فتحی شقاقی فعالیتهای سیاسی خود را پس از شکست اعراب در جنگ ژوئن 1967 شدت بخشید و در آن مقطع با توجه به اوج گیری گرایشات ناصریسم، وی شدیداً تحت تأثیر این گرایشات قرار گرفت و به جمال عبدالناصر به عنوان یک شخصیت و یک رهبر عرب علاقمند شد. شکست سال 1967، تحول عمیقی را در نگرش فتحی شقاقی به وجود آورد. وی در این رابطه نوشت: «این شکست مسیر حرکت جوانی که خواستار آزادی و بازگشت به وطن اشغالی اش بود را تغییر داد، زیرا برای من قابل تحمل نبود که شخصیتی چون عبدالناصر شکست بخورد.» در همان زمان (1967) یکی از دوستان وی کتاب "نشانه های راه" از شهید سید قطب در اختیار او گذاشت و این کتاب در واقع پایه و مایه تأسیس جنبش جهاد اسلامی شد.  

فتحی شقاقی در سال 1968 در دانشگاه "بیرزیت" در کرانه باختری پذیرفته شد و پس از طی دو سال تحصیل به عنوان معلم ریاضیات عازم یک مدرسه در بیت المقدس شد. شقاقی در طی این دوران علیرغم وجود حساسیت شدید و تنش میان نیروهای داخلی فلسطین، با برخی از گروهها و نیروهای ملی ارتباط برقرار کرد و در بعضی از فعالیتهای سازمانهای ملی و چپ گرا مشارکت نمود. او سپس در سال 1974 برای ادامه تحصیل در رشته پزشکی وارد دانشگاه "الزقازیق" مصر شد و موفق گردید دکترای طب اطفال را از این دانشگاه دریافت کند. 

حضور فتحی شقاقی در مصر را می توان از پربارترین و مهمترین مراحل سیاسی و فکری زندگی شقاقی به شمار آورد. دوره ایی که از سال 1974 تا 1981 یعنی تاریخ اخراجش از مصر به درازا کشید. در دانشگاه "الزقازیق بود" که نخستین نطفه یک جنبش واقعگرای اسلامی منعقد شد و نخستین هسته های این سازمان متشکل از برخی دانشجویان جوان فلسطینی این دانشگاه به رهبری شهید فتحی شقاقی شکل گرفت و بعدها این هسته به قلب فلسطین انتقال یافت تا هسته اولیه سازمان جهاد اسلامی در داخل فلسطین شود.  

شهید شقاقی در 16 فوریه 1979، در مصر، کتاب "خمینی، راه حل و جایگزین اسلامی" را منتشر نمود که اولین کتاب منتشره در سطح جهان در مورد پیروزی انقلاب اسلامی ایران به زبان عربی بود که به دنبال انتشار این کتاب، او مدتی نیز زندانی شد. به گفته "محمد ابوجهاد"، از رهبران جنبش جهاد اسلامی، این کتاب که در یک روی جلد آن، تصویر امام که در زیر درخت سیب در نوفل‌ شاتو نشسته بود و در پشت جلد، عکس شاه را با سرشکافته در حال گریز نشان می ‌داد، در همان شب اول چاپ، با شمارگان ده هزار نسخه به فروش رفت؛ کتاب بار دیگر تجدید چاپ گردید. شقاقی به دلیل فعالیتهای اسلامی سیاسی تحت پیگرد قرار گرفت و سرانجام به جرم بنیانگذاری جنبش جهاد اسلامی (1980) پس از تحمل چند ماه زندان از خاک مصر اخراج شد.  

شقاقی بلافاصله پس از بازگشت به فلسطین در نوامبر 1981 به تأسیس هسته های سازمان جهاد اسلامی در سرتاسر اراضی اشغالی و به خصوص در غزه و کرانه باختری پرداخت و همزمان برای آموزش و تربیت کادرهای جدیدی برای جنبش و ساختن نیروی نظامی و عقیدتی آن اقدام نمود تا اینکه سرانجام فعالیتهای سیاسی وی توجه نیروهای اشغالگر صهیونیستی را جلب نمود. شقاقی که در آن هنگام در بیمارستان ویکتوریا در بیت المقدس کار می کرد به مدت 11 ماه در سال 1983 به اتهام تشکیل سازمان جهاد اسلامی زندانی شد و در سال 1986 به اتهام تحریک مردم علیه رژیم صهیونیستی و انتقال اسلحه به غزه، به 4 سال زندان و 5 سال حبس تعلیقی محکوم شد. زمانی که رژیم صهیونیستی متوجه شد که شقاقی از درون زندان نیز فلسطینیان را رهبری می کند، وی را به همراه برخی از دوستانش پیش از پایان محکومیتشان در اول اوت 1988 به جنوب لبنان تبعید نمودند. "اسحاق رابین"، نخست وزیر وقت رژیم صهیونیستی، خود شخصاً دستور اخراج شقاقی از فلسطین را صادر نمود.  

شهید شقاقی در سال 1995 با گذرنامه جعلی با نام "ابراهیم شاویش" به لیبی رفت تا پیرامون وضعیت آوارگان فلسطینی در مرزهای لیبی و مصر با سرهنگ قذافی، رهبر وقت لیبی، دیدار کند اما به دلیل تحریم هوایی لیبی، وی مجبور شد با کشتی به مالت برود و سرانجام در  26 اکتبر 1995 وقتی به هتل دیپلماتیک جزیره مالت بازمی گشت توسط عوامل موساد ترور و به شهادت رسید. پیکر ایشان در مقبره الشهدای اردوگاه "یرموک" در دمشق به خاک سپرده شد.  

اسحاق رابین، نخست ‌وزیر اسرائیل، در ماه ژانویه دستور ترور شقاقی را در پی اقدام جهاد اسلامی به اجرای عملیات "بیت لید" در ژانویه 1995 که در آن 22 اسرائیلی کشته و 108 نفر مجروح شدند، صادر کرد. در پی صدور دستور رابین، موساد تدارک لازم را برای ترور شقاقی توسط واحدی به نام "گروه قیصاریه" انجام داد. تحت تعقیب اسرائیلی ها پیش از اجرای عملیات "بیت لید" طی سال‌های طولانی مکان شقاقی را در دمشق مشخص بود ولی "اوری ساغی" رئیس بخش اطلاعات نظامی نسبت به انجام عملیات ترور در خاک سوریه هشدار داد، وی عقیده داشت انجام این عملیات موجب برانگیخته شدن خشم شدید سوریه خواهد شد. رابین نیز این توصیه ساغی را پذیرفت و به موساد دستور داد طرح جایگزینی برای ترور شقاقی در جایی جز دمشق را پایه‌ ریزی کند. موساد در طرح جدید با مشکلاتی روبرو بود ولی همان گونه که رابین می ‌خواست عمل کرد. شقاقی می ‌دانست که تحت تعقیب اسرائیلی‌هاست. از این رو از دمشق بیرون نمی ‌رفت و بنا به گفته صهیونیست‌ها محتاط بود. منابع موساد یادآور شده بودند که شقاقی فقط با هواپیما به ایران سفر می ‌کند. طرح موساد برای ترور شهید شقاقی در سفر به لیبی در آغاز اکتبر سال 1995 بنا به گفته موساد، شقاقی دعوتی برای شرکت در یک سمینار با حضور رؤسای سازمان‌های جنگ‌های پارتیزانی در لیبی دریافت کرد و موساد می‌دانست "سعید موسی مراره‌" (ابوموسی) از جنبش فتح نیز در این سمینار شرکت خواهد کرد. یکی از اعضای جنبش موساد که نام او فاش نشده اظهار داشت: "ابوموسی جزو مخالفان شقاقی است و چنانچه در این کنفرانس شرکت کند، شقاقی نیز شرکت خواهد کرد." او از افراد متخصص در موساد خواستار آمادگی برای انجام عملیات شد. چگونگی سفر شقاقی به لیبی برای موساد با توجه به سفرهای گذشته ایشان مشخص شد. شقاقی از راه مالت به لیبی سفر می ‌کرد. از این رو اعضای گروه "قیصاریه" دو طرح برای ربودن شقاقی ارائه دادند: نخست ربودن وی به هنگام سفر وی از مالت به سمت لیبی که رابین با این طرح از بیم این که گرفتار یک مشکل بین ‌المللی شود، مخالفت کرد و طرح دوم ترور شقاقی به هنگام حضور وی در مالت بود. عناصر موساد راهی مالت شدند و در فرودگاه منتظر شقاقی ماندند. شقاقی از نخستین پرواز و یا دومین پرواز و یا سومین پرواز از هواپیما بیرون نیامد. عناصر موساد نسبت به امکان آمدن شقاقی به مالت ناامید شدند ولی با بی‌سیم صدای یکی از عناصر موساد را شنیدند که می‌گوید؛ یک لحظه یک لحظه، یک شخص تنها وجود دارد که نشسته است. عناصر موساد به آن طرف رفتند. وی بار دیگر با بی‌سیم گفت به نظر می‌رسد همین است، برای رد گم کردن شعاری روی سر خود قرار داده است. شقاقی مدت یک ساعت در مالت منتظر شد و پس از آن برای شرکت در کنفرانس عازم لیبی شد. بدون این که احساس کند تحت کنترل است. پی بردن موساد به هویت لیبیایی شهید شقاقی موساد در گزارش خود می‌گوید شقاقی در آن جا با ابوموسی و "طلال ناجی" از رهبران جبهه خلق برای آزادی فلسطین ـ فرماندهی کل ـ به رهبری احمد جبریل دیدار کرد و در 26 اکتبر شقاقی به مالت بازگشت. موساد متوجه شد که شقاقی با یک گذرنامه لیبیایی به نام "ابراهیم شاویش" سفر کرده است و برای مشخص کردن جای او در مالت بنا به وجود نام او در گذرنامه با مشکل روبه‌ رو نشد. شقاقی در صبح همان روز وارد مالت شد و یک اتاق در هتلی در شعر نقاهه "سلیمه" برای یک شب اجاره کرد. ترور شهید شقاقی شب هنگام که شقاقی برای خرید از هتل بیرون رفت، پس از خرید به پیاده روی خود ادامه داد و متوجه موتورسیکلتی که در طول راه او را تعقیب می ‌کرد، نشد. راننده موتورسیکلت خود رابه شقاقی نزدیک ‌کرد، سرنشین دوم موتورسیکلت که پشت سر راننده نشسته بود هفت تیر خود را که مجهز به صدا خفه‌ کن بود، از جیبش در آورد و سه گلوله به سر شقاقی شلیک کرد تا این که مطمئن شد که او دیگر در انجام این عملیات ترور زنده نخواهد ماند. این هفت تیر مجهز به کیسه‌ای برای نگهداری پوکه گلوله‌های شلیک شده بود تا از این طریق برای انجام تحقیقات و دور نگه داشتن اسرائیل از این اتهام جلوگیری شود.  

شهید فتحی شقاقی، نظریه پرداز جنبش مقاومت فلسطین، دارای اندیشه های والایی بود که به برخی از آنها عبارتند از: پیروی از اندیشه‌ حضرت امام خمینی(ره) و دفاع از الگوی انقلاب اسلامی ایران شهید شقاقی با قلمی پربار و نگاهی راهبردی نوشته است: «غرب گمان می‌کرد که واپسین ضربه ‌های کاری خود را بر تمدن فروپاشیده اسلامی وارد می ‌سازد که انقلاب اسلامی در ایران نخستین تیرهای خود را به سوی غرب رها کرد و نخستین پیروزی اسلام را در دوران معاصر تحقق بخشید. اکنون، زندگی به پیکر اسلام که گمان می ‌کردند مرده است، بازدمیده و دوباره بیدار می‌ شود و شاداب و سرزنده به پا می ‌خیزد. از کجا؟ از آنجا که کارهای شیطانی دشمن به سخت ‌ترین، نیرومند‌ترین و ددمنشانه‌ ترین وجه بود، اکنون، مرحله نوینی فرا رسیده است. ما به خویشتن خویش، بازگشته‌ ایم و می‌خواهیم پس از تحمل دو قرن اهانت، خواری و پس از سده‌ها عقب ‌ماندگی و ناآگاهی، به پاخیزیم.» او معتقد بود انقلاب اسلامی دارای درون مایه های بی شماری است: «انقلاب اسلامی، هراس از ابرقدرت‌ها را از یاد همگان به ویژه مسلمانان و مستضعفان جهان زدود. انقلاب اسلامی پس از اینکه الگوی غربی را در قفس اتهام قرارداد، الگوی تمدن نوینی به بشریت رونمایی کرد. این سخن از آنجا گرفته شده که شهید شقاقی به نقل از روژه گارودی، اندیشمند پرآوازه فرانسوی، می‌گوید: "امام خمینی، الگوی توسعه غرب را در قفس اتهام قرار داد و به زندگی ایرانیان معنا بخشیده است." به دنبال بیش از یک قرن تلاش برای کنار زدن اسلام از توان‌آفرینی و شکوفایی، انقلاب اسلامی بر نقش تاریخی اسلام انقلابی در زندگی ملت‌های منطقه پافشاری ورزید.» وحدت میان شیعه و سنی شهید فتحی شقاقی با انتقاد از عملکرد دشمنان اسلام و ایران در کتابش نوشته است: «کاش آنان هنگامی که به مخالفت با رهبر انقلاب اسلامی و پایه ‌گذار جمهوری اسلامی[ایران] روی می ‌آوردند، خود در زندگی خویش کاری برای خدمت به اسلام و مسلمانان یا بهبود تصویر مسلمانان و برآورده ساختن منافع آنان انجام داده بودند. آن سازمان‌های مشکوک می‌خواهند چنین وانمود کنند که همه اهل سنت، چنین دیدگاه منفی را نسبت به شیعه و انقلاب اسلامی در ایران دارا هستند تا بدین سان، طرح استکباری مهار انقلاب به تحقق برسد.» شقاقی در مقاله‌ ای که در شماره آذر ماه 1361 ماهنامه "الطلیعه الاسلامیه" لندن منتشر کرد، نوشت: «جمهوری اسلامی ایران که الگوی فرهنگی و تاریخی بی ‌مانندی را ارایه داد، آماج توطئه ‌های گوناگون سلطنت ‌طلبان، کمونیست‌ها و احزاب لیبرال قرار گرفت؛ اقدام عوامل بیگانه و گروه‌های ضدانقلاب داخلی برای دامن ‌زدن به جدایی میان شیعه و سنی در ایران و در کشورهای عربی، از جمله این توطئه‌ های خطرناک بود که انقلاب اسلامی را در برگرفت.» مرکزیت آرمان فلسطین و محوریت انتفاضه دکتر شقاقی توانست با آگاهی بالای خود نسبت جوهره نبرد در خاورمیانه، جهاد علیه حکومت ستمگر و ساختگی اسراییل را به اولویت جهاد اسلامی در فلسطین تبدیل نماید و اینکه جهاد مسلحانه را نمی ‌توان در هیچ شرایطی و به هر نامی به تأخیر انداخت، بلکه از راه همان عمل، سخن پروردگار بلندمرتبه تحقق می ‌یابد. شهید شقاقی یادآور می ‌شود که «تا هنگامی که بر سه اصل مکتبی تکیه کنیم پیروز و کامیاب خواهیم بود: فلسطین را بدون اسلام مطرح نکنیم؛ اسلام را بدون فلسطین نخواهیم؛ این دو را بدون جهاد و شهادت نخواهیم.» اسلام‌ گرایی، قوم ‌گرایی و ملی ‌گرایی شهید شقاقی درباره رویارویی اسلام و ملی‌ گرایی گفته است: «تصویری که از اسلام ارایه شده است، تصویر درستی نیست و این مطلب که اسلام ارتباطی با میهن و مسایل ملی ندارد، درست نیست؛ چنین تمایزی میان آن دو امری جدید و در عین حال اشتباه است؛ زیرا از میان جنبش‌های ملی که در کشور ما پیشتاز و در صف مقدم هستند، جنبش‌های اسلامی هستند و بزرگترین پیکارگران اسلامی همان رهبران ملی هستند. در آغاز هیچ‌گونه جدایی آشکاری میان ملی ‌گرایی و اسلام ‌گرایی نبوده است، بلکه جدایی میان این دو زمانی آغاز شد که برخی از دیدگاه‌ های جدید با نوشته‌های سکولار(جدایی دین از سیاست) آمیخته شد. از این رو، ملی‌ گرایان را از اسلام که سازنده هویت حقیقی امت بود، جدا کرد.»  

-"امام خمینی، تنها راه‌ حل و جایگزین اسلامی"، چاپ شده در 25 بهمن 1357 در مصر -"شیعه و سنی؛ غوغای ساختگی"، چاپ شده 1362 -"مقدمه پیرامون مرکزیت فلسطین و طرح اسلامی معاصر" چاپ شده در 1368