ملکی بعد از پیروزی انقلاب، رئیس دانشگاه تهران شد. در همان ایام در دانشکده فنی دانشگاه تهران 8 تانک چیفتن مستقر بوده و مسجد دانشگاه مملو از اسلحه‌ بود.در حالی که ادعا می‌شود در دوره مدیریت ملکی بر دانشگاه تهران،وی توانست دانشگاه را از حضور گروهک‌های اسلحه به‌ دست و تروریست خالی کند اما نه‌ تنها عملکرد مناسبی در بیرون کردن جیره‌خواران استکبار از صحن دانشگاه نداشت بلکه آن‌ها را تقویت می‌کرد.وی در 12 تیرماه 1360 به جرم همکاری با گروهک تروریستی فرقان (گروهکی که دستش تا مرفق به خون استاد متفکر شهید مطهری و شهید مفتح از تئوریسین‌های وحدت حوزه و دانشگاه و همچنین شهید قرنی آلوده است) و منافقین دستگیر می‌شود. 

ملکی بار دیگر در 21 اسفند 1379 در منزل "محمد بسته‌ نگار" داماد "سید محمود طالقانی" توسط دادگاه انقلاب به جرم هدایت اغتشاشات 18 تیر 1378 به همراه جمعی دیگر از گروهک ملی مذهبی دستگیر شد. علی‌‎رغم اعلام این مطلب توسط وی در رسانه‌ها مبنی بر ممنوع‌ الخروج بودنش از سال 65 تا به حال، وی پس از آزادی از زندان به یکی از کشورهای اروپایی سفر کرده و با خطی که از گروهک تروریستی منافقین می‌گیرد جلسات و اردوهای آموزشی را برای دانشجویان با همکاری هدی‌ صابر برگزار می‌کند.  نتیجه این سلسله جلسات که تفکرات التقاطی و لیبرال را به خورد جوانان می‌دادند در فتنه 88 بروز و ظهور آشکاری یافت.  

ملکی سپس در 31 مرداد 1388 به جرم همکاری با گروهک تروریستی منافقین توسط نهادهای امنیتی دستگیر می‌شود.وی در حال حاضر نیز پای ثابت تجمعات محدود دانشجویان فتنه‌ گر می‌باشد.پسر وی عمار ملکی نیز که در حال حاضر در هلند ساکن می‌باشد رابط پدر با این گروهک تروریستی می‌باشد.