آثار چاپی بکری عبارتند از: أراجیز العرب بیت الصدیق: زندگینامه خاندان خلیفه ابوبکر بیت السادات الوفائیت: در انساب و زندگینامه وفائیه المستقبل للاسلام التعلیم و الارشاد: بیشتر آن از احیاء العلوم غزالی گرفته شده است فحول البلاغه: گزیده ای است از آثار هشت شاعر عرب عصر عباسی در مصر صهاریج اللؤلؤ: مجموعه ای است از آثار ادبی به  نثر آثار چاپ نشده بکری عبارتند از: تراجم بعض رجال الصوفیه: مشتمل بر 76 زندگینامه کتابی درباره "متنبی" شاعر معروف عرب اشعار: معروفترین شعر بکری: قصیده ای است خطاب به سلطان "عبدالحمید" عثمانی که پس از پیروزی او در جنگ یونان سروده شده است. 

شهرت بکری همچنان رو به افزایش بود تا "خدیوی عباس" بر او متغیر شد. بدین سبب، وی گوشه نشینی اختیار کرد و سپس بر اثر پریشانی خیال و اختلالات دماغی یا به اجبار قدرتمندان، در یکی از بیمارستانهای بیروت بستری شد و شانزده سال در آنجا ماند. مدتی دراز پس از خلع خدیو و در پی اقدامات برخی از ادیبان، بکری در 1346 به مصر بازگشت ولی همچنان دچار مشکلات روحی بود و در عزلت می زیست تا در سال 1351 در زادگاه خود، قاهره، در گذشت و در آرامگاه بکریان، در جوار امام شافعی، به خاک سپرده شد.