سال 1369 روزنامه "جهان اسلام" به صاحب امتیازی و مدير مسئولی سيد هادی خامنه‌ای فعاليت خود را آغاز كرد. این روزنامه پس از 3 سال از آغاز فعالیت، در 15 بهمن 1373 توقیف شد.   ماجرای توقیف روزنامه جهان اسلام در دولت سازندگی 23 تیرماه سال 1392، روزنامه کیهان در صفحه دوم خود در خبری ویژه با عنوان "ماجرای توقیف روزنامه جهان اسلام در دولت سازندگی" به نقل از سید هادی خامنه‏ای در مصاحبه با نشریه آسمان نوشت: «تحمل آقای هاشمی در دوران ریاست جمهوری کم بود و به همین دلیل روزنامه جهان اسلام در دولت وی توقیف شد. داستان توقیف روزنامه جهان اسلام آن بود که روزنامه ما به ویژه در حوزه اقتصاد، انتقادهای زیادی به آقای هاشمی داشت و من از طریق یک راوی معتبر، خبر داشتم که آقای هاشمی به کرات از روزنامه "جهان اسلام" ‌اظهار نارضایتی کرده بود که بالأخره هم منجر به تعطیلی روزنامه شد. البته، ما هنوز هم با وجود گذشت زمان منتظر بوده و هستیم که آقای هاشمی آن کم‌لطفی را جبران کند. هنوز هم ناامید نیستیم! ولی جریان روزنامه که تا آن زمان هم اولین روزنامه‌ای هم بود که توقیف می‌شد،‌ نشان داد تحمل ایشان به انتقاد در دوران ریاست جمهوری مقداری کم بود اما به نظر می‌رسد گذشت زمان، تحمل آقای هاشمی را خیلی بالا برده است.»   هاشمی چه چیزی را باید جبران می‏کرد؟ سید هادی خامنه‌ای در مصاحبه با نشریه آسمان از هاشمی رفسنجانی خواست تا آن ماجرا را جبران کند؛ اما داستان آن روزنامه چه بود که هاشمی باید جبران می‏کرد؟ در زمان ریاست جمهوری هاشمی تعداد کمی روزنامه فعالیت می‌کردند که غالب آن‌ها از وارد شدن در مباحث جنجالی و موضع منتقدانه به دولت پرهیز می‌کردند. تنها تعداد انگشت‌شماری از روزنامه‌ها بودند (یک یا دو روزنامه) که نقدهای قشر فرهیخته و دانشگاهیان را به سیاست‌های دولت منتشر می‌کردند.  روزنامه جهان اسلام از جمله روزنامه‌هایی بود که با رعایت ادب نقدهای علمی و محکمی را به دولت هاشمی وارد می‌کرد. این نقدها برای شخص هاشمی و هیئت دولت به هیچ‌وجه خوشایند نبود و در نهایت، دستور توقیف روزنامه صادر شد و حتی بعد از شکایت مسئولین این روزنامه به مراجع قضایی و صادر شدن حکم دادگاه مبنی بر عدم توقیف روزنامه باز هم با کارشکنی‌هایی که وزارت ارشاد آن زمان انجام داد تا آخرین روز دولت هاشمی این روزنامه منتشر نشد و نکته جالب‌تر آنجا بود که به علت فضای سنگین سیاسی حاکم در آن زمان هیچ روزنامه‌ای حتی حاضر به درج خبر توقیف جهان اسلام و بررسی علل آن نشد! در اینجا این سؤال پیش می‌آید که آقای هادی خامنه‌ای چه طور به این نتیجه رسید که آقای هاشمی دارای تحمل بالاتری نسبت به گذشته شده است؟! آیا این نتیجه‌گیری احیاناً به خاطر منافع مشترک حزبی نبوده است؟ اما آنچه در جریان انتخابات سال 88 و حوادث بعد از آن اتفاق افتاد مخصوصاً عکس‌العمل هاشمی رفسنجانی بعد از مناظره جنجالی احمدی‌نژاد و موسوی در انتخابات 88، خلاف ادعای آقای سید هادی خامنه‌ای را نشان می‌داد. در آن مناظره و در برابر انتقادات رئیس دولت نهم از هاشمی، رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام نتوانست صبوری به خرج دهد و در اوضاع نابسامان و آشفته آن روز سکوت کند تا آبی به آسیاب دشمن نریخته باشد. بلکه با دست‌پاچگی و بدون در نظر گرفتن شرایط نامه‌ای غیرمنتظره را به رهبر انقلاب نوشت و در آن نظام و رهبری را تهدید به مبارزه خاموش کرد اگر چه حق ایشان بود که از خود دفاع کند گلایه‌مندی خود را ارائه کند؛ اما در آن شرایط که آتش‌های فتنه از همه جا زبانه می‌کشید و گرگ‌های داخلی و خارجی برای دریدن این مردم دندان تیز کرده بودند به صلاح کشور و نظام اسلامی بود که سکوت می‌کردند و یا نامه انتشار عمومی نمی‌یافت تا دستمایه سوءاستفاده فرصت‌طلبان نباشد.   اهداف "جهان اسلام" از زبان هادی خامنه ای سید هادی خامنه‌ای، در تاریخ 24 دی ماه سال 1383، در دومین سالگرد توقیف روزنامه "حیات نو" در جمع تعدادی از فعالان سياسی و مطبوعاتی درباره روزنامه "جهان اسلام" گفت: «روزنامه جهان اسلام در اواخر دهه دوم و اوایل دهه سوم انقلاب اسلامی به فعالیت پرداخت. روزی که کار این روزنامه را شروع کردم با دنیایی از آرمان‌ها سعی کردم کار کنم ... همتی برای رونق بخشیدن به آنچه که ارزش نامیده می‌شد نیز از همت‌های ما بود. تحمل مشکلات فرساینده مادی و تدارکاتی را نیز وجهه همت قرار دادیم، تا روزنامه، مخاطبان خود را در اقصی نقاط کشور پیدا کرد.»  به گفته هادی خامنه‌ای در ویژه ‌نامه‌ "جهان اسلام" مطالبی در یادبود زنده ‌یاد دکتر شریعتی، جلال ال احمد، شهید چمران و تنی چند از بزرگان برای اولین بار در تاریخ مطبوعات گردآوری می‌شد.   تبرئه  "جهان اسلام" 3 سال پس از توقیف هادی خامنه ای در مورد تبرئه شدن این روزنامه گفت: «همه تلاشمان را برای کشف علت‌های توقیف به کار بردیم اما این مسئله در ابهام باقی ماند. شکایت اینجانب نیز به دیوان عدالت اداری پس از 3 سال انجام شد و روزنامه جهان اسلام 3 سال پس از توقیف، تبرئه شد، درحالی‌که وزارت ارشاد نه عذرخواهی کرد و نه دیناری برای خسارت مالی آن پرداخت.»    واکنش شورای سردبیری "جهان اسلام" به سخنان هاشمی رفسنجانی سالها بعد از توقیف روزنامه "جهان اسلام"، 11 بهمن‌ماه سال 1383، علی اکبر هاشمی رفسنجانی در گفتگویی با خبرگزاری ایسنا، در قسمتی از سخنان خود پیرامون نحوه تعامل دولت خود با رسانه‌ها مدعی شد: «ما مشکل عمده‌ای با رسانه‌ها نداشتیم. انتقادات را تحمل می‌کردیم و گاهی جواب می‏دادیم. البته رسانه‌ها هم خیلی ماجراجویی نمی‌کردند. شما باید خوب بدانید چند روزنامه‌ای که در زمان من شکل گرفتند، مادر جنبش رسانه‌ای شدند. چندین مجله در زمان دولت من شکل گرفتند و این ناشی از فضای آزادی بود که دولت ایجاد کرده بود و هیچ‌وقت از طرف من به آن‌ها تعرض نمی‌شد». بعد از آن بود که شورای سردبیری روزنامه "جهان اسلام"، در واکنش به سخنان هاشمی، در نمابری به ایسنا درباره بخشی از گفت‌وگوی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام با این خبرگزاری، توضیحاتی ارائه داد.   در قسمتی از نمابر ارسالی از سوی شورای سردبیری روزنامه "جهان اسلام" این‌طور آمده بود: «...متأسفانه به نظر می‌رسد ایشان دچار فراموشی شده‌اند زیرا حقایق و واقعیت آنچه که در دو دولت ایشان بر رسانه‌ها و مطبوعات گذشته غیر از آن چیزی است که در این مصاحبه شرح گردیده است. برای آنکه گوشه‌ای از این وضعیت روشن شود، اشاره‌ای کوتاه خواهیم داشت به داستان عمر یک روزنامه منتقد دولت سازندگی...جهان اسلام که در فضای پس از رحلت حضرت امام (ره) و ماه‌های آغازین دولت سازندگی منتشر شد، ضمن رعایت چارچوب‌های قانونی و پرهیز از جنجال (همان گونه که آقای هاشمی درباره مطبوعات آن دوره گفته‌اند) تلاش می‌کرد تا به نقد منصفانه عملکرد مسئولان مبادرت ورزیده و آرمان‌های امام و انقلاب اسلامی را پس از گذشت یک دهه از تجربه نظام جمهوری اسلامی به مردم و دست‌اندرکاران نظام یادآور شود... در آن سال‌ها که بسیاری از نیروهای سیاسی دچار انزوای تحمیلی شده بودند، خبرنگاران و دست‌اندرکاران جهان اسلام سعی داشتند تا فضای یاس و ناامیدی را در حد توان از جامعه و نیروهای سیاسی و فرهنگی دور کنند.  طی آن سال‌ها که ممانعت از فعالیت سیاسی دانشجویان و دور ساختن دانشگاه‌ها از هرگونه جنب و جوش سیاسی به دغدغه برخی افراد و جریانات سیاسی مبدل شده بود، روزنامه «جهان اسلام» به تنها تریبون جنبش دانشجویی تبدیل گردید.  جهان اسلام بر اساس رسالتی که برای خود در نظر گرفته بود با طرح مباحث اندیشه‌ای، افزایش تعامل بین همه جریانات فکری را در دستور کار قرار داد و در همین چارچوب صفحات و ویژه‌نامه‌های مختلفی را منتشر ساخت که ویژه‌نامه‌های آیت‌الله مطهری، دکتر شریعتی، آیت‌الله طالقانی، جلال آل احمد، آیت‌الله بهشتی، گفت‌وگو و ... از آن جمله است... روزنامه جهان اسلام درحالی‌که در استقلال مالی کامل با تلاش مدیرمسئول محترم و سایر همکاران به لحاظ محتوا، شمارگان چاپ، توزیع، جذب آگهی و…به وضعیت مطلوبی رسیده بود در غروب یکی از روزهای دهه فجر سال ‌73 با نامه مدیر کل مطبوعات داخلی وزارت ارشاد از انتشار بازماند.  در آن شب این مقام مسئول طی نامه‌ای به چاپخانه دستور داد که از چاپ روزنامه جهان اسلام خودداری گردد. (بدون آنکه مسئولان روزنامه از ماجرا اطلاعی داشته باشند). در این لحظه کارکنان چاپخانه نامه مذکور را به روزنامه ارسال کردند که موجب بهت و شگفت‌زدگی همه همکاران شد.  مدیرمسئول محترم روزنامه بلافاصله تلاش کرد که تا مسئولان وزارت ارشاد را یافته و علت این اقدام را از آن‌ها سؤال کند اما تماس با هیچ‌یک از آن‌ها میسر نشد. در چنین شرایطی حتی تلاش شد تا روزنامه از طریق چاپخانه دیگری منتشر شود اما ترس و نگرانی سایر چاپخانه‌ها پس از دریافت خبر مانع از چاپ روزنامه در آن ساعات شب شد.  فردای آن روز که اتفاقاً پنج‌شنبه هم بود (روز تعطیل دستگاه‌های دولتی) گفته شد در ابتدای روز (صبح زود) هیئت نظارت بر مطبوعات وزارت ارشاد تشکیل جلسه داده و به اتفاق آرا حکم به توقیف روزنامه جهان اسلام داده است... درعین‌حال، مدیرمسئول محترم روزنامه جهان اسلام پس از توقیف روزنامه، شکایت به دستگاه قضایی برد؛ اما این شکایت بیش از سه سال طول کشید و سرانجام پس از دوم خرداد سال ‌76 دستگاه قضایی رسماً اعلام کرد که هیئت نظارت بر مطبوعات وزارت ارشاد اساساً حق چنین کاری نداشته و حکم به رفع توقیف روزنامه جهان اسلام داد.  حکمی که مسئولان وقت وزارت ارشاد تا آخرین لحظه حضور خود، در مقابل صدور و اجرای آن مقاومت کردند. این شرح کوتاهی بود از وضع بخشی از مطبوعات منتقد در زمان دولت سازندگی، اگر همکاران محترم و حتی جناب آقای هاشمی موافق باشند آماده‌ایم تا این موضوع را بهتر و بیشتر شکافته و مورد بحث و بررسی قرار دهیم». 

سید هادی خامنه ای مدیر مسئول روزنامه "حیات نو" بود. این روزنامه در دی ماه سال 1381 مصاحبه‌ای از "غلامعباس توسلی" از اعضای گروه غیرقانونی نهضت آزادی با عنوان "هنوز به مرز فروپاشی نرسیده ایم" همراه با یک کاریکاتور منتشر کرد که باعث توقیف شدن این روزنامه شد.   توقیف روزنامه "حیات نو" دادسرای ویژه‌ روحانیت تهران اعلام کرد: «روزنامه "حیات نو" به مدیر مسئولی آقای هادی خامنه‌ای در شماره 817، 18 دیماه 1381 از طریق چاپ کاریکاتور و درج مطالب موهن نسبت به مقام شامخ بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران اسائه ادب کرده و بر ضد انقلاب شکوهمند اسلامی ملت ایران تبلیغ نموده است... با استناد قانون مطبوعات سال 1364 مصوب مجلس شورای اسلامی، قرار توقیف موقت روزنامه حیات نو صادر و اعلام می‌گردد.»    واکنش هادی خامنه ای به توقیف روزنامه "حیات نو" سید هادی خامنه‏ای، 22 دی‏ماه سال 1381، در جلسه علنی مجلس ششم با اشاره به جریان پیش آمده برای روزنامه "حیات نو" و بازتاب‌های انتشار یک طرح اظهار داشت: «فضای آکنده از سوءتفاهم و بدگمانی در چند روز گذشته، روزنامه حیات نو را که در این سال‌ها همیشه دغدغه اندیشه ناب اسلامی را داشته است به طور موقت در میان راه بازداشته است...اما آنکه در کانون این موج نشسته است بنده هستم، من که همه داشته‌ها و باورهای زندگی سیاسی‌ام در طول بیش از چهار دهه، آکنده از نام امام خمینی (ره) و پیروی از اوست و افتخار زندگی‌ام را با وفاداری به راه و مرام او پیوند زده‌ام؛ اما همیشه می‌پنداشتم که بهای تقلید از امام، در بدخواهی دشمنان آن بزرگمرد خلاصه می‌شود، دشمنانی که هیچ‌گاه دشمنی و ناسازگاری خود را با آرمانهایش کتمان نکرده بودند؛ اما اینک می‌بینم که بهایی که امروز پرداخت می‌کنم دشوارتر، تلخ‌تر و سنگین‌تر از همیشه است.»    نباید به گونه‏ای عمل شود که به جایگاه رفیع امام عزیز ضربه‌ای ناخواسته وارد گردد. هادی خامنه ای در ادامه سخنان خود در جلسه علنی مجلس، با توجه به مسائل پیش آمده در خصوص طرح چاپ شده در روزنامه حیات نو و هجمه انتقادات مطرح شده علیه وی در آن برهه زمانی اظهار داشت: «امروز همه راهی را که با رنج و درد در طول عمر پیموده‌ام انکار می‌کنند و آرمان‌ها و آمالی را دگرگون جلوه می‌دهند که برای حفظ و پاسداشت آن، جان و تن را ارزان می‌دانستم. امروز این شاگرد همیشگی مکتب امام، بهای ارادت به مرادش را با این سخن تلخ روزگار می‌پردازد که او را به توهین نسبت به استاد و راهنما و محبوبش متهم کنند. به خود گفتم ای کاش در کنج حبس و زیر شکنجه رژیم ستم شاهی از پای در می‌آمدم و این روزگار را نمی‌دیدم. طرح تزئینی که در کنار مقاله‌ چاپ شده و انتساب به نیتی توهین آمیز را راه انداخته است، مربوط به 65 سال پیش است که توضیحات آن را در روزنامه جمعه حیات نو دادم و خود، داوطلبانه برای پیگیری موضوع، روزنامه را دو روز تعطیل کردم تا در صورت احراز مسامحه عمدی، خود اولین کسی باشم که با آن بستیزم اما گویا این کافی نبود...آنان که امروز به این موضوع یا از سر احساسات وفادارانه و یا... دامن می‌زنند، تصویر یک قاضی بیگانه را بجای آن بزرگمرد پنداشته‌اند. هرچند احساسات وفادارانه برای آن امام عزیز قابل احترام است و حساسیت مردم و علما نیز قابل تقدیر و سپاس و برای دشمنانی که جامعه ما را زیر نظر دارند اخطار گونه و پند آموز؛ اما نباید آنگونه عمل شود که به جایگاه رفیع آن عزیز ضربه‌ای ناخواسته وارد گردد. این سخنان را نه برای خودم و نه برای روزنامه عرض کردم من نگران نسل جوان هستم که باید روشی درست آن‌ها را به وفاداری و پایداری در راه امام فراخوانیم.»   دفاع از "حیات نو" در دومین سالگرد توقیف آن سید هادی خامنه ای در مراسم دومین سالگرد توقیف روزنامه "حیات نو"در 23 دیماه 1383، خاطرنشان کرد: «روزنامه‌ "حیات نو" نسل جدید همان روزنامه‌ "جهان اسلام" بود که با همکاران جدید به میدان آمد و در اندک زمانی خوش درخشید. 3 سال دوام آورد و با پرتیراژترین روزنامه‌های کشور به رقابت برخاست...»    توقیف حیات نو به نفع کشور و مصالح آن در هیچ جریان و جناحی نبوده و نخواهد بود.  هادی خامنه‏ای در این مراسم گفت: «بهانه‌جویی‌های حاصله برای تعطیلی این روزنامه، افشاگر جریان‌هایی در کشور بوده و هست که ثابت می‌کند در مقابل داشتن تریبون‌های سالم، گسترده و فراگیر که در جهت سلامت و به سامان آوردن حرکت اصلاحات فعالیت می‌کند، همواره روش‌های کارشکنانه و دشمنانه دنبال می‌شود.  مسئله‌ای که به بهانه‌ای برای تعطیلی حیات نو بدل شد تا امروز نیز در هاله‌ای از ابهام، تعجب و شگفتی همه کسانی که دلسوز کشور در همه جناح‌ها هستند، فرورفته است. هنوز هم برای ما مسئولان این روزنامه و هزاران نفر از طرفداران آن روشن نشده که ریشه این حرکت چه بود جز آن که سرتاسر این حرکت صد درصد به ضرر انقلاب و ارزش‌های آن بود و یکی از فعال‌ترین رسانه‌ها را از میان برداشتند. این سؤال را نیز برای همیشه بی‌پاسخ گذاشتند و این دقیقاً به نفع کشور و مصالح آن در هیچ جریان و جناحی نبوده و نخواهد بود.»    آزاد گذاشتن عرصه مطبوعات، در چارچوب مصالح کشور است. هادی خامنه ای در ادامه گفت: «امیدواریم که در این تجربه برای همه مسئولان امروز، دیروز و آینده کشور درسی آموزنده باشد که دیگر با مطبوعات و خانواده مطبوعات بازی نکنند. مطبوعات را باید جدی بگیرند و به اطلاع‌ رسانی ارج بنهند. اعتقاد داریم علیرغم اختلاف شدید و گسترده در عرصه مسائل سیاسی کشور، آزاد گذاشتن عرصه مطبوعات، در چارچوب مصالح و منافع کل کشور است و هیچ ضرری از این بابت به کشور و مصالح آن وارد نخواهد شد. امیدواریم این یادبود بهانه‌ای برای طرح مباحثی از همین دست باشد.»   "حیات نو" چهره ممتازی در میان روزنامه‏های اصلاح طلب داشت. "مجتبی واحدی" سردبیر وقت روزنامه‌ آفتاب یزد و یکی از مطبوعاتی‏های حاضر در آن مراسم گفت: «آن‌ها که آن روز 19 دیماه 1381 را با 19 دیماه 1356 مقایسه کردند و طرح چاپ شده در حیات نو را تکرار مقاله احمد رشیدی مطلق دانستند، این پیام را به تمام جهان مخابره کردند که در زمان رژیم سابق نوشتن مقاله علیه امام آنقدر سخت بود که نویسنده‌ی هتاک مقاله نام مستعار بر خود می‌گذاشت و 24 سال پس از انقلاب فضای جامعه به گونه‌ای شده است که در روزنامه نزدیک به نظام جرأت اهانت به امام وجود دارد. متأسفانه این طرز تفکر هنوز ادامه دارد و کسانی برای ضربه زدن به رقیب از رسوخ دشمن به بالاترین سطوح کشور سخن می‌گویند بدون آن که تبعات سخنان خود را بدانند.»    توقیف مجدد روزنامه حیات نو در سال 88 روزنامه حیات نو در تاریخ 16 آذرماه سال 1388، مجدداً از سوی هیئت نظارت بر مطبوعات توقیف شد. علت اعلام شده برای توقیف این روزنامه منتقد، آن بود که حیات نو، خارج از زمینه مصوب کار کرده، ضمن اینکه غالب مطالبی که خارج از زمینه مصوب کار کرده تخلف بوده است و این امر مغایر با قانون مطبوعات است.   روایت هادی خامنه ای از توقیف حیات نو  سید هادی خامنه‌ای در 18 آذرماه 1388 با اشاره به دو نامه‌ای که از سوی هیأت نظارت بر مطبوعات و معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد ارسال شد، تأکید کرد: «در اشکالاتی که از سوی هیأت نظارت وارد شده بود به مسئله مدیر مسئولی و همچنین مجوز روزنامه اشاره شده است درحالی‌که اسناد لازم و مدارک مورد نیاز جهت اعلام نام مدیر مسئول به معاونت مطبوعاتی اعلام شده بود و در رابطه با مجوز اجتماعی روزنامه نیز اعلام می‌کنم که مسائل اجتماعی و مسائل سیاسی با هم مشترک و مختلطند و نمی‌توان مرز اجتماع و سیاست را از هم جدا کرد.»  

پژوهشکده تاریخ اسلام یکی از مراکز تاریخ پژوهی در ایران است. این پژوهشکده به طور عام به موضوع تاریخ و به طور خاص بر تاریخ اسلامی ایران با دیدگاه‌های اجتماعی را مطالعه می‌کند. مدیریت این پژوهشکده را هادی خامنه ای برعهده دارد.   شورای علمی پژوهشکده دکتر صادق آیینه‌ وند (رئیس گروه سیره معصومین (ع))، دکتر عباس برومند (رئیس گروه جریان‌های فکری جهان اسلام)، دکتر حجت الله جودکی (عضو گروه جغرافیای تاریخی جهان اسلام)، دکتر هادی خانیکی (عضو گروه روش شناسی و تاریخ نگاری، کمیته علمی همایش)، دکتر احمدرضا خضری (عضو گروه سیره معصومین (ع))، دکتر داریوش رحمانیان (مدیر گروه میان رشته‌ای)، دکتر غلامحسین زرگری نژاد (معاونت پژوهشی دانشنامه جغرافیای تاریخی جهان اسلام)، دکتر غلامرضا ظریفیان (عضو گروه جریان‌های فکری)، دکتر مهدی محقق (سردبیر فصل‌نامه مطالعات تاریخ اسلام)، دکتر حسین مفتخری (رئیس گروه روش شناسی و تاریخ نگاری)، دکتر عباس منوچهری (عضو گروه روش شناسی و تاریخ نگاری) و دکتر عبدالله ناصری طاهری (رئیس گروه جغرافیای تاریخی جهان اسلام) اعضای شورای علمی این پژوهشکده را تشکیل می‏دهند.   اهداف بلند مدت بر طبق سایت این پژوهشکده اهداف بلند مدت عبارتند از: کمک و حمایت از تحقیقات بنیادی و توسعه‌ای و کاربردی ایجاد تعامل علمی و همکاری‌های تحقیقاتی بین‌المللی جهان اسلام ارتقاء جایگاه تاریخ اسلام در عرصه‌ علوم انسانی آینده‌ پژوهی در تاریخ اسلام متکی بر نیازهای ضروری جهان اسلام پاسخگویی عالمانه به شبهات تاریخی منتقدان، معاندان و مخالفان تاریخ و فرهنگ و هویت اسلامی در عرصه‌های ملی - منطقه‌ای و جهانی کمک به تقریب مذاهب مسلمانان، بررسی درک و فهم عالمانه تاریخ اسلام ارائه و تولید نظریه‌ها و ایده‌های جدید کمک به برگزاری و حمایت از کرسی‌های نظریه‌پردازی در عرصه تاریخ اسلام و علوم مرتبط   اهداف کوتاه مدت و در اهداف کوتاه مدت آن آمده است: زمینه‌ سازی، ترویج و حمایت از نگرش عالمانه، محققانه و کارشناسانه تاریخ اسلام، تعامل و همکاری و ارتباط با مراکز علمی و پژوهشی متناظر و محققان و دانش‌ پژوهان، هم‌ افزایی در ارائه بایسته‌ها و موضوعات اساسی تاریخ اسلام از طریق: حمایت و کمک به دانش‌ افزایی، توانایی حرفه‌ای و کاربرد پژوهشگران، تولید، تدوین و ترجمه  آثار مورد نیاز و گران‌سنگ در عرصه‌های مختلف تاریخ اسلام.  

سید هادی خامنه ای که پس از انتخابات سال 1388 کمتر در مجامع اصلاح طلب حاضر می‌شد؛ در مردادماه سال 1389 در دیدار با جمعی از جوانان اصلاح طلب بیان کرد که حوادث سال 1388 برنامه ریزی شده بود. وی در این دیدار ریشه حوادث پس از انتخابات 1388 را در سالهای پیش از آن دانست و گفت: «به نظر می‌رسد آنچه که اتفاق افتاد، با برنامه‌ریزی قبلی و دارای پروسه زمانی چندین ساله بوده است و بروز این اتفاقات، ریشه در سال‌های گذشته دارد و در اواخر دهه 60 نشانه‌هایی از چنین برنامه‌ریزی‌ها را مشاهده می‌کردیم.»   حمله به اصلاحات در داخل و به انقلاب در خارج، هر دو از یک ریشه‌اند. هادی خامنه ای با کنار هم قرار دادن اصلاحات و انقلاب اسلامی، تبلیغات علیه اصلاحات و انقلاب را از یک ریشه دانست و گفت: «در داخل کشور به اصلاحات حمله می‌کنند و در خارج به انقلاب اسلامی و هر دو از یک ریشه‌اند.»   توصیه‌هایی برای زنده نگه‌داشتن جریان اصلاحات  هادی خامنه ای در این دیدار توصیه‌هایی برای زنده نگه‌داشتن جریان اصلاحات بیان کرد: «جدی‌ترین فعالیت‌ها که موجب تحولات عمیق اجتماعی می‌شود، فعالیت فرهنگی است و در حقیقت سیاسی‌ترین فعالیت‌ها، فعالیت فرهنگی است. فعالیت‌های فرهنگی محدود به چارچوب خاصی نیستند، یعنی اگر برگزاری مراسم زیارت‌ عاشورا ممکن نشد، دعای کمیل، اگر مراسم دعای کمیل محدود شد، دعای ندبه، اگر برگزاری و شرکت در نماز جمعه امکان‌پذیر نشد، نماز جماعت و خلاصه کار فرهنگی نه محدود به مکان است نه منحصر در زمان.»  

حجت‌ الاسلام سید هادی خامنه‌ای در 16 خردادماه 1392 در مراسم افتتاح ستاد انتخاباتی محمدرضا عارف در شهرستان چناران اظهار کرد: «با امکانات اندک می‌توان آثار بزرگی به دست آورد، امکانات به تنهایی کارساز نیست و اقبال مردم به اندیشه‌ها و افکار جریان است، حامیان کاندیداها باید در سطح جامعه از مقبولیت اجتماعی برخوردار باشند... اصلاح‌طلبان واقعی برای خدمت ‌رسانی و کمک به حل نارسایی‌های اقتصادی، اجتماعی و منطقی کردن اقتصاد پا به میدان گذاشتند.»   عارف محصول تجارب بیش از 30 ساله انقلاب اسلامی است. وی در حمایت از عارف گفت: «بعد از گذشت بیش از 30 سال از انقلاب جایز نیست مدیریت کلان به دست افرادی بیفتد که دارای کم‌ترین تجربه مدیریت در سطوح کلان نظام هستند. عارف محصول تجارب بیش از 30 ساله انقلاب اسلامی است فردی با منش اخلاقی که هم‌اکنون کشور به تجربه و اخلاق نیازمند است.»   نماینده اصلاح طلبان، عارف است. هادی خامنه‌ای در پاسخ به این سؤال که آیا اصلاح طلبان به اجماع بر روی یک کاندیدا می‌رسند، گفت: «اصلاحات در این دوره از انتخابات یک کاندیدا دارد، نماینده تمام اصلاح‌طلبان عارف است، خود حسن روحانی نیز بارها گفته که اصلاح‌طلب نیست و مستقل به میدان آمده است.»   حمایت از حسن روحانی  حجت‌ الاسلام هادی خامنه ای در شامگاه 21 خردادماه 1392 در جلسه فوق العاده کمیته سیاسی مجمع نیروهای خط امام، انصراف محمدرضا عارف را شجاعانه و ایثارگرانه خواند و این اقدام را الگویی برای سیاست ورزی اخلاق مدارانه در کشور دانست؛ پس از آن وی موضع رسمی خود را مبنی بر حمایت از حسن روحانی اعلام کرد.   همه دوستانی که در انتخابات مشارکت داشتند در خلق این حماسه سهیم‌اند. حجت‌ الاسلام سید هادی خامنه‌ای در 28 خردادماه 1392 در دیدار تعدادی از اعضای مجمع نیروهای خط امام که در انتخابات ریاست جمهوری و شوراهای شهر و روستا در تهران فعالیت داشتند ضمن قدردانی از زحمات آنان، گفت: «همه دوستانی که در انتخابات مشارکت داشتند در خلق این حماسه سهیم‌اند چه آنان که نامزد شدند و چه کسانی که برای هر یک از نامزدها فعالیت کردند و اجر همه آن‌ها نزد خداوند محفوظ است.»   آقای روحانی از نیروهای با تجربه و توانمند است. وی خاطر نشان کرد: «آقای روحانی از نیروهای با تجربه و توانمند است که همواره مورد اعتماد مسئولان عالی‌رتبه نظام و جناح‌های مختلف بوده است و رابطه‌ای صمیمانه با طیف‌های مختلف درون نظام دارد و همین ویژگی سرمایه مهمی برای ایشان خواهد بود که انشاءالله در پیگیری امور و حل مشکلات کشور به کمک ایشان خواهد آمد... ما ضمن عرض تبریک به آقای روحانی و اظهار خشنودی از حمایت قاطبه مردم از ایشان و رأی بالایی که در انتخابات کسب کردند امیدواریم در ادامه راه با همکاری و مساعدت همه مردم و مسئولان بتوانند با عقلانیت و اعتدال، کشور را از دام افراط‌گرایی خارج کنند.»   به همفکران خود در جناح اصلاح‌طلب عرض می‌کنم که قدر این فرصت را بدانید.  هادی خامنه ای خطاب به اصلاح طلبان و دیگر جناح‏ها گفت: «شادی و نشاط سراسری مردم در نقاط مختلف کشور نشان داد که مردم بیدارند و درک واحدی دارند. به دوستان و همفکران خود در جناح اصلاح‌طلب و علاقمندان و دلسوزان نظام در سایر جناح‌ها عرض می‌کنم که قدر این فرصت را بدانید خداوند یک‌بار دیگر عنایت خود را شامل حال این کشور و نظام کرده و دل‌های مردم را به یکدیگر نزدیک ساخته است تا در شرایطی خطیر و حساس بتوان از همه ظرفیت‌ها بهره گرفت و آینده بهتری را رقم زد. اجازه ندهید با تنگ نظری و برخوردهای سلیقه‌ای فرصت اصلاح امور از دست مردم خارج شود.»   وظیفه همه ما همکاری با دولت جدید است. هادی خامنه ای در مراسم افطاری حزب اسلامی کار، در تاریخ 31 تیرماه 1392، درباره مطالبات اصلاح طلبان گفت: «اصلاح‌طلبان همیشه عمل به قانون را می‌خواستند و امروز نیز چیزی فراتر از عمل به قانون را نمی‌خواهند انشاءالله که دولت جدید بتواند به آن عمل کند... من برای کابینه پیشنهادی ندارم اما پیشنهاد دهنده‌های زیادی دور و بر هستند که دیگر  فرصتی برای پیشنهاد از سوی ما نمی‌ماند. بنابراین وظیفه همه ما همکاری با دولت جدید است که البته این به معنی ورود به داخل کابینه نیست.»  انتقاد هادی خامنه‌ای از گمانه‌زنی رسانه‌های اصلاح‌طلب حجت‌ الاسلام هادی خامنه‌ای در 6 مردادماه 1392 در خصوص رویکرد دولت حماسه اقتصادی و اولویت‌های دولت تدبیر و امید اظهار داشت: «مهم‌ترین کاری که دولت به دنبال آن خواهد بود، حل مشکلات مربوط به اشتغال، جوانان، گرانی و حمایت از پول و سرمایه ملی، تولید، صادرات غیر نفتی، صنعت و کشاورزی و به طور کلی هر زیربنای اقتصادی است که در این مدت از بین رفته یا ضعیف شده است.» عضو مجمع روحانیون مبارز درباره گمانه‌زنی برخی رسانه‌های اصلاح‌طلب درباره تعیین وزیر ارشاد از سوی این جریان گفت: «‌گمانه‌زنی نباید صورت گیرد و این یک موضوع بیخود است،‌ باید اجازه داد خود دولت با هرکس که می‌خواهد مشورت کند.»  

سید هادی خامنه‌ای 28 مردادماه سال 1392 به اتفاق جمعی از اعضای مجمع نیروهای خط امام به دیدار خانواده مهدی کروبی در جماران رفت. در ابتدای این دیدار فاطمه کروبی گزارشی از وضعیت مهدی کروبی و اقدامات پزشکی که برای وی انجام شده بود را ارائه کرد.   خاطره هادی خامنه‏ای از مهدی کروبی در دوران پیش از انقلاب در این دیدار سید هادی خامنه‏ای با ذکر خاطره‌ای از دوران پیش از انقلاب گفت: «آقای کروبی هرگاه به مشهد می‌آمدند، پایگاهشان در منزل من بود و یادم هست در یکی از سفرها که بسیاری از دوستان از فشارهای امنیتی مرعوب شده بودند، ایشان با کمک‌هایی که از طرف امام (ره) به ایشان رسیده بود به دیدار انقلابیون و خانواده‌های ایشان می‌رفت و شرایط دلگرمی آنان را فراهم می‌نمود. بعد از انقلاب هم آقای کروبی در کمیته امداد و بنیاد شهید و ریاست مجلس منشأ خدمات بسیاری برای کشور شدند.»   دیدار مجدد هادی خامنه‏ای با خانواد مهدی کروبی به گزارش سایت خط امام در پایان آبان ماه سال 1392، سید هادی خامنه ای مجدداً با فاطمه کروبی دیدار کرده و حال مهدی کروبی را جویا شد. در این دیدار فاطمه کروبی با توجه به وضعیت مهدی کروبی گفت: «سه سال است که بلاتکلیف هستیم، ما در حال حاضر اصلاً بحث آزادی نداریم و تأکید داریم که چهارچوب حصر مشخص شود و ایشان به خانه خود منتقل شوند.» فاطمه کروبی گفت: «از زمانی که با آقای خاتمی و آقای هاشمی دیدار داشته‌ایم دیگر همان ارتباط محدودشان هم قطع شده است و این بر نگرانی‌های خانواده افزوده است. هرچند که آقای کروبی بارها از خانواده‌اش خواسته که از کسی درخواستی نداشته باشید.»  

در پی آزادی جمعی از زندانیان سیاسی حوادث پس از انتخابات سال 88، سید هادی خامنه‏ای، دبیر کل مجمع نیروهای خط امام در تاریخ 31 شهریورماه 1392، به همراه جمعی از اعضای سازمان جوانان این تشکل اصلاح طلب به دیدار ابوالفضل قدیانی و عیسی سحر خیز در بیمارستان قلب شریعتی تهران و نیز فیض الله عرب سرخی و محسن امین زاده در منازلشان رفت و با استقبال از آزادی‌ زندانیان حوادث بعد از انتخابات سال 88 برای گشایش بیشتر در فضای سیاسی داخل کشور و آزادی تمام زندانیان سیاسی دعا کرد.  لازم به یادآوری است که در مدت حضور ابوالفضل قدیانی و عیسی سحر خیز در بیمارستان برای گذراندن دوران درمان، نامشان در لیست آزاد شدگان قرار نگرفته‌ بود. سید هادی خامنه ای در دیدار با فیض الله عرب سرخی گفت: «باید قدر این فضای نسبتا باز اخیر را بدانیم و با تندروی دستآوردهای آنرا خراب نکنیم.» 

اواسط آبان ماه سال 1392، سید هادی خامنه‌ای در مصاحبه‌ای با سایت خط امام در پاسخ به پرسشی در خصوص تداوم شعار مرگ بر آمریکا همزمان با سیزده آبان و به ویژه در زمان مذاکرات ایران و غرب برای حل و فصل پرونده هسته‌ای گفت: «در این مورد، چند نکته باید مد نظر قرار گیرد: اول اینکه موضع‌گیری‌های مردم اگر نشانه‌های حمایت از دولت را در برداشته باشد در این صورت، دولت در مذاکرات با طرف مقابل، موضع قوی‌تری خواهد داشت، طرف مقابل اگر دولت ایران را نماینده واقعی خواست و اراده مردم تلقی کند به آن‌ها و مواضعشان اهمیت بیشتری خواهند داد. دوم بعضی از سیاستمداران معتقدند که موضع حکومت با موضع مردم متفاوت است، دنیا هم این را می‌داند و در همه جا مرسوم است که مردم علیه حکومت یک کشور (مثلاً آمریکا) شعار می‌دهند ولی دولت با همان حکومت مذاکره می‌کند در زمان جنگ ویتنام و کامبوج، رزمندگان علیه اشغالگران آمریکا می‌جنگیدند همزمان سران با آمریکائی‌ها مشغول مذاکره بودند بنابراین نظریه، دولت فعلی ایران می‌تواند با عزم و احتیاط، به مذاکرات با آمریکائی‌ها ادامه بدهد، مردم هم شعار خودشان را بدهند چه بسا همین شعارها، به موضع دولت هم کمک کند، البته شعار مخالفت، الزاماً مرگ بر فلان و به همان نیست شعارهای برای مخالفت با ادبیات دیگری هم می‌توان داد. سوم بسیاری از صاحب‌نظران، بر اساس آمار و ارقام، این ادعا را که مردم خواستار شعار مرگ بر آمریکا هستند را قبول ندارند و گویندگانی را که در رسانه‌های عمومی، چنین ادعایی می‌کنند و از زبان مردم، سخن می‌گویند را فاقد اعتبار می‌دانند برای روشن شدن حقیقت بهتر همان است که دولت، به سنجش افکار به صورت دقیق بپردازد و نتیجه را بی کم و کاست، اعلام نماید تا از این پس هرکسی ادعا‌های شخصی یا گروهی خود را به نام مردم و ملت، مطرح نسازد.» وی در ادامه در پاسخ به این سؤال که نسبت شعارهای انقلابی با منافع ملی چگونه تعریف می‌شود؟ و با توجه به منسوخ شدن برخی از شعارها مثل مرگ بر شوروی و مرگ بر آل سعود آیا امکان دارد شعار مرگ بر آمریکا هم دچار همان سرنوشت بشود؟ گفت: «پاسخ مثبت است، تردیدی نیست که هر اقدام عملی یا شعاری، توسط مسئولین، می‌باید مبتنی بر مصالح و منافع ملی باشد. تشخیص مصداق‌ها نیز بر عهده مسئولین است که اگر لازم دیدند می‌توانند از مردم هم سؤال کنند به هر حال به نفع جمهوری اسلامی است که برای همیشه فرصت میدان‌داری و سوءاستفاده را از گروه‌های خود سر و غیرمسئول بگیرد.»  

سید هادی خامنه‌ای، اوایل آذرماه سال 92 در دیدار با جوانان اصلاح‌طلب در مشهد، در پاسخ به پرسشی در مورد جایگاه روحانیت در حکومت، به تشریح تلقی خود در موضوع ولایت فقیه پرداخت و گفت: «حکومت نباید دست قشر خاصی باشد و نه این طور هست. اگر منظور ولایت فقیه است، تفسیر ما از ولایت فقیه فرق می‌کند با چیزی که این‌ها می‌گویند. نظر علما هم در این بحث متفاوت است. حتماً آراء مرحوم آخوند خراسانی در این مورد را دیده‌اید. در حوزه حکومت برخی علما گفته‌اند روحانیت لازم نیست در رأس باشد. استنادشان هم بر این نظر مرحوم آخوند است که حکومت خواه‌ناخواه افت و خیزهایی دارد؛ ظلم، خرابی، دزدی، خیانت، سرقت، امثال این‌ها. اگر روحانیت که به عنوان نمادهای دین شناخته می‌شوند مسئول مستقیم و تام و تمام چنین خرابی‌هایی باشند این در عمل ضررش برای دین بیشتر است تا نفعش و مردم را نسبت به دین بی‌اعتماد و بدبین می‌کند.» وی افزود: «طرفداران حکومت دینی هم معتقدند چون دین برای حیات اجتماعی و اداره همه امور زندگی آمده پس با وجود یک انقلاب دینی باید حکومت هم دینی باشد. من خودم با ماهیت این موضوع مسئله‌ای ندارم اما روشی که پیشنهاد می‌شود خیلی متفاوت است با نظری که ما داریم. یکی از این تفاوت‌ها همین است که ما «حکومت دینی» می‌خواهیم ولی «دین حکومتی» نمی‌خواهیم؛ یعنی حکومت در چهارچوب دستورات دینی کار کند. این کار را چه کسی بکند؟ الزاماً باید یک روحانی باید انجام دهد؟ نه؛ کافی است قوانین با چارچوب‌هایی تنظیم شود که متناسب با اسلام باشد یا غیر متضاد با اسلام.» سید هادی خامنه‌ای در ادامه خاطرنشان کرد: «در مورد ولایت فقیه استنباط ما این است که ولایت فقیه یعنی حکومت اسلامی. جزوه درس ولایت فقیه امام در نجف هم به همین عنوان ولایت فقیه یا حکومت اسلامی است. حکومت اسلامی فرمول مشخصی ندارد بلکه شرایط جامعه، هر زمانی می‌تواند به گونه‌ای آن را تعریف کند. هم چنانکه دموکراسی در غرب یک امر شناخته شده و رسمیت یافته است اما مدل حکومت‌های غربی همه یک جور نیست. همه این حکومت‌های غربی متفاوت با مصادیق گوناگون دموکراسی است و حکومت اسلامی هم یکی از این مصادیق است؛ یعنی حکومت مبتنی بر دستورات و اندیشه‌های اسلامی باشد. روش کار به نحو پارلمانی باشد یعنی چهارچوب اسلام را در قوانین لحاظ کند. در واقع همین کاری که شورای نگهبان می‌کند و پیش‌بینی‌ای که در مشروطه برای حضور فقهای طراز اول شده بود اما عملی نشد. من این حرف را از بیش از 20 سال پیش بارها گفته‌ام که ولایت فقیه در واقع یعنی ولایت فقه و ولایت دین؛ ولایت هم به معنای حکومت است.»  

سید هادی خامنه‌ای، اوایل آذرماه سال 1392، در با دیدار جوانان اصلاح‌طلب در مشهد، با تأکید بر ضرورت کار فرهنگی و نقش جوانان در تأثیرگذاری عمیق در جامعه گفت: «کار فرهنگی در دوران اخیر به حدی تأثیرگذار بوده که یک عده از جناح مقابل به این طرف متمایل شده‌اند. در سال 76 در جریان انتخابات ریاست جمهوری ما از کاندیدای خودمان حمایت می‌کردیم، امروز کاندیدای جناح مقابل به این طرف نزدیک شده است. نمی‌خواهم بگویم این تحول صد درصدی بوده اما خیلی تغییرات اساسی است. غالباً برداشت این است که آقای عسگراولادی تحولی در این اواخر پیدا کرده بود. این حرف‌هایی که ایشان زد بی‌حساب نبود. درست است که ایشان باز همان حرف‌های همیشگی را در جوابیه‌ها و بیانیه‌ها تکرار کرد اما همین که یک حرفی را ایشان طرح کرد و بسط داد که مسائل را طور دیگری باید دید، خود این حاصل تغییراتی است که ایجادشده ولو این تغییرات در حد انتظارات ما نباشد. از طرفی اصلاح‌طلبان هم در حدی پیش آمدند که صفر و صدی بودن را اصلاح کردند و معتدل شدند. در واقع اینکه خود ما هم آدم‌های واقع‌بینی شدیم، این خودش پیشرفت است. در مصاحبه با یکی از مجلات چند ماه پیش همین حرف‌ها را صراحتاً گفتم. مدام خبرنگار می‌پرسید آیا این تغییرات در شما هم ایجادشده؟ گفتم بله من هم تغییر کردم، دیگران هم همین طور. گفتم آقا یک کلمه بگویم راحتت کنم، همه ما تغییر کردیم. محترمانه‌تر این است که همه ما سر عقل آمدیم. همین که همه ما فهمیدیم چه باید کرد و چگونه باید گفت و چه چیزی باید خواست، این خودش پیشرفت است. نتیجه‌اش این است که دوستان در این چند سال نشستند و با زحمت در جلسات مختلف گفت‌وگو کردند، بحث کردند و چیزهایی را که نمی‌دانستند، فهمیدند اما این پیشرفت کافی نیست و ما باید دائماً این حرکت را ادامه بدهیم و توقف نکنیم.»