سراج‌الدین کازرونی از سال 1363 تا 1368 به مدت پنج سال در دولت "میرحسین موسوی" و از سال 1368 تا 1372 به مدت چهار سال در دولت "آیت الله هاشمی رفسنجانی" به سمت وزیر مسکن و شهرسازی منصوب شد. اقدامات کازرونی در دوران وزارت دوره نه ساله تصدی وزارت مسکن و شهرسازی توسط مرحوم کازرونی دوره‌ای مملو از تحول‌آفرینی بود که عبارتند از: -تهیه اولین طرح کالبدی ملی، که به دلیل تداخل و تشابه ماموریت‌های طرح آمایش سرزمین و طرح جامع سرزمین، بلاتکلیف رها شده بود؛ و قبل از آن - تهیه و تصویب اولین طرح‌های منطقه‌ای و منطقه شهری - مکان‌یابی شهرها، شهرک‌ها، و فعالیت‌های عمده، که یکی از ثمرات آن تهیه و تصویب مکان و سپس طرح 19 شهر جدید بود، که اکثر آنها هم‌اکنون مرکز جذب و امکان‌بخشی از جمعیت غیرقابل اسکان در کلانشهرها هستند - تعیین نقش شهرها و توزیع فعالیت‌های عمده در سطح کشور به منظور تمرکززدایی از تهران، که هم‌اکنون مورد توجه خاص دولت دکتر احمدی‌نژاد قرار گرفته است - تهیه و تصویب مقررات لازم برای هدایت و کنترل توسعه شهرها که قبل از آن تقریباً وجود نداشت - تمرکز برنامه‌ریزی، طراحی و اجرای ساختمان‌ها و تأسیسات دولتی و عمومی در وزارت مسکن و شهرسازی و توجه ویژه به ارتقای کیفیت معماری و آغاز برگزاری مسابقات معماری برای طرح‌های مهم که به عنوان نمونه می‌توان از کتابخانه ملی و فرهنگستان‌های جمهوری اسلامی نام برد - فعال‌سازی قانون زمین شهری و تملک حدود 450 هزار هکتار زمین شهری، عمدتاً از زمین‌های ملی و دولتی و موات - تهیه و اجرای طرح‌های آماده‌سازی زمین در بیش از 30 هزار هکتار، و تامین بخشی از نیازهای خدماتی شهرها علاوه بر هدف اصلی تامین مسکن - سازمان‌دهی که نوسازی و بهسازی بافت‌های قدیمی از طریق ایجاد دفتر بهسازی بافت شهری که سرانجام به سازمان عمران و بهسازی شهری کنونی تحول یافت - تهیه طرح‌های احیای محورهای فرهنگی- تاریخی و تعیین شهرهای اصفهان، شیراز، تبریز، کرمان و همدان به عنوان شهرهای فرهنگی و تاریخی - تهیه و اجرای طرح‌های هادی روستایی از طریق بنیاد مسکن انقلاب اسلامی - پشتیبانی مهندسی از جنگ از طریق احداث و بازسازی بیمارستان‌ها، پاسگاه‌ها، مراکز مخابراتی، پناهگاه‌ها و انواع پروژه‌های اضطراری دیگر - تجدید نظر و اصلاح قانون نظام مهندسی و تشکیل سازمان‌های نظام مهندسی در سراسر کشور - تدوین و تصویب مقررات ملی ساختمانی ایران - را‌ه‌اندازی شهرک‌ها و ساختمان‌های نیمه‌ تمام، - تاسیس مرکز مطالعات و تحقیقات شهرسازی و معماری ایران - پایه گذاری پارک فناوری پردیس و هدایت و راهبری آن طرح انتقال پایتخت کازرونی در اوایل دولت سازندگی در شرایط دشوار بعد از جنگ کار ویژه‌ای را انجام داد، او بنیان‌گذار طرح انتقال پایتخت بود. هم چنین "تهران و تعادل بخشی تهران" بخش دیگری از مطالعات کازرونی بود. البته در کارنامه ایشان ساخت شهرک‌های جدید هم دیده شد، ولی با آن مطالعات، پایه‌ای برای مطالعات تهران گذاشته که می‌توان چراغ راهی از آن چه 20 سال پیش، روشن شده، باشد. کازرونی در واقع نخستین کسی بوده که طرح ساماندهی تهران را در سال 1370 مصوب کرد و همواره سعی داشته کیفیت زندگی در تهران را ارتقاء دهد و انضباط شهری را حاکم کند. 

در سال 1380 سراج الدین کازرونی، همکاران اسبق خود در وزارت مسکن و شهرسازی را، که بعضی بازنشسته و بعضی وارد فعالیت‌های دانشگاهی شده بودند به راه‌اندازی یک فعالیت پژوهشی و مدیریتی دعوت کرد که به تاسیس پژوهشکده توسعه کالبدی منجر شد. 

نیمه شب جمعه 16 دی 1384 سراج‌الدین کازرونی به دلیل عارضۀ مغزی در اغما فرو رفت و سرانجام پس از چهار روز در ساعت 7 صبح سه‌شنبه 20 دی 1384، در بیمارستان ایرانمهر، در سن 59 سالگی درگذشت.‌ پیکر او پس از تشییع از مقابل وزارت مسکن و شهرسازی، به مشهد مقدس حمل و در صحن جمهوری اسلامی حرم مطهر امام رضا‌(ع) دفن شد.