در انجمن آمریکا نماز عید فطر را به امامت احمد رجوی اقامه کردند!   مسعود به پدر و مادر خود هم رحم نکرد. مسعود رجوی به پدر و مادر خودش هم رحم نکرد و آن‌ها را بازیچه اهداف قدرت‌طلبانه خود نمود و درحالی‌که پدر و مادرش در خانه خود زندگی بدون دردسری داشتند و کسی هم به آن‌ها کاری نداشت به دروغ به آن‌ها گفته بود رژیم قصد دستگیری شما را دارد و برنامه‌ای مشکوک ترتیب دادند که آن‌ها از خانه فراری شوند و بعد هم شرایطی پیش آوردند که آن‌ها دستگیر شوند تا مسعود به این وسیله به نفع خودش تبلیغ کند که رژیم به پدر و مادر پیر رهبر مجاهدین هم رحم نکرد و آن‌ها را دستگیر نمود. 

وی در حال تحصیل در رشته حقوق در دانشگاه تهران بود که با محمد حنیف نژاد، بنیانگذار سازمان مجاهدین، آشنا شد. وی، در سال 1346 هنگامی که تنها 19 سال داشت، به عضویت سازمان درآمد و به عنوان جوان ترین عضو مرکزیت و گروه ایدئولوژی سازمان برگزیده شد.مسعود رجوی در دو سال آخر دبیرستان عضو انجمن حجتیه شد که این عضویت تا اوایل سال دوم دانشگاه ادامه یافت. در زمستان 1346، حسین احمدی روحانی از نخستین کادر­ها و اعضای سازمان که سابقه رجوی را از انجمن حجتیه مشهد داشت و در جلسات همان انجمن با وی آشنا شده بود او را عضو گیری کرد. مراحل آموزشی و تعلیمات تحت مسئولیت روحانی طی شد و مسعود در این مدت سخت تحت تاثیر شخصیت و ظواهر تدین و ایمان مذهبی او قرار گرفته بود و با توجه به رشته تحصیلی رجوی و آشنایی وی با زبان انگلیسی پس از دوران تعلیمات اولیه در گروه سیاسی سازمان وارد شد و تحت مسئولیت بهمن بازرگانی قرار گرفت. گویا چون حنیف نژاد می‏خواست مسئولیت رجوی را خود به عهده بگیرد، او را در گروه ایدئولوژی قرار داد.در اوایل سال 1349 رجوی نیز همراه با چند تن دیگر از اعضای گروه به منظور گذراندن دوره آموزش چریکی به طور قاچاق از ایران خارج شد ولی مدت زمانی نگذشته بود که حادثه دستگیری شش تن از افراد در دوبی و سپس جریان ربودن هواپیمای حامل آنها پیش آمد. رجوی نیز به ایران بازگشت و همزمان به عنوان یکی از مسئولان آموزشی وارد کمیته مرکزی گروه شد. در آن زمان وی جوانترین عضو مرکزیت به شمار می رفت. 

پیش از جریان ضربه شهریور و احتمالاً قبل از دستگیری‌های جمعی در سال 1350 مسعود رجوی نیز دستگیر شد. پس از طی دوران بازجویی، رجوی با نخستین گروهی که محاکمه شدند به دادگاه رفت.رجوی مطابق دستور تشکیلاتی در دادگاه به دفاع ایدئولوژیک پرداخت و همراه با ناصر صادق، علی میهن‌دوست، علی باکری و محمد بازرگانی محکوم به اعدام گردید؛ اما پس از گذشت مدتی اعلام شد که رجوی با یک درجه تخفیف به حبس ابد محکوم شده است. آنچه در آن زمان در مطبوعات رژیم منعکس شد حاکی از همکاری وی با تیم بازجویی در متلاشی کردن تشکیلات بود و سند همکاری رجوی نیز منتشر شد. با این وجود سازمان همواره ادعا می‌کرد که چون برادر مسعود رجوی (کاظم) با شخصیت‌های سیاسی اروپایی آشنا بوده وساطت آن‌ها باعث این تخفیف شده است.پس از سقوط رژیم پهلوی سند دیگری به دست آمد که در اصل  از میان سندهای موجود در پرونده رجوی گم شده بود؛ این سند نشان می‌داد که کاظم رجوی از سال 1349 با نام مستعار «میرزا» منبع ساواک بوده است. 

بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، رجوی در رأس سازمان مجاهدین فعالیت‌های سیاسی این سازمان را در سراسر کشور گسترش داد. وی همچنین اقدام به برگزاری کلاس‌های آموزش ایدئولوژی در دانشگاه صنعتی شریف تحت عنوان «تببین جهان» کرد. فعالیت مسعود رجوی و گروهک منافقین بعد از پیروزی انقلاب تا قیام مسلحانه علیه نظام اسلامی در خرداد 60 را باید در چند بخش جدا به بررسی نشست:   تلاش برای انحلال ارتش و نهادهای حساس نظام خواسته انحلال ارتش ترجیع‌بند خواسته‌های چریک‌ها و مجاهدین خلق در روزهای بعد از پیروزی انقلاب اسلامی بود. منافقین اسفندماه 57، با این ادعا که ارتش به رژیم گذشته تعلق دارد و با تصفیه‌های گسترده نیز نمی‌توان غبار وابستگی را از چهره آن زدود از رهبر انقلاب خواست  تا ارتش را منحل کند. خواسته‌ای که امام پیش از این آن را به شدت نفی کرده بود. در این ایام منافقین با انتشار بیانیه‌ای تاکید می‌کند: «امپریالیسم برای حفظ منافع خود با ایجاد ارتش ضد خلقی سالهای متمادی کوشید توسط رژیم منحط پهلوی استبداد و خفقان را بر ملت ما تحمیل کند ، اینک استبداد رخت بر بسته است اما تا انحلال ارتش ضد خلقی و برپایی ارتشی مردمی این پیروزی از شکست محفوظ نیست زیرا سیستم حاکم بر این ارتش سیستمی ضد خلقی و در جهت منافع امپریالیسم است.» در ادامه بیانیه آمده است: ما خواهان برپایی ارتشی مردمی هستیم که از ارتشیان و نیروهای مبارز جان بر کف تشکیل شود و فرماندهان آن‌ها از طریق انتخابات باید برگزیده شوند.   رأی مثبت به جمهوری اسلامی در همه‌پرسی فروردین 58 سازمان منافقین 27 اسفند 57، در بیانیه‌ای مواضع و نقطه‌نظرهای خود را در باره همه‌پرسی و دیگر مسائل جاری و آتی کشور اعلام کرد. مجاهدین خلق [منافقین] در این بیانیه با توجه به واقعیات سیاسی و اجتماعی کنونی جامعه ایران برقراری جمهوری اسلامی‌ را خواست اکثریت قاطع مردم دانسته و تاکید کرد: موفقیت جمهوری اسلامی در همه‌پرسی پیش‌بینی‌شده از جانب دولت از پیش محرز و لذا ضدیت با آن جز نشان سکتاریسم نخواهد بود. در بخش دیگری از بیانیه منافقین در این برهه آمده بود: بدیهی است و در هر صورت نظر مجاهدین خلق ایران دقیقاً مطابق نظر اکثریت قاطع مردم ایران و بر حسب نقطه‌نظرهای ایدئولوژیکی خود متضمن رأی مثبت به جمهوری اسلامی است.   جمع‌آوری سلاح با پیروزی انقلاب اسلامی منافقین سلاح‌های خود را بر زمین نگذاشته و یک حزب سیاسی – نظامی را شکل دادند. انقلاب اسلامی و رهبری آن هرگز حاضر به پذیرش چنین امری نبود در نتیجه دستور خلع سلاح عمومی صادر شد. مجاهدین خلق در این مسئله نیز رویکرد منافقانه‌ای را در پیش گرفت. در نخستین روز شهریور 58، پاسداران گروه ضربت دادستانی انقلاب اسلامی تهران ستاد جنبش ملی مجاهدین [منافقین] را تخلیه کرده و کلیه وسایل موجود در آن و از جمله سلاح و مهمات را ضبط کردند. پیش از این منافقین اعلام کرده بودند که امام قبول کرده‌اند آنان در این ساختمان بمانند و به فعالیت‌های سیاسی خود ادامه دهند. به دنبال تخلیه دفاتر این سازمان دادستان انقلاب در بیانیه‌ای اعلام کرد: پیرو اطلاعیه قبلی دادستان انقلاب اسلامی تهران دایر به خلع سلاح گروه‌ها و تخلیه اماکن دولتی و کشف انبار مهمات و اسلحه تهاجمی و تأیید گروه مجاهدین که اسلحه مزبور متعلق به آن گروه بوده است گروه ضربت دادستانی و کمیته مرکزی به محل جنبش رفته و با پادرمیانی نماینده آیت‌الله طالقانی و نماینده نخست‌وزیری 48 ساعت مهلت خواسته شد و دادسرا با این درخواست موافقت کرد. در ادامه بیانیه دادستان انقلاب با تاکید بر این که مجاهدین در پایان مهلت مقرر نسبت به تحویل محل اقدام نکرده‌اند تاکید شده بود: عواقب امر و مسئولیت‌های قانونی ناشی از تمرد متوجه متمردین خواهد بود. در همین روز روزنامه‌ها مصاحبه‌ای را با سه تن از سران مجاهدین خلق منتشر کردند که در آن عباس مدرسی فر، مهدی ابریشم چی و محمود احمدی مدعی شده بودند در صورت دستور امام خمینی (ره) و نیز درخواست دولت به فعالیت خود خاتمه داده و به کلیه فعالیت‌های خود پایان خواهند داد. آیت‌الله طالقانی نیز در مصاحبه‌ای با بیان این که بنا به فرموده  امام خمینی (ره) مجاهدین خلق بایستی سلاح‌های خود را تحویل دهند گفت: از نظر امام فعالیت سیاسی مجاهدین خلق مانعی ندارد.   کارشکنی در انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی و تحریم همه‌پرسی منافقین می‌دانستند که در صورت تشکیل مجلس خبرگان قانون اساسی،  قانون مصوب این مجلس هرگز باب طبع آنان نخواهد بود از این رو همواره با این مجلس مخالفت می‌کردند. با تدوین قانون اساسی منافقین این بار که از برنامه‌های قبلی خود طرفی نبسته بودند اعلام کردند در همه‌پرسی شرکت نخواهند کرد و به این ترتیب همه‌پرسی را تحریم کردند. با رأی قاطع مردم به قانون اساسی که ولایت‌فقیه رکن رکین آن بود این بار پای اولین انتخابات ریاست جمهوری به میان آمد.   مطرح کردن ریاکارانه نامزدی  امام خمینی (ره) در انتخابات ریاست جمهوری منافقین ابتدا به صورت ریاکارانه بحث نامزدی امام خمینی (ره) در انتخابات ریاست جمهوری را مطرح کردند، مسئله‌ای که مشخص بود با مخالفت امام مواجه خواهد شد. منافقین 1 دی ماه سال 58، طی اطلاعیه‌ای رسماً امام خمینی (ره) را برای تصدی ریاست جمهوری نامزد کرد. در بخشی از اطلاعیه این گروهک آمده بود: سازمان مجاهدین خلق با توجه به مجموعه اوضاع و احوال سیاسی، اجتماعی و فرهنگی موجود و با در نظر گرفتن کلیه مسائل و شرایط ملی و بین‌المللی میهنمان شخص رهبری انقلاب را شایسته‌ترین انتخاب برای تصدی مقام ریاست جمهوری دانسته و آراء خود را در رأی‌گیری آینده به­ شخص ایشان خواهند داد. منافقین ادامه داده بودند: ما قبل از رحلت پدر طالقانی امیدوار بودیم با احراز این مسئولیت از جانب ایشان زحمات امام کمتر شود لیکن در شرایط حاضر ناگزیریم که از امام استدعا کنیم که به خاطر وحدت کلمه ضد امپریالیستی تمام صفوف خلقمان و به خاطر ممانعت از پیشرفت مجدد سرمایه‌داری وابسته و پایگاه‌های آن مسئولیت ریاست جمهوری را شخصاً تقبل نمایند. مجاهدین خلق در ادامه این‌گونه استدلال کرده بودند که: به نظر ما تقبل این مسئولیت از جانب امام و جمع شدن مسئولیت‌های رهبری و ریاست جمهوری در شخص ایشان یکی از نقایص قانون اساسی مبنی بر دوئیت مراکز تصمیم‌گیری و عملکرد احتمالاً متفاوت، مسئولیت‌های فوق‌الذکر را خنثی کرده و عواقب بازدارنده آن منتفی خواهد گردید.   نامزدی مسعود رجوی در انتخابات و حذف از سوی امام خمینی (ره) با ناکام ماندن توطئه منافقین در مطرح کردن بحث نامزدی امام خمینی (ره) این بار مسعود رجوی خود پای به میدان گذاشت. این در حالی بود که وی و گروهش به قانون اساسی رأی نداده و چگونه می‌توانست سوگند یاد کند که پاسدار قانون اساسی بوده و برای اجرای آن تلاش خواهد کرد؟ آیا جز نفاق می‌توان پاسخ دیگری به این سؤال داد ؟! این گونه بود که امام خمینی (ره) در پاسخ به نامه‌ای در باره صلاحیت مخالفین قانون اساسی برای ریاست جمهوری، تاکید کردند: کسی که به قانون اساسی رأی مثبت نداده صلاحیت ریاست جمهوری ایران را ندارد. با این فتوا مسعود رجوی از لیست کاندیداها حذف شد.   حمایت از بنی‌صدر بعد از پیروزی وی در انتخابات با پیروزی بنی‌صدر در انتخابات و زمانی که وی از حمایت همه نهادهای قانونی نظام ناامید شد به سمت منافقین گرایش پیدا کرد و با این سازمان تروریستی پیمان همکاری بست، این همکاری تا آنجا ادامه پیدا کرد که بعد از رأی عدم کفایت سیاسی مجلس به بنی‌صدر، وی به همراه مسعود رجوی به فرانسه گریخت و در آن کشور گروهی سیاسی و به صورت مشترک شکل داد.   قیام مسلحانه علیه جمهوری اسلامی با برکناری بنی‌صدر از ریاست جمهوری مسعود رجوی از طرفداران خود خواست که به صورت مسلحانه به خیابان‌ها ریخته و به صورت رسمی علیه نظام جمهوری اسلامی قیام کنند.   ترور مسئولان مسعود رجوی در مواردی با اشاره و کنایه از انفجارهای هفتم تیر و هشتم شهریور  به عنوان اقدامات سازمان مجاهدین یادکرده و تعبیر"مجازات رجایی و باهنر" را درباره انفجار نخست‌وزیری به‌کاربرده است. مسعود رجوی در یکی از دیدارهای محرمانه خود با مقامات اطلاعاتی و امنیتی رژیم بعث عراق، به مسئولیت مستقیم سازمان در آن عملیات و نیز انفجار هشتم شهریور اذعان کرده است. رجوی در دیدار با ژنرال حبوش رئیس سازمان امنیت صدام در سال 1378، هنگامی که به برخی تبلیغات موجود در رسانه‌های غربی آن زمان علیه سازمان اشاره می‌کند سابقه روابط نزدیک خود با غربی‌ها و از جمله اطلاع مقامات ارشد آمریکا و فرانسه از دو عملیات مذکور را این‌گونه یادآوری می‌کند: «همانگونه که اطلاع دارید من در سال های 1981 تا 1986 در پاریس بودم؛ در آن سال ها دشمنی به اینگونه با ما نبود و به ما تروریست نمی گفتند، هر چند که کاخ سفید و کاخ الیزه می دانستند با کاخ الیزه هم ارتباط داشتیم می دانستند که چه کسی حزب جمهوری را در ایران منفجر کرد و چه کسی و چرا عملیات علیه رئیس جمهوری و رئیس الوزرای ایران انجام داد. آنها میدانستند و خوب هم می دانستند ولی صفت تروریست هم به ما نزدند.» 

سی­ام خرداد 1360، نقطه پایانی بر تقابل مسالمت آمیز سازمان مجاهدین خلق با ساختار سیاسی جمهوری نوپای اسلامی به رهبری امام خمینی(ره) بود. روزی که رهبری سازمان با به خیابان آوردن هواداران و کادرهای نظامی سعی کرد تا مخالفت خود با جمهوری اسلامی را در قالبی جدید و وسیع به عرصه عمومی جامعه بکشاند. چند روز بعد اما در تیرماه سال 1360، پس از آنکه امام خمینی (ره) در پی رأی عدم کفایت مجلس اول شورای اسلامی، فرمان عزل بنی‌صدر را امضا کرد مسعود رجوی به همراه ابوالحسن بنی‌صدر از تهران به پاریس پرواز نمود و عملاً درگیری نظامی بین مجاهدین و جمهوری اسلامی صورتی رسمی و علنی به خود گرفت. این پرواز از پایگاه یکم شکاری تهران به هدایت خلبان بهزاد معزّی، خلبان اختصاصی محمّد رضا پهلوی صورت گرفت. اشرف ربیعی، همسر مسعود رجوی و قائم‌مقام او، موسی خیابانی مدتی بعد در پی افشای پی در پی خانه‌های تیمی سازمان، در درگیری مسلحانه کشته شدند و طی ماه‌ها و سال‌های بعد تعداد زیادی از اعضای دیگر این گروه نیز پس از دستگیری اعدام شدند. در این حین مسعود رجوی پایگاه فرماندهی سازمان مجاهدین را در فرانسه قرار داده بود؛ اما پس از مدتی دولت فرانسه به مسعود رجوی برای خروج از خاک فرانسه فشار آورد. رجوی از فرانسه اخراج شد. این‌گونه شد که رجوی به همراه تعدادی از اعضای مجاهدین مقیم فرانسه به عراق رفت و بر اساس توافق منافقین با دولت صدام حسین که در حال جنگ با ایران بود فاز دیگری از عملیات مسلحانه علیه جمهوری اسلامی را سازمان‌دهی کرد. همکاری با دولت عراق در خلال جنگ با ایران، موجب جدایی برخی همفکران این سازمان از جمله ابوالحسن بنی‌صدر و قطع همکاری با سازمان مجاهدین خلق گردید. مسعود رجوی به هنگام ورود به عراق مورد استقبال رسمی معاون رئیس‌جمهور وقت عراق قرار گرفت. رجوی در عراق ارتشی بنام ارتش آزادی‌ - بخش ملی را متشکل از اعضای سازمان مجاهدین و کلیه افرادی که خواهان مبارزه با نظام اسلامی بودند، پایه‌ریزی کرد. از این تاريخ به بعد رجوی و گروهش به طور کامل در اختیار دستگاه اطلاعاتی عراق قرار گرفتند و به مجری بی‎چون و چرای اوامر صدام تبدیل شدند که البته تحت حمایت مالی، پشتیبانی و تبلیغی صدام نیز قرار داشتند. آیت‌الله ری شهری وزیر اسبق اطلاعات کشورمان در کتاب خاطرات سیاسی خود، در باره انتقال رجوی از فرانسه به عراق می‌نویسد: «با روی کار آمدن دولت گلیست‌ها در فرانسه میل دولت آن کشور به بهبود روابط با ایران افزایش یافته و هیأت‌هایی از طرفین از دو کشور دیدار کردند. شرط دولت ایران برای بهبود روابط با فرانسه اخراج مجاهدین بوده ‌است. دولت فرانسه نهایتاً ضرب الاجلی برای خروج رجوی تعیین می‌کند». به گفته آیت‌الله ری شهری، دولت‌های اتریش و اسپانیا و برخی دولت‌های دیگر خبر درخواست پناهندگی رجوی و رد آن را به دولت ایران اعلام کرده بودند و همزمان دولت ایران در تلاش بود با استفاده از پلیس بین‌الملل وی را بازداشت و به ایران منتقل کند. وی می‌نویسد: «منافقین ابتدا قصد رفتن به سوئیس را داشتند اما پس از آنکه از قصد دولت ایران برای همکاری با اینترپل مطلع شدند راه عراق را در پیش گرفتند.» 

اولین اجلاس شورای ملی مقاومت در ماه‌های بهمن و اسفند 1360 تشكیل شد. ایده اولیه تشكیل این شورا محصول ذهن مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر بود.این شورا در ابتدا با حضور این سازمان‌ها تشکیل شد: سازمان مجاهدین، حزب دمکرات كردستان، جبهه دموكراتیك ملی ایران، شورای متحد چپ، سازمان استادان متعهد دانشگاه‌های ایران، كانون توصیه اصناف، سازمان اتحاد برای آزادی كار، سازمان اقامه. بعدها گروه‌هایی همچون حزب كار ایران، جنبش زحمت‌كشان گیلان و مازندران، اتحادیه كمونیست‌‌های ایران (سربداران) و سازمان چریك‌های فدایی خلق نیز به عضویت این شورا درآمدند.تصویری که بنی‌صدر و رجوی از شورای ملی مقاومت در ذهن داشتند به این شکل بود که بنی‌صدر روزی به عنوان رئیس‌جمهور قانونی کشور که حقش ضایع شده است به کشور بازخواهد گشت و رجوی نیز نخست‌وزیر او خواهد بود اما آنجا که رجوی قصد سیطره پیدا کردن بر شورای ملی مقاومت را داشت افراد بسیاری از آن شورا خارج شدند.ابوالحسن بنی‌صدر در سال 1362، جبهه دمكراتیك انقلابی زحمتكشان در سال 1362، حزب دمكرات كردستان ایران در سال 1364، شورای متحد چپ در سال 1364، حزب كار ایران (طوفان) در سال 1364، سازمان اتحاد برای آزادی و جبهه دمكراتیك ملی در سال 1377، کسانی هستند  که نتوانستند هژمونی رجوی را بپذیرند و از این شورا خارج شدند. 

پس از آغاز جنگ عراق و ایران مجاهدین که متحد جدیدی یافته بودند، وارد همکاری با عراق شدند و نقش ستون پنجم را برای عراق از داخل خاک ایران ایفا می کردند.در سال 1362 رجوی قرارداد صلحی با رژیم بعثی عراق امضا کرد و نیروهایش را که توسط جمهوری اسلامی از کردستان بیرون رانده شده بودند در این کشور مستقر کرد. علت اصلی جدایی بنی صدر از رجوی و درنهایت شورای ملی مقاومت، پیوستن مجاهدین به عراق و همکاری با دولت صدام بود.مجاهدین پس از استقرار در عراق از الطاف صدام حسین بهره مند شدند و رژیم بعثی تمام مخارج آنها را تامین می کرد.قرارگاه اشرف در سال 1365 تاسیس شد و محل استقرار و سازماندهی نیروهای مجاهدین برای عملیات های خرابکارانه و تروریستی در خاک ایران بود. پس از تاسیس قرارگاه اشرف، رجوی فرماندهی مجاهدین را به عراق منتقل کرد. پس از آن و به لطف تجهیزات و سلاح های اهدایی صدام، رجوی نیروهایش را تجدید سازمان کرد و نام "ارتش آزادی بخش ملی"! را بر آن گذاشت.قرارگاه اشرف در 80 مایلی شمال بغداد قرار دارد. جمعیت این اردوگاه حدود 3200 نفر تخمین زده می­شد. آخرین گروه از اعضای سازمان منافقین در تاریخ 16 سپتامبر 2012 میلادی از قرارگاه اشرف خارج شدند.   

یک هفته پس از پذیرش قطعنامه 598 شورای امنیت سازمان ملل از سوی ایران، سازمان منافقین به رهبري رجوي در تاریخ سوم مرداد 67، عملیاتی با نام «فروغ جاویدان» را در تجاوز به مرزهای ایران آغاز نمود.در این عملیات که چهار هزار نفر از نیروهای سازمان در آن شرکت داشتند، نیروهای سازمان با استفاده از تسلیحات اهدایی صدام و دیگر کشورهای عربی، عملیات خود را از سر پل ذهاب و اسلام آباد غرب آغاز کردند. نیروهای سازمان به زعم خود قصد داشند در مدت 33 ساعت و در 5 مرحله، خود را به تهران برسانند، ولی با مقاومت رزمندگان اسلام مواجه شدند و با هلاكت بسیاری از نفرات منافقين شيرازه اين گروه از هم پاشيد. 

سازمان منافقین رفته رفته به رودررویی مستقیم با نظام جمهوری اسلامی پرداخت و در تاریخ 30 خرداد 60 با صدور اطلاعیه‌ای، رسما وارد جنگ مسلحانه با نظام شد و برای براندازی حکومت اسلامی از طریق مسلحانه خیز برداشت. بعد از این تاریخ بود که موج ترورهای گسترده سازمان در نقاط مختلف کشور، اقشار گوناگون مردم و نیز مسئولان نظام را آماج قرار داد كه چند نمونه از آن به قرار ذيل است:انفجار در دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی، که در آن آیت‌الله بهشتی و 72 تن از مسئولان نظام به شهادت رسیدند.انفجار در دفتر نخست وزیری در تاریخ 8 شهریور 1360 و شهادت محمد علی رجایی (رئیس جمهور) و محمد جواد باهنر (نخست وزیر)، این بمب توسط یک عنصر نفوذی سازمان به نام مسعود کشمیری کار گذاشته شده بود.366 مورد ترور مردم عادی در استان تهران توسط اعضای سازمان طی سالهای 60 و61، 53 درصد از این افراد کارمند نهادهای دولتی بودند که 36 درصد آن‌ها شاغل در سپاه، ارتش، بسیجی و شهربانی بودند. بنابراین بقیه 64 درصد ترورشدگان مردمی دارای مشاغل غیرنظامی و آزاد بودند که تنها جرم آن‌ها داشتن ظاهری حزب‎اللهی یا قرار گرفتن در تیررس تیم‌ها‌ی شکار سازمان مجاهدین بوده است.ترور ائمه جمعه  و شخصیت‌ها‌یی مانند آیت‌الله صدوقی (امام جمعه یزد)، آیت‎الله دستغیب (امام جمعه شیراز)، آیت‌الله مدنی (امام جمعه تبریز)همکاری تنگاتنگ با استخبارات عراق در دوران جنگ تحمیلی و انجام مأموریتهای اطلاعاتی برای عراقی­ها در خاک عراقآغاز موج جدید ترورها از سال 1377 و ترور شهید سید اسدالله لاجوردی، دادستان اسبق دادگاه­های انقلاب و رئیس سابق زندان­هاترور شهید سرلشگر صیاد شیرازی در 21 فروردین 78شرکت فعال در سرکوب قیام مردم جنوب عراق و مردم کرد بعد از جنگ خلیج فارس و اعمال رفتار وحشیانه و قساوت­آمیز در این عملیات­ها نسبت به مردمحمایت و همراهی اغتشاشات بعد از انتخابات سال 88 و حضور فعال و علنی همراه آشوبگران در اغتشاشات 9 دی 88 و 25 بهمن 89 صدور بیانیه توسط مریم رجوی در هفته­های پایانی سال 89 در حمایت از میر حسین موسوی، مهدی کروبی وآشوب طلبان و اعلام هدف مشترک مجاهدین خلق و آن­ها 

با اشغال خاك عراق توسط نیروهای آمریكایی وضعیت گروهك منافقین نیز با هاله‌ای از ابهام مواجه شد. تعدادی از اعضای مجاهدین به دلیل شرایط سخت بعد از جنگ از سازمان جدا شدند که برخی از آن‌ها به ایران برگردانده شده و برخی دیگر به کمپ دیگری در شمال عراق منتقل گردیدند؛ اما سایر اعضای سازمان در قرارگاه اشرف حضور داشتند.سرکرده گروهک منافقین، از فروردین سال 1382 یعنی درست از زمان حمله آمریکا و هم پیمانانش به عراق، هیچ‌گونه حضوری در مجامع عمومی نداشته است. او از آن زمان مفقود شد و تنها گهگاه نامه هایی از طرف او منتشر می شد. تلویزیون این سازمان همه ساله در آستانه بهار پیامی تصویری از رجوی پخش می کرد اما از حمله آمریکا پیام های قبلی او پخش می شود. همچنین زمانی که نامه ای از او منتشر می شود توسط شخصی دیگر قرائت می شود و صرفا عکس های قدیمی رجوی به نمایش در می آید. سایت سازمان تروریستی منافقین دو بخش مجزا به نام مسعود و مریم رجوی دارد. با اینکه در باکس مربوط به مریم رجوی اخبار، تصاویر دیدارها و فیلمهای وی انعکاس می‌یابد اما در باکس مربوط به مسعود هیچ خبر، صوت و فیلم تازه‌ای یافت نمی‌شود. آخرین مورد مربوط به زیارت عتبات عالیات وی در سال 80 است. جالب اینکه به جز عکس‌های قدیمی وی که برای همه آشناست حتی یک عکس جدید از رهبر این گروهک انتشار نیافت. برای پاسخ به این سؤال که مسعود کجاست گزینه‌های متعددی مطرح شد که در ذیل می‌آید:  گزینه اول: مرگ مسعود رجوی این موضوع سبب شد تا بسیاری به این نتیجه برسند که رجوی در حمله جنگنده های آمریکایی به اردوگاه اشرف، در خلال حمله علیه صدام، به همراه 20 تن دیگر از اعضای این گروهک از بین رفته است.   گزینه دوم: کودتای مریم و تسویه حساب درونی گزینه دیگری که برای علت عدم دسترسی به مسعود مطرح شد این بود که  وی توسط مریم رجوی یا افراد دیگر درون سازمان تسویه حساب درونی شده باشد. مطرح کنندگان این گزینه بر این باورند بودند که، به سبب تنفر مردم ایران از مسعود رجوی با نظر حامیان غربی این گروهک وی در تسویه ای داخلی که به «کودتای مریم» موسوم شده، از رهبری این گروهک خلع شده و از سال 82 به بعد این مریم رجوی است که رهبری منافقین را بر عهده گرفته است. اما درباره اینکه سرنوشت مسعود رجوی چه شده، اطلاعات ضد و نقیضی به دست آمد؛ نخست اینکه گفته می شد رجوی در این تسویه از بین رفته، اما به سبب بسته بودن دایره تسویه کنندگان، مرگ وی افشا نشده و این گونه وانمود شده است که رجوی به سبب ملاحظات امنیتی در مکانی نامعلوم پنهان شده است!   گزینه سوم: بازداشت رجوی توسط آمریکاییها این احتمال وجود داشت که رجوی توسط امریکا بازداشت شده و در پایگاه نیروهای امریکایی در قطر به سر می برد.   گزینه چهارم: حبس مسعود رجوی در مکانی بیرون از عراق اخبار دیگری نیز از هیأت رهبری این گروهک درز کرد که حکایت از حبس مسعود رجوی در مکانی بیرون از عراق در خاک اردن، داشت، به گونه ای که رجوی جز نیازهای اولیه به هیچ امکان دیگری دسترسی ندارد.  

با حمله آمريكا به عراق و فرار بسياری از فرماندهان ارشد نظامی و امنيتی اين كشور، اسناد ساختمان استخبارات عراق هم به بيرون درز کرد. یکی از این اسناد، 120 ساعت فيلم و صوت از جلسات اعضای سازمان منافقين با مسئولان بعثی میباشد که در قالب کتابی با نام «خوابگردها» منتشر شده است. در اين کتاب علاوه بر شرح فعالیت های منافقین در عراق، 5 متن (متن کامل فیلم ها و صوت های فوق الذکر)  قرار دارد كه اولی مذاكره مسعود رجوی با سپهبد صابر الدوری رئيس سرويس كل اطلاعات عراق در سال 1370 شمسی است. 4 متن ديگر مذاكرات مسعود رجوی با سپهبد طاهر جليل حبوش رئيس سرويس كل اطلاعات عراق در سالهای بعد است كه به ترتيب در 1378، 1379، 1379 و 1380 انجام گرفته است.متن پنج مذاكره صورت گرفته بين مسعود رجوی و رؤسای سرويس اطلاعاتی عراق شامل نكاتی ناب و بديع است. جنايت‌های منافقين در حق مردم عراق يكی از محورهای اين گفتگوهاست. مخصوصاً در مذاكره اول كه بعد از سركوب انتفاضه عراق و خوش خدمتی منافقين به صدام صورت گرفته است.در این کتاب آمده است مسعود رجوی، منتظری را نزدیک به سازمان میداند و در پاسخ به این سؤال حبوش که: صرف نظر از اين دو جناح درگير در ايران، كدامين از جريان‌ها به سازمان نزديك هستند؟می‏گوید: «منتظری! چنانچه وقت باشد برای شما شرح میدهم. زمانی كه فضای اجتماعی را تغيير داديم، منتظری وارد شد و جنايت‌هايی كه در حق مجاهدين خلق مانند قتل عامی كه دوازده سال قبل روی داد را افشا كرد؛ قتل عام زندانيان سياسی ما در سال 1988 بزرگترين بمب سياسی‌ای بود كه درون رژيم منفجر گرديد، اين كار منتظری بود.»