فدایی قبل از پیروزی انقلاب به همراه تعدادی از جوانان معتقد، در راه اندازی گروه توحیدی بدر، شرکت داشت و در اثنای مبارزه، به دلیل تکیه بر نقش محوری روحانیت در فعالیت سیاسی، با حجت الاسلام شاه آبادی همراه شد و در جهت مبارزه با رژیم شاه، چندین بار به زندان افتاد و در نهایت در روز 22 بهمن 1357 توسط مردم، از زندان آزاد شد. 

حسین فدایی از مؤسسین و اعضای شورای اصلی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی تا سال 65 بود که در این سازمان به همراه آیت الله راستی کاشانی نماینده امام(ره)، در جهت تثبیت خط ولایت و فقاهت، گام برداشت و در مقابل طیف انحرافی این سازمان مقاومت کرد و در این سازمان نقش جدّی در انهدام گروهک فرقان و برخی گروهک های التقاطی داشت. 

فرماندهی ستاد فوریت‌های جنگ وزارت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و تلاش در جهت بسیج تمامی امکانات و نیروها برای حضور در جبهه‌های حق علیه باطل ضرورت ارتباط گسترده فرماندهی سپاه و وزیر سپاه با مجلس شورای اسلامی و تعیین نمایند‌ه‌ای مشترک که مورد اعتماد در امور ذی‌ربط باشد، منجر به نمایندگی آقای فدایی از سوی مسوولان سپاه در امور مجلس شورای اسلامی گردید. ثمره این مسوولیت، ارائه طرح‌های مهمی در زمینه حمایت‌های علمی، آموزشی و برخورداری رزمندگان از تسهیلات دانشگاهی و اشتغال آنان بود.حسین فدایی پس از پایان جنگ، به مدیر کلی بنیاد مستضعفان و جانبازان انقلاب اسلامی استان تهران منصوب گردید. سازماندهی ماموریت ها، رسیدگی به نیازهای عاجل جانبازان، راه اندازی بخش مشاوره و مددکاری جانبازان و برنامه ریزی جهت ایجاد اشتغال جانبازان و توسعه کمی و کیفی فعالیت های بنیاد استان از جمله اقدامات مدیریت وی در این دوران است. 

رئیس هیئت نظارت بر انتخابات سومین دوره شوراهای شهر و روستامدیر کل بنیاد مستضعفان و جانبازان تهرانمعاون مرکز جهانی علوم اسلامیمؤسس جمعیت ایثارگراندبیر کل جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامینائب رئیس کمیسیون اصل 90عضو ستاد مبارزه با مفاسد اقتصاد صدر نمايندگان مجلس هفتموی سال 1382 با رأی مردم تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر، به مجلس هفتم راه یافت. حسین‌فدایی در ابتدای ورود به مجلس، پس از بررسی و مطالعات مختلف، در طی چند نامه، ‌پروژه‌های مختلفی را جهت انجام کار کارشناسانه توسط پژوهشگران مرکز پژوهش‌‌های مجلس درخواست کرد که این روند تداوم داشت به گونه‌ای که وی با درخواست حدود 90 کار پژوهشی و صرف و قت بیش از 9 هزار ساعت کار کارشناسی از سوی کارشناسان مرکز پژوهش در صدر نمایندگان مجلس هفتم قرار دارد.حسین فدایی با حضور در جلسه‌‌‌‌‌‌ سران سه قوه به‌ عنوان نماینده‌ای از مجلس، ریاست کار گروه مبارزه با مفاسد اقتصادی مجلس هفتم و همچنین در کمیسیون اصل 90 قانون اساسی، بیشترین حجم فعالیت خود را بر موضوع مهم مبارزه با مفاسد اقتصادی و احیاء و تقویت نظارت مجلس بر دستگاه‌های اجرایی قرار داد. مجلس هشتمحسین فدایی در مجلس هشتم نیز همانند مجلس هفتم، حضوری مؤثر و فعال در ایفای وظایف نمایندگی خود داشته است. عمده وقت وی در این دوره به پیگیری شکایت ها و گزارش های مردم و نهادهای مختلف در کمیسیون اصل نود درباره تخلفات ارگان ها و نهادهای حکومتی بوده است.نقش محوری در تهیه گزارش مبسوط کمیسیون اصل نود درباره فتنه 88 و قرائت گزیده این گزارش در مجلس و ارجاع آن به قوه قضائیه از مهم ترين اقدامات وی در مجلس هشتم است. مجلس نهمحسین فدایی نامزد نمایندگی مجلس نهم بود که موفق به کسب آرای لازم نشد و از نشستن بر کرسی مجلس باز ماند. 

7 نماینده از جمله حسین فدایی در بیانیه ای درخصوص سئوال از رئیس جمهور پیشنهاد کردند که به جای طرح سوال، در اسفند ماه سال 90، احمدی نژاد به مجلس دعوت شود و نمایندگان با دولت‏مردان به گفتگو نشینند و با تعاملی دو جانبه برای چاره جویی مشکلات واقعی، اهتمام ورزند. 

موضع گیری های حسین فدایی علیه فتنه، پیش از اغتشاشات و آشوبهای خرداد 88 آغاز شد، زمانی که در نطق میان دستور خود در اردیبهشت 88، از کانون فتنه و قدرت طلبان فتنه گر و پیوند آنها از ابتدای انقلاب سخن به میان آورد.این سخنان فدایی در آستانه انتخابات از تریبون مجلس، بازتابهای بسیاری را برانگیخت و مخالفت های زیادی را شامل شد. اما صدق مطالب او به فاصله کمتر از دو ماه در پیوند کامل همه دشمنان انقلاب در  فتنه 88، خود را نمایان ساخت. فدایی به همین جا بسنده نکرد و تا ماهها از تاکتیک ها و توطئه های این جریان پرده برداری کرد:  جریان فتنه جریان فتنه می‌گوید که: «برای زندگی مردم ناکارآمدی‌های دولت آنقدر سنگین و سخت شده  و انقدر در مسائل جاری و زندگی روزمره مردم  مشکلات بوجود آمده که مردم دارند اعتراض می‌کنند پس ما نارضایتی‌های مردم را باید سامان دهیم و تبدیل کنیم به اعتراض اجتماعی و اعتراضات اجتماعی را بکشانیم به کف خیابان و در کف خیابان مسئله خودمان را حل کنیم» پس استراتژی خط فتنه، کشاندن مردم به کف خیابان شد.   نظام سلطه اما برنامه نظام سلطه این است که: «باید فشارهای اقتصادی را به جمهوری اسلامی افزایش بدهیم و وقتی که فشارهای اقتصادی در رابطه با تحریم افزایش پیدا کرد و عملیات روانی که انجام می‎دهیم مردم ناراضی می‌شوند و وقتی که مردم ناراضی شدند آن را تبدیل کنیم به اعتراض اجتماعی. وقتی اعتراض اجتماعی در مورد چرایی این مشکلات اقتصادی بوجود آمد، علّت آن را به مردم معترض می گویند: اینکه آنها حاضر نیستند بر سر مسأله ی هسته ای با ما به مذاکره بنشینند و از خواسته‌هایشان دست بردارند و این یعنی ریشه ی تمام مشکلات بوجود آمده را ایستادگی رهبری نظام و جمهوری اسلامی بر روی مواضعش است! آن وقت مردم می گویند: ما انرژی هسته ای نمی خواهیم و با غرب مذاکره کنید! بعد در علت عدم مذاکره با آمریکا نشانه را به سمت رهبری می بریم و به مردم می گوییم: رهبری است که روی مواضع خودش ایستاده است و موجب تحمیل این شرایط به شما شده است» پس هدف آنها این است که فشار اجتماعی را زیاد کنند تا منجر به تغییر در محاسبات مسئولین نظام شود، تا تصمیمشان تغییر پیدا کند. این حداقلی است که مورد توافق همه دشمنان است. بعضی‌ها دنبال این تغییر هستند تا مراحل مختلفی دارد که بیایند بر سر میز مذاکره بنشینند که از اصول خودشان دست بردارند، سازشکار شوند و خط سازش را دنبال کنند. نقش هاشمی در فتنه  88 فدایی 30 بهمن 88 در شهرک محلاتی اظهار داشت: «نیروهای دوم خرداد با همراهی هاشمی رفسنجانی با جوسازی بحث عدم صلاحیت دولت، زیر سؤال بردن خدمات دولت را آشکارا بیان کردند و با طرح وحدت ملی برخی از عناصر مدعی اصولگرایی را به سمت خود کشانده و فضای سیاهی را علیه احمدی‌نژاد ایجاد کردند.»   جریان انحراف جریان انحراف به دنبال این می‌گردد که جامعه را دو قطبی کند، بگوید که جامعه ما یک اکثریت قابل توجه‌ای از محرومین و مستضعفین هستند و یک 5% یا 6% سرمایه‌داران، پولداران، پول‌ پرستان هستند و جنگ فقر و غنا در جامعه به راه بیندازند و مردم را مجدداً در مقابل هم قرار دهند و به پندار و توهم خودشان که اگر با یک کمک‌هایی به مردم محرومین و مستضعفین را از خود راضی کند می‌تواند استمرار قدرت بدهد. نقاط مشترک مواضع انحراف و فتنه و استکبار جهانیایجاد اختلاف و شکاف و بدبینی بین اصولگرایاندامن زدن به اختلافات نیروهای انقلابکم اثر کردن و بی‌اعتبار سازی نهادها و افراد مرتبط با رهبریاختلاف اندازی بین روحانیت و مراجعاختلاف‌اندازی بین قوا خصوصاً سران قواتضعیف رهبری و القاء نا کارآمدی ولایت فقیهتضعیف و تخریب نهادهای نظارتی و نهادهای منتسب به رهبریفرعی کردن مسائل اصلی و حاشیه سازیبحرانی جلوه دادن شرایط کشور و بزرگ نشان دادن خطر هر کدام برای گرفتن امتیاز از نظامفشار مشترک برای انفعال نظام و امتیازگیریبزرگنمایی مشکلات و ترویج یأس و سیاه نماییترویج ابهام و تردیدالقاء ناکارآمدی حکومت دینیبزرگنمایی توان دشمنسامان دادن به کانون های فاسد قدرت، ثروت، رسانهکم فروغ ساختن انتخابات مسیر فتنه در شرایط کنونی اکنون دشمن دوباره سناریویی برای ملت و انقلاب اسلامی نوشته است که باز با همسویی جریانات مختلف به وجود می آید که باید در مقابل آن هوشیاری کامل را به خرج بدهیم و ان شاالله با تبعیت کامل از رهبری عظیم الشأن از گردنه نیز به موفقیت عبور کنیم. در این فتنه ی جدید که دشمنان در حال برنامه ریزی هستند سه جریان به طور مخصوص در حال نقش آفرینی هستند؛ جریان انحرافی، جریان فتنه و نظام سلطه که در خروجی کار، در صحنه اجرا رفتارشان عین هم است و همه می‌خواهند که به مردم فشار بیاورند و درگیری اجتماعی درست کنند و اعتراضات اجتماعی سامان بدهند که بتوانند از نظام امتیاز بگیرند. انحراف می‌خواهد از ملت و نظام امتیاز بگیرد که برای خودش بقای در قدرت داشته باشد، فتنه می‌خواهد از نظام امتیاز بگیرد برای اینکه برگردد به نظام و خودش را تطهیر کند و اینکه بتواند نظام را به سازش بکشاند و خط سازش را در کشور حاکم شود.  

حسین فدایی، روز چهارشنبه دوم اردیبهشت سال 1388، در نطقی 20 دقیقه‏ای، با حمله شدید‌اللحن به مخالفان دولت نهم، آن‌ها را «مهره‌های اصلی و مسئله‌دار باند مخوف مهدی هاشمی معدوم، حلقه کیان، افراطیون جبهه مشارکت و سازمان مجاهدین، سردمداران و سرمایه‌گذاران روزنامه‌های زنجیره‌ای، ملی‌مذهبی‌ها، سکولارها و لائیک‌ها، غائله‌افکنان قتلهای زنجیره‌ای، سابقه‌داران از منافقین و لیبرالها، نهضتی‌ها و افراطیون مدعی انقلابی‌گری که طراحان اصلی ایده کنارگذاردن نیروهای ارزشی و استحاله نظام در دوران دوم خرداد بوده‌اند»، نامید و به دفاع از شخص محمود احمدی‌نژاد و دولت متبوعش پرداخت.نطق فدایی که با فریادهای «احسنت احسنت» و تکبیر برخی از نمایندگان همراه بود، فضای مجلس را برای دقایقی تحت تاثیر قرار داد و از آن‌جا كه نطق فدايی بيش از زمان قانونی به طول انجاميد، مصطفی كواكبيان عضو فراكسيون اقليت نسبت به اين موضوع اعتراض كرد. 

فدایی با تأکید بر اینکه بیش از 90  درصد مسائل کشور در اختیار رئیس جمهور است، گفت: کسی که مدعی مبارزه با مفساد اقتصادی است برای جابجا شدن میلیاردها تومان اهمیت قائل نمی‌شود. پس از آنکه رهبر معظم انقلاب در سال 1380، فرمان 8 ماده‌ای مبارزه با مفاسد اقتصادی را ابلاغ فرمودند، ستادی با عنوان ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی با حضور سران قوا و مسئولین ذیربط تشکیل شد و بر این اساس، جلسه ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی هر 3 ماه یکبار برگزار می‌شد؛ اما جلسات خیلی تشریفاتی بود و اصلا هیچ خروجی نداشت. عدم حضور احمدی نژاد در جلسات ستاد مبارزه با مفاسد دلیل عدم حمایت آقای احمدی‌نژاد را از ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی را ما نمی‌دانیم، عملاً این جلسات با حضور معاون اول رئیس جمهور برگزار می‌شد و به تبع آن سران قوا نیز در جلسات شرکت نمی‌کردند. آقای احمدی‌نژاد با عدم حضور خود، جلسات ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی را تنزل داد و دیگر این جلسات تصمیمات مهم و اساسی نداشت. عدم اصلاح نظام بانکیبا توجه به گزارش‌ها مشاهده می‌شود سرنخی از مفاسد اقتصادی در بانک‌ها وجود داشت، لذا سامان دادن به بانک‌ها یک امر تقریبا قابل قبول و مشترک برای همه است. در طرح تحول اقتصادی، سامان دادن به وضعیت اقتصاد کشور که تغییر و تحول اقتصادی بود یکی از محورها ساماندهی نظام بانکی در نظر گرفته شد. احمدی نژاد شعار داد ولی نظام بانکی را اصلاح نکرد.بالاخره بعد از مدتی بنده به آقای احمدی‌نژاد گفتم که شما می‌دانید بانک‌ها چه وضعیتی دارند؟ آقای احمدی‌نژاد گفت «بله، می‌دانم.» گفتم پس چرا وضعیت موجود را درست نمی‌کنید. آقای احمدی‌نژاد گفت: «من اختیار ندارم.» من به آقای احمدی‌نژاد گفتم که این حرف را نزنید؛ زیرا اکثر بانک‌ها دولتی هستند و یا اینکه اگر خصوصی‌ نیز باشند توسط شرکت‌های دولتی اداره می‌شود. این بدترین جواب ممکن آقای احمدی‌نژاد در رابطه به این مسئله بود. بعد آقای احمدی‌نژاد گفت که اگر به من اختیارات لازم را بدهند من یک ماهه معضلات بانکی را حل می‌کنم. جابجا شدن میلیاردها تومانفدایی با اشاره به برخورد شعاری و بهره مندی قدرت طلبانه از بحث مبارزه با فساد اقتصادی گفت: از سوی دیگر در مصداق‌های پرونده‌ها مشاهده می‌شود که از نواحی مستقیم و غیرمستقیم حمایت‌هایی وجود دارد. بعد کسی که فریاد می‌زند مدعی پرچمداری مبارزه با مفاسد اقتصادی است و لباس ساده می پوشد و حتی غذای خود را از منزل می‌آورد، اهمیتی برای جابجا شدن میلیاردها تومان قائل نمی‌شود.اگر آقای احمدی‌نژاد از ابتدا 10 جلسه یا 15 جلسه به سامان‌دهی نظام بانکی اختصاص می‌داد، دیگر کار به اینجا نمی‌رسید ولی به دلیل عدم پیگیری آقای احمدی‌نژاد، الان مشاهده می‌شود که مشکلات بانکی یکی‌یکی نمایان می‌شود. هر چند اخیراً شنیدیم وقت می‌گذارد. اگرچه دیرشده ولی این هم خوب است. البته آقای احمدی‌نژاد به دنبال این بود که بگوید هیئت مدیره بعضی از بانک‌ها خصوصی است و ما نمی‌توانیم ورود داشته باشیم، ولی به هر حال دلیل خاصی را نیاورد، با وجود اینکه این شرکت‌ها اکثراً دولتی هستند.»از دیدگاه فدایی، بیش از 90 درصد مسائل کشور در اختیار رئیس جمهور است. همه امور کشور از جمله خزانه کشور، قراردادها و... در اختیار رئیس جمهور است؛ چطور ممکن است که بگویند اختیارات نداریم. 

فدایی معتقد است که ایجاد دولت موسوم به وحدت ملی از سال 87 به بعد و در چنین ایامی که  انتخابات ریاست جمهوری را در پیش داشتیم، در آن روزها شکل گرفت. اما آرمان چنین دولتی روی کار آمدن فردی همچون میر حسین موسوی بود که با فتنه ای که یک سوی آن را متوجه خود کرد دیگر حتی ارزش اندکی پرداختن و قلم زدن هم برای ما ندارد.فدایی با اشاره به رویكرد خود در مورد طرح وحدت ملی گفت: مطرح كردن چنین طرحی در شرایط امروز كشور، یك عملیات روانی است كه رسانه‌های وابسته به غرب در پشت این قضیه، نقش حمایتی را بر عهده دارند. 

حسین فدایی معتقد است در حال حاضر چشم دنیا معطوف به ایران است و در عرصه بین‌الملل یک هماوردی بین جمهوری اسلامی ایران و نظام سلطه است.خوشبختانه اتخاذ مواضع اصولی، منطقی و ایستادگی روی مطالبات عمومی ملت‌ها که مبتنی بر عدالت، امنیت، صلح جهانی و استقلال کشورهای آزادیخواه جهان است، منجر به حرکت روبه‌ جلو و پیشرفت برای جمهوری اسلامی ایران در عرصه بین‌الملل شده است.تمام راهبردها و سیاست‌هایی که نظام سلطه برای منزوی کردن جمهوری اسلامی ایران اتخاذ کرده بود با شکست مواجه شده است. نظام سلطه همواره به‌دنبال ایران هراسی استکبار مدت‌ها در جهان به‌دنبال ایران هراسی، اسلام‌هراسی، تشیع‌هراسی است که به لطف خدا تا امروز در این دسیسه‌ها و توطئه‌ها موفق نشده است. تمام تلاش‌ نظام سلطه در ارتباط با اجلاس این بود که اثبات کنند ایران کشوری بدون پشتوانه بین‌المللی، چه در بین ملت‌ها و چه در بین دولت‌ها است و می‌خواستند با این کارها ایران را به انزوا بکشانند. تحریم و تهدید کشورها به‌دنبال کم‌رونق کردن اجلاس جنبش عدم تعهداستکبار تلاش کرد که اجلاس جنبش عدم تعهد در ایران برگزار نشود و در همین ارتباط با سران کشورها جلسه گذاشتند برای اینکه آنها را از شرکت در اجلاس منصرف کنند به تطمیع و تحریم و تهدید روی آوردند.وقتی دشمنان قسم خورده نظام دیدند نقشه‌هایشان راه به جایی نمی‌برد و موفق نمی‌شوند تلاش کردند که اجلاس را در سطح نازلی برگزار کنند، یعنی سران کشورها در این اجلاس شرکت نکنند که خوشبختانه این دسیسه نیز با شکست روبه‌رو شد. حضور پرشور سران کشورها در تهران و ناکامی بزرگ دشمنان نظامدر حال حاضر بیش از 50 تن از سران برجسته کشورها در این اجلاس شرکت کردند و این یک ناکامی بزرگ برای دشمنان جمهوری اسلامی محسوب می‌شود.برگزاری اجلاس در تهران یک فرصت بسیار طلایی برای ایران است در طول مناسبات دیپلماسی تاریخ کشور بزرگ‌ترین واقعه سیاسی و اجلاسی که بعد از انقلاب درون ایران رخ داده است، برگزاری جنبش عدم تعهد در جمهوری اسلامی است و برگزاری این اجلاس می‌تواند نتایج بسیار مطلوبی بر کشورهای جهان به‌ویژه کشورهای منطقه داشته باشد. پایان یافتن سلطه آمریکا و نظام تک بعدی در جهان این اجلاس می‌تواند دستاوردهای زیادی برای کشورهای جهان و جمهوری اسلامی داشته باشد، در این نشست ما باید بتوانیم از افتخارات خودمان استفاده کنیم و نظام سلطه را به چالش اساسی بکشیم.یکی دیگر از دستاوردهای این اجلاس این است که به همه جهانیان بفهمانیم دیگر زمان مناسبات ارباب و رعیتی در دیپلماسی بین‌الملل به پایان رسیده است، سلطه آمریکایی‌ها و نظام تک بعدی در جهان به پایان رسیده و دوران حاکمیت ظالمان بر مظلومان دنیا دیگر تمام شده است. 

فدایی گفت: «طی جلسات متعدد تقریباً تحلیل جامعی از شرایط کشور، معیارهای نامزدها و نیاز و شرایط کنونی کشور برای معرفی یک نامزد متدین، ولایت‌مدار و کارآمد عاقل با روحیه جهادی به دست آمد که طی نامه‌ای و در مذاکرات مختلف نتایج آن به ائتلاف سه‌گانه منتقل خواهد شد؛ بر این اساس در بررسی مصداق‌های مطرح‌شده، بیش از 51 نفر را مورد بررسی قرار دادیم که در نهایت به فهرستی چندنفره رسیدیم لیکن میان این افراد آقایان غلام‌علی حداد عادل، علی‌رضا زاکانی و سعید جلیلی، در اولویت و ترجیحات جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامی قرار دارند. البته در مسیر زمان هم اگر به نقطه نظر جدیدی رسیدیم به برادرانمان در ائتلاف سه‌گانه منعکس خواهیم نمود. جمع بندی جمعیت ایثارگران به سمت حمایت از آقای حداد است؛ به نظر می‏رسد جریانات معروف به دوم خرداد یا مشخصاً آقای هاشمی و آقای خاتمی از یکی از نامزدها حمایت می کنند که بتوانند به مرحله دوم راه پیدا کنند.