سید هادی حسینی خامنه ای در سال 1326 در مشهد متولد شد. پدر ایشان سید جواد حسینی خامنه ای در مشهد به تدریس، تعلیم و تربیت طلاب و ارشاد مردم مشغول بود و چندین سال متمادی امامت جماعت مسجد صدیقیها یا مسجد آذربایجانیها (ترکها) را برعهده داشت. مادرشان، خدیجه میردامادی، دختر آیت الله هاشم میردامادی نجف آبادی بود. وی برادر مقام معظم رهبری است.حجت الاسلام هادی خامنه ای در ادوار اول، دوم و سوم مجلس شورای اسلامی به عنوان نماینده مشهد و در دوره ششم به عنوان نماینده تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر فعالیت کرد. ایشان عضویت در مجمع روحانیون مبارز و مجمع نیروهای خط امام را در کارنامه خود دارد.