کنیه محمد بن عثمان "ابو جعفر" است. تبار نامه محمد بن عثمان،  به قبیله "بنی اسد" منسوب است و به "اسد بن خزیمه" منتهی می شود. این قبیله، همان قبیله بنی اسد می باشد که فردای حماسه عاشورا، پس از خالی شدن میدان کربلا از لشکریان عمربن سعد، برای دفن پیکر شهدا به این منطقه آمدند و آنها را به کمک و راهنمایی و شناسایی امام سجاد (ع) دفن کردند. این قبیله، در سال 19 هجری قمری از سرزمین حجاز به منطقه عراق آمدند و در "کوفه" و "غاضریه"، از نواحی کربلا را برای خود وطن اختیار کردند. بنی اسد از قبایل شجاع و با شهامت عرب به شمار می آیند، چنانکه جمعی از اصحاب، علما، شعرا و شخصیتهای برجسته شیعه از این قبیله اند همان طور که صحابی بزرگ "عمار یاسر" نیز از این قبیله است و برخی محمد بن عثمان را از نوادگان عمار به شمار آورده اند. 

در دوران غیبت صغری، یعنی ما بین سال های 260 – 329 هجری قمری رسیدگی به امور شیعیان و ارتباط آن ها با حضرت مهدی از طریق واسطه هایی که درواقع نائبان خاص حضرت بودند انجام می شد. "ابو عمروعثمان بن سعید عَمری" اولین  نائب خاص حضرت مهدی بوده  و بعد از وفاتش پسر وی  یعنی محمد بن عثمان به این مسئولیت برگزیده شد. محمدبن عثمان نسبت به سایر نایبان، دوران نیابت طولانی تری داشت. ابوالقاسم حسین بن روح نوبختی سومین نفر از نواب خاص محسوب می شود که بعد از وفات محمد بن عثمان ادامه دهنده نیابت و ارتباط حضرت مهدی و شیعیان شد.چهارمین و آخرین نفر از نواب خاص دوران غیبت صغری "ابوالحسن علی بن محمد سمری" بود. این چهار نفر به عنوان "نواب اربعه" مشهور می‌ باشند. عثمان ‌بن سعید به هنگام مرگ خود، نیابت را به دستور حضرت مهدی (ع) به فرزند خود محمد بن عثمان سپرد. به علاوه خود حضرت  مهدی (ع) نیز در توقیعاتی، تصریح به نیابت او فرمود. آن حضرت در توقیعی خطاب به محمد بن عثمان چنین فرمود: «ما برای خداییم و بازگشتمان به سوی او است، تسلیم فرمان خدا و راضی به قضای الهی هستیم. پدرت سعادت مندانه زیست و نیکو از این جهان دیده بر بست. خدای رحمتش کند و او را به اولیا و موالی خود ملحق سازد که همواره در راه آنان کوشا بود و در چیزهایی که او را به خدا نزدیک سازد، تلاش فراوانی داشت. خدای و تعالی رویش را سفید و درخشنده گرداند و لغزش‏ هایش را ببخشد. از کمال سعادت او بود که خداوند چون تو فرزندی را روزی اش ساخت که جانشین او باشد و به امر او قیام کند ...و اما محمّدبن عثمان عمری، پس خداوند از او و پدرش خشنود و راضی باشد، همانا او مورد وثوق من و نوشته او نوشته من است.» 

دوران نیابت محمدبن عثمان در فاصله سال های305 ـ 265 هجری قمری که حدود 38 تا 40 سال به طول انجامید، با خلافت خلفای عباسی از قبیل: معتمد، معتضد، مکتفی و مقتدر مصادف بود. محل حکومت عباسیان در این ایام، شهر سامرا بود. بدین سبب دستگاه سفارت در شهر بغداد تا حدودی از چشم مستقیم نامحرمان در امان ماند، اما در عین حال خلفای عباس از طریق عوامل خود، سعی می کردند فعالیتهای نایب دوم را زیر نظر و کنترل خویش داشته باشند و در دوران نیابت محمد بن عثمان، حاکم بغداد، شخصی به نام "عبیدالله بن عبدالله ابن طاهر" بود. از سوی دیگر کارگزاران دستگاه نیابت، به رهبری محمدبن عثمان نیز در تلاش بودند که فعالیتهایشان با رعایت اصول امنیتی در استتار کامل، به دور از چشم دشمن انجام شود. در عصر خلافت معتضد عباسی بخشی از آن، مصادف با یک دهه از نیابت محمد بن عثمان شد، در اثر ظلم و ستم و خونخواری او، سیاهچالها پر از ستمدیدگان شد و فضای اختناق به اوج خود رسید. در این هنگام شیعیان مناطق مختلف، علاوه بر وکلا و کارگزاران اصل سفارت به وسیله بازرگانان با محمد بن عثمان ارتباط برقرار می کردند، تا دستگاه سفارت از گزند مزدوران خلیفه در امان باشد. وظایف نائب دوم محمد بن عثمان که پس از فوت پدرش از سوی حضرت مهدی به نیابت خاص آن حضرت برگزیده شد وظایف پدرش را در رسیدگی به امور شیعیان و برقراری ارتباط آن ها با حضرت دنبال کرد. وی همچون پدرش در پنهان کردن نام و مکان حضرت مهدی (ع)، سازماندهی وکیلان مناطق و نظارت بر آنها، اخذ و توزیع اموال متعلق به حضرت مهدی (ع)، ، پاسخگویی به سؤالات فقهی و مشکلات عقیدتی، مبارزه مدعیان دروغین نیابت اهتمام ورزید. 

قیام صاحب زنج در بصره با وقوع انقلاب زنج موقعیت امامیه بصورت حادی در آمد. سلسله نسب علی بن محمد، رهبر این انقلاب، به زید بن علی، برادر امام باقر(ع) می‌‏رسید. به همین دلیل بخش قابل ملاحظه‏‌ای از علویان بسوی او پیوستند و از سال 257، در قیام او حضور یافتند. گرچه امام یازدهم‏ حضرت عسکری(ع) آشکارا اعلام داشت که رهبر زنج از اهل بیت نیست، مقامات حکومت این انقلاب را متصل به علویان می‌‏دانستند. به گفته طبری، سرکوبی قیام زنج در سال 270، کلا با تبلیغات حکومت علیه علویان دنبال شد. قیام قرامطه در کوفه عامل دیگر که روابط بین امامیه و عباسیان را تیره می‌‏ساخت کشف فعالیت‌های زیر زمینی دو حزب اسماعیلی، اسماعیلیه اصلی و قرامطه بود. 

یکی از اموری که درباره محمد بن عثمان به عنوان دومین نائب خاص حضرت مهدی حکایت شده است آگاهی وی از اسرار و امور مخفی است. البته این مطلب، به وسیله علم غیبی بود که حضرت مهدی (ع) در اختیارش می ‌گذاشت.   حکایت پارچه گمشده محمد بن علی اسود (یکی از افراد فعال در میان رابطین مردم با نائب خاص حضرت مهدی (ع)) نقل می ‌کند:«روزی  زنی، پارچه ‌ای به من داد و گفت: آن را به دومین نایب حضرت بقیه الله (عج) برسان. من به خدمت نایب امام (محمد بن عثمان) رسیدم و  به دستور وی همه آنچه نزدم بود، ، به محمد بن عباس دادم؛ مگر پارچه آن پیر زن؛ زیرا آن را گم کرده و از یاد برده بودم. پس از مدتی محمد بن عثمان گفت: پارچه پیرزن را هم به محمد بن عباس تحویل بده. ولی هر چه جستجو کردم نیافتم. محمد بن عثمان پیام فرستاد که غمگین نباش؛ زیرا به زودی آن  را می ‌یابی. سرانجام چنان شد که وی فرمود، پارچه پیدا شد و آن را به محمد بن عثمان تحویل دادم؛ این در حالی بود که صورت اموال، نزد او نبود و از این مطلب فقط من اطلاع داشتم.» ارسال کفن جعفربن محمدبن مَتِّیل می گوید: «روزی ابو جعفر محمدبن عثمان عمری مرا خواست و دو لباس علامت دار با کیسه ای درهم به من داد و فرمود: «لازم است همین الآن به جانب منطقه "واسط" حرکت کنی و این محموله را به اولین فردی که او را در فلان مکان ملاقات می نمایی، تحویل بدهی . من از قبول این مأموریت افسرده خاطر شدم و با خود گفتم فردی مانند من را حامل این محموله ناچیز قرار داده، راهی "واسط "می کند! در هر حال، به سوی "واسط" به راه افتادم. همین که به محل موعود رسیدم و با اوّلین نفر روبرو شدم، از وی سراغ "حسن بن محمد قطاة صیدلانی" را که وکیل موقوفات در "واسط" بود گرفتم، او گفت: خودم هستم! تو کیستی؟ بعد از معرفی خود، با همدیگر معانقه و احوالپرسی کردیم. سلام ابوجعفر عمری را به وی رسانده و محموله را تحویلش دادم. وقتی از موضوع آگاه شد، گفت: خدا را شکر! "محمدبن عبد الله حائری" فوت کرده است و من اکنون جهت تهیه کفن بیرون آمده ام. آنگاه محموله را باز کرد و آن چه را که برای تجهیز میت لازم می شود در آن مشاهده کرد. سپس جنازه را با هم تشییع و دفن کردیم و بعد من به بغداد بازگشتم.»  

در دوران نیابت محمد بن عثمان، از جمله محدثین بزرگ و سرشناس شیعی، در تشکیلات سفارت و نیابت حضرت مهدی حضور داشتند و در امور دستگاه رهبری با وی همکاری می کردند. برخی از این شخصیتها به عنوان کارگزار وکیل فعالیت می نمودند. بعضی هم علاوه بر این عناوین، افتخار شاگردی محمد بن عثمان را داشتند و از وی نقل روایت کرده اند. برخی دیگر نیز از دست وی توقیع گرفتند. چند تن از آنان عبارتند از: اسحاق بن یعقوب جعفر بن محمد بن مالک (از محدثان شهر کوفه) جعفر بن محمد بن مَتِّیل جعفر بن عثمان مدائنی احمد بن ابراهیم نوبختی محمد بن همام بغدادی اق بن ریاح بصری علی بن احمد دلاّل قمی ابو علی متیلی غیاث بن اسید حسین بن عبد الرحیم اَبراروری 

محمد بن عثمان کتاب‌هایی درزمینه  فقه به رشته تحریر در آورد که مطالب آنها از امام عسکری (ع) و حضرت مهدی (ع) است. یکی از آثار وی درزمینه  فقه "الاشربه" است. ام ‌کلثوم، دختر عثمان بن سعید می‌گوید: «این کتاب به وصیت پدرم به دست ابوالقاسم، حسین بن روح نوبختی (سومین نائب) رسید و پس از آن بر طبق وصیت وی به دست چهارمین نایب خاص رسید. کتاب وی به دست ما نرسیده است و ممکن است به اثر ناملایمات روزگار از بین رفته باشد.» 

محمد بن عثمان بعد از عهده داری 40 سال نیابت حضرت مهدی (ع) در دوران غیبت صغری، در روز آخر جمادی الاول سال 305 هجری قمری از دنیا رفت. پیکر وی با حضور شیعیان و رجال سرشناس شیعی، تشییع و در خیابان "دروازه کوفه" در خانه مسکونی خود در کنار مقبره پدرش "عثمان بن سعید عمری" به خاک سپرده شد. مرحوم شیخ عباس قمی می نویسد: «اکنون این قبر در مقبره بزرگی، نزدیک درِ سلمان که در میان مردم بغداد به "شیخ خلاّنی" معروف است، واقع شده و علاقه مندان هر از چند گاهی به زیارت آنان می روند.» در سال 1349 هجری قمری این مکان تجدید بنا شد و اشعاری از شاعران عاشق در مقام و منزلت صاحبان آن بر دیوارهای مقبره نقاشی گردید. وصیت محمد بن عثمان و انتقال نیابت "ابوعلی محمد بن همام" که محدثی برجسته و از یاران خاص محمد بن عثمان بود، می گوید که محمد بن عثمان، جمعی از اساتید بزرگ و سرشناسان شیعه را جمع کرد و خطاب به همه فرمود: «امور سفارت و نیابت با ابوالقاسم، حسین بن روح نوبختی است. من مأمور شدم که او را جانشین خویش قرار دهم. شما پس از من به او مراجعه کنید و در کارهای مهم به او اعتماد داشته باشید.» یکی از تاریخ نگاران معتبر اهل تسنن نیز می نویسد: «وقتی نایب دوم، محمد بن عثمان از دنیا رفت، بنا به وصیت و نصب وی، حسین بن روح نوبختی به طور رسمی در دارالنیابه بغداد حضور یافت و به جای او نشست و بزرگان شیعه نیز در آنجا حاضر شدند. در این هنگام شخصی به نام "ذکاء" که خادم محمد بن عثمان بود، عصا و کلید صندوقچه نایب دوم را به "حسین بن روح" تحویل داد و گفت: ابو جعفر محمد بن عثمان به من دستور داد پس از آنکه مرا به خاک سپردی و ابوالقاسم به جای من نشست، این دو امانت را تحویل تو دهم و این صندوقچه حاوی خواتیم امامان(علیهم السلام) است.»