بدیع لیسانس خود را در رشته دامپزشکی در سال 1965 از دانشگاه قاهره گرفت. وی در سال‌های 1977 و 1979 نیز فوق‌لیسانس و دکترای خود را از دانشگاه «الزقازیق» کسب کرد. از سال 1983 در دانشگاه الزقازیق استادیار شد و چهار سال بعد نیز به رتبه استادی رسید و در شاخه بنی سویف از دانشگاه قاهره مشغول به تدریس شد. وی از نظر علمی در رتبه بالایی قرار دارد و بر اساس لیستی که مؤسسه فرهنگ علمی - عربی مصر در سال 1999 منتشر کرده است، جزو یک صد دانشمند برتر جهان عرب به شمار می‌رود. بدیع استاد بیولوژی دانشکده دامپزشکی دانشگاه بنی سویف و همچنین دو دوره دبیر کل سندیکای دامپزشکان و یک دوره نیز دبیر صندوق اتحادیه سندیکاهای حرفه پزشکی بوده است.  

در سال 1959 محمد بدیع که هنوز نوجوان بود با دکتر سلیمان نجار که از اعضای اخوان المسلمین سوریه بود آشنا شد. سلیمان نجار، محمد بدیع را به اخوان دعوت کرد محمد بدیع در جو آن روزها که اخوان با مشکلات سیاسی روبرو بود و آنها را زندانی می کردند و تحت پیگرد امنیتی بودند با تمام وجود اخوان را پذیرفت و به عضویت اخوان المسلمین درآمد. 

محمد بدیع از آغاز فعالیت خود در اخوان المسلمین مسئولیت‌های زیادی را برعهده داشته است که ازجمله آن‌ها می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: عضو دفتر اداری محلی اخوان المسلمین در سال 1975 مسئول دفتر اداری اخوان المسلمین در سال 1977 مسئول تربیتی کمیته اخوان المسلمین در یمن از 1982 تا 1986 مسئول بخش تربیتی جنبش اخوان المسلمین در سال 1994 عضو شورای رهبری اخوان المسلمین از سال 1996  عضو دفتر رهبری جهانی جنبش اخوان المسلمین در سال 2007 رهبر اخوان المسلمین از سال 2010 تا 2013  

محمد بدیع به محض ورود به دانشگاه و آشنایی با اندیشه‌های حزب اخوان، با اندیشه‌های سید قطب نیز آشنا شد. طولی نکشید که تشکیل هسته‌ای از این جماعت فاش شد و بدیع و تعداد دیگر از اعضای این جنبش به دلیل مسئله نظامی مربوط به سید قطب دستگیر شدند. وی در این دوره به 15 سال زندان محکوم شد که پس از طی 9 سال آن در بهار سال 1974 از زندان آزاد شد و به محل کار خود در دانشگاه بازگشت. وی همچنین در سال 1998، بعد از موضوع جمعیت دعوت اسلامی در دانشگاه بنی سویف به زندان رفت و این بار تنها 75 روز در زندان ماند. بدیع در این زمان به عنوان رئیس شورای اداری جمعیت الدعوه پس از بازداشت حاج حسن جودة، بازداشت شده بود. در سال 1999 نیز محمد بدیع برای سومین بار به اتهام فعالیت برای گروه اخوان المسلمین به پنج سال زندان محکوم شد. حدود چهار سال از دوران این محکومیت خود را در زندان گذراند و در سال 2003 از زندان آزاد شد. در آوریل سال 2008 نیز محمد بدیع، در جریان انتخابات محلی در مصر بازداشت و یک ماه را در زندان‌های دولت حسنی مبارک گذراند.   

کارشناسان تا پیش از آغاز انقلاب 25 ژانویه مصر بر این باور بودند که دیدگاه‌های بدیع جماعت را سازمان‌یافته‌تر کرده و همین موجب شد تا این سازمان بیش از فعالیت‌های سیاسی بر فعالیت‌های ایدئولوژیکی و تربیتی و سازمانی تمرکز کند، اما انقلاب مردم مصر همه محاسبات بدیع و جماعت را به هم ریخت و آن‌ها خود را در برابر فرصتی یافتند تا پس از 80 سال فعالیت محرمانه و سری، به صورت علنی وارد عرصه سیاسی مصر شوند. به این ترتیب پس از پیروزی انقلاب مصر و سرنگونی حکومت حسنی مبارک، جماعت اخوان المسلمین به رهبری محمد بدیع در انتخابات پارلمانی مصر شرکت و بیش‌ترین کرسی‌ها را به خود اختصاص داد تا پس از آن و با وجود اعلام بدیع مبنی بر عدم شرکت جماعت در انتخابات ریاست جمهوری مصر «خیرت الشاطر»، از جمله تندروترین رهبران این جماعت را به عنوان کاندیدای خود در این انتخابات معرفی کرد و چون خیرت الشاطر به دلایل قانونی توسط کمیته انتخابات رد صلاحیت شد، «محمد مرسی» به عنوان کاندیدای جماعت معرفی و به ریاست جمهوری مصر برگزیده شد.  

سرانجام پس از انتشار اخبار ضد و نقیض درباره دستگیری و آزادی محمد بدیع رسانه‌ها به صورت رسمی در 20 اوت 2013 از دستگیری وی خبر دادند. رهبر اخوان المسلمین در آپارتمانی در شهرک نصر قاهره، در نزدیکی میدان رابعه العدویه بازداشت شد. حکم بازداشت محمد بدیع در نخستین جمعه پس از سرنگونی دولت محمد مرسی در مصر و هنگامی صادر شده بود که او با حضور بین هواداران اخوان المسلمین آن‌ها را به ادامه تظاهرات و مقاومت تا زمان آزادی محمد مرسی و بازگشت او به مقام ریاست جمهوری مصر فراخواند. وی به حدی بر حمایت از مرسی اصرار داشت که در پیام هفتگی خود در 25 ژوئیه برکناری مرسی را اقدامی «بدتر از ویرانی کعبه» توصیف کرده بود. او به دلیل این سخنرانی به «تحریک به آشوب و خشونت» متهم شد و تحت تعقیب قرار گرفت. طی این مدت شمار زیادی از اعضای ارشد اخوان المسلمین بازداشت شدند اما مکان محمد بدیع همچنان پنهان بود و هر از گاهی در جمع هوادارانش ظاهر می‌شد.   بدیع فردی تأثیرگذار بر تفکرات مرسی گفته می‌شد که رهبر اخوان که نفوذ بسیاری بر محمد مرسی، رئیس‌جمهور برکنار شده مصر داشت، از مهم‌ترین افرادی بود که باعث شد تا جریان اخوان حاضر نشود بر سر راه میانه‌ای با ارتش و دولت موقت، برای گذار مصر از بحران به توافق برسد. بدیع در درگیری‌های پس از عزل مرسی در قاهره پسر 38 ساله خود را هم از دست داد تا از جمله افرادی باشد که تاوان سنگینی به خاطر ماندن در میدان‌های شهر قاهره داده است. علاوه بر بدیع، ده‌ها تن از رهبران اصلی و میدانی اخوان در طول روزهای اغتشاشات در خیابان‌های مختلف قاهره و دیگر شهرهای این کشور بازداشت‌شدند و به نظر می‌رسید که دولت موقت قصد دارد که همه این رهبران این جماعت را راهی زندان کند تا بتواند بر شورش‌های خیابانی غلبه کند.   سخنرانی‌های بدیع در حمایت از مرسی محمد بدیع از ابتدای بازداشت مرسی به طرفداری از وی، در جمع مخالفانی که تجمع کرده بودند حضور داشت و از آن‌ها می‏خواست تا برای رسیدن به پیروزی مقاومت کنند. بدیع در سخنان خود می‏گفت: «خون شهدایمان را نمی‌فروشیم. مرسی رئیس‌جمهور همه مصر است. اخوان المسلمین نیز بخشی از مصر است و رویاهایش با ملت مصر مشترک است. ما از این پس در میدان‌ها باقی خواهیم ماند تا رئیس‌جمهور محمد مرسی بازگردد. مصر از این پس دستور نظامی را نمی‌پذیرد و تمام دستورات شواری نظامی باطل است.»   سفارش عجیب بدیع به مبارزین مصری اواخر تیر ماه سال 92 بود که روزنامه «واشنگتن پست» به نقل از روزنامه‏ی «تایمر اف اسراییل» نوشت: «محمد بدیع، مرشد گروه اخوان المسلمین به اعضای این حزب سفارش کرده  که ماه رمضان فعلی را روزه نگیرند تا نیرویشان را برای معرکه ی بزرگ آینده جهت بازگرداندن محمد مرسی به حکومت حفظ کنند.» این روزنامه به نقل از محمد بدیع نوشت: «گروه اخوان المسلمین در حال جهاد در راه خدا هستند و به زودی وارد معرکه ای بزرگتر برای بازگرداندن مرسی به حکومت خواهند شد به همین دلیل می توانند روزه های خود را بشکنند بدون اینکه مخالف قواعد صحیح اسلام باشد!» محمد بدیع تنها به این سخن اکتفا نکرده و در ادامه انقلاب مصر را به غزوه ی بدر رسول الله (صلی الله علیه و آله و سلم) بر علیه کفار در اوایل ظهور اسلام تشبیه نموده و تاکید کرده بود که اعضای گروه اخوان المسلمین برای غزوه ی بدر دوم در 26 ژوئیه 2013 (4 مردادماه 1392) آماده می شوند. 

پس از بازداشت بدیع، اخوان المسلمین به اتخاذ اقدامات ساختاری و ظاهری رو آورد و محمود عزت به عنوان رهبر موقت اخوان المسلمین انتخاب شد. هرچند که در پی اقدامات نیروهای ارتش، نزدیک به دو هزار عضو اخوان المسلمین که بیشتر آنان رهبران رده دو و سه این گروه بودند بازداشت‌شدند. 

قرار بود محمد بدیع به همراه دو معاونش، خیرت شاطر و رشاد بیومی، در 3 شهریورماه 1392همزمان با دادگاه حسنی مبارک، به اتهام تحریک به کشتار تظاهرکنندگان در برابر دفتر اخوان المسلمین در قاهره که طی آن دست‌کم هشت نفر کشته شدند؛ محاکمه شوند؛ اما به علت عدم حضور بدیع و معاونانش در دادگاه، محاکمه به تأخیر افتاده و به 29 اکتبر 2013 (هفت آبان‏ماه 1392) موکول شد. 

بعد از کنار گذاشته شدن محمد مهدی عاکف از رهبری اخوان المسلمین، سیاست‏ھای کلی این جماعت دچار انحراف شد. نگاه تند محمد بدیع، رھبر جدید این جماعت علیه تشیع و ارج دادن فراوان به سلفی‏ھای تندرو در الازھر مصر که شدیداً مخالف تشیع و انقلاب اسلامی ایران بودند؛ کم‌کم آن شکوه سیاسی اخوان را از بین برد.   اخوان المسلمین از مذهب شیعه به دور است. دکتر ولایتی در تاریخ 14 فروردین ماه 92 در همایش حوزه و بیداری اسلامی در دانشگاه علوم اسلامی رضوی مشهد گفته بود: «سازمان اخوان المسلمین در میان تمام گروههای اسلامی، نزدیکترین ایدئولوژی را با جمهوری اسلامی دارد و به اعتقادات ما نزدیک تر است. امروز جهان اسلام هیچ حامی دیگری به جز ایران ندارد و هیچ دولتی با ثبات تر از نظام جمهوری اسلامی ایران وجود ندارد.» ولایتی همچنین گفته بود: «ما و اخوان المسلمین دوست هستیم و از اخوان المسلمین حمایت می کنیم.» بعد از آن بود که احمد عارف، سخنگوی رسمی اخوان المسلمین در واکنش به سخنان علی‏اکبر ولایتی، به روزنامه مصری الیوم گفت: «اخوان المسلمین یک گروه سنی مذهب است و ما بارها تاکید کرده ایم که مذهب سنی خط قرمز ماست و اجازه عبور از این خط قرمز را به هیچ کس نمی دهیم.»  سخنگوی اخوان المسلمین اظهار داشت: «جماعت اخوان‌المسلمین کاملا دور از مذهب شیعی است، و ما به غیر از مذهب سنی رضایت نمی‌دهیم... سخنان این مسئول ایرانی کاملا به دور از واقعیت است و اخوان المسلمین با هر گونه هجوم فرق مذهبی به مصر مقابله می‌کند. روابط میان مصر و ایران صرفا روابطی سیاسی است و هیچ ربطی به مذهب ندارد.» 

محمد بدیع که سعی می‏کرد با پرهیز از اختلافات و تأکید بر مشترکات، راه مرشد قبلی اخوان یعنی محمدمهدی عاکف را دنبال کند در یادداشتی وظیفه فرمانروایان امت را خدمت به اسلام دانسته بود. مروری بر این یادداشت، مواضع محمد بدیع را به خوبی نشان می‌دهد:«فرمانروایان کی از خواب غفلت بیدار می‌شوند تا مسئولیتشان را ادا کنند؟ چه وقت درک می‌کنند که خواسته اصلی از ایشان، پشتیبانی از یکدیگر، وحدت اسلامی و ترک اختلافی است که توانمندی‌هایشان را به ناتوانی مبدل کرده است؟ به تحقیق فرماندهان یک ونیم میلیارد مسلمان؛ توان مقابله با چند میلیون صهیونیست را که به مقدسات ما بازی می‌کند، دارند؛ در توانشان هست که پیروزی مطلوب و خواسته‌شده را متحقق سازند و به ویژه که خزاین زیرزمینی در سرزمین‌های اسلامی تعبیه شده است. حکام این امتی که خداوند به ایشان عزت و ابهت داده است، توان نجات زنان مسلمان اسیر در زندان‌های صهیونیست‌های غاصب را دارند؛ آنانی که فریاد می‌شکند و برای دور کردن ذلت و اهانت از خود ندا سر می‌دهند.ای فرمانروایان مسلمان: اسلامی که به آن منسوب هستید، فریاد می‌کشد که وضعیت امت تنها به جهاد استوار می‌گردد؛ خداوند می‌فرماید:‌ ای مؤمنان! شما را چه شده که وقتی گفته می‌شود در راه خدا جهاد کنید، به زمین سنگین می‌شوید، آیا زندگی دنیوی را به زندگی اخروی ترجیح می‌دهید؟ پس بیداری، عظمت و بزرگی ما در گرو این استقامت است که متحقق نمی‌شود مگر به پایمردی و بذل مال، سلاح، رسانه‌ها، نفس و وقت بدانید که ملت‌های مسلمان امید خیر به شما دارند؛ لذا آرزوهایشان را به باد فنا ندهید؛ چرا که شما در بزرگ‌ترین موقف تجارت با خداوند قرار دارید.» 

محمد بدیع، رهبر اخوان المسلمین: «با گذشت بیش از 31 سال از امضای پیمان کمپ دیوید هنوز جنگ مزدوران تداوم دارد؛ جنگی که نسبت به جنگ نظامی قدرت ویرانگری بالایی در زمینه‌های فرهنگی، اقتصادی، اجتماعی و علمی دارد و پس از 31 سال هنوز فلسطین اشغالی از چنگال صهیونیست‌های غاصب رهایی نیافته است و هر روز شاهد تشدید اقدامات ویرانگرانه و افزایش شهرک‌سازی و یهودی‌سازی قدس هستیم. پیمان کمپ دیوید که نام صلح را یدک می‌کشد و در واقع دست و  پای امت را بسته است، هیچ یک از انتظارات و خواسته‌های امت اسلام را محقق نساخت، بلکه یک نوع صلح ظالمانه و پوشالی مبتنی بر امتیازدهی به شمار می‌رود.»  

به دلیل بحرانی که  اوایل تابستان 92، سلفی ها در مصر به پا کردند، اخوان المسلمین که قدرت سیاسی را در اختیار داشت، تلاش کرد ضمن تکرار موضع گیری سلفی ها و البته سهیم کردن آنان در بخش هایی از قدرت، از آنان استفاده داخلی نماید. این درحالی بود  که اخوان المسلمین خود را درمیانه ی دو جبهه سکولاریسم و سلفیون تعریف می کرد. اخوان المسلمین مصر که تا قبل از انقلاب 2011 مصر از شیخ الازهر حمایت می‌کردند، پس از اعلام حمایت احمد الطیب از دولت انتقالی، موضع خود را تغییر دادند. محمد بدیع با اعلام نارضایتی از مواضع احمد الطیب، در قبال تحولات مصر، اواسط تیر ماه 92، در نامه‌ای خطاب به وی که به خاطر کودتا علیه محمد مرسی تبریک گفته بود نوشت: «تو از بزرگان دینی هستی و درست نیست که به نام مسلمانان سخن بگویی. ملت مصر خودش دارای اراده است و آن را از دست نداده است.»   معرفی اجمالی احمد الطیب احمد محمد احمد الطیب، امام جماعت مسجد الازهر است که پس از فوت محمد سید طنطاوی در سال 2010 از طرف حسنی مبارک به این سمت برگزیده شد. احمد الطیب یکی از معتقدان وحدت امت اسلامی و همکاری تشیع و تسنن است که تدریس فقه امامیه در دانشگاه الازهر را مشروع می‌داند. وی از مخالفان وهابیت است و ستون فقرات الازهر را ایمان به تفکر اعتدالی دانسته و تأکید کرده است با هر فکری که مخالف حد وسط بودن و اعتدال الازهر باشد، مبارزه می‌کند.