محمدعلی نجفی در 23 دی‌ماه سال 1330 در خانه‌ای واقع در خیابان سلسبیل یا رودکی فعلی متولد شد. پدر او مرحوم احمدعلی نجفی، فرزند یک روحانی تهی‌دست بود که در سال 1312 از روستایی واقع در کلات خراسان به تهران آمده و در ارتش استخدام‌شده بود و مادر او اصالتاً تهرانی است. 
او در دوران کودکی در محیط گرم و صمیمی خانواده ولی با مشکلات مالی و معیشتی سپری شد و در سال 1337 در دبستان خواجو ثبت‌نام کرد. از آغاز تحصیل، خانواده و معلمان متوجه استعداد و هوش وی شدند و او را برای درس خواندن بیشتر تشویق می‌نمودند. در سال 1343 گواهینامه ششم دبستان را در نظام قدیمی آموزش و پرورش با رتبه شاگرد اولی تهران کسب نمود. برای تحصیل در دبیرستان در مدرسه اسدآبادی واقع در میدان رشدیه ثبت‌نام کرد و تا سال پنجم متوسطه در همان جا تحصیل کرد. سال ششم دبیرستان را در دبیرستان مروی (که آن زمان جزو بهترین مدارس دولتی تهران بود) گذراند و در امتحانات نهایی با معدل 19/35 در رشته ریاضی فارغ‌التحصیل شد و رتبه دوم امتحانات نهایی کشور را به دست آورد.او در طول دوران تحصیل در مدرسه، فعالیت‌های ورزشی و هنری مختصری هم داشت و هیچ‌گاه به عنوان یک شاگرد منزوی و درس‌خوان به معنی مصطلح مثبت میان دانش‌آموزان محسوب نمی‌شد ولی درعین‌حال در هیئت‌های مذهبی و جلسات عزاداری و وعظ و... نیز شرکت داشت و در ایام محرم در هیئت جوانان محل که از سال 1342 پایه‌گذاری شده بود، فعال بود و از افتخارات وی عشق به خاندان اهل‌بیت عصمت و طهارت است. 
سال 1349 می‌توانست بدون کنکور وارد دانشگاه صنعتی شریف (آریامهر آن زمان) شود. ولی شهریه دانشگاه دو هزار تومان بود که پرداخت آن برای نجفی آسان نبود. از طرف دیگر دانشگاه شریف کسانی را که در کنکور شرکت می‌کردند و رتبه اول هر رشته را کسب می‌نمودند از پرداخت شهریه معاف می‌ساخت. لذا در واقع به یک ریسک دست زد و از ورود بدون کنکور به دانشگاه چشم‌پوشی کرد و در کنکور دانشگاه‌ها شرکت و رشته مهندسی متالورژی دانشگاه صنعتی شریف را به عنوان انتخاب اول خود برگزید. خوشبختانه در همان رشته رتبه اول آزمون ورودی را به دست آورد و بدین ترتیب هم به خواست خود مبنی بر ورود به دانشگاه صنعتی رسید و هم از پرداخت شهریه معاف شد.تحصیل در دانشگاه شریف برای او خیلی خوشایند و لذت‌بخش بود و بخشی از بهترین دوران زندگی وی را به خود اختصاص داد. در همان سال اول تحصیل متوجه شد که به مهندسی و به خصوص رشته متالورژی علاقه چندانی ندارد. تشویق استادان خوبی که در دانشکده ریاضی و علوم رایانه تدریس می‌کردند (از جمله آن‌ها آقای دکتر ضرغامی و آقای دکتر بهزاد) موجب گشت که در پایان سال دوم تحصیل به رشته ریاضی تغییر رشته دهد. البته این تغییر رشته هم خلاف سنت مرسوم در دانشگاه آن روز بود (معمولاً دانشجویان از رشته‌های علوم پایه به مهندسی یا پزشکی می‌رفتند و نه بالعکس) و هم احتمال می‌رفت که به خاطر این تغییر رشته از نظر درسی با مشکل مواجه شود و مجبور گردد یک نیمسال تحصیلی بیشتر در دانشگاه بماند. در آن دوران دانشگاه صنعتی شریف و چند دانشگاه دیگر کشور، مرکز فعالیت‌های سیاسی علیه رژیم پهلوی بودند. تحصیلات و اخذ بورسیه در فروردین 1350 گارد مخصوص دانشگاه که برای سرکوبی اعتصابات و تظاهرات دانشجویان تشکیل شده بود، به دانشجویان معترض در دانشگاه حمله کرد و تعداد زیادی را مجروح و تعدادی را دستگیر نمود. محمدعلی نجفی نیز بی‌نصیب نماند و بعد از جنگ و گریز و خوردن کتک نسبتا مفصلی، از دانشگاه فرار کرد و چند روز بعد به همراه جمع کثیری از دانشجویان دانشگاه به عنوان همدردی با مجروحان و دستگیرشدگان و اعتراض به عملکرد غیرانسانی گارد دانشگاه از تحصیل در نیمسال دوم انصراف داد. بنابراین در واقع یک نیمسال تحصیلی عقب‌ماندگی درسی برای او نوشته شده بود و تغییر رشته نیز این عقب‌افتادگی را تشدید می‌کرد. به هر حال با تلاش بیشتر و با توجه به علاقه شدیدی که به ریاضیات داشت موفق شد عقب‌ماندگی‌ها را جبران کند و در تیرماه 1353 به عنوان شاگرد اول رشته ریاضی و دارنده بالاترین معدل در میان تمام فارغ‌التحصیلان آن سال دانشگاه، تحصیل را به پایان رساند.ذکر این نکته هم بی‌فایده نیست که نجفی در دوران تحصیل دانشگاه نیز همچون دوران مدرسه، فعالیت‌های مذهبی، هنری و ورزشی داشت و عضو نیم‌های والیبال، فوتبال و شطرنج دانشکده ریاضی و نیز گروه تئاتر دانشگاه بود. در فروردین‌ماه همان سال در مسابقات ریاضی دانشجویان کشور که در شهر شیراز برگزار شد، رتبه اول را به دست آورد و جوایزی از انجمن ریاضی کشور و وزارت علوم وقت دریافت داشت.در آن سال‌ها، دولت درصدد برنامه‌ریزی برای احداث دانشگاه صنعتی در اصفهان بود و برای تأمین هیئت علمی آن دانشگاه به افرادی از بهترین فارغ‌التحصیلان دانشگاه برای تحصیل در دانشگاه‌های طراز اول آمریکا و انگلستان بورس تحصیلی اهدا می‌نمود. محمدعلی نجفی هم با استفاده از همین بورس و با گرفتن پذیرش از دانشگاه ام.آی.تی (Massachusetts Institute of Technology) عازم آمریکا شد. بازگشت به ایراننجفی در دوره تحصیل در آمریکا نمرات ممتاز داشت و در پایان سال دوم تحصیل در امتحان ورودی دوره دکترا شرکت و قبول شد و از شهریور همان سال (1355) کار تحقیق روی تز دکترای خویش را آغاز نمود. استاد پروژه وی یکی از معروف‌ترین ریاضیدان‌های آمریکا و جهان به نام پروفسور ماستانت بود ولی متأسفانه وقت کافی برای راهنمایی شاگردان خود نداشت. همین امر باعث شد که پس از یک سال تحقیق روی یک موضوع دست اول و ناب در ریاضی، متوجه شود که موضوع قبلاً توسط فرد دیگری در دانشگاه برکلی آمریکا بررسی و حل شده است. لذا مجبور شد موضوع دیگری را انتخاب و کار خود را برای آن آغاز کند.در سال تحصیلی 1356-1357 قسمت عمده‌ای از وقت او صرف فعالیت‌های مربوط به پشتیبانی از حرکت انقلاب اسلامی در ایران و افشاگری در خصوص جنایات رژیم شاه و تحریک افکار عمومی مردم آمریکا علیه آن رژیم گشت و در نتیجه کار روی تز دوره دکترا اتمام نیافت. 
از مهرماه 1357 به بعد تقریباً همه وقت او (به عنوان دبیر فرهنگی و دبیر تشکیلات انجمن‌های اسلامی دانشجویان ایرانی در شرق آمریکا) صرف فعالیت‌های دینی و سیاسی شد و در داخل کشور با نماینده آیت‌الله طالقانی، (مرحوم آقای علی‌بابایی) مرتبط بود و در خارج از کشور با شهيد چمران بیش‌ترین ارتباط را داشت. خوشبختانه حرکت میلیونی مردم مسلمان به پیروزی انقلاب منجر گردید و محمدعلی نجفی علیرغم اصرار استاد پروفسور کاستنانت مبنی بر دفاع از تز دکترا، نتوانست در آمریکا طاقت بیاورد و بلافاصله به ایران بازگشت. در ایران تا مدت‌ها مشاور شهید دکتر چمران بود که آن زمان عنوان معاونت نخست‌وزیر در امور انقلاب و سپس وزیر دفاع را داشتند.در سال 1358 با تماس‌هایی که با استاد در آمریکا گرفت به این نتیجه رسید که با کسب اجازه از شهید چمران برای تکمیل تز دکتری به دانشگاه صنعتی اصفهان برود و ضمن انجام خدمت و ایفای تعهد خود به آن دانشگاه در فرصتی دو سه ماهه مطالب پایان‌نامه را تنظیم و برای دانشگاه ام.آی.تی ارسال دارد. قرار او با استاد این بود که پس از ارسال متن تکمیل‌شده پایان‌نامه برای دو هفته به آمریکا برود و از تز خویش دفاع نماید. درست روزی که از تهران عازم اصفهان بود از رادیوی ماشین شنید که دانشجویان پیرو خط امام، لانه جاسوسی را اشغال کرده‌اند. همین امر موجب قطع ارتباطات و مکاتبات با آمریکا گشت و مسئله دفاع از تز دکترا را معوق ساخت.سال 1359 انقلاب فرهنگی در دانشگاه‌ها آغاز شد و در شهریورماه آن سال و درست یکی دو روز پس از حمله رژیم صدام به میهن اسلامی، به عنوان وزیر فرهنگ و آموزش عالی منصوب‌شده بودند، ریاست دانشگاه صنعتی اصفهان را بر عهده گرفت. محمدعلی نجفی علاوه بر مسؤولیت دانشگاه، عضو شورای عالی جهاد دانشگاهی هم بود و هفته‌ای یک روز برای انجام امور مربوط به جهادهای دانشگاهی به تهران می‌رفت. 
درتابستان سال 60 شهيد باهنر، که به عنوان نخست‌وزیر انتخاب شده بود، از تهران به محمدعلی نجفی تلفن زدند و او را برای مذاکره در خصوص کابینه خویش احضار فرمودند؛ و در صحبت با ایشان از قبول مسؤولیت وزارت فرهنگ و آموزش عالی امتناع کرد و افراد دیگری را که فکر می‌کرد شایسته‌تر هستند، معرفی نمود. ایشان نهایتاً فرمودند: «فعلاً از تهران ممنوع‌الخروج هستید! و تا سه روز دیگر تصمیم نهایی را خواهم گرفت.» دو روز بعد وقتی اسامی افراد معرفی‌شده به مجلس از طریق رادیو اعلام شد، نام خود را شنید و بدین ترتیب مسؤولیت آن وزارت بر دوش او نهاده شد.متأسفانه همکاری با شهید رجایی و شهید باهنر دیری نپایید و در هشتم شهریورماه همان سال به دست منافقین شهید شدند و آیت‌الله مهدوی کنی و سپس میرحسین موسوی مسؤولیت نخست‌وزیری را عهده‌دار شدند.نجفی تا سال 1363 در وزارت فرهنگ و آموزش عالی خدمت نمود. در طول این مدت ابتدا دانشگاه‌ها را برای ادامه تحصیل دانشجویان قبلی بازگشایی کرد و سپس طرح نوگشایی دانشگاه‌ها برای پذیرش دانشجوی جدید به اجرا گذاشته شد و اولین آزمون ورودی دانشگاه‌ها پس از انقلاب فرهنگی برگزار شد. در اجرای فعالیت‌ها و انجام وظایف، تداخل‌ها و اصطکاک‌هایی با ستاد انقلاب فرهنگی که به حکم حضرت امام (ره) تأسیس شده بود، وجود داشت و همین امر منجر به تهیه طرح تبدیل ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی و ارائه آن به حضرت امام و مجلس گردید.در سال 1363 و با تشکیل مجلس دوم، مجلس به برخی از اعضای کابینه آقای مهندس موسوی، از جمله نجفی رأی اعتماد نداد و مسؤولیت وزارت از دوش او برداشته شد. نجفی از آن زمان کار تدریس در دانشگاه صنعتی شریف را آغاز کرد (در دانشکده ریاضی) و هم زمان فعالیت دیگری را نیز داشت؛ از جمله تدریس پاره‌وقت در دانشگاه الزهرا، عضویت در شورای عالی آموزش و پرورش، عضویت در کمیسیون نظارت بر مطبوعات، عضویت در شورای طرح و برنامه صدا و سیما و... و نهایتاً حدود دو سال نیز معاون آموزشی صدا و سیما بود و اولین سمینار زبان فارسی در صدا و سیما را که توسط رئیس‌جمهور وقت (حضرت آیت‌الله خامنه‌ای) افتتاح گردید، برگزار کرد. 
در شهریورماه 1367 (بلافاصله پس از بازگشت تیم دانش‌آموزی ریاضی ایران که در المپیاد ریاضی شرکت جسته بود و نجفی سرپرستی تیم را بر عهده داشت) به دعوت آقای مهندس موسوی برای احراز مسؤولیت وزارت آموزش و پرورش به مجلس سوم (که پیش‌تر به وزارت جناب آقای اکرمی رأی اعتماد نداده بود) معرفی گشت و پس از بحث‌های داغ و تند، از مجلس رأی اعتماد گرفته و مشغول خدمت شد.در شهریور 1368، به همراه کابینه  آقای هاشمی رفسنجانی به عنوان وزیر آموزش و پرورش معرفی شد و تا مردادماه 1376 در مسؤولیت وزارت آموزش و پرورش ادامه خدمت داد.تأسیس سه پژوهشکده، یک دانشگاه، بیش از پنجاه آموزشکده و هزاران مدرسه، تأسیس سازمان آموزش و پرورش استثنایی، باشگاه دانش‌پژوهان جوان، بیمارستان و درمانگاه مخصوص فرهنگیان، تعداد زیادی خانه معلم (باشگاه فرهنگیان)، طراحی و تأسیس صندوق ذخیره فرهنگیان،‌ (که حدود 300 هزار نفر در آن‌ها تحصیل نموده و فارغ‌التحصیل شده‌اند) و بسیاری از اقدامات دیگر با همت و تلاش فرهنگیان و همکاران حوزه ستادی صورت پذیرفته است. 
در شهریور 1376 و هم زمان با تشکیل کابینه  آقای خاتمی، نجفی به عنوان معاون وی و رئیس سازمان برنامه و بودجه انتخاب شد. در اولین گام تعدادی از مدیران قبلی را که به هر دلیلی از سازنان خارج شده بودند (دکتر نیلی، مرحوم آقای شمس، مهندس مظاهری،مهندس ماهرو، مهندس قاضوی)به همگاری فراخواند. نهایتا برنامه سوم توسعه کشور تدوین و به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید.وی در مردادماه 1379 و پس از سه سال خدمت در سازمان، با ادغام سازمان برنامه و بودجه و سازمان امور اداری و استخدامی، از مسئولیت کناره‌گیری کرد و مجدداً به  دانشکده ریاضی دانشگاه صنعتی شریف بازگشت. البته از آن زمان تا تشکیل دولت جناب آقای احمدی‌نژاد، همکاری‌های جنبی با دولت را ادامه داد و به عنوان مشاور رئیس‌جمهور و مشاور وزیر صنایع و معادن (جناب آقای جهانگیری) به صورت نیمه‌وقت فعالیت داشت.وی عضو هیئت امناء دانشگاه صنعتی اصفهان، هیئت امناء دانشگاه کیش، هیئت امناء پژوهشگاه علوم بنیادی (مرکز تحقیقات فیزیک و ریاضی) و شورای عالی علوم تحقیقات و فن‌آوری،عضو مؤسس و هیئت امناء بنیاد امید صالحان، عضو مؤسس بنیاد پوشاک فجر، عضو هیئت امناء شهر کتاب و هیئت امناء سازمان مردمی حمایت از محرومان و آسیب‌پذیران بهزیستی هست و عضو هیئت امناء دانشگاه شیخ مفید قم بوده است. 
در تابستان 1355، زمانی که خواهر محمدعلی نجفی به جرم مبارزه با رژیم شاه دستگیر و زندانی بود، برای دلداری دادن به پدر و مادر به تهران آمد و با دختر از خانواده‌ای مذهبی آشنا شد که اصالتاً اهل اصفهان بود و در مدت کوتاهی که در ایران بود، مقدمات ازدواج فراهم و در ماه مبارک رمضان مراسم عقد ساده‌ای برگزار کردند. سه روز بعد به آمریکا برگشت و همسر وی که دانشجو بود در تهران ماند. در سال 1356 همسرش هم به او پیوست و از آن زمان در همه فعالیت‌های اجتماعی و سیاسی همراه و مشوق او بوده‌است. وی با مدرک فوق‌لیسانس علوم تربیتی در مراکز تربیت معلم تهران تدریس می‌کند. در سال 1364 هم خداوند دختری به آن‌ها عنایت فرموده است که نامش را زهرا گذاشتند. 
او در پاییز 1385 با قرار گرفتن در لیست ائتلاف اصلاح طلبان نامزد شرکت در انتخابات شورای شهر تهران شد و توانست همراه با احمد مسجد جامعی، معصومه ابتکار و هادی ساعی از لیست ائتلاف اصلاح طلبان در جمع 15 نفره شورای شهر تهران قرار بگیرد و تا سال 92 در شورای شهر تهران مشغول به کار بوده است. وی پس از انتخاب دکتر حسن روحانی به ریاست جمهوری اسلامی ایران در خرداد 92 ، از سوی وی باردیگر به عنوان وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش به مجلس شورای اسلامی معرفی گردید. 
پیش از انتخابات ریاست جمهوری 92 نامزد ریاست جمهوری نمی‌شومعضو شورای اسلامی شهر تهران با اشاره به اینکه بنا ندارم نامزد یازدهمین دوره ریاست جمهوری شوم، گفت: بعد از اتمام فعالیتم در دوره سوم شوراها به کارهای عقب‌مانده و شخصی خود خواهم پرداخت. محمدعلی نجفی با اشاره به اینکه بنا ندارم کاندیدای یازدهمین دوره ریاست جمهوری شوم، گفت: در این زمینه تصمیم نهایی خود را گرفتم و قطعاً کاندیدا نخواهم شد.  وی در پاسخ به این پرسش که آیا اگر دولت اصلاحات برسر کار‌آید شما به عنوان وزیر حاضر هستید فعالیت کنید یا خیر؟ گفت: بنا ندارم در کارهای اجرایی وارد شوم اما آمادگی دارم به عنوان مشاوره در خدمت دولت بعدی باشم. نجفی در پاسخ به این پرسش که بعد از اتمام سومین دوره شوراها به چه کاری خواهید پرداخت، گفت: بنده استاد دانشگاه شریف هستم که بازنشسته شده‌ام و می‌خواهم بعد از اتمام فعالیتم در شورا به کارهای شخصی و عقب مانده خود برسم. هاشمی کاندیدا شود اصلاح‌طلبان حمایتش می‌کنندنجفی گفت: هرکس از سوی اصلاح طلبان معرفی شود همه از او حمایت می کنیم و اسامی که تا الان اعلام شده اند، تنها در حد گمانه زنی است.کاندیدای حداکثری، کسی است که قدرت دفاع از مواضع اصلاح طلبانه و تبیین این مواضع را داشته باشد که در راس آنها آقای خاتمی است. البته اگر آقای هاشمی رفسنجانی هم کاندیدا شوند، فکر می کنم اصلاح طلبان از ایشان حمایت کنند.وی همچنین با بیان اینکه باید شرایط حضور برای همه جریانهای سیاسی آماده شود، تصریح کرد: در حال حاضر بنده فضا را برای حضور اصلاح طلبان مناسب نمی بینم بخصوص اینکه در مواردی فضا بسته تر هم شده مانند دستگیری اخیر تعدادی از روزنامه نگاران.نجفی در خصوص کاندیداتوری افرادی نظیر عارف و کواکبیان نیز گفت: در مورد افراد نظر نمی دهم، اصلاح طلبانی که در مظان کاندیداتوری هستند بسیارند. حسن روحانی نامزد جبهه اصلاحات نیستمحمدعلی نجفی عضو مرکزیت و سخنگوی کمیته 7 نفره اصلاح‌طلبان در مصاحبه با هفته‌نامه «آسمان» می‌گوید: «در آخرین جلسه قبل از ثبت‌نام تقریبا از اینکه آقای خاتمی یا هاشمی وارد صحنه شوند ناامید شدیم. به همین خاطر یک پیشنهادی شد که از 4 کاندیدای بالقوه که نهایتا می‌توانند نامزد اصلاح‌طلبان باشند بخواهیم تا ثبت‌نام کنند و نهایتا یکی از آنها را انتخاب کنیم». آقای نجفی تصریح می‌کند «4 نامزد مورد نظر جبهه اصلاحات آقایان؛ مهر علیزاده، جهانگیری، شریعتمداری و عارف بوده‌اند». عضو مرکزیت و سخنگوی کمیته 7 نفره اصلاح‌طلبان در پاسخ به این سوال که چرا به سراغ آقای روحانی نرفتید؟ می‌گوید «جمعی از اصلاح‌طلبان اعتقاد داشتند که اگر ما فردی را که مواضع روشن‌تری در رابطه با گفتمان اصلاحات داشته باشد، انتخاب کنیم بهتر است، لذا در آن مرحله توافقی درباره ایشان وجود نداشت.»محمدعلی نجفی که خود را «سخنگوی کارگروه 7 نفره ائتلاف اصلاح‌طلبان» معرفی می‌کرد به خبرنگاران گفت تا شنبه آینده(18 خرداد 92) نتیجه مذاکرات این کمیته 7 نفره اعلام می‌شود. در حال حاضر دو جریان تأثیرگذار هستند یکی اصلاح‌طلبان که نمادشان خاتمی است و دیگری جریان معتدل که نماد آن هاشمی است. گزینه اصلی ما هاشمی بود که شورای نگهبان گرفت و کاندیدای مشترک این دو جریان منتفی شد.وی با بیان اینکه «مشاوران خاتمی و تعدادی از بزرگان» در تشکیل گروه 7 نفره نقش داشته‌اند، نظرسنجی و ساز و کارهای دیگر در انتخاب کاندیداهای واحد اصلاح‌طلبان نقش دارد.همزمان «مشاوران خاتمی» در بیانیه‌ای خواستار ائتلاف روحانی و عارف شدند اما با ادبیاتی قابل تأمل عملاً گرای روحانی را داده و تلویحاً عارف را حذف کرد. پس از انتخابات ریاست جمهوری 92به دلیل تعهد به نظام اعلام آمادگی کردملیست کابینه همیشه و در همه ادوار یکسری منتقدانی را داشته و از این پس هم خواهد داشت. اما نکته مهم این است که رییس دولت از من برای حضور در وزارت خانه مهم آموزش و پرورش دعوت کرده است و بنده به دلیل تعهد همیشگی به نظام و کشور برای خدمت اعلام آمادگی کردم و به همین دلیل آماده هر نوع مشکلی هستم. مجلس وظیفه قانونی‌اش را در قبال لیست رییس جمهوری ایفا خواهد کرد و اگر رای اعتماد بدهد که با تمام توان در خدمت اداره آموزش و پرورش خواهم بود و اگر هم تشخیص بدهند که وارد دولت نشوم، طبیعی است که به رای نماینده‌های محترم احترام بگذارم و برای مجلس و دولت آرزوی کارآمدی کنم. تمایلی به بازگشت به آموزش ‏و پروش‎ نداشتممن خودم به آقای روحانی گفتم که زیاد با این موضوع که وزیر 16 سال پیش دوباره به همان وزارتخانه بازگردد، موافق نیستم. بالاخره تصمیم آقای روحانی این بود که به من تکلیف کردند. وزارت آموزش و پرورش  باب میلم هست اما فکر می‌کنم  بهتر بود فردی معرفی می شد که قبلا به عنوان وزیر در وزارتخانه خدمت نکرده است. منتهی احتمالا آقای روحانی گزینه مناسب‌تری پیدا نکرده‌اند که باید این سؤال را از خودشان پرسید. تامین امنیت دانش آموزان اولویت اصلی من استنجفی درباره سئوالی که درباره اتفاقات ناگواری که در مدارس و برای دانش آموزان در این چند وقت افتاد، گفت: "اتفاقات بعضا غیرقابل پیش بینی هستند، اما بنده جدا اعتقاد دارم از برخی از حوادثی که در این چند وقت اتفاق افتاد، می‌شد جلوگیری کرد که بنده این وعده را می‌دهم که اگر قرار بر فعالیتم در وزارت آموزش و پرورش باشد، تامین امنیت دانش آموزان را در همه مناطق اولویت اصلی خودم بدانم." آموزش و پرورش در سال های اخیر فاقد یک استراتژی مشخص در طراحی برنامه های عملیاتی بودهنجفی چالش مهم آموزش و پرورش را ارتقاء شان و منزلت فرهنگیان خواند و گفت: فرهنگیان باید به عنوان مرجع در جامعه مورد احترام باشند، اما امروز فرهنگیان از جایگاه مناسبی برخوردار نیستند. براساس گزارش مورد تایید معاونت نظارت راهبردی رئیس جمهور در سال جاری وزارت آموزش و پرورش چهار هزار میلیارد تومان کسری بودجه دارد. آموزش و پرورش درگیر کمیت ها است باید کیفیت را در فرآیند یاددهی و یادگیری افزایش دهیم.آموزش و پرورش در سال های اخیر فاقد یک استراتژی مشخص بخصوص در طراحی برنامه های عملیاتی بوده که تغییر کوتاه مدت تصمیمات نمایانگر آن است. بازنگری در تعطیلی پنجشنبه‌ های مدارسدرباره تعطیلی پنج شنبه ها در سند تحول بنیادین هیچ صحبتی نشده است و همانطور که قبل از این نیز گفته ام تمامی اقدامات دو ساله اخیر از جمله تعطیلی پنج شنبه ها در صورت وزیرشدنم مورد بازنگری قرار می گیرد، اما برای سال تحصیلی جدید تغییری در برنامه های فعلی آموزشی ایجاد نمی شود. تمامی اقدامات اجرا شده سند تحول بازنگری می‌شود در صورتیکه وزیر آموزش و پرورش شوم، تمام اقدامات دوسال اخیر که در راستای اجرای سند تحول انجام شده بازنگری می شود و هر بخشی از برنامه نیاز به اصلاح داشته باشد اصلاحات را انجام خواهیم داد که تعطیلی پنجشنبه‌ها نیز یکی از این مسائل است، اما برای سال تحصیلی جدید تغییری در برنامه‌های فعلی آموزشی ایجاد نمی‌شود. عدم‌ موضع‌گیری نجفی درباره فتنهقاسم جعفری نماینده مردم بجنورد در مجلس شورای اسلامی در گفت‌وگو با فارس، با اشاره به جلسه هفته گذشته اعضای کمیسیون آموزش با وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش گفت: آقای نجفی در این جلسه تلاش می‌کرد درباره فتنه موضعی نگرفته و این موضوع را نادیده بگیرد.در همین رابطه، عطاالله سلطانی عضو کمیسیون آموزش گفت: در جلسه کمیسیون با محمد علی نجفی، سید محمود نبویان از وی پرسید که آیا شما خاتمی، موسوی و کروبی را فتنه‌گر می‌دانید؟ که آقای نجفی پاسخ داد «فتنه چیست؛ بعدا در این باره صحبت خواهیم کرد.»همچنین زهره طبیب‌‌زاده عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس شورای اسلامی بیان کرد: محمدعلی نجفی در نشست گذشته‌ کمیسیون آموزش، فتنه را انکار کرد و می‌گفت تعریف ما از فتنه با تعریف او متفاوت است و به‌نوعی وجود فتنه را انکار می‌کرد و ظاهراً آنچه نمایندگان به‌نقل از مقام معظم رهبری درباره فتنه 88 مطرح می‌کردند، مورد قبول آقای نجفی نبود و ظاهراً از نظر آقای نجفی فتنه‌ای وجود نداشته است. 
گزیده ای از سخنان نجفی در مصاحبه با نشریه مهرنامه به نقل از سایت باشگاه ژورنالیستها چنین است:بعد از تشکیل مجلس پنجم که می‏توان گفت مجلسی متشکّل از همه جریانات اصلی سیاسی کشور و مجموعاً دارای بضاعت و پتانسیل خوبی از نظر کارشناسی و سیاسی بود؛ کارگزاران تصمیم گرفتند در ارتباط با ریاست‌جمهوری هم فعال شوند. نظر عده‏ای آن بود که کارگزاران کاندیدای مستقلی داشته باشد و از او حمایت کند و البته بکوشد حمایت دیگر گروه‏های سیاسی را هم جلب کند. عده‏ای هم نظرشان بر این بود که مدّتی صبر شود تا کاندیداهای اصلی انتخابات مشخص شوند و بعد، تصمیم‏گیری شود. ورود جریانی جدید در صحنه سیاسی کشور ما با تحلیلی که داشتیم، به این نتیجه رسیده بودیم که باید جریان جدیدی در کشور پا بگیرد و مردم در معرض داشتنِ حق انتخاب گزینه‏های مختلف قرار بگیرند. در این راستا، یکی از افرادی که از همان ابتدا به ایشان مراجعه کردیم آقای خاتمی بود. از ایشان خواستیم یا خودشان کاندیدای مجلس شوند یا جریانی از افراد هم‌فکر و هم‏نظر را جمع کنند تا به‌طور مشترک در تهران و شهرستان‏ها از آنها حمایت کنیم.اما جمع‏بندی ایشان در آن مقطع این بود که با توجه به شرایط سیاسی کشور و انسدادی که از نظر ایشان به‌وجود آمده، هیچ کاری نمی‏توان کرد. این در حالی بود که ما به عنوان کارگزاران معتقد بودیم می‏توان این انسداد را شکست که در عمل هم شکست. حتا ایشان در پایان آن دیدار به حالت دوستانه اما با پوزخندی گفتند: «حالا شما بروید و فعالیت کنید، ببینیم چه می‏شود.» ائتلاف با روحانیت مبارز شکست خورداز آنجا که بخش عمده اعضای کارگزاران کسانی بودند که ارتباط وسیعی با تیپ تکنوکرات و متخصصان و دانشگاهیان داشتند؛ احساس می‏کردیم که در زیر پوست جامعه، تمایلی جدّی برای خروج از این انسداد شکل گرفته است.به همراه مرحوم دکتر نوربخش خدمت یکی از بزرگان جامعه روحانیت مبارز رسیدیم. درخواست کردیم جامعه روحانیت مبارز لیستی بدهد که برای ما هم قابل قبول باشد و بتوانیم از آن لیست دفاع کنیم. به همین دلیل، از ایشان خواستیم 5 نفر از افرادی را که ما معرفی می‏کنیم و تردیدی هم درباره صلاحیت آنها وجود ندارد؛ در لیست قرار دهید و به فهرست مشترکی برسیم. [از اعضای این لیست میتوان به فائزه هاشمی و عبدالله نوری اشاره کرد]ایشان با یک پوزخند در پاسخ گفتند: «خب، شما لیست بدهید. مردم برای رأی دادن، به ریش آخوند محل خود نگاه می‏کنند؛ به هر طرف تکان داد، به همان رأی می‏دهند!». یعنی، جناح راست آن زمان اینقدر اعتماد به نفس داشت و حرف خود را حرفِ آخر می‏دانست و برای هرکدام از این ۵ نفر هم دلایلی آوردند و نهایتاً پیشنهاد ما را هم نپذیرفتند. ماهیت حزب کارگزاران دولت آقای‌هاشمی و شخصِ ایشان در دوره ریاست‏جمهوری متأسفانه با چپ دچار مشکل شد. شروعِ اختلاف هم از مجلس بود. یعنی همان چپی که در مجلس حضور داشت و علی‏القاعده باید حامی آقای‌هاشمی می‏بود؛ ابتدا در موضوعات اقتصادی و سپس سیاست‏های فرهنگی، در برابر ایشان موضع گرفتند. در مرحله‏ای آقای‌هاشمی به این نتیجه رسیدند که باید حساب خود را از چپ جدا کنند. با این حال، در دولت آقای‌هاشمی افراد منتسب به چپ باقی ماندند و بر این اساس، می‏توان کارگزاران را «چپ تحوّل‏یافته» خواند. در دولت مهندس موسوی جمعی 7-6 نفره به عنوان طیف چپ دولت شناخته می‏شد که بنده، آقای خاتمی، مرحوم دکتر نوربخش، آقای بهزاد نبوی، آقای سلامتی و آقای دکتر نمازی (وزیر وقت اقتصاد) آقای سرحدی‌زاده و آقای مهندس شهاب‌الدین گنابادی را شامل می‏شد. در مقابل ما هم آقایان عسگراولادی، ناطق نوری، پرورش، توکلی و... حضور داشتند. شما می‏دانید که در آن دولت تقسیم‏بندی راست و چپ خیلی شدیدی وجود داشت و ما در اغلب موضوعات، بحث‏های بسیار زیادی با هم داشتیم. 
انتقاد اولرئیس جمهور در یک سخنرانی اعلام کردند دولت قصد دارد  به هرکسی که فاقد مسکن است ، 1000 متر زمین بدهد. حتی گفتند نیازی به ساخت آپارتمان نیست و مردم می توانند در این زمین ها خانه های ویلایی بسازند . این حرف هم مشخص است که مبنای علمی ندارد حتی یک کارشناس تازه کار مسکن هم می توانند این حرف را رد کند . ـ اتفاقا جالب است بدانید که همین مطلب را قبل از انقلاب شاه! گفته بود . در خاطرات مدیران سازمان برنامه قبل از انقلاب می خوانید که شاه چندین بار در مقابل روسای سازمان برنامه که مقابل بلند پروازی های توهم آلود او مقاومت می کردند ، چندین بار در جلسات شورای اقتصاد با عصبانیت به آنها گفته بود یک مشت کمونیست در سازمان برنامه جمع شده اند که جلوی پیشرفت کشور را بگیرند. این نگاه یک نوع دیکتاتوری منشی است . یعنی فردی تصور کند بدون نیاز به کارشناسان ، بدنه مدیریت کشور باید حرف ها او را تئوریزه کنند . لذا فکر می کنم به هر دلیلی که آقای احمدی نژاد سازمان برنامه را تعطیل کردند آثار سوء آن تا سالها همراه اقتصاد کشور خواهد بود . البته باز هم تاکید می کنم اگر سازمان برنامه هم حفظ می شد . بخشی از عملکرد منفی باقی می ماند ولی حدس می زنم  سازمان برنامه با توان کارشناسی خودش اجازه نمی داد برخی از فاجعه ها در اقتصاد کشور به وقوع پیوندند . انتقاد دومنجفی در پاسخ به سؤالی مبنی بر  اینکه شما فکر می‌کنید انحلال سازمان برنامه ناشی از نگاه اعتقادی به سازمان بوده یا آقای احمدی نژاد این نهاد را ترمزی برای رفتارهای اقتصادی دولت می‌دانستند؛ جواب داد: در این مورد قضاوت کردن دشوار است است چرا که باید انگیزه خوانی کنیم . آقای احمدی نژاد هیچ وقت در مورد این تصمیم خودشان به کارشناسان و عموم جامعه توضیحی ارائه نکردند . البته آقای احمدی نژاد زمانی این کار را کردند که از نظر خودشان در اوج  بودند و ماه عسل ایشان با اصولگرایان درون حاکمیت بود . بنابر این هر نظری که ایشان می دانند عده ای تصور می کردند مسوولیت شرعی دارند از آن تصمیم دفاع کنند ولو اینکه بدانند آن تصمیم اشتباه است . نظر دادن در این مورد قدری دشوار است چرا که قصد ندارم مطالبی را به ناحق به آقای احمدی نژاد نسبت بدهم . انتقاد سوماعتقاد دارم اگر یک دولت توسعه گرا و خرد ورز سر کار بیاید و فضای عمومی جامعه برای یک حرکت توسعه ای مهیا باشد ، مردم از این مساله استقبال میکنند و از کارهایی که آن دولت انجام می دهد دفاع می کنند. اگر یک ”دولت ملی” به این معنا که غم ملت را داشته باشد، روی کار بیاید ، به طور حتم مردم همکاری می کنند. البته این دولت باید دولتی باشد که همه مردم آن را قبول داشته باشند و به معنای واقعی دولت ملی باشد . این آمادگی در جامعه و طبقه متوسط که تصور می کنم طی هفت سال گذشته به شدت مورد احجاف قرار گرفته وجود دارد که با دولت ملی همکاری کنند و در جهت شتاب دادن به برنامه های توسعه ای همکاری می کنند. 
حسن روحانی هم مجلس و هم کشور با آقای نجفی آشناست. ایشان از چهره‌های علمی به‌نام و از دانشجویان با استعداد رشته ریاضی در دانشگاه ام‌آی‌تی بوده است و بعد هم در ایران چه در وزارت علوم که ریاست دانشگاه را بر عهده داشتند و چه در دولت، مسئولیت‌های مختلف را تجربه کرده‌اند. وی افزود: در مدتی که ایشان به عنوان وزیر آموزش و پرورش بودند، وزیری مورد احترام و محبوب به شمار می‌رفتند، ضمن اینکه ایشان فرد صاحب‌نظر و با تجربه لازم در این زمینه هستند و برنامه‌های خوبی برای بخش آموزش و پرورش دارند. روزنامه رسالت آقای دکتر نجفی رسما اعلام کرده که قرار است به‌عنوان وزیر آموزش و پرورش به مجلس پیشنهاد شود. واقعیت آن است که دکتر نجفی- جدا ازدیدگاه‌های سیاسی - یکی از توانمندترین مدیران در مجموعه یاران آقای روحانی است و به نظر می​رسد  که ایشان برای اقتصاد آموزش و پرورش و حل مشکلات معیشتی معلمان اولویتی خاص قائل می‌باشد. اما واقعیت نخست آن است که اگرچه اقتصاد آموزش و پرورش در اولویت قرار دارد اما هدف غایی آموزش و پرورش حل مشکلات اقتصادی معلمان نیست . بنابراین اگر مسئله تعیین معاونت اقتصادی برای این وزارتخانه فرهنگی مطرح باشد ، دکتر نجفی بهترین گزینه است. جمعی از مدیران آموزش و پرورش که سابقه همکاری با دکتر محمدعلی نجفی را دارندجمعی از مدیران آموزش و پرورش که سابقه همکاری با دکتر محمدعلی نجفی را دارند، در نامه ای به نمایندگان مجلس با ارائه دلایلی خواستار رای منفی نمایندگان به گزینه پیشنهادی وزارت آموزش و پرورش شدند. از جمله دلایلشان:اجرای ناقص و وارونه تغییر نظام آموزشی و شکست  نظام جدید متوسطه در دهه هفتادتضعیف وتعطیلی مراکز تربیت معلمعدم تجانس ایشان با جنس معلمانعدم صلاحیت حرفه ای وعلمی ایشان متناسب با حوزه فعالیت آموزش وپرورشنگرانی از به کارگیری نیروهای تحت تاثیر غرب به جای نیروهای متعهدمتن کامل نامه عباس مقتدایی، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلسبا توجه به حساسیت موضوعات علمی و ضرورت پرهیز از سیاست‌زدگی و جلوگیری از ورود جریان‌های سیاسی به عرصه آموزشی و تربیتی و با توجه به حساسیت امور مرتبط با دو وزارتخانه آموزش و پرورش و علوم، تحقیقات و فناوری، به نطر می‌رسد افرادی که برای این دو وزارتخانه معرفی شده‌اند اکنون دارای سابقه‌های سیاسی هستند که نتوانسته‌اند اجماع لازم را در بین نمایندگان مجلس، برای اعتماد به خود ایجاد کنند.وی افزود: حساسیت مجلس نسبت به دو وزارتخانه آموزشی کشور بسیار بالاست و با دقت در حال بررسی رفتارها و پیشینه عملکردی وزرای پیشنهادی هستیم و از این جهت با کمال دقت پیگیری خواهیم کرد تا فضای آموزشی کشور دستخوش تندبادهای مخرب سیاسی نشود. حمزه شکیب عضو شورای شهر تهرانبا شناختی که در طول 6 سال همکاری با آقای نجفی داشتم، باید بگویم ایشان با توجه به تجربه چند دوره وزارت در آموزش و پرورش، علوم و تحقیقات و فناوری و مسئولیت در سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی و نگاه فراجناحی در مدیریت کاری، قطعاً یکی از گزینه‌های بسیار مطلوب برای وزارت آموزش و پرورش است.در فراز و نشیب‌های این دوره 6 ساله که مصادف با دوره فتنه بود آقای نجفی با مسائل پیش آمده ظهور مقبول و با تدبیری داشتند، لذا پیش‌بینی می‌شود آقای نجفی بتواند از کلیه ظرفیت کشور در این زمینه در ارتقای آموزش و تعلیم و تربیت استفاده کند و تحولی نو در آموزش و تعلیم و تربیت در راستای اهداف نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران ایجاد کند. ﻣﺤﻤﺪﺣﺴﯿﻦ روزی ﻃﻠﺐ، مدیرکل آموزش و پرورش استان فارسدر همان ابتدای انقلاب بحث تغییر نظام آموزش و پرورش مطرح شد و پس از بررسی کارشناسان تعلیم و تربیت در نهایت در سال 67، طرح کلی تغییر نظام آموزش و پرورش تصویب شد.وی ادامه داد: در آن طرح، دوره‌های آموزش و پرورش شامل اساس، ارکان، ارشاد و متوسطه نامیده شده بود که آقای نجفی تغییر را به جای آنکه از اول آغاز کند، از دوره متوسطه انجام داد.اجرای تغییر نظام آموزشی از دوره متوسطه باعث شد که تنها دروس به شکل واحدی ـ ترمی ارائه شود و در ساعتی دانش‌آموزان به دلیل انتخاب نکردن برخی دروس، بیکار باشند و به اصطلاح پنجره باز ایجاد شد.وی اضافه کرد: نبود امکانات مختلف برای سرگرم کردن دانش‌آموزان در مدرسه در زمان پنجره باز و عدم کنترل دانش‌آموزان، مشکلاتی را نیز ایجاد کرد ضمن اینکه شاهد هستیم که پس از سال‌ها تغییر کرد.مدیرکل آموزش و پرورش استان فارس به ایجاد پیش‌دانشگاهی در آن زمان اشاره کرد و گفت: پیش‌دانشگاهی حالت برزخ را داشت و همواره بحث بر سر آن بود که جزو آموزش و پرورش یا آموزش عالی باشد و در نهایت هم پس از سال‌ها حذف شد. غلامحسین حیدریتربیت معلم در زمان نجفی عملاً تعطیل شد. اکثر معاونان آقای نجفی، از خارج سیستم آموزش و پرورش انتخاب شدند و اغلب تحصیل‌کرده کشورهای غربی بودند  انتقاد به آقای نجفی این است که وی به تحول بنیادینی که دوره قبل انجام شد، خیلی اعتقاد نداشت.   آقای نجفی به امور تربیتی خیلی عنایت نداشت و تعداد مربی به دانش‌آموز در دوره قبل از وی بسیار بهتر بود و آمارها به خوبی این موضوع را نشان می‌دهد. حجت‌الاسلام والمسلمین علی ذوعلمانتخاب آقای نجفی به عنوان وزیر آموزش و پرورش بسیاری از فرهنگیان و کسانی که دغدغه مسائل تعلیم و تربیت را دارند دچار تعجب و شگفتی کرد.وی ادامه داد: انتظار این بود که برای وزارت آموزش و پرورش یک چهره صاحب‌نظر و پویا که مسائل امروز آموزش و پرورش را بشناسد و به تحول اساسی در آموزش و پرورش معتقد باشد، انتخاب شود. باید توجه داشت که نه آقای نجفی همان آقای نجفی دهه 70 است و نه آموزش و پرورش همان آموزش و پرورش دهه 70 است. اقتصاد آموزش و پرورش مسئله بسیار پیچیده و ریشه‌داری است و با رفتارهای کوتاه‌مدت قابل حل نیست.  ایشان در بحث اقتصاد آموزش و پرورش در دوره 9 ساله توفیق تحول اساسی و استقرار راهبردهای مؤثر و بلندمدت را نداشت. 
رؤوس برنامه های پیشنهادی نجفی که در 13 محور تنظیم شده استاول - سند تحویل بنیادین آموزش و پرورشدوم - مدیریت و رهبری آموزشی سوم- منابع انسانیچهارم - منابع مالیپنجم - برنامه درسیششم- فعالیت‌های پرورشی، فرهنگی و تربیت بدنیهفتم - تربیت فنی و حرفه‌ایهشتم - مشارکت‌های مردمینهم - گروه‌های آموزشی خاص و با نیازهای ویژهدهم - نهادهای صنفی و مدنییازدهم - فضاهای کالبدیدوازدهم:‌فن‌آوری اطلاعاتسیزدهم: سایر اقداماتمتن کامل برنامه های پیشنهادی 
اظهارات مخالفاناظهارات زاکانی نماینده تهران و مخالف نجفیتاریخ 21 مرداد 1392علیرضا زاکانی نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی در جلسه علنی نوبت عصر دوشنبه(21 مرداد 92) مجلس در مخالفت با محمدعلی نجفی وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش  ابتدا طی سخنانی برای دولت حسن روحانی آرزوی موفقیت و کارآمدی کرده و سپس در نطقی به بیان عملکرد نجفی در فتنه 88 و اصرار او بر مواضعش در کمیسیون مربوطه پرداخت. زاکانی دلایل مخالفتش را اینگونه بیان میکند: مخالفت با نوع نگاه و اعتقادات نجفیعلیرضا زاکانی دلیل اول خود در مخالفت با وزیر پیشنهادی وزیر آموزش و پرروش را مباحث اعتقادی عنوان کرد و با مهم دانستن جایگاه آموزش در نظام ارزشی اسلام گفت: مخالفت من به دلیل نوع نگاه نجفی به آموزش و پرورش است.وی با بیان اینکه در نظام ارزشی اسلام انسان جنبه مادی و معنوی داشته و به دنبال رشد می‌رود، تصریح کرد: نگاه غربی‌ها به رشد در زمینه‌های مادی است؛ در نظام اسلامی، فرهنگ اساس و محور است در حالی که در غرب این اقتصاد است که محور محسوب می‌شود.نماینده مردم تهران در خانه ملت، بار دیگر بر این نکته تاکید کرد که دلیل مخالفتش با وزارت محمدعلی نجفی نگاه اعتقادی وی است که دارای جامعیت‌‌های لازم نیست.زاکانی با اشاره به فرمایشات امام خمینی(ره)، مقام معظم رهبری، قانون اساسی و مستندات انقلاب اسلامی از توجه ویژه به رشد فضائل و تعلیم و تربیت سخن گفت.زاکانی در ادامه سخنان خود به سند بنیادین توسعه آموزش و پرورش که در آذرماه سال 90 تصویب و پس از آن به تایید مقام معظم رهبری رسید، اشاره کرد و افزود: این سند تکالیف مربوط به آموزش و پرورش را معین کرده است که بایستی فرد حاضر در وزارت آموزش و پرورش به اجرای آن اهتمام داشته باشد.وی افزود: البته آقای نجفی در برنامه‌های خود، نه وعده بررسی این سند و نه اجرایی کردن آن را داده است. نگاه آسیب‏زا به تعلیم و تربیتاین نماینده مردم در مجلس، نوع نگاه نجفی به تعلیم و تربیت را نادرست و دارای اشکالات اساسی توصیف کرد و اظهار داشت: بیش از هشت سال مدیریت وی را تجربه کردیم و شاهد عملکرد وی بوده‌ایم.زاکانی در ادامه بخشی از سخنان محمدعلی نجفی درباره آموزش و پرورش را بیان کرد و به نقد آنها پرداخت و همین سخنان را عاملی برای نگاه نادرست وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش به تعلیم و تربیت دانست.زاکانی نگاه نجفی به تعلیم و تربیت را آسیب‌زا دانست و گفت‌: امروز آموزش و پرورش نیاز به تحول با نگاه درست به انسان و توجه به مسئولیت‌های جامعه اسلامی دارد که البته آقای نجفی اعتقاد چندانی به این تحول ندارد. نحوه اعتقاد به نظامزاکانی اضافه کرد: برخی از دوستان آقای نجفی در دوره‌ای به وی گفتند که چرا در انتخابات ریاست جمهوری کاندیدا نمی‌شوید که وی پاسخ داد کسی باید در انتخابات کاندید شود که به حکومت اسلامی اعتقاد دارد. نجفی یک شخصیت سیاسی معتدل برای اداره آموزش و پرورش کشور نیست نماینده مردم تهران در مجلس با بیان اینکه شخصیت سیاسی نجفی یک شخصیت معتدل برای اداره آموزش و پرورش کشور نیست، اظهار داشت: اگر در مورد آقای نجفی به بحث فتنه اشاره می‌شود شاخص بودن فتنه است.وی با اشاره به فتنه 88 این فتنه را یک حرکت طراحی‌شده از سوی اسرائیل و آمریکا عنوان کرد و افزود: عده‌ای در داخل دانسته یا ندانسته تصدی آن فتنه را به عهده گرفتند.این نماینده مردم در خانه ملت همچنین یادآور شد: من پیش از این و در یکی از نطق‌های خود در مجلس گفتم که عده ای در آن حوادث معترض بودند و سوال‌هایی دارند که نظام باید به آنها پاسخ دهد. اما عده‌ای نیز آتش‌بیار معرکه بودند که نظام برای تامین امنیت مردم باید با آنها مقابله کند.وی افزود: اگر امروز می‌‌گوییم فتنه، یعنی انگ تقلب زدن به نظام، یعنی وارد کردن اتهام جنایت و تجاوز به نظام، که اینها درست نبود.زاکانی با اشاره مجدد به فتنه سال 88، گفت: آقای ابوترابی، جلالی و نادران می‌توانند در مورد مبحثی که می‌خواهم بیان کنم شهادت دهند. در آن ایام شش نفر مامور شدیم تا نزد آقایان موسوی، کروبی، هاشمی و رضایی رفته و ماجرا را از آنها پیگیری کنیم. ما به دیدار آنها رفتیم و اولین نکته‌ای که آقای هاشمی روز چهارشنبه 27 تیرماه بیان کردند این بود که صبح روز سه‌شنبه خاتمی با من تماس گرفت (فردای روز انتخابات) و من به وی گفتم که فعلا وقت ندارم، ظهر آقای حسن خمینی، خاتمی و موسوی نزد من آمدند و آقای هاشمی اینگونه بیان کرد که آنها معتقد به تقلب بوده و آقای موسوی راهکارهای قانونی را قبول ندارد.این نماینده مردم در مجلس ادامه داد: ما خدمت آقای موسوی رسیدیم و نزد آقای کروبی و رضایی هم رفتیم حتی نزد آقای هاشمی هم رفتیم. اما این افراد حتی یک کلمه راجع به تقلب استدلال نداشتند و ما متحیر بودیم که پس اعتراض‌شان برای چیست؛ البته آقای هاشمی جواب ما را دادند و گفتند که از ظهر شنبه آنها مدعی تقلب بوده و راهکارهای قانونی را هم قبول ندارند. تشکیل دو گروه از سوی مجلس برای بررسی سخنان کروبی:وی ادامه داد: آقای لاریجانی در همین جا برای رسیدگی به اتهام تجاوزی که آقای کروبی مطرح کردند دو گروه تشکیل شد، هر دو گروه در مجلس به این نتیجه رسیدند که از اساس ادعای بیان شده غلط است. حتی سه نفر از قوه قضائیه هم موضوع را پیگیری کردند و آنجا نیز مشخص شد که مباحث مطرح شده دروغ است که این موضوعات به اطلاع آقای کروبی رسانده شد؛ به کروبی گفته شد که اکنون که متوجه دروغ بودن این ادعا شدید چرا اعلام نمی‌کنید که متاسفانه هیچ صحبتی بیان نشد.زاکانی در ادامه سخنانش گفت: آقای نجفی در همان ایام، اقدام کروبی را شجاعانه و خداترسانه خوانده بود. آقای نجفی! از نظام و شهدا خجالت نکشیدید که بعدا بگویید این مباحث دروغ بود اما هیچ کس از شما نشنید که شما دروغ بودن این مباحث را بیان کنید.نماینده مردم تهران در مجلس، با اشاره به جلسه کمیسیون آموزش و تحقیقات با وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش یادآور شد: شما در جلسه رویتان نمی‌شد بگویید که فتنه را قبول ندارید، همان فتنه‌ای که مدت‌ها کشور را زمین‌گیر کرد.زاکانی در ادامه سخنان خود بخشی از بیانیه محمدعلی نجفی خطاب به مراجع را قرائت کرد و مباحث مطرح شده در این بیانیه را به شدت مورد انتقاد قرار داد.زاکانی اضافه کرد: آقای نجفی در نامه خود به مراجع، گفته‌اند که اسف‌بارتر این است که دستگاه‌های امنیتی مصرانه در پی اثبات فرضیه، خیال‌پردازانه و سراپا اشتباه است و برای معرفی فعالان به عنوان عوامل وابسته به بیگانه و محرکان انقلاب مخملی هستند، آقای نجفی این نامه را با این مضامین ارسال کرده است ولی اگر کسی در روز روشن نور خورشید را نمی‌بیند، ما بنا نداریم که آن را مسوول و سرآمد مسوولان قرار بدهیم. متهم کردن نظامزاکانی با بیان اینکه اکنون درباره سخن گفتن درباره سرآمد وزرا به وزارتخانه‌ها هستیم، گفت: قصد نداریم عنان کار را در این وزارتخانه به دست کسی دهیم که ماحصلش مباحث بیان شده و اتهام زنی به نظام است.وی از علاءالدین بروجردی خواست تا گزارش کمیسیون امنیت درباره وضعیت زندان‌ها را بیان کند و در همین زمینه اظهار داشت: کمیسیون امنیت گروهی تشکیل داد و پس از بازدید زندان‌ها متوجه شد که شرایط واقعی 180 درجه با مباحث بیان شده اختلاف دارد.این نماینده مردم در مجلس همچنین یادآور شد: من در شورای عالی هلال‌احمر بودم. زمانی که گروه ها برای سرکشی به منازل آسیب دیدگان فتنه می‌رفتند، خانواده ها  می گفتند قبل از شما آقای نجفی با خانم الف آمده و گفته اند که ما نماینده موسوی و کروبی هستیم، چرا شما مدعی شهدایی که داده‌اید نمی شوید. آیا این خاموش کردن فتنه بود؟زاکانی در پایان ابراز امیدواری کرد که در مجلس بر اساس سلایق سیاسی تصمیم‌ نگیرد.متن انتقادات زاکانی اظهارات احمدامیرآبادی فراهانی نماینده مردم قم:نماینده مردم قم در مجلس که در مخالفت با وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش صحبت می‌کرد، گفت: رییس‌جمهور فردی را معرفی کرده که وی چهره شناخته شده سیاسی است نه یک چهره فرهنگی و علمی. دلایلتغییر در کلیات نظام آموزشی و محتوای کتب درسیقبول کنید آموزش و پرورش پس از انقلاب، یادگار شهیدان رجایی و باهنر و شهداست و برای تربیت اسلامی در میان دانش‌آموزان جایگاه ویژه‌ای دارد. اما وزیر معرفی شده علی‌رغم فعالیت‌هایی که در این وزارتخانه داشته، تغییر محسوسی در آموزش و پرورش ایجاد کرده است که نمونه آن را در طرح کلیات نظام آموزشی و تغییر در محتوای کتب درسی و اتخاذ روش‌های تربیتی و نادیده گرفتن آن‌ها شاهد هستیم. میزان تعامل با حوزهوی خطاب به وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش گفت: شما در طی مدتی که تصدی وزارت آموزش و پرورش را عهده‌دار بوده‌اید، چقدر تفاهم‌نامه با حوزه علمیه قم داشته‌اید که اکنون در برنامه‌های خود اعلام می‌کنید که درصدد تعمیق برنامه‌های دینی و اخلاقی دانش‌آموزان با رویکرد به تعالیم دینی و با همکاری مراکز علمیه و دینی هستید. مقدمات انحلال امور تربیتینماینده مردم قم در مجلس در بخش دیگری از سخنان خود به محدود کردن مراکز تربیت معلم در دوران تصدی نجفی در وزارت آموزش و پرورش اشاره کرد و گفت: شما مقدمات انحلال امور تربیتی را محیا نمودید، در معقوله پرورشی و آموزش‌های دینی در آموزش و پرورش اعتقادی نداشته‌اید که وزیر بعدی نیز برنامه شما را به امر پرورشی اجرا کرد. مدارس غیر انتفاعیوی در بخش دیگری از سخنانش با بیان این‌که «آیا اطلاعی از وضعیت مدارس در کشور دارید؟» خطاب به وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش گفت: آیا می‌دانید شهریه‌های مدارس غیرانتفاعی چقدر است؟ که البته آزموده را آزمودن خطاست.وی ادامه داد: بنده در اظهارات خود به عنوان مخالف نباید به مسائل سیاسی ورود کنم اما آقای نجفی اذعان دارید که حتی یک روز هم در مدرسه‌ای درس نداده و مدیر مدرسه‌ای نبوده‌اید، اما تنها در مدت هشت سال مسوولیت وزارت آموزش و پرورش را عهده‌دار بوده‌اید که نمونه ایرادات آن زمان عدم تحول ساختاری، عدم تغییر نظام آموزشی، ناکارآمدی و مشکلات کارکنان و فرهنگیان در طی هشت سال بوده است و در برنامه‌ای که ارائه کرده‌اید، متاسفانه رجعت به گذشته کرده‌اید.عضویت در ستاد موسوینماینده قم اظهار داشت: آقای نجفی شما در انتخابات سال 88 در ستاد موسوی بودید البته عضویت شما جرم نیست اما جای این سوال است که شما بی‌اطلاع از وضعیت کشور نبودید و با قوانین کشور نیز آشنا هستید. شما چه کاره بودید که وظیفه داشتید با همفکران خود در شمال شهر تهران حضور یافته و بگویید که از طرف موسوی و کروبی آمده‌اید؟فیلم انتقادات امیر آبادی اظهارات موافقاناظهارات مهرداد لاهوتی نماینده مردم لنگرود و موافق نجفیتاریخ 22 مرداد 1392نماینده مردم لنگرود در بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی در مجلس به عنوان موافق وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش در دفاع از نجفی ضمن تشکر از آقای حاجی بابایی وزیر فعلی آموزش و پرورش، شروع دفاعیه خود را از صحبت های مخالفان آغاز کرد و گفت: نجفی مورد تأیید شهیدان رجایی و باهنر یکی از دوستان مخالف گفت آموزش و پرورش از یادگاران شهیدان رجایی و باهنر است و در دوران تصدی نجفی در آموزش و پرورش لطمه وارد کردند. آقای لاهوتی افزود: خود این عزیزان فراموش کردند که در زمان دولت خود شهید رجایی و باهنر، نجفی مورد تأیید شهیدان رجایی و باهنر بود که به عنوان وزیر علوم دولت شهید باهنر و شهید رجایی فعالیت کرد. پایه گذاری نماز در مدارس نماینده لنگرود ادامه داد: نکته دیگری که این برادر مخالف مطرح کرد این بود که خطاب به وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش گفت که شما با حوزه ارتباط داشتید؟ ، شما باید بروید بررسی کنید چون در دوران تصدی دکتر نجفی بود که نماز در مدارس با همکاری قرائتی پایه گذاری شد. تأسیس مدارس غیرانتفاعی در کشور هیچ تحمیلی به مردم نیستوی افزود: همچنین مخالفان به مدارس غیرانتفاعی اشاره کردند در حالی که تأسیس مدارس غیرانتفاعی در کشور هیچ تحمیلی به مردم نیست و هیچ کس را اجبار نمی کند که حتماً فرزند خود را در مدارس غیرانتفاعی ثبت نام کنید در حالی که این مدارس کمکی مالی برای کاهش هزینه های دولت است و این هیچ اشکالی ندارد. لاهوتی ادامه داد: اگر شما مخالف این مدارس هستید طرحی در این خصوص ارائه کنید چون بدون اینکه دولت هزینه ای پرداخت کند در دوران تصدی دکتر نجفی این مدارس تأسیس شد بدون اینکه هزینه ای برای دولت داشته باشد.وی گفت: همچنین مخالفان درباره فرهنگیان مطالبی را مطرح کردند در حالی که این بی انصافی است چون صندوق ذخیره فرهنگیان، خانه های معلم و درمانگاه مخصوص فرهنگیان در زمان دکتر نجفی تأسیس شد. اعتقاد به نظاملاهوتی گفت: مباحثی درباره اعتقاد به نظام مطرح شد در حالی که اینها سرمایه های نظام هستند و این سرمایه های نظام را به زباله دان تاریخ نریزیم. وی افزود: کسی که معاون رئیس جمهور بوده، رئیس سازمان مدیریت برنامه ریزی کشور بوده، وزیر آموزش و پرورش بوده و در دولت شهید رجایی وزیر علوم بوده و مشاور شهید بزرگ دکتر چمران بوده است یعنی به نظام اعتقاد ندارد؟ این بی انصافی است. لاهوتی ادامه داد: ما اگر سه مقوله تعهد، تخصص و تجربه را در کنار هم قرار بدهیم از نظر تخصص و تجربه دکتر نجفی چه کم دارد و کسی نمی تواند ایرادی به او بگیرد و در بحث تعهد نیز اگر کسی را حتی به عنوان آبدارچی در یک دستگاهی استخدام کنند از دستگاه های نظارتی استعلام می شود یعنی درباره کابینه دولت آقای رجایی از دستگاه های نظارتی استعلام نکرده اند؟ و چنین چیزی امکان ندارد. سرکشی به خانواده‌های حوادث سال 88 مصوبه شورای شهر تهران نماینده مردم لنگرود در مجلس گفت: سرکشی دکتر نجفی به خانواده‌های حوادث سال 88 مصوبه شورای شهر تهران بود و گزارش ‌آن به مقام معظم رهبری ارجاع شد که مسوول دفتر ایشان به انضمام نامه‌ای، این گزارش را به اطلاع اعضای شورای امنیت ملی رساند.متن کامل دفاع لاهوتی اظهارات محمد قسیم عثمانی نماینده مردم بوکان محمد قسیم عثمانی در موافقت با وزیر پیشنهادی آموزش و پرروش اظهار کرد: هر کس جزو جریان فتنه باشد نه دکتر روحانی چنین فردی را به کابینه راه می‌دهد نه مجلس به چنین فردی رای خواهد داد. طرح مباحث این چنینی به انحراف کشاندن اراده ملت و روبه‌رو کردن مجلس با عصاره ملت است.وی با بیان این‌که «بذر فرهنگ و مدنیت در آموزش و پرورش کاشته می‌شود» گفت‌: دانش‌آموزان در آموزش و پرورش مسیر فردای خود را پیدا می‌کنند این وزارتخانه محصولی تولید می‌کند که ماده اولیه دانشگاه‌های کشور است. آموزش و پرورش به تدبیر بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران کارخانه آدم‌سازی است و ورودی آن را آموزش و پرورش تامین می‌کند.وی علت افزایش بزهکاری در جامعه را گسست بین خانواده‌ها و آموزش و پرورش دانست و افزود: بزهکاران به این دلیل بزهکار شدند که در دوران تحصیل در آموزش و پرورش مورد بی‌مهری قرار گرفتند آن هم در جایی که بین آموزش و پرورش و خانواده شکاف ایجاد می‌شود.این عضو کمیسیون برنامه و بودجه مجلس شورای اسلامی با طرح این پرسش که «جه تدبیری برای آموزش و پرورش در شان نظام است؟» تصریح کرد: آموزش و پرورش از سدسازی،‌ راه‌سازی‌،انرژی هسته‌یی و از همه چیز مهم‌تر است؛ اگر نسل فردا، امروز به درستی ساخته نشود چه کسی فردا جای دکتر روحانی،‌دکتر لاریجانی و دکتر احمدی‌نژاد خواهد نشست؟این عضو کمیسیون برنامه و بودجه با درخواست از نمایندگان برای رای اعتماد بالا به محمدعلی نجفی، خطاب به وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش متذکر شد: پس از قرار گرفتن در مسند وزارت آموزش و پرورش اجازه ندهید جریان‌های اصلاح‌طلب و اصولگرا آموزش و پرورش را باندی و جناحی کنند. غلام‌محمد زارعی نماینده مردم بویراحمد و دنانماینده مردم بویراحمد و دنا با رد مسوولیت محمدعلی نجفی در ستاد حجت‌الاسلام و المسلمین مهدی کروبی گفت: ایشان در ستاد آقای کروبی هیچ سمتی نداشت، بلکه به دلیل سابقه‌اش در انقلاب، نقش تعدیل‌کننده مواضع تند افراد ناپخته در حوادث سال 88 را ایفا کرد. غلام‌محمد زارعی در دفاع از وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش سخنانی که علیه محمدعلی نجفی مطرح شد را اتهام دانست و افزود: ایشان در ستاد آقای کروبی در سال 88 هیچ سمتی نداشت.نماینده بویراحمد و دنا توجه به معیشت فرهنگیان را از خاطرات جامعه فرهنگی کشور از دوران وزارت نجفی در آموزش و پرورش برشمرد و افزود: توجه به توسعه مراکز آموزش فنی و حرفه‌ای در مناطق محروم در دوره دکتر نجفی 18 برابر شد و افزایش احداث درمانگاه‌های فرهنگیان در مناطق دور افتاده و محروم با رشد 206 درصدی روبه رو شد، همچنین تصویب قانون شورای‌های آموزش و پرورش و و اگذاری مسوولیت‌های به مراکز استان‌ها از شاهکارهای دوران دکتر نجفی است. 
محمد علی نجفی وزیر پیشنهادی اموزش و پرورش نیز در دفاع از خود و برنامه هایش در مجلس سخنانی را اظهار داشت: هماهنگی با اعضای کلی نظام در تصمیماتاسناد مادر باید مبنای کار هر وزیر در 20 سال آینده باشد تا ما بتوانیم به اهداف اسناد دست یابیم البته این کار باید از شتابزدگی به دور باشد. هر تصمیمی در آموزش و پرورش باید فارغ از شتاب‌زدگی و سیاست‌زدگی و مبتنی بر هماهنگی میان اعضای کلی نظام تعلیم و تربیت اتخاذ شود. سند تحول بنیادین آموزش و پرورش و سیاست‌های کلی این وزارتخانه که به تائید رهبر معظم انقلاب در سال جاری رسیده است، از برنامه‌های مهم این وزارتخانه است که باید اجرا شود. بنده معتقدم که باید مجمعی از نخبگان برای بررسی اهداف سیاست‌های کلی و سند تحول بنیادین آموزش و پرورش تشکیل شود. اعمال اصلاحات در صورت لزوم، تهیه نقشه راه برای سند و نیز بازنگری در آن باید هر 5 سال یکبار انجام شود. با تحمیل نمیشود دانش آموز را دیندار کرداز نظر تفکر اسلامی، آموزش و پرورش باید هدفش تربیت باشد. از نمایندگان می‌خواهم که صفحه 51 گزارش بنده را بیشتر مطالعه کرده و در آن دقت داشته باشند، زیرا این موضوعات در آن عنوان شده است.تربیت در نظام اسلامی باید دین محور باشد. روح و جان همه آموزش و پرورش باید دینی باشد، اما این روح دینی باید مبتنی بر تعالیم دینی باشد. بنده معتقدم که با تحمیل نمی‌شود، دانش‌آموز را دیندار کرد. اگر اینطور باشد دانش‌‌آموز دین‌گریز می‌شود. برخی سخنان که علیه بنده عنوان می‌شود منصفانه نیستمن بهترین پیشنهادات را از آمریکا حتی قبل از فارغ التحصیلی داشتم، اما 35 سال است که به عشق انقلاب و کار با شهید چمران تحصیل خود را در خارج از کشور رها کرد‌ه‌ام  و به ایران آمده‌ام، برخی سخنان که علیه بنده عنوان می‌شود منصفانه نیست.نجفی اضافه کرد: آقایان قرائتی و محسنی‌اژه‌ای در معاونت تربیتی آموزش و پرورش در زمان بنده فعالیت کردند که می‌توانند شهادت دهند. برخی از فرهنگیان از بازگشت بنده به آموزش و پرورش خوشحال هستند.دکتر حدادعادل در زمان وزارت بنده مسئولیت پژوهش کتب درسی را بر عهده داشت که وی می‌تواند در مورد اقدامات دینی بنده در وزارت آموزش و پرورش و محتوای کتب درسی شهادت دهد. انحلال تربیت معلم توسط بنده یک تهمت است. از عجایب روزگار این است که یکی از اتهاماتی که به من وارد می‌کردند این بود که بنده را مخالف تاسیس دانشگاه فرهنگیان عنوان می‌کردند، ولی 16 سال پیش تاسیس این دانشگاه را برای سروسامان دادن مسائل علمی پیشنهاد داده بودم، حال یک عده پز دانشگاه فرهنگیان را می‌دهند و بنده را متهم می‌کنند که مخالف آن بودم.  پاسخ به انتقادات سیاسی نمایندگان برخی از دوستان مخالف بنده روز گذشته بحث‌ها را به جاهای دیگری بردند و بحث‌های سیاسی را عمدتا مطرح کردند که جواب دادن آنها نیز وقت خود را دارد. روز یکشنبه قرار بود در کمیسیونی در مورد مسائل سیاسی صحبت کنم که وقتی صبح آن روز به کمیسیون مراجعه کردم گفتند که امروز وقت شما نیست و لذا مجبورم بخشی از پاسخ‌ها را بدهم. شما باعث شدید که من 10،12 دقیقه از وقتم را که باید در مورد آموزش و پرورش و تعلیم و تربیت صحبت کنم و پیام خود را برای اجرای برنامه‌ها اعلام کنم، بیایم و بر مسائل سیاسی تمرکز کنم. بازدید از خانواده‏های آسیب دیده در انتخابات 88بنده به عنوان عضو شورای شهر بر اساس مصوبه این شورا با عده‌ای از اعضای شورا به قول آقای لاهوتی، نه تنها با خانم الف بلکه با تمام اعضا به خانواده‌هایی که در انتخابات 88 خسارت و لطمه دیدند سر زدیم. به آن زنی که همسرش را به ناحق از دست داده و نه در تظاهرات شرکت کرده بود، بلکه برای تهیه دارو به داورخانه رفته بود، اما تیر خورده بود و دو بچه بی‌سرپرست نیز دارد و حیران و سرگردان بود. اگر کمک نکنیم و نسبت به نظام علاقه‌مند نکنیم و احساس نکند که پناهگاهش نظام جمهوری اسلامی است به سمت رسانه های بیگانه‌ می‌رود. این کار را کردیم و نزد او رفتیم. این در حالی بود که این وظیفه شما نمایندگان تهران بود که این کار را انجام دهید، ولی ما این کار را انجام دادیم و گزارش آن را دو بار به مقام معظم رهبری دادیم و ایشان آن را به شورای امنیت ملی ارجاع دادند و حالا ما اینجا بدهکار شدیم؟ من خیلی متاسفم که این حرف‌ها را می‌زنم، اما شما مطرح کردید. نظام جمهوری اسلامی ولایی است و اساس، مقام معظم رهبری استنظام جمهوری اسلامی ولایی است و در راس آن بگوییم راس، بگوییم محور، بگوییم جان، بگوییم اساس مقام معظم رهبری است. بنده و سایر بزرگوارانی که قبول کرده‌اند آسایش خانواده‌شان را فدا کنند و وارد این میدان اجرایی شوند که شما می‌دانید شرایط کشور چقدر سخت است، روشن است که برای خدمت، برای مردم، برای نظام و معتقد به نظام ولایت و پایبند به منویات ولایت است.وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش با طرح این پرسش که آیا این سوال است که شما از من می‌پرسید که اصلا رهبری را قبول دارید، تصریح کرد: کسی که می‌خواهد وزیر بشود ممکن است، پایبند به این نظام نباشد؟ این وزارت مگر برای ما و دوستان ما چه دارد؟ من 16 سال پیش وزارت آموزش و پرورش را ترک کرده‌ام و در تمام این 16 سال هم خدا می‌داند که اصلی‌ترین دغدغه‌ام آموزش و پرورش بوده است و ارتباط داشته‌ام با فرهنگیان، من کسی نیستم که آموزش و پرورش را رها کنم.  دو فاکتور باعث شد من این سمت را قبول کنم یک فاکتور تکلیف آقای دکتر روحانی بود که گفت من به شما تکلیف می‌کنم و من خواهش کردم که شما با مقام بالاتر مشورت کنید و اگر نظرتان عوض شد من خوشحال می‌شوم که نیایم.   دومین فاکتور اصرار و بزرگواری فرهنگیان . جریانات سال 88من جزو فعالان سیاسی کشور بودم و در فعالیت‌های انتخاباتی شرکت داشتم. روز سه‌شنبه بعد از انتخابات از طرف مقام معظم رهبری به من تلفن شد و گفتم که تشریف بیاورید. در جلسه‌ای در حضور ایشان شرکت کنید، من از طرف ستاد هیچ‌کس در آن جلسه شرکت نکردم. آنها مرا دعوت کردند. مقام معظم رهبری در ابتدای جلسه فرمودند هر کس هر حرفی درباره انتخابات و تقلب دارد بزند. دو نفر از آقایان وزرای پیشنهادی در آن جلسه حضور داشتند. اینکه افتخار ماست که از ما دعوت کردند که در محضر رهبر معظم انقلاب در مورد انتخابات صحبت کنیم.وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش بر همین اساس اضافه کرد: آنجا پیشنهاداتی شد که خود مقام معظم رهبری جلسه را اداره می‌کردند و حتی خودشان به ما وقت می‌دادند و تعیین می‌کردند که چه کسی چند دقیقه صحبت کند. بعد از اینکه این پیشنهادها مطرح شد، جمع‌بندی ایشان این بود که ما نباید خلاف قانون کاری انجام دهیم. قانون شورای نگهبان را مسئول این امر کرده. بنابراین 2 و 3 نفر از اعضای شورای نگهبان نیز در آن جلسه بودند که فکر می‌کنم آقای کدخدایی نیز حضور داشتند. گفته شد شما بروید بررسی کنید، حرف شما فصل‌الخطاب است و حتی قبل از اینکه ایشان در 29 خرداد در نمازجمعه آن فرمایشات را ایراد فرمودند ما مطیع این امر بودیم من کجا مصاحبه کرده‌ام که خلاف این امر بوده‌است؟ چرا چیزی را می‌گویید که درست نیست؟به من می‌گویند مردم را برای حضور در تظاهرات تحریک می‌کردید من در کدام راهپیمایی شرکت کردم؟ بنده در هیچ‌کدام از آن راهپیمایی ها چند بعد و چه قبل از انتخابات حضور نداشتم نمی‌گویم آنهایی‌که شرکت کردند خلاف قانون عمل کردند، خیر من هم مثل آقای مطهری معتقدم قبل از 29 خرداد شرکت در راهپیمایی اشکال نداشت، ولی اگر یک عکس از من بیاورید که من نجفی را در راهپیمایی روز دوشنبه بعد از جلسه با مقام معظم رهبری نشان دهد، قبول خواهم کرد که اصلا بنده راس فتنه بودم. چرا چیزی را می‌گویید که اشکال دارد؟ چرا چیزی را می‌گویید که درست نیست؟ما در تمام مدت تلاش کردیم که آبی بر این فتنه بریزیم که آن را خاموش کنیم و یا حداقل شعله‌های آن را کم کنیم، هر چند که در مقابل عده‌ای با هر انگیزه‌ای سعی کردند که بنزین بر فتنه بریزند که البته ریختند و هنوز هم متاسفانه عده‌ای همین کار را می‌کنند.مشروح دفاعیات نجفی در سایت تسنیم:بخش اولبخش دوم 
پس از سخنان علیرضا زاکانی نماینده اصولگرای مجلس نهم درباره حمایت، دخالت و تحریک مردم به تظاهرات‌های غیر قانونی در فتنه 88 توسط وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش، محمدعلی نجفی به دفاع از خود پرداخت. پس از دفاعیات نجفی و رد حمایت و دخالت وی در فتنه، سایت مشرق در مطلبی با عنوان امضای نجفی روی کارت سوخت فتنه، اقدام به انتشار نامه سراسر توهین، افترا و بهتان چندی از فتنه‌گران در فتنه 88 کرده که نام آقای نجفی نیز به عنوان یکی از امضاکنندگان و تأییدکنندگان این نامه، در کنار دیگر امضاکنندگان دیده می‌شود. در این راستا، نجفی در پاسخ به پرسش چند نفر از نمایندگان مجلس مدعی شد که تا به حال این نامه را ندیده است، بی‏خبر از اینکه سایت محمد خاتمی نامه مذکور را منتشر کرده است. سایت مشرق نیز برای روشن‌شدن موضوع، اقدام به انتشار این منبع مستند، از دخالت، حمایت و تحریک مردم توسط آقای نجفی کرد و نامه منتشر شده مذکور در سایت محمد خاتمی را نمایش داد. به عبارتی سند منتشرشده از سوی مشرق توسط پایگاه رسمی سید محمد خاتمی تأیید شد. 
به نقل از خبرآنلاین در خصوص توضیحات نجفی در جلسه دفاعیه خود در مجلس شورای اسلامی برخی اعضای شورای شهر تهران ، توضیحاتی را ارائه دادند.در حمایت از نجفی  معصومه ابتکار  دیگر عضو شورای شهر با اشاره به برخی اظهارات صورت گرفته در مورد وی و شورا در جلسه روز 21 مرداد 92 مجلس گفت:م.الف مطرح شده در جلسه روز گذشته مجلس ربطی به اختلاف‌ها ندارد و نام من است. دکتر معصومه ابتکار در تذکری با اشاره به برخی اظهارات صورت گرفته در مورد وی و شورا در جلسه روز گذشته(21 مرداد) مجلس شورای اسلامی گفت: برخی اظهارات در مورد خانم الف در کنار اسم آقای نجفی مطرح شده که برخی حرف و حدیث‌ها را به راه انداخته است. وی با بیان اینکه در جریان موضوع اختلاف‌ها هم عنوانی به نام م. الف مطرح بود و برخی دوستان این دو را با یکدیگر یکی دانسته‌اند گفت: این م. الف معصومه ابتکار است و من خودم در مورد این موضوع توضیح را می‌دهم. ابتکار همچنین با اشاره به برخی اظهارات نمایندگان برای اقدام وی و نجفی برای رسیدگی به وضعیت خانواده‌های آسیب دیدگان حوادث پس از انتخابات گفت: اقدامات ما بر اساس مصوبه شورا در تاریخ 25 مرداد 88 بوده است و ما در راستای اقدامی انسان دوستانه برای پیگیری خانواده آسیب دیدگان آن حوادث اقداماتی را انجام دادیم و خدا را برای انجام این اقدامات شکر می‌کنیم. ابتکار اظهار امیدواری کرد که موضوعات مطرح شده در این حواشی واقعیت‌ها را برای نمایندگان مجلس تحت الشعاع قرار ندهد و رای به محمدعلی نجفی تحت تاثیر این مباحث قرار نگیرد. حمزه شکیب - رییس کمیسیون توسعه و عمران شورای شهر تهران نیز که همراه با سه عضو دیگر در جمع خبرنگاران حاضر شده بود، گفت: به عنوان یک ایرانی و شهروند فکر می‌کنم لازم است در مورد شش سال تجربه همکاری با آقای نجفی برای مردم و نمایندگان توضیحاتی را ارائه کنم.وی با بیان اینکه در نهایت اختیار انتخاب آقای نجفی با نمایندگان مردم است، افزود: ما هم می‌توانیم نظرمان را در مورد همراهی با وی در این شش سال ارائه کنیم، چرا که در این شش سال نگاه وی در کلیه مسائل کاملا کارشناسی بوده و اگرچه در بسیاری از موارد خط‌کشی‌های سیاسی ما در شورا با هم متفاوت بوده است، اما همیشه بر اساس نظرات کارشناسی صحبت کرده‌ایم و نظرات او نیز بر اساس خط‌کشی‌های سیاسی اعلام نشده و حتما در صورت انتخاب از همه ظرفیت‌ها استفاده خواهد کرد.شکیب با اشاره به تجربه شش ساله نجفی در شورای شهر تهران، علاوه بر سابقه او در وزارت علوم و سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی و نیز آموزش و پرورش، گفت: این تجربه و سابقه می‌تواند برای حضور در وزارت آموزش و پرورش موثر واقع شود.این عضو شورای شهر تهران تاکید کرد: نجفی همواره نگاهی همزمان به مسائل سخت‌افزاری و نرم‌افزاری داشته و این نوع نگاه برای مدیریت بسیار سازنده و مفید خواهد بود. ضمن اینکه در طول این سال‌ها و ارتباط با فرهنگیان مختلف در سطح شهر تهران همواره فرهنگیان از او با ما به نیکی یاد کرده‌اند.شکیب در عین حال با اشاره به برخی اظهارات در مورد نجفی در صحن مجلس، گفت: در مورد مسائل سیاسی نیز باید گفت آقای نجفی در دوره فتنه با تدبیر و هوشمندانه از این دوره گذشت و باور وی به نظام و ولایت فقیه چیزی است که برای همه ما همکارانش در شورای شهر کاملا محرز شده است. حبیب کاشانی - عضو دیگر شورای شهر تهران نیز در جمع خبرنگاران با بیان اینکه نجفی همچون بسیاری از مسئولان و اعضای شورا ، بچه جنوب شهر و محله سلسبیل است، گفت: نجفی در این سال‌ها و پس از ادامه تحصیلات، فرصت‌های خوبی برای کار و تحصیل در خارج از کشور داشته، اما به کشور خود بازگشته تا به مردم خدمت کند و من فکر می‌کنم توانایی‌ها و شخصیت وی بسیار بیشتر از یک وزیر می‌تواند موثر باشد و شاید می‌توانست در حد معاون رییس‌جمهور مطرح شود.کاشانی با اشاره به همجواری صندلی خود با نجفی، این همجواری را همسایگی خواند و گفت: نجفی همیشه در امور مختلف با نظر کارشناسی صحبت کرده و بر اساس انصاف صحبت کرده است و مطمئن هستم که این نوع رفتار را قطعا در تعامل با مجلس و دولت نیز در آینده رعایت خواهد کرد. وی با بیان اینکه می‌توانم قسم بخورم که وی از نظر ولایت نیز کاملا مقید است و برنامه‌های زیارت وی به مشهد، کربلا و حج قطع نشده و من هیچ نقطه ضعفی از این لحاظ در وی ندیده‌ام. این عضو شورای شهر با بیان اینکه همه این حرف‌ها را به خاطر دلم و باور خودم می‌گویم و نیازی به نان قرض دادن من به آقای نجفی وجود ندارد، گفت: فکر می‌کنم لازم است دوستان مجلس این شفاف‌سازی را بشنوند و قطعا آنها نیز می‌دانند که من با صداقت حرف می‌زنم و در تجربه چند ساله‌ام با آقای نجفی در شورا می‌گویم که جز خیر و برکت از او ندیده‌ام و امیدوارم همه سعی کنیم که مردم با اقدامات دولت جدید از یاس و ناامیدی دور شوند و همه به دولت جدید کمک کنند. رسول خادم- رییس کمیسیون برنامه و بودجه شورای شهر تهران با تاکید بر اینکه حضور نجفی در کمیسیون برنامه و بودجه فرصتی بزرگ برای این کمیسیون بوده است، اظهار کرد: نوع نگرش وی به مسائل کاملا مدیریتی و ویژه بود و در همه موارد و مصوبات و مسئله آموزش و پرورش جزو دغدغه‌های اصلی او بوده است. وی با اشاره به چند برابر شدن بودجه حمایتی شهرداری تهران از آموزش و پرورش شهر تهران، گفت: بودجه حمایتی شورای شهر تهران از آموزش و پرورش از سال 89 تا 92 حدود 6.5 میلیارد تومان بوده است و بخش قابل توجهی از این افزایش بودجه و موضوعات پیگیری شده مربوط به جدیت وی در پیگیری مسائل آموزش و پرورش بوده است که گاهی اوقات این پیگیری‌ها تا کف خیابان هم ادامه داشت. خادم ابراز امیدواری کرد که شش سال همکاری نجفی با مدیریت شورا فرصت و شرایط خوبی را بین آموزش و پرورش و شهرداری‌های کل کشور ایجاد کند و خلاء موجود را از بین ببرد. احمد مسجد جامعی- عضو کمیسیون فرهنگی و اجتماعی شورای شهر تهران با اشاره به شش سال همکاری با محمدعلی نجفی در شورای شهر تهران، گفت: حضور وی در دولت می‌تواند زمینه گسترش مناسبات آموزش و پرورش با مدیریت شهری را فراهم کند.وی با بیان اینکه نجفی همواره دو وجهه متفاوت را از خود بروز داده است، گفت: وی از یکسو به دلیل وجهه شخصیتی خود، شخصیتی سیاسی را داشته، اما توانسته ارتباطی کامل با سلایق و تفکرات مختلف ایجاد کند و این نقطه قوت کاری او بوده است. در عین حال وی توانسته در حوزه‌های مختلف با ارائه نظر کارشناسی، تفکری مستقل را از خود نشان دهد.وی با تاکید بر اینکه در این سال‌ها همواره آموزش و پرورش یکی از دغدغه‌های اصلی نجفی بوده است، افزود: افزایش اعتبارات حمایتی شهرداری به 20 میلیارد تومان یکی از نتایج حمایت‌های وی بوده است. ضمن اینکه در این سال‌ها همکاری با زیرمجموعه‌های آموزش و پرورش برای شروع سال جدید در ابتدای مهر، تدوین کتب درسی جدید و محتوای آنها و نیز ورود محتوای آموزش شهروندی به کتاب‌ها و یا موضوع شهردار مدرسه از جمله اقدامات قابل توجه نجفی در شورا به عنوان مسئولیت‌های فراکمیسیونی بوده است.مسجدجامعی ابراز امیدواری کرد که با حضور وی در دولت هم‌زبانی و همدلی بین آموزش و پرورش و مدیریت شهری که تاکنون وجود نداشته، بیشتر و بیشتر شود. در مخالفت با نجفیاما از دیگر سو، حجت‌الاسلام علی طاهری نماینده مردم گرگان و سخنگوی کمیسیون فرهنگی شورای اسلامی  با اشاره به سخنان نجفی وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش در صحن علنی مجلس اظهار داشت: آقای چمران رئیس شورای شهر تهران پیرامون سخنان آقای نجفی مواردی را به من گفتند که من به نقل از ایشان بیان می‌کنم.وی ادامه داد: آقای نجفی یک نسبتی را به شورای شهر تهران داد و گفت که این شورا آقای نجفی و خانم "الف" را مامور کرده تا به خانه‌های آسیب‌دیدگان فتنه 88 بروند در حالی که طبق گفته آقای چمران، این مصوبه شورای شهر نبوده که آقای نجفی برود، بلکه مصوبه شورای شهر تهران، شهرداری و دستگاههای مسئول را موظف کرده بود تا جهت دلجویی به خانواده‌های آسیب‌دیدگان فتنه 88 سر بزنند. لذا این سخنان آقای نجفی خلاف واقع بود.این نماینده مجلس همچنین تصریح کرد:‌ نکته دیگری که آقای نجفی مطرح کرد در مورد مخالفت با نامگذاری میدان حق شناس به 9 دی بود و دلیل خود را دفاع از یک عالم مطرح کرد، در حالی که آقای چمران در این باره گفت میدانی به اسم آیت الله حق شناس در تهران نیست و میدانی که آقای نجفی از آن یاد می‌کند به نام فردی به اسم حق شناس است که گویا از مالکین قدیمی بوده و هیچ ربطی هم به آیت الله حق شناس ندارد. حتی گویا شبهه ای هم برای خانواده آیت الله حق شناس ایجاد شده بود و گفته بودند که این میدان از قدیم به نام حق شناس است و ربطی به آیت الله حق شناس ندارد. بنابراین این سخن آقای نجفی که گفته بود به خاطر دفاع از یک عالم با نامگذاری میدان 9 دی مخالفت کردم، خلاف واقع بوده است. به نقل از سایت خبری تحلیلی مشرق نیوز "مهدی چمران" رئیس شورای اسلامی شهر تهران در نامه‌ای خطاب به "علی لاریجانی" رئیس مجلس شورای اسلامی دو ادعای مطرح‌شده در اظهارات نجفی را تکذیب کرد.متن اصلی نامه 
نمایندگان مجلس شورای اسلامی در تاریخ 24 مرداد 92  پس از چهار روز بررسی صلاحیت وزرای کابینه پیشنهادی دولت یازدهم نظر قاطع خود را در این باره اعلام کردند و از این میان محمد علی نجفی با احتساب 142 رأی موافق، 133 مخالف و 9 ممتنع نتوانست اعتماد نمایندگان مجلس را جلب کند و به وزارتخانه آموزش و پرورش راه یابد. 
محمد علی نجفی از جمله سه وزیر پیشنهادی دولت یازدهم بود که در جریان بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی در صحن علنی، نمایندگان مجلس به وی رای اعتماد ندادند. دو روز بعد حجت الاسلام حسن روحانی، وی را به معاونت رئیس جمهور و ریاست سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری کشور منصوب کرد.  
بعد از اینکه محمد علی نجفی به معاونت رئیس جمهور و ریاست سازمان میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی منصوب شد، در تاریخ 29 مرداد 92، از عضویت در شورای اسلامی شهر تهران استعفا کرد.نجفی در متن استعفای خود با اشاره به بند 4 ماده 28 قانون تشکیلات شوراهای اسلامی شهر و روستا، آورده بود: «با توجه به مسئولیت معاونت رییس جمهوری و ریاست سازمان میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی که بر عهده این‌جانب محول شده است، از عضویت در شورای اسلامی شهر تهران استعفا می‌کنم.» 
محمدعلی نجفی معاون رئیس جمهور و رییس سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری در تاریخ 17 شهریور ماه سال 1392 با صدور حکمی "علیرضا تابش" را به عنوان مشاور رئیس و مدیرکل حوزه ریاست و دبیر شورای معاونان منصوب کرد.تابش خواهرزاده سید محمد خاتمی، است و آخرین سمت وی پیش از این، مدیر هماهنگی امور یادمان های رؤسای جمهور در سازمان اسناد و کتابخانه ملی بوده است. 
محمد علی نجفی که دو روز بعد از عدم رای اعتماد مجلس نهم برای تصدی وزارت آموزش و پرورش با حکم حسن روحانی، رییس جمهور وقت به معاونت رئیس جمهور و ریاست سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری کشور منصوب شده بود در تاریخ 10 بهمن ماه سال 1392، بعد از 5 ماه فعالیت در سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری، به دلیل آنچه که بیماری خوانده شد از سمت خود استعفا کرد و مسعود سلطانی فر، عضو شورای شهر تهران و عضو هیئت علمی مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام به جای وی به عنوان رئیس سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری منصوب شد.   علت استعفای نجفی درباره علت استفعای نجفی گمانه زنی های مختلفی وجود داشت. برخی معتقد بودند بیماری قلبی محمدعلی نجفی و فشار زیاد كار در این سازمان باعث شده پزشكان نسبت به بیماری او، عكس‌العمل نشان داده و نجفی را از فشار كار بیشتر منع كنند. عده‌ای دیگر اما بر این باور بودند كه كثرت مشكلات در سازمان میراث فرهنگی و گردشگری و ناتوانی نجفی در رسیدگی به همه آنها یکی دیگر از دلایل رفتن او از این سازمان باشد.   متن کامل استعفای نجفی از ریاست سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری «بسم‌الله الرحمن الرحیم حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین جناب آقای دکتر روحانی رییس محترم و محبوب جمهوری اسلامی ایران با تقدیم سلام؛ همان‌طور که قبلا به استحضار رسانده‌ام، اینجانب خدمت در دولت جمهوری اسلامی ایران را نه‌تنها افتخار بلکه تکلیفی برای خویش می‌دانم و بخصوص در شرایط کنونی که انبوهی از مشکلات و چالش‌های داخلی و خارجی کشور را احاطه کرده است و ملت بزرگ ایران برای عبور از این وضعیت دشوار، بعد از خدای متعال به جنابعالی و یاران گرانقدرتان دل بسته‌اند، همکاری و همراهی با دولت از ضرورت و وجوب بیشتری برخوردار می‌باشد. براساس این اعتقاد، پس از پیشنهاد حضرتعالی مبنی بر پذیرش مسئولیت سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌ دستی و گردشگری امتثال امر کردم و در طول حدود پنج‌ماه گذشته در حد توان از هیچ کوششی برای سر و سامان بخشیدن به اوضاع سازمان و برنامه‌ریزی جهت سوق دادن فعالیت‌ها در راستای سیاست‌ها و رویکردهای دولت تدبیر و امید دریغ نورزیدم و بحمدالله بخش عمده‌ای از معضلات سازمان در حال حل و فصل می‌باشد. اما متأسفانه از حدود دو ماه قبل مشکلات ناشی از بیماری قلبی و برخی فشارهای کاری تدریجا شدت یافته و عرصه را بر اینجانب تنگ نموده است. در طول این مدت بنده تلاش کردم که این امر بر روند انجام امور تأثیر منفی ایجاد نکند و بر مدیریت سازمان خللی وارد نسازد، اما اکنون بیم آن دارم که با ادامه این وضع و به علت ضعف جسمانی نتوانم مسئولیت‌های مربوط را به نحو شایسته‌ای به انجام برسانم و امانتی را که بر دوش گرفته‌ام به سلامت به سرمنزل مقصود برسانم و نهایتا به مجموعه فعالیت‌ها و برنامه‌های سازمان لطمه وارد آید. لذا با کمال پوزش از اینکه ناگزیر از توفیق خدمت در کنار آن برادر بزرگوار و سایر برادران و خواهران عضو کابینه محروم می‌شوم، تقاضا دارم با انتخاب فرد شایسته و توانمندی برای انجام مسئولیت‌ها و مأموریت‌های سازمان، اینجانب را از این مسئولیت معاف فرمایید. بدیهی است که اینجانب براساس اعتقاد راسخ خود، در آینده نیز همچون گذشته و در حد توانایی جسمی و فکری خویش، در همکاری با دولت در هر سطحی که لازم و ضروری دانسته شود ذره‌ای تردید نخواهم کرد. از خداوند تبارک و تعالی توفیق روزافزون جنابعالی و دولت تدبیر و امید را در تحقق اهداف مقدس نظام جمهوری اسلام ایران مسئلت دارم. با احترام محمدعلی نجفی پانزدهم دی‌ماه هزار و سیصد و نود و دو» 
10 بهمن ماه سال 1392، رئیس ‌جمهوری وقت دکتر حسن روحانی در حکمی محمدعلی نجفی را به سمت مشاور رییس جمهور و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی منصوب کرد.   متن حکم دکتر روحانی بدین شرح بود: بسم‌الله الرحمن‌الرحیم جناب آقای دکتر محمدعلی نجفی توفیق همکاری با اندیشمندی پرتلاش چون جناب‌عالی برای دولت تدبیر و امید فرصتی ارزشمند بود. بسیار علاقمند بودم که این همکاری همچنان ادامه داشته باشد و لذا علیرغم تقاضاهای مکرر شما در هفته‌های گذشته، بر ادامه همکاری پای فشردم ولی در برابر اصرار جناب‌عالی و به دلیل حفظ سلامت جسمی شما، با درخواست استعفایتان موافقت می‌شود. بدینوسیله ضمن آرزوی سلامتی، مراتب تقدیر خویش را از زحمات و تلاش‌های بی‌دریغ و ارزنده جناب‌عالی در طول دوره مسئولیت معاونت رییس‌جمهور و ریاست سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری ابراز می‌نمایم. امید است همچون گذشته با اتکاء به ایمان، دانش و تجربیات ارزشمندتان منشاء خدمات موثری بوده و همواره از الطاف الهی بهره‌مند و در جهت اعتلای آرمان‌های انقلاب اسلامی و اهداف نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران موفق و موید باشید. بدینوسیله جناب‌عالی را به عنوان مشاور رییس‌جمهور و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی منصوب می‌نمایم تا همچنان در کنار دولت تدبیر و امید منشاء خدمات ارزشمندی باشید. حسن روحانی  
در پی عدم رای اعتماد مجدد مجلس نهم شورای اسلامی به رضا فرجی دانا به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری دولت یازدهم، رئیس جمهور وقت در تاریخ 29 مرداد سال 1393، در حکمی، محمدعلی نجفی را به عنوان سرپرست این وزارتخانه منصوب کرد. این در حالی بود که محمد علی نجفی یکبار سابقه ی رد صلاحیت شدن در مجلس شورای اسلامی را داشت و علاوه بر آن نجفی به علت ضعف جسمی و ناراحتی قلبی پیش از آن از سازمان میراث فرهنگی استعفا داده بود و در متن استعفا ابراز نگرانی کرده بود که با این ضعف جسمی ترس این دارد که نتواند باری که بر دوشش گذاشته شده است را به مقصد برساند اما با این حال دکتر روحانی وی را به سرپرستی وزارت علوم که یک جایگاه بسیار بزرگ می باشد گذاشت .   متن حکم حجت الاسلام والمسلمین دکتر حسن روحانی به این شرح بود: بسم الله الرحمن الرحیم جناب آقای دکتر محمدعلی نجفی با تشکر فراوان از زحمات جناب آقای دکتر فرجی دانا در دوران مسئولیتشان به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، براساس اصل 135 قانون اساسی و نظر به مراتب تعهد و سوابق علمی و مدیریتی جنابعالی به موجب این حکم، شما را به سرپرستی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری برمی گزینم. امید است با توفیقات الهی و تلاش همه همکاران آن وزارت، اعضای هیأت های علمی و دانشجویان دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی سراسر کشور، در خدمت به ملت شریف ایران و نظام جمهوری اسلامی با رعایت اصول قانون مداری، اعتدال گرایی و منشور اخلاقی دولت تدبیر و امید موفق باشید. حسن روحانی  
پس از انتقال نجفی به وزارت علوم به عنوان سرپرست، ابهامات درباره ادامه کار او در پست دبیری ستاد هماهنگی امور اقتصادی دولت یازدهم بالا گرفت و سرانجام سرپرست وزارت علوم عصر  روز پنج‌شنبه، 6 شهریور ماه سال 1393 در حاشیه یک مراسم ختم در پاسخ به این پرسش که باتوجه به حضورتان در وزارت علوم، آیا همچنان به عنوان دبیری ستاد امور هماهنگی اقتصادی دولت ادامه کار خواهید داد؟ گفت: «خیر، من دیگر نمی‌رسم دبیری این ستاد را برعهده داشته باشم و امیدوارم رئیس‌جمهور فرد دیگری را برای این سمت انتخاب کند».  

تاریخ ایجاد:۱۳۹۶/۱۱/۲۹ ۲۰:۰۴:۳۶

آخرین بروزرسانی:۱۳۹۶/۱۱/۲۹ ۲۰:۰۴:۳۹

محمد علی نجفی

خلاصه زندگی نامه

 محمدعلی نجفی، فعال سیاسی و از بنیان‌گذاران حزب کارگزاران سازندگی که بعدها از عضویت آن خارج شد. وی در چندین دوره به عنوان وزیر آموزش وپرورش و وزیر آموزش عالی خدمت کرد. پس از دولت هاشمی رفسنجانی با حکم سید محمد خاتمی به ریاست سازمان برنامه و بودجه انتصاب یافت. وی از سال 85 تا 92 عضو شورای شهر تهران بود. 

درخت واره
ورود/ثبت نام

اسناد و مراجع