حسن یوسفی اشكوری در كنار تحصیل، در مبارزات سیاسی نیز شركت داشت و دو بار نیز بازداشت شد. او یکبار در بهمن 1355 به دلیل تبلیغ اندیشه‌های امام خمینی (ره) توسط ساواک دستگیر و سه ماه در زندان بود.   نماینده مردم تنکابن و رامسر در نخستین مجلس شورای اسلامی او در سال‌های انقلاب (1357 - 1356) در شهرهای مختلف به فعالیت و سخنرانی پرداخت، از این رو در نخستین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی به نمایندگی مردم تنكابن و رامسر برگزیده شد.    موضع انقلابی در قبال آمریکا حسن یوسفی اشکوری نماینده تنکابن در اولین دوره مجلس شورای اسلامی در سخنان خود در 17 تیرماه 1359 مسئله جاسوس‌های آمریکایی را مربوط به حیثیت انقلاب اسلامی دانست و گفت: «محاکمه این گروگان‌ها محاکمه آمریکا و نظام شاهنشاهی خواهد بود، نظر من این است که گروگان‌ها بایستی محاکمه شوند... آمریکا در قبال آزادی گروگان‌ها باید شاه و اموال او را به ایران پس دهد و این حداقل خواسته ما است که در صورت تحقق ممکن است با یک درجه تخفیف گروگان‌ها را آزاد کنیم.»   همکاری با دایرةالمعارف تشیع اشکوری از سال 1364 به گروه نویسندگان «دایرةالمعارف بزرگ اسلامی» پیوست و از سال 1370 به عنوان ویراستار، همکاری خود را با گروه ویراستاران «دایرةالمعارف تشیع» آغاز کرد.   

در فاصله سال‌های 1370 تا 1376 جریانی در کشور شکل گرفت که بروز اجتماعی و سیاسی خود را به پس از سال‌های 1376 موکول کرد. این جماعت که بعدها به عنوان «اصلاح طلبان» شناخته شدند، در دوران بروز حاکمیت سیاسی شان بر شئون مختلف اجرایی کشور، از طریق کودتای خزنده مطبوعاتی و رسانه‌ای تلاش کردند تا پایه‌های عقیدتی و فکری و فرهنگی انقلاب و نظام اسلامی بلکه از آن فراتر، پایه‌های دینی اجتماعی را سست نمایند. اساس کار این عده ساخت و ترویج شبهات مختلف و منتشر ساختن آن در ابعاد وسیع در رسانه‌ها بود تا بدین ترتیب به زعم خود، نبض سیاسی و فکری جامعه را کنترل نموده و پایه‌های حاکمیت خود را محکم کرده و البته نظام اسلامی را دچار افول نمایند. یوسفی اشکوری یکی از همان اصلاح طلبانی بود که در اردیبهشت‌ماه 1378 در روزنامه نشاط، اینگونه بیان کرد: «انقلاب اسلامی، خلاف وعده‌ها و اهداف خود عمل کرده است؛ نقش نظارتی روحانیان به دخالت انحصاری آنان انجامیده است؛ حکومت اسلامی به حکومت فقهی تبدیل شده است، درحالی‌که قرار نبود ما فقه را در هر سه قوه پیاده کنیم، قرار بود چارچوب اسلامی باشد.» او پیش از آن نیز در مردادماه سال 1377 در هفته نامه مبین شیخ فضل الله نوری را فردی استبداد خواه معرفی کرده بود. یوسفی اشکوری در 15 فروردین‌ماه 1379 در روزنامه عصر آزادگان شبهه دیگری را مطرح کرد و گفت: «نسبت به اصل قانون اساسی،‌ گروه‌های زیادی به ویژه اهل سنت و کردها، انتقاد داشتند؛ زیرا مذهب رسمی را شیعه، ‌رهبر و رئیس‌جمهور و رئیس قوه قضائیه را شیعی مذهب مقرر کرده بود، امام قول اصلاح دادند ولی در بازنگری نه تنها به آن قول عمل نشد،‌ بلکه خیلی چیزها وارونه شد... بازنگری قانون اساسی،‌ یک امری بود که از قبل نتیجه‌اش مشخص بود و یک مجلس فرمایشی این کار را کرد،‌ رهبر همه چیز را معلوم کرده...»   

قطعاً کنفرانس برلین را می‌توان "افتضاح تاریخی" دولت اصلاحات نامید؛ کنفرانسی که گردانندگان اصلی آن یاران سید محمد خاتمی بودند.   دولت آلمان تأمین‌کننده هزینه مالی کنفرانس برلین سال 1379 در حالی فرا رسید که دو پروژه قتل‌های زنجیره‌ای و 18 تیر 1378 در رسیدن به اهداف خود ناکام مانده بود؛ اما در کنار این دو شکست، جریان سکولار توانسته بود اکثر کرسی‌های مجلس ششم را در انتخابات 29 بهمن‌ماه 1378 در اختیار بگیرد. در نتیجه آن دو ناکامی و این پیروزی، وضعیتی به وجود آورد که سکولارها تصمیم گرفتند برای ادامه مسیر خود، دست به هم اندیشی و تشریک مساعی با اپوزیسیون خارج نشین بزنند. آنان حتی اراده کردند نه در پس پرده‌ها، که به صورت آشکارا و عمومی با ضدانقلاب‌های خارج نشین دور یک میز بنشینند و به زعم خود، جلوی شکل‌گیری توهم توطئه را بگیرند. بی‌تردید، به دلیل فراری بودن اکثر خارج نشینان، چنین اجتماعی نمی‌توانست در داخل کشور صورت گیرد و سفیران اصلاحات باید به دیدار هم فکران خود در آن سوی مرزها می‌رفتند. دولت آلمان به عنوان یکی از دولت‌های خواهان براندازی نظام دینی ایران، مسئولیت و حتی هزینه برگزاری چنین اجتماعی را به عهده گرفت. یوشگا فیشر، وزیر خارجه اسبق آلمان، نیمه دوم اسفند 1378 به ایران سفر کرد و پس از دیدار با شخص خاتمی و سایر مقامات دولتی و نیز ابراز خرسندی درباره انتخابات مجلس ششم، به کشور خویش بازگشت تا مقدمات پیوند اپوزیسیون داخل و خارج را در برلین فراهم کند.   بنیاد "هاینریش بل" مأمور برگزاری کنفرانس کنفرانس "ایران پس از انتخابات" که بعدها با نام "کنفرانس برلین" شهرت یافت، همایش 3 روزه‌ای بود که بعد از انتخابات دوره ششم مجلس شورای اسلامی از 19 تا 21 فروردین 1379 به مدت سه روز از سوی حزب سبزهای آلمان و به دعوت بنیاد "هاینریش بل" در خانه فرهنگ‌های جهان در برلین برگزار شد. شرکت‌کنندگان در آن هدف از برگزاری این کنفرانس را از یک سو نشان دادن نظرات متنوع طیف‌های مختلف فکری اصلاح‌طلب، با هدف ایجاد پلی میان اصلاح طلبان و اندیشمندان داخلی و فعالان سیاسی خارج از کشور و از سوی دیگر برگزاری گفت‌وگو بین شخصیت‌های ایرانی و آلمانی جهت ترمیم و بهبود وضع افکار عمومی آلمان‌ها نسبت به ایران و به تبع آن افزایش روابط اقتصادی و صنعتی طرفین اعلام کردند.   مباحث کنفرانس برلین بر اساس آنچه در جزوه ای به نام جزوه راهنمای کنفرانس منتشر شد، مباحث مورد نظر کنفرانس برلین نیز عبارت بودند از: اصلاح فهم از اسلام، هم خوان و هم ساز کردن اصول اسلامی با موازین یک جامعه بیدار و آزاد و جدایی دین از حکومت.   سفیران اصلاحات در این کنفرانس افرادی با عنوان «سفیر اصلاحات» شرکت کردند که عبارت بودند از: عزت الله سحابی، حسن یوسفی اشکوری، حمیدرضا جلایی پور، کاظم کردوانی، علی افشاری، شهلا لاهیجی، علیرضا علوی تبار، مهرانگیز کار، جمیله کدیور، شهلا شرکت، چنگیز پهلوان، محمود دولت آبادی و اکبر گنجی.   ماهیت بنیاد هاینریش بل موضوعی که درباره این کنفرانس حساسیت و تعجب همگان را برانگیخت، ماهیت خود بنیاد "هاینریش بل" بود. این بنیاد از نظر تفکر، مخالف دین به طور عام و مخالف اسلام به طور خاص بود. نگاهی به سوابق چهره‌های مطرح حزب سبز آلمان نیز نشان می‌داد که این حزب در حقیقت در زمره "یاران دشمنان" جمهوری اسلامی ایران قرار دارد. چنانکه "یوشکا فیشر" از اعضای اصلی این حزب با مسعود رجوی سرکرده سازمان مجاهدین خلق (گروهک منافقین) رفاقت نزدیک داشت.   تمسخر حاضران به یوسفی اشکوری حسن یوسفی اشکوری از میهمانان ایرانی کنفرانس، پس از ورود به سالن به خاطر بر تن داشتن لباس مشکی ـ که نشانه عزاداری در ماه محرم بودـ مورد تمسخر حاضران قرار گرفت. اما سخنگوی بنیاد هانریش بل در پی اعتراض عناصر ضد انقلاب با حالتی عصبی به حاضران گفت: «شما مانع از سخنان کسی می‌شوید که به رغم روحانی بودن، شب گذشته به من گفت که قاطعانه به دنبال جدایی دین از سیاست است.»   واکنش‌ها به کنفرانس پس از پخش گزیده‌ای مختصر از ماوقع کنفرانس برلین از سیمای جمهوری اسلامی ایران، ضمن آنکه شخصیت‌ها، گروه‌ها و احزاب مختلف با اتخاذ مواضع و انتشار بیانیه‌هایی انزجار خود را از محتوای کنفرانس اعلام کردند، برخی از مراجع تقلید نیز به شدت از این ماجرا انتقاد نمودند.  

حسن یوسفی‌ اشکوری در کنفرانس ضدایرانی و اسلامی برلین، با موضوع «تغییرپذیری حکم شرعی حجاب» و «آزادی اختیار و پوشش» سخنرانی کرد.  او که پس از این کنفرانس با حکم دادگاه ویژه روحانیت خلع لباس شده بود، بعدها مدعی شد به راه سابقش ادامه می‌دهد و اگر از او بخواهند لباس روحانیت به تن کند، دیگر چنین نخواهد کرد. بهمن ماه سال 1384 بود که برخی از سایتهای خبری معاند نظام نظیر "کلمه"، "BBC فارسی" و "گویا" در گزارشهای خود مدعی شدند: «اشکوری که در دادگاه تجدید نظر به 7 سال زندان محکوم شده و 4 سال و نیم آنرا سپری کرده بود، اکنون به شکل مشروط (به مدت2 سال) آزاد شده است.»  

گروهک تروریستی منافقین روش‌های نامشروع و شیطانی‌ گوناگونی را برای جذب افراد مستعد به کار می‌بندد. یکی از روش‌های این گروهک تروریستی برای جذب افراد، به دام انداختن آن‌ها از طریق روابط ضد اخلاقی یعنی روابط با زنان است، به‌طوری که پس از انتخاب قربانی، یکی از زن‌های عضو این گروهک تروریستی به عنوان طعمه با قربانی رابطه غیراخلاقی برقرار کرده و سپس با اخذ اسناد از جمله عکس و تهیه فیلم از این رابطه، مدارکی علیه فرد قربانی تهیه کرده و از این طریق وی را مجبور به همکاری با گروهک تروریستی خود می‌کنند. یکی از این قربانیان، حسن یوسفی اشکوری است.   افشاگری بزرگ "ایرج مصداقی" عضو سابق گروهک تروریستی منافقین در افشاگری خود در تاریخ 7 خرداد سال 1392 که در وب‌سایت کانون وبلاگ نویسان مستقل ایرانی به نقل از "برای وطنم ایران" منتشر شد، در رابطه با به دام افتادن اشکوری در تور گروهک تروریستی منافقین نوشت: «سازمان چند سال پیش همسر "علی احسانی" از اعضای بلندپایه تشکیلات به نام "آیوا مونچاتی" را برای تعمیق ارتباطات در قالب یک طعمه به سراغ اشکوری فرستاد و اشکوری از طریق آن طعمه به تور افتاد.»   یوسفی اشکوری، شکار یک زن بهایی  مصداقی، نویسنده مقاله‌های افشاگرانه علیه منافقین و یوسفی اشکوری با اشاره به همسر علی احسانی با نام "آیوا مونچاتی" نوشت: «آیوا هم یک بهایی بود و عضو رسمی گروهک تروریستی منافقین. او هم مانند ظریفی نیا و علی احسانی بسیاری از بیانیه‌های حمایتی از گروهک را رسماً امضا کرده و در اشرف هم حضور پیدا کرده است.»   چگونگی به دام انداختن اشکوری مصداقی به روند به دام انداختن اشکوری اشاره کرده و نوشت: «گروهک تروریستی منافقین با صحنه‌سازی مختلف، تصاویر روابط خصوصی و غیراخلاقی اشکوری با همسر علی احسانی را تهیه می‌کند. سپس به سراغ اشکوری رفته و او را تهدید می‌کنند تا در صورت عدم همکاری با گروهک تروریستی منافقین، تصاویر به دست آمده را به طور عمومی منتشر می‌کنند. یوسفی اشکوری نیز با تبعیت کامل، به استخدام تمام قد و تمام عیار گروهک تروریستی منافقین در می‌آید.»   بهره برداری گروهک منافقین از اشکوری مصداقی به بهره‌برداری گروهک تروریستی منافقین از گزکی که یوسفی اشکوری به آن‌ها داده پرداخت و نوشت: «مجاهدین خلق خبرها، فیلم‌های ساختگی و اسناد جعلی خود در حوادث پس از انتخابات سال 1388 را از طریق تحلیل‌ها و مقالات یوسفی اشکوری در سایت‌های ضد انقلاب و شبکه‌هایی مانند BBC فارسی تزریق می‌کرد.»   تهدید اشکوری در صورت تکذیب ایرج مصداقی در پایان نامه افشاگرانه خود از نوع رابطه اشکوری با گروهک تروریستی منافقین اسناد و تصاویری از اشکوری را منتشر و تهدید کرد، در صورت تکذیب مطالب وی توسط گروهک تروریستی منافقین و یوسفی اشکوری، تصاویری بی‌پرواتر و اسناد مهم‌تری را منتشر خواهد کرد. منافقین تهدید وی را کاملاً جدی تحلیل کرده‌ و بلافاصله بعد از انتشار خبر از طریق رابط خود، اشکوری را توجیه کردند که فعلاً موضع‌گیری آشکاری نکند و به دوستان و بستگانش بگوید که انتشار آن تصاویر کار نظام بوده است.  

حسن یوسفی اشکوری در واکنش‌ به اقامه نمازجمعه در 26 تیرماه 1388 توسط اکبر هاشمی رفسنجانی، در گفتگویی با رادیو فردا در اواخر تیر ماه همان سال، درباره سخنان هاشمی گفت: «فکر می‌کردم ایشان محافظه‌کارانه‌تر از این عمل خواهد کرد و اگر بناست دو امتیاز به این طرف بدهد، یک امتیاز هم احتمالاً به آن طرف می‌دهد. چون این روش و منش آقای هاشمی رفسنجانی در طول این زمان نه چندان کوتاه 30 ساله بوده است... اما واقعیت امر این است که ایشان کوچکترین امتیازی هم به آن طرف نداد و با لحن و زبانی کاملاً روشن، از اعتراضات حمایت کرد. در یک هفته‌ای که بنا بود آقای هاشمی برای اقامه خطبه نماز جمعه بیاید، در رسانه‌ها و سایت‌ها و مقاله‌ها و تحلیل‌های مختلف هرکسی سعی می‌کرد که آقای هاشمی سخنگوی او باشد. دو جناح در حکومت هم همین توقع را داشتند...» اشکوری در مورد فضای سیاسی جمهوری اسلامی ایران گفت: «پیش‌بینی حوادث آینده واقعاً کار ساده‌ای نیست. ولی به نظر می‌آید که آقای هاشمی رفسنجانی با توجه به اینکه خودش از آغاز به شدت معترض دولت محمود احمدی‌نژاد بوده و بعد هم در این جریان مناظره‌ها آقای احمدی‌نژاد آقای هاشمی رفسنجانی و خانواده‌اش را به شدت مورد انتقاد تام قرار داد، آقای هاشمی رفسنجانی با تمام وجود معترض و مخالف دولت احمدی‌نژاد و تداوم آن است...»  

یوسفی ‌اشکوری، در مردادماه 1390، در سخنانی ضمن دفاع از توهین ویژه‌نامه "خاتون" به چادر مشکی، این اهانت‌ها را تأیید کرده و به تکرار و توجیه آن‌ها پرداخت. وی در ادعایی بی اساس عنوان کرد: «با هیچ معیاری نمی‌توان گفت که چادر، جزو پوشش اسلامی است. چادر پوششی مربوط به پیش از اسلام و عصر ساسانیان در ایران است. جالب است بدانیم "چادر مشکی" که الآن مطرح است، پوشش معشوقه‌گان دربار پادشاهان و زنان اشرافی بوده و همه زنان نمی‌توانسته‌اند چادر بپوشند.» او درباره انتشار ویژه‌نامه خاتون به سایت دویچه وله گفت: «هر نیرویی با هر انگیزه‌ای، که بتواند به‌شکلی ساختار رسمی جمهوری اسلامی ایران را بشکند و آن را سست کند، کار مثبتی است.»   دفاع از ویژه‌نامه روزنامه ایران مشابه این سخنان اهانت آمیز و البته بی مبنا در ویژه‌نامه روزنامه ایران از سوی مهدی کلهر بیان شده بود که موجی از اعتراضات در محافل دینی و فرهنگی کشور را به دنبال داشت و حتی موجب اعلام جرم دادستانی تهران علیه روزنامه ایران شد. با این حال اشکوری، ویژه نامه روزنامه ایران را "اقدامی مثبت" و در جهت "سست کردن ساختار رسمی جمهوری اسلامی" توصیف کرد.    اشکوری و انکار احکام اسلام یوسفی اشکوری سابقه زیادی در انکار احکام و ضروریات دین اسلام دارد. او پیش تر، با انکار منشأ آسمانی حکومت دینی حتی در صدر اسلام گفته بود: «آنچه که حداقل 20 سال است من از آن دفاع می‌کنم، حکومت عرفی (سکولار) است یعنی حکومتی که مذهبی نیست. حتی من به این باور رسیده‌ام که حکومت 10 ساله پیامبر اسلام در مدینه نیز جنبه آسمانی نداشته است تا چه رسد به حکومت‌های بعدی تا به امروز. شریعت مبنای قانونگذاری نیست.»  

به گزارش مشرق در بهمن ماه 1390، 12 گروه فعال سبز با انتشار بیانیه ای در سایت جرس اعلام كردند در فراخوان پياده روی در سكوت شركت می‏كنند. جرس با انتشار این بیانیه خواستار شكستن حصر میرحسین موسوی و مهدی كروبی شد؛ اما نكته جالب اینجا بود كه تمام این گروه‌ها در آمریكا و اروپا حضور داشتند. در همین حال برخی از عناصر فراری نظیر رجب مزروعی، فاطمه حقیقت جو، یوسفی اشكوری، گرامی مقدم و احمد سلامتیان كه خود را جمعی از نمایندگان ادوار مجلس خواندند، به شیوه بقیه از اپوزیسیون خواستند كه به خیابان بیایند.  

نام حسن یوسفی اشکوری یکی از نام‌هایی بود که در کنار نام افرادی چون محسن کدیور، احمد سلامتیان، عبدالکریم سروش، عبدالکریم لاهیجی، فرخ نگهدار، ابراهیم یزدی، محمد نوری زاد، علیرضا نوری زاده و ... در لیست اسامی دعوت‌شدگان همایش شکست خورده "گذار به دموکراسی" در 12 اسفند 1390 دیده شد. مجموعه عوامل ضدانقلاب و گروهک‌های تروریستی و سلطنت طلب و گروه‌های اپوزیسیون با همكاری سرویس‌های اطلاعاتی غربی با قصد ایجاد اخلال و مزاحمت در برگزاری انتخابات مجلس نهم همایشی را برنامه‌ریزی کردند كه البته جزئیات اقدامات آنان توسط افرادی در مقاومت اسلامی لبنان و با واسطه یک دیپلمات ایرانی افشا شد. اینگونه طراحی شده بود كه همایشی بزرگ موسوم به "گذار به دموکراسی" در روز برگزاری انتخابات مجلس شورای اسلامی، در واشنگتن آمریکا برگزار شود. بر اساس برنامه ریزی صورت گرفته، قرار بود این نشست در تاریخ 2 و3 مارس 2012 (12 و 13 اسفند 1390) در واشنگتن برگزار و طیفی از مخالفان جمهوری اسلامی با هر ایده، مرام، حزب و گروهی (اعم از گروهک‌های ضدانقلاب كلاسیک، تروریستها، فتنه‌گران، لائیک‌ها، بهائیان و سایر منحرفین و معاندین با نظام) و افراد دارای تخصص و گرایش‌های مختلف سیاسی، اجتماعی، فرهنگی، ورزشی، رسانه‌ای و ... با عناوینی دروغین و ساختگی مثل استراتژیست و دموكراسی خواه دعوت شوند تا به هر نحو در آن نشست مشاركت كنند. لو رفتن این همایش باعث شد کمیته برنامه ریزی نشست، در تاریخ 11 اسفند و در آستانه انتخابات، با صدور بیانیه شکست بزرگ ضد انقلاب و سرویس‌های اطلاعاتی غربی را تأیید کند.  

حسن یوسفی اشکوری جزو اولین افرادی بود که به فیلم قلاده‌های طلا به کارگردانی ابوالقاسم طالبی که در اردیبهشت‌ماه سال 1391 نمایش داده شد، واکنش داد که مورد توجه سایتهای داخل و خارج قرار گرفت. وی این فیلم را یک فیلم سینمایی توصیه شده‌ی جمهوری اسلامی، معرفی و هنرمندان این فیلم را در خدمت دروغ توصیف کرد. در مقاله‌ اشکوری آمده بود: «داستان این فیلم و ماهیت و محتوا و اهداف چنین فیلمی به روشنی آفتاب است و نیازی به تحلیل و توضیح و حتی نقد ندارد تا همه شیرفهم شوند که چنین فیلمی به چه انگیزه و برای چه و به چه هدفی ساخته شده است. به ویژه که کارگردان (به روایت آقای نوری زاد) از اعضای وزارت اطلاعات و احتمالاً هست و همین دستگاه (به گفته کارگردان و دیگر عوامل فیلم) اسناد و منابع لازم را برای نوشتن فیلمنامه در اختیار کارگردان نهاده و باز طبق گزارش‌های مستند و عکس‌های انتشار یافته، نهاد مخوف پلیسی، امنیتی، نظامی «قرارگاه عمار»، بازیگر و کارگردان اصلی و پشت صحنه فیلم "قلاده‌های طلا" بوده و به احتمال بسیار از بودجه‌های هنگفت دولتی و با هزینه‌های گزاف از بیت‌المال چنین فیلمی ساخته و پرداخته شده است.»  

حسن اشکوری به همراه افرادی چون عبدالعلی بازرگان، محسن کدیور و صدیقه وسمقی که در حوادث پس از انتخابات سال 88 تمام تلاش خود را به خرج دادند، در خردادماه 1391 نامه‌ای در حمایت از شاهین نجفی خواننده و سازنده کلیپ موهن علیه امام هادی (ع)، خطاب به حضرات آیات جعفر سبحانی تبریزی، لطف‌الله صافی گلپایگانی، محمدعلی علوی گرگانی، ناصر مکارم شیرازی، مسلم ملکوتی و حسین نوری همدانی که حکم ارتداد برای آن خواننده صادر کرده بودند، ارسال کردند. آنها در نامه خود، ضمن ادعای محکومیت توهین به باورهای دینی مسلمانان و شیعیان، صراحتاً از خواننده هتاک حمایت کرده و مدعی شدند مراجع محترم به جای محکومیت فرد هتاک به ائمه، باید جمهوری اسلامی را محکوم کنند. در ادامه هم توصیه کردند که مجازاتی هم اگر در کار است، باید مطابق موازین بین‌المللی باشد. در این نامه آمده بود: «مجازات اهانت و تمسخر و تحقیر مطلقاً اعدام نیست. مجازات را قانون‌گذار پیش بینی می‌کند. قانون نیز می‌باید حداقل موازین بین‌المللی حقوقی را دارا باشد. در حال حاضر بسیاری از عالمان و محققان مسلمان مشروعیت دینی مجازات‌ حکم اعدام مرتد و ساب النبی را مورد نقد و انکار قرار داده‌اند.»  

در آستانه مذاکرات هسته‌ای حسن یوسفی اشکوری به همراه اپوزیسیون فراری جریان اصلاحات در بیانیه‌ای در اواخر خردادماه سال 1391 ضمن در خواست از مردم برای دست کشیدن از حقوق هسته‌ای خودشان از آنان خواستند تا با فشار بر حکومت، مسئولین را از ادامه فعالیت‌های صلح آمیز هسته‌ای و نیز حمایت از دولت سوریه باز دارد.   هدف اپوزیسیون فراری از انتشار بیانیه  اتاق فکر فتنه از انتشار چنین بیانیه‌ای چند هدف داشتند: درخواست بازگشت حامیانشان به بدنه فتنه و خودنمایی چهره‌های فراموش شده چون اشکوری و مزروعی، دست کشیدن از حمایت دولت سوریه و حمایت از سیاست کشورهای غربی در فشار به سوریه و دست کشیدن از حقوق هسته‌ای.  

یوسفی اشکوری و چند عضو حلقه لندن به بهانه حمایت از مخالفان سیاسی جمهوری اسلامی، مدعی شدند ایران «مخالفان سیاسی» را اعدام می‌کند. محسن كدیور، عبدالعلی بازرگان و حسن یوسفی اشكوری، از اداره کنندگان سایت جرس، در شهریورماه 1391، در نوشته مشتركی به همراه دو تن دیگر (مهدی ممكن و صدیقه وسمقی)، با بیان اینكه «در اسلام چیزی با ارزش‌تر و محترم‌تر از جان انسان معرفی نشده» مدعی شدند: «یكی از عناوینی كه حكومت همواره برای حذف و اعدام مخالفان خود از آن به ناروا بهره برده‌اند، عنوان محاربه است. قانون مجازات اسلامی مخالفان جمهوری اسلامی را با عنوان محارب مستحق مجازات های سنگین از جمله اعدام دانسته است درحالی‌که مخالف سیاسی غیرمسلح را به ویژه اگر مرتكب اخافه و جنایت نشده باشد، هرگز با چنین عنوانی نمی‌توان اعدام كرد.» مرور اخبار شهریورماه 1391 نشان می‏داد كه عناصر محكوم به اعدام به اتهام محاربه، اعضای گروهک‌های تروریستی نظیر منافقین و پژاک و شماری از تروریست های همكار موساد كه در ترور سبعانه دانشمندان هسته‌ای نقش داشته‌اند بوده‌اند. سؤالی که اینجا مطرح می‏شود این است که محسن كدیور و هم قطارانش چه سر و سرّی با سازمان‌های تروریستی منافقین و پژاک و سرویس جاسوسی رژیم صهیونیستی داشتند كه از جنایتكاران مزدور آنان حمایت می‌کنند؟ آیا تقسیم كاری میان اینها و تروریست های موساد برقرار بوده است؟   

اواخر دی‏ماه سال 1391 بود که یوسفی اشکوری به همراه نورالدین پیرمؤذن، اسماعیل گرامی مقدم و احمد سلامتیان، نامه‏ رجبعلی مزروعی، علی اكبر موسوی خوئینی و فاطمه حقیقت جو، از اعضای فراكسيون مشاركت در مجلس ششم، که خطاب به مقامات ارشد ایران، آمریكا و اروپا نوشته شد بود را امضا کردند. آن چند عضو فراکسیون مشارکت در آن نامه خواستار برگزاری مذاكره برد - برد شده و طبق مقررات پذیرفته شده بین‌المللی، خواستند حق غنی‏سازی اورانیوم در کشور صریحاً به رسمیت شناخته شده و موضوع غنی‏سازی 20 درصد نیز متوقف به تأمین سوخت نیروگاه‌ها مربوط باشد؛ البته این عده خواستار پذیرفتن پروتكل الحاقی از سوی ایران و لغو تحریم‌های غرب نیز شدند.  نكته قابل تأمل در مضمون این نوشته، اعتراف به مهمل بودن نامه منسوب به 127 نماینده مجلس ششم بود كه ضمن آن خواسته شده بود ایران جام زهر تسلیم در چالش هسته‌ای را سر بكشد و فعالیت‌های خود را تعطیل كند. موضوع دیگری كه نوشته چند نماینده مشاركت مجلس ششم به آن اذعان داشت اقتدار فزاینده جمهوری اسلامی در برابر فشارهای غرب بود، حال آن كه جریان مرعوب و تسلیم طلب مدعی بودند كمترین مقاومت باعث حمله نظامی و اشغال كشور و شكست ایران خواهد شد. معنای دیگر نوشته رجبعلی مزروعی و دوستان وی نوعی ابراز ندامت ضمنی نسبت به خبط های گذشته بوده است.  

در دی‌ماه 1391 یوسفی اشکوری به همراه چند تن از عناصر ورشكسته سیاسی با انتشار نامه‌ای به «رهبران ملت مصر» از آن‌ها خواستند اسلام را به سیاست راه ندهند. درحالی‌که رژیم صهیونیستی در همسایگی مصر، علناً از روی كار آمدن اسلام‌گرایان ابراز نگرانی کرده بود و تعارض جریان اپوزیسیون با دولت پس از انقلاب مصر نیز بر سر حاكمیت احكام اسلامی بود، عبدالعلی بازرگان، حسن یوسفی اشكوری، محمود صدری و صدیقه وسمقی از عناصر ورشكسته با محوریت محسن كدیور نامه‌ای به رهبران ملت مصر نوشته و از آن‌ها خواستند از تجربه جمهوری اسلامی عبرت بگیرند.  

در اسفندماه سال 1391 خبری در رابطه با دستگیری برخی روزنامه نگاران وابسته به جریان بیرونی فتنه در فضای سیاسی کشور منتشر شد. 12 اسفندماه سال 1391، درحالیکه وزارت اطلاعات با صدور بیانیه‌ای اعلام نمود که افراد دستگیر شده، اعضای باند و شبکه‌ای به شدت پیچیده و چند لایه بوده که مدت‌ها در رصد سیستم اطلاعاتی ایران قرار داشتند و این دستگاه موفق به کشف یکی از بزرگترین شبکه‌های رسانه‌ای متصل به اردوگاه رسانه‌ای استکبار شده است، تشکل‌های وابسته به فتنه از دستگیری‌ها ابراز نگرانی و آن را محکوم کردند. سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، نورالدین پیرمؤذن، فاطمه حقیقت جو، احمد سلامتیان، اسماعیل گرامی مقدم، علی مزروعی، علی اکبر موسوی خوئینی و حسن یوسفی اشکوری با صدور بیانیه‌هایی که BBC ،VOA و سایر رسانه‌های جاسوسی آن را منتشر ساختند پشت سر هم اقدام به صدور بیانیه کرده و با القای این خط که سیستم امنیتی ایران به خاطر انتخابات این اقدام را انجام داده، آن را زیر سؤال بردند. واکنش‌های گسترده رسانه‌ها و محافل ضد انقلاب و اپوزیسیون پس از بازداشت این روزنامه نگاران نشان داد که ارتباطات گسترده و دقیقی میان این افراد و شبکه‌های خارجی برقرار بوده است. چنانچه کاترین اشتون، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا، بازداشت روزنامه نگاران ایرانی را نگران کننده خواند. وی با صدور بیانیه‌ای خط انتخاباتی این بازداشت‌ها را به جامعه رسانه‌ای غرب القا نمود.  

شماری از وابستگان گروهک‌ها و عناصر فراری ضمن انتشار نامه‌ای در اردیبهشت‌ماه سال 1392 از سید محمد خاتمی که ادعا می‌کرد نگران نظام و انقلاب است، برای نامزدی در انتخابات ریاست جمهوری سال 1392 دعوت كردند. امضاكنندگان با بیان اینكه حامی فتنه سبز هستند، نوشتند: «امضاكنندگان این نامه امیدوارند جنابعالی كه در 4 سال سخت گذشته، دوشادوش خواسته‌ها و رنج‌های حامیان جنبش سبز مانده‌اید، با اعلام نامزدی خود در انتخابات آتی، به تداوم دموكراتیزاسیون یاری رسانید.» حسن یوسفی اشکوری یکی از امضاکنندگان این نامه بود. خاتمی هرگز توضیح نداد كه كدام سنخیت باعث تجانس و همراهی وی با گروهک‌های قسم‌خورده ضدانقلاب شده بود؟ بر اساس برخی قرائن این گروهک‌ها با قطعی دانستن رد صلاحیت خاتمی، درصدد بودند كه وی را برای نوعی انتحار سیاسی به عرصه فرستاده و پیش‌مرگ اهداف خود كنند.