مجلس پنجمعبدالرحمن تاج الدین در 19 بهمن 1375 با شرکت در انتخابات میان دوره ای اول مجلس پنجم، موفق شد با کسب 129963 رای از مجموع 339255 آراء ماخوذه، به عنوان نماینده مردم شهرستان "اصفهان" در خانه ملت حضور پیدا کند. مجلس ششم29 بهمن سال 1378، عبدالرحمن تاج الدین با شرکت در انتخابات مجلس ششم توانست در همان مرحله اول با کسب 49.70 درصد آراء به نمایندگی از مردم "اصفهان" به مجلس ششم راه یابد. 

8 شهریور سال 1381، سید محمد خاتمی، رئیس جمهور وقت، به مناسبت هفته دولت در مصاحبه ای با خبرنگاران داخلی و خارجی در محل نهاد ریاست جمهوری، از ارائه لوایح دوقلو به مجلس ششم، موسوم به لایحه "تبیین حدود وظایف و اختیارات رئیس جمهور" و لایحه "اصلاح قانون انتخابات مجلس"  خبر داد. لایحه "تبیین حدود وظایف رئیس جمهور" در راستای ایده حاکمیت دوگانه لایحه "تبیین حدود وظایف و اختیارات رئیس جمهور" با هدف افزایش اختیارات رئیس جمهور و در قالب اجرای وظیفه ریاست جمهور مبنی بر نظارت بر اجرای قانون اساسی در کشور بود. بعضی از مواد این لایحه بیانگر این بود که رئیس جمهور برای اعمال نظارت خود بر اجرای قانون اساسی در کشور هیئت هایی تعیین نماید و ابزار کار را در اختیار داشته باشد که تا این مقدار مورد توافق همه صاحب نظران سیاسی، قانونگذاران، شورای نگهبان و سایر قوای کشور بود؛ اما بعضی از مواد لایحه افزایش اختیارات رئیس جمهوری، دخالت و اشراف بر محاکم قضایی، رأی دادگاه ها و مانند آن بود که در واقع اعمال نفوذ رئیس جمهور در قوه قضائیه را تضمین می کرد. لایحه " تبیین حدود وظایف و اختیارات رئیس جمهور" در راستای ایده "حاکمیت دوگانه" که پیش از آن برای رسیدن به آن تلاش شده بود (در قتل های زنجیره ای و حوادث 18 تیر ماه 1378 که با ناکامی همراه بود)، شکل گرفت؛ البته ایده "حاکمیت دوگانه کارکردی" دنبال شد که هدفش آن بود که ضمن به رسمیت شناختن اختیارات ولی فقیه، به صورت گام به گام و سنگر به سنگر، اختیارات رهبری به نفع رئیس جمهور کاهش یافته و نهایتا، با خلع ید ولی فقیه از حوزه های مختلف، جایگاه رهبر در جمهوری اسلامی را به شأنی همچون شأن "پاپ" در نظام های غربی تنزل دهد. لایحه "اصلاح قانون انتخابات مجلس"، با هدف کاهش قدرت شورای نگهبان در انتخابات مجلس براساس لایحه "اصلاح قانون انتخابات مجلس شورای اسلامی"، روش تعیین صلاحیت داوطلبان، از شورای نگهبان سلب و به اعضای شورای شهر و شخصیت های مورد نظر در شهرستان ها گذاشته می شد؛ همچنین شرایطی مانند التزام عملی به جمهوری اسلامی و ولایت فقیه را به نوعی از میان برمی داشت. طبق این مصوبه، ماده‌ سه قانون انتخابات مجلس مصوب سال 1378 که بیان می‌داشت: «نظارت بر انتخابات مجلس شورای اسلامی برعهده‌ شورای نگهبان است و این نظارت، استصوابی، عام و در تمام مراحل و در تمامی امور مربوط به انتخابات، جاری است»، به این شرح تغییر می یافت: «به موجب اصل 99 قانون اساسی ایران، نظارت بر انتخابات مجلس شورای اسلامی بر اساس مفاد این قانون، بر عهده‌ شورای نگهبان است». تصویب لوایح دوقلو در مجلس ششم لایحه "اصلاح قانون انتخابات مجلس" حدود یک هفته بعد از اعلام رسمی خاتمی، به مجلس ششم رفت و طبق آیین نامه مجلس، برای بررسی تخصصی به کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس فرستاده شد. این کمیسیون نیز در اقدامی کم نظیر تنها طی چند دقیقه و بدون طرح نظرات موافق و مخالف این لایحه را تصویب کرد؛ پس از تصویب لایحه "اصلاح قانون انتخابات مجلس" در کمیسیون امنیت ملی مجلس و در فاصله رسیدن این طرح به صحن علنی مجلس، تهدیدهایی چون "خروج از حاکمیت" که شامل استعفای دسته جمعی رئیس جمهوری و نمایندگان مجلس ششم بود و همچنین "رفراندوم" مطرح شد. در همین راستا عباس عبدی، مشاور خاتمی و از توابین فاتح لانه جاسوسی آمریکا، رد لوایح دوگانه توسط شورای نگهبان را عامل فروپاشی نظام جمهوری اسلامی دانست و سید محمدرضا خاتمی، دبیرکل حزب مشارکت نیز با تهدید شورای نگهبان و با اشاره به رد احتمالی لوایح از سوی این شورا تاکید کرد: «اگر لوایح دوقلو از سوی شورای نگهبان رد شود، رفراندوم را پیشنهاد می کنیم.» در این میان برخی عناصر اپوزیسیون خارج نشین نیز به تقویت بحث رفراندوم و تحریک جریانات داخلی پرداختند. لایحه "اصلاح قانون انتخابات مجلس" در آبان 1381 به مجلس ارائه شد و بعد از آن هم لایحه " تبیین حدود وظایف و اختیارات رئیس جمهور" به مجلس تقدیم شد. سرانجام در 15 آبان ماه 1381، پس از سخنان مخالفان و موافقان، کلیات لایحه اصلاح قانون انتخابات به تصویب مجلس رسید. مجلس ششم در بررسی جزئیات لایحه، در اولین گام اقدام به تصویب اولین بند از لایحه اصلاح قانون انتخابات یعنی "حذف نظارت استصوابی شورای نگهبان قانون اساسی" کرد. در تصویب این لایحه شرط التزام کاندیداها به ولایت فقیه حذف و مسلمان بودن و ابراز وفاداری به قانون اساسی برای ثبت نام، جایگزین این شروط شد. در ادامه نیز با تغییر 9 ماده از قانون انتخابات، ضمن کاهش نظارت شورای نگهبان بر انتخابات مجلس، نظارت رئیس‌ جمهور بر این انتخابات تصویب شد. سرانجام کلیات هر دو لایحه پس از تائید مجلس ششم، در اسفندماه 1381 به تصویب نهایی رسید و راهی شورای نگهبان شد. رد لوایح دوقلو از سوی شورای نگهبان با پایان تعطیلات نوروزی سال 1382 و شروع به کار دوباره‌ مجلس ششم، شورای نگهبان در اواخر فروردین همان سال، در نامه ای به مجلس 39 مورد ایراد قانونی و 7 مورد ایراد شرعی لایحه را بیان نمود و آن را برای اصلاح مجدد به مجلس بازگرداند. اعلام رسمی نظر شورای نگهبان در مورد لایحه‌ انتخابات مجلس، واکنش های تند اصلاح طلبان و عناصر اپوزیسیون خارج نشین را در پی ‌داشت. "محمدرضا خاتمی" رفراندوم را تنها گزینه در این شرایط عنوان نمود و مدعی شد که به هیچ وجه از حذف نظارت استصوابی کوتاه نخواهند آمد. روزنامه "یاس نو"، زیر نظر حزب مشارکت، در مطلبی با اشاره به رد لایحه اصلاح قانون انتخابات از سوی شورای نگهبان نوشت: «مملکت دو راه بیشتر ندارد؛ یا باید دیدگاه های اعمالی حاکمیت، به سمت پذیرش رای آزادانه مردم در انتخابات مجلس هفتم پیش برود که لازمه آن لغو نظارت استصوابی است و یا باید نقطه نظرات خاص شورای نگهبان در ارتباط با رد صلاحیت جامه عمل بپوشاند.» پس از آن در 19 اردیبهشت ماه 1382، شورای نگهبان پس از بررسی لایحه "تبیین حدود وظایف و اختیارات ریاست جمهوری" آن را در 10 مورد مغایر قانون اساسی و شرع تشخیص داد. نامه "جام زهر" به رهبری پس از رد لوایح دوقلو از سوی شورای نگهبان، 127 نماینده مجلس ششم از جمله عبدالرحمن تاج الدین خوزانی در 31 اردیبهشت سال 1382، در نامه‌ای به مقام معظم رهبری که در ادبیات سیاسی کشور به "نامه جام زهر" معروف شد، خواستار اعمال نظر ایشان در موضوع لوایح شدند. در بخش‌هایی از این نامه آمده است: «با این ‌حال و روز کشور، فرصت چندانی باقی نمانده است. غالب مردم ناراضی و نا امید، اکثریت نخبگان ساکت یا مهاجر، سرمایه‌های مادی گریزان و نیروهای خارجی از هر طرف کشور را احاطه کرده‌اند. با این وضع برای آینده‌ کشور دو حالت بیشتر متصور نیست یا دیکتاتوری و استبداد که در خوشبینانه‌ترین حالت، فرجامی جز وابستگی و در نهایت فروپاشی یا استحاله ندارد و یا بازگشت به اصول قانون اساسی و تمکین صادقانه به قواعد دموکراتیک». این نمایندگان که عمدتا از اعضای حزب مشارکت بودند در قسمت پایانی نامه خود با استفاده از عباراتی موهن، از مقام معظم رهبری تقاضای عذرخواهی کردند: «اگر جام زهری باید نوشید، قبل از آنکه کیان نظام و مهم‌تر از آن استقلال و تمامیت ارضی کشور در مخاطره قرار گیرد، باید نوشیده شود و بی‌تردید این برخورد خردمندانه و متواضعانه، از سوی ملت با همان پاداشی مواجه می‌شود که امام عزیز راحل روبه‌رو شد...» پافشاری شورای نگهبان بر صیانت قانون اساسی و استرداد لوایح دوقلو پس از رد لوایح دوقلو از سوی شورای نگهبان و ایستادگی آن در صیانت از قانون اساسی، کمیسیون های سه جانبه ای از مجلس، دولت و شورای نگهبان پیگیر چگونگی حل این بحران شدند اما 3 ماه مذاکرات این کمیسیون ها در تابستان سال 1382 با اصرار مجلس بر روی نظرات خود بی نتیجه ماند. پس از آن بحث هایی درباره ارجاع لوایح دوقلو به مجمع تشخیص مصلحت نظام مطرح شد اما محمد خاتمی در فروردین سال 1383، با ارسال نامه ای به مهدی کروبی رئیس وقت مجلس، در خواست استرداد لوایح تنظیم شده را کرد. 

با آغاز بررسی صلاحیت کاندیداهای هفتمین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی در پاییز سال 1382 توسط هیئت های اجرایی از جمله شورای نگهبان، زمزمه هایی از رد صلاحیت عده ای از اصلاح طلبان مقیم مجلس ششم به موجب اصل 99 قانون اساسی، در میان افواه و رسانه ها پیچید. قبل از بررسی صلاحیت ها، روزنامه های زنجیره ای در کنار افراطیون مجلس با استفاده از فرصت پیش آمده شروع به تشویش اذهان در راستای فشار به افکار عمومی و اعضای شورای نگهبان کردند؛ در همین راستا سید محمدرضا خاتمی نماینده وقت مجلس ششم و سید مصطفی تاج زاده عضو شاخص حزب مشارکت، از خود واکنش تندی نشان دادند. تحصن نمایندگان مجلس ششم سرانجام در 20 دی سال 1382، هیئت مرکزی نظارت بر انتخابات مجلس هفتم، اطلاعیه‌ای صادر نمود و ضمن اعلام پایان رسیدگی به صلاحیت کاندیداها در هیئت‌های نظارت استان‌ها، روند بررسی صلاحیت‌ها و نیز نحوه‌ اعتراض کاندیداهایی را که صلاحیت آنها رد شده یا احراز نشده بود، تشریح نمود اما افراطیون این گزارش را تاب نیاوردند و در برابر اعلام نظر هیئت‌های نظارت در مورد صلاحیت کاندیداها، موضع‌گیری تندی اتخاذ کردند که نتیجه آن چیزی نبود جز تحصن. نهایتا تحصن 139 نفر از نمایندگان مجلس ششم از جمله عبدالرحمن تاج الدین خوزانی در تاریخ 21 دی 1382 در راهروهای مجلس در اعتراض به نظارت استصوابی شورای نگهبان، آغاز شد. در این میان "محمد رضا خاتمی" (به عنوان سخنگوی متحصنین) و بهزاد نبوی نماینده وقت مجلس ششم، سخنرانی های آتشینی را ایراد نمودند که به صورت کاملاً اتفاقی اندکی بعد با پوشش گسترده رسانه های بیگانه نظیر "بی بی سی" مواجه شد. نکته قابل تامل، آماده کردن امکانات رفاهی پیش بینی شده از جمله مبل و تلویزیون برای این تحصن بود که حکایت از برنامه ریزی گسترده در این زمینه از سوی اصلاح طلبان داشت. فردای آن روز یعنی در 22 دی همان سال، سعید حجاریان، تئوریسین جنجالی حزب مشارکت و عضو قدیمی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، در جمع نمایندگان گفت که تحصن، راهکاری برای مقابله با رد صلاحیت های غیر قانونی است. 23 دی سال 1382 در ادامه تحصن، "آدام ارلی" سخنگوی وزارت خارجه‌ آمریکا در اظهاراتی مداخله‌جویانه از دولت "سید محمد خاتمی" رئیس جمهور وقت دولت اصلاحات، خواست تا در مقابل شورای نگهبان بایستد: «ما از دولت ایران می‌خواهیم برای پیشروی نتیجه‌ انتخابات مجلس در تاریخ 20 فوریه‌ سال جاری، اقدامات شورای نگهبان را نپذیرد». استعفای دسته جمعی پس از آنکه متحصنین افراطی دریافتند که با تبلیغات و تحصن نتوانسته اند به اهداف خود برسند، تصمیم گرفتند از برگزاری انتخابات در زمان مقرر جلوگیری کنند؛ یکی از کارها جهت عملی کردن این امر، کلید زدن بحث خروج از حاکمیت بود؛ این عمل در مرحله اول به استانداران محول و طرح استعفای استانداران به عنوان عاملین اجرای انتخابات مطرح شد. چند روز بعد، 13 عضو کابینه و حدود 50 معاون وزیر در نامه‌ای تهدید‌آمیز اعلام استعفا کردند. علاوه بر اینها، متحصنین در راستای افزایش فشارهایشان، طرح روزه‌ سیاسی و استعفا را به سناریوی تحصن افزودند. آنها 3 روز پیش از زمان اعلام نتایج نهایی بررسی های هیات های نظارت بر انتخابات،‌ در بیانیه ای اعلام کرده بودند که در صورت عدم تن دادن نظام به خواسته شان استعفا خواهند داد که سرانجام در 12 بهمن 1382 این تصمیم را عملی کرده و گروهی از تحصن‌کنندگان از سمت نمایندگی استعفا دادند. متن استعفا نامه این نمایندگان توسط "محسن میردامادی" (دبیر کل حزب مشارکت و رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس ششم) و "علی مزروعی" نماینده وقت مجلس ششم، در صحن مجلس قرائت شد؛ اما نکته قابل توجه آنجا بود که براساس آئین نامه داخلی مجلس نمایندگان نمی توانستند به صورت دست جمعی استعفا دهند و اگر این طیف قصد استعفای دست جمعی به صورت واقعی داشت می توانست با ارائه طرحی 3 فوریتی آئین نامه داخلی مجلس را تغییر دهد اما عدم ارائه این طرح، نمایشی بودن حرکت اصلاح طلبان در راستای فشار به شورای نگهبان را ثابت می کرد. اصرار رهبری بر اجرای مُرّ قانون و پایان تحصن اصلاح طلبان با توجه به حمایت های خارجی از آخرین حربه خود برای تاثیر گذاری در روند انتخابات احساس می کردند که حداقل خواسته آنان یعنی ایجاد تاخیر در برگزاری انتخابات محقق خواهد شد؛ اما این خواسته آنان هیچگاه به ثمر نرسید؛ بیانات مقام معظم رهبری در دیدار با اقشار مختلف مردم در 15 بهمن همان سال، مبنی بر عدم پذیرش یک روز تاخیر انتخابات و طرح «شانه خالی کردن از مسئولیت به شکل استعفا یا به هر شکل دیگر خلاف قانون و طرح شرعی است.» توطئه فوق را خنثی کرد. سرانجام در 17 بهمن سال 1382، تحصن نمایندگان مجلس ششم، بدون دسترسی به نتایج مورد انتظار آنان به پایان رسید و انتخابات مجلس هفتم شورای اسلامی در زمان قانونی خود یعنی در اول اسفند سال 1382، با رعایت همه ضوابط قانونی برگزار شد. 

در اواسط خرداد ماه 1388، 356 نفر از نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی، از جمله عبدالرحمن تاج الدین خوزانی، طی اعلامیه ای از میرحسین موسوی در دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، حمایت کردند. متن این اعلامیه به شرح زیر است: «باسمه تعالی مجلس عصاره فضائل ملت است (امام خمینی(ره)) اعلام حمایت جمعی از نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی از جناب آقای مهندس میر حسین موسوی موجب افتخار است که در برهه کنونی از میهن اسلامی یار دیرین امام(ره) جناب آقای مهندس میرحسین موسوی در عرصه رقابت دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری اعلام حضور نموده است بر خود فرض می دانیم با توجه به جایگاه رفیع ریاست قوه مجریه و نیاز مبرم کشور به مدیری توانمند و قانون مدار، حمایت همه جانبه خود را از کاندیداتوری ایشان اعلام نماییم.» 

اوایل مهر سال 1392، "سید تقی نوربخش" مدیرعامل سازمان تأمین ‌اجتماعی، با صدور حکمی عبدالرحمن تاج‌الدین را به عنوان معاون حقوقی و امور مجلس این سازمان منصوب کرد. در بخشی از این حکم آمده است: «... باعنایت به تعهد، تخصص، سوابق و تجربیات ارزنده جنابعالی به موجب این حکم به سمت معاون حقوقی و امور مجلس سازمان تأمین‌اجتماعی منصوب می‌شوید. امیدوارم با توکل به خداوند متعال و در سایه عنایات ائمه معصومین (علیهم‌السلام) و بهره‌ گیری از تمام ظرفیت‌ها ضمن رعایت جوانب شرعی و مقررات مربوطه با استفاده از سرمایه‌های انسانی متخصص و مجرب و همچنین اقدامات مبتنی بر برنامه‌ ریزی، پایش عملکرد و در راستای نیل به اهداف تبیین شده به ویژه اصول و سیاست‌های نظام جامع تأمین ‌اجتماعی و صیانت از حقوق شرکای اجتماعی سازمان اعم از بیمه ‌شدگان، بازنشستگان و کارفرمایان تلاش نماید...»