شهید بهشتی در اردیبهشت 1331 با یکی از بستگانش بنام خانم‌ عزت‌ الشريفه‌ مدرس‌ مطلق، که او نیز از خانواده‌ای روحانی بود، ازدواج نمود و ثمره آن 4 فرزند، 2 دختر و 2 پسر بود. شهید بهشتی درباره خانواده و محل تولد خود گفت: «منطقه زندگی ما از مناطق بسیار قدیمی شهر است. خانواده‌ام یک خانواده روحانی است و پدرم هم روحانی بود. ایشان هم در هفته چند روز در شهر به کار و فعالیت می‌پرداخت و هفته‌ای یک شب به یکی از روستاهای نزدیک شهر برای امامت جماعت و کارهای مردم می‌رفت و سالی چند روز به یکی از روستاهای دور که نزدیک حسین آباد بود و به روستای دورتر از آن که حسن‌آباد نام داشت، می‌رفت.»   

شهید بهشتی تحصیلات خود را در سن 4 سالگی از مکتب‌خانه آغاز کرد، خود ایشان از آن دوران اینگونه یاد می کند: «تحصیلاتم را در یک مکتب‌خانه در سن 4 سالگی آغاز کردم. خیلی سریع خواندن و نوشتن و خواندن قرآن را یاد گرفتم و در جمع خانواده به عنوان یک نوجوان تیزهوش شناخته شدم و شاید سرعت پیشرفت در یادگیری این برداشت را در خانواده به وجود آورده بود تا این که قرار شد به دبستان بروم، دبستان دولتی ثروت (بعدها به نام 15 بهمن نامیده شد.) وقتی آن جا رفتم از من امتحان ورودی گرفتند و گفتند که باید به کلاس ششم برود، ولی از نظر سنی نمی‌تواند؛ بنابراین در کلاس چهارم پذیرفته شدم و تحصیلات دبستانی را در همان جا به پایان رساندم.»   آغاز تحصیل معارف اسلامی سید محمد بهشتی که در جمع خانواده به عنوان یک نوجوان تیزهوش شناخته شده بود، پس از گذراندن دوره ابتدایی به دبیرستان سعدی اصفهان رفت و در این مدت به یادگیری زبان فرانسه نیز پرداخت. وی پس از شهریور ماه 1320، با پایان سال دوم تحصیلی، دبیرستان را رها کرد و تصمیم گرفت تا تحصیلاتش را در زمینه فراگیری علوم اسلامی ادامه دهد. او در ابتدا به حوزه علمیه صدر اصفهان رفت و پس از آن تصمیم گرفت برای ادامه تحصیل به قم برود.    عزیمت به قم برای ادامه تحصیل سید محمد بهشتی در سال 1325 به قم عزیمت نمود و حدود 6 ماه در قم بقیه سطح، مکاسب و کفایه را تکمیل نمود. کفایه را نزد آیت‌الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی و مکاسب را نزد مرحوم آیت‌الله محقق داماد خواند. از اول سال 1326 درس خارج فقه را نزد اساتید بزرگواری همچون مرحوم آیت‌ الله محقق داماد، حضرت امام خمینی (ره)، مرحوم آیت‌ الله بروجردی و مرحوم آیت‌ الله خوانساری گذراند. شهید بهشتی در سن 20 سالگی پس از اخذ دیپلم ادبی به صورت متفرقه، در رشته فلسفه به تحصیل خود ادامه داد و در سال 1330، مدرک لیسانس خود را در رشته فلسفه از دانشگاه معقول و منقول (الهیات و معارف اسلامی) گرفت. وی که با کسب بورسیه تحصیلی قصد سفر به خارج از کشور را کرده بود، پس از دیدن علامه طباطبائی چنان مجذوب ایشان شد که تصمیم به ادامه تحصیل در قم گرفت. ایشان برای تأمین هزینه خود تدریس می‌نمود که با آمدن به قم در دبیرستان حکیم نظامی به تدریس زبان انگلیسی مشغول شد.   آشنایی با دروس فلسفه شهید بهشتی از سال 1330 تا سال 1335 به تحصیل در رشته فلسفه ‌پرداخت و به درس اسفار و شفا استاد علامه طباطبائی رفت. در مدت 5 سال شب‌های پنجشنبه و جمعه با عده‌ای از بزرگان همچون مرحوم استاد مطهری و عده دیگری جلسات بحث پرشور و سازنده‌ای داشتند که حاصل آن به صورت متن کتاب روش رئالیسم تنظیم و منتشر شد. او در اعتصابات 26 تا 30 تیر 1331 فعالیت داشت و شاید اولین یا دومین سخنرانی در جمع اعتصاب‌کنندگان در اصفهان که در ساختمان تلگراف‌خانه بود را انجام داد. دکترای فلسفه و معقولشهید بهشتی توانست در سال‌های 1335 تا 1338 دوره دکترای فلسفه و معقول را در دانشگاه الهیات به پایان رساند. او با راهنمايی آيت‌ الله مطهری -كه در اين زمان استاد دانشگاه الهيات و معارف اسلامی بود- به دفاع از تز دكتراى خود با عنوان «مسائل ما بعدالطبيعه در قرآن» پرداخت. 

شهید بهشتی در سال 1333 در قم با همکاری عده‌ای از دوستان، دبیرستانی به نام دین و دانش تأسیس کرد که ضمن تدریس، مسئولیت اداره آن را نیز بر عهده داشت.  وی در سال 1338 در تهران جلسات «گفتار ما» را جهت رساندن پیام اسلام به نسل جوان و جستجوگر با شیوه جدید آغاز نمود که بعدها نتیجه آن به صورت سه جلد کتاب «گفتار ما» و یک جلد بنام «گفتار عاشورا» منتشر شد. در سال 1339 به فکر سامان دادن حوزه علمیه قم افتاد و به کمک دوستانش طرح و برنامه تحصیلات علوم اسلامی در حوزه را پایه‌گذاری نمودند که پایه‌ای شد برای تشکیل مدارس نمونه‌ای که معروف‌ترین آن‌ها مدرسه حقانیه یا مدرسه منتظریه به نام مهدی منتظر (عج) است.  

در سال 1343 کار ساختمانی مسجدی در هامبورگ که ساخت آن با حمایت آیت‌ الله بروجردی آغاز شده بود رو به اتمام بود. با توجه به بازگشت محمد محققی، نمایندهٔ آیت‌ الله بروجردی به ایران، مسلمانان هامبورگ از مراجع قم برای مسجد درخواست روحانی کردند. سید محمدهادی میلانی و حائری، شهید بهشتی را برای این کار انتخاب کردند. پس از آن ابتدا ساواک مانع صدور گذرنامه برای این سفر شد؛ اما با تلاش آیت‌الله سید احمد خوانساری این مشکل برطرف شد و شهید بهشتی در اسفند 1343 به آلمان رفت و به تبلیغ دین پرداخت و چون تا آن زمان هيچ تشكل اسلامی در هامبورگ وجود نداشت، با كمک چند تن از دانشجويان مسلمان اروپا، هسته اتحاديه انجمن‌هاى دانشجويان گروه فارسی زبان را تشكيل داد. از اقدامات دیگر او در آلمان، تغيير نام «مسجد ايرانيان» به «مركز اسلامی هامبورگ» بود كه در پی اين اقدام، برادران مسلمان غير ايرانی و فارسی زبان بخصوص برادران عرب نيز در اين مسجد حضور می‌يافتند. در سال 1347، كتابی را تحت عنوان «صداى اسلام در اروپا» به 5 زبان دنيا تهيه و تنظيم كرد كه البته ساواك از نشر اين كتاب ممانعت به عمل آورد.   دیدار با امام خمینی (ره) و امام موسی صدر در تابستان سال 1348، در سفری به عراق با امام خمينی (ره)، آيت‌ الله خوئی، آيت‌ الله سيد محمد باقر صدر و آيت‌ الله حكيم ديدار و گفتگو كرد. همچنين در اين سال به خانه خدا مشرف شد و به منظور تجديد عهد با دوستان، بخصوص امام موسی صدر به سوريه و لبنان سفر كرد و از آنجا به تركيه رفت. در همين سال به دعوت دانشجويان، در اولين سمينار دانشجويی كه به مدت 2 هفته در مسجد هامبورگ تشكيل شد، حضور يافت كه موجب ردوبدل شدن بحث‌هاى ايدئولوژيكی مفيدی ميان آنها شد؛ او در اين سال مقالات «كدام مسلک» و «نقش ايمان در زندگی انسان» را تهيه و تنظيم كرد. در سال 1349، با ابتكار شهید بهشتی و همراهی مسلمانان مقيم آمريكا، اعلاميه‌اى عليه جنايات رژيم صهيونيستی در آلمان منتشر شد كه مايه نگرانی رژيم شاه شد. سخنرانی او پيرامون «خداپرستی و قوانين عادلانه در اسلام» و فعاليت‌هاى گسترده سياسی و روشنگرانه او در ميان دانشجويان و ديگر ايرانيان مقيم اروپا، سبب شد توسط ساواک ممنوع‌الخروج شده و اقامت 5 ساله او در آلمان پایان یابد.    

شهید بهشتی در مبارزات سال 1341 به رهبری حضرت امام خمینی (ره) حضور فعال داشت. وی در همان سال در قم به مناسبت تقویت پیوند بین دانش آموز، دانشجو و طلبه به ایجاد کانون دانش آموزان قم با همکاری شهید مفتح پرداخت. در سال 1342 با جمعیت «حزب موتلفه اسلامی» رابطه فعال و سازمان یافته‌ای پیدا کرد و به پیشنهاد شورای مرکزی، حضرت امام (ره) گروه 4 نفره‌ای را به عنوان شورای فقهی و سیاسی این جمعیت‌ها تعیین نمودند که مرحوم شهید بهشتی و آیت‌ الله مطهری عضو آن بودند. ایشان دور از دخالت دستگاه‌های جهنمی رژیم، در جلساتی توانستند کتاب‌های جدید تعلیمات دینی مدارس را با شهید باهنر و بعضی دوستانشان مانند مرحوم آقای روزبه که نقش مؤثری داشتند، تغییر دهند. شهید بهشتی در سال 1349 از آلمان به ایران آمد و برنامه‌های تحقیقاتی گسترده‌ای را شروع نمود. از سال 1350 روزهای شنبه جلسه تفسیر قرآنی به عنوان مکتب قرآن تشکیل داد که در آن حدود 400 الی 500 نفر شرکت می‌کردند.  

شهید بهشتی در سال 1355، به سبب انسجام و تشكل روحانيت و با ياری و مساعدت آقايان آيت‌ الله مرتضی مطهری، دكتر محمد مفتح، حجت‌ الاسلام امامی كاشانی و حجت‌ الاسلام ملكی، هسته اوليه جامعه روحانيت مبارز را پايه‌ريزی كرد. اين تشكل در ابتدا با نام مجمع روحانيت مبارز در شميران مطرح شد و در سال 1356 با نام «جامعه روحانيت مبارز» اعلام موجوديت كرد. ایشان بعد از رفتن امام (ره) به پاریس، چند روزی خدمتشان رفت و با نظرهای ارشادی و دستورات حضرت امام (ره)، شورای انقلاب را شکل داد.   

بعد از پیروزی انقلاب و تشکیل شورای انقلاب، آیت‌الله بهشتی یکی از مؤثرترین و فعال‌ترین اعضای شورای انقلاب بود که در رفع و حل مشکلات جامعه انقلابی آن روز تلاش خستگی‌ناپذیر و پرشوری از خود نشان داد. او پس از آنکه با رأی مردم تهران به مجلس خبرگان قانون اساسی - که وظیفه تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی را بر عهده داشت - راه یافت، توسط اعضا به نائب رئیسی مجلس رسید.   نقش بی‌بدیل در تصویب اصل ولایت فقیه  شهید بهشتی در جایگاه ریاست مجلس خبرگان قانون اساسی با مدیریتی بی نظیر و مثال زدنی موفق به تدوین اصول قانون اساسی و مهم‌تر از همه اصل اساسی ولایت فقیه به عنوان رکن نظام اسلامی شد. قانونی که وی آن را «خودمانی و متناسب با فرهنگ و نیاز و بافت اجتماعی ملت ایران» ‌دانست.  

در روز 21 شهریور ماه 1358، مجلس خبرگان قانون اساسی در پانزدهمین جلسه خود، اصل پنجم قانون اساسی [ولایت فقیه] را به تصویب رساند. در این اصل [پیش از بازنگری در قانون اساسی در سال 1368] آمده بود: «در زمان غیبت حضرت ولی عصر (عج)، در جمهوری اسلامی ایران ولایت امر و امامت امت بر عهده فقیه عادل و با تقوا، آگاه به زمان، شجاع، مدیر و مدبر است که اکثریت مردم او را به رهبری شناخته و پذیرفته باشند و در صورتی که یک فرد چنین اکثریتی نداشته باشد شورایی مرکب از فقهای واجد شرایط بالا، عهده‌دار آن می‌گردند.»   مقدم مراغه ای به عنوان مخالف اصل ولایت فقیه در این جلسه آیت‌الله بهشتی از یک مخالف و یک موافق خواست تا درباره این اصل نظرات خود را بیان کنند که در این هنگام رحمت الله مقدم مراغه‌ای، نماینده آذربایجان در خبرگان قانون اساسی، به عنوان مخالف اصل ولایت ‌فقیه پشت تریبون قرارگرفت و گفت: «در جلسات عمومی بحث کنیم و ببینیم آیا ولایت فقیه که از نظر اصل مورد قبول است، چطور باید تنظیم شود؟ وقتی میگویم در اصل منظور این است که اسلام باید حاکم باشد ولی نباید اسلام را یک طبقه خاص در انحصار خود بگیرد، آن وقت ممکن است اسلام ابزاری شود در دست قدرت طلبان و این تصور حاصل شود که مبارزه‌ای را همه ملت شروع کرده است اما پس از پیروزی عده‌ای می‌خواهند همرزمان خود را کنار بگذارند.»   آیت الله بهشتی به عنوان موافق اصل ولایت فقیه در ادامه آیت‌الله بهشتی به عنوان فردی که مسئولیت گروه‌ها را بر عهده داشت به عنوان موافق اظهار داشت: «مطلب اصلی این است که آیا اصل پنجم هیچ کلمه یا جمله‌اش با آن عوارضی که آقای مراغه‌ای و بسیاری از افراد دیگر برای آن می‌شمارند، ارتباط دارد؟ آیا اصل پنجم می‌خواهد بیاید نقش آراء عمومی را انکار کند؟ آیا اصل پنجم می‌خواهد بیاید آزادی‌ها را از بین ببرد؟ آیا اصل پنجم می‌خواهد بیاید حکومت را در اختیار قشر معینی و طبقه معینی قرار بدهد؟ مثلاً می‌خواهد بگوید از این پس نخست‌ وزیر و رئیس‌ جمهور و وزرا همه باید روحانی و معمم باشند؟ هرگز، من می‌خواهم این اصل را ببینید، کجای این اصل این معنی را می‌دهد؟»   فقیه یعنی اسلام شناس شهید بهشتی در ادامه به تعریف ولایت فقیه پرداخت و گفت: «اصل پنجم را می‌خوانم، آنچه که پیشنهاد شده است این است «در زمان غیبت حضرت ولی عصر (عج)، در جمهوری اسلامی ایران ولایت امر و امامت امت...» یعنی مرکز ثقل حکومت و رهبری «...بر عهده فقیه...» فقیه یعنی چه؟ یعنی اسلام شناس، مطلع، ورزیده، متخصص. فقیه یک واژه عربی است یعنی دانا و شناساننده و در این معنای خاصی که ما به کار می‌بریم، یعنی دانای اسلام، اسلام دان، البته در اصطلاح اخص بکار می‌رود و به کسی که در دانستن علم احکام دین و استخراج آن از مبانی و ادله‌اش در حد تخصص و اجتهاد و صاحب‌نظری باشد، گفته می‌شود؛ یعنی کسی که بتواند احکام و قوانین و تعالیم اسلام را از کتاب و سنت به صورت یک صاحب نظر بفهمد.»   مردم ولی فقیه را شناخته و می پذیرند آیت‌الله بهشتی گفت: «ما گفتیم که مرکز ثقل حکومت جامعه و رهبری جامعه یک چنین فردی است و گفتیم که این فرد چگونه این مرکز ثقل بودن را به دست می‌آورد و گفتیم که «اکثریت مردم او را به رهبری شناخته و پذیرفته باشند» یعنی کسی نمی‌تواند تحت عنوان فقیه عادل، با تقوا، آگاه به زمان، شجاع، مدیر، مدبر خودش را بر مردم تحمیل کند این مردم هستند که باید او را با این صفات به رهبری شناخته باشند و پذیرفته باشند.»   تصویب اصل ولایت فقیه در ادامه جلسه تعدادی از نمایندگان از جمله عزت الله سحابی، نماینده تهران در خبرگان قانون اساسی، با این عنوان که «این اصل، یک اصل بسیار اصولی و اساسی است و انقلابی در جامعه ایران ایجاد خواهد کرد، بنابراین نگذارید که این اصل سرسری بگذرد» با اصل ولایت فقیه مخالفت کرده و به آن اعتراض کردند ولی آیت‌الله بهشتی به عنوان رئیس جلسه، اصل 5 قانون اساسی را به رأی گذاشت و در نهایت اصل ولایت فقیه با 53 رأی موافق، 8 رأی مخالف و 4 رأی ممتنع به تصویب خبرگان منتخب ملت رسید.   

سخنان صریح و شفاف شهید بهشتی در مجلس خبرگان قانون اساسی در دفاع از اصل ولایت فقیه و رأی بالا به این اصل، با نگاه گذرا به مشروح مذاکرات آشکار است؛ اما سال‌ها بعد عزت الله سحابی که یکی از مخالفان اصل قانون اساسی بود در بیان خاطراتی از شهید بهشتی مدعی شد که ایشان نیز مخالف اصل ولایت فقیه بودند!  بعد از رأی مجلس خبرگان قانون اساسی به اصل ولایت فقیه، سحابی طی سخنانی در شب هفت آیت‌الله طالقانی، در شهریور ماه 1358، به شدت از اصل ولایت فقیه انتقاد کرد و به مجلس خبرگان قانون اساسی که بر خلاف وی و دوستانش به ولایت فقیه رأی داده بودند، اعتراض کرد. مهندس سحابی واکنش‌ها به سخنانش را این‌گونه شرح می‌دهد: «فردای آن روز که من به مجلس خبرگان رفتم ...همان روز در کریدور مجلس با مرحوم بهشتی درحالی‌که عده‌ای از جوانان گرد ایشان را گرفته بودند و با ایشان صحبت می‌کردند، برخورد کردم. مرحوم بهشتی پس از مشاهده من، صحبت خود را با جوانان مزبور قطع کرد و به سوی من آمد. بهشتی مرا در آغوش گرفت و صورت من را بوسید و آهسته به من گفت که بهتر است فعلاً این دردها را در سینه نگاه دارید.» سحابی براساس این سخنان شهید بهشتی، ادعا کرد که ایشان نیز با ولایت فقیه مخالف بوده‌اند ولی زمان را مستعد بیان مخالفت نمی‌دانستند ولی آن چه روشن است اینکه اگر کسی با یک امر مخالف باشد و درعین‌حال زمان را نیز برای ابراز مخالفت مناسب نبیند سکوت می‌کند ولی شهید بهشتی به شهادت تاریخ، نه تنها در مورد اصل ولایت فقیه سکوت نکرد بلکه به صورت قاطع از اصل 5 قانون اساسی دفاع و آن را در مقام رئیس وقت جلسه به رأی نمایندگان گذاشت. سحابی حتی به دیدار امام خمینی (ره) رفت و مخالفت خود با اصل ولایت فقیه را مطرح کرد.  

شهید بهشتی در جمع تظاهرکنندگان تهرانی مراسم تاسوعای حسینی در 29 آبان ماه 1359 در دانشگاه تهران گفت: «در مسائل فردی می توان از مجتهدی خاص و یا شورایی تبعیت کرد اما در مسائل حکومتی و اجتماعی، فقط یک رأی معتبر است و در جمهوری اسلامی هم آن یک رأی فقط رای رهبر است. من امیدوارم که این نکته به خوبی روشن شود زیرا از این پس این گونه مسائل فراوان داریم در همه مسائل دینی و اجتماعی که اجرای آن نیاز به وضع قانون و مقررات دارد تنها رای مجتهد عادل فقیه رهبر می تواند معتبر باشد. در مسائل و احکامی که دینی است اما به مقررات و قوانین اجتماعی مربوط می شود در این جا اختلاف حرام است و ملت باید یکپارچه عمل کند و ملاک فتوای رهبری و نظر فقهی شورای نگهبان بر مبنای فتوای رهبری و منابع فقهی است. در تصمیم گیری مربوط به اداره جمهوری اسلامی مقام تصمیم گیرنده فقط باید یکی باشد و آن رهبری است.» (با استناد به صفحه 7 روزنامه کیهان، 29 آبان ماه 1359)   طبق قانون اساسی مقام داور شورای نگهبان است. آیت الله بهشتی با اشاره به اینکه عده ای در پی اختلاف نهادهای کشور هم چون قوه مجریه، مجلس و شورای عالی قضایی هستند گفت: «هرکس باید کار خودش را خوب پیش ببرد و اگر اختلافی پیش آمد طبق قانون اساسی مقام داور شورای نگهبان است.» (با استناد به صفحه 11 روزنامه کیهان، 29 آبان ماه 1359)  

شهید بهشتی پس از پیروزی انقلاب از سوی امام خمینی (ره) به عنوان رئیس دیوان عالی کشور برگزیده شد. بنیان‌گذاری نظام نوین قضایی بر مبنای اصول اسلامی توسط ایشان و در همین دوره انجام گرفت. احیای حکم اسلامی قصاص که در زمان رژیم پهلوی از نظام قضایی ایران حذف شده بود، علیرغم مقابله، مخالفت و بحران سازی خط نفاق و گروه‌های غرب و شرق زده از دیگر دستاوردهای دوران مدیریت ایشان بر نظام قضایی کشور است.  

بخش دیگری از فعالیت‌های شهید بهشتی پس از پیروزی انقلاب اسلامی به تأسیس حزب جمهوری اسلامی با همراهی شماری از بزرگان انقلاب از جمله حضرت آیت‌الله خامنه ای، شهید باهنر، هاشمی رفسنجانی و آیت‌الله موسوی اردبیلی و… بازمی‌گردد. حزبی که به عنوان ائتلاف بخش وسیعی از نیروهای وفادار به انقلاب اسلامی، نقش عمده‌ای در کادر سازی و اداره جامعه و تغذیه فکری نیروهای مسلمان و انقلابی در سال‌های اولیه انقلاب ایفا کرد. شهید بهشتی با اعتقاد راسخ به کار جمعی و منظم و حساب شده، تشکیلاتی را پایه‌گذاری کرد و در حقیقت با این اقدام نشان داد که حتی مفاهیمی غربی همچون حزب، اگر با نیات الهی و انگیزه‌های اسلامی و انسانی به کار گرفته شوند تا چه اندازه می‌توانند در خدمت به مردم و آرمان‌های نظام اسلامی اثرگذار باشند. شهید بهشتی درباره حزب جمهوری اسلامی معتقد بود: «این حزب نه انحصار طلب است نه قدرت طلب و نه نفی كننده سایر احزاب و گروه‌های سیاسی اسلامی. ما هر گروه سیاسی اسلامی دیگر را كه مؤمن، درستكار و صادق و به انقلاب و رهبری آن وفادار باشد برادر می‌نامیم و با این گروه‌ها مسابقه می‌گذاریم، مسابقه بر سر تقدیم مهم‌ترین خدمت به ملت.»  به هرحال ایشان حزب جمهوری اسلامی را معبد می‌دانست و سرانجام در همین معبد بود که در کسوت دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی به همراه 72 تن از همفکرانش، به شهادت رسید و به دیدار معبود شتافت.   

جریان بنی صدر و منافقین که بر سرنوشت اجرائیات کشور و بخش مهمی از نیروهای نظامی مسلط بود، با فضاسازی های احزاب لیبرال و بهره گیری از بعضی چهره‌های موجه انقلاب، در مقابل جریان شهید بهشتی قرار گرفت. بنی صدر با اختیار فراوان در نیروهای مسلح و جانشینی فرمانده کل قوا، هم بین نیروهای مسلح تفرقه ایجاد می‌کرد و هم در پشت جبهه توسط روزنامه انقلاب اسلامی به مظلوم نمایی و شایعه پراکنی می‌پرداخت. یاران او مثل "احمد سلامتیان" در مجلس نیز طرح تفرقه و جریان سازی علیه شهید بهشتی و نیروهای انقلاب را دنبال می‌کردند. منافقین نیز که از دخالت در مقدرات کشور مأیوس شده بودند زیر چتر حمایت‌های بنی صدر به کادر سازی نظامی پرداختند تا در موقع لازم با یک تیر خلاص، رهبری و انقلاب را ساقط نمایند. صبر و دور اندیشی شهید بهشتی، طرح‌های پیچیده آن‌ها را به بن بست کشاند تا اینکه به این نتیجه رسیدند که شمشیر نفاق را از رو ببندند و کار را تمام کنند.   

اولین اختلاف حزب جمهوری با بنی صدر در مجلس خبرگان و درباره میزان اختیارات ولی فقیه بود. به گفته‌ شهید بهشتی: «بنی‌صدر در آن مجلس اصرار بلیغ داشت که قانون اساسی بدون ولایت تصویب شود... من نمی‎گویم که ایشان با ولایت فقیه موافق‎اند یا مخالف. می‎گویم لااقل با اینکه مسئله در قانون اساسی بیاید مخالفت می‎کردند.»‍‍ این سخن شهید بهشتی نشان‌دهنده‌ی موضع سازش و مدارای حزب با بنی‌ صدر به خاطر حفظ مصالح و وحدت نظام نوپای جمهوری اسلامی ایران بود. برخورد دیگر بین این دو جناح با تصویب قانون انتخابات در شورای انقلاب، از 29 آذرماه 1358 و با ثبت‌نام داوطلبان ریاست‌ جمهوری آغاز شد. بنی‌صدر پس از انتخابات ریاست‌ جمهوری اعلام کرد: «انحصار سیاسی در کشور توسط روحانیون را از بین خواهد برد و آزادی‎ها را گسترش خواهد داد.» این اظهارنظر به معنای مقابله‌ی بنی‎صدر با روحانیون حزب جمهوری اسلامی تعبیر می‌شد. شهید آیت‌الله بهشتی در نخستین واکنش به سخنان بنی‌ صدر گفت: «حزب جمهوری اسلامی به دعوت امام برای حمایت از رئیس‌جمهور پاسخ مثبت می‎دهد، ولی از آنجا که او را در اشتباه می‏بیند، انتقاد می‎کند و جلوی آن را می‎گیرد.»  چالش عمده‌ی دیگر بعد از تشکیل مجلس و انتخابات ریاست‌ جمهوری، انتخاب نخست‌ وزیر و تشکیل کابینه بود. بعد از اینکه شهید رجایی به عنوان نخست وزیر از سوی نمایندگان مجلس رأی اعتماد گرفت، بنی‎صدر که از ابتدا مخالفت اولیه خود را با نخست وزیری شهید رجایی اعلام کرده بود، در سالگرد 17 شهریور 1359، در جمع مردم سخنرانی کرد. در این سخنرانی، او نارضایتی خود را از کابینه و انتقادات خود را به حزب جمهوری اسلامی به طور ضمنی اعلام نمود. مخصوصاً در این جمله‌ی او که «عده‏ای اقلیت می‎خواهند بر جامعه حاکم شوند و همه‌ی مناصب را قبضه کنند» مشخص بود که منظور وی از این اقلیت، حزب جمهوری اسلامی است. بعد از این سخنرانی، اعضای ارشد و برجسته‌ حزب، از جمله آیت‌الله بهشتی، در جواب بنی‏ صدر موضع‎گیری کردند و به واکنش پرداختند.   

دکتر بهشتی یک روز پس از سخنرانی بنی صدر؛ یعنی در روز 18 شهریور 1359، در یک مصاحبه رادیو و تلویزیونی به اظهارات بنی صدر پاسخ گفت و پاسخ‏های منطقی ایشان، چهره‌ واقعی بنی‎صدر را نزد افکار عمومی، بیش از پیش آشکار ساخت. آیت‌الله بهشتی در این سخنرانی اظهار داشت: «حقیقت این است که در این شرایط خطیر اجتماعی و سیاسی که بر انقلاب ما می‌گذرد این‌گونه سخنان و اتهام آفرینی‌ها هرگز نمی‌تواند سودمند باشد و به جا است این مسئله روشن شود تا اگر در رابطه با حزب جمهوری اسلامی مطلب گفته شده حزب با استفاده متقابل از همه امکاناتی که ایشان از آن استفاده می‌کنند ذهن ملت شریف مبارز ایران را درباره مسائل روشن کند و پاسخ و توضیح بدهد.»   قانون اساسی روش اداره کشور را مشخص کرده است.  آیت‌ الله بهشتی ادامه داد: «ایشان در سخنان خود گفتند که می‌خواهند کار بکنند ولی کسانی یا گروه‌هایی هستند که نمی‌گذارند که ایشان کار بکنند، قانون اساسی ما روش کار اداره کشور را مشخص کرده است در قانون اساسی ما مشخص شده است که اگر رئیس‌جمهور پیشنهادی دارد طرحی دارد، طرح خوبی دارد باید به هیئت دولت بدهد، هیئت دولت آن را بررسی کند حک و اصلاح کند و به صورت لایحه قانونی به مجلس نمایندگان مردم بفرستد و مجلس درباره آن لایحه بحث و شور کنند و در صورت تصویب به صورت قانون در می‌آید و این قانون از طریق رئیس‌جمهور به دولت ابلاغ می‌شود و باز اجراکننده هم دولت است. حال سؤال این است که آقای بنی صدر چه پیشنهادی، چه طرحی، چه برنامه‌ای تاکنون داشته‌اند که کسی مانع از آن شده باشد؟ این مسئله که ایشان تکیه می‌کنند که ملت به من و برنامه‌های من رأی داده است ما در قانون اساسی چنین مسئله‌ای را نداریم که ملت به برنامه ایشان رأی داده بنابراین برنامه‌های ایشان ارزش قانونی پیداکرده و حالا باید بدون چون و چرا اجرا شود و اگر چنین برداشتی ایشان از قانون اساسی دارند لازم است به صورت سؤال بفرستند و شورای نگهبان که مسئول تفسیر قانون اساسی است تعیین کند که آیا چنین رویه‌ای اصلاً پیش بینی شده بود؟ اگر ایشان بخواهند از طریق قانونی کاری را انجام بدهند هیچ کس نمی‌تواند مانع شود و اگر ایشان بخواهند غیر از طرق قانون کاری را انجام دهند نمی‌باید این کار را بکنند.»    انتظار مردم از دو ارگان منتخب خود  شهید بهشتی اظهار داشت: «در نظام جمهوری اسلامی دو ارگان داریم که منتخب مردمند، یکی رئیس‌جمهور و دیگری نمایندگان مجلس شورای اسلامی بنابراین انتظار مردم این است که این دو ارگان منتخب بر طبق حدودی که قانون اساسی مشخص کرده وظایف خود را انجام دهند.»    خط کلی انقلاب را امام (ره) تعیین می‌کنند.  آیت‌ الله بهشتی در مورد مسئله خط و خطوط نیز اظهار داشت: «در قانون اساسی ما ابهامی نداریم، در قانون اساسی گفته شده است خط کلی جامعه و انقلاب را ملت و امام تعیین می‌کند، یعنی امام مورد قبول امت و رهبری و امامت در قانون اساسی ما همان جای خودش را دارد. در مرحله بعد تشخیص اینکه قوانین آیا با این خط کلی سازگار است یا نه؟ این را هم مجلس و شورای نگهبان تعیین می‌کند، شورای نگهبان است که باید بگوید آیا این تصویب دولت یا این قانون مجلس مطابق با ایدئولوژی اسلامی هست یا نه؟»   رئیس‌جمهور خط تعیین کن نیست.  آیت‌ الله بهشتی ادامه داد: «رئیس‌جمهور در جمهوری اسلامی ایران خط تعیین کن نیست. رئیس‌جمهور باید بر طبق این خطی که از طریق رهبری و شورای نگهبان و مجلس شورای اسلامی تعیین می‌شود حرکت کند.»    آیا رئیس‌جمهور توجه دارند که ... ایشان در ادامه گفت: «آیا آقای بنی صدر با التزامی که به قانون اساسی دارند عمیقاً به این نکته توجه کرده‌اند که بر طبق همین قانون اساسی آن مقامی که از نظر قانونی و برنامه ریزی در رابطه با مشخصات مکتبی خطوط را مشخص می‌کند صرفاً رهبری است و فقهای شورای نگهبان و نه رئیس‌جمهور و آن مقامی که خطوط و برنامه‌ها را از نظر زمینه‌های اجرایی در حد قانون‌گذاری معین می‌کند مجلس است و نه رئیس‌جمهور و باز آن مقامی که تفاسیر بیشتر را در مرحله سوم در زمینه‌های اجرایی و تصویب نامه‌ها مشخص می‌کند هیئت دولت است و نه رئیس‌جمهور. این بر طبق قانون اساسی ما است.»    شعار خطرناک رئیس‌جمهور در زمان تبلیغات  آیت‌ الله بهشتی در ادامه سخنان خود اظهار داشت: «این شعاری که آقای بنی صدر در موقع انتخابات مطرح می‌کردند و ما می‌گفتیم این شعار خطرناک است مجلس نباید هماهنگ با رئیس‌جمهور و مطابق با طرز فکر او انتخاب شود، نمایندگان مجلس را باید مردم با شناختی که از آن‌ها دارند انتخاب کنند تا از برآیند فکر رئیس‌جمهور و مجلس در چهارچوبی که بیان شد بهترین قانون و مناسب‌ترین اصل‌ها به دست آید.»   

شهید بهشتی پس از حضرت امام (ره)، تأثیرگذارترین شخصیتی بود که در پیشبرد و تثبیت انقلاب نقش بسزایی داشت. همین موقعیت برجسته‌ شهید بهشتی سبب شد که فرصت‌طلبان و معاندان انقلاب، به خیال واهی خویش، با زدن تهمت‌ها سعی کنند، او را از سر راه بردارند تا به مطامع دنیوی خود دست یابند؛ امّا آیت‌ الله بهشتی کسی نبود که با جوسازی معاندان و کج‌فهمی جاهلان، میدان مبارزه را خالی کند و عافیت‌طلبی پیشه سازد. مدیریت اعتصابات و تظاهرات خیابانی، هماهنگی نیروهای انقلاب در قالب تشکل‌هایی چون جامعه‌ روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی، مدیریت جلسات خبرگان قانون اساسی، مدیریت قوه‌ قضائیه و نیز تألیف چندین اثر علمی در حوزه‌ مباحث دینی، بخشی از فعالیت‌های وی، قبل و پس از پیروزی انقلاب است. این‌گونه بود که دشمنان، چاره‌ کار را در ترور فیزیکی ایشان دیدند و در شامگاه هفتم تیر سال 1360 با به شهادت رساندن دکتر بهشتی، مظلومیت وی و روسیاهی خود را در تاریخ ثبت نمودند.  شاید برای شناخت شخصیت شهید آیت‌ الله دکتر بهشتی، گویاترین بیان فرمایش حضرت امام (ره) باشد ‌که فرمودند: «بهشتی به تنهایی یک ملت بود.» و «بهشتی مظلوم زیست و مظلوم رفت.»  

آثار زیادی از شهید بهشتی برجای مانده است؛ کتابهای ایشان عبارتند از: خدا از دیدگاه قرآن   اسلام و مقتضیات زمان اقتصاد اسلامی از حزب چه میدانيم التوحيد فی القرآن اهميت شيوه تعاون بانكداری، ربا و قوانين مالی اسلام بايدها و نبايدها بررسی و تحليلی از جهاد، عدالت،‌ ليبراليسم، امامت بهداشت و تنظيم خانواده پیامبری از نگاه دیگر پنج گفتار توكل از ديدگاه قرآن جاودانه تاريخ در 9 جلد چهار گفتار از دو شهيد (تأليف دكتر سيد محمد حسينی بهشتی و دكتر محمدجواد باهنر) حج از دیدگاه قرآن حق و باطل از دیدگاه قرآن حكومت در اسلام حزب جمهوری اسلامی دكتر شريعتی، جستجوگری در مسير شدن ربا در اسلام رسالت دانشگاه و دانشجو روش برداشت از قرآن - سلسله درسهاى اسلامی(3) روحانيت در اسلام و در ميان مسلمين سرود يكتاپرستی شناخت عرفانی شب قدر شناخت اسلام شناخت از ديدگاه فطرت شناخت از ديدگاه قرآن صداى اسلام در اروپا طرح لايحه قصاص طرح علمی و عملی براى مؤسسات آموزشی اسلامی  فلسفه و شناخت الهی كدام مسلک مواضع ما مبارزه پيروز مبانی نظری قانون اساسی موسيقی و تفريح در اسلام مسأله مالكيت - سلسله درسهاى اسلامی(1) محيط پيدايش اسلام مكتب و تخصص مديريت در اسلام مبارزه با تحريف، يكی از هدفهاى پيغمبر اسلام نقش آزادی در تربيت كودكان نماز چيست؟ نقش ايمان در زندگی انسان نقش تشكيلات در پيشبرد انقلاب اسلامی وظائف انجمن‌هاى اسلامی دانشجويان اروپا در برابر جوانان مسلمان ويژگیهاى انقلاب اسلامی ايران يك قشر جديد در جامعه ما