محمد منتظری، از آغاز جنبش امام خمينی(ره) در دهه 1340 در بيشتر عرصه های جنبش كوشا و پرتلاش بود. محمد كه خود به خواندن كتاب‌های سياسی علاقه مند بود، در قم چندين كتابخانه سياسی سيار در مدرسه فيضيه، مدرسه دارالشفاء، مدرسه عبدالرحيم‌خان معروف به خان ومدرسه حجتيه برپا داشت تا طلبه ها از آن بهره برند.همزمان با اوج‌گيری جنبش امام خميني(ره) در 15 خرداد 1342 عليه حكومت استعمار زده و دست نشانده پهلوی، فعاليتهای جهادی خود را آغاز كرد و تا پايان زندگانی به پشتيبانی از ولايت فقيه ادامه داد. شهید منتظری با سری پرشور به سرعت به دنبال رهبر و مرادش حرکت کرد و در تمامی صحنه های مبارزه از قیام و نهضت شکوهمند اسلامی دفاع می کرد و با شرکت فعال در تظاهرات اعتراض آمیز و پخش اعلامیه های امام و مراجع در قم و شهرستانها در خط سرخ شهادت حرکت می کرد. 

نخستين بار، هنگام دستگيری امام خمينی(ره) در پی اعتراض به قانون اسارتبار اعطای مصونيت قضايی به مستشاران نظامی آمريكا يا همان كاپيتولاسيون، در چهارم آبان 1343 دستگير شد. و پس از هفت ماه، از زندان شاه آزاد شد. در ديماه 1343 كه همزمان با ماه رمضان بود، بار ديگر به علت شعار دادن به هواداری از امام خمينی(ره) بازداشت گرديد. به دنبال ادامه مبارزه، دوباره در ارديبهشت ماه 1344، بازداشت و به زندان قزل قلعه در كوی اميرآباد تهران فرستاده شد. محمد منتظری در آغاز فروردين 1345، برای تأييد اعلاميه های امام(ره) به امضاء گرفتن از علمای دينی عليه حكومت دست نشانده محمدرضاشاه پهلوی، گماشته استكبار جهانی به سركردگی آمريكا و صهيونيسم بين‌الملل، و پخش اعلاميه ها همت گماشت. با پيگيری ساواك، او در اول مرداد 1345 در حرم حضرت معصومه(س) دستگير گرديد.  وی پيرو مكتب امام خمينی(ره) بود؛ در بازجويی ها درباره انقلاب امام خمينی(ره) و مردم آشكارا گفته بود: «چون مقلد آيت الله خمينی هستم، نظرم، نظر آيت الله خمينی است.» در شهريور 1345، او را از زندان قزل قلعه به زندان شماره چهار قصر تهران منتقل كردند. هم بندی وی با عالمان پيكارگری؛ چون آيت الله سيد محمود طالقانی و آيت الله عبدالرحيم ربانی شيرازی، از وی مجاهدی خستگی‌ناپذير، آبديده و نام آشنا فراهم آورد و با وجود شكنجه های فراوان، رسالت خويش را فراموش نكرد. در يادداشتهايی كه حجت‌الاسلام منتظری از خود به يادگار گذاشته است، به بحث‌های خود با بيژن جزنی و برخی از سران حزب توده در زندان اشاره ميكند و نتيجه ميگيرد كه آنها «فی قُلوبهم مرض» هستند.  با پشت سر گذاشتن آن همه تلاش و مبارزه در صبح روز اول فروردین ماه سال 45 در حرم مطهر حضرت معصومه سلام الله علیها  در حین انتشار اعلامیه توسط ساواک دستگیر شد. ساواک انواع شکنجه های روحی و جسمی را به شهید محمد منتظری می داد، به این امید واهی که او را به حرف درآورد چرا که ساواک می دانست که محمد حامل اسرار مهمی است.  

کارهای شهید منتظری در زندان ساواک، علاوه بر مطالعه قرآن و حدیث و آشنایی کامل با مفاهیم اسلامی عبارت بود از: مطالعه و فراگیری اقتصاد، تکمیل زبان انگلیسی، آشنایی بیشتر با مکتب ها و سازمانهای سیاسی و آموختن بیشتر مسائل اجتماعی. در همین دوره از زندان بود که شهید منتظری در اثر برخورد با افراد گوناگون و دیدن نقاط ضعف به این نتیجه رسید که بزرگترین اشکال کار مبارزین مذهبی، نداشتن یک تشکیلات منسجم است، لذا بخش دیگری از اوقات خود را صرف یافتن راه حلی برای آن کرد. بعدها که از زندان آزاد شد یک روز در جلسه ای دوستانه گفت، بعضی شبها در زندان تا صبح در گوشه ای به تنهایی بیدار می ماندم و فکر می کردم که چگونه باید یک تشکیلات قوی و حساب شده اسلامی به وجود آورد تا جوانان مظلوم در دام گرگان شرق و غرب نیفتند. 

شهید منتظری سرانجام در سال 47 از زندان آزاد می شود شهيد منتظری، در پايان دی 1347 به شرط نرفتن به شهر مذهبی قم، از زندان آزاد شد؛ التزامی كه از آن سرپيچيد. وی به ادامه گسترش خط فکری شکل یافته خود به شناسایی و ارزیابی افراد پرداخت و باز هم پيكار انقلابی خود را پی گرفت.در تابستان 1348 به تدريس درس حكومت اسلامی می‌پرداخت و طی سالهای 1349 تا 1350 اقتصاد اسلامی را درس می‌داد. دست نوشته های اين درس، در 1356، ابتدا در خارج از ايران و پس از آن، در ايران به صورت جزوه، چاپ و پخش گرديدند.وی در دوران ستمشاهی با مطرح کردن سلسله درسهای لزوم تأمین حکومت اسلامی در میان طلاب عملاً به مبارزه با رژیم طاغوت پرداخت. در سال 48 پس از سرمایه گذاری کلان صهیونیست ها در ایران شهید محمد منتظری اعلامیه ای بر ضد این حرکت منتشر ساخت.  افشاگری علیه تاراج نفت ایران به دست آمریکادر 1348 كنسرسيوم نفتی سرمايه‌داران آمريكايی كه دو عضو آن، ديويد راكفلر و ديويد ليليانتال بودند، برای تاراج بيشتر نفت و ديگر دارايیهای ايران راهی اين كشور شدند. به دنبال اعتراض شهيد آيت الله سيد محمدرضا سعيدی نسبت به سرمايه گذاری اين نفت‌خواران و شكنجه و شهادت وی، شهيد منتظری با صدور اعلاميه هايی، به افشاگری دوباره تاراجگران آمريكايی اين شركت بزرگ نفتی پرداخت. از اينرو، دستگاه پهلوی كه دستور‌های بيگانگان به ويژه صهيونيست‌ها و آمريكايی‌ها را در ايران مو به مو به اجرا ميگذاشت، از رفتن منتظری به حج در 1349 جلوگيری كرد. شهيد محمد منتظری در 1350 فعاليتهای سياسی و ضداستكباری خود را شدت بخشيد. ساواك كه دريافته بود كه وی با برخی از پيكارگران سر و سری دارد، بر آن بود تا پس از شناسايی همه آنها، او را دستگير كند. 

شهيد منتظری ناگزير شد به خارج از كشور برود و نزديك به ده سال زندگی پنهانی با نام‌های مستعار را به جان خريدار شود. نخست به پاكستان رفت و با رهبران مذهبی؛ چون ابوالاعلی مودودی، از چهره‌های دينی پاكستان و وابسته جماعت اسلامی و مولانا مفتی محمود، رهبر جمعيت علما پاكستان، ارتباط يافت. وی در خارج از کشور نیز کارشان هماهنگی و همکاری همودن با رهبران کشورهای آزادیبخش جهان اسلام بود. و اما از همه سعادتمندانه تر اینکه امام خمینی پرونده ایشان را به خط خودشان امضاء و فرموده اند که ایشان انسانی متفکر و فداکار با اخلاص و ایثارگر بود. محمد منتظری در 1352 به شهر نجف در كشور عراق رفت و فعاليت‏های انقلابی خود را در آنجا پی‌گرفت. او در درس امام هم حاضر می‌شد. در آنجا همراه با طلبه‌های مبارز و پناهنده ايرانی، گروهی به نام «روحانيون مبارز خارج از كشور» را پايه‌ريزی كردند. شهيد منتظری همراه با فعاليت‌های سياسی و فرهنگی، به آموزش چريكی پيكارگران ايرانی در عراق نيز می‌پرداخت. وی در 1354 راهی لبنان گرديد. در لبنان هم همچون عراق، همراه با كار‌های فرهنگی و انقلابی، آموزش جنگ چريكی به مبارزان را آغاز نمود. شهيد منتظری از همكاری سازمان الفتح نيز برخوردار بود و خود در اردوگاه فداييان فلسطينی در لبنان آموزش نظامی ديد. در لبنان، به همراه ياران خود در كنار پيكارگران فلسطينی و لبنانی با اسراييلیهای اشغالگر، جنگيد. خانه هايی كه در لبنان و سوريه، در اختيار شهيد منتظری بودند، مركز ديدارهای وی با كسانی بودند كه برای ادامه پيكار با استعمارگران نزد او می آمدند. شهيد منتظری دامنه جهاد خود را از خاورميانه به اروپا هم كشانيد. وی در آن زمان با نام مستعار «سميعی» در پاريس رفت‌وآمد میكرد و سخنرانیهای امام را با كمك انجمن اسلامی لندن، در ميان انجمن‌های اسلامی اروپا و آمريكاپخش میكرد. زمانی كه حكومت پهلوی دوم در دوم آذر 1354 آيت الله سيد محمود طالقانی و پدرش را دستگير كرد، محمد منتظری در كليسای سنت ماری پاريس دست به اعتصاب زد كه بازتاب گسترده‌ای يافت. شهيد منتظری در يكم آبان 1356 به هنگام شهادت حجت‌الاسلام حاج آقامصطفی خمينی فرزند امام خمينی(ره)، در لندن بود و توانست به كمك انجمن اسلامی اين شهر و ديگر شهرهای انگليس، راهپيمايی باشكوهی در خيابانهای لندن برپا كند و دست داشتن ساواك و صهيونيست‌ها را در اين جنايت افشا كند. همچنين، به دنبال درگذشت مشكوك دكتر علی شريعتی، در برپايی آيين سوگواری وی در بيروت همكاری شايانی داشت.منتظری، پس از درج نوشته توهين‌آميز روزنامه اطلاعات درباره حضرت امام(ره) در 17 دی 1356، بار ديگر برای افشاگری حكومت شاه، در كشور فرانسه اعتصاب روحانيون مبارز را در كليسای سنت مری برگزار كرد. با ورود امام(ره) به نوفل لوشاتو در پاريس، محمد به فرانسه رفت و مبارزه خود را در آنجا دنبال كرد. پس از بازگشت امام(ره) از تبعيد غيرقانونی و اقامتشان در مدرسه علوی، محمد منتظری و گروه آموزش‌يافته وی، بخشی از پاسداری و امنيت اين مكان را به گردن گرفتند. 

شهيد منتظری پس از پيروزی انقلاب اسلامی در 22 بهمن 1357، در پايه‌گذاری كميته انقلاب اسلامی در 23 بهمن و پيشبرد كار آن نقش به‌سزايی داشت. همچنين، در برپايی حزب جمهوری اسلامی در 27 اسفندماه 1357 تلاش بسياری كرد.  به دنبال پيروزی انقلاب اسلامی، چون انقلابی می‌انديشيد، باور داشت كه بايد كارها را به صورت انقلابی و آن هم نه با دستگاه زنگ‌زده و پاكسازی نشده نظام پيشين، بسامان كرد. به همين دليل است كه تا زمان شهادتش، با نخست‌وزيری مهندس مهدی بازرگان، دولت موقت و ليبرال‌ها رابطه خوبی نداشت. منتظری موضع گيری های دولت موقت را، اشتباه و خيانت آميز و تصميمهای آن را در كارهای كشوری و سياست خارجی نادرست می‌دانست و ميگفت: «بازرگان در خط ما نيست.» از ديد شهيد منتظری، دولت موقت نه تنها برخورد قاطع و انقلابی، با آشوب‌آفرينی ضدانقلاب در گنبد كاووس و كردستان نكرد، بلكه به آن آشوب‌ها دامن هم زد. همچنين، به ايجاد رابطه با جنبش‌های رهايی‌بخش گرايشی نداشت.  رفتار شهيد منتظری چنان بود كه حتی پدرش هم از منتقدان وی بشمار می‌رفت. او با ارزيابی نادرست می‌پنداشت كه شهيد آيت‌الله دكتر محمد حسينی بهشتی با دولت موقت هم‌انديشه است و بر آن شهيد مظلوم هم انتقادهای تندی روا می‌داشت، ولی به زودی حقيقت را دريافت؛ به ديدار آن شهيد مظلوم شتافت و هنگامی كه در آغوش وی بود، از همه بی‌مهری‌ها پوزش خواست. شهيد محمد منتظری در آغاز پيروزی انقلاب، گروهی به نام «پاسداران انقلاب اسلامی» يا «پاسا» را سرپرستی ميكرد كه يكی از گروه‌های چهارگانه ای بود كه بعدها از به‌هم پيوستن آنها، نهاد انقلابی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در دوم ارديبهشت 1358 پايه‌گذاری شد. پاسا، پاسداری از استقلال، آزادی، حكومت اسلامی، رويارويی با صهيونيسم، واپسگرايی، استبداد و رهايی همه مستضعفان جهان را هدف خود اعلام كرد. مجله شهيد و پس از آن، روزنامه پيام شهيد، وابسته به اين گروه بودند. محمد منتظری برای پيشبرد كار سپاه پاسداران، از ساز و برگ نظامی رزمندگان فلسطينی در آن نهاد بهره گرفت و واحد جنبش‌های آزادی‌بخش را در سپاه پايه‌ريزی نمود. شهيد منتظری پس از تسخير لانه جاسوسی آمريكا در 13 آبان 1358، بيشتر وقت خود را برای جنبشهای رهايی‌بخش به كار می‌گرفت؛ زيرا معتقد بود استكبار جهانی به سركردگی آمريكا و صهيونيسم بين‌الملل، نمی‌خواهد هيچ كشور انقلابی و مستقلی در جهان ماندگار شود. بر اين پايه، اسراييل را، دشمن سوگند خورده انقلاب اسلامی ميدانست. با چنين باوری بود كه رزمندگانی را به جنوب لبنان گسيل داشت و خود نيز به آنجا شتافت. با ابوالحسن بنی صدر، رييس جمهور خيانتكار ايران، نيز سر ناسازگاری داشت. مردم نجف‌آباد استان اصفهان در نخستين انتخابات مجلس شورای اسلامی، شهيد منتظری را به نمايندگی مجلس برگزيدند. او همچنين، در شورای ‌عالی دفاع وكميسيون خارجه مجلس عضويت داشت.  

سرانجام، محمد منتظري، هفتم تير1360 به هنگام شركت در نشست حزب جمهوری اسلامی در دفتر مركزی حزب در ميدان سرچشمه تهران، هدف جيره‌خواران استكبار جهانی و صهيونيسم بين­الملل يعنی گروهك مجاهدين خلق قرار گرفت. به دنبال انفجار سهمگينی كه در تالار سخنرانی حزب رخ داد، به همراه شهيد بهشتي، بسياری ديگر از نمايندگان مجلس، وزيران و مسوولان بلندپايه كشور به شهادت رسيدند؛ در اين رويداد دلخراش، 72 تن از ياران امام امت و انقلاب به خاك و خون كشيده شدند. محمدرضا كلاهی از گروهك منافقين كه توانسته بود در حزب جمهوری اسلامی رخنه كند، دست‌اندركار آن ترور ددمنشانه شناخته شد. پيكر آن شهيد در بارگاه حضرت معصومه(سلام الله علیها) به خاك سپرده شد.