تحصیلات هانتینگتون پس از اتمام تحصیلاتش در دوره دبیرستان در مدرسه استوی وسنت، در سال 1946 و در سن 18 سالگی از کالج معتبر ییل در دوره کارشناسی فارغ‌التحصیل شد. زمانی که تنها 23 سال بیشتر نداشت، در معتبرترین دانشگاه آمریکا یعنی دانشگاه هاروارد به تدریس پرداخت. دوره کارشناسی ارشد را در دانشگاه شیکاگو در سال 1948 به پایان برد و دکترای علوم سیاسی را در سال 1951 از دانشگاه هاروارد گرفت. هانتینگتون پس از 58 سال تدریس و پژوهش در سال 2007 از دانشگاه هاروارد بازنشسته شد.    فعالیت‌های علمی هانتینگتون به عنوان یک پژوهشگر در طول دوران حیات خود، نویسنده و ویراستار بیش از 17 کتاب و بیش از 90 مقاله پژوهشی بوده است. حوزه‌های اصلی و تخصصی‌اش را مسایلی چون سیاست و حکومت در آمریکا، دموکراسی، سیاست‌ها و استراتژی‌های نظامی، سیاست تطبیقی و توسعه سیاسی تشکیل می‌داد.  

سرباز و دولت، تئوری و سیاست روابط نظامی - مدنی، در سال 1957   قدرت سیاسی ایالات متحده آمریکا و شوری، در سال 1964  نظم سیاسی در جوامع در حال تغییر، در سال 1968 سامان سیاسی در جوامع دست‌خوش دگرگونی، در سال 1969، ترجمه شده توسط محسن ثلاثی برخورد تمدن‌ها و بازسازی نظم جهانی، در سال 1993، ترجمه شده توسط حميد محمد علی  موج سوم دموکراسی در پایان سده 20، در سال 1994، ترجمه شده توسط احمد شهسا چالش‌های هویت در آمریکا، در سال 2005، ترجمه شده توسط محمد رضا گلشن پژوه  چند جهانی شدن - گوناگونی فرهنگی در جهان کنونی، در سال 2005، ترجمه شده توسط علی کمالی و لادن کیانمهر ما چه کسی هستیم؟، در سال 2004  

دستیار تحقیقات امور دفاعی در مؤسسه مطالعاتی بروکینگز در سال‌های 1952 - 1953 پژوهشگر شورای تحقیقات علوم اجتماعی آمریکا در سال‌های 1954 – 1957 دستیار مؤسسه جنگ و صلح در دانشگاه کلمبیای نیویورک در سال 1958 هماهنگ‌کننده دفتر طرح و برنامه‌ریزی شورای امنیت ملی آمریکا در دوره برژینسکی در سال‌های 1977 - 1978 تحلیلگر امور دفاعی و استراتژیک در وزارت دفاع و امورخارجه آمریکا از سال 1985 تا پایان عمر رئیس انجمن مطالعات علوم سیاسی آمریکا در سال‌های 1986 - 1987 بنیان‌گذار و سردبیر مجله «سیاست خارجی» (Foreign Affairs) در سال‌های 1970 - 1977  

هانتینگتون از دههٔ 1960 در محافل دانشگاهی نام‌آور بود. موضوع‌های پژوهشی او در آغاز نظریهٔ دموکراسی و مدرنیزاسیون بودند. او در سال 1993 در مقاله‌ای جنجال برانگیز که در نشریهٔ «سیاست خارجی» منتشر کرد، نظر خود را در مورد درگیری تمدن‌ها مطرح ساخت و با این مقاله پرآوازه شد. هنری روسوفسکی، استاد دانشگاه هاروارد و یکی از دوستان نزدیک هانتینگتون از وی به عنوان مهم‌ترین چهره علوم سیاسی در 50 ساله گذشته یادکرده است.  زیبیگنیف برژینسکی، مشاور سابق امنیتی آمریکا، درباره شخص هانتینگتون می‌گوید: «وی فردی ثابت‌قدم و مقاوم بود. در بحث‌ها از خود بردباری و استقامت نشان می‌داد.» هانتینگتون خود بر این نظر بود زمانی که یک دانشمند مطلب جدیدی برای گفتن ندارد، باید سکوت کند.   فرهنگ آنگلوپروتستانی، شاه بیت هویت ملی آمریکایی  از دیدگاه ساموئل هانتینگتون، جامعهٔ آمریکا اساساً یک جامعه انگلوپروتستانی است و علی رغم این که بنیان‌گذاران و ساکنان اولیهٔ آن از فرهنگ‌های مختلفی بودند، ولی فرهنگ آنگلوپروتستانی بر تمامی آن‌ها غلبه داشته است و همین مسئله در واقع شاه‌بیت هویت ملی آمریکایی به شمار می‌رود. هانتینگتون دربارهٔ تمدن آمریکایی دیدگاه نسبتاً جالبی دارد و بر این باور است که اگر ساکنان اولیه و به عبارتی بنیان‌گذاران آمریکا از ملیت‌های ژرمنی، ایرلندی و ملیت‌های اروپای مرکزی و اروپای شرقی نمی‌بودند و مثلاً اسپانیولی تبار و یا مکزیکی تبار می‌بودند ما قطعاً شاهد ظهور آمریکایی در قد و قامت کنونی آن نبودیم و آمریکا به شکل یک کشور عقب‌مانده و در خوش‌بینانه‌ترین حالت به شکل یک کشور متوسط ظاهر می‌شد. (به عبارتی دقیق‌تر منظور هانتینگتون از بیان این نکته، برتر جلوه دادن فرهنگ و نژاد آنگلوساکسونی بر دیگر نژادهای موجود در جهان می‌باشد.)   تعریف فرهنگ انگلوپروتستانی: واژه ی «انگلو» به معنی نژاد انگلیسی است که به آمریکا مهاجرت کردند و «پروتستان» نیز شاخه‏ای از مسیحیت است؛ بنابراین «انگلوپروتستان‏ها» انگلیسی تبارهایی هستند که به آئین پروتستانی اعتقاد دارند.  

هانتینگتون یکی از محققانی است که دغدغه‌های عملی را در چارچوب آکادمیک و نظری درآمیخته است. تقریباً تمام آثاری که هانتینگتون به نگارش درآورده به نوعی با دغدغه‌های منافع ملی کشورش آمریکا در ارتباط بوده است. پژوهش‌های او گرچه عمدتاً در مقام و تبیین و تشریح پدیدارهای سیاسی بوده‌اند، لیکن این تبیین همیشه به نحوی انجام شده است که بتوان از آن توصیه‌هایی راهبردی نیز برای سیاستمداران خصوصاً آمریکایی استخراج کرد و به نوعی راهنمایی قابل اتکا، معتبر و علمی برای عمل سیاسی فراهم ساخت. بر همین اساس می‌توان آثار هانتینگتون در چند دهه فعالیت علمی پربارش را به سه دسته اصلی تقسیم کرد:   دوره اول: توجه به نظم و ثبات سیاسی دسته اول آثار او در دوره جنگ سرد (طی دوران چهل ساله جنگ سرد، جهان به دو قطب مشخص شرق و غرب به رهبری شوروی و ایالات متحده آمریکا تقسیم شده بود.) جای می‌گیرند و بازتاب دغدغه‌های آمریکای آن دوره هستند. برجسته‌ترین اثر هانتینگتون که نماینده آثارش در این دوره است کتاب «سامان سیاسی در جوامع دست‌خوش دگرگونی» است که چنانکه از نامش پیداست مهم‌ترین دل مشغولی‌های آن ثبات، نظم و نهادمندی سیاسی در دنیای پس از جنگ جهانی دوم است.   دوره دوم: توجه به دموکراسی دغدغه اصلی هانتینگتون در دوره دوم فعالیت‌های فکری‌اش، دموکراتیزاسیون است. بر همین مبناست که مقالات و کتاب اصلی‌اش در اواخر دهه 1980 و اوایل دهه 1990 تماماً به این موضوع اختصاص دارند. او در این زمینه نیز همانند مباحث قبلی‌اش ورودی مبتکرانه دارد.‌ هانتینگتون برای اولین بار مفهوم «موج» دموکراتیزاسیون را مطرح می‌کند. این دید تحلیلی هانتینگتون در برابر تحلیل‌های دیگر از دموکراتیزاسیون قرار می‌گیرد. مهم‌ترین اثر او در این دوره، کتاب «موج سوم» دموکراتیزاسیون است. هانتینگتون در ابتدای کتاب «موج سوم» خود به صراحت از تغییر دغدغه‌هایش و تحول کلانی که در سیاست جهانی در حال انجام است، خبر می‌دهد: «موضوع کتاب بسیار مهم و شاید مهم‌ترین موضوع درباره گسترش سیاست جهانی در پایان سده بیستم است. گذار حدود 30 کشور غیر دموکراتیک به نظام سیاسی دموکراتیک... کتاب قبلی من درباره تغییر سیاسی به مسئله استقرار سیاسی اختصاص دارد. آن کتاب را از این روی نوشتم که می‌پنداشتم نظم سیاسی چیز خوبی است... در کتاب حاضر نیز نظر خود را روی موضوع دموکراتیزاسیون متمرکز کرده‌ام. آن را بدین جهت نوشتم که به نظرم دموکراتیزاسیون به خودی خود چیز خوبی است...»    دوره سوم: توجه به تمدن‌ها  نظرات هانتینگتون در دوره سوم شاید مشهورترین و مناقشه برانگیزترین آرایی باشد که او طی عمر علمی‌اش مطرح ساخته است. فرضیه اصلی هانتینگتون در تز «برخورد تمدن‌هایش» این است که نقطه اصلی تعارض در جهان نو پس از جنگ سرد نه سرشت اقتصادی و نه سرشت ایدئولوژیک بلکه ماهیتی فرهنگی دارد. او همچنان با جریان اصلی در روابط بین‌الملل موافق است که دولت‌های ملی نیرومندترین بازیگران در عرصه جهانی باقی خواهند ماند، لیکن بر آن است که درگیری‌های اصلی در صحنه سیاست جهانی، میان ملت‌ها و گروه‌هایی با تمدن‌های مختلف روی خواهد داد.‌ هانتینگتون بر آن است که برخورد تمدن‌ها در نهایت بر سیاست جهانی سایه خواهد افکند و خطوط گسل بین تمدن‌ها سنگرهای نبرد را تعیّن خواهند بخشید. هانتینگتون بر آن است که تقسیم‌بندی دنیا در زمان جنگ سرد به سه جهان اول، دوم و سوم دیگر موضوعیت ندارد. اکنون گروه‌بندی کشورها بر اساس فرهنگ و تمدنشان مفیدتر است. منظور از تمدن نیز یک موجودیت فرهنگی است. تمدن در حقیقت بالاترین گروه‌بندی فرهنگی و گسترده‌ترین سطح هویت فرهنگی است که انسان از آن برخوردار است. مهم‌ترین اثر وی در این دوره کتاب «برخورد تمدن‌ها و بازسازی نظم جهانی» است.  

در کتاب «سامان سیاسی در جوامع دست‌خوش دگرگونی» مسئله محوری دموکراسی نیست، بلکه بیش از آن، نظم و ثبات سیاسی است. وی تصریح می‌کند «مهم‌ترین تمایز سیاسی میان کشورها نه از صورت حکومت بلکه از درجه حکومتشان مایه می‌گیرد.» منظور وی از درجه حکومت میزان برخورداری از وفاق، مشارکت اجتماعی، مشروعیت، سازماندهی، کارایی، استواری و پایداری است و تفاوت در درجه حکومت نیز از تفاوت میان دموکراسی و خودکامگی اهمیت بیشتری دارد. بنابراین مسئله اصلی در تأسیس، سامان و نظم از نظر هانتینگتون، قدرت سیاسی است؛ اما راه رسیدن به قدرت سیاسی، سازماندهی است. از سوی دیگر سازماندهی «بنیاد استواری، ثبات و پایداری سیاسی» و در نتیجه پیش شرط آزادی سیاسی نیز به شمار می‌آید. هانتینگتون کتاب «سامان سیاسی در جوامع دست‌خوش دگرگونی» را این‌گونه به پایان می‌برد: «در جهان دست‌خوش نوسازی، آن کسی بر آینده نظارت خواهد داشت که سیاستش را سازمان داده باشد.»   اعتقاد به مطلق‌انگار بودن اسلام و کنفسیوسیانیسم عبدالشریف ولدبیگی (عبدالشریف ولدبیگی فوق لیسانس علوم سیاسی، مدرس دانشگاه و فعال در حوزه خبر و نویسندگی) در هفته نامه خبری تحلیلی «پنجره» به بیان نکاتی در خصوص این کتاب پرداخته و می‌گوید: «هانتینگتون در کتاب «سامان سیاسی در جوامع در حال دست خوش»، به بررسی توسعه در کشورهای جهان سوم می‌پردازد. او تحقیق خود را با این سؤال که «آیا تعداد کشورهایی که از دموکراسی برخوردارند در حال افزایش است یا کاهش؟» شروع می‌کند، با بررسی جوامع در حال توسعه و مقایسه آنان با کشورهای پیشرفته، درصدد است با متغیرهای جدیدتری در این حوزه به مطالعه و تحقیق بپردازد؛ بنابراین برای پاسخ دادن به سؤال خود، علاوه بر مؤلفه ثروت و برابری، بر چند مؤلفه دیگر یعنی ساخت اجتماعی، عامل خارجی و بستر فرهنگی تأکید و چارچوب این مؤلفه‌ها را تبیین می‌کند. وی مدعی است مذاهب موجود در دنیا به دو دسته تقسیم می‌شوند: مصرف‌گرا و ابزارگرا. در بررسی‌های هانتینگتون، مذهب هندو به دلیل دارا بودن کارکرد تساهل و تسامح با مذاهب و نگرش‌های دیگر، قابلیت پذیرش دموکرسی را نیز داراست؛ اما از نگاه وی برخی مذاهب دیگر مانند کنفسیوسیانیسم و اسلام به دلیل این‌که نگاهی مطلق‌انگار دارند، قابلیت پذیرش نحله‌های دیگر فکری، مذهبی و فلسفی را ندارند. هانتینگتون با این مقدمه‌چینی، چنین نتیجه می‌گیرد که در کشورهای اسلامی و کشورهایی نظیر چین، کره و... به دلیل غلبه آموزه‌های دینی، دموکراسی قابلیت اجرا ندارد. به نظر می‌رسد که این نگاه هانتینگتون نیز ناشی از شناخت ناقص وی از جوامع اسلامی و دین اسلام است؛ زیرا اولاً کشورهای اسلامی را یک کلیت واحد می‌داند که ساخت دینی حاکم بر آن‌ها کاملاً یکسان و یکنواخت بوده است که در عالم واقع، چنین اصلی واقعیت خارجی نمی‌تواند داشته باشد؛ زیرا ساختار سیاسی و فرهنگی جوامعی مثل ایران و عربستان کاملاً متفاوت از هم است و نمی‌توان این دو کشور را با همدیگر مقایسه کرد. از سوی دیگر، وجوه مذهبی و سیاسی دو کشور ایران و عربستان از هم متمایز است. از آنجا که هانتینگتون نسبت به آموزه‌های اسلامی هیچ‌گونه ورودی ندارد و نمی‌تواند ادعا کند اسلام‌شناس است، تحلیل او از مذاهب، به خصوص دین اسلام کاملاً ناقص و وارونه است.»   تعریف کنفسیوسیانیسم: از دین‏های آسیای شرقی بود که توسط کنفوسیوس (Confucius) حکیم و سیاست‌مدار چینی بنیان گذاری شد که با وجود مقبولیت عامه، پس از چندی از رونق افتاد و جای خود را به آئین بودا داد.  

ايده برخورد تمدن‏ها از سوی «ساموئل هانتينگتون» در مقاله‏ای كه تابستان 1993 در نشريه «روابط خارجی» به چاپ رساند، مطرح گرديد و نقد و تحليل‏های بسياری را برانگيخت. این مقاله در ميان موافقان و مخالفان اين ايده، اهميتی وافر يافت چنان كه خود هانتينگتون اصل آن مقاله را به همراه مجموعه ای از مباحث توضيحی و پاسخ خود به برخی از نقدها و نيز توضیح هر چه بيشتر منظورش را در كتابی تحت عنوان «برخورد تمدن‏ها و بازسازی نظم جهانی» به رشته تحریر در آورد.   محتوای کتاب  در یک شمای کلی باید گفت که این کتاب در مورد زوال‌پذیری تمدن غرب است و تأکید بر این که چگونه می‌توان از فروپاشی آن ممانعت نمود. او این پرسش را مطرح می‌کند که آیا غرب می‌تواند زوال خود را متوقف سازد؟ او معتقد است که هر تمدنی دوران چهارگانه «تولد، رشد، بلوغ و مرگ» را طی خواهد کرد؛ و تمدن غرب نیز لاجرم این مسیر را طی خواهد کرد و اگر فرهنگ، رشد سرمایه‌گذاری نداشته باشد افول خواهد کرد.  جهانی شدن یک پروسه است که این پروسه حلقه‌های گسسته از هم دارد و تحقق آن سخت به نظر می‌رسد؛ اما با این حال هشدار می‌دهد که علی‌رغم وجود فرصت‌های خوب برای غربی‌ها، تهدیدهایی نیز برای آنان وجود دارد. بزرگ‌ترین تهدید هویت‌های جدیدی است که قد علم می‌کند. امروزه ملل دنیا با بازگشت به هویت خویش بزرگ‌ترین تهدید را برای غرب رقم زده‌اند. او معتقد است که اگر هم بگوییم قدرت و تکنولوژی در اختیار دنیای غرب است، اما نباید از قدرت نرمی که در اختیار شرقی‌ها - اسلام و آسیا- است غافل بود. او به کشوری مثل ایران اشاره می‌کند که به مثابه یک قدرت نرم به شمار می‌آید؛ چرا که دارای محبوبیتی چشم‌گیر در میان جوامع ضد غربی است. او با این مقدمات نتیجه گیری می‌کند که توازن یک طرفه دنیای غرب از بین می‌رود و در میان تمدن‌های دیگر توزیع می‌شود.  او در این کتاب اشاره می‌کند که آینده جهان بر اساس کنش و واکنش بین هفت یا هشت تمدن اصلی شکل خواهد گرفت: تمدن غربی، تمدن کنفوسیوسی، تمدن ژاپنی، تمدن اسلامی، تمدن هندو، تمدن اسلاوی-ارتدوکس، تمدن آمریکای لاتین و احتمالاً تمدن آفریقایی. وی این تقسیم‌بندی را از آرنولد توین بی (Arnold Toynbee) برگرفته است که در پایان جنگ جهانی دوم، تمدن‌ها را بر اساس تعلقات دینی تقسیم‌بندی کرده بود.   خلاصه فصل‌های کتاب کتاب برخورد تمدن‌ها از دوازده فصل تشکیل شده است. در زیر خلاصهٔ مطالب طرح‌شده در هر فصل آورده شده است: فصل اول: ارائه چهار الگو پس از جنگ سرد «تک جهانی - قطبی، دو جهانی- قطبی- تئوری واقع‌نگر- 184 کشور، هرج و مرج نظر خود او: نظام چند تمدنی.» فصل دوم: روابط تمدنی چهارگانه: تأثیرگذاری، عدم رابطه، تعامل و تقابل. فصل سوم: بررسی اندیشه تک تمدنی- نظریه فرانسیس فوکویاما- و تبیین مؤلفه‌های تمدن غرب و واکنش‌های سایر تمدن‌ها در برابر تمدن غرب. فصل چهارم: بررسی مؤلفه‌های افول غرب (قلمرو، جمعیت، اقتصاد، توانایی نظامی، احیای فرهنگ‌های غیر غربی، بازگشت به خداوند) فصل پنجم: بررسی تمدن‌های مبارزی مانند اسلام و آسیای شرقی که با بازگشت به هویت خویش در برابر تمدن غرب قد علم کرده‌اند. فصل ششم: بحث در مورد هویت و نقش بسیار مؤثر آن در واگرایی یا هم گرایی جهان امروز. فصل هفتم: بحث پیرامون کشورهای مرکزی و نقش آنان در شکل‌گیری تمدن‌ها. فصل هشتم: شاخصه‌های برخورد غرب با دیگران در مواردی از قبیل حقوق بشر و ... فصل نهم تا یازدهم: به جنگ‌هایی اشاره می‌کند که به اشتباه تصور می‌شود جنگ‌های خطا گونه مرزی است ولی در واقع جنگی هویتی و تمدنی است. فصل دوازدهم: یک جمع‌بندی کلی از کتاب همراه با یک رویکرد سیاست سازی و تصمیم‌گیری پایانی است. 

دلایل هانتینگتون برای برخورد تمدن‌ها وجوه اختلاف بین تمدن‌ها واقعی و اساسی است و این اختلافات از تمایزات ایدئولوژیک و سیاسی مهم‌ترند. کوچک‌تر شدن جهان و افزایش فعل و انفعالات بین ملت‌های وابسته به تمدن‌های مختلف، هوشیاری تمدنی و آگاهی به وجوه اختلاف بین تمدن‌ها و همچنین وجوه اشتراک در درون هر تمدن را شدت می‌بخشد. روندهای نوسازی موجب گسیخته شدن هویت‌های بومی و تضعیف دولت - ملت به عنوان یک منشأ هویتی شده و نهایتاً موجب قوت‌گیری مذهب به عنوان پرکننده این خلأ هویتی شده است. غرب خود بیش از هر چیز موجب نضج و تقویت جریان‌های ضد غربی شده است. تفاوت‌های فرهنگی بسیار دشوارتر از انواع دیگر تفاوت قابل فیصله و مصالحه هستند. منطقه‌گرایی اقتصادی در حال رشد است و به نوبه خود، خودآگاهی تمدنی را تقویت می‌کند. با چنین دلایلی برخورد بین تمدن‌ها صورت خواهد گرفت و این برخورد در دو سطح نیز خواهد بود: در سطح خرد، گروه‌های نزدیک به هم در امتداد خطوط گسل بین تمدن‌ها غالباً با توسل به خشونت به نزاع با یکدیگر می‌پردازند؛ در سطح کلان، دولت‌های وابسته با تمدن‌های مختلف برای کسب قدرت نسبی به رقابت و نزاع با یکدیگر می‌پردازند. هانتینگتون سپس خطوط گسل بین تمدن‌ها را ترسیم می‌کند و در این چارچوب به منازعات مسلمانان و غرب در خاورمیانه و شمال آفریقا، نزاع مسلمانان با سیاهان آفریقا در سودان و مانند آن، درگیری‌های مسلمانان با اسلاو ارتودوکس‌ها، برخورد تاریخی مسلمانان و هندوها در هندوستان، جنگ سرد چین و آمریکا، اختلافات اقتصادی آمریکا و ژاپن به عنوان منازعات روی این گسل‌ها اشاره می‌کند.   برخورد تمدن‌های سایرین با تمدن غرب مضمون بعدی تز برخورد تمدن‌های هانتینگتون، غرب در برابر سایرین است. او اشاره می‌کند که در واقع غرب از نهادهای بین‌المللی، قدرت نظامی و منافع اقتصادی برای اداره کردن جهان به شیوه‌ای که سلطه غرب حفظ شود، منافع غرب تأمین شود و ارزش‌های سیاسی و اقتصادی غرب فراگیر شود، بهره می‌گیرد. همین تفاوت قدرت غرب و دیگر تمدن‌ها خود یکی از مهم‌ترین منابع نزاع غرب و آن تمدن‌هاست. منبع دیگر نزاع نیز از نظر هانتینگتون تفاوت‌های فرهنگی شامل باورها و ارزش‌هاست. حال واکنش‌های تمدن‌های غیر غربی در برابر قدرت و ارزش‌های غرب می‌تواند سه صورت به خود بگیرد. صورت اول کناره‌گیری و انزوا از سیاست جهانی است که در کره شمالی و برمه دنبال شده است. صورت دوم پیوستن به غرب و پیروی از ارزش‌ها و نهادهای آن است. صورت سوم نیز تلاش برای ایجاد موازنه از طریق تقویت قدرت نظامی و اقتصادی و همکاری با دیگر جوامع غربی در برابر آن است. بر همین مبناست که هانتینگتون به پیوند اسلامی کنفوسیوسی اشاره می‌کند. به گفته او آن دسته از کشورهایی که از لحاظ فرهنگی و قدرت، علاقه و توانایی پیوستن به غرب را ندارند، با افزودن بر قدرت خود با غرب رقابت می‌کنند. این رقابت به شکل تسریع در روند پیشرفت‌های داخلی و همکاری با دیگر کشورهای غیر غربی انجام می‌شود که بارزترین نمونه آن ارتباط اسلامی کنفوسیوسی است. به این ترتیب پیش‌بینی می‌شود که کانون درگیری در آینده بسیار نزدیک، بین غرب و چند کشور اسلامی کنفوسیوسی خواهد بود. هانتینگتون بر این باور است که نبرد نهایی بین تمدن اسلام و غرب به دلیل تفاوت‌های بنیادینشان در خطوط گسل خواهد بود و در این مسیر تمدن کنفوسیوسی نیز در کنار تمدن اسلامی در مقابل تمدن غرب خواهد ایستاد.  

ایجاد ترس و وحشت میان شرق و غرب محمد صادقی (نويسنده کتاب فرهنگ‌ها و تمدن‌ها؛ برخورد يا گفت‌وگو) در نقد نظریه تقسیم‌بندی تمدن‌های هانتینگتون میگوید: «هانتینگتون در نگاهی متفاوت به شرایط جهان به نوع جدیدی از برخوردها می‌پردازد و این برخوردها را در اختلافات تمدنی جست‌وجو می‌کند. وی تمدن‌های زنده دنیا را به هشت تمدن بزرگ تقسیم می‌کند و با مشخص کردن خطوط گسل میان تمدن‌ها از زلزله‌ای شدید در تقابل تمدن‌ها خبر داده و نظریه برخورد تمدن‌ها را مطرح می‌کند. نگاه هانتینگتون به تفاوت‌ها و اختلاف‌های تمدن‌ها با یکدیگر، نقاط بحرانی و مرزهای خونین، بسیار جای اندیشیدن دارد؛ اما آنچه در نگرش وی برجسته‌تر به نظر می‌رسد تقابل شرق و غرب و به خصوص تقابل میان تمدن‌های اسلامی کنفوسیوسی و تمدن غرب است. هرچند در این موضوع ابهام و تردید فراوانی دیده می‌شود ولی نکته مهم‌تر که نباید از دید جهانیان و به ویژه اهل فرهنگ و اندیشه دور بماند این است که وی آگاهانه یا ناآگاهانه به ایجاد ترس و وحشت میان شرق و غرب یاری می‌رساند و فاصله‌ای که با خردگرایی، مدارا، بردباری و... می‌تواند کمتر و کمتر شود را گسترش داده و بدون در نظر آوردن شرایط پیچیده در دنیای شرق و دنیای غرب و تفاوت‌های فرهنگی‌شان، ساده‌انگارانه چشم اندازی از آینده ترسیم می‌کند.»   انتقاد برژینسکی از مواضع خصمانه هانتینگتون نسبت به اسلام برژینسکی، در نگاهی انتقادی به نظریه برخورد تمدن‌ها، مشکلات درون تمدنی غرب را خاطرنشان ساخته و نسبت به نوعی لذت گرایی مادی در غرب که در تحلیل نهایی برای بعد معنوی انسان بسیار زیان آور است هشدار می‌دهد و موضع خصمانه و خشمگینانه در برابر اسلام را منطقی نمی‌پندارد. وی در گفت‌وگویی با سردبیر نشریه «نیوپرسپکتیوز کوارترلی» چنین می‌گوید: «فکر می‌کنم ما باید خیلی مواظب باشیم تا موضعی اتخاذ نکنیم که گویا اسلام به خودی خود دشمن ماست، یا اینکه اسلام، مخالف حقوق بشر است.»   نقطه قوت نظریه برخورد تمدن‌ها حسین فرزانه، در روزنامه «قدس»، نظریه برخورد تمدن‌ها را مورد بررسی قرار می‌دهد و می‌گوید: «...یکی از نقاط قوت نظریه تعارض و جدال بین تمدن‌ها آن است که این نظریه واحدی تمدنی را معرفی می‌کند که این واحد بسیار فراتر از همه واحدهایی که ما تاکنون می‌شناخته‌ایم، می‌باشد. این نکته را می‌توان مؤلفه‌ای خوش‌بینانه دانست که در تز تعارض بین تمدن‌ها وجود دارد، زیرا این نکته نشانگر وسعت دیدی است که بشر پیدا کرده است و دریافته است، دایره وی صرفاً قبیله، دولت و ملت خودش نیست، بلکه حوزه‌ای فرهنگی و تمدنی را در بر می‌گیرد. این وسعت می‌تواند تا آنجا گسترش یابد که ما دریابیم این دایره همه بشر را هم دربرمی گیرد و این غایت ایده آل همه ادیان و حکمت‌های معنوی بشر است که چنین دایره گسترده‌ای را برای وسعت دید بشر در نظر می‌گیرند.»   نظریه‌ برخورد تمدنها و هشداری برای سیاستمداران غربی حسین فرزانه معتقد است: «سخنان هانتینگتون را می‌توان به عنوان نظریه‌ای هم دانست که می‌خواهد جلوی کشمکش، خشونت و تعارض را بگیرد و سیاستمداران را به خطرهای فرا روی آن هشدار دهد. این نظریه را می‌توان نظریه‌ای دانست که به پیشرفت بشر اذعان دارد؛ بنابراین برخلاف برخی از سوءتفاهم‌هایی که نسبت به این نظریه ابراز شده، نباید این نظریه را صرفاً بدبینانه در نظر گرفت؛ زیرا این نظریه در خیلی از مواقع، موضع هشدار گونه‌ای را اتخاذ می‌کند تا مغرب زمینی‌ها را به چالش‌ها و بحران‌هایی که با آن روبرو خواهند بود، آگاه کند. از سوی دیگر، این نظریه پیشبرد بشر نسبت به موقعیت پیشینش را به رسمیت می‌شناسد. با این حال، این موقعیت جدید را بدون خلل و مشکل در نظر نمی‌گیرد.»   تمدن‌ها با مؤلفه‌های دینی‌شان معرفی می‏شوند. حسین فرزانه معتقد است: «هم اکنون می‌بینیم که گروه‌های دینی به عنوان نهادهایی مدنی، تأثیری انکارناپذیر بر جوامعی که در آن‌ها زندگی می‌کنند، دارند. علاوه بر این، بسیاری از حوزه‌های تمدنی را می‌توان با تکیه و تأکید بر دینی خاص مشخص کرد. به طور مثال، تمدن‌های چین و ژاپن را می‌توان با ادیان «بودیسم» و «شینتوئیسم» معرفی کرد، همچنان که تمدن هند با بودیسم و هندوئیسم معرفی می‌شود. طبیعی است که تمدن اسلامی هم با تکیه بر دین مبین اسلام معرفی می‌شود و تمدن حوزه بالکان با توجه به مسیحیت ارتودوکس و تمدن غرب هم با مسیحیت کاتولیک و پروتستان شناخته می‌شود. بی‌تردید بخش مهمی از این تمدن‌ها با مؤلفه‌های دینی‌شان معرفی می‌شوند و از این جهت نمی‌توان به آرای هانتینگتون نقد و ایرادی وارد کرد.» 

«مک لوهان»، صاحب نظریهٔ دهکده جهانی، «فوکویاما» نظریه‌پرداز پایان تاریخ، «آلوین تافلر» صاحب نظریه و کتاب موج سوم و «ساموئل هانتینگتون» نظریه‌پردازانی هستند که در باب فلسفهٔ تاریخ و فرجام جهان نظریه‌پردازی کرده‌اند که اتفاقاً این دیدگاه‌ها در جوامع مبتنی بر انسان‌مداری غرب خریداران بسیاری دارد. دیدگاه‌های این افراد با وجود اختلافات جزیی در تحلیل پایان تاریخ و سرنوشت بشر با وجود تفاوت‌های ظاهری، در اصل نظریه باطن و ریشه‌ای یکسان دارد؛ یعنی در همه این نظریه‌ها پایان جهان از آنِ لیبرال دمکراسی دانسته شده است. از نظر اینان لیبرال دمکراسی یگانه قبله‌گاه بشر خواهد بود و همه انسان‌ها به آستان آن سر خواهند سایید. در این اندیشه موعود، شخص خاصی نیست، بلکه موعودی که قرار است لیبرال دمکراسی را در تمام جهان حاکم کند و برای تمام انسان‌ها رهایی‌بخش باشد، ایالات متحده آمریکاست. هانتینگتون معتقد است: «بیشتر مردم و دولت‌مردان، گسترش تسلیحات اتمی و تروریسم بین المللی را دو تهدید اصلی و جدی برای آمریکا دانستند؛ دو موضوعی که عموماً با اسلام همراه است.»   سؤالاتی که نشان می‌دهد امثال هانتینگتون از اسلام می‌ترسند. اما چرا هانتینگتون از میان دیگر تمدن‌های بزرگ جهان بر روی تمدن اسلامی بیش‌ترین تأکید را می‌کند و در واقع حریف نخست تمدن غرب در میدان کارزار تمدن‌ها را تمدن اسلامی می‌پندارد؟ هانتینگتون در آثاری که پس از انتشار نظریهٔ برخورد تمدن‌ها پدید آورده است، شاخصه‌هایی را برای دین و تمدن اسلامی شناسایی می‌کند که به زعم او برای شعله‌ور شدن جنگ میان تمدن‌ها کافی است. به نظر می‌رسد که او و طرفدارانش در این نظریه، ادعای جهانی بودن دین و تمدن اسلام را درک کرده و جدی گرفته‌اند و حال آنکه دیگر ادیان و تمدن‌ها چنین آرمان‌هایی ندارند.   تفاوت‌های اساسی گفتمان مهدویت و جنگ تمدن‌ها دکتر محمد اخوان، در مجله تخصصی «انتظار موعود» به بررسی تفاوت بین مهدویت و تز «برخورد تمدن‏ها» پرداخته است. وی در این خصوص می‏نویسد: «تفاوت گفتمان مهدویت با دیدگاه جنگ تمدن‌ها روشن می‌شود. مهدویت با تکیه بر مکتب غنی و کامل اسلام و با آرمان صلح‌طلبی و عدالت‌خواهی، آینده‌ای امیدبخش را به انسان‌ها نوید می‌دهد. ولی نظریه برخورد تمدن‌ها با دستی تهی از دین و ایدئولوژی و تمدنی رو به زوال، آینده‌ای مبهم و جهانی پر از جنگ و خشونت را وعده می‌دهد! اعتراف هانتینگتون به افول نسبی یا فرسوده‌شدن جدی غرب جای تأمل بسیار دارد. ولی دقیق‌تر از آن این ادعاست که تمدن غرب عملاً جای گزینی نخواهد داشت! در اینکه غرب در سراشیبی سقوط قرارگرفته تردیدی نیست و چه سقوطی بدتر از سقوط و انحطاط اخلاقی.   باور مهدویت و اعتقاد به گسترش عدالت جهانی گفتمان قرآنی و مهدوی این است که سرانجام بندگان شایسته خدا به قدرت رسیده، بساط بیدادگری برچیده خواهد شد. طبق این منطق، آینده روشن و امیدبخش است؛ زیرا اراده همراه با عدل الهی، هیچ‌گاه به ستم، گناه و جباریت رضایت نمی‌دهد؛ به ویژه برای پایان تاریخ نیز صفحه سیاه ستم گری را نمی‌پسندد. اسلام با حکومت دادگستر و نمونه نبوی (ص) آغاز شده است و پس از فترتی با حکومت عدالت محور، اما کوتاهِ علوی تداوم یافته؛ با حکومت سرتاپا عدالت مهدی نیز تداوم خواهد یافت. اسلامی که هانتینگتون آن را جنگ طلب و خطرناک معرفی کرده، در قالب ایده مهدویت برای آینده تاریخ خیر، برکت، نور، هدایت، صلح و هم زیستی را نوید داده، بر بطلان تبعیض در هر چهره‌ای تأکید دارد و این تفاوت عمده‌ای میان دو نظریه مهدویت و جنگ تمدن‌هاست.»   تعهد به انتشار فرهنگ غربی! هانتینگتون ادعا می‌کند: «مشکل اصلی غرب، بنیادگرایی اسلامی نیست، بلکه خود اسلام است؛ تمدنی متفاوت که وابستگان به آن، به برتری فرهنگی خود اطمینان دارند و دل مشغول ناتوانایی‌های خود هستند. مشکل اسلام هم سازمان سیا یا وزارت دفاع آمریکا نیست، بلکه خود غرب است؛ تمدنی متفاوت که ملت‌های وابسته به آن در مورد جهانی بودن فرهنگ خود به یقین رسیده‌اند و معتقدند که قدرت برتر آن‌ها، هر چند در حال افول است، این تعهد را برای ایشان ایجاد کرده که فرهنگ غربی را در سراسر جهان بپراکنند.»   انتقاد مسلمانان تنها مسیحیت تحریف شده است. دکتر محمد اخوان می‏گوید: «انتقاد مسلمانان به غرب این است که به مسیحیت تحریف‌شده وفادار نیستند و آن را نیز به حاشیه رانده و از سیاست جدا کرده‌اند؛ پس حمله‌ای فیزیکی هم در کار نیست؛ اما درعین‌حال، اسلام با مقررات عادلانه و انسانی‌اش در باب جهاد با دشمن که در کتاب جهاد فقه اسلامی بیان‌شده نشان داده که نه با سلاح‌های ضد انسانی کشتار جمعی میانه‌ای دارد و نه از ترور حمایت کرده است.»   تمدن غرب نجات بخش بشریت! هانتینگتون در لفافهٔ نظریه برخورد تمدن‌ها، آینده و چشم‌انداز جهان را پس از مدتی جنگ و درگیری فرهنگی و تمدنی از آنِ تمدن سرمایه‌داری و لیبرالیستی غرب می‌داند که به باور او روزگاری جهانیان یکپارچه به کاروان تمدن غرب ملحق خواهند شد، همان‌گونه که تمدن ژاپنی و تا حدودی تمدن‌های آمریکای لاتین و پروتستانیسم روسی و اروپای شرقی چنین کرده‌اند.   تفاوت نگرش اسلام و هانتینگتون به آیندهٔ جهان تِز «برخورد تمدن‌ها» از لحاظ سیاسی متکی بر لیبرالیستی و از لحاظ اقتصادی بر سرمایه‌داری استوار است. هانتینگتون و هم قطارانش پنداشته‌اند که این ویژگی‌های تمدن غرب علی‌رغم مخاطراتی که تمدن اسلام برای آن‌ها دارد روزی فراگیر خواهد شد و نظام جهان تک قطبی خواهد شد که محور آن تمدن غرب به سرکردگی ایالات متحده خواهد بود، درحالی‌که در حکومت جهانی حضرت مهدی (عج) نظام تک قطبی معنا و مفهوم دیگری دارد. در این نظام هیچ قطب حاکم و یا مسلط بر جهان وجود نخواهد داشت. بلکه هر قدرتی با توجه به رشد اخلاقی و پیشرفت در تمدن و رفتار اجتماعی نقش ایفا خواهد کرد. مردم جهان در یک زندگی مسالمت‌آمیز و بدون تبعیض و برخوردار ادامه زندگی خواهند داد. کشورها از هرگونه دخالت در امور داخلی یکدیگر و کارشکنی نسبت به تصمیمات یکدیگر پرهیز خواهند کرد.   اعتراف‌نامهٔ پایانی هانتینگتون چشم‌اندازهایی که هانتینگتون در قالب این نظریه از آینده و فرجام جهان ارائه می‌دهد، آن قدر خام و پر تناقض و تضاد است که با انتشار آن در سال 1993 افکار عمومی و انتقادات بی‌شمار اندیشمندان را در سطح جهان علیه خود برانگیخت و با طرح «گفتگوی تمدن‌ها» توسط سید محمد خاتمی در سال 1998 و استقبال چشمگیر جامعه جهانی از این ایده، نظریهٔ برخورد تمدن‌ها از اعتبار افتاد تا جایی که هانتینگتون خود از گفتگو حمایت کرد و به قضاوت‌های اشتباه گذشته‌اش نسبت به تمدن اسلامی اعتراف نمود: «تمدن اسلامی تا به حال پابرجا مانده و این دلیلی بر امکان بازگشت مجدد مسلمانان برای رهبری جهان است. در کتابم به نام «برخورد تمدن‌ها» گفته بودم، بی‌گمان قضیهٔ اسلام یکسره خواهد شد و کار این تمدن به پایان خواهد رسید، اما اکنون پس از مشاهدات و ملموسات، دریافتم که نظریهٔ پیشین من در مورد اسلام و تمدن اسلامی که آن را پایان‌یافته می‌دانستم اشتباه بوده است. من اکنون باور دارم که تمدن اسلامی، تمدنی ماندگار و پایاست.»  

سید محمد هاشمی در مقاله‌ای تحت عنوان «هانتینگتون و تمدن اسلامی» در «اعتماد» به نقد اختلاف اساسی بین اسلام و مسیحیت می‌پردازد و می‌نویسد: «پس از فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی یکی از دو ابرقدرت جهان از دور خارج شد و جنگ سرد پایان یافت، درحالی‌که امریکا به عنوان تنها ابرقدرت در دنیا باقی ماند. هانتینگتون فرهنگ و تمدن غربی را بر بنیان فرهنگ اروپایی و مسیحیت غربی قرار می‌دهد و تضاد میان تمدن اسلامی و تمدن غربی را تضادی ماهوی و ناشی از جبر تاریخی جلوه گر می‌سازد و با این فرض به چنین نتیجه‌گیری می‌رسد که غرب باید برای جلوگیری از احیای تمدن اسلامی آماده شود.   نگاهی به پیشینهٔ روابط بین مسلمانان و مسیحیان حال باید بررسی کرد که آیا تضاد میان اسلام و مسیحیت یک تضاد بنیانی است و جنگ‌های صورت گرفته بین این دو تمدن در طول تاریخ به واقع جنگ میان اسلام و مسیحیت به شمار می‌آید؟ برای پاسخ به این پرسش‌ها باید به تاریخ اسلام و به خصوص سیره نبوی نظری بیفکنیم. مسلمانان هنگامی که در ابتدای بعثت پیامبر اسلام (ص) در مکه تحت ظلم و ستم و شکنجه مشرکان مکه قرار داشتند بنا به دستور پیامبر اسلام (ص) که فرمود: «خوب است شما به سرزمین حبشه که سرزمین درستی و صداقت است، بروید زیرا در آنجا پادشاهی است که در سایه حمایت او به کسی ظلم و تجاوز نمی‌شود و با هجرت بدان مرز و بوم موقتاً خود را از چنگال این مردمان آسوده سازید» به حبشه هجرت کردند. پیامبر اسلام (ص) سرزمینی مسیحی را برای پناه بردن مسلمین از ستم مشرکان مکه انتخاب کرد و نجاشی پادشاه مسیحی حبشه به رغم پیشنهاد هدیه‌های فراوان، حاضر به تحویل دادن مسلمانان به قریش نشد، زیرا دین اسلام را به مسیحیت بسیار نزدیک می‌دید. پیامبر اسلام (ص) در زمانی که در مدینه ساکن بود با فرستادگان مسیحیان نجران به گفت‌وگو نشست و آن‌ها را به دین اسلام فراخواند و آن‌ها را به زور مجبور به پذیرش اسلام نکرد و حتی در زمان اوج قدرتش در عربستان هیچ‌گاه بر آن‌ها سخت نگرفت.    بنیان اصلی اسلام و مسیحیت یکی است. دین اسلام و دین مسیحیت هر دو از ادیان ابراهیمی به شمار می‌آیند و منشأ هر دو دین یکی است. پس اختلاف آن‌ها بنیانی نیست چون بنیان هر دو دین بر اساس پرستش خداوند یگانه است.    لشکرکشی و جنایات سلاطین ربطی به دین اسلام نداشت. ولی آنچه را که هانتینگتون با ارائه مثال تاریخی به عنوان نبرد اسلام و مسیحیت مطرح می‌کند، ربطی به اسلام ندارد زیرا خلفای اموی، عباسی و عثمانی بر اساس سیره پیامبر (ص) حکومت نمی‌کردند. آن‌ها در حقیقت نظامی سلطنتی بر پا کردند و برای به دست آوردن مشروعیت پوششی از اسلام روی آن کشیدند و برای حفظ قدرت از هیچ جنایتی روی‌گردان نبودند مانند فاجعه کربلا، قتل فرزندان پیامبر اسلام (ص) در دوره اموی و عباسی، قتل‌عام شیعیان در زمان سلطان سلیم عثمانی، زندانی کردن و به شهادت رساندن امامان شیعه (ع)، به زندان افکندن و تازیانه زدن پیشوایان اهل سنت و...  پس عمل این سلاطین و خلفا ناشی از قدرت‌طلبی و میل به افزودن بر قلمرو ارضی و به دست آوردن منابع مالی بیشتر بود و لشکرکشی و جنایات آن‌ها ربطی به دین اسلام نداشت.   عامل اصلی چالش‌ها،تقدم منافع اقتصادی بر اخلاق سیاسی است.  هانتینگتون بنا بر چنین فرض غلطی به لحاظ تاریخی به ایراد نظریه‌ای پرداخته که می‌تواند در جهت اختلاف‌افکنی میان تمدن اسلامی و تمدن غربی به کار گرفته شود. در حقیقت مسلمانان خواهان رسیدن به توسعه و مدرنیزاسیون با حفظ هویت خویش هستند و آنچه باعث اختلاف آن‌ها با کشورهای توسعه‌یافته شده در تفاوت تمدنی و فرهنگی‌شان نیست بلکه از فزون‌خواهی کشورهای توسعه یافته و عدم احترام آن‌ها به رابطه برابر با کشورهای در حال توسعه نشأت می‌گیرد. هانتینگتون با تقسیم‌بندی نادرست تمدن اسلامی به سه شاخه فرعی مالایی، ترکی و عربی دو شاخه بزرگ دیگر تمدن اسلامی، تمدن ایرانی و تمدن شبه قاره هند را نادیده گرفته است که اثرات بسیاری در حرکت و جنبش جهان اسلام به سمت نوسازی داشته‌اند. تمدن‌های عمده اسلامی نه تنها با تمدن غربی به صورت بنیانی در تنازع قرار ندارند بلکه آنچه سبب اختلاف و چالش است ناشی از سیاست‌هایی است که منافع اقتصادی را بر اخلاق سیاسی مقدم می‌دارد و باعث چالش میان کشورهای توسعه یافته و در حال توسعه می‌شود.»  

در گفتگویی که از ساموئل هانتینگتون در ماهنامه «سیاحت غرب» آمده، وی اذعان داشته تمدن‌هایی که غرب را به چالش خواهند کشید نه تمدن سنتی که تمدن‌های اسلام و چین خواهند بود و در آینده بزرگ‌ترین تمدن‌های چالش گر برای ایالات متحده و تمدن غرب خواهند بود. هانتینگتون دلیل این ادعای خود را چنین بیان کرد:   پویایی اقتصادی چین و مشکل‌آفرینی برای غرب «در مورد چین، این پویایی اقتصادی این کشور است که نوعی اعتماد به نفس در مسایل جهانی به آن بخشیده و آن را به کشوری جسور تبدیل کرده است. به درستی کسی نمی‌تواند بگوید که آیا رشد اقتصادی این کشور همچون سال‌های گذشته ادامه خواهد یافت یا نه چرا که این احتمال وجود دارد که چین هم با رکود اقتصادی مواجه شود؛ اما در صورتی که این رشد ادامه یابد بی‌شک چین بیش از پیش از خود جسارت نشان می‌دهد و انتظار می‌رود که به عنوانی یک قدرت جهانی بزرگ و البته نه بزرگ‌ترین قدرت جهانی ظهور نماید. البته شکی نیست که این کشور به بزرگ‌ترین قدرت آسیای شرقی تبدیل خواهد شد. ایالات متحده به طور سنتی از مخالفین استیلای یک قدرت واحد بر اروپای غربی و نیز آسیای شرقی است و اساساً جنگ با ژاپن هم بیش از همه به این واقعیت بازمی‌گشت.   پویایی جمعیت در کشورهای اسلامی و مشکل آفرینی برای غرب  اما موضوع بعدی به اسلام بازمی‌گردد؛ تمدنی که چالش آن تا حدودی متفاوت از دیگر چالش‌هاست. چرا که این تمدن اساساً ریشه در نوعی پویایی جمعیتی دارد. رشد بالای زاد و ولد که در اکثر کشورهای اسلامی شاهد آن هستیم و نیز این واقعیت که امروزه با افزایش ناگهانی جمعیت گسترده جوانان در اکثر کشورهای مسلمان روبروییم، این چالش را متفاوت از دیگر چالش‌ها ساخته است. امروزه بیش از 20 درصد جمعیت جهان اسلام را جوانان 15 تا 25 ساله به خود اختصاص داده است. بله از همین روست که به عقیده مورخین و جامعه شناسان، رویدادهای پیش روی ما، رویدادهایی مشکل آفرین خواهند بود.   توصیه‌های هانتینگتون به ایالات متحده  هانتینگتون برای جنگ مورد ادعای آینده که پیش بینی کرده است توصیه هایی را به ایالات متحده آمریکا ارائه داد. وی معتقد بود: «در وهله نخست، ایالات متحده باید بیش از پیش به شناخت دنیای پیرامونش بپردازد. به عقیده من، ما با نوعی حالت انکار به دنیای کنونی نگاه می‌کنیم و از همین روست که هنوز هم اسیر پیامدهای سقوط بلوک شرق و پدیده‌ای با عنوان پایان تاریخ هستیم؛ پدیده‌ای که البته اتفاق نیفتاده است. ما در تطبیق خود با این دنیای به شدت پیچیده به قدر کافی موفق نبوده‌ایم؛ دنیای که در آن شاهد رقابت‌های قومی در تمدن‌های مختلف بوده این که نمونه‌های بارز آن در یوگسلاوی، آسیای مرکزی، قفقاز، شبه‌قاره و مهم‌تر از همه در خاورمیانه بوده است و در همه این موارد، بیم تشدید شرایط حاضر وجود داشته است. همچنین معتقدم که سیاست خارجی آمریکا صریحاً باید به کشمکش‌ها و اختلاف‌های درون تمدنی که ما را به چالش خواهد کشانید، توجه خاصی داشته باشد. به علاوه باید بیش از پیش به فکر پاسداری از خود بوده و روابط خود را با متحدان اروپایی بیش از پیش تقویت کنیم؛ موضوعی که به عقیده من مورد غفلت ما بوده است. همچنین باید تلاش کنیم تا چین را کنترل کنیم و از گسترش تأثیر و نفوذ آن بر دیگر جوامع آسیایی بکاهیم. مشکل اساسی آن است که ما باید با دیگر کشورهای آسیایی همکاری داشته باشیم؛ اما آیا ژاپن و دیگر کشورهای آسیایی تمایلی به محدود ساختن چین همپای ما دارند؟ این موضوعی است که نسبت به آن تردید دارم.   تقویت صرف شرایط نظامی و اقتصادی تمدن نیست. باید به اروپا نزدیک‌تر شویم تا بدین وسیله اتحاد خود در تمدن غرب را تقویت کنیم. تقویت صرف شرایط نظامی و اقتصادی این تمدن نیست، بلکه باید به مسایل اخلاقی و تقویت ارزش‌های غربی نیز بپردازیم. باید به تأیید این موضوع بپردازیم که ارزش‌های غرب، ارزش‌هایی جهانی است. نکته دیگر توجه به این مهم است که جوامع آسیایی و کشورهای مسلمان به نحوی فزاینده نسبت به تلاش ما در همراه نمودن آن‌ها با ارزش‌هایمان از خود نفرت نشان می‌دهند.»   حـفـظ و تـقویت تمدن غربی، درخواست هانتینگتون از رهبران غرب مرتضی شیرودی، عضو هیئت‌علمی پژوهشکده تحقیقات اسلامی سپاه، در مقاله‌ای با عنوان «انقلاب اسلامی و چیستی نظام آینده جهانی» به بررسی نظریات در خصوص نحوهٔ وقوع انقلاب‌ها می‌پردازد و می‌نویسد: «هـانـتـیـنـگـتـون از رهـبران غربی می‌خواهد که بکوشند کیفیت تمدن غربی را بازسازی و نـگـهبانی نمایند. این مسئولیت را بیش از آن که متوجه اروپا بداند، متوجه آمریکا می‌داند. از نـگـاه او بـرای حـفـظ و تـقویت تمدن غربی، تعقیب و تحقق اهداف زیر اجتناب‌ناپذیر است: اول: دست‌یابی بـه هـم گـرایی سیاسی، اقتصادی و نظامی بیش‌تر و هماهنگ کردن سیاست‌ها بـا ایـن هـدف کـه کـشـورهای متعلق به تمدن‌های دیگر، اختلافات خود را با کشورهای غربی حل کنند. دوم: پـذیرش جایگاه روسیه به عنوان کشور کانونی آیین ارتودوکسی و یک قدرت محلی عمده با منافعی مشروع در حفظ امنیت مرزهای جنوبی خود. سوم: ادغـام کـشـورهای غربی اروپای مرکزی در اتحادیه اروپایی و ناتو یعنی کشورهای گروه ویسگراد، جمهوری‌های حوزه بالتیک، اسلوونی و کرواسی.  چهارم: کـمـک بـه غـربـی شـدن آمـریـکـای لاتین تا حد امکان و ایجاد پیوندهای نزدیک‌تر بین کشورهای آمریکای لاتین با غرب.  پنجم: محدود کردن گسترش قدرت نظامی متعارف و غیرمتعارف کشورهای مسلمان و چین.  ششم: کند کردن شتاب دور شدن ژاپن از غرب و ممانعت از نزدیک شدن این کشور به چین.  هفتم: حفظ برتری تکنولوژیک و نظامی غرب بر تمدن‌های دیگر. بـا تحقق این اهداف که تحقق بخشی از آن آغاز شده، دیگر فرهنگ‌ها و تمدن‌ها یا باید نـابـود شـونـد و یـا بـه اطـاعـت مـحـض غـرب تـن در دهـند.  

ساموئل هانتینگتون در گفت‌وگویی با شبکه «CNN ترک» به بیان دیدگاه‌های خود را در مسائل گوناگون پرداخت. او معتقد بود که بسیاری از نظریه‌هایی که در کتاب «برخورد تمدن‌ها» بود، به واقعیت پیوسته است. وی در این خصوص می‌گوید: «می‌توانم چنین چیزی بگویم. شاید برخلاف میل خودم هم محق بودم. بعد از 11 سپتامبر، واکنش آمریکا را دیدیم. جورج بوش، رئیس جمهوری وقت آمریکا، با تصمیم خود برای حمله به عراق، این واکنش را تندتر کرد که البته به نظر من، عاقلانه نبود و بر اساس دلایل قابل قبولی صورت نگرفت. بوش این حمله را به عنوان بخشی از مبارزه با تروریسم نشان داد اما این به هیچ‌وجه ارتباطی به مبارزه با تروریسم نداشت.» هانتینگتون جنگ بین افغانستان و آمریکا را مورد توجه قرار داده و گفت: «این دو جنگ «برخورد تمدن‌ها» را عمیق‌تر کرده چون بوش همان طور که گفتم، از جنگ عراق به عنوان جنگ علیه تروریسم نام برد، اما مسلمانان جهان این نبرد را حمله‌ای علیه اسلام شمردند. بسیاری از مسائلی که من در کتاب آورده‌ام، به وقوع پیوسته‌اند. پیش‌بینی‌های من درباره برخورد فرهنگ‌ها و ادیان درست از آب درآمد. در حال حاضر، مردم جهان در دنیایی زندگی می‌کنند که همه فرهنگ‌ها و تمدن‌ها بر هم تأثیر می‌گذارند و از هم تأثیر می‌گیرند؛ اما همین تأثیرگذاری‌ها باعث برخوردهایی می‌شود که مشاهده شده است.»  

در متن گفتگویی که از هانتینگتون در «همشهری آنلاین» منتشر شد؛ در خصوص کشوری که می‌تواند در خاورمیانه قدرت غالب باشد آمده بود: «از نظر بی‌ثباتی، معلوم نیست کدام کشور به عنوان قدرت غالب یا هژمونیک در خاورمیانه ظهور خواهد کرد، البته اگر چنین کشوری باشد. در آمریکای جنوبی، برزیل را داریم. در آفریقا، آفریقای جنوبی را داریم، در آفریقای مرکزی، نیجریه را داریم. در آسیای شرقی، چین و ژاپن را داریم. در آسیای جنوبی، هند. قدرت مشابه در خاورمیانه کدام است؟ اسرائیل ظرفیت‌های بسیاری دارد مانند سلاح‌های هسته‌ای که بسیار فراتر از هر قدرت دیگری در خاورمیانه است اما کشور کوچکی است. بقیه مردم خاورمیانه مسلمان هستند و اسرائیلی‌ها نیستند؛ بنابراین اسرائیل در موقعیتی نیست که قدرت اصلی شود. البته ایران یک امکان است، هر چند که شیعه است و بخش اعظم اعراب سنی هستند. این یک مشکل است یا می‌تواند به مشکلی بدل شود. همچنین این حقیقت ساده وجود دارد که ایران غیر عرب است و بیشتر مسلمانان در خاورمیانه عرب هستند. سپس مسئله ترکیه مطرح می‌شود که کشور مهمی است اما باز هم عرب نیست و منافع کاملاً محسوسی در نفت و گاز شمال عراق و جلوگیری از ورود جنبش‌های جدایی‌طلب از مرز دارد. هیچ نامزد روشنی وجود ندارد و احتمال آنکه یک کشور عرب، نقش اصلی مشابه نقشی که سایر کشورها در مناطق دیگر دارند بر عهده بگیرد مشخص نیست. عربستان سعودی پول دارد اما جمعیت نسبتاً اندکی دارد. عراق به عنوان کشوری بزرگ با منابع نفت عظیم و جمعیت تحصیل‌کرده، یک رهبر بالقوه بزرگ بود، اما این کشور در مسیر اشتباه حرکت کرد. شاید عراق برگردد و به قدرت غالب در میان کشورهای عرب تبدیل شود. این امر قابل تصور به نظر می‌رسد. بسیاری ترکیه را پل بین جهان غرب و جهان اسلام می‌دانند؛ اما من تأکید زیادی بر آن نمی‌کنم. ترکیه منافع خود را دارد و به لحاظ تاریخی، بیشتر جهان عرب را فتح کرد و اعراب ناچار شدند برای آزاد ساختن خودشان از دست ترک‌ها، دست به جنگ‌های آزادی‌خواهانه بزنند. البته این موضوع مربوط به گذشته است و ضرورتاً به آنچه رخ خواهد داد، شکل نخواهد بخشید؛ اما این موضوع همچنان آنجا در ذهن مردم وجود دارد. این امر که آمریکا نگذارد هیچ قدرت مسلط منطقه‌ای در خاورمیانه سر بلند کند؛ به نفع آمریکا است؛ به آن بستگی دارد که کدام کشور رهبر منطقه‌ای باشد. به لحاظ نظری، برای آمریکا مواجهه با موقعیت‌هایی که کشور رهبری وجود دارد، بسیار آسان‌تر است. می‌توان پیش رهبران آن کشور مثلاً هند رفت و گفت: «در بنگلادش، این همه مشکل وجود دارد که باید برای آن کاری بکنید؛» اما وقتی معادل هند را نداشته باشید، باید پایتخت به پایتخت رفت و سعی کرد ائتلافی پدید آورد که کار فوق‌العاده سختی است، به خصوص در جهان عرب که سابقه رقابت‌های تاریخی و شاخه‌های اسلام را دارد.»  

هانتینگتون در کتاب «ما چه کسی هستیم؟ تهدیداتی که متوجه هویت ملی آمریکاست»، هر چند اسلام را یکی از تهدیدات اساسی در زمینه تضعیف آگاهی و اقبال آمریکایی‌ها نسبت به هویت ملی خود برنمی‌شمرد، اما معتقد است که دشمنی با دین اسلام و تمدن اسلامی در آینده کمک فراوانی برای توجه آمریکایی‌ها به هویت ملی خود و تمسک به آن خواهد کرد. هانتینگتون بر این نکته تأکید می‌کند که در میان جوامع غربی، مردم آمریکا بیشتر از همه به مسیحیت پایبندند. با توجه به این مطلب زمینه بسیار مساعدی در آمریکا برای بازگشت مسیحیت وجود دارد، بیداری مسیحی می‌تواند نقش مساعدی در صحنه سیاسی بین‌الملل به ویژه در شناساندن دشمن جدید آمریکا؛ یعنی اسلام ایفا کند. ملت‌های مسلمان پس از 11 سپتامبر با آمریکایی‌ها همدردی نکردند. به عقیده هانتینگتون دشمنی عمیق ملت‌های مسلمان با آمریکا به خاطر اسرائیل نیست بلکه این دشمنی ریشه در کینه این ملت‌ها نسبت به ثروت آمریکا و سیطره آن بر دنیا و نیز ریشه در دشمنی این ملت‌ها با فرهنگ آمریکایی هم از ناحیه سکولاریستی و هم از ناحیه دینی، دارد. هانتینگتون در پایان پیش‌بینی می‌کند که آمریکا در سال‏های آینده با برخی از کشورها و گروه‌های اسلامی وارد جنگ شود؛ بنابراین هانتینگتون به طور آشکار اسلام را به عنوان دشمن اساسی و بزرگ آمریکا به منظور اتحاد آمریکایی‌ها در جریان مبارزه با آن و بازگشت به هویت اصلی خود، معرفی می‌کند و قدم در مسیری می‌گذارد که برای صلح جهانی بسیار خطرناک است. سید حمید مولانا، در "کیهان"، در خصوص نظریات هانتینگتون می‌نویسد: «از نظر او اسلام، توسعه طلب، خطرناک و بی ثبات بوده و مسلمانان در زندگی کردن صلح‌آمیز با همسایه‌های خود مشکلات زیادی دارند. او از انقلاب اسلامی ایران به وحشت افتاده و از صعود چین به قدرت سیاسی نگران است و به همین جهت تمدن اسلام و چین را «توسعه طلب» دانسته و ادعا دارد که آمریکا از طلوع انقلاب اسلامی با اسلام در جنگ است. او مبارزه مردم ایران را علیه طاغوت و شاه و جهاد امت اسلامی را جهت به دست آوردن استقلال فرهنگی، سیاسی و اقتصادی خود توسعه طلبی می‌داند ولی لشکرکشی آمریکا از یک طرف دنیا به طرف دیگر دنیا و دخالت‌های نظامی ایالات متحده را سلطه گرایی و توسعه طلبی نمی‌شمارد!»   تمدن در حال رشد اسلامی سید علی ناظم زاده در مطلبی تحت عنوان «جنگ تمدن‌ها، از فرضیه تا واقعیت» به بررسی این نظریه می‌پردازد و می‌نویسد: «به عقیده هانتینگتون طی 100 سال گذشته به علت رشد قلمرو سیاسی، رشد فزاینده جمعیت و نقش اقتصادی کشورهای اسلامی و نیز ظهور بنیادگرایی اسلامی، انقلاب اسلامی، تحرکات کشورهای خاورمیانه و... تمدن اسلامی در حال رشد روزافزون است و می‌تواند به عنوان بالقوه‌ترین خطر در میان دیگر تمدن‌ها برای به خطر انداختن تمدن غربی به شمار رود. تمدن اسلامی در قبال تمدن غربی حاکم بر جهان 3 رویکرد را می‌تواند بپذیرد: یا دوری و انزوا از نظام جهانی که هزینه زیادی بر کشورها و تمدن اسلامی ایجاد می‌کند. یا پیروی از مسیر غربی و تحت سلطه بودن توسط غرب که طی چند قرن گذشته این‌گونه بوده و به تدریج در حال بیداری است. یا توازن با غرب، رشد و تقویت خود و همکاری با غرب که به تدریج می‌تواند جایگاه جهانی خویش را بازیابد که به واقعیت مرزهای خونین البته منجر می‌شود. هانتینگتون معتقد بود که عوامل مختلفی باعث شده تا اسلام که در ذات، مذهبی خونین و خشن نیست، دارای مرزهای خونین شود. او این عوامل را در چند جنبه تقسیم‌بندی می‌کند: اول: احساسات بیدار شده مسلمانان و آگاهی آنان از استثمار توسط غرب و تجدید حیات و بیداری نهضت‌ها و هویت اسلامی و واکنش به استیلای غرب دوم: کینه و عصبانیت مسلمانان از حمایت غرب و به خصوص آمریکا از اسرائیل. سوم: هرم جمعیتی جوان، بیکاری جوانان و مهاجرت و تحصیلات و نیز عامل جذابیت گروه‌های بنیادگرایی مانند القاعده چهارم: حمایت گروه‌ها و کشورهایی از گروه‌های بنیادگرا. بر این اساس، وی معتقد بود که قرن بیست و یکم، قرن جنگ‌های اسلامی است. چه کشورهای اسلامی علیه خودشان و چه کشورها یا گروه‌های اسلامی علیه غربی‌ها و دیگر فرهنگ‌ها و به طور کلی مبارزه‌ای میان یک فرهنگ به نام اسلام با بقیه.   تمدن در حال رنگ باختن غربی هانتینگتون بر این نکته تأکید می‌کند که تمدن غربی دارای وجوه تمایز و تفاوتی با دیگر تمدن‌ها است، از جمله آن که معتقد است رنسانس، عصر روشنگری، نظام وستفالی، دولت‌های ملی، جدایی حاکمیت دینی و دنیوی و سکولاریسم، پلورالیسم و حقوق مساوی تنها در غرب و یا ابتدا در تمدن غربی بوده که رواج یافته و دیگر تمدن‌ها از آن محرومند و یا به تبع غرب به آن روی آورده‌اند. درعین‌حال وی تمدن غربی را در حال رنگ باختن می‌داند و طبق جداول ذکرشده در کتاب «برخورد تمدن‌ها»، غرب و تمدن مسیحی از لحاظ قلمرو سیاسی و جمعیتی در حال افول می‌داند. وی غیر از تصویر برتر و حاکمیت تمدن غربی، غرب را به شکل تمدنی در حال سقوط می‌داند که سهم آن در قدرت سیاسی، اقتصادی و نظامی جهان، به نسبت تمدن‌های دیگر کاهش می‌یابد و هر روز بیش از پیش درگیر مشکلات و نیازهای درونی خود می‌شود و درعین‌حال با رشد اقتصادی پایین، جمعیت غیرفعال، بیکاری، کسر بودجه‌های سنگین، اخلاقیات حرفه‌ای نازل و پس انداز کم روبرو شده است؛ و از این رو در بسیاری از کشورها غربی از جمله آمریکا، گسستگی اجتماعی، مواد مخدر و جنایت به مشکلاتی عمده تبدیل‌شده‌اند. در توازن قوا میان تمدن‌ها نیز تغییراتی تدریجی، قطعی و بنیادین در حال انجام است و در طول سال‏های آینده، قدرت غرب در قبال قدرت دیگر تمدن‌ها همچنان کاهش می‌یابد. درعین‌حال وی معتقد است اولاً افول غرب، فرآیندی کند آهنگ است. همان‌گونه که برآمدن غرب به عنوان قدرت جهانی 400 سال طول کشید، کاهش قدرت آن نیز ممکن است صدها سال طول بکشد. ثانیاً روند سقوط غرب بر مبنای یک خط مستقیم پیش نمی‌رود؛ بلکه با وقفه‌ها و برگشت‌های نامنظم همراه است؛ و ثالثاً سهم غرب از بیشتر منابع مهم قدرت مثل جمعیت، زمین، تولید اقتصادی و نظامی و... در حال کاهش است و البته نه در تمامی منابع قدرت.   تهدیدهای اساسی برای فرهنگ و هویت آمریکایی هانتینگتون همواره از چند مسئله به عنوان تهدیدهای اساسی برای فرهنگ و هویت آمریکایی یاد می‌کرد که عبارتند از: تنوع بیش از حد مهاجرین افزایش تابعیت‌های دوگانه و چند فرهنگ گرایی  گرایش به دوزبانگی و پر رونق شدن زبان‌هایی مانند اسپانیولی و... هیسپینیک‏ها (Hispanic یا اسپانیولی تبارها مهاجرانی هستند که از مکزیک، پورتوریکو، کوبا و دیگر کشورهای دارای فرهنگ اسپانیولی آمریکای مرکزی و جنوبی به آمریکا مهاجرت کرده اند.هیسپنیک ها بزرگترین اقلیت نژادی در آمریکا هستند آنها بیشترین جمعیت را بعد از اکثریت سفید پوست دارا هستند.) ضعف نخبگان ومورد تهدید قرار گرفتن ملی‌گرایی، هویت ملی و وطن‌پرستی در بین آنان پایان جنگ سرد نداشتن یک دشمن خارجی که بتواند موجبات اتحاد نیروهای داخلی را در داخل آمریکا فراهم کند. هانتینگتون بر این باور بود که برای حفظ و یکپارچگی هویت ملی آمریکایی وجود یک دشمن خارجی ضروری به نظر می‌رسد. بنا بر همین مسئله است که او از پایان جنگ سرد به عنوان یک عامل منفی بر تضعیف هویت ملی آمریکایی یاد می‌کند. وی اشتباهات دولت‌مردان و سیاستمداران آمریکایی را در اتخاذ سیاست‌های مهاجرپذیری بی‌رویه، عامل اصلی این وضعیت می‌دانست.  

در متن گفتگوی منتشرشده در همشهری آنلاین، هانتینگتون در پاسخ به سؤال «چرا میان مسلمانان و سایر گروه‌ها در جوامع اروپایی تنش بیشتری وجود دارد، بر خلاف آمریکا که به نظر می‌رسد مسلمانان در آن بهتر تطبیق پیداکرده‌اند؟» معتقد بود:  «اول از همه تا آنجایی که به مسلمانان در اروپا و آمریکا مربوط می‌شود، بزرگ‌ترین تفاوت شمار مسلمانان در آمریکاست که در مقایسه با مسلمانان اروپا اندک است. دوم، آنانی که اینجا آمده‌اند، از هزاران کیلومتر اقیانوس گذشته‌اند، نه آنکه پیاده از مرزی بگذرند یا آنکه مسافت اندکی را با قایق در دریای مدیترانه طی کنند. ما با کشورهای مسلمان مرز نداریم. کشورهای اروپایی دارند و به نظر می‌رسد این تفاوت بنیادی است. چون آمریکا همیشه کشور مهاجران بوده است. اسپانیایی تبارهایی که اینجا می‌آیند، عمدتاً از مکزیک و آمریکای جنوبی هستند. آنان کاتولیک هستند که در آمریکا کاملاً آشناست. یک سوم جمعیت ما کاتولیک هستند؛ بنابراین، تأثیر آن مانند ورود مسلمانان به اروپا نیست. آنان اسپانیایی یا پرتغالی صحبت می‌کنند که برای ما آشناست. پس به نظر نمی‌رسد همان مشکلاتی را که مسلمانان عرب زبان در اروپا به وجود می‌آورند، آنان به وجود آورند. فرق اصلی در مورد ما این است که مهاجرت اسپانیایی تبارها گسترده و از کشورهای مجاور است، نه کشورهای کرانه اقیانوس اطلس یا آرام. این امر مسائل مختلف و مشکلات مختلفی برای ما پدید می‌آورد که با گذشته بسیار متفاوت است. با این حال، این وضع هنوز تفاوت بسیاری با وضعیت اروپا دارد که می‌بینیم مردمی با یک دین بسیار متفاوت غیراروپایی از کشورهای مجاور وارد آن می‌شوند.»   نقدی بر پاسخ هانتینگتون فریدون مجلسی پاسخ هانتینگتون به سؤال مطرح شده را در «اعتماد» مورد نقد قرار می‌دهد و می‌نویسد: «من با این پاسخ آقای هانتینگتون موافق نیستم. دلیل تفاوت رفتاری مسلمانان در آمریکا با رفتار هم کیشانشان در اروپا نزدیکی مرز و نتیجتاً زیادشدن تعدادشان نیست بلکه به همان دلیل فرهنگی است که آقای هانتینگتون روی آن اصرار دارد منتها از دید متفاوت و با نتیجه‌گیری متفاوت. در واقع آمریکا نیروی کار بدنی ارزان خود را یا از رنگین‌پوستان داخلی تأمین کرده یا از مکزیکی تباران یا دیگر لاتین تبارانی که بیشتر از آمریکای مرکزی و جنوبی آمده‌اند و مردم عادی خاورمیانه یا مسلمان را مگر در مورد کسانی که تخصص یا تحصیلات عالی می‌داشتند به آنجا راه نمی‌دادند. درحالی‌که در فرانسه نیروی کار ارزان الجزایری و مراکشی یا به هر حال آفریقایی از پایین‌ترین سطوح فرهنگی و اجتماعی آمده‌اند. به عنوان مثال دیگر، می‌توان گفت اگر یک آلمانی فرهیخته با جماعت ایرانی و جماعت ترک آن کشور تماس داشته باشد ممکن است درباره هر دو گروه قضاوت نادرست داشته باشد زیرا جماعت ترک در آلمان مانند جماعت شمال آفریقایی در فرانسه یا بلژیک از پایین‌ترین طبقات فرهنگی کشورهایشان به آنجا آمده‌اند و به دلیلی که گفته شد با وجود گذشت سه نسل یا بیشتر همان خصوصیات را حفظ کرده‌اند، درحالی‌که جماعت ایرانی یا بازماندگان نسل‌هایی هستند که در آن کشور تحصیل‌کرده‌اند و بسیاری از پزشکان، استادان، اقتصاددانان و حرفه ای‌های دیگر را تشکیل می‌دهند یا بعدها به دلایل تحصیلی و فرهنگی دیگری رفته‌اند که به هر حال با نوع بافت اجتماعی مهاجران ترک فرق می‌کند، درحالی‌که مهاجران ترک و عرب و ایرانی در آمریکا مشابهت بیشتری با یکدیگر دارند و سطح فرهنگی آنان از سطح متوسط خود آمریکاییان نیز بالاتر است و از آن گونه مشکلات ایجاد نمی‌کنند.» 

هانتینگتون در حقیقت با دیدگاه‌های مطرح شده در کتاب «برخورد تمدن‌ها»، نظریات منسوب به طیف ارتودوکس‌های دهه 1960 مانند دانیل لرنر، ادوارد شیلز، گابریل الموند و وربا و ... در زمینه توسعه را به چالش کشاند. طیفی که با تأکید بر تمایز بین سنت و مدرنیسم، دولت و سیاست در جوامع جهان سوم را با خصوصیات سنتی مشخص می‌کردند با اعتقاد به یک روند تک خطی بر این باور بودند که کشورهای جهان سوم باید همان مسیر کشورهای غربی را در توسعه طی نمایند و به الگوی مطلوب توسعه در قالب لیبرال دموکراسی دست پیدا کنند. مباحث هانتینگتون یک چرخش اساسی در مباحث نظریه‌پردازان نوسازی به شمار می‌رود.   فقدان اقتدار و نابسامانی‌های سیاسی، عامل توسعه نیافتن کشورهای جهان سوم هانتینگتون در کتاب خود این ایده را مطرح ساخت که فقدان اقتدار و سامان سیاسی و بروز مسایل و مشکلاتی مانند نابسامانی‌های سیاسی و اجتماعی از بنیادی‌ترین عوامل در توسعه‌نیافتگی کشورهای جهان سوم به شمار می‌رود. او این‌گونه استدلال می‌کند که جریان نوسازی اقتصادی و اجتماعی در این جوامع موجب پیدایش گروه‌های اجتماعی جدیدی می‌شود که خواهان حضور در عرصه سیاست هستند، اما کندی نوسازی سیاسی در این جوامع فرصت‌ها و نهادهای لازم برای مشارکت این گروه‌ها در عرصه سیاست را فراهم نمی‌کند؛ بنابراین، این وضع باعث بروز کشمکش‌های سیاسی خشونت‌آمیز در این جوامع می‌شود. به نظر هانتینگتون وقوع انقلاب‌ها در جوامع جهان سوم در همین مسایل و کشمکش‌ها ریشه دارد و انقلاب‌ها را نمونه شدید انفجار مشارکت سیاسی و وسیله‌ای برای نابودی نهادهای سیاسی سنتی - که مانع گسترش مشارکت سیاسی هستند؛ می‌داند.  

رابرت کاپلان، از اساتيد دانشگاه هاروارد، انقلاب‏های جهان امروز را مورد بررسی قرار داده و می‏گوید: «در سال 1968، هانتینگتون کتابی با عنوان «نظم سیاسی در جوامع در حال تغییر» منتشر کرد. 45 سال بعد از آن زمان، این کتاب همچنان راهنمایی برای تحلیل وقایع امروز جهان است. عدالت در نهایت میوه و ثمره اجرای نظم و قانون و داشتن حکومتی با اداره درست و مناسب است. چطور می‌توان فهمید که جامعه‌ای نهادهای درست و موثر دارد یا نه؟ هانتینگتون می‌نویسد، یک راه فهمیدن این موضوع این است که ببینیم آیا ارتش در این کشورها خوب هست یا نه؛ زیرا جوامعی که خوب جنگیده‌اند مثلاً اسپارت‌ها، رومی‌ها، بریتانیای کبیر یا آمریکا، حکومت‌های خوبی هم داشته‌اند؛ زیرا جنگیدن خوب و موثر نیازمند سازمان‌های ریشه‌دار و کارآمد است که خود این سازمان‌ها هم نوعی اعتماد و اعتبار را طلب می‌کنند. توانایی جنگیدن با نیروهای پرشمار به خودی خود نشانه‌ای از تمدن است. کشورهای عرب که رژیم‌هایشان سقوط کرده‌اند مانند مصر، لیبی یا تونس، هرگز ارتش نهادینه خوبی نداشته‌اند. ارتش در این کشورها وجود داشته اما نیمه نهادینه و به صورت یک گروه شبه‌نظامی بوده است. از نظر هانتینگتون، پادشاهی‌ها راحت‌تر از دیکتاتوری‌های مدرن می‌توانند تن به اصلاحات بدهند؛ زیرا یک شاه معمولاً نوعی مشروعیت تاریخی دارد و برای حفظ این مشروعیت نیاز دارد که کارهای درست انجام دهد؛ اما یک دیکتاتور سکولار چنین نیازی را حس نمی‌کند. به همین خاطر است که پادشاهان در کشورهایی مانند مراکش، اردن و عمان رفتاری قابل‌قبول‌تر از دیکتاتوری‌ها در لیبی و عراق داشته‌اند و تن به اصلاحات داده‌اند.»  

شاید در نگاه نخست، بین آنچه فوکویاما و هانتینگتون درباره آینده بشر مطرح کرده‏اند تـفـاوتـی بـه چـشـم نـیـایـد ولی در نـظـریـه فوکویاما، نظام لیبرال دموکراسی فعلی غرب، نظام مطلوب فرض شده و همین نظام خواسته و ناخواسته در جـهـان غـیـر غـرب هـم بـه عـنـوان نـظـام آیـنـده بشری مستقر خواهد شد. فوکویاما نظام لیـبـرال دمـوکراسی را نظام آینده جهانی می‌داند که البته بخشی از آن در جهان (غرب) استقرار یافته اما هانتینگتون نظام فعلی غرب را در صورتی تمدن آینده می‌داند که در جـنـگ اجـتـناب ناپذیر پیش رو بتواند تمدن مسیحی را به پیروزی بر تمدن اسلامی و کنفوسیوسی برساند؛ لذا در نظریه هانتینگتون نوعی هشدار به تمدن فعلی غرب مشهود است و آن که: «نظام فعلی غرب مشکلاتی دارد و بدون رفع آن نمی‌تواند در جنگ تمدنی آینده به پیروزی برسد» و لکن از غرب می‌خواهد از هم اکنون با رفع نارسایی‌ها، خود را بـرای پـیروزی در آن جنگ آماده کند درحالی‌که چنین درخواست‌هایی از سوی فوکویاما از تـمـدن فـعـلی مـغـرب زمـیـن وجـود نـدارد. هانتینگتون با پیش بینی وقوع جنگ های آینده در مرزهای داغ تمدن‌ها، بر اندیشه «پایان تاریخ» فوکویاما مهر باطل زد. در واقع با فروپاشی اتحاد جماهیر شوروی و تبدیل شدن جهان از دو قطب سیاسی به چندین بلوک تمدنی، تاریخ به نوعی تازه آغاز شده بود. وقتی حوادث یازده سپتامبر روی داد، فوکویاما در اتاق کارش در واشنگتن دریافت که نظریه‌اش با چالش جدی مواجه شده است.   ارزش‌های غربی، معیار و مبنای جهانی شدن! صمد مؤمن بالله، در خصوص نظریات هانتینگتون و فوکویاما معتقد است: «عمده ایرادی که بر نظریات افرادی چون ساموئل هانتینگتون و فرانسیس فوکویاما وارد است؛ اینکه آنان ارزش‌های غربی را معیار و مبنای جهانی شدن و تحول و پیشرفت در ابعاد مختلف می‌دانند و از طریق شبیخون فرهنگی و میلیتاریسم سلطه در صدند که با تغییر بنیان‌های فکری جوامع  از توسعه  سایر تمدن‌ها جلوگیری کنند.»  

هانتینگتون در سال 1991 کتاب مشهور خود با نام «موج سوم دموکراسی در پایان سده 20» را نوشت که در این کتاب به سه موج گسترش دموکراسی در جهان اعتقاد دارد. به اعتقاد وی موج اول دموکراسی در حد فاصل سال‌های 1820 تا 1926 میلادی با وقوع تحولاتی چون انقلاب کبیر فرانسه، انقلاب آمریکا و اعطای حق رأی به شهروندان رخ داده است. به اعتقاد هانتینگتون روی کار آمدن نازیسم و فاشیسم و وقوع جنگ جهانی دوم موجب توقف این موج و به تعبیر وی موج اول بازگشت شده است. موج دوم دموکراسی از سال‌های پایانی جنگ جهانی دوم در 1945 با گسترش دموکراسی در اروپا، بخش‌های مدیترانه و رها شدن کشورهای آمریکای لاتین و آسیایی از بند استعمار آغاز و تا اوایل دهه 1960 میلادی ادامه می‌یابد. موج دوم با وقوع کودتاهای متعدد و استقرار حکومت‌های نظامی در آرژانتین، اروگوئه، یونان، شیلی و ... دچار موج دوم بازگشت می‌شود. در نهایت موج سوم دموکراسی با سقوط دیکتاتوری سالازار در پرتقال در 1974 میلادی آغاز می‌شود و با سقوط رژیم‌های نظامی در اسپانیا، یونان و بسیاری از کشورهای آمریکای لاتین و آسیایی همراه می‌شود. تداوم این موج که با فروپاشی شوروی و از بین رفتن جدی‌ترین رقیب لیبرال دموکراسی یعنی مکتبی مارکسیسم همراه بوده است؛ به اعتقاد هانتینگتون قوی‌ترین و فراگیرترین موج «دموکراسی» به شمار می‌رود و با عبور از موانع پیشروی خود از حالت منطقه‌ای به صورت جهانی درخواهد آمد.   بین پروتستان و دموکراسی رابطه ای مستقیم وجود دارد! در بررسی نقش مذهب در روند دموکراسی شدن هانتینگتون به یک رابطه مستقیم بین مسیحیت غربی (پروتستانتیزم) و دموکراسی شدن قائل است. وی معتقد است مذهب کاتولیک که در دو موج اول ودوم نقش منفی و ضد دموکراسی ایفا کرده و در برابر جنبش های دموکراسی خواهی ایستاده است. در موج سوم و به دنبال روی کار آمدن پاپ ژان پل دوم و سیاسی شدن کلیسا نقش مهمی در این روند داشته است.   دموکراسی در کشورهای اسلامی از نظر هانتینگتون میثم ظهوریان، در «شریف نیوز»، در مورد مطالب عنوان شده در کتاب «موج سوم دموکراسی» می‏نویسد: «هانتینگتون کنفسیوس را فرهنگی کاملاً ضد دموکراتیک می داند، اما در مورد اسلام معتقد است که دموکراسی اسلامی امری متناقض نمی باشد و اصولی مانند اعتقاد به اختیار و برابری طلبی و مخالفت با سحر و مدیتیشن در اسلام وجود دارد که منطبق با دموکراسی میباشد، اما اصولی از اسلام را نیز مانند عدم جدایی دین از سیاست، وجود قوانین اسلامی و دخالت علما در حکومت و … دارای تناقض با دموکراسی می داند. وی معتقد است هیچ کشور اسلامی به جز ترکیه (تا حدی) در طول تاریخ دموکراتیک نبوده است، که آن هم منبعث از سیاست های ضد اسلامی آتاتورک می باشد. بر خلاف تمامی دنیا که قدرتمندترین مخالفان حکومت های اقتدارگرا مخالفان دموکرات هستند، در کشورهای اسلامی قدرتمندترین مخالفان بنیاد گرایان هستند. وی می افزاید بدین ترتیب در کشورهای اسلامی لیبرالیسم و فضای باز سیاسی منجر به قدرت رسیدن جریان هایی می شود که در دموکراتیک بودن آن ها شک وجود دارد...» 

کتاب «ما که هستیم؟» نوشته ساموئل هانتینگتون را می‌توان یکی از جدیدترین و درعین‌حال مهمترین تحقیقات و پژوهشها درخصوص بحران هویت ملی در ایالات‌متحده دانست. این کتاب از سوی دیگر نیز قابل تأمل است؛ چراکه از سوی یک طرفدار جدی فرهنگ امریکایی نگاشته شده است. هانتینگتون در کتابش به شرح و بسط مسائل مرتبط با هویت، بحران هویت ملی، توضیح هویت غیرملی، هویت آمریکایی و مؤلفه‌های آن، فرهنگ انگلو پروتستان، نقش مذهب (مسیحیت) در هویت امریکایی و… می‌پردازد.   حفظ هویت آمریکایی سید محمد رضا موسوی، در مقاله‌ای تحت عنوان «ناگفته‌هایی دربارهٔ هانتینگتونیسم» به بررسی آخرین دغدغه‌های هانتینگتون پیش از مرگ می‌پردازد و می‌نویسد: «هانتینگتون یکی از حامیان جدی فرهنگ و هویت آمریکایی به شمار می‌رود. مهم‌ترین دغدغه‌های فکری و مطالعاتی هانتینگتون در سال‌های پایانی حیات او به مباحثی پیرامون هویت و بحران هویت در جامعهٔ آمریکا بازمی‌گردد که ثمرهٔ تحقیقات و مطالعات او در این سال‌ها در کتاب «ما که هستیم؟» منعکس شده است. در این کتاب که در واقع مهم‌ترین اثر سال‌های پایانی عمر او به شمار می‌رود، هانتینگتون این سؤال را مطرح می‌کند که آیا آمریکا در آستانهٔ یک تحول هویتی قرار دارد یا نه؟ «ما که هستیم؟» در واقع یک اخطار بزرگ است، اخطاری که هانتینگتون به زمامداران آمریکا و جامعهٔ اصیل آمریکایی می‌دهد و در آن نسبت به آیندهٔ ایالات متحده و خطراتی که به طور بالفعل و بالقوه هویت ملی آمریکایی را تهدید می‌کند هشدار داده است. او در این کتاب معتقد بود فرهنگ انگلو پروتستانی که بزرگترین دستاورد تاریخی آمریکا است، حفظ و تقویت شود؛ چراکه تنها در پرتو حفظ این فرهنگ است که تداوم حیات جامعه آمریکایی ممکن خواهد بود.   سه ویژگی مهم برای شناخت تمدن آمریکایی با نگاهی به آثار به‌جامانده از هانتینگتون مخصوصاً کتاب ما که هستیم؟ که در سال 2004 میلادی منتشر شد، به نظر می‌رسد که هانتینگتون سه ویژگی را برای شناخت هر چه بیشتر تمدن آمریکایی بر می‌شمرد که عبارتند از: آنگلوساکسون بودن، پروتستان مذهب بودن و سفید پوست بودن.   آیندهٔ فرهنگ در آمریکا هانتینگتون با اشاره به اینکه 12 درصد جامعهٔ آمریکا از اتباع اسپانیا و آمریکای لاتین هستند، به این نکته اشاره می‌کند که در صورت افزایش این مهاجران، قطعاً جامعهٔ آمریکا به یک جامعهٔ چند فرهنگی در آینده تبدیل خواهد شد، کما اینکه این فرایند نیز مدت زمانی است که آغاز شده است. هانتینگتون هشدار می‌دهد که اگر وضع به همین صورت پیش رود تا چند سال دیگر زبان اسپانیولی را باید به عنوان زبان دوم جامعهٔ آمریکا به رسمیت شناخت که این امر آمریکا را نیز به جمع کشورهای دو زبانه ملحق خواهد کرد و اندک‌اندک کار به جایی خواهد رسید که تعریف آمریکا در جهان دگرگون خواهد شد و ما با آمریکایی مواجه خواهیم شد که هیچ شباهتی به آمریکای اولیه نخواهد داشت. برای درک بهتر این هشدار هانتینگتون، کافی است به این نکته توجه شود که امروزه در انتخابات‌های کلان مملکتی مانند ریاست جمهوری و... کاندیداهای ریاست جمهوری تلاش فراوانی برای جذب اقلیت‌های نژادی و دیگر اتباع آمریکایی (که در اصل آمریکایی نیستند) به عمل می‌آورند. بیل کلینتون در سخنرانی تبلیغاتی انتخابات ریاست جمهوری خود در سال 1992 جمله‌ای را بر زبان آورد که نشان می‌دهد این مورد دغدغه‌های هانتینگتون کاملاً جدی است؛ و آن این بود که: «من امیدوارم آخرین رئیس جمهوری در آمریکا باشم که نتوانم اسپانیولی تکلم کنم.»  

ساموئل هانتینگتون در 24 دسامبر 2008، در سن 81 سالگی در جزیرهٔ «مارتاز وان‌یارد» واقع در ساحل شرقی آمریکا درگذشت.