امیر طاهرخانی در 24 اسفند ماه 1386 در انتخابات مجلس هشتم شورای اسلامی شرکت کرد و با کسب 27022 رأی از مجموع 80178 آراء مأخوذه، به نمایندگی از مردم "تاکستان" از توابع استان قزوین به مجلس راه یافت. او در مجلس هشتم در کمیسیون آموزش و تحقیقات عضویت داشت. امیرخانی در مجلس هشتم 42 لایحه و طرح را به امضا رساند که می توان به: طرح ادغام سازمان میراث فرهنگی صنایع دستی و گردشگری در وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، طرح احتساب سابقه تدریس معلمان حق التدریس استخدامی در آموزش و پرورش، طرح ارتقای کیفی تولید خودرو داخلی، طرح استفاده از تسهیلات صندوق ذخیره ارزی و ... اشاره کرد. عملکرد مجلس هشتم از نگاه طاهرخانی طاهرخانی در نشست خبری که در "کافه تیتر" در اواخر دیماه 1390 برگزار شد، در دفاع از عملکرد مجلس هشتم گفت: «علیرغم برخی انتقادهای عمومی به مجلس هشتم در مجموع می‌توان عملکرد این مجلس را مثبت ارزیابی کرد.» وی با بیان اینکه مجلس هشتم در بررسی لوایح و طرح‌ها و همچنین تصویب قوانین نسبت به مجالس گذشته عملکرد بهتری داشته است، در عین حال گفت مجلس هشتم در بعد نظارت بر دستگاه‌های اجرایی عملکرد مناسبی نداشته است. طاهرخانی با بیان اینکه عملکرد مجلس هشتم در بعد نظارت به طوری بود که مردم تصور می‌کردند مجلس در مقابل دولت کوتاه می‌آید، سؤال از رئیس جمهور، استیضاح‌های منتفی شده و کمیته‌های تحقیق و تفحص را مصداق ضعف مجلس هشتم در بعد نظارت دانست.

در اواسط خرداد ماه 1388، 356 نفر از نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی، از جمله امیر طاهرخانی نماینده مردم "قزوین" در مجلس هشتم، طی اعلامیه ای از میرحسین موسوی در دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، حمایت کردند. متن این اعلامیه به شرح زیر است: «باسمه تعالی مجلس عصاره فضائل ملت است (امام خمینی(ره)) اعلام حمایت جمعی از نمایندگان ادوار مجلس شورای اسلامی از جناب آقای مهندس میر حسین موسوی موجب افتخار است که در برهه کنونی از میهن اسلامی یار دیرین امام(ره) جناب آقای مهندس میرحسین موسوی در عرصه رقابت دهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری اعلام حضور نموده است بر خود فرض می دانیم با توجه به جایگاه رفیع ریاست قوه مجریه و نیاز مبرم کشور به مدیری توانمند و قانون مدار، حمایت همه جانبه خود را از کاندیداتوری ایشان اعلام نماییم.»

یکی از اقداماتی که در سال 1389 از سوی عبدالله جاسبی و با هدایت "هیئت مؤسس دانشگاه آزاد" دنبال شد، "وقف اموال دانشگاه آزاد" بود. وقف اموال دانشگاه آزاد از سوی مسئولان این دانشگاه به طرق مختلف پیگیری شد؛ یکی از این طرق، مجلس شورای اسلامی و البته کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس بود. در 29 اردیبهشت ماه 1389 طرح وقف اموال دانشگاه آزاد به عنوان "طرح اجازه وقف اموال در اختیار مؤسسات غیردولتی غیرانتفاعی" با قید دوفوریت در دستور کار مجلس شورای اسلامی قرار گرفت؛ پیش از این 23 تن از نمایندگان این طرح را امضاء کرده بودند اما پس از تذکرات تعدادی از وکلای ملت مبنی بر غیرقانونی بودن این طرح، 9 تن از امضاءکنندگان طرح مذکور امضای خود را پس گرفتند و از آنجایی که تعداد نمایندگان امضاءکننده طرح به 14 نفر رسید، به علت مغایرت با آیین‌نامه داخلی مجلس این طرح از دستورکار پارلمان خارج شد. بر این اساس، "طرح وقف اموال دانشگاه آزاد" که طراحان این طرح آن را "طرح اجازه وقف اموال در اختیار مؤسسات غیردولتی غیرانتفاعی" نامیدند، پس امضای 62 تن از نمایندگان از جمله امیر طاهرخانی با قید دوفوریت در دستورکار صحن علنی قرار گرفت و پس از صحبت‌های مخالفان و موافقان، دوفوریت آن به رأی نمایندگان گذاشته شد که رأی نیاورد از این رو یک فوریت طرح مذکور با 129 رأی موافق، 69 رأی مخالف و 2 رأی ممتنع از مجموع 207 نماینده حاضر در صحن علنی مجلس به تصویب نمایندگان رسید.

موافقت با استیضاح وزیر نیرو بهمن سال 1388، برای نخستین بار بود که زمزمه ‌های طرح استیضاح مجید نامجو وزیر وقت نیرو، از سوی برخی نمایندگان "شوشتر" از استان "خوزستان" در مجلس هشتم، مطرح شد اما تا پایان سال 1388 به طور رسمی خبری از ارایه این طرح نشد. پس از آن در تابستان سال 1389، مجددا طرح استیضاح "مجید نامجو" با موضوع ضعف و ناتوانی مدیران، ناکارآمدی وزارت نیرو و محقق نشدن اهداف وزارتخانه، مشکلات موجود در حوزه آب و برق و رفع این مشکل‌ها در استان‌ها و ... در مجلس مطرح شد. 4 اسفند ماه سال 1389، استیضاح "مجید نامجو" وزیر وقت نیرو، با 45 امضا و 6 محور در مجلس هشتم اعلام وصول شد. امیر طاهرخانی یکی از امضاکنندگان طرح استیضاح بود. فقدان مدیریت و برنامه‌ریزی برای تصدی این وزارتخانه مهم، عدم اجرای تعهدات داده شده در گزارش برنامه در زمان رای اعتماد، طولانی شدن اجرای مصوبات دولت و تعهدات وزارت نیرو، فقدان برنامه‌ریزی و اولویت‌بندی طرح‌های آبرسانی و تامین برق شهری و روستایی، طولانی شدن اجرای سدها و آبرسانی، مشکلات متعدد مردم و تضاد درون وزارتخانه از محورهای اصلی این استیضاح عنوان شده بود. سرانجام 15 اسفند سال 1389، مجید نامجو برای استیضاح به مجلس شورای اسلامی فراخوانده شد اما با تفاوت یک رای و با کسب اکثریت آراء در سمت خود ابقا شد. امضای اولین طرح سوال از احمدی نژاد 5 تیرماه 1390، اولین طرح سؤال از محمود احمدی نژاد، رئیس جمهور دولت نهم و دهم پس از حدود یک ‌سال و نیم پیگیری از سوی برخی نمایندگان و در صدر آنان علی مطهری، با 100 امضا تقدیم هیات رئیسه شد اما پس از آنکه طرح سئوال از رئیس جمهور از سوی طراحان به هیئت رئیسه مجلس تقدیم شد، برخی اعضای هیئت رئیسه با تایید تحویل این طرح به محمدرضا باهنر، نایب رئیس وقت مجلس شورای اسلامی، از پس گرفتن امضاهای این طرح خبر دادند و پیگیری آن را در شرایط کنونی مناسب ندانستند. به دنبال این اظهار نظرها، علی مطهری به عنوان کسی که مسئولیت جمع آوری امضاها را برعهده داشت، در نامه ای به هیئت رئیسه مجلس نسبت به این موضع گیری ها انتقاد کرد و پس از آن در مهر ماه 1390، در اعتراض به عدم اعلام وصول طرح سوال از رئیس جمهور استعفا داد. نمایندگان مجلس شورای اسلامی نیز در جلسه علنی بررسی استعفای او ضمن اعلام حمایت از او با استعفایش مخالفت کردند و با تکمیل تعداد امضاها در 8 آبان ماه 1390، طرح مذکور را به هیئت رئیسه تقدیم کردند. سرانجام در 30 آذر ماه 1390، طرح سؤال از "احمدی ‌نژاد" که با 79 امضا از سوی نمایندگان مجلس هشتم از جمله قدرت الله علیخانی به هیئت رئیسه مجلس رسیده بود، به 6 کمیسیون‌ تخصصی مجلس ارجاع شد. پس از بررسی طرح سؤال از احمدی نژاد در کمیسیونهای مربوطه و قانع نشدن طراحان سؤال، این طرح در 18 بهمن ماه همان سال از سوی هیئت رئیسه مجلس اعلام وصول شد. مهمترین محورهای این طرح سؤال: تخلفات قانونی دولت از جمله عدم اجرای قانون مترو و عدم معرفی وزیر ورزش در مهلت قانونی و مقاومت 11 روزه احمدی نژاد در برابر حکم رهبر انقلاب مبنی بر ابقای حیدر مصلحی وزیر اطلاعات و نحوه عزل منوچهر متکی وزیر سابق امور خارجه و همچنین مسائل مربوط به امور فرهنگی از جمله اجرای قانون عفاف و حجاب در کشور بود. در نهایت، محمود احمدی ‌نژاد 24 اسفند ماه 1390 برای نخستین ‌بار در تاریخ جمهوری اسلامی، برای پاسخگویی به سوالات نمایندگان در جلسه علنی مجلس حاضر شد.