خاویر پرز در سال 1940 وارد وزارت خارجه پرو گردید و از سال 1944 مشغول فعالیت دیپلماتیک شده و قریب به 17 سال به عنوان سفیر پرو در کشورهای فرانسه، انگلستان، بولیوی و برزیل خدمت کرد.، در سال 1961 به وزارت خارجۀ پرو برگشت و سالهای بعد در پستهای متعددی چون مدیر گروه حقوقی، مدیر اداری، مدیر پروتکل و مدیر امور سیاسی انجام وظیفه کرد. در سال 1966، به عنوان دبیر کل (معاون وزیر) امور خارجه منصوب شد و تا سال 1369 که به عنوان سفیر اول پرو برای اتحاد جماهیر شوروی منصوب شد در این پست بود. دیگر سوابق سیاسی سفیر پرو در سوئیس، اتحاد جماهیر شوروی، لهستان و ونزوئلا عضو هیئت اعضامی پرو برای شرکت در اولین جلسه مجمع عمومی سازمان ملل در سال 1946 عضو هیئت اعضامی پرو برای شرکت در اجلاس بیست و پنجم و سی ام مجمع عمومی سازمان ملل

خاویر پرز دکوئیار در سال 1971 به عنوان نمایندۀ پرو در سازمان ملل منصوب و تا سال 1975 در این پست باقی ماند. اهم اقدامات دکوئیار در زمان نمایندگی پرو در سازمان ملل متحدد: شرکت در جلسات مجمع عمومی سازمان ملل متحد در فاصله بین سالهای 1971 تا 1975 در مقام نماینده دائم پرو در سازمان حضور در شورای امنیت در سالهای 1973 و 1974، به نمایندگی از کشور پرو ریاست شورای امنیت در زمان حوادث قبرس در ماه جولای سال 1974 نماینده ویژه دبیر کل سازمان ملل در قبرس از 18 سپتامبر 1975 تا دسامبر 1977 انتصاب به عنوان معاون دبیر کلل سازمان ملل در امور سیاسی در 27 فوریه 1979 نماینده مخصوص دبیر کل سازمان ملل در امور مربوط به افغانستان از آوریل سال 1981 تا ژانویه 1982 انتصاب به عنوان مشاور حقوقی وزارت امور خارجه پرو در سال 1981

اول ژانویه سال 1982، خاویر پرز دکوئیار، به‌ جای "کورت والدهایم"، به عنوان پنجمین دبیرکل سازمان ملل متحد انتخاب شد. بیشترین مقدار از دوره ریاست وی در سازمان ملل مقارن با جنگ تحمیلی عراق علیه ایران بود. وی در سال 1988 در مذاکرات آتش ‌بس بین ایران و عراق نقش فعالی داشت. او در سال 1986 برای بار دوم و به مدت پنج سال دیگر به عنوان دبیر کل سازمان ملل متحد انتخاب شد. در این دوره بود که مذاکرات آتش بس برای پایان دادن به جنگ عراق و ایران در آگوست سال 1988 زمانی که پرز شخصا ریاست آن را برعهده داشت به پایان رسید.

پیروزی انقلاب اسلامی ایران در سال 1978 م (1357ش)، موجب تغییر ساختار قدرت در خاورمیانه شده و نظام امنیتی ساخته و پرداخته غرب در منطقه را با چالش مواجه کرد. از سوی دیگر، "صدام حسین"، پنجمین رئیس جمهور عراق، با طمع رهبری جهان عرب و پر کردن خلا قدرت در منطقه و به دست آوردن امتیازات از دست داده در قرارداد 1975 م (1354ش)، خود را مناسب ‌ترین وسیله برای غرب برای دستیابی به اهداف سلطه ‌گرانه‌اش معرفی کرد. "صدام" ابتدا، اقدام به سرکوبی شیعیان عراق نموده و سپس به بمب‌‌ گذاری در تأسیسات نفتی ایران توسط گروهک‌های ضدانقلاب پرداخت و همزمان در تلویزیون دولتی به بهانه بازپس ‌گیری سه جزیره از ایران، حملات مستقیم و غیرمستقیم تبلیغاتی را متوجه ایران کرد. در نهایت نیز، وزارت خارجه عراق در تاریخ 17 سپتامبر 1980 برابر با 26 شهریور 1359 طی یادداشتی قرارداد 1975 الجزایر را لغو و صدام در برابر دوربین تلویزیون عراق، آن را پاره و در تاریخ 22 سپتامبر 1980 برابر با تاریخ 31 شهریور 1359، حمله سراسری خود را به ایران آغاز نمود. با وجود مشخص بودن تجاوز کار، سازمان ملل به علت فشار ابرقدرت‌ها سال‌ها حق مسلم ایران را پایمال نمود تا اینکه پس از قبول قطعنامه 598 از سوی ایران گروه ناظر نظامی ایران ـ عراق ملل متحد (unimag) تشکیل گردید. سرانجام پس از 11 سال از آغاز جنگ و سه سال بعد از قبول قطعنامه 598 از سوی ایران، با تلاش‌های پی ‌گیر سیاسی مسؤولان نظامی جمهوری اسلامی، ‌حقانیت ایران در دفاع مقدس، به اثبات رسید و خاویر پرز دکوئیار در تاریخ 9 دسامبر 1991 برابر با تاریخ 18 آذر 1370 طی یک گزارش رسمی به شورای امنیت، اعلام کرد که عراق در تاریخ 22 سپتامبر 1980 (31 شهریور 1359) به ایران حمله کرده است. اعلام متجاوز بودن عراق از سوی جامعه بین‌المللی، گرچه بسیار دیر اعلام شد، اما از پیروزی‌های مهمی است که در تاریخ ایران به عنوان حاشیه‌ای بر حماسه عظیم ملت این کشور در دفاع مقدس هشت ‌ساله خود، ثبت گردید.

"علی محمد بشارتی"، از وزرای سابق کشور در مورد ملاقات خاویر پرز دکوئیار با مقام معظم رهبری می گوید: «بعداز صدور قطعنامه 598 سازمان ملل، از سوی کشورهای قدرتمند دنیا بر ایران فشارهای زیادی وارد می شد تا آن را بپذیریم. درهمان ایام خاویر پرزدکوئیار دبیر کل وقت سازمان ملل متحد، برای رایزنی های لازم به ایران آمد و با حضرت آیت الله خامنه ای که آن زمان رییس جمهور بودند، ملاقات کرد. پس ازملاقات، دکوئیار به من گفت: رییس جمهور شما از کدام دانشگاه علوم سیاسی فارغ التحصیل شده است؟ گفتم: چطور؟ گفت: من از چند دانشگاه معتبر دنیا مدرک دکترای علوم سیاسی دارم و بیش از سی سال است که کار سیاسی می کنم و ده سال است که دبیر کل سازمان ملل هستم. در این مدت کمتر شخصیت سیاسی و رییس جمهوری هست که وی را ندیده و با او گفتگو نکرده باشم ولی تاکنون شخصیتی سیاستمدار و هوشمندتر از رییس جمهور شما ندیده ام.»

دکوئیار مذاکراتی را که بعلت حضور نظامی شوروی در افغانستان از سال 1980 تحت سمت نماینده ویژه دبیرکل سازمان ملل آغاز کرده بود را ادامه داد تا اینکه تلاشهایش در دوره دوم دبیر کلی خود به ثمر نشست. جریان گفتگو های مسئله افغانستان در ژنو آغاز و 6 سال ادامه یافت و در نهایت به تنظیم قراردادهای ژنو انجامید. گفتگوهای ژنو بین اتحاد جماهیر شوروی سابق، افغانستان، پاکستان و آمریکا تا سال 1986 ادامه یافت و منتهی به امضاء 4 سند شد که به قراردادهای ژنو معروف شده است. قراردادهای ژنو در 14 آوریل 1988 به امضاء نمایندگان 4 کشور مذکور رسید.

خاور پرز دکوئیار در مورد مسئله فلسطینیان رویکرد مثبتی داشت. او در خاطراتش چنین عنوان می کند: «پیش از آنکه دبیر کل سازمان ملل شوم سازمان آزادیبخش فلسطین از سوی مجمع عمومی به عنوان تنها نماینده قانونی مردم فلسطین شناخته شده بود. بنابر این بر خود فرض می دانستم روابطی سازنده با ساف ایجاد کنم به این امید که چنین ارتباطی بتواند به صلح و آشتی در خاورمیانه بیانجامد. در زمانی خیلی کوتاه پس از دبیر کلی ام نامه ای برای رئیس ساف یاسر عرفات فرستادم و آرزو کردم او بداند هر آنچه را شخصا بتوانم در راه توفیق فوری و اجماع خاورمیانه انجام خواهم داد. به او نوشتم که متقاعد شده ام که چنین توافقی باید برای تامین همه حقوق قانونی و پایمال شده مردم فلسطین حاصل شود و ابراز امیدواری کردم که در تماس نزدیک باقی بمانیم. این امید بیشتر از آن چیزی بود که به دست آمد.» دکوئیار در کتاب خاطراتش اضافه می کند که: «بسیاری از اعضای شورای امنیت از من خواستند که برای مدت 2 سال دیگر بمانم، بوش پدر نیز با من بحث می کرد تا اینکه برای دور سوم نیز راضی شوم. به دلیل خستگی شانه هایم از کشیدن این بار نبود که نپذیرفتم، بلکه به دلیل کلمات انجیل بود که تاکید می کند: برای هر چیزی فصلی است. حداکثر فصل موفقیت دبیر کل نیز نمی تواند بیش از 10 سال باشد. بعد از همه اینها، موضوع این نیست که چه رکورد خوبی از خود به جا می گذاری، صدای تازه و چشم اندازی دیگر مورد نیاز است ...»

4 سال پس از اتمام ریاست پرز بر سازمان ملل متحد، وی در سال 1995، در انتخابات ریاست جمهوری در برابر "البرتو فوجیموری" نتوانست توفیقی کسب کند و از راهیابی به کاخ ریاست جمهوری بازماند. بعدها در سال های 2001 تا 2000، به‌ عنوان نخست ‌وزیر پرو منصوب شد. او از سال 2004 به بعد نیز به‌عنوان سفیر پرو در پاریس خدمت کرد.