حجت الاسلام رضا مختاری در کنار تحصیل به تدریس، تالیف و تحقیق می پرداخت؛ او در سال 1378 مرکز تدوین و نشر متون درسی حوزه (متون) را تاسیس کرد که کتابهای درسی برای حوزه علوم دینی را سامان داده و منتشر کرده است. حجت الاسلام مختاری همچنین در سال 1385، موسسه "کتاب شناسی شیعه" را به منظور معرفی دقیق آثار مکتوب شیعه با همکاری عده ای از دوستانش بنیان نهاد. حجت الاسلام مختاری اهداف تأسیس مؤسسه کتاب شناسی شیعه را توسعه، توانمند سازی و ارتقای سطح دانش و پژوهش در زمینه علوم و فنون ترجمه، تاریخ علم، فهارس و کتاب شناسی، نسخه شناسی و فهرست نویسی و زمینه سازی مناسب برای ارتقای فعالیت های پژوهشی مرتبط با آن در حوزه معارف شیعی و رفع نیازهای پژوهشی شیعه شناسی و همچنین شناخت دقیق و درست منابع حدیثی و روایی مذهب تشیع و بیان صحت و سقم و میزان ارزش و اعتبار آنها، معرفی دقیق و همه جانبه عالمان، بزرگان و مؤلفان مذهب شیعه، معرفی دقیق و همه جانبه آثار مکتوب شیعه عنوان کرد.  

-مدرس حوزه -مؤسس مرکز تدوین و نشر متون درسی حوزه -مؤسس و مدیر مؤسسه کتاب شناسی شیعه -عضو شورای عالی پژوهشگاه فرهنگ و معارف اسلامی -عضو هیت تحریریه مجله های فقه اهل بیت علیهم السلام، میقات حج و آینه پژوهش  

حجت الاسلام مختاری دارای کتاب هایی چاپ شده در موضوعات فقه، تاریخ، شرح حال و اخلاق و نقد کتاب است که برخی از آنها عبارتند از: تألیف -سیمای فرزانگان در زمینه اخلاق اسلامی و شرح حال عالمان شیعه، چاپ اول سال 1366 -فهرست آثار خطی شیخ مفید در کتابخانه آیت الله مرعشی نجفی، سال 1371 -طرح تدوین کتابشتاسی بزر گ شیعه، سال 1376 -گزیده سیمای فرزانگان -جمع پریشان در 2 جلد شامل حدود 100 مقاله علمی که بیشتر در مجلات پژوهشی چاپ شده -الشهید الاول: حیاته و آثاره، شرح حال و معرفی آثار علمی شهید اول، محمد بن مکی، سال 1383 -حج 25؛ گزارشی از حج گزاری سال 1425 قمری (1383ش)، سال 1384 تلخیص -اخلاق(2)؛ الدر النضید مختصر منیه المرید، کتاب درسی برای پایه دوم حوزه علمیه، سال 1382 -مسجد شریف نبوی، شامل تاریخچه مسجد النبی از آغاز تا کنون، سال 1379 تصحیح متون -منیه المرید فی ادب المفید و المستفید؛ از شهید ثانی در آداب تعلیم و تربیت (کتاب برگزیده سال 1369) -غایه المراد فی شرح نکت الرشاد؛ فقه استدلالی از شهید اول و شهید ثانی در 4جلد (کتاب برگزیده سال 1373) -میراث فقهی(1)؛ غنا و موسیقی؛ تصحیح انتقادی 28 رساله فقهی عالمان موضوع در 4 جلد (کتاب برگزیده سال 1378) -رسائل شهید ثانی؛ شامل حدود 40 رساله در زمینه فقه، کلام، اخلاق، تفسیر و رجال در 2 جلد (کتاب برگزیده سال 1381) -میراث فقهی(2)؛ رویت هلال؛ تصحیح انتقادی بیش از 30 رساله و موضوع رویت هلال ماه در 5 جلد