اربابی که در انتخابات نهمین دوره مجلس شورای اسلامی کاندید شده بود، توانست در 12 اسفند سال 1390، با کسب 57713 رأی از مجموع 214181 رای، به عنوان نماینده مجلس نهم از حوزه انتخابیه شهرستان های "ایرانشهر"، "سرباز"، "بنت" و "آشار"، یک کرسی از 290 کرسی خانه ملت را از آن خود کند. وی پس از آن به عضویت کمیسیون اقتصادی، فراکسیون اهل سنت و فراکسیون اصولگرایان رهروان ولایت در آمد و در طول دوران نمایندگی اش بیش از 40 لایحه را به امضا رساند که مهمترین آنها طرح الزام دولت به حفظ دستاوردها و حقوق هسته ای ملت ایران، طرح اصلاح موادی از قانون مجازات اسلامی، طرح شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، طرح ساماندهی تخصیص ارز در شرایط اقتصاد مقاومتی و حمایت از تولید ملی و طرح ممنوعیت تجویز داروهای خارج از فهرست رسمی دارویی ایران نیر بود. 

اواسط مرداد سال 1392، در جریان برگزاری جلسات بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی کابینه یازدهم در مجلس نهم شورای اسلامی، محمد سعید اربابی به همراه دیگر اعضا فراکسیون اهل سنت طی بیانیه ای حمایت کامل خود را از کابینه پیشنهادی یازدهم اعلام کردند. متن کامل این بیانیه به شرح زیر است: ما نمایندگان عضو فراکسیون اهل سنت مجلس شورای اسلامی در این شرایط حساس داخلی و خارجی که چشم جهانیان به ما دوخته شده است بر خود واجب دانیم همچنان که در 24 خرداد 92 با بالاترین درصد مشارکت در انتخابات و خلق حماسه سیاسی پیشتاز بوده این در این لحظه تاریخی نیز بعد از مذاکرات طولانی با یکایک اعضای کابینه و مطالعه دقیق برنامه های آن و کلیات دولت یازدهم و نیز ضمن هم اندیشی و همفکری های لازم با شخص محترم رئیس جمهوری حمایت خویش را از کابینه جناب روحانی اعلام داشته و امید آن را داشته باشیم که با اتحاد، همدلی و وحدت کلمه عزت، سربلند، عظمت و امنیت کشور مقدس ایران اسلامی و ایرانیان را شاهد باشیم. 

3  آذر  ماه سال 1392 بود که توافق موقت ژنو بر روی برنامه هسته‌ای ایران که به توافق هسته‌ای ژنو نیز معروف شد، میان جمهوری اسلامی ایران و گروه 1+به امضا رسید. بر اساس این توافقنامه که برای «رسیدن به یک راه‌ حل جامع بلند مدت و مورد توافق طرفین» و با هدف «تضمین‌ نمودن صلح‌ آمیز بودن برنامه هسته ‌ای ایران» امضا گردید، طرفین «به صورت داوطلبانه» متعهد ‌شدند تا اقدامات متقابلی را به عنوان گام اول یک راه‌حل جامع انجام دهند. پس از حصول این توافق محمد سعید اربابی در گفتگو با خبرگزاری ایرنا در خصوص دستاوردهای هسته ای مذاکرات 1+5 در ژنو اظهار داشت: «به دنبال مواضع حکیمانه مقام معظم رهبری و حمایت های قاطع ایشان از فرزندان رشید خود در عرصه دیپلماسی کشور، ملت بزرگ ایران بار دیگر پیروزی بزرگ و تاریخی کسب کرد. دولت اعتدالگرا و همراه با منطق دکتر حسن روحانی در کمتر از صد روز توانست به مذاکرات ده ساله هسته ای کشورمان در مرحله اول پایان دهد که این مهم باعث خوشحالی است. پس از توافق اولیه هسته ای کشورمان با غرب تنها رژیم صهیونیستی و متأسفانه برخی معدود از کشورهای منطقه ناراحت شدند که نگرانی این گروه آخر صرفا ناشی از توهمات واهی است.» 

حمایت از تیم مذاکره کننده لوزاناواسط فروردین سال 1394 و در پی تفاهم هسته‌ای صورت گرفته در لوزان در ادامه روند مذاکرات ایران و گروه 1+5، بازتاب‌های متنوع و بسیاری در سطح رسانه و شبكه‌های اجتماعی و محافل مختلف مطرح و تحلیل‌های گوناگونی ارائه شد. محمد سعید اربابی در گفت و گو با خبرنگار سیاسی "عصر هامون" با بیان اینکه مذاکرات هسته ای صرفا در جهت حسن نیت ایران در خصوص عدم ساخت سلاح های هسته ای صورت گرفته است، اظهار داشت: «تیم مذاکره کننده ایران به خوبی در مذاکرات، خود را نشان داد که قابل تحسین است و تلاش های هفته های اخیر تیم مذاکره کننده نشان از عدم کوتاهی این تیم برای دستیابی ملت ایران به موارد هسته ای بوده است اما به دلیل اینکه آمریکا با اصل انقلاب اسلامی مشکل و از پیشرفت ایران در منطقه وحشت دارد و احساس خطر می کند لذا همواره با دروغ پردازی سعی در متهم کردن ایران دارد.» اربابی با بیان اینکه توافق دو مرحله ای صورت گرفته است، تصریح کرد: «تحریم ها به صورت دو مرحه لغو می شود لذا باید تا تیر ماه منتظر نتیجه بمانیم.» امضای طرح الزام دولت به حفظ حقوق هسته اینمایندگان مجلس شورای اسلامی در نشست علنی 14 بهمن ماه 1393، یک فوریت طرح "الزام دولت به حفظ حقوق و دستاوردهای هسته ای" را مورد بررسی قرار داده و با رأی بالایی به تصویب رساندند. این طرح یک فوریتی در جهت حمایت از تیم مذاکره کننده و در راستای رهنمودهای مقام معظم رهبری و در پاسخ به ضرب العجل امریکایی ها مبنی بر تحمیل خواسته های نامشروع آنها به تیم مذاکره کننده هسته ای به مجلس ارائه شد. بر اساس این طرح در صورت تصویب تحریم جدید از سوی امریکا، توافق نامه ژنو لغو و اقدامات ایران در راستای فناوری هسته ای به نطقه قبل از این توافقنامه باز خواهد گشت.محمد سعید اربابی یکی از 255 نماینده مجلس نهم بود که این طرح را امضا کرد.کلیات طرح "الزام دولت به حفظ حقوق هسته ای" در نشست علنی مجلس شورای اسلامی در 31 خرداد ماه 1394 با رأی بالایی از سوی نمایندگان به تصویب رسید؛ پس از آن جزئیات این طرح در جلسه علنی 2 تیر ماه مورد بررسی قرار گرفت و با 213 رای موافق، 10 رای مخالف و 6 رای ممتنع از مجموع 244 نماینده حاضر در صحن علنی مجلس به تصویب رسید.