فوکویاما دوران کودکی خود را در شهر نیویورک گذراند. وی در سال 1967 میلادی، همراه با خانواده، به ایالت شیکاگو مهاجرت کرد و در آنجا دوره دبیرستان را به پایان رساند. فوکویاما مدرک لیسانس خود را در رشته هنر از دانشگاه کرنل (Cornell University) به دست آورد و سپس در رشته فلسفه سیاسی ادامه تحصیل داد و به درجه دکترا از دانشگاه هاروارد (Harvard University) نائل آمد. وی در دوره دانشجویی در دانشگاه کرنل به انجمن دانشجوی تلوراید (Telluride Association) پیوست. فوکویاما استاد و رئیس گروه توسعه اقتصادی بین‌المللی دانشگاه جان هاپکینز در شهر واشنگتن دی سی است.

فوکایاما در کنفرانسی در سال 1986 (سال 1365 و در اوج پیروزی‌های رزمندگان اسلام در جبهه مقاومت علیه استکبار جهانی) در اورشلیم، که توسط صهیونیستها برگزار شد، به ترسیم اندیشه سیاسی شیعه پرداخت. او برای تکمیل تحقیقاتش، در سالهای پس از جنگ، به عنوان جامعه شناس هلندی و با روادید این کشور به ایران آمد و به مدت 8 ماه اقامت از نزدیک به تحقیقات پرداخت. شیعه پرنده‌ای است با دو بال سبز و سرخ فرانسیس فوکویاما در کنفرانس اورشلیم تحت عنوان «بازشناسی هویت شیعه» گفت: «شیعه پرنده‌ای است که افق پروازش خیلی بالاتر از تیرهای ماست، پرنده‌ای است که دو بال دارد. یک بال سبز و یک بال سرخ. بال سبز این پرنده همان مهدویت و عدالت خواهی اوست چون شیعه در انتظار عدالت به سر می‌برد، امیدوار است و انسان امیدوار هم شکست‌ناپذیر است. نمی‌توانید کسی را تسخیر کنید که مدعی است فردی خواهد آمد که در اوج ظلم و جور، دنیا را پر از عدل داد خواهد کرد.» بر اساس نظریه فوکایاما بال سبز شیعه همان فلسفه انتظار یا عدالت خواهی است. بال سرخ شیعه، شهادت طلبی است که ریشه در کربلا دارد و شیعه را فناناپذیر کرده است. تهدید ناپذیری شیعه با زره ولایت فقیه براساس نظریه فوکویاما شیعه با دو بال سبز و سرخ، افق پروازش خیلی بالاست و تیرهای زهراگین سیاسی، اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی، اخلاقی و ... به آن نمی‌رسد. آن نقطه که خیلی اهمیت دارد بعد سوم شیعه است. این پرنده زرهی بنام ولایت‌پذیری بر تن دارد که آن‌ را شکست‌ناپذیر نموده است. در بین کلیه مذاهب اسلامی، شیعه تنها مذهبی است که نگاهش به ولایت، فقهی است؛ یعنی فقیه می‌تواند ولایت داشته باشد. این نگاه، برتر از نظریه نخبگان افلاطون است. فوکایاما معتقد است: «ولایت پذیری شیعه که بر اساس صلاحیت هم شکل می‌گیرد، او را تهدید ناپذیر کرده است.» او در توضیح فناناپذیری شیعه در کنفرانس اورشلیم گفت: «شیعه با شهادت دو چندان می‌شود. شیعه عنصری است که هر چه او را از بین ببرند بیشتر می‌شود.» وی جنگ ایران و عراق را مثال زد و ادامه داد: «این‌ها فاو را تسخیر کردند، می‌روند کربلا را هم بگیرند، اینجا {قدس} را هم قطعاً می‌گیرند.» فوکویاما حتی در سال 1364 پیشنهاد کرد که با امتیاز دادن به ایران، جنگ را متوقف کنند. مهندسی معکوس فوکویاما برای شیعه فوکویاما پس از پایان جنگ ایران و عراق، یک مهندسی معکوس برای شیعه و یک مهندسی صحیح برای خودشان نوشت. مهندسی معکوس برای شیعیان ایران این بود: «ابتدا ولایت‌فقیه را بزنید تا این را نزنید نمی‌توانید به ساحت قدسی کربلا و مهدی تجاوز کنید.» وی نظریه‌ای با عنوان «میکروپولتیک میل‌ها و میکروفیزیک قدرت» ارائه داد و گفت: «برای پیروزی بر یک کشور باید «میل مردم» را تغییر دهیم اگر میل مردم از شهادت طلبی، ایثار، جوانمردی و ده‌ها عاملی که به عنوان فرهنگ شکل گرفته است به رفاه طلبی، غرب زدگی و ... تغییر نیابد مانند این است که آب در هاون می‌کوبید. این میل‌ها هم تغییر نمی‌کنند مگر این که ارکان یک قدرت از آن حمایت کند.» وی راه برخورد با این جریان را تضعیف ولایت فقیه دانسته و گفت: «در صورت تضعیف ولایت فقیه، رفاه طلبی جای شهادت طلبی را می‌گیرد و پس از آن اندیشه عدالت خواهی و انتظار نیز از جامعه رخت بر می‌بندد.» فرآیند «فروپاشی ایدئولوژیک» در پروژه «ناتوی فرهنگی» یک اصل بنیادین دارد که در هر دوره تاریخی به شکلی ظهور می کند. فوکویاما کلید این فروپاشی را «نابودی روحیه مقاومت» در میان ایرانیان دانست و گفت: «برای پیروزی بر یک ملت باید میل و ذائقه مردم را تغییر داد و کافی است شهادت طلبی این‌ها را به رفاه طلبی تبدیل کنید.» عیسی ناصری، مکتب جدید فوکویاما فوکویاما برای اجرای این تئوری گفت: «شما باید برای غرب هم امام زمان (انتظار) و كربلا (شهادت) و ولایت فقیه بتراشید.» و برای این کار مكتب جدیدی به نام «اوانجلیس» عرضه كرد. در این مکتب اعتقاد بر این است که عیسی ناصری خواهد آمد. هرچه درباره امام زمان (عج) گفته شده به عیسی ناصری نسبت داده و گفته اند زمانی كه دنیا پر از ظلم و جور شود عیسی ناصری خواهد آمد تا آن را پر از عدل و داد كند! و شبكه ای به نام T.B.N با هدف تحلیل محتوای وقایعی كه در جامعه رخ می دهد ایجاد کردند. وقتی سونامی رخ داد پرفسور هالدینگ زی (شاگرد فوكایاما) بیش از 20 ساعت تفسیر كرد كه این یكی از علائم ظهور عیسی مسیح است. تضعیف شیعه به دست فیلم‏سازان آمریکایی فوکومایا در کنفرانس اورشلیم، «سینما» را به عنوان ابزاری نامید که می‌تواند در «نابودی مقاومت شیعی» مؤثر باشد. او از سینمای هالیوود خواست تا در تولیداتش به خلق فرهنگی جایگزینی برای «اسلام» بیاندیشد. حتی بعدها در سال 2002 که «ریدلی اسکات» فیلم «سقوط شاهین سیاه» را برای پنتاگون ساخت، تحلیلگران گفتند که این فیلم بر اساس همان تئوری فوکایاما ساخته شده است. در نبرد آرماگدون، دو عنصر جیززکرایس (الگوی مقدس) و آنتی کرایس (شیطان) مقابل یکدیگر قرار گرفته که از نظر آن‌ها آنتی کرایس همان «سفیانی» و «جیززکرایس» همان «مهدی» است. فوکایاما ادعا کرد: «ما هلالی داریم به نام هلال شیعه که از سوریه و عراق و عربستان می‌گذرد و تیری را در دست دارد که عقبه‌اش در قندهار است و به سمت قدس نشانه رفته است. در آرماگدون ما با این تیر مواجه هستیم. از قدس تا قندهار منطقه استراتژیک شیعه است. آمریکا باید افغانستان را اشغال کند تا این تیر نتواند از این طرف شلیک شود.» فوکویاما در این کنفرانس گفت: «فیلم سازان آمریکایی برای تضعیف هویت شیعی و اسلامی باید در فیلم‌هایشان هر چه را که شیعیان درباره امام زمان می‌‌گویند، بر شخصیت عیسی ناصری تطبیق دهند و برای این منظور فیلم‌هایی بر اساس مدل «روایت فتح» آوینی، ساخته شوند؛ با همان اسلوب متن ...» که ردپای محتوایی مجموعه ی روایت فتح را می توان در فیلم های «نجات سرباز رایان» با محتوای تجلیل از مادر سه سرباز کشته شده در جنگ؛ فیلم «نبرد پرل هاربر» با محتوای جنگ جنگ تا رفع فتنه‌ در عالم؛ فیلم «زمانی که سرباز بودیم» با تئوری بازسازی کربلا و بر اساس الگوی عملیّات کربلای 5؛ فیلم «سقوط شاهین سیاه» با مضمون بازسازی صحنه کربلای مورد اشاره آوینی مشاهده کرد. فوکایاما در نظریه‌اش گفت: «برابر اسناد تاریخی، سال 2007 را سال رویارویی غرب با شیعه می‌دانیم. باید با برنامه دقیق شیعه را جمع کنیم و خودمان گسترش بیابیم.» حذف شورای نگهبان راه تضعیف ولایت فقیه فوکایاما در کنفرانس اورشلیم در مورد راه تضعیف شیعه گفت: «شما باید ولایت فقیه را بزنید، بعد اگر بپرسید چگونه می‌شود ولایت فقیه را زد؟ من می‌گویم در قانون اساسی. در قانون اساسی آنچه موجب قوام و بقای ولایت فقیه است شورای نگهبان است اگر بتوانید این رکن را از قانون اساسی حذف کنید خود ولایت فقیه هم در یک رفراندوم زده می‌شود! شما باید این فیلتر را از بین ببرید. شورای نگهبان هم جز با حمله به نظارت استصوابی از بین نمی‌رود.»

زمینه پیدایش نظریه پایان تاریخ طی دوران 40 ساله جنگ سرد، جهان به دو قطب مشخص شرق و غرب به رهبری شوروی و ایالات متحده آمریكا تقسیم شده بود که با فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی و پایان جنگ سرد، نقطه آغازی برای نظم نوین جهانی پدیدار شد؛ مهم‌ترین ویژگی این نظم نوین در نگاه نخست، تک‌قطبی شدن جهان در عرصه سیاست‌های بین‏المللی است. در واقع، پایان جنگ سرد و شکست بلوک کمونیست، موجب شد که اغلبِ اندیشمندان غربی، مسئله پیروزی غرب و کاپیتالیسم (سرمایه‌داری) را مطرح کنند. تز معروفِ پایان تاریخ فرانسیس فوکویاما، بیان‌کننده این مدعاست. جهانی شدن لیبرال دموکراسی، سرنوشت مختوم بشر فوکویاما در مقاله «پایان تاریخ» (1989 م) و متعاقباً کتاب «پایان تاریخ و آخرین انسان» (1992 م) مدعی شد که با توجه به تحولات جهان، تاریخ عامی نوشته که تمام بشریت را در بر گرفته است. در این دیدگاه، نظام لیبرال دموکراسی نقطه پایانی تطور ایدئولوژیکی بشر و آخرین شکل دولت در تاریخ انسان تلقّی شده است. در نظریه «پایان تاریخ»، به سبب فقدان بدیل‌های معتبر پس از شکست کمونیسم، نظام لیبرال دموکراسی صورت نهایی و عام تاریخ بشر معرفی شد؛ یعنی اینکه نه تنها این صورت به همه جهان، بالضروره گسترش خواهد یافت، بلکه در هیچ زمان دیگری در آینده از این صورت گذر نخواهد شد. به این ترتیب، جهانی‌شدن لیبرال دموکراسی، سرنوشت مختوم بشر تلقّی شد. فوکویاما در نظریه اش گفت: «آنچه ما شاهد آن هستیم، تنها پایان جنگ سرد یا عبور از یک مرحله ویژه تاریخی نیست، بلکه ما شاهد پایان تاریخی هستیم که نقطه عطف آن، تکامل ایدئولوژیک و جهان‌شمولی دموکراسی لیبرالِ غربی به عنوان آخرین دولت بشری است.» نظریه «پایان تاریخ» فوکویاما از دید حسن عباسی حسن عباسی درباره نظریه پایان تاریخ فوکویاما گفت: «فرض فوکویاما در نظریه پایان تاریخ این است که برای جهان فوکویاما تاریخ پایان پیدا کرده است؛ زیرا ایدئولوژی لیبرالیسم موفق شد نگاه سنتی و خدا محور را از صحنه زندگی بشر حذف کند و طی پروسه جنگ درون تمدنی ایدئولوژی فاشیسم، نازیسم و مارکسیسم را طی 100، 150 سال شکست دهد و با طی شدن این پروسه تاریخ به پایان رسیده است؛ لذا از این منظر آنچه اندیشه نهایی بشر ارزیابی می شود، اندیشه لیبرال دموکراسی است... بشر هیچ مدل دیگری برای ادامه حیات خود ندارد و باید این مدل را پذیرفته و برای تحقق آن تمام تلاش خود را بکار گیرد... مدل نهایی بشر، لیبرال دموکراسی است و پس از آن اندیشه ای تولید نخواهد شد.» تجدید نظر فوکویاما در نظریه پایان تاریخ فوکویاما از همان آغاز طرح دیدگاهش در باب پایان تاریخ، مشخص کرد که منظورش از پیروزی ایدئولوژی لیبرال دموکراسی، همه ایدئولوژی‌های دیگر، از جمله ایدئولوژی‌های دینی بوده و صرفاً منظورش شکست ایدئولوژی‌های سکولار در برابر تجدد نیست؛ البته وی در جای دیگری در خصوص اسلام موضع متفاوتی گرفت. وی پس از واقعه 11 سپتامبر 2001، سخنرانی تحت عنوان: «آیا تاریخ مجدداً آغاز شده است؟» انجام داد؛ روشن بود که این واقعه او را واداشته که در نظر قبلی خود که در آن از حوزه فرهنگی و تمدنی اسلام غفلت نموده بود، تجدیدنظر کرده و اسلام را به عنوان یکی از حوزه‌های میراث بشری لحاظ کند. او در این سخنرانی در خصوص این احتمال بحث کرد که شاید تاریخ پایان نیافته یا اینکه مجدداً در مسیر گذر از لیبرال دموکراسی غرب به حرکت درآمده باشد. وی اهمیت و عظمت فرهنگی اسلام را پذیرفت؛ یعنی از این نظر که اسلام را به اعتبار عدم تعلق به «میراث ایدئولوژی مشترک بشریت» از بحث کنار بگذارد، برگشت. با این حال، سخن او این بود که این ها در درازمدت تهدیدی علیه غرب نیست و «تجدد و جهانی‌شدن، سازنده‌های مرکزی» تاریخ باقی خواهند ماند. از نظر وی این نظام تجدد و سکولار لیبرال دموکراسی غربی است که می‌تواند علم ایجاد کند، ثروت بیافریند، فقر، بیماری‌ها و مشکلات مردم را رفع کرده و در نهایت، رفاه برای آن‌ها به ارمغان بیاورد. مدعیات اساسی نظریه‏ پایان تاریخ فوکویاما در یک نگاه: حیات سیاسی ـ اجتماعی بشر صورتی پایانی و نهایی دارد. حیات اجتماعی ـ سیاسی بشر، از حیث صورت‏بندی سیر تکاملی‏اش به نهایت رسیده است. صورت پایانی از نظر ساختار درونی هنوز هم قابلیت تکامل دارد. منظور از صورت پایانی، صورت و سیرت نهادی و سازمانی است که لیبرال دموکراسی نسخه تمام و کمالش است؛ یعنی شیوه‏ها و نهادهایی که در نظام لیبرال دموکراسی به وجود آمده‏ و به سامان‌دهی حیات می‏پردازند، تنها راه و روش مدیریت جامعه بوده که فراسوی آن نهادها و سازمان‏ها هیچ شیوه و نهادی قابل‌قبول نیست. بر این اساس، بشر از نظر نهادی و سازمانی به آخر خط رسیده است. دموکراسی، حقوق بشر، کثرت‌گرایی و بازار آزاد، ارکان لیبرال دموکراسی هستند. دانش و تکنولوژی مدرن، عمده‏ترین و به تعبیری «مادر» چنان صورت پایانی است. سازوکار این تولد بدین صورت است که براساس نگرش فوکویاما دانش و تکنولوژی مدرن تمام ابعاد حیات انسانی را متأثر ساخته و به آن‌ها چهره‏ای ویژه بخشیده یا خواهد بخشید که برآیند آن، پیدایش نهادها و سازمان‏های ویژه است.

فوکویاما تز جهانی‌شدنِ دموکراسی لیبرال غربی را زمانی مطرح کرد که اتحاد جماهیر شوروی با اصلاحات گورباچوف در مرحله آغازین افول کمونیسم و در راه الگوپذیری افراطی از کاپیتالیسم گام برمی‏داشت. در واقع، او در این نظریه از توجه به تحولات تاریخی چشم‌پوشی کرده است. نادرستی نظریه در آنجاست که به زعم بسیاری از دانشمندان غربی، اسلام طی دو دهه گذشته، ضمن آنکه رشد سریع و مؤثری داشته، در معادلات منطقه‏ای و جهانی، سهم و نقش قابل ملاحظه‏ای به خود اختصاص داده است. فوکویاما بدون توجه به دوره بازتاب و شکوفایی حرکت‌های اسلامی در سرزمین‌های مسلمان‌نشین به طور یک‌جانبه، افول و شکستِ ایدئولوژی کمونیست را در تشکیل آرمانشهر جهانی به مثابه پیروزی مرام و مسلک غربی دانست حال آنکه پایان تاریخ کمونیست، برگ برنده‏ای برای دموکراسی لیبرال غرب نیست؛ چراکه با نابودشدن کمونیسم هنوز نهادهای تفکر، فرهنگ و میراث تمدن اسلامی به عنوان یک نیروی محرک و حیات‌بخش در جوامع اسلامی و در قلب دنیای مارکسیستی دیروز و نیز جهان غرب، حضورِ فعال داشته و در سیاست‌های جهانی، تأثیرگذار است. بسیاری از دانشمندان غربی، ضمن آنکه گسترش اسلام را خطری برای منافع غرب مطرح کرده‏اند، به تأثیر اسلام در امور بین‌الملل نیز اعتراف نموده‏اند؛ امری که تا دو دهه قبل، خبری از آن نبود. نادیده گرفتن مشیت الهی در تاریخ حسین کچوئیان در کتاب خود با عنوان «نظریه های جهانی شدن» در مورد یکی انتقادات اساسی که بر نظریه پایان تاریخ فوکویاما وارد است نوشت: «این نظریه به عنوان یک فلسفه تاریخی دنیاگرایانه، تاریخ را خود بنیاد و خودکفا دانسته و پیوند آن را با مشیت الهی نادیده می‌گیرد. ازاین‌رو لیبرال دموکراسی را نتیجه ضروری ـ طبیعی عملکرد نیروهای دنیایی و تاریخی قلمداد کرده و از طرفی، تقابل این تفسیر با تفسیر دینی جهانی‌شدن را نشان می‌دهد. برعکس، جهانی‌شدن در فلسفه تاریخ دینی، علی‌الاصول، ظهور وضعیت نهایی تاریخ و استقرار نظام جهانی و آخرالزمانی را به اراده و لطف خداوند مرتبط می‌سازد. بر این اساس طبق یک نظریه دینی جهانی‌شدن مانند نظریه مهدویت، پیش‌بینی زمان قیام و استقرار حکومت جهانی ممکن نیست. در واقع، آنچه رخداد نهایی را موجب می‌شود، اراده خداوند و لطف ربوبی است، نه چیز دیگر. بر همین اساس، انسان‌ها در این جریان، جز در اظهار نیاز و ترجمه این نیاز به عمل، نقش دیگری نداشته یا اگر هر نقشی در این میان داشته باشند، قطعاً نمی‌توانند با انجام اقداماتی که در نظریه جهانی‌شدن دنیاگرایانه آمده است، وضعیت نهایی یا ظهور و حکومت جهانی را محقق سازند. در نظریه مهدویت، خداوند با مداخله مستقیم خود، نیروهایی متفاوت و برتر از نیروهای موجود را وارد صحنه تاریخی انسان کرده و از این طریق، ساختار نیروهای این‌جهانی را بر هم زده و سازوکاری متفاوت با سازوکارهای تاریخی موجود برقرار می‌سازد.» تاریخ هنوز پایان نیافته دکتر حسن عباسی در انتقاد از نظریه پایان تاریخ گفت: «فوکویاما در کتاب «پایان تاریخ» خود گفت که چون ایدئولوژی لیبرال دموکراسی پیروز شد، تاریخ پایان یافت. لیبرال دموکراسی آخرین اندیشه بشر است و ما عاقبت لیبرال دموکراسی را در طوفان کاترینا در شهر نیواورلئان دیدیم؛ وقتی طوفان کاترینا آمد و فشار قانون و پلیس از روی شهر برداشته شد، دیدیم انسانهای بافرهنگ جامعه مدنی چگونه مانند سگ و گربه به جان هم افتادند. در این راستا شرق عرفانگرا و غرب فلسفه گرا معتقدند که تاریخ پایان یافته؛ ولی آدم وحی گرا معتقد است طرح ما هنوز تمام نشده، طرح ما هنوز پیاده نشده است؛ تاریخ تازه آغاز شده است؛ ما برای آینده بشریت طرح داریم...»

فوکویاما که از هواداران تحت فشار قرار دادن و تغییر رژیم در عراق بود، از اولین کسانی بشمار می رود که در مورد این مسأله دچار تردید شد و سرانجام با آن به مخالفت پرداخت. مجله «نیو ستیتزمن» در معرفی کتاب «پس از نومحافظه کاران» فوکویاما نوشت: «فوکویاما پیش و پس از 11 سپتامبر 2001، خواستار فشار بر عراق بود ولی با نزدیکتر شدن به حمله نهایی، بیشتر در مورد موضع خود دچار تردید شد... باید در نظر گرفت که نومحافظه کاران، تنها هواداران جنگ عراق نبودند، بلکه روشنفکرهای چپ آمریکایی، بسیاری از دمکراتها و جمهوریخواهانی که جز نومحافظه کاران نبودند، طبل جنگ را بصدا در آوردند.» فوکویاما به عنوان یکی از نظریه پردازان نومحافظه كار، در سال 2003 با اشغال عراق مخالفت كرد، در سال 2004 علیه بوش رأی داد و در سال 2006 با انتشار مقاله‌ای بلند در نیویورك‌تایمز ضمن مقایسه نومحافظه‌كاری با لنینیسم، پایان عصر نومحافظه كاری را اعلام كرد. او به علاوه، در سال 2007، مطلبی در مورد بازداشت نظامیان انگلیسی توسط ایران در صفحه «هر چه می‌خواهد دل تنگت بگو» در سایت نشریه گاردین نوشت.

فوکویاما 10 سال بعد از کتاب «پایان تاریخ» کتابی با عنوان «پایان نظم، فروپاشی عظیم» نوشت. به گفته حسن عباسی در این کتاب فوکویاما مسئله ای در گزاره‏های علم استراتژیک تحت عنوان سرمایه اجتماعی مطرح و از جامعه غرب به ویژه آمریکا انتقاد کرده و برای اصلاح آن گفت: «سرمایه اجتماعی درون ایالت متحده وجود ندارد و آن بخشی هم که وجود دارد درحال فروپاشی است.» فوکویاما در این کتاب آمار و ارقام دقیقی از سیستم دادگستری و FBI آمریکا ارائه کرده و راه کارهای را برای خروج از این بن بست معرفی کرده است. حسن عباسی در این راستا گفت: «دکترین فوکویاما در مرحله اول پایان تاریخ است و در مرحله دوم این است که برای حفظ وضع موجود باید سرمایه اجتماعی را تبیین و حفظ کرد. فوکویاما معتقد است که در بیان اندیشه ها به آخر راه رسیده و نباید برای جایگزین کردن آن با چیز دیگری انقلاب کرد؛ حتی نیازی به اصلاح کردن نیست و تنها باید این اندیشه را حفظ کرد.»

در بیانیه 58 استراتژیست آمریکایی در حمایت از جنگ علیه تروریسم که به بیانیه «60 نفر» معروف شد، دومین نفری که پس از هانتینگتون این بیانیه را امضا کرد، فرانسیس فوکویاما بود. به گفته استاد عباسی: «حمایت فوکویاما از جورج بوش جای تعجبی ندارد زیرا حرفی که فوکویاما می‌زند همان است که جورج بوش پس از واقعه 11 سپتامبر در اولین موضع‌گیری در رسانه‌های جهان گفت: «آنان که از موهبت لیبرال دموکراسی محرومند دست به چنین اقدامی زده‌اند.» یعنی به وجود آورندگان آن‌هایی هستند که از لیبرال دموکراسی محرومند و برای اینکه لیبرال دموکراسی، آخرین اندیشه بشر را از بین ببرند دست به این اقدام زده‌اند.» با این وجود او در مقاله‌ای كه در پایگاه تحلیلی «آمریكن كانسروتیو» منتشر شد، نوشت: «من به خاطر یك دلیل خیلی ساده در انتخابات ریاست جمهوری آمریكا به "باراک اوباما" رأی خواهم داد. بسیار سخت است كه ما یك دوره ریاست جمهوری فاجعه‌آمیزتری را از دوره جورج بوش تصور كنیم. به اندازه كافی بد بود كه بوش جنگ غیرضروری عراق را آغاز كرده و وجهه آمریكا را در سرتاسر جهان طی دوره اول ریاست جمهوری خود تضعیف كرد.» او در این مقاله به تضعیف وجهه آمریکا در عرصه جهانی در زمان ریاست جمهوری جورج بوش اشاره کرده و معتقد است سیاست‌های سیاستمدارهای اخیر باعث شد که آمریکا ارزش‌های اولیه خود را از دست دهد.

دموکراسی، اسم رمز آمریکا برای مداخله نظامی در کشورها فوکویاما در مقاله‌ هفته‌نامه «نیوزویک» با اشاره به بحران مالی بی‌سابقه در آمریكا و مداخله نظامی در كشورهای دیگر نوشت: «دموكراسی، اسم رمز آمریكا برای مداخله نظامی و تغییر حكومت است.» او در مقاله خود در این هفته‌نامه آمریكایی نوشت: «قدرت از جمهوری‌خواهان در دوران ریاست جمهوری نیكسون و ریگان به ریاست جمهوری كلینتون در دهه 90 میلادی منتقل شد. مجدداً در دوران جرج بوش به جمهوری‌خواهان بازگشت. آن‌ها به دلایل فرهنگی مانند مذهب، میهن پرستی، ارزش‌های خانواده و مالكیت اسلحه به جمهوری‌خواهان رأی دادند.» فوكویاما در این مقاله در انتقاد به شیوه دموكراسی و تمایل آمریكا به حمایت دموكراسی در دیگر كشورهای جهان، نوشت: «مشكل اكنون این است كه دولت بوش با استفاده از دموكراسی برای توجیه جنگ عراق، به بسیاری كشورها اعلام كرد كه «دموكراسی» اسم رمزی برای مداخله نظامی و تغییر حكومت است. آمریكا از لحاظ جهانی از جایگاه سلطه‌ای كه تا كنون آن را اشغال كرده بود، لذت نخواهد برد و چیزی مانند مناقشه گرجستان و روسیه آن را تضعیف كرد. توانایی آمریكا برای شكل دادن اقتصاد جهانی از طریق بسته‌های تجاری و صندوق بین‌المللی پول و تجارت جهانی به مانند منابع نظامی ما كاهش خواهد یافت و در بسیاری از نقاط جهان، ایده‌های آمریكا، نصایح و حتی كمك این كشور كمتر از زمان حال مورد استقبال قرار خواهد گرفت.» سقوط سرمایه‏داری آمریکا در آینده‏ای نزدیک فوكویاما در این هفته‌نامه نوشت: «علاوه بر برخی از شركت‌های مطرح آمریكایی تفكر خاص سرمایه‌داری نیز از هم فروپاشید. انفجار از داخل بانك‌های سرمایه آمریكا، ناپدید شدن بیش از یك تریلیون دلار در بازار سهام در یك روز، نشان از سقوط سرمایه‌داری آمریكا دارد.» وی در این مقاله‌ با اشاره به بحران مالی بی‌سابقه در آمریكا، این كشور و سرمایه داری را در حال فروپاشی دانست. خدشه دار شدن دموکراسی آمریکا فوكویاما به بهانه سفر رئیس جمهور چین به آمریکا، مقاله‌ای را در روزنامه انگلیسی «فایننشال‌تایمز» با عنوان «دموكراسی آمریكا چیز خاصی برای آموزش به چین ندارد» منتشر كرد. او در این مقاله ضمن اشاره به اینكه مشكلات آمریكا به این زودی‌ها حل نمی‌شود، به بررسی روابط واشنگتن - پكن پرداخت و تأكید کرد كه دموكراسی آمریكا چیزی برای آموزش به چین نداشته و مشكلات آمریكا به این زودی‌ها حل نخواهد شد: «در دهه اول قرن 21 شاهد چرخش قابل‌ملاحظه‌ای در مدل های اقتصادی و سیاسی جهان بودیم. تا 10 سال پیش همه می‌خواستند مدل دموكراسی و اقتصادی ‌آمریكا را كپی كنند. تكنولوژی آمریكا دنیا را فرا گرفته بود و سرمایه‌داری بدون كنترل مدل انگلوساكسون مدل آینده اقتصادی خوانده می‌شد؛ اما جنگ عراق و همزاد شدن دموكراسی با حمله نظامی از یك سو و بحران مالی وال‌استریت از سوی دیگر اعتبار این سیاست‌ها را خدشه‌دار كرد.»

فوکویاما از جمله کسانی است که به فروپاشی اخلاق در غرب اعتراف کرده است. او در مقاله‏ای با عنوان «اخلاق و فرهنگ در آمریکا» گفت: «ویلیام جی. بنت در سال 1994 کتابی را به عنوان نمایه شاخص های برجسته فرهنگی منتشر کرد و آمارهای مختلفی درباره گرایش های اجتماعی ارائه داد. بنت نشان داد که بین اواسط دهه 1960 و اوایل دهه 1990، سلامت اجتماعی آمریکا به صورت هولناکی وخیم بوده است. در دهه 1990،از هر 3 نوزاد آمریکایی یکی نامشروع متولد می شود. تقریباً یک سوم مردان آمریکایی آفریقایی تبار که بین 20 تا 29 ساله اند به نحوی گرفتار نظام عدالت جزایی می شوند و همچنین دانش آموزان آمریکایی شرکت کننده در المپیادهای جهانی در مقایسه با کشورهای صنعتی دیگر، نازلترین رتبه ها را اخذ می کنند. طبق استدلال بنت، هرچند آمریکاییان از لحاظ مادی ثروتمندتر از هر زمان دیگر هستند، در وضعیت وحشتناک فقر اخلاقی به سر می برند. از نگاه برخی آمریکاییان، آمریکا تنها کشوری نیست که مشمول این تحولات اجتماعی شده است؛ بلکه همه کشورهای صنعتی غیرسیاسی، شاهد اختلالات اجتماعی بسیار عظیمی در دهه 1990 بوده اند. من این پدیده را فروپاشی عمیق ارزش های اجتماعی غرب نامیده ام.» کسانی چون فوکویاما، هانتینگتون، مک لوهان و... سرنوشت غرب و میلیاردها انسان را با تصورات خام خود در دنیای لیبرال دموکراسی غرب به حراج گذاشته اند و سعی دارند موعود عصر جدید باشند؛ اما نتیجه این تفکرات و نظریه ها جز استثمار ملت ها، نابودی فرهنگ ها، اشغال کشورها و کشته شدن صدها هزار انسان بیگناه و ... چیزی به همراه نداشته است.

فوکویاما به مناسبت چاپ کتاب جدیدش با عنوان «آغاز تاریخ از اصول سیاسی تا امروز» در دسامبر 2012، به پاریس سفر کرد که در این سفر با حضور در نشست های متعدد فرهنگی و سیاسی، اظهار نظرهایی درباره بهار عربی از جمله سوریه بیان کرد. فوکویاما در نظریه جدید خود برخلاف نظریه پایان تاریخ اذعان کرد: «تحولات سیاسی جدیدی در زمینه های مختلف در حال وقوع است و ملتها و فرهنگ ها تغییرات تازه ای را آغاز کرده اند.» او در پاسخ به سؤال میشل سیر، فیلسوف مشهور فرانسوی که «آیا او میان بهار عربی با آن چه وی به «پایان تاریخ» تعبیر کرده تناقض نمی‌بیند؟» گفت: «اتفاقات ایجابی بسیار خوبی رخ داده است. برای همین باید گفت که رسیدن به دموکراسی بدون هزینه‌های اجتماعی ممکن نیست. شاید مردم سختی بکشند و به دلیل نوع برخوردی که حکومت حاکم با آنها می‌کند خشمگین شوند اما به هر حال این راه سختی‌ها دارد که در نهایت مثبت خواهد بود. این اتفاق ایجابی است که ما را از موضوع پایان تاریخ دور می‌کند.» فوکویاما در مورد تحولات در سویه گفت: «در سوریه بیش از چندین ماه است که جنگی خونین درگرفته که به روشنی می‌بینیم با همه نظریه‌هایی که برای انقلاب‌های بهار عربی زده می‌شود، متفاوت است. ما نمی‌توانیم بگوییم کشوری وارد جنگ داخلی شود به صرف این که به دموکراسی برسد. نه تنها سوریه بلکه هیچ کدام از کشورهای عربی را نمی‌توان با دموکراسی‌های اروپا مقایسه کرد. در سوریه اگر حکومت اسد سقوط کند مشکلاتی بسیار بزرگ روی خواهد داد که کاملا از مباحث دموکراسی خواهی و آزادی طلبی جدا خواهد بود. در سوریه بحث قومیت‌ها مطرح است. این بحث باعث می‌شود تا نگاه به دموکراسی کاملا تغییر کند. به عبارت دیگر هنگامی که بحث برتری قومیت‌ها مطرح می‌شود موضوع دموکراسی خواهی کنار گذاشته می‌شود. این دقیقا چیزی است که ما در سوریه شاهدیم. در نبود اسد ما خواهیم دید که کشور از هم پاشیده خواهد شد و مرکزیتی که هر کشوری نیاز دارد تا بتواند براساس آن به دموکراسی برسد از بین خواهد رفت. از این رو به اعتقاد من در سوریه با این وضعیت هیچ کس به اهدافش نمی‌رسد، نه دموکراسی خواهان به دموکراسی خواهند رسید و نه هیئت حاکمه که بشار اسد رئیس‌جمهور آن است می‌توانند قدرت سابق خود را حفظ کرده و در وضعیت سابق خود باقی بمانند.»