عضویت در شورای مرکزی فدائیان اسلام شهید محمد مهدی عراقی در سن 16 سالگی با شهید نواب صفوی آشنا شد و با عضویت در شورای مرکزی فدائیان اسلام فعالیتهای سیاسی خود را آغاز کرد.  فدائیان اسلام گروهی بودند که در اردیبهشت 1324 با رهبری شهید نواب صفوی شروع به فعالیت کردند. اگرچه شهید نواب صفوی در بحبوحه ملی شدن صنعت نفت، آیت الله کاشانی را رهبر معنوی فدائیان اسلام دانست. در مورد تعداد اعضای فدائیان اسلام فهرستی بیش از صد نفر در اسناد بجای مانده از شهربانی رژیم‌ طاغوت گزارش شده است. اعضای اصلی فدائیان اسلام "سیدحسین امامی"، "سیدعبدالحسین واحدی"، "خلیل طهماسبی"، "سیدمحمود واحدی"، "سید علی محمد امامی" به رهبری شهید نواب صفوی بودند. آنها در رابطه با حکومت اسلامی اصولی را تدوین کردند که آن اصول در کتاب "راهنمای حقایق" توسط  شهید نواب صفوی به عنوان قانون اساسی فدائیان اسلام در آبان 1328 تألیف، و چاپ آن یک سال به طول انجامید. برخی از این اصول به شرح ذیل است: تنها راه نجات جهان و خصوصا ایران روی آوردن مردم و حکومت به اسلام و قرآن است. مفاسد اجتماعی مانند برهنگی زنان، بیکاری و...، ریشه نابودی جهان و ایران شده است. راه اصلاح مفاسد اجتماعی، اصلاح روحانیت و اصلاح وزارت‌خانه‌ها و دربار است... .   اقدامات فدائیان اسلام: ترور احمد کسروی (روشنفکر اسلام ستیز) ترور شاه در تشییع جنازه رضاخان که این کار عملی نشد ترور عبدالحسین هژیر (وزیر وقت دربار) ملی شدن صنعت نفت ترور علی رزم‌آرا (نخست وزیر وقت)   ترور نافرجام حسین فاطمی  (با روی کار آمدن دکتر مصدق، فدائیان اسلام عامل اصلی دور کردن دولت از دین، آئین و خواسته های خود را وزیر امور خارجه دکتر مصدق یعنی دکتر "سید حسین فاطمی" می‌دانستند؛  بنابراین توسط "محمد مهدی عبد خدایی" در 26 بهمن ماه 1330 وی را ترور کردند که جان سالم بدر برد.)   ترور نافرجام حسین علاء  حسین علاء، نخست وزیر وقت که در حال تدارک برای پیوستن ایران به پیمان بغداد بود توسط "مظفرعلی ذوالقدر" مورد حمله قرار گرفت ولی جان سالم به در برد؛ همین اقدام زمینه دستگیری و اعدام دیگر اعضای فدائیان اسلام را فراهم کرد. با تدبیر فدائیان، "سید عبدالحسین واحدی" و "اسدالله خطیبی" که به اهواز رفته بودند تا در صورت ناموفق بودن "ذوالقدر" در راه اهواز به عراق "حسین علاء" را ترور کنند در اهواز دستگیر، و تحویل "تیمور بختیار" داده شدند که با درگیری لفظی "بختیار" با "واحدی"، واحدی توسط بختیار به شهادت رسید. سرانجام شهید نواب صفوی، "سیدمحمد واحدی"، "خلیل طهماسبی" و "مظفر ذوالقدر" در 27 دی ماه 1334 اعدام، و بقیه اعضای دستگیرشده، همچون "سیدهادی میرلوحی"، "اصغر عمری"، "احمد تهرانی" (برادر همسر عبدالحسین واحدی)، "علی بهاری" به چندین سال زندان محکوم گردیدند. (با استناد به کتاب "فدائیان اسلام به روایت تصویر"، نوشته "ابراهیم عباسی")  (پیمان بغداد، سومین پیمان برای مقابله با شوروی و خطر کمونیسم پس از پیمان ناتو (آتلانتیک شمالی) و سیتو (کشورهای جنوب آسیا) بود. این پیمان در ابتدا میان عراق، بریتانیا، ترکیه و پاکستان به صورت یک پیمان دفاعی در راستای سیاست‌های امریکا در منطقه منعقد شد و ایران نیز در 19 مهر 1334، به اصرار امریکا و بریتانیا، عضویت در این پیمان را اعلام کرد. پیمان بغداد بعدها با خروج بغداد از آن به "پیمان سنتو" شهرت یافت.)   ترور "شهریار شفیق"، خواهرزاده شاه مخلوع 24 سال پس از تیرباران شهید نواب صفوی، یعنی در 15 آذرماه 1358، "شهریار شفیق" خواهرزاده 34 ساله شاه، پسر اشرف، که افسر سابق نیروی دریایی ایران بود در پاریس توسط یک موتورسوار که کلاه بر سر داشت ترور شد.  "صادق خلخالی" که خود را رهبر فدائیان اسلام معرفی کرده بود روز 17 آذر با روزنامه اطلاعات تماس گرفت و مسئولیت ترور شهریار شفیق را توسط فدائیان اسلام اعلام کرد. خلخالی در همین رابطه بیانیه‌ای منتشر کرد که در آن آمده بود: شهریار شفیق به اتفاق چند تن دیگر از اطرافیان شاه مخلوع و وابستگان به رژیم گذشته ایران، قصد داشته جریانی نظیر کودتای خائنانه 28 مرداد سال 1332 را تکرار کند. "محمدمهدی عبدخدایی"، دبیرکل فدائیان اسلام در گفتگو با "تاریخ ایرانی" در 22 آذرماه 1390 می گوید: «... ما بعد از شهادت نواب صفوی هیچ تروری انجام ندادیم. چنانکه گفتم فقط باقی ‌ماندگان فدائیان اسلام به گروه‌های مذهبی پیوستند که شاخه نظامی آنها را تشکیل دادند، مثلاً حاج صادق امانی قبلا جزو فدائیان اسلام بود که روزنامه‌ها پس از ترور حسنعلی منصور نوشتند شهید نواب صفوی از مسگرآباد دستور کشته شدن منصور را صادر کرد. از این نوع مسایل پس از شهادت نواب رخ داد، اما ترور پسر اشرف پهلوی را ما برعهده نگرفتیم ... بنظرم آقای خلخالی هم دخالتی در این قضیه نداشت، منتهی همیشه روی موج سوار می‌شد. مثلا شاه که به پاناما رفت، ایشان اعلام کرد من عده‌ای را مامور کردم شاه را در آنجا از بین ببرند، درحالیکه چنین چیزی وجود نداشت ...».  

پس از پیروزی انقلاب اسلامی فدائیان اسلام معتقد بودند که زمان کار مسلحانه به پایان رسیده و باید کار فرهنگی انجام دهند. همچنین در جریان دفاع مقدس به دفاع از اسلام پرداختند. "محمدمهدی عبدخدایی"، دبیرکل فدائیان اسلام در گفتگو با "تاریخ ایرانی در 22 آذرماه 1390 می گوید:« ....   ما "فدائیان اسلام وفاداران شهید نواب صفوی" را تشکیل دادیم، آنها [آیت الله صادق خلخالی] رفتند "فدائیان اسلام بنیانگذاران" را ایجاد کردند ......  در مورد آقای "حسن نزیه"، مدیرعامل شرکت که اعلام کرده بود اجرای احکام اسلامی‌ نه ممکن، نه مقدور و نه مفید است، روزنامه ما، "نبرد ملت" عکس‌العمل تندی نشان داد که این موضع مورد تائید نماینده ولی فقیه قرار گرفت. ما معتقد به فعالیت فرهنگی بودیم تا اینکه عراق به ایران حمله کرد و تصمیم گرفتیم نیروهایی به جبهه بفرستیم.  من خودم به شهرستان‌ها می‌ رفتم و سخنرانی می‌ کردم. نیروها را به شیراز می‌ فرستادیم و تحت نظارت مرحوم آیت ‌الله دستغیب و آیت ‌الله حائری شیرازی در شیراز آموزش می‌ دیدند و به جبهه می‌ رفتند. در جبهه هم کارهای ما مشخص بود. زمانی که امام [خمینی (ره)] اعلام کرد همه نیروهای مردمی ‌به بسیج ملحق شوند، ما هم نیروهای مستقل خود را بطرف بسیج هدایت کردیم اما همچنان روزنامه ما منتشر می‌شد. البته زمانی مدیریت روزنامه "نبرد ملت" با "آقای کرباسچیان" بود که بیشتر مقالات آن را من با امضای "م.ع" می‌نوشتم. بعد که "آقای کرباسچیان" بطرف "آقای خلخالی" رفت ما از ایشان جدا شدیم و روزنامه "منشور برادری" را منتشر کردیم که مدیرمسئول آن "آقای لواسانی" بود، بعد من امتیاز روزنامه را گرفتم و مدیر مسئولی آن برعهده من بود. در حال حاضر هم امتیاز این روزنامه به نام من هست که منتشر نمی ‌شود.»  

نخستین كتابسوزی در تاریخ جدید ایران با نام "احمد کسروی" پیوند خورده است. وی پان ایرانیست و هواخواه ناسیونالیسم افراطی فارسی بود. در این مراسم که اول دیماه هر سال انجام می شد کتابهایی که به نظرشان باعث عقب ‌افتادگی ایران از کشورهای پیشرفته آن زمان بود را در آتش‌ می‌ انداختند و این‌ مراسم سوزانیدن كتابها را جشن‌ كتاب‌ سوزان‌ می‌گفتند. احمد کسروی که تحت تأثیر آثار ضدمذهبی افرادی همچون "آخوندزاده" و "ملکم خان"، افکار سکولاریستی و غربگرایانه داشت؛ در مراسم جشن کتاب ‌سوزان با صراحت به سوزاندن قرآن اذعان و حتی به آن افتخار کرد و گفت: «چون دیدیم سرچشمه گمراهی‏ ها کتاب است، این است که داستان کتاب سوزان پیش آمده ‏است. جشن کتاب ‌سوزان در یکم دی‌ماه است و یک دسته سوزاندن مفاتیح‌ الجنان و جامع‏ الدعوات و مانند اینها را دستاویز گرفته و هوچی‏ گری راه انداخته‏اند. قرآن هم هر زمان که دستاویز بدآموزان و گمراه‏ کنندگان گردید، باید از هر راهی قرآن را از دست آنان گرفت. گرچه نابود گردانیدن آن باشد» (با استناد به کتاب "دادگاه"، نوشته "احمد کسروی") با توجه به اظهارات کسروی، روحانیون بلندپایه وقت حکم شرعی اعدام را درباره وی اعلام کردند که به وسیله فداییان اسلام اجرا شد و شهید عراقی نقشی فعال در طرح ترور "کسروی" ایفا کرد. "سید حسین امامی"، به همراه برادرش "علی‌محمد"، احمد کسروی را در 20 اسفند 1324 در کاخ دادگستری با ضربات چاقو به قتل رساندند.  

"عبدالحسین هژیر"، فرزند یکی از کارمندان مشروطه خواه دربار "مظفرالدین شاه" بود. فعالیت در عرصه مطبوعات و روزنامه‌نگاری، خدمت در وزارت راه و دارایی،‌ وزیر مشاور، وزیر راه، وزیر کشور و وزیر دربار در کارنامه او دیده می شود. اشرف، خواهر محمدرضا شاه پهلوی، "هژیر" را از هر نظر پشتیبانی می ‌کرد و سیاست او را می پسندید. نخست‌وزیرى هژیر با مخالفت شدید آیت ‌الله کاشانى و فداییان اسلام روبه رو شد. مخالفتهای علما، اعلامیه های شدید اللحن علیه او و تلاش شهید نواب صفوی برای همسو کردن بازاریان در مخالفت با او باعث شد پس از چهار ماه، کناره گیرى کند اما چند روز بعد به سمت وزیر دربار منصوب شد. فدائیان اسلام که نسبت به این انتصاب اعتراض داشتند در دادگاه انقلابی خود او را به مرگ محکوم کردند. عبدالحسین هژیر، مغز متفکر دستگاه پهلوی، که در مقابل آرمان های ملی و اسلامی ملت و به خصوص ملی شدن صنعت نفت مقاومت می کرد؛ سرانجام در آبان ماه سال 1328 هجری شمسی، توسط "سید حسین امامی" و با شلیک چند گلوله از پا در آمد. "سید حسین امامی" خود نیز چهار روز بعد اعدام شد. 

بعد از ترور انقلابی "عبدالحسین هژیر"، وزیر وقت دربار، توسط  فدائیان اسلام به دلیل تقلب وی و طرفدارانش در انتخابات مجلس شانزدهم در مهرماه 1328، انتخابات دوباره تجدید شد و طرفداران ملی شدن نفت به مجلس شانزدهم راه یافتند و آیت الله کاشانی به عنوان نماینده تهران انتخاب شدند.  آیت الله کاشانی که به دلیل مخالفتهایش با هژیر، به لبنان تبعید شده بود، به خاطر مصونیت پارلمانی وارد ایران شد. دکتر محمد مصدق رهبر جبهه ملی نیز به عنوان نماینده اول وارد مجلس شورای ملی شد.  در این مقطع، دولت محمد ساعد مراغه ای (30 آبان 1327 تا 14 فروردین 1329) شکست خورده و کابینه حسنعلی منصور به مجلس معرفی و او نیز پس از سه ماه مجبور به استعفا می گردد. عصر روز پنجم تیرماه 1329، "رزم آرا" از سوی شاه به نخست وزیری منصوب می شود.  تضاد شاه و رزم آرا درباره انحلال مجلس که مانعی برای سازش در برابر استعمار در قالب ملی شدن صنعت نفت بود، تا حدودی به نفع نیروهای ملی و مذهبی تمام شد. خطر کودتا توسط رزم آرا و عواقب بعدی آن به شدت نیروهای ملی و مذهبی را متاثر کرد،  طی دو جلسه ملاقاتی که بین سران جبهه ملی و شهید نواب صورت گرفت، رزم آرا به عنوان خطر اصلی در برابر نهضت ملی شدن نفت مطرح شد. فدائیان اسلام از اعضای جبهه ملی پیمان گرفتند که در اولین فرصت طبق قانون اساسی به اجرای قوانین و احکام اسلام بپردازند. بعد از این دو جلسه، جلسه مشترکی بین آیت الله کاشانی و شهید نواب صفوی برگزار و در این جلسه فتوای سیاسی و شرعی اعدام انقلابی رزم آرا صادر شد. به این ترتیب، در روز 16 اسفندماه 1329 "خلیل طهماسبی"، رزم آرا را ترور کرد.  قانون ملی شدن صنعت نفت که به امضای همه اعضای کمیسیون مخصوص نفت در مجلس شورای ملی رسیده بود در تاریخ  17 اسفند 1329 به مجلس شورای ملی ارائه و تصویب گردید. به دنبال آن مجلس سنا آن را در 29 اسفندماه 1329 قانونی کرد.   

روز 7 اردیبهشت 1330 شمسی، دکتر محمد مصدق با رای نمایندگان دوره شانزدهم مجلس شورای ملی به نخست ‌وزیری ایران انتخاب شد. در دوران تشکیل جبهه ملی و نخست وزیری مصدق، شهید عراقی به عنوان رابط بین شهید نواب صفوی، آیت الله کاشانی و مصدق عمل می کرد و یکی از طراحان و صحنه گردانان اجتماع فدائیان اسلام در میدان بهارستان در خصوص افشای دلایل اعدام انقلابی "رزم آرا" در کورانی که کمونیست ها، ملیّون و... این عمل را به خود منتسب می کردند، بود.  دکتر مصدق به علت ماهیت ملی گرایانه خویش می دانست اولین قشری که در مقابل او می ایستد فدائیان اسلام هستند. در اقدامی شهید نواب صفوی را به بهانه ای واهی دستگیر کرد و به زندان انداخت تا اعضا و طرفداران آنان را در مسئله دیگری مشغول کند. در جریان بازداشت شهید نواب صفوی در سال 1330 شهید عراقی به همراه 52 نفر دیگر معترضانه وارد زندان قصر شدند و در محوطه آن متحصن شدند. در این جریان شهیدعراقی تدارکات داخل زندان را برای متحصنین به عهده گرفت چون حکومت مصدق غذا و خوراک را بر آنان قطع کرده بود تا بدین گونه فدائیان را در فشار قرار دهد. لیکن شهید عراقی با جیره بندی مواد غذایی مقاومت را زیاد نمود. بالاخره پس از مدتی، رژیم با همکاری اعضای "حزب توده" که در داخل زندان بودند، به فدائیان خیانت کردند و موفق به یورش به داخل زندان گردیدند و آنان را مورد حمله قرار دادند و پس از مضروب کردن افراد، آنان را با دستبند و پابند به بند کشیدند. در این مرحله شهید عراقی به مدت 7 ماه زندانی شد و در نهایت در تاریخ 25 تیر 1331 از زندان آزاد گردید. شهید مهدی عراقی به تبعیت از شهید نواب صفوی، هیچ گاه به ملی گرایان دلبستگی پیدا نکرد چرا که معتقد بود ملّی گرایان اعتقاد به متکّایی غیر از ملت ایران دارند که آن هم آمریکاست. وی در این رابطه می گوید: «جبهه ملی معتقد به این بود که نمی تواند متکایش [متکی به] خود ملّت باشد. تنها باید یک متکایی غیر از ملت داشته باشد. جهبه ملی اینجور بیان می کرد که ما با روس ها که نمی توانیم کنار بیاییم چون از جهت مسایل داخلی زمینه ندارند. اولاً، ملّت ما یک ملت مذهبی هستند و ما نمی توانیم متکی به اینها باشیم... از طرفی خود مصدق هم از یک خانواده اشرافی بود، یک خانواده مرفهی بود، قهراً نمی توانست سمت آن وری را داشته باشد. انگلیس هم که آن روز به عنوان یک ابر قدرت میانه حالی بود... همه حرکتها علیه انگلستان شده بود؛ خوب، پس با او هم که نمی توانستند کنار بیایند، مجبور بودند که در پشت پرده خرده خرده با امریکا لاس بزنند و...»  

"شهید نواب صفوی" بعد از اختلاف بین مرحوم آیت ‌الله کاشانی، شاه و دکتر مصدق اعلام کرد من شیوه امام سجاد(ع) را عملی می‌کنم، با مخالفین مصدق همکاری تنگاتنگ نمی‌کنم و حق انتقاد از دولت دکتر مصدق را برای خود محفوظ می ‌دارم، اما در یک جبهه با دربار با مصدق مخالفت نمی‌کنم.  "محمد مهدی عبد خدایی"، دبیر کل جمعیت فدائیان اسلام، در گفت‌ وگو با تاریخ ایرانی، در 22 آذرماه 1390 درباره علت اخراج اعضای فدائیان اسلام، گفت: «شهید نواب صفوی حتی در خرداد سال 1332 نامه ‌ای به دکتر مصدق نوشت که در صورتی که شما به جهت اسلام برگردید و به وعده‌هایی که قبلا داده بودید عمل کنید، ما از شما حمایت می‌کنیم. دکتر مصدق پاسخ نامه را نداد، فدائیان اسلام در اختلافات بین دربار و دکتر مصدق و جریانات 28 مرداد سکوت کرد. اما برخی اعضای فدائیان اسلام که حزب توده و آزادی فعالیت‌های آن را خطرناک می‌دانستند، احساس ‌کردند باید در کنار آیت‌ الله کاشانی با دکتر مصدق مخالفت کنند و چون دیدند شهید نواب صفوی طرفدار سکوت، یا قول گرفتن از مصدق برای اجرای احکام اسلامی ‌است، خودشان را از خدمت شهید نواب صفوی مرخص کردند و خواستند جنجال‌ آفرینی و اعلام انشعاب کنند. 7 الی 8 نفر از اعضا همراه با آقای "حاج ابوالقاسم رفیعی" بودند که درصدد این کار بودند. مرحوم نواب صفوی هم بخاطر اینکه جریان فدائیان اسلام دچار انشعاب نشود، اعلامیه‌ای داد و این اعضا را اخراج کرد. البته این برادران بعد از آمدن امام خمینی(ره) به صحنه مبارزه، حول  امام خمینی(ره)  گرد آمدند و 8 سال بعد از شهادت نواب صفوی و در سال 1342، شاخه نظامی ‌دسته‌ جاتی را تشکیل دادند که با امام خمینی(ره) همکاری می‌کردند؛ لذا در قتل "حسنعلی منصور" که در سال 1343 در رابطه با کاپیتولاسیون انجام شد، نقش عمده را همین برادران ایفا کردند و حتی روزنامه‌های آن دوره نوشتند "حسنعلی منصور"، نخست وزیر وقت، با هفت تیر شهید نواب صفوی کشته شد و خود آنها هم اعتراف کردند آن هفت تیری که با آن منصور را ترور کردند، از شهید نواب صفوی باقی مانده بود»  

تقلید از امام خمینی(ره) بعد از رحلت حضرت آیت الله بروجردی(ره) در سال 1340 که مردم مسلمان ایران با مسئله انتخاب مرجع تقلید مواجه شدند و در حالی که رژیم شاه به قصد تضعیف حوزه های علمیه در ایران به بهانه تقویت حوزه نجف، علما و مردم را در شهرهای ایران وادار کرد تا تلگرافات تسلیت را به عنوان آیت الله حکیم در نجف مخابره کنند نه مراجع قم، شهید عراقی به اتفاق دوستان و به همراه خانواه عازم قم شدند و پس از تحقیق و تفحص، حضرت امام خمینی(ره) را اعلم یافته و به تقلید از ایشان گردن نهادند.    ماموریت  شهید مهدی عراقی برای محافظت از بیت امام خمینی(ره) پس از طرح مسئله انجمن های ایالتی و ولایتی در سال 1341 که مضامین مغایر اسلام داشت و اعلام عید نوروز به عنوان عزای عمومی از طرف علما، حضرت امام خمینی(ره) در اعلامیه ای به همین مناسبت، اعلام نمودند روحانیت اسلام امسال عید ندارد. در روز اوّل فروردین که مصادف با شهادت امام جعفر صادق (ع) بود، رژیم شاه جهت خنثی کردن حرکت علما و سرکوب آنان، چندین اتوبوس از افراد "گارد جاویدان" را به قم اعزام نمود که فاجعه خونین مدرسه فیضیه شکل گرفت. یکی از اهداف ساواک در این مرحله حمله به خانه امام خمینی(ره) بود. شهید عراقی که در این زمان در منزل امام خمینی(ره) حضور داشت به تقسیم بندی افراد و ایجاد پست های مراقبتی در طول مسیر و خانه های اطراف پرداخت و خود به همراه یکی از دوستان به زیر زمین رفت و منتظر آمدن مهاجمان شد. امام خمینی(ره) در همان شب اعلامیه "شاه دوستی یعنی غارتگری" را نوشت و برای چاپ به تهران فرستاد و موفق به سخنرانی 2 ساعته شد. شهید عراقی همچنین در حادثه حمله به فیضیه در فروردین 1342 همراه با تعدادی از مبارزین، حراست از بیت امام راحل را به عهده گرفت.   

شهید عراقی که تجربیات دوران طولانی مبارزه را به همراه داشت، فعالیت جداگانه هیئت های مذهبی را به مصلحت نمیدید و در صدد ایجاد اتّحاد بین آنان بود که از طریق "صادق امانی" و "هاشم امانی" وارد عمل شد. و در سال 1342 ائتلافی با نام "جمعیت های مؤتلفه اسلامی"، تشکیل داد و با امام خمینی(ره) تماس برقرار کرد تا فعالیت ائتلاف، تحت نظر ایشان باشد و در این راستا، مسایل اعتقادی گروه بر عهده  آیت الله شهید بهشتی (ره)  و  آیت الله شهید مطهری (ره)  و... گذاشته شد. یکی از فعالیت های موفق این ائتلاف چاپ، تکثیر و پخش اعلامیه علما، به خصوص امام خمینی(ره) بود. 

از آنجا که امام خمینی(ره) در 13 خرداد سال 1342، به مناسبت عاشورای حسینی در مدرسه فیضیه، طی سخنان كوبنده ای پرده از جنایات شاه و اربابان امریكایی و اسرائیلی او برداشته بود، احتمال خطر برای جان ایشان، افراد انقلابی و شجاع را بر آن داشت تا با هدایت و برنامه ریزی شهید عراقی بلافاصله بعد از ظهر همان روز خود را از تهران به قم برسانند و در حلقه های مختلف با سلاح های گرمی که از دوران فدائیان اسلام داشتند، از امام خمینی(ره) در میان جمعیت و هنگام سخنرانی در فیضیه حفاظت نمایند. به دنبال سخنرانی کوبنده حضرت امام در مدرسه فیضیه، سحرگاه 15 خرداد سال 1342، دژخیمان رژیم ستمشاهی به خانه ایشان در قم یورش برده و امام خمینی(ره) را دستگیر و دور از چشم مردم به زندانی در تهران منتقل كردند. شهید عراقی در آن زمان در تعطیل کردن بازار تهران تصمیم گیرنده اصلی بود و در حرکت دادن علما و مراجع از حوزه‌ها به سوی مراکز شهرها و شهرستانها، نقش مؤثری داشت. پس از آزادی امام خمینی(ره) از زندان در مرداد 1342 نیز افراد جمعیت مؤتلفه اسلامی که تحت نفوذ شهید عراقی بودند، مسئولیت مراقبت از بیت امام خمینی(ره)  را بر عهده داشتند.   اعلامیه امام خمینی(ره) در سالگرد 15 خرداد پس از گذشت یک سال از واقعه پانزدهم خرداد، حضرت امام خمینی(ره) اعلامیه ای به مناسبت سالگرد شهدا صادر کردند. این اعلامیه که می بایست به امضا "آیت الله میلانی" و "آیت الله قمی" در مشهد نیز می رسید به اعضای موتلفه داده شد و از طرفی نیروهای امنیتی نیز در جریان خبر صدور آن قرار گرفتند و چاپخانه های تهران و قم را تحت نظر و گاهی مورد یورش نیز قرار دادند. شهید عراقی، براساس یک برنامه ریزی دقیق و غافلگیرانه، متن اعلامیه را قبل از اخذ امضاهای دیگر آماده چاپ کرد و بعد از گرفتن امضاها، به قدری سریع به دست چاپ سپرد که حیرت مأموران ساواک را برانگیخت.   سازماندهی بزرگداشت عاشورای 1342 شهید عراقی سازماندهی بزرگداشت عاشورای 1342 از مقابل پله‌های نوروزخان تا مقابل مدرسه "سپهسالار" به عهده داشت که در جریان این تظاهرات، شهید عراقی به همراه 38 نفر دیگر دستگیر گردید. او با معرفی خود به نام "معمار" پس از 2 ماه از زندان آزاد گردید. 

خبر تصویب لایحه کاپیتولاسیون  در سال 1343 از طریق یکی از دوستان شهید عراقی به وی منتقل و از این طریق مدارک آن در اختیار حضرت امام خمینی(ره) قرار گرفت. در این خصوص از زبان خود شهید عراقی اینطور آمده است: « فهمیدم‏ چنین لایحه‏ای از طرف دولت منصور به مجلس شورای ملی ارائه شده است. مطالب که با امام خمینی(ره) در میان نهاده‏ شد ایشان سند خواستند. ما هم از طریق دوستان نماینده‏ای که در مجلس داشتیم یک رونوشت از صورت‏ مذاکرات مجلس تهیه و خدمت امام خمینی(ره) ارائه کردیم. و سپس در سخنرانی آبان‏ ماه خودشان قضایا را افشا نمودند».( با استناد به کتاب "ناگفته ها"، نوشته شهید عراقی، صفحه 207-208) حضرت امام خمینی(ره) روز چهارم آبان را که شاه در کاخ گلستان اقامت داشت و از روزهای محوری حکومت شاهنشاهی محسوب می شد، برای سخنرانی انتخاب فرمودند که از طرفی این روز، مصادف با عید میلاد حضرت زهرا (س) نیز بود. رژیم برای جلوگیری از سخنرانی حضرت امام خمینی(ره) ، واسطه ای را به قم فرستاد که این واسطه موفق به دیدار شهید "حاج آقا مصطفی" گردید و در این دیدار حمله به آمریکا از سوی امام خمینی(ره) ، خطرناک تر از حمله به شخص اوّل مملکت، عنوان شد. امام خمینی(ره) با آگاهی از این نقطه ضعف رژیم، در سخنان پرشور خود، حمله را مستقیماً متوجه آمریکا کردند و ایالات متحده را با شدیدترین لحن به باد انتقاد و اعتراض گرفتند. حضرت امام خمینی(ره)  به دلیل اینکه شاید سخنرانی شان به گوش همه مردم نرسد اعلامیه ای درباره مسائل جاری مملکت و به ویژه موضوع تصویب لایحه کاپیتولاسیون تهیه کردند و همان روز اعلامیه را به شهید عراقی دادند و سفارش کردند که حتی المقدور مخفیانه و با احتیاط چاپ و منتشر شود تا کسی دستگیر و گرفتار نشود. شهید عراقی با حرکت تشکیلاتی هیئت ها و جمعیت های موتلفه و نیروهای دانشجویی، با موفقیت این اعلامیه را منتشر کردند.  

ترور "حسنعلی منصور"، به فاصله کمتر از 3 ماه پس از تبعید امام خمینی(ره) صورت گرفت. "حسنعلی منصور" از اسفند 42 تا بهمن 43 به مدت کمتر از یک سال نخست وزیر بود. تصویب کاپیتولاسیون، افزایش قیمت بنزین و تبعید حضرت امام خمینی(ره) از جمله اقدامات وی محسوب می شود.  شاخه نظامی "جمعیت های مؤتلفه اسلامی" توسط شهید عراقی و "صادق امانی"، شکل گرفت. در یک جلسه سری با شرکت حدود بیست تن از اعضای سازمان، تصمیم گرفته شد حسنعلی منصور به عنوان اولین شخص مسئول و مفسد فی الارض اعدام شده و پس از اعدام او چند تن دیگر نیز به اسامی ارتشبد نصیری، سپهبد ایادی و دکتر اقبال به ترتیب اعدام شوند.  در شب هفدهم ماه مبارک رمضان، شهیدان "حاج صادق امانی"، "محمد بخارایی"، "مرتضی نیک نژاد"، "رضا صفار هرندی" و "سید علی اندرزگو" برای اجرای مأموریت هم پیمان شده و برای جلوگیری از انتساب این عمل، به گروه های ملّی، کمونیستی و ... و همچنین روشن نمودن هدف و انگیزه الهی خود، قطعنامه و نوارهای وصیتی را تهیه کرده و آماده عملیات شدند. صبح روز 1 بهمن ماه سال 1343 مأمورین اجرای حکم، تحت فرماندهی "صادق امانی"، به محل حادثه (میدان بهارستان) رفتند. "محمد بخارایی" در ساعت 10 صبح حسنعلی منصور را ترور کرد و در هنگام فرار به علت شرایط جوّی زمستان، بر اثر لغزش پا بر روی زمین یخ زده، توسط مأمورین شهربانی دستگیر شد. با دستگیری شهید بخارایی علیرغم سکوت زیر شکنجه های مزدوران رژیم، در حدی که ایشان را جوانی لال معرفی کردند، از طریق پدر و مادر و دستگیری همرزمان وی شهیدان "نیک نژاد" و "صفار هرندی" و اعمال بازجویی های فنی و ... مرتبطین دیگر مورد شناسایی قرار گرفتند. در این راستا شهید عراقی نیز در تاریخ 19 بهمن ماه 1343 دستگیر شد. در جریان بازجویی ها، تمام سعی شهید عراقی بر این قرار می گیرد تا افراد کمتری از مرتبطین شناسایی و دستگیر شوند. بر این اساس شهید عراقی مسئله تهیه اسلحه را به عهده می گیرد. "حجت ‌الاسلام سید یدالله شیرمردی"، رئیس ستاد نماز جمعه تهران، در گفتگوی 1 آذرماه 1392 با خبرگزاری تسنیم به نقل از مرحوم "عسگر اولادی" می گوید: « مرحوم عسگر اولادی که به تعبیر مقام معظم رهبری عمر با برکت خود را یکسره در خدمت اسلام و برپائی و استقرار نظام اسلامی سپری کرد در یکی از نماز جمعه‌های تهران با اشاره به واقعه ترور انقلابی حسنعلی منصور گفت: اسلحه‌ای که در روز 1 بهمن 1343 حسنعلی منصور توسط آن ترور شد را "آیت الله هاشمی رفسنجانی" تهیه کرده بود». "ابوالفضل حاجی حیدری"، از اعضای مؤسس حزب مؤتلفه اسلامی و شورای مرکزی این جمعیت که در مبارزات ضد کاپیتولاسیون آمریکایی شاه و اعدام انقلابی حسنعلی منصور نقشی مؤثر داشت در این رابطه می گوید: «یادم هست در پرونده یک اسلحه بود، مشخص نشده بود که این اسلحه از کجا آمده... بالاخره یک روزی بنده را با ایشان آوردند اتاق رئیس... من نگاه کردم دیدم شهیدعراقی را ناخن هایش را کشیده اند و بسته اند. بازجویی و سوال انجام شد، نتیجه ای نگرفتند. شهید عراقی برای اینکه فشار روی برادرهای جوانتر را کم کند، یادم هست که پیشنهاد کرد به آن سرهنگ، که آقا اسلحه را من قبول می کنم...»  در نهایت برای 6 تن از متهمین پرونده که از آن جمله شهید عراقی بود، حکم اعدام صادر گردید. شهید عراقی با شنیدن حکم دادگاه برای رئیس کل زندان، رئیس زندان، افسر نگهبان و مأمورین او، شیرینی فرستاد تا رضایت و خوشحالی خود را از رای دادگاه اعلام نماید. در اعتراض به صدور حکم اعدام شهید عراقی حوزه علمیه قم تعطیل شد و طلاب در منزل مراجع تحصن کردند. سپس حکم اعدام شهید عراقی به حبس ابد تغییر کرد و شهید عراقی و "هاشم امانی"، همرزم وی، به زندان قصر منتقل کردند. در زندان به عنوان نماینده زندانیان در آشپزخانه زندان قصر فعالیت خود را ادامه می‌دهد  و زمانی که به یکی از زندانیان پول می‌دهد رژیم به این بهانه ایشان را در سال 1348 برای مدتی به برازجان تبعید کردند و با توجه به تحرکات شهید عراقی مجدداً به زندان قصر منتقل می‌شود. و در بهمن 1355، پس از 12 سال از زندان آزاد گردید.  

شهید عراقی با گروه های اسلامی تازه تشکیل شده از قبیل گروه "توحیدی صف"، گروه "منصورون"، گروه "بشیر" و... ارتباط برقرار کرد و آنان از تجربیات دوران طولانی مبارزه خویش بهره مند ساخت و در تهیه امکانات و تدارکات آنان به سختی تلاش کرد تا جایی که در سندهای ساواک به عنوان گرداننده این گروه ها مطرح گردیده است. به دعوت آیت الله مطهری درجلسه ‌ای مخفی از برادران هیئت مؤتلفه جمعیتهای اسلامی شرکت جست و به عضویت جلسه مرکزی این گروه درآمد. این گروه بیشترین سهم را در مبارزات سالهای 1356 و1357 به عهده داشت. شهید عراقی با حرکت حضرت امام خمینی(ره) از عراق و استقرار ایشان در نوفل لوشاتو در فرانسه، به پیشنهاد آیت الله دکتر بهشتی(ره)" برای سر و سامان دادن به وضع محل اسکان امام خمینی(ره) به آنجا رفتند. هر چند ساواک در جریان این سفر قرار داشت ولی به علّت اینکه در کنار وی منبعی را در استخدام داشت، برای حساس نکردن موضوع، با مسافرت ایشان مخالفتی به عمل نیاورد. شهید عراقی مدیریت داخل بیت امام خمینی(ره) در نوفل لوشاتو را به عهده گرفت و در ضمن نوارهای سخنرانی امام خمینی(ره) را به داخل کشور ارسال می کرد. شهید عراقی با تعدادی جزوه و کتاب و عکس (به صورت جاسازی شده) برای رهبری و سازماندهی تظاهرات تاسوعا و عاشورای سال 1357، با کوله باری از رهنمودهای امام خمینی(ره) به تهران بازگشت. پس از تظاهرات تاسوعا و عاشواری محرم سال 1357، شهید عراقی به بهانه دیدار فرزندش، "امیر عراقی"، که در امریکا به تحصیل مشغول بود، عازم سفر شد و مجدداً به فرانسه رفت و همراه حضرت امام خمینی(ره) با پرواز انقلاب به ایران بازگشت و مسئولیت حراست و حفاظت از جان امام خمینی(ره) را از پاریس تا تهران به عهده گرفت. وقتی که خبر بازگشت حضرت امام خمینی(ره) به کشور قوت گرفت، "دولت بختیار"، برای جلوگیری از ورود ایشان، به کلیه شرکت‏های هواپیمایی بین المللی اعلام کرد که به تهران پرواز نکنند. علاوه بر این به دستور بختیار، تعداد زیادی تانک و زره‏پوش در فرودگاه مهرآباد تهران مستقر شدند تا از ورود امام خمینی(ره) به میهن اسلامی جلوگیری نمایند .به دنبال یاوه گوئی های "بختیار"، شهید عراقی در واکنشی شجاعانه گفت: «ما تاکنون چهار نخست وزیر را اعدام کرده‌ایم و اعدام پنجمین هم برایمان آسان است».  

بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، شهید عراقی به دستور حضرت امام(ره) مسئول سامان دهی امور مدرسه علوی شده و پس از شلوغ شدن زندان قصر، با حکم ایشان به ریاست زندان قصر منصوب شد. شهید عراقی پس از چندی با حکم حضرت امام(ره) به عضویت شورای مرکزی بنیاد مستضعفان درآمد و در همین سمت بود که به عنوان مسئول مالی بنیاد به اتفاق "حسین مهدیان" سرپرستی روزنامه کیهان را به عهده گرفت.  

شهید مهدی عراقی در صبح روز 4 شهریور سال 1358 هنگامی که به اتفاق فرزندش عازم محل کار خود بود، توسط سه موتور سوار که عضو گروه "فرقان" بودند ترور شد و همراه با فرزندش به شهادت رسید و پیکر وی در کنار بارگاه ملکوتی حضرت معصومه (س) در شهر قم به خاک سپرده شد.  (گروه "فرقان" به رهبری اکبر گودرزی که فعالیت خود را با تفسیر قرآن در مساجد مختلف شهر آغاز کرده بود، ابتدا به نام گروه "کهفی ها" شکل گرفت و پس از چندی نام "فرقان" را بر خود نهاد و با بیگانگان ارتباط بر قرار کرد و بنابر دستور و رهنمود آنان به شناسایی مؤثرترین افراد در تحکم بنیان های انقلاب اسلامی پرداخت و به ترور آنان را به عهده گرفت.)  حضرت امام خمینی(ره) شخصاً در مراسم تشییع شهید عراقی شرکت و پیکر وی را از میدان "سعیدی" قم تا نزدیک صحن حضرت معصومه(س) مشایعت نمود. در واقع شهید مهدی عراقی تنها شهیدی است که حضرت امام خمینی(ره) در تشیع پیکرش شرکت کرد.   

بعد از آزادی شهید عراقی از زندان رژیم پهلوی پس از 12 سال اولین دیدارش با امام خمینی(ره) در پاریس بود. وقتی شهید عراقی وارد شد، امام خمینی(ره)  نگاهی کردند به شهید عراقی، شهید عراقی ورزشکار و قوی بود و در زندان خیلی صدمه خورده بود. امام خمینی(ره) تعجب کردند و گفتند: «تو همان عراقی هستی؟» یک روز عده‌ای از دانشجویان مقیم آلمان که با بورس دولت ایران در رشته هسته‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ ای تحصیل می‌کردند تا به کار در تأسیسات هسته‌ ای بپردازند، برای کسب تکلیف از امام خمینی(ره) به نوفل لوشاتو آمده بودند. پس از نماز جماعت، امام خمینی(ره) درباره شکنجه‌ها و ظلم‌ های رژیم ستمشاهی، صحبت کردند و گفتند: «این جوان‌های رشید ما را این قدر زیر شکنجه و در زندان اذیت و آزار داده‌اند که من وقتی در اولین برخورد آنها را دیدم، باور نکردم آن قامت‌های رعنا و رشید این قدر زیر شکنجه‌های شاه افسرده شده باشد». این اولین بار بود که امام خمینی(ره) به این تعبیر در جمع از شهید عراقی تجلیل می‌کردند. امام خمینی(ره) به مناسبت شهادت مهدی عراقی و فرزندش حسام، در جمع خانواده شهید چنین فرمودند: «من ایشان را حدود بیست سال است که می ‏شناسم. مهدی عراقی یک نفر نبود، او به تنهایی بیست نفر بود. حاج مهدی عراقی برای من برادر و فرزند خوب و عزیز من بود. شهادت ایشان برای من بسیار سنگین بود اما آنچه مطلب را آسان می‏کند آن است که در راه خدا بود. شهادت او برهمه مسلمین مبارک باشد. او می ‏بایست شهید می ‏شد؛ برای او مردن در رختخواب کوچک بود. این هدیه‏ ای است برای خدا. شما خدا را دارید که فوق هر نیرویی است». (با استناد به کتاب "صحیفه نور"، جلد 9، صفحه 351)  

مقام معظم رهبری در 4 آبان ماه 1363 در دیدار با خانواده شهید عراقی فرمودند: «خاطرات شهید عراقی را ما هیچ وقت فراموش نمی‌کنیم. واقعاً یکی از چهره‌های کم‌نظیرمان مرحوم شهید عراقی بود. آن حالت پختگی و همراه با شور و مبارزه را من در کمتر کسی از برادرهایمان به قدر شهید عراقی مشاهده کردم.مرحوم شهید عراقی یکی از چهره های کم‌نظیر در صحنه مبارزه و خط انقلاب، پیش از پیروزی انقلاب بود.  ایشان عنصر شریف و عزیزی بودند که از دست رفتند. شهید عراقی جوانی، عمر و نشاط خود را فدای جایگزین کردن حکومت خدا به جای حکومت طاغوت کرد که همین هم شد و بدین لحاظ بزرگ‌ ترین حق را به گردن انقلاب و همین‌گونه اشخاص دارند که در دوران اختناق این‌چنین فداکاری می‌کردند.  شهید عراقی و همرزمانش، از همان ابتدای شروع حرکت انقلاب و روند مبارزه، یعنی سال 1342، خیلی جدی به اساسی‌ترین محور انقلاب یعنی امام خمینی(ره) متمایل شده بودند و از خط مستقیم خود به هیچ وجه منحرف نگردیدند».  

در سال 1344 ، شهید مهدی عراقی که در رابطه با ترور منصور نخست وزیر وقت ایران در زندان منتظر اجرای حکم اعدام بود اقدام به نوشتن وصیتنامه می کند که به فرازهایی از آن اشاره می کنیم: «مادر ..... آیا می‌توانم محبت تو را که همچون آتشی در زیر خاکستر نهفته فراموش کنم . آیا می‌توانم محبت خود را نسبت به تو که پس ازتقسیمش صورت قدردانی به خود گرفته وباز شعله کشیده زیر پا نهم. مادر من به جایگاهی می‌روم که همه می‌روند به جائی می‌روم که آغاز زندگی جاوید است . با تو وداع می‌کنم. پدر ...... تو من و همه قلوبمان مملو از آرزوست . اما می‌دانی انتهای آرزوها خدا است؟ و برای تحققش باید تلاش کرد پدر من تورا معتقد به اسلام می‌دانم هر مسلمانی همه چیز خودرا برای خدا می‌داند و در  راهش خود را فانی می‌کند زندگی را عقیده وجهاد در راه آن می‌داند وشهادت و مرگ را آغاز زندگی جاوید خود قرار می‌دهد. پدر مرگ را برای ما بد ترجمه کرده‌اند ولی ما برای این زندگی می‌کنیم که به دوران زندگی دوم خود که مرگ نام دارد برسیم. بنابراین مرگ آغاز زندگی جاوید ما است. برادر .... ما برای خدا و به خاطر رضائی او قدم در این وادی نهادیم که شرح آن را تو خود می‌دانی (شفاهاً در ملاقات گفته شده) و امیدواریم که او از ما بپذیرد و هدف تعقیب نهضت حسینی که ایجاد یک حکومت اسلامی برپایه (فضیلت و تقوی) و قیام برعلیه ظلم و ستم بوده که در مرحله اول ائمه اطهار ع برنامه بسیار عالی حکومتی را که بر همان پایه می‌باشد برای مابه یادگار گذاشته که با امید به آینده رنگ حیات به خود گرفته و شما نیز موظف هستید که این هدف را تعقیب کرده و ادامه دهید و به دیگران بگوئید و لا تحسبن الذین قتلوا فی سبیل الله امواتا بل احیاء عند ربهم یرزقون برادر از تو می‌خواهم اما به تو تحمیل نمی‌کنم.  برای فرزندانم پدری نیکو باشی و درباره تربیت آنها در سایه اسلام کوشا باشید و سعی نمائید که آنها در همان مدرسه علوی به تحصیل خود ادامه دهند. دیگر به تو سفارش نمی‌کنم...»