محمد تقی در سال 1310 ش در بخش عتیقات وزارت فرهنگ با عنوان "بازرس فنى تحقیقات" استخدام شد و به مدت چهار سال با هیئتهاى آلمانى و فرانسوى در حفاریها و کاوشهاى تخت جمشید همکارى کرد. فعالیتهاى موفقیت‌ آمیز او در این هیئتها وی را به عنوان باستان‌ شناسى برجسته در میان محققان ایرانى و خارجى مطرح ساخت. وى درسال 1313 ش مأمور نظارت بر مرمت بناهاى تاریخى اصفهان گردید و در سال 1314 ش، به عنوان عضو هیئت اعزامى ایران، به ریاست "علی‌ اصغر حکمت"، وزیر فرهنگ وقت در سومین کنگره بین ‌المللى آثار تاریخى و هنرى ایران در "لنینگراد" شرکت کرد. 

سمت های مصطفوی از سال 1316 تا 1328 عبارتند از: ریاست اداره کل عتیقات درسال 1316 ش به عهده گرفتن مسئولیت طراحى و ساخت بناى آرامگاه ابوعلى درسال 1323 ش، به درخواست انجمن آثار ملى، که در تدارک جشن هزاره "بوعلی ‌سینا" بود دبیرى انجمن آثار ملى از سال 1327 ش معاون اداره باستان‌ شناسى رئیس اداره کل باستان ‌شناسی در سال 1328 ش بر طبق سندى که "رشید کیخسروى" منتشر کرده است. 

مصطفوى درسال 1334 ش در سفرى هفت ‌ماهه به چند کشور اروپایى، امریکا، مصر، سوریه، لبنان و عراق، موزه‌ها و آثار تاریخى این کشورها را دید و آنها را بررسى کرد و در بهار 1337 ش به ژاپن رفت و در تنظیم نمایشگاه آثار تاریخى ایران همکارى نمود و در مراجعت، با توقفى کوتاه در هند و پاکستان، از موزه‌ها و آثار باستانى این کشورها دیدن کرد. در همین سال، انجمن حفاظت آثار تاریخى کاشان را، با افراد سرشناس کاشانى و نطنزى، تشکیل داد و همین انجمن بود که موزه اختصاصى آثار تاریخى کاشان را در باغ فین تأسیس کرد. 

مصطفوى در حوزۀ باستان‌شناسى، هنر و معمارى ايران قبل و بعد از اسلام صاحب‌نظر بود و در اين موضوعات، كتابها و مقالات بسيارى تأليف كرد. آثارزیر از تک نگاشته‌هاى برجسته مصطفوى است : عبدالعظیم هگمتانه اقلیم ‌پارس (این اثر را "شارپ" به انگلیسى ترجمه و در سال 1978 در لندن منتشر کرده است) 

مصطفوى در حوزۀ باستان‌شناسى، هنر و معمارى ايران قبل و بعد از اسلام صاحب‌نظر بود و در اين موضوعات، كتابها و مقالات بسيارى تأليف كرد. آثارزیر از تک نگاشته‌هاى برجسته مصطفوى است: عبدالعظیم هگمتانه اقلیم ‌پارس (این اثر را "شارپ" به انگلیسى ترجمه و در سال 1978 در لندن منتشر کرده است)