فرجی دانا در سال 1357 دیپلم خود را در رشته ریاضی فیزیک از دبیرستان حکیم نظامی قم گرفت و در همان سال در رشته مهندسی برق دانشگاه شیراز پذیرفته شد. وی پس از تعطیلی دانشگاه‌ها در سال 1359 به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پیوست و تا بازگشایی مجدد دانشگاه‌ها در پاییز سال 1361 مسئولیت‌های مختلفی را در سپاه عهده‌دار بود.پس از بازگشایی دانشگاه‌ها به دانشکده فنی دانشگاه تهران منتقل و در سال 1365 با کسب رتبه ممتاز دانش‌آموخته گردید. وی تحصیلات کارشناسی ارشد و دکترای خود را در دانشگاه "واترلو کانادا" (University of Waterloo، یکی از دانشگاه‌های کانادا که در شهر واترلو قرار دارد) به پایان رسانید و در سال 1373 به عضویت هیأت‌علمی گروه مهندسی برق و کامپیوتر دانشکده فنی دانشگاه تهران درآمد. 

رئیس مرکز انفورماتیک دانشگاه تهران، از بهمن 1375 تا شهریور 1381     رئیس دانشکده فنی دانشگاه تهران، از تیر 1377 تا شهریور 1381  رئیس دانشگاه تهران، از شهریور 1381 تا آذر 1384  رئیس هیأت‌مدیره و مدیرعامل بنیاد عام‌المنفعه حامیان دانشکده فنی، از خرداد 1385  مؤسس و سرپرست آزمایشگاه تأیید نمونه آنتن دانشگاه تهران، از مرداد 1388    

رضا فرجی دانا استاد تمام رشته مهندسی برق در دانشگاه تهران، استاد راهنما و مشاور بیش از 50 پایان‌نامه کارشناسی ارشد و 10 رساله دکترا بوده و چندین طرح پژوهشی کاربردی را به انجام رسانده است. بیش از 50 مقاله در مجله‌های معتبر بین‌المللی، 75 مقاله در کنفرانس‌های معتبر داخلی و خارجی، دو جایزه ملی و یک جایزه بین‌المللی دستاوردهای کار علمی او در زمینه تخصصی مخابرات است.    وی سخنران مدعو مجمع عمومی اتحادیه دانشگاه‌های جهان در سال 1384 بود و یک دوره یک ساله فرصت مطالعاتی را در دانشگاه واترلو کانادا از شهریور 1391 تا شهریور 1392 به پایان رساند.     

فرجی دانا پس از استعفای مصطفی معین، وزیر دولت هشتم در سال 1382، از سوی سید محمد خاتمی برای تصدی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس ششم معرفی شد اما رأی اعتماد نمایندگان این مجلس اصلاح‌طلب را کسب نکرد و نتوانست راهی ساختمان وزارت علوم شود. 

        پس از آنکه رضا فرجی دانا از سوی سیدمحمد خاتمی به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس معرفی شد؛ جلسه علنی مجلس ششم برای بررسی صلاحیت وزیر پیشنهادی رییس جمهور هشتم در تاریخ 11 شهریور ماه سال 1382 برگزار و تعدادی از نمایندگان در مخالفت و یا موافقت در دادن رأی اعتماد به فرجی دانا صحبت کردند. بخشی از نظرات نمایندگان و صحبتهای فرجی دانا در جلسه مذکور به شرح زیر است:                        مخالفان وزیر پیشنهادی علوم                      چگونه بار علمی 18 هزار عضو هیأت‌علمی را بر عهده خواهید گرفت؟            نورالدین پیر مؤذن، نماینده مردم اردبیل در مجلس ششم، در مخالفت با فرجی دانا گفت: «86 نفر از 125 دانش‌آموخته کشور كه از نظر علمی صاحب رتبه بوده‌اند در 3 سال گذشته در خارج از كشور در حال تحصیل هستند و امید بازگشت آنان به کشور فقط 3 درصد است. دانشجویان ‌ما تمایلی به ادامه ‌تحصیل و فعالیت ‌در داخل کشور ندارند و از دانشگاه‌های ‌دیگر نامه‌های فراوانی دریافت می‌كنند... شما چگونه بار علمی 18 هزار عضو هیأت‌علمی ‌دانشگاه‌ها را كه تجربه‌ بیشتری از شما دارند بر عهده خواهید گرفت.»                     ما شخصیت ‌سیاسی ‌می‌خواهیم‌ نه‌ شخصیت ‌حزبی.            احمد پورنجاتی، نماینده مردم تهران در مجلس ششم، در مخالفت با رأی اعتماد به فرجی دانا گفت: «روند انتخابات در دولت [هشتم] متأسفانه روند مناسبی نیست... ما شخصیت سیاسی می‌خواهیم نه شخصیت حزبی. این انتخاب، انتخابی نیست كه با انتخابات وزرای قبلی قابل مقایسه باشد... كسی باید مسئولیت را بر عهده بگیرد كه در مجموعه دانشگاه‌های كشور صلابت علمی داشته باشد.»                      یکی از ویژگی‌های وزیران همراهی آن‌ها با اصلاحات است.            ناصر قوامی، نماینده مردم قزوین در مجلس ششم، در مخالفت با فرجی دانا، با بیان اینكه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از مهم‌ترین وزارتخانه‌های كابینه است، گفت: «وزیر پیشنهادی باید از توان علمی برخوردار باشد... یكی از ویژگی‌های وزیران همراه بودن آنان با اصلاحات است... مسئولیت فرجی دانا در دانشگاه تهران به مدت یک سال نشان‌دهنده توانایی وی نیست و این انتخاب، مدیران برجسته دانشگاه‌ها را مأیوس می‌کند.»                      موافقان وزیر پیشنهادی علوم                      مواضع فرجی دانا در 18 تیر 1378 روشن است.            سید شمس‌الدین وهابی، نماینده مردم تهران در مجلس ششم، ‌از موافقان رأی اعتماد به فرجی دانا به تجربیات ‌وی‌ در دانشگاه تهران، دانشكده فنی دانشگاه تهران و بخش انفورماتیک این دانشگاه اشاره كرده و گفت: «با توجه به شخصیت فردی و اجتماعی فرجی دانا، در موفقیت وی در مدیریت كلان جای تردید نیست‌... وزیر پیشنهادی پایبند به‌ قانون است ‌و تجربه مدیریت وی ‌در بحران‌های سیاسی دانشگاه تهران موفقیت‌آمیز بوده است.» وی مواضع فرجی دانا درباره ناآرامی‌های 18 تیر 1378 را روشن ارزیابی كرد.                        فرجی با پشتوانه علمی ‌و اجرایی وارد این عرصه شده‌ است.          الهه كولایی، نماینده تهران در مجلس ششم، در موافقت با فرجی دانا تجربه کاری او را موفقیت‌آمیز دانست و گفت: «وزیر پیشنهادی تحول اساسی در دانشكده فنی دانشگاه تهران ایجاد كرده است. وی با پشتوانه علمی ‌و اجرایی وارد این عرصه شده‌ است.»                       فرجی ‌دانا در ناآرامی‌های دانشگاه تهران ‌برخوردی ‌مناسب‌ و عقلانی‌ انجام‌ داد.          سید محمد حسن ابوترابی، نماینده قزوین در مجلس ششم، از جمله موافقان رأی اعتماد به وزیر پیشنهادی به رضایت هیأت‌علمی دانشگاه تهران از نحوه مدیریت وی اشاره كرده و گفت: «آقای فرجی دانا در ناآرامی‌های اخیر دانشگاه تهران و بعد از آن برخوردی مناسب و عقلانی انجام داد كه حاكی از توانایی وی در عرصه عمل است.»                       فرجی دانا از شایسته ترین افراد علمی کشور است.           سید علی محمد یثربی، نماینده قم در مجلس ششم، از موافقان رأی اعتماد، به تجربیات علمی و عملی رضا فرجی دانا اشاره كرد و وی را از شایسته‌ترین افراد علمی كشور دانست.                     عدم رأی اعتماد مجلس ششم             در جلسه رأی اعتماد به فرجی دانا به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری، از مجموع 220 رأی مأخوذه، 86 نماینده به وزیر پیشنهادی رأی اعتماد (رأی سفید)، 127 نماینده مخالف (رأی كبود) و 7 نماینده نیز رأی ممتنع (رأی زرد) دادند. بدین ترتیب، او پس از نصرالله جهانگرد (وزیر پیشنهادی خاتمی برای تصدی وزارت پست و تلگراف و تلفن در دولت هشتم)، دومین وزیر پیشنهادی خاتمی بود كه موفق به كسب نظر مجلس برای حضور در كابینه نشد. 

        مهدی کروبی، رئیس وقت مجلس ششم از عدم كسب رأی اعتماد رضا فرجی دانا، وزیر پیشنهادی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اظهار تأسف كرده و گفت: «من پیام رئیس‌جمهوری را نیز به نمایندگان اعلام كردم، اما سرانجام فرجی دانا موفق به كسب رأی اعتماد از مجلس نشد.»            كروبی این موضوع را كه رأی عدم اعتماد نمایندگان مجلس شورای اسلامی به رضا فرجی دانا، سیاسی بوده رد كرد و رأی نمایندگان را حق طبیعی آنان دانست.                        فرجی دانا صلاحیت تصدی وزارت علوم را ندارد.          بهزاد نبودی، نایب‌رئیس دوم مجلس ششم با بیان اینكه ایشان می‌تواند سال‌ها رئیس دانشگاه تهران بماند اما صلاحیت تصدی وزارت علوم را ندارد، تأكید كرد: «رأی ندادن به فرجی دانا به منزله مجرم بودن ایشان نیست.»                        با انتخاب فرجی دانا دانشگاه از سیاست‌زدگی خارج می‌شد.           غلامعلی حداد عادل، رئیس فراكسیون اقلیت مجلس ششم نیز در مورد رأی عدم اعتماد به فرجی دانا گفت: «از فضای مجلس این‌گونه استنباط می‌شد كه بعضی‌ها نگران از دست دادن دانشگاه‌ها به عنوان ابزار سیاسی هستند... مسلماً رئیس‌جمهور با در نظر گرفتن همه جوانب وی را پیشنهاد كرده بود و رأی منفی نشانه این است كه تلقی مجلس با تلقی رئیس‌جمهور یكی نیست. با انتخاب فرجی دانا دانشگاه از سیاست زدگی خارج می‌شد اما این به منزله خارج شدن دانشگاه از سیاست نبود.»                        حزب مشاركت به برنامه‌های خود رأی می‌دهد نه به برنامه‌های رئیس‌جمهور.            حمیدرضا حاجی بابایی، نماینده وقت مردم همدان و عضو فراكسیون اقلیت در مجلس ششم، در مورد رأی عدم اعتماد مجلس به فرجی دانا گفت: «علیرغم تأكیدات رئیس‌جمهور، پیام او، تلفن مجدد و اصرار به كروبی، حزب مشاركت به فرجی دانا رأی نداد.»         او در پاسخ به این پرسش كه آیا رأی ندادن به فرجی دانا را كارشكنی در كار دولت می‌داند یا خیر؟ گفت: «تعبیر دیگری غیر از این نمی‌شود كرد. حزب مشاركت به دلیل كار حزبی به اعضا و برنامه‌های خود رأی می‌دهد و نه برنامه‌های رئیس‌جمهور.»          حاجی بابایی در پاسخ به این پرسش كه آیا نسبت به این كار منسجم حزبی انتقاد دارد یا خیر؟ گفت: «خیر، كار حزبی منسجم، خوب و پسندیده است به همین دلیل امروز با جرأت گفتم كه مشاركت كار خوب و صادقانه‌ای كرد و از این جهت از احزابی كه ظاهر و باطنشان تفاوت دارد خیلی جلوتر هستند كه این قابل تشكر است.»                       فرجی دانا چهره سیاسی نبود.          احمد شیرزاد، رئیس كمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس ششم در مورد علت رأی عدم اعتماد مجلس به فرجی دانا گفت: «در فضای پس از استعفای معین طبیعی بود كه حد انتظارات از جانشین وی بسیار بالا برود... رأی مجلس نشان داد كه توقع از كسی كه در این سمت می‌نشیند بالاتر است.»          شیرزاد سیاسی بودن وزیر علوم را مورد تأكید قرار داد و گفت: «سیاسی بودن به معنای حزبی و جناحی بودن نیست بلكه مهم‌ترین عنصر، پایداری و ایستادگی بر روی مواضع است و فرجی دانا چهره سیاسی در این مورد نبود.»                     وزیر وزاتخانه‌های دولت جزء سطوح سیاسی کشور محسوب می‌شوند.           مهدی آئینی، نماینده بیرجند در مجلس ششم، سیاسی و اجرایی بودن وزیر علوم را مهم‌تر از علمی بودن او دانست و گفت: «وزیر وزارتخانه‌های دولت جزء سطوح سیاسی كشور محسوب می‌شوند لذا باید از این نظر مواضع شفاف داشته و سابقه اجرایی آن‌ها مشخص باشد كه در مورد آقای فرجی دانا این ویژگی‌ها وجود نداشت.» 

رضا فرجی دانا در بین سال‌های 1381 تا 1384 ریاست دانشگاه تهران را عهده‌دار بود؛ او در جریان حادثه حمله به کوی دانشگاه در سال 1382، در جمع دانشجویان حاضر شد و ضمن تلاش برای دلجویی از دانشجویان گفت: «در صورت تکرار حمله لباس شخصی‌ها (به دانشجویان، دانشگاه و کوی آن)، استعفا می‌کنم.» 

مردادماه سال 1392، درحالی‌که تنها چند روز تا معرفی کابینه پیشنهادی دکتر حسن روحانی به مجلس باقی مانده بود، در گمانه‌زنی‌هایی که در خصوص افراد کابینه دولت یازدهم صورت می‏گرفت، نام فرجی دانا به عنوان وزیر پیشنهادی علوم به چشم می‌خورد که با واکنش‌هایی همراه بود.  حسین شریعتمداری، مدیرمسئول روزنامه کیهان در همان روزها در یادداشتی نوشت: «عناصری از اصلاح‌طلبان سعی دارند با فشار به رئیس‌جمهور منتخب فردی را برای وزارت علوم به او تحمیل کنند. این سه گزاره را کنار هم بگذارید؛ اول؛ نگرانی و اضطراب بارها اعلام‌شده دشمنان بیرونی از پیشرفت‌های علمی حیرت‌آور دانشجویان و اساتید ایرانی، دوم؛ خیانت برملا شده اصحاب فتنه در همراهی با دشمنان بیرونی و سوم؛ تلاش کنونی آن‌ها برای تسخیر دوباره وزارت علوم. آیا از کنار هم گذاردن سه‌گزاره یاد شده به این نتیجه نمی‌رسید که اصحاب فتنه به منظور کور کردن خط علم و خوش‌رقصی دیگری برای دشمنان بیرونی در پی تسخیر وزارت علوم هستند؟! برای آن‌ها همین خوش‌رقصی‌ها حائز اهمیت است و نه موفقیت آقای دکتر روحانی.» حجت‌الاسلام صدیقی نیز در خطبه‌های نماز جمعه تهران در تاریخ 4 مرداد سال 1392 درباره وزارت علوم این‌چنین گفت: «خدا نکند که دولت دچار غفلت شده و وزیر علوم یا روسایی در دانشگاه‌ها منصوب کند که بوی فتنه می‌دهند؛ یا اینکه جریانات سکولار به عنوان حاشیه در دانشگاه‌ها فضای علمی را کمرنگ کنند.» البته در همان زمان که گمانه‏زنی‏هایی در مورد ورود او به کابینه یازدهم مطرح شد همچنین گفته شد فرجی دانا در کانادا به سر برده و از قبول این پست امتناع کرده است.  

بعد از عدم رأی اعتماد مجلس به جعفر میلی‌منفرد به عنوان وزیر پیشنهادی علوم و تحقیقات دولت یازدهم، حسن روحانی، رئیس‌جمهور، جعفر توفیقی را به سمت سرپرست این وزارتخانه منصوب كرد.درحالی‌که اكثر گمانه‌زنی‌ها توفیقی را وزیر پیشنهادی دولت می‌دانست، شامگاه 27 مهرماه 1392، دفتر رئیس‌جمهور،‌ نامه حسن روحانی مبنی بر معرفی 3 وزیر پیشنهادی باقیمانده دولت یازدهم را برای تصدی وزارتخانه‌های "آموزش و پرورش"،"علوم، تحقیقات و فناوری" و "ورزش و جوانان" را جهت بررسی صلاحیت آنان از سوی نمایندگان مجلس به دفتر علی لاریجانی رئیس مجلس نهم شورای اسلامی ارسال کرد. ایشان رضا فرجی ‌دانا را به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس شورای اسلامی معرفی کرده بود. 

پس از استعفای مصطفی معین در سال 1382، خاتمی میلی منفرد را به عنوان سرپرست وزارت علوم منصوب کرد ولی در نهایت فرجی دانا را که آن هنگام ریاست دانشگاه تهران را بر عهده داشت، به مجلس معرفی کرد؛ اما با عدم رأی اعتماد مجلس ششم به وی، جعفر توفیقی گزینه بعدی خاتمی بود که رأی اعتماد مجلس ششم را به دست آورد.  همین چرخه 10 سال بعد با جابجایی نقش افراد در دولت روحانی نیز تکرار شد. حسن روحانی ابتدا میلی منفرد را به مجلس معرفی کرد که با عدم رأی اعتماد مجلس مواجه شد، سپس توفیقی سرپرست شد تا فرجی دانا گزینه نهایی روحانی برای تصدی وزرات علوم باشد.  

رضا فرجی دانا در ابتدای برنامه خود، در مقدمه‌ای به نقش انقلاب اسلامی در تغییر و تحولات اساسی در کشور اشاره کرده و آورده بود: «انقلاب اسلامی تغییر و تحولات اساسی در بنیان‌های فرهنگی، سیاسی، اجتماعی و علمی کشور رقم زد و در حوزه علم و فناوری، اندیشه و رهنمودهای حضرت امام (ره) در مورد دانشگاه و دانشگاهیان سرلوحه سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی توسعه علوم، تحقیقات و فناوری گردید... انسجام و یکپارچگی در راهبری کشور با رهبری داهیانه رهبر فرزانه کشور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای و تأکیدهای مکرر ایشان بر ضرورت توسعه علمی کشور همچون گذشته راه را برای در نوردیدن افق‌های جدید در حوزه علم و فناوری هموار کرد و باعث ارتقاء بیش از پیش شأن و جایگاه دانشگاه و دانشگاهیان گردید...»      ارائه برنامه ای براساس دیدگاههای مقام معظم رهبری و قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی    وی این برنامه را با رویکردی آینده‌نگر و منعطف و بر اساس اسناد بالادستی دیدگاه‌ها و ابلاغیه‌های مقام معظم رهبری، قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی و مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی تهیه و تدوین کرده است؛ علاوه براین، دیدگاه‌ها و انتظارات نخبگان و اعضای هیئت‌علمی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی در قالب کارگروه آموزش عالی ستاد انتخاباتی دکتر حسن روحانی و کارگروه تدوین برنامه وزارت اخذ گردیده و بر آن اساس، چارچوب برنامه وزارت متبوع احضاء و تدوین شده است.   در برنامه فرجی دانا آمده بود: "همان‌گونه که در تدوین این برنامه، تبعیت از اسناد و قوانین بالادستی و مشی اعتدال و خرد جمعی حاکم بوده است، در اجرای آن نیز با کمک، همفکری و همکاری جامعه دانشگاهی، پیگیری نقشه راه ترسیم شده بر مبنای آرمان‌های حضرت امام (ره) و مقام معظم رهبری در جهت تداوم پیشرفت علمی کشور مبنای عمل خواهد بود."      مهمترین‏ها در برنامه فرجی دانا  فرجی دانا در ادامه برنامه خود مهم‌ترین فرصت‌ها: توجه و اعتقاد ویژه مقام معظم رهبری به پیشرفت علمی کشور، دیدگاه‌های ریاست محترم جمهور، مرجعیت علمی و اجتماعی جامعه دانشگاهی در نگاه مردم و...    مهم‌ترین نقاط قوت: وجود قوانین و مقررات و اسناد بالادستی خاص در حوزه علم و فناوری، سرعت بالای رشد علمی کشور، توسعه تحصیلات تکمیلی و کاهش اعزام دانشجویان به خارج، تنوع‌بخشی در نظام‌های عرضه آموزش عالی، ورود بخش خصوصی به آموزش عالی و ... مهم‌ترین تهدیدها: بالابودن میزان بیکاری دانش‌آموختگان دانشگاه‌ها، افزایش بی‌رویه مهاجرت دانش‌آموختگان دانشگاه‌ها، عدم انسجام در نظام سیاست‌گذاری و اجرا در آموزش، پژوهش و فناوری.   مهم‌ترین نقاط ضعف: فقدان رویکرد درست نسبت به موضوع اسلامی شدن دانشگاه‌ها، عدم تحقق اهداف اجرایی کرسی‌های آزاداندیشی و نظریه‌پردازی در دانشگاه‌ها، عدم تناسب توانمندی‌های دانش‌آموختگان با نیازهای کشور، عدم تناسب بین رشد کمی و کیفی آموزش عالی، پژوهش و فناوری و ... را بیان کرد.  و در نهایت به ارزش‌های بنیادین نظام علم و فناوری و اصول و باورهای نظام علم و فناوری جمهوری اسلامی ایران، حرمت نهادن به مالکیت فکری و رعایت اکید حقوق مرتبط با آن، تاکید به عاملیت بی‌بدیل دانشگاه در توسعه پایدار و متوازن، اعتقاد به آموزش و پژوهش به مثابه سرمایه‌گذاری اشاره کرده بود.    

قاسم جعفری، نماینده مردم بجنورد، جاجرم، مانه و سملقان در مجلس نهم، در گفت وگو با خبرنگار اجتماعی خبرگزاری خانه ملت در 28 مهرماه 1392، اقدام رئیس‌جمهور در معرفی نکردن جعفر توفیقی به عنوان گزینه پیشنهادی وزارت علوم را مثبت ارزیابی کرد و گفت: «اقدام رئیس‌جمهور برای معرفی نکردن توفیقی به مجلس برای اخذ رأی اعتماد اقدامی دور از انتظار؛ اما پسندیده بود از این جهت که صلاح کشور را در نظر گرفت... در طول مدتی که فرجی دانا ریاست دانشگاه تهران را بر عهده داشت کارهای مثبتی از وی دیده شد.» جعفری در ارزیابی نظر مجلس نسبت به فرجی دانا، ادامه داد: «تاکنون که مخالفتی با گزینه پیشنهادی دولت برای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری دیده نشده و به احتمال خیلی زیاد نظر مجلس درباره وی مثبت است. سه‌شنبه (30 مهر 1392) رضا فرجی دانا برای ارائه برنامه‌های خود میهمان کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس خواهد بود. با ارائه برنامه‌‌ها از سوی وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری بی‌شک راه کسب رأی اعتماد برای فرجی دانا هموار خواهد شد.»  علی مطهری، نماینده مردم تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر، در گفتگو با خبرگزاری خانه ملت در 30 مهرماه 1392، با اشاره به معرفی 3 وزیر پیشنهادی «علوم، تحقیقات و فناوری»، «آموزش و پرورش» و «ورزش و جوانان» به مجلس و در پاسخ به سؤالی درباره موضوعات مطرح شده مبنی بر برنامه‌ریزی دولت برای انتخاب جعفر توفیقی به عنوان سرپرست و بعد معرفی رضا فرجی دانا به عنوان وزیر پیشنهادی به مجلس گفت: «به طور حتم دولت روحانی مصمم به معرفی توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری بود؛ اما طبق اطلاع من رهبر معظم انقلاب با معرفی وی به عنوان وزیر پیشنهادی مخالفت کرده‌اند.»     واکنش لاریجانی به صحبتهای مطهری علی لاریجانی، رییس مجلس نهم، در تاریخ چهارشنبه 1 آبان ماه سال 1392، در واکنش به صحبتهای مطهری در خصوص معرفی سه وزیر پیشنهادی باقی‌مانده دولت یازدهم، ارتباط آن با نظر مقام معظم رهبری را مردود دانست و تأکید کرد: «این مسایل به تصمیم قوه مجریه و مقننه مربوط است.»  

جلسه رأی اعتماد به سه وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری، آموزش و پرورش و ورزش و جوانان، یکشنبه 5 آبان ماه سال 1392 در صحن علنی مجلس شورای اسلامی برگزار ‌شد. طبق آیین‌نامه داخلی پارلمان، پس از ورود مجلس به دستور کار، سخنرانی دکتر روحانی، رییس دولت یازدهم، در دفاع از وزرای پیشنهادی در صحن علنی مجلس شورای اسلامی آغاز شد. وی در ادامه دفاعیات خود از سه وزیر پیشنهادی، در خصوص رضا فرجی دانا وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری گفت: "من در زمینه دانشگاه و آموزش عالی سخن فراوان دارم که در حوصله امروز این جلسه نیست به دلیل اینکه هم فرصت من محدود است و هم حوصله شما محدودتر بنابراین به طور خلاصه بر این نکته تاکید می‌کنم که ما نیازمند به دانشگاهی هستیم که بتواند مهارت‌های لازم را به دانشجو بیاموزد و پس از دوران دانشگاه بتواند به جامعه خدمت رسانی کند. دانشگاه باید به صنعت، تولید، بازار، جامعه و بازار کار متصل شود. چنین وزارتخانه‌ای که می‌خواهد این تحولات را در دانشگاه بر عهده بگیرد نیاز دارد به انسان فرهیخته‌ای که هم اهل علم باشد هم اهل حلم باشد. دکتر فرجی دانا، دارای این شایستگی‌ها هست که بتواند این تحول را در دانشگاه پیگیری کند."    روحانی ادامه داد: "در اولین لیستی که این دولت برای وزارت علوم آماده کرده بود؛ در میان اسامی نام فرجی دانا هم بود اما وی در آن مقطع به دلیل اشتغالاتش نمی‌توانست مسئولیت را بر عهده بگیرد. فرجی دانا در یک محیط مذهبی مثل قم پرورش‌یافته و در دانشگاه‌های مختلف در آموخته و مدیریت‌های مختلف علمی را از دانشکده تا دانشگاهی مثل دانشگاه تهران، کسب کرده است. برخی از بخش‌های زندگی‌اش در خدمت سپاه پاسداران و دفاع مقدس، صرف شده است. وقتی با وی درباره آینده دانشگاه صحبت کردیم، احساس کردم که در بسیاری از موارد باهم هم نظر هستیم و وی برنامه‌های دولت را پذیرفته است."    

در جلسه علنی مجلس شورای اسلامی که در تاریخ 5 آبان ماه سال 1392 برای بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی تشکیل شده بود؛ تعدادی از نمایندگان مجلس در موافقت و مخالفت با برنامه‌های وزیر پیشنهادی رییس‌جمهور برای تصدی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری سخنرانی کردند. جواد هروی، زهره طبیب زاده نوری، نمایندگانی بودند که به عنوان مخالفان وزیر پیشنهادی علوم سخنرانی کردند.      فرجی دانا چگونه درجه استاد تمامی را با این کارنامه علمی دارد.   جواد هروی نماینده مردم قائنات در مجلس نهم در مخالفت با رضا فرجی دانا وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری بابیان اینکه آموزش عالی امروز ستون فقرات نظام است و وزیر علوم حساس‌ترین شخص علمی و با کفایت‌ترین و با درایت‌ترین پشتوانه را باید در این عرصه داشته باشد گفت: "آیا آقای فرجی دانا قدرت به دست گرفتن این سکان را در این دریای متلاطم دارد و آیا آشنایی وی با آموزش عالی و بحث آموزش و پژوهش به نحوی هست که بتواند از پس این منصب و جایگاه بر آید؟"  عضو کمیسیون آموزش تحقیقات مجلس تصریح کرد: "آیا آقای دکتر از ترکیب هیئت امنای دانشگاه‌های غیرانتفاعی و یا دانشگاه آزاد اسلامی اطلاع دارند؟ بعضی از مباحث کلیدی و بدیهی را در برنامه ایشان مشاهده نمی‌کنم. آیا آقای فرجی دانا با چند سال ریاست یک دانشگاه، اشراف دقیقی به دانشگاه‌های کشور دارند؟ امروز بالغ بر 2 هزار و 500 دانشگاه در این کشور وجود دارد و اینکه هدایت 2500 دانشگاه با هدایت صرفاً دانشگاه تهران تفاوت زیادی دارد." هروی با اشاره به لزوم تحول در علوم انسانی گفت: "آیا آقای فرجی دانا توانایی تحول در علوم انسانی را دارد با توجه به اینکه تخصص وی علوم انسانی نیست؟ ایشان با چه پیشینه‌ای می‌خواهند تحول در علوم انسانی و ارتقای جایگاه علوم انسانی را در کشور پیاده کنند؟ کسی می‌تواند در علوم انسانی تحول ایجاد کند که بر آن اشراف داشته باشد. حداقل این است که رشته و تخصص وی علوم انسانی باشد و مطالعات و تحقیقات نیز در این زمینه داشته باشد."   وی بابیان اینکه آموزش عالی ما متأسفانه آموزش محور است گفت: "سکان این وزارتخانه را باید فردی به عهده بگیرد که با پژوهش یگانه باشد و نه بیگانه تا دانشگاه‌های ما را به سمت پژوهش محوری هدایت کند؛ اما آقای فرجی دانا حتی یک کتاب نیز در کارنامه خود ندارد و تمام مقالات یا کار گروهی بوده و یا کار دانشجویانش بوده است و این را از نمایندگان خواهش می‌کنم که دقت نمایند. فردی را می‌خواهیم انتخاب کنیم که می‌خواهد بر مسند آموزش عالی کشور بنشیند و این موارد جزو بدیهیات است که یک وزیر علوم باید سرآمد ملی و پژوهشی مملکت باشد اما در کارنامه فرجی دانا متأسفانه چنین مسئله‌ای دیده نمی‌شود." وی در پایان برنامه‌های ارائه‌شده از سوی فرجی دانا را کلیشه‌ای خواند و گفت: "به نظر بنده ایشان حتی فرصت اینکه یک بار قانون برنامه 5 ساله پنجم را بخوانند نداشته است."      تضمینی برای عدم تکرار وقایع 78 و 88 با وزیر شدن فرجی دانا وجود ندارد.   زهره طبیب زاده نماینده مردم تهران در مجلس نهم در سخنانی به عنوان دومین مخالف رضا فرجی دانا وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری، برنامه‌های فرجی دانا را ایده‌آلیستی خواند و اظهار داشت: "این برنامه‌ها عملی و کاربردی نیست، ارائه این برنامه‌ها از سوی فرجی دانا نمایانگر عدم اشراف به امکانات و منابع کشور و منابع وزارت علوم است. برخورد ذهنی شما با امکانات موجود مغایرت دارد، برنامه‌های شما شعاری و بدون در نظر گرفتن منابع مالی است و هیچ مسیر مشخص زمان‌بندی برای حل مشکلات و دسترسی به اهداف در برنامه‌های فرجی دانا وجود ندارد."  این نماینده مجلس در بخش دیگری از سخنانش خطاب به فرجی دانا تصریح کرد: "خواهشمندم رابطه فکری خود را با مقوله‌های دانشگاه تک جنسیتی، تفکیک جنسیتی کلاس‌ها در حد مقدورات، اجرای اردوهای مختلط در دوران اصلاحات، رعایت کردن ظواهر اسلامی در دانشگاه‌ها، برخورد با دانشجویان و اساتید ستاره‌دار و افرادی که دانشگاه را به صحنه جنگ خیابانی تبدیل کرده بودند، بیان کنید."  طبیب زاده ادامه داد: "در جریان انتخابات اخیر بارها در مورد دانشجویان ستاره‌دار صحبت شد که صرفاً کارکرد انتخاباتی داشت، اگر منظور شما از استاد و دانشجوی ستاره‌دار، افرادی هستند که سردمدار برپایی تحصن‌ها و تظاهرات دانشجویی و امثال واقعه 16 آذر در فتنه 88 در دانشگاه‌ها و خیابان‌ها هستند که مبادرت به حرمت‌شکنی به عکس امام و رهبر معظم انقلاب کرده‌اند یا عناصری که جریان فتنه 78 کوی دانشگاه را رقم زدند یا چادر نمایشگاه دانشجویان بسیجی دانشگاه علم و صنعت را به آتش کشیدند یا مسائل اخلاقی داشتند که کمیته انضباطی با آنان برخورد کرد، بفرمایید تا مجلس شورای اسلامی در این مقوله مواضع صریح شما را به روشنی بداند."   طبیب زاده در ادامه سخنانش یادآور شد: "آیا پس از کسب رای اعتماد از مجلس تشکیل دانشگاه‌های تک‌ جنسیتی باید به تاریخ بپیوندد؟ آیا برای نشان دادن سعه‌صدر مسئولین به طیف‌های دانشجویی که سردمدارانشان نظیر علی افشاری‌ها هستند، به آن‌ها فضای باز فعالیت سیاسی می‌دهید؟ آیا دانشجویانی که چادر نمایشگاه بسیج را آتش زدند، بنا بر روحیه نقد‌پذیری، سوختن ارزش‌های دینی را در دانشگاه‌ها مشاهده و برخورد انضباطی با خاطیان به عمل نمی‌آورید؟  با توجه به سوابق و گرایشات سیاسی شما چه تضمینی وجود دارد که وقایع سال 78 و 88 بار دیگر در دانشگاه‌های تحت مسئولیت شما تکرار نشود و تحصن دانشجویی و اعتصاب‌ها برای برداشتن حصر از سران فتنه شکل نگیرد؟ اردوهای مختلط اعزامی به خارج از کشور با پول بیت‌المال برای مشاهده معماری کشورهای اروپایی که به سفرهای سیاحتی بیشتر شباهت داشت تا اردوهای علمی، چه تضمینی وجود دارد که بار دیگر از سر گرفته نشود و دل مقام معظم رهبری به درد نیاید که زبان به اعتراض نگشایند."             در ادامه جلسه بررسی صلاحیت وزرای پیشنهادی، چند تن از موافقین وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری در صحن بهارستان به بیان علت موافقت خود با گزینه پیشنهادی رییس‌جمهور پرداختند.                     پیوستن فرجی دانا به سپاه پاسداران دلیل بر تبعیت وی از ولایت است.            علی‌اکبر آقایی نماینده مردم سلماس در مجلس نهم در جریان بررسی صلاحیت وزیر پیشنهادی علوم در موافقت با وی اظهار داشت: "توجه ویژه و خاص به اسناد بالادستی، رهنمودهای مقام معظم رهبری، سیاست‌های کلی برنامه پنجم توسعه، سند چشم‌انداز و قانون اهداف و وظایف وزارت علوم و تجاری‌سازی نوآوری‌ها، مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی و سند دانشگاه اسلامی از جمله برنامه‌های وزیر پیشنهادی علوم است."          وی با اشاره به سوابق فرجی دانا نیز گفت: "فرجی دانا با درجه دکتری به عنوان هیئت‌علمی دانشگاه تهران، استاد تمام در رشته مهندسی برق این دانشگاه و در مسئولیت اجرایی تجارب ارزشمندی دارد. وی در فاصله تعطیلات دانشگاه‌ها در سال 1359 به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پیوست و تا بازگشایی دانشگاه‌ها در مسئولیت‌های مختلف در سپاه، به نظام جمهوری اسلامی ادای دین کرد؛ اما با بازگشایی دانشگاه‌ها به اشتغال در وزارت علوم پرداخت."            آقایی با اشاره به دیگر برنامه‌های فرجی دانا تاکید کرد: "توجه ویژه به موضوع اسلامی شدن دانشگاه‌ها، تحقق اهداف اجرایی کرسی‌های آزاداندیشی و نظریه‌پردازی، تمرکززدایی در مدیریت آموزش عالی در دانشگاه‌ها، همگرایی و هدفمندی پژوهش‌ها در کشور و افزایش سهم دانش کشور از مهم‌ترین اهداف فرجی دانا است. امروز، هم هدفی و اقبال مجلس با دولت می‌تواند نقطه عطفی در درک متقابل از مسائل کشور باشد؛ رای مثبت و بالا به فرجی دانا نشانه این اهمیت خواهد بود."         وی ادامه داد: "برخی نمایندگان این سؤال را مطرح کردند که آیا می‌دانید تعداد اعضای کمیسیون آموزش و پژوهش چند نفر است؛ به فرض اینکه وزیر بداند یا نداند، آیا با دانستن این موضوع قطعاً شما به وی رای اعتماد می‌دهید و آیا این از ویژگی‌های یک وزیر است."           نماینده مردم سلماس با اشاره به اظهارات طبیب زاده نوری نماینده مردم تهران در مخالفت با وزیر علوم گفت: "تمام تمرکز خانم طبیب زاده بر اعتبارات بود. اعتبارات را مجلس مصوب می‌کند و هیئت دولت آن را پیشنهاد می‌دهد. وزیر، بخشش اعتبار بالا را از خدا می‌خواهد و ما باید این اعتبارات را در اختیار وزیر بگذاریم."            آقایی با اشاره به مطرح کردن موضوع تفکیک جنسیتی توسط یکی از نمایندگان افزود: "فرجی دانا در برنامه 28 صفحه‌ای خود 21 بار از مقام تبعیت از رهنمودهای مقام عظمای ولایت نام‌برده و وی به مقام ولایت، امام (ره) و انقلاب اعتقاد دارد و دلیل اصلی این موضوع هم پیوستن به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی است."                     در زمان فرجی دانا در دانشگاه تهران هیچ‌گونه التهابی را شاهد نبودیم.             مهرداد لاهوتی نماینده مردم لنگرود در مجلس نهم که به عنوان موافق وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری در پشت تریبون مجلس قرار گرفت، با اشاره به انتقادات مطرح‌شده درباره فرجی دانا گفت: "آقای هروی از مشکلات و مسائل جاری وزارت علوم گفتند ولی آقای فرجی دانا تازه قرار است در صورت تأیید مجلس به این وزارتخانه بروند و قرار نیست مشکلات قبل را وی پاسخ دهد."            نماینده مردم لنگرود انتقاد یکی از نمایندگان به عدم پرداخت به موضوعات دانش بنیان در برنامه فرجی دانا را رد کرده و تصریح کرد: "در برنامه آقای فرجی دانا به این موضوع توجه جدی شده و تمام 74 بند از برنامه ارائه‌شده از سوی وی منطبق بر اسناد بالادستی و برنامه پنجم است."         نماینده مردم لنگرود با اشاره به تحصیلات فرجی دانا اضافه کرد: "وزیر پیشنهادی علوم از دانشمندان برجسته کشور بوده و سلسله‌مراتب کاری را دنبال و تمام سوابق کاری‌اش در وزارت علوم بوده است." وی مدیریت فرجی دانا در دانشگاه تهران را یادآور شد و تصریح کرد: "در زمان وی در دانشگاه تهران هیچ‌گونه التهابی را شاهد نبودیم و از رشد علمی خوبی برخوردار بودیم."            نماینده مردم لنگرود با اشاره به اظهارات طبیب زاده گفت: "خانم طبیب زاده از یک طرف می‌گوید که فرجی دانا برنامه ندارد و از طرف دیگر ادعا می‌کند که برنامه‌های وی 20 سال زمان می‌برد تا اجرا شود؛ این اظهارات با یکدیگر در تناقص است البته نگرانی‌های او درست است."                     از برنامه‌های اساسی فرجی دانا توجه به مالکیت فکری و جلوگیری از خروج نخبگان است.         محمدرضا خان محمدی، نماینده مردم ابهر و خرمدره در مجلس نهم، طی سخنانی در موافقت با برنامه‌های رضا فرجی دانا اظهار داشت: "در تقید در سلامت اخلاقی فرجی دانا چه در دوران تحصیل و چه در دوران مسئولیت وی و همچنین در تعامل سازنده با اقشار و تشکل‌های اساتید و دانشجویان در پردیس دانشگاه تهران کسی شکی ندارد و سلامت نفسانی وی بر کسی پوشیده نیست. آقای فرجی دانا با اینکه در رشته برق دارای دکترا است، اما به رشته‌های علوم انسانی نیز توجه دارد و در مدیریت کلان و استراتژیک می‌تواند یک مدیر لایق باشد، چرا که مدیریت کلان تنها 20 درصد تخصص می‌خواهد و 80 درصد بقیه آن تجربه است که فرجی دانا علاوه بر تخصص دارای تجربه‌های بسیاری نیز هست."           خان محمدی با اشاره به برنامه‌های فرجی دانا گفت: "یکی از موضوعات مهم در بحث دانشگاه‌ها مالکیت فکری است که فقدان این موضوع سبب خروج نخبگان از کشور می‌شود، لذا یکی از برنامه‌های مهم و اساسی فرجی دانا توجه به بحث مالکیت فکری و جلوگیری از خروج نخبگان است. وی همچنین به تحصیل ایثارگران توجه ویژه‌ای داشته است و بیش‌ترین توجه به ایثارگران در دوره مسئولیت وی در دانشگاه تهران صورت گرفته."                        اولویت‌های علمی و پیوند زدن علم با صنعت در برنامه‌های فرجی دانا به چشم می‏آید.          در ادامه محسن علیمردانی نماینده مردم زنجان و طارم در مجلس نهم نیز طی سخنانی در موافقت با فرجی دانا اظهار داشت: "باید وزارت مهمی چون وزارت علوم را به فردی مدیر و سالم سپرد که در این میان فرجی دانا علاوه بر اینکه متخصصی برجسته در رشته برق و در دانشگاه‌های معتبر است، دانشمندی شناخته‌شده و مطرح است که می‌تواند دغدغه‌های مقام معظم رهبری، دولت و ملت از آموزش عالی را تحقق بخشد.           نماینده مردم زنجان تاکید کرد: "اولویت‌های علمی و پیوند زدن علم با صنعت از جمله موضوعات مهمی است که در برنامه‌های فرجی دانا به چشم می‏آید. همچنین انطباق بیشتر محتوا و برنامه‌های آموزشی با مقالات علمی دنیا و کاربردی کردن علوم از جمله نکات مهمی است که فرجی دانا به آن توجه ویژه‌ای داشته است."           وی در پایان سخنان خود تاکید کرد: "رویکرد علمی، عقلانی و اعتدالی فرجی دانا می‌تواند بسیاری از کاستی‌ها را برطرف کند و امید است که با دقت نظر و مسئولیت نمایندگان مجلس شاهد این موضوع باشیم که وزارتخانه کلیدی علوم یک مدیر لایق، صالح و سالم را به خود ببیند." 

سید رضا فرجی دانا که به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری از سوی دکتر روحانی به مجلس معرفی شده بود؛ در جلسه رای اعتماد مجلس در تاریخ 5 آبان ماه سال 92 طی سخنانی ضمن تشکر از رئیس‌جمهور به دلیل معرفی وی برای این وزارتخانه و کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس به واسطه اعلام حمایت این کمیسیون از وزیر پیشنهادی به دفاع از برنامه‌های پیشنهادی خود پرداخت. بخشی از دفاعیات فرجی دانا به شرح زیر است:       رئوس برنامه‌ها با تکیه بر رهنمودهای مقام معظم رهبری و بر پایه اسناد بالادستی شامل قانون اساسی، سند چشم‌انداز 1404، سیاست‌های کلی نظام، قانون برنامه پنجم توسعه، قانون اهداف و تشکیلات وزارت علوم مصوب 1383 و قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان است.        رئوس برنامه پیشنهادی من برای تصدی وزارت علوم در یک مقدمه و 6 سرفصل تقدیم نمایندگان شده است و در آنجا به اختصار گفته‌ام که نهاد آموزش عالی با چه فرصت‌ها و تهدیدهایی روبروست و چه نقاط ضعف و قوتی در شرایط فعلی دارد.        به تعبیر حضرت امام (ره) دانشگاه مبدأ تحولات جامعه است و رهبری نیز علم را سرچشمه قدرت و ثروت ملی معرفی کردند و خوشبختانه در قالب برنامه‌ریزی‌های بنیادین برای توسعه علمی پیشرفت علم و فناوری در کشور در 12 سال گذشته شتابی چشم‌گیر یافته است و ما در این روند با فرصت‌ها و قوت‌های مهمی روبرو هستیم و درعین‌حال چالش‌ها و تهدیدهایی چون عدم انسجام در سیاست‌گذاری و اجرا برای آموزش، پژوهش و فناوری، افزایش بی‌رویه مهاجرت دانش‌آموخته دانشگاه‌ها و بالا بودن میزان بیکاری روبرو هستیم.      عدم تناسب بین رشد کمی و کیفی آموزش عالی پژوهش و فناوری، عدم تناسب توانمندی‌های دانش‌آموختگان با نیازهای جامعه، تمرکز‌گرایی در مدیریت آموزش عالی و ضعف زنجیره تبدیل دانش به فناوری و عدم همگرایی و نبود نهادهای مستقل ارزیابی و اعتبارسنجی از جمله این ضعف‌هاست. من مخالف دانشگاه‌های تک جنسیتی نیستم، البته آن چه مورد تاکید است تقلیل اختلاط است، نه تفکیک جنسیتی.  

در جلسه علنی مجلس که در تاریخ 5 آبان ماه سال 1392 به منظور بررسی صلاحیت سه وزیر باقیمانده از کابینه یازدهم تشکیل شده بود؛ بعد از استماع نظرات موافقان و مخالفان و نیز دفاعیات وزرای پیشنهادی، نمایندگان مجلس نهم به سید رضا فرجی دانا، وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری رأی اعتماد دادند. فرجی دانا از مجموع 221 رأی مأخوذه نمایندگان، با 159 رأی موافق و 70 رأی مخالف و 32 رأی ممتنع، به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری انتخاب شد.