سالیان تحصیل دبیرستان، مقارن با گسترش انقلاب اسلامی در ایران بود. توجه برای امتحان كنكور در آن زمان كار آسانی نبود و روح انسان هم خیلی اجازه این كار را نمی داد. در كنار منزل آنان مدرسه علمی پدرشان تازه تعمیر شده بود و ساختمان نو برای آن بنیان گذاشته شده بود، باقر لاریجانی اتاقی در آنجا گرفت و بسیاری از اوقات آنجا مشغول بود. شروع دانشگاه در سال پیروزی انقلاب بود. لذا شرایط ویژهای بر دانشگاه حاكم بود و پس از آن هم انقلاب فرهنگی شرایط دیگری ایجاد نمود.باقر لاریجانی فارغ التحصیل دکترای عمومی در سال 1366 از دانشکده پزشکی دانشگاه علوم تهران است. وی دوره تخصص داخلی را در سال 1369 به پایان رساند و در سال 1372 مدرک فوق‌تخصص رشته غدد و متابولیسم را از دانشگاه علوم پزشکی تهران دریافت کرد. وی دوره پیوند پانکراس را در ایتالیا و کانادا گذرانده‌ است و دوره‌های مختلفی در کشورهای فرانسه، دانمارک و انگلیس گذرانده‌ است.

پدر باقر اردشیر لاریجانی، آیت الله العظمی آملی بود كه از مشاهیر فقه و اصول در زمان خودش بود. باقر لاریجانی در دامن مادری كه از علمای بسیار بزرگ شمال (بهشهر) كه در سالیان پایانی حیات در نجف اشرف اسكان داشته و از شاگردان برجسته و هم دوران با فقیه مشهور ابوالحسن اصفهانی بود.

باقر اردشیر لاریجانی با دختر آقای حسن زاده آملی به نام فاطمه ازدواج كرد، حاصل این ازدواج یك دختر به نام آنسه و یك پسر به نام ادریس می باشد.

به سوی تندرستی، دیابتپیوند اعضا (مباحث علمی، اخلاقی، حقوقی و فقهی)تغذیهورزش و فعالیت بدنیسیگار و دودینه هاکلسترولچاقی و ازدیاد وزندیابتفوریتهای غدد درون ریزبیماری های غدد و متابولیسمبیماریهای غدد، متابولیسم و تغذیهپزشک و ملاحظات اخلاقی: مروری بر مبانی اخلاق پزشکیاخلاق در پژوهش های پزشکیمطالعه تطبیقی حقوق بیماران

دکتر لاریجانی از سوی پایگاه اطلاعات علمی ESI، در جمع یک درصد دانشمندان برتر جهان، در فاصله سال 2011-2001 قرار گرفته است.اخذ جایزه تلاش برای کنترل دیابتچهره ماندگار علم پزشکی در آبان‌ماه سال 1389دانشمند برگزیده در کشورهای اسلامی در سال 2005

ریاست شورای سیاست گذاری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکیریاست پژوهشکده علوم غدد و متابولیسم دانشگاه علوم پزشکی تهرانمشاور تحقیقاتی سازمان بهداشت جهانی(کمیته Advisory Research)ریاست کرسی فلسفه، حقوق و اخلاق پزشکی شورای عالی انقلاب فرهنگیمعاونت فرهنگی وزارت بهداشت، و معاونت درمان وزارت بهداشتمعاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی تهران، ریاست بخش غدد بیمارستان دکتر شریعتیرییس کنگره فرهنگ و تمدنعضو شورای عالی پزشکیعضویت در هیئت امنای دانشگاه علوم پزشکی بابلقائم مقام رئیس دانشگاه آزاد در امور پزشکی و رئیس شورای راهبردی علوم پزشکی (طی حکمی در مهر 1392 از سوی میرزاده، سرپرست دانشگاه آزاد)مشاور و نماینده وزیر بهداشت در شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی در دولت یازدهم

دکتر باقر لاریجانی در بهمن ماه سال 1388 طی حکمی دکتر حسینعلی شهریاری نماینده مردم زاهدان در هشتمین دوره مجلس شورای اسلامی را به عنوان نماینده مجلس شورای اسلامی در جلسات هیئت امناء بیمارستان شریعتی به مدت دو سال تعیین کرد. دکتر باقر لاریجانی رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران این حکم را در راستای اجرای بند 24 ماده واحد قانون بودجه سال 88 (هیئت امنایی شدن بیمارستانها) به دکتر شهریاری اعطا کرده است.

ماجرای برکناری خانم وحید دستجردی از درخواست برای تغییر دکتر باقر لاریجانی از ریاست دانشگاه علوم پزشکی تهران و رئیس شورای سیاستگذاری وزارت بهداشت، شروع شد. جایی که گفته می شود برخی دولتمردان خواستار برکناری لاریجانی بوده اند اما وزیر بهداشت حاضر نشده این حکم را برای لاریجانی صادر کند.پس از اعلام رسمی خبر برکناری مرضیه وحید دستجردی از سوی دولت و همزمان اعلام خبر تغییر رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران که باقر لاریجانی ریاست آن را بر عهده داشت، سایت رسمی دانشگاه علوم پزشکی تهران استعفانامه باقر لاریجانی به وزیر بهداشت را که در تاریخ 91/9/21 نوشته شده بود؛ به همراه دستور وزیر که در هامش این نامه به چشم می‌خورد منتشر کرد.طی حکمی از سوی دکتر محمدحسین طریقت وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دکتر محمدرضا منصوری به عنوان سرپرست دانشگاه علوم پزشکی تهران منصوب شد.