قدرت الله علیخانی در سال 1378 در انتخابات مجلس ششم شورای اسلامی شرکت کرد و توانست در مرحله اول این انتخابات در 29 بهمن ماه 1378 به نمایندگی از مردم "بوئین زهرا" از توابع استان قزوین به مجلس ششم شورای اسلامی راه یابد.

6 آذر سال 1379، "حسین لقمانیان" رئیس وقت جبهه مشارکت شاخه همدان و نماینده این شهر در مجلس ششم، در نطق پیش از دستور خود به ایراد یک سخنرانی علیه قوه قضائیه پرداخت و در اعتراض به بازداشت فعالین ملی مذهبی در بخشی از سخنان خود اظهار کرد: «... كارد دادگاه مطبوعات گلوی آزادی بیان مطبوعات و افراد را بریده است و ساحت مجلس قانون گذاری را در تیررس تهدید نهاده است، نهاد قضایی كه باید افق امید برای دادگری و بالندگی دیگر ارگان های دولتی و بستر حق و قانون باشد و روح آزادگی و دموكراسی در مردم و خدمتگزاران مردم بدمد، ابزار قانون شكنی و حق كشی و شبح ترس و ناامیدی گشته است...» پس از آن شعبه(1410) دادگاه عمومی تهران و شعبه(36) تجدیدنظر استان تهران، دفاعیه لقمانیان را جرم خواند و وی را به اتهام نشر اكاذیب و توهین و افترا به دستگاه قضایی محاكمه و روانه زندان اوین كرد. این اقدام که برخلاف اصل 84 و 86 قانون اساسی بود و "مصونیت پارلمانی نمایندگان" را "نقض" می کرد، با واکنش معترضانه نمایندگان مجلس ششم و دولت "محمد خاتمی" رئیس جمهور وقت، احزاب و فعالان سیاسی - اجتماعی رو به رو شد. در واقع این حکم در زمان خود یکی از شدید‌ترین تنش‌ها میان قوای قضاییه و مقننه را رقم زد، زیرا "مهدی کروبی" رئیس وقت مجلس ششم، در اعتراض به این مسئله ضمن ابراز ناخرسندی از دستگیری لقمانیان اعلام کرد که با این شرایط قادر به اداره جلسه نیست و تا وقتی نمایندگان مصونیت نداشته باشند، به مجلس بازنخواهد گشت. سرانجام 25 دی سال 1380، جمعی‌ از نمایندگان‌ مجلس‌ شورای‌ اسلامی از جمله قدرت الله علیخانی در نامه ای خطاب به آیت‌الله‌ هاشمی‌ شاهرودی‌ رئیس‌ وقت قوه‌ قضائیه‌ در خصوص‌ حل‌ مشکل‌ حسین‌ لقمانیان‌ درخواست عفو کردند. آنها در نامه خود ضمن اشاره به واکنشها و اظهار نظرهای متعدد در خصوص دستگیری و محکومیت لقمانیان که بخش قابل توجهی از وقت نمایندگان را به خود اختصاص داده بود در حالیکه این زمان باید به بررسی و تصویب بودجه سال 1381 اختصاص می یافت، از آیت الله هاشمی شاهرودی تقاضا کردند تا با رعایت جایگاه و شأن قوای مقننه و قضائیه به هر نحوی که مقتضی باشد این مشکل را حل نمایند. پس از آن رئیس‌ قوه‌ قضائیه‌ طی‌ نامه‌ای‌ به‌ حضرت‌ آیت‌ الله‌ خامنه‌ای‌ رهبر معظم‌ انقلاب‌ اسلامی‌، عفو لقمانیان‌ را درخواست‌ نمود و مقام‌ معظم‌ رهبری‌ با این‌ درخواست‌ موافقت‌ کردند.

مجلس هفتم قدرت الله علیخانی در اول اسفند ماه 1382 در انتخابات مجلس هفتم شورای اسلامی شرکت کرد و با کسب 59.28 درصد آرا به عنوان نماینده مردم "بوئین زهرا و آوج" از استان قزوین به مجلس راه یافت. مجلس هشتم قدرت الله علیخانی با سابقه حضور در مجلس ششم و هفتم، در انتخابات مجلس هشتم شرکت کرد و در مرحله اول در 24 اسفند ماه 1386 با کسب 74366 رأی از 219042 آراء مأخوذه به نمایندگی از مردم "قزوین، آّبیک و البرز" از توابع استان قزوین به مجلس راه یافت. او در کمیسیون امنیت ملی عضویت داشت.

موافقت با استیضاح وزیر آموزش و پرورش 18 اردیبهشت سال 1386، طرح استیضاح محمود فرشیدی وزیر آموزش و پرورش دولت نهم در 17 محور در مجلس شورای اسلامی اعلام وصول شد. قدرت الله علیخانی یکی از 38 نماینده امضا کننده طرح استیضاح فرشیدی بود. کند شدن تحول در نظام آموزشی، انحراف از راهبرد مدرس محوری در تعالیم و تربیت، عملکرد ضعف در پرداخت بهنگام معوقات و مطالبات قانونی فرهنگیان، کم توجهی به پیشکسوتان و فرهنگیان بازنشسته، عملکرد ضعیف در ساماندهی بهداشتی مدارس، تدبیر ناکارآمد در ایمن سازی مدارس و امکان برخورداری از تاسیسات متناسب با گاز رسانی به مدارس و حوادث غیر مترقبه برای دانش آموزان و... از محورهای استیضاح مطرح شدند. جلسه استیضاح محمود فرشیدی وزیر آموزش و پرورش، 26 اردیبهشت سال 1386 با حضور رئیس جمهور و جمعی از وزرا در صحن علنی مجلس آغاز شد. در این جلسه پس از بیان سخنان موافقان و مخالفان و سپس سخنان رئیس جمهور و دفاع فرشیدی از عملکرد خود، نهایتا "محمود فرشیدی" با رای اعتماد 132 تن از نمایندگان مجلس، از مجموع 238 آراء ماخوذه، در وزارت آموزش و پرورش باقی ماند. موافقت با استیضاح وزیر کشاورزی 8 دی ماه 1387 طرح استیضاح محمدرضا اسکندری، وزیر وقت جهاد کشاورزی با امضای 18 تن از نمایندگان مجلس از جمله قدرت الله علیخانی اعلام وصول شد. طراحان استیضاح وزیر جهاد کشاوری آبان ماه طرح استیضاح را با 46 امضا تقدیم هیات رییسه کرده بودند اما بدلیل اینکه گفته شد بسیاری از آنها امضا های خود را پس گرفتند طراحان استیضاح باردیگر این طرح را با 18 امضا تقدیم هیات رییسه مجلس کردند. پیش از اعلام وصول این طرح، قدرت الله علیخانی در 16 آذر ماه 1387، در گفتگو با خبرگزاری "فارس" با بیان اینکه آقای اسکندری کشاورزان و کشاورزی در ایران را به نابودی کشاند، گفت: «به دلیل نارضایتی کشاورزان از عملکرد وزیر جهاد کشاورزی و همچنین به دلیل آنکه کشاورزان ضرر‌های زیادی را در سالهای اخیر متحمل شده‌اند، نمایندگان خواستار استیضاح وزیر جهاد کشاورزی هستند.» علیخانی تصریح کرد: «عملکرد وزارت جهاد کشاورزی در همه ابعاد اعم از تولید گندم، حبوبات و غیره و همچنین مسایل دامی نشان می‌دهد که وزیر بسیار ضعیف عمل کرده و ناموفق بوده بنابراین به صلاح خود دولت آقای احمدی نژاد است تا وزیر را برکنار کند. چرا که اعلان نارضایتی کشاورزان و مردم به دولت آسیب می‌زند.» علیخانی تاکید کرد: «نمایندگان مجلس خواستار استیضاح اسکندری هستند و باید این استیضاح اعلام وصول شود و در دستور کار مجلس قرار گیرد.» در 15 دیماه 1387 قرار بود که استیضاح محمدرضا اسکندری در مجلس بررسی شود اما این استیضاح از دستور کار مجلس خارج شد و استیضاح کنندگان به برگزاری سلسله جلساتی با محمدرضا اسکندری رضایت دادند.

در اواسط خرداد ماه 1388، 356 نفر از نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی، از جمله قدرت الله علیخانی نماینده مردم "قزوین" در مجلس هشتم، طی اعلامیه ای از میرحسین موسوی در دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، حمایت کردند. متن این اعلامیه به شرح زیر است: «باسمه تعالی مجلس عصاره فضائل ملت است (امام خمینی(ره)) اعلام حمایت جمعی از نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی از جناب آقای مهندس میر حسین موسوی موجب افتخار است که در برهه کنونی از میهن اسلامی یار دیرین امام(ره)جناب آقای مهندس میرحسین موسوی در عرصه رقابت دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری اعلام حضور نموده است بر خود فرض می دانیم با توجه به جایگاه رفیع ریاست قوه مجریه و نیاز مبرم کشور به مدیری توانمند و قانون مدار، حمایت همه جانبه خود را از کاندیداتوری ایشان اعلام نماییم.»

یکی از اقداماتی که در سال 1389 از سوی عبدالله جاسبی و با هدایت "هیئت مؤسس دانشگاه آزاد" دنبال شد، "وقف اموال دانشگاه آزاد" بود. وقف اموال دانشگاه آزاد از سوی مسئولان این دانشگاه به طرق مختلف پیگیری شد؛ یکی از این طرق، مجلس شورای اسلامی و البته کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس بود. در 29 اردیبهشت ماه 1389 طرح وقف اموال دانشگاه آزاد به عنوان "طرح اجازه وقف اموال در اختیار مؤسسات غیردولتی غیرانتفاعی" با قید دوفوریت در دستور کار مجلس شورای اسلامی قرار گرفت؛ پیش از این 23 تن از نمایندگان این طرح را امضاء کرده بودند اما پس از تذکرات تعدادی از وکلای ملت مبنی بر غیرقانونی بودن این طرح، 9 تن از امضاءکنندگان طرح مذکور امضای خود را پس گرفتند و از آنجایی که تعداد نمایندگان امضاءکننده طرح به 14 نفر رسید، به علت مغایرت با آیین‌نامه داخلی مجلس این طرح از دستورکار پارلمان خارج شد. بر این اساس، "طرح وقف اموال دانشگاه آزاد" که طراحان این طرح آن را "طرح اجازه وقف اموال در اختیار مؤسسات غیردولتی غیرانتفاعی" نامیدند، پس امضای 62 تن از نمایندگان از جمله قدرت الله علیخانی با قید دوفوریت در دستورکار صحن علنی قرار گرفت و پس از صحبت‌های مخالفان و موافقان، دوفوریت آن به رأی نمایندگان گذاشته شد که رأی نیاورد از این رو یک فوریت طرح مذکور با 129 رأی موافق، 69 رأی مخالف و 2 رأی ممتنع از مجموع 207 نماینده حاضر در صحن علنی مجلس به تصویب نمایندگان رسید.

موافقت با استیضاح وزیر نیرو بهمن سال 1388، برای نخستین بار بود که زمزمه ‌های طرح استیضاح مجید نامجو وزیر وقت نیرو، از سوی برخی نمایندگان "شوشتر" از استان "خوزستان" در مجلس هشتم، مطرح شد اما تا پایان سال 1388 به طور رسمی خبری از ارایه این طرح نشد. پس از آن در تابستان سال 1389، مجددا طرح استیضاح "مجید نامجو" با موضوع ضعف و ناتوانی مدیران، ناکارآمدی وزارت نیرو و محقق نشدن اهداف وزارتخانه، مشکلات موجود در حوزه آب و برق و رفع این مشکل‌ها در استان‌ها و ... در مجلس مطرح شد. 4 اسفند ماه سال 1389، استیضاح "مجید نامجو" وزیر وقت نیرو، با 45 امضا و 6 محور در مجلس هشتم اعلام وصول شد. قدرت الله علیخانی یکی از امضاکنندگان طرح استیضاح بود. فقدان مدیریت و برنامه‌ریزی برای تصدی این وزارتخانه مهم، عدم اجرای تعهدات داده شده در گزارش برنامه در زمان رای اعتماد، طولانی شدن اجرای مصوبات دولت و تعهدات وزارت نیرو، فقدان برنامه‌ریزی و اولویت‌بندی طرح‌های آبرسانی و تامین برق شهری و روستایی، طولانی شدن اجرای سدها و آبرسانی، مشکلات متعدد مردم و تضاد درون وزارتخانه از محورهای اصلی این استیضاح عنوان شده بود. سرانجام 15 اسفند سال 1389، مجید نامجو برای استیضاح به مجلس شورای اسلامی فراخوانده شد اما با تفاوت یک رای و با کسب اکثریت آراء در سمت خود ابقا شد. امضای اولین طرح سوال از احمدی نژاد 5 تیرماه 1390، اولین طرح سؤال از محمود احمدی نژاد، رئیس جمهور دولت نهم و دهم پس از حدود یک ‌سال و نیم پیگیری از سوی برخی نمایندگان و در صدر آنان علی مطهری، با 100 امضا تقدیم هیات رئیسه شد اما پس از آنکه طرح سئوال از رئیس جمهور از سوی طراحان به هیئت رئیسه مجلس تقدیم شد، برخی اعضای هیئت رئیسه با تایید تحویل این طرح به محمدرضا باهنر، نایب رئیس وقت مجلس شورای اسلامی، از پس گرفتن امضاهای این طرح خبر دادند و پیگیری آن را در شرایط کنونی مناسب ندانستند. به دنبال این اظهار نظرها، علی مطهری به عنوان کسی که مسئولیت جمع آوری امضاها را برعهده داشت، در نامه ای به هیئت رئیسه مجلس نسبت به این موضع گیری ها انتقاد کرد و پس از آن در مهر ماه 1390، در اعتراض به عدم اعلام وصول طرح سوال از رئیس جمهور استعفا داد. نمایندگان مجلس شورای اسلامی نیز در جلسه علنی بررسی استعفای او ضمن اعلام حمایت از او با استعفایش مخالفت کردند و با تکمیل تعداد امضاها در 8 آبان ماه 1390، طرح مذکور را به هیئت رئیسه تقدیم کردند. سرانجام در 30 آذر ماه 1390، طرح سؤال از "احمدی ‌نژاد" که با 79 امضا از سوی نمایندگان مجلس هشتم از جمله قدرت الله علیخانی به هیئت رئیسه مجلس رسیده بود، به 6 کمیسیون‌ تخصصی مجلس ارجاع شد. پس از بررسی طرح سؤال از احمدی نژاد در کمیسیونهای مربوطه و قانع نشدن طراحان سؤال، این طرح در 18 بهمن ماه همان سال از سوی هیئت رئیسه مجلس اعلام وصول شد. مهمترین محورهای این طرح سؤال: تخلفات قانونی دولت از جمله عدم اجرای قانون مترو و عدم معرفی وزیر ورزش در مهلت قانونی و مقاومت 11 روزه احمدی نژاد در برابر حکم رهبر انقلاب مبنی بر ابقای "حیدر مصلحی" وزیر اطلاعات و نحوه عزل "منوچهر متکی" وزیر سابق امور خارجه و همچنین مسائل مربوط به امور فرهنگی از جمله اجرای قانون عفاف و حجاب در کشور بود. در نهایت، محمود احمدی ‌نژاد 24 اسفند ماه 1390 برای نخستین ‌بار در تاریخ جمهوری اسلامی، برای پاسخگویی به سوالات نمایندگان در جلسه علنی مجلس حاضر شد.