آیت‌ الله حسینعلی منتظری، در سال 1301 شمسی (1340 هجری قمری - 1922 میلادی ) در نجف‌آباد اصفهان متولد شد. ‏پدرش حاج علی، کشاورز ساده‌ای بود که در کنار کار‏ ‏روزانه‌اش با کتاب و کتابخانه دمساز و معلم اخلاق و مدرس قرآن بود. مادر ایشان "شاه بیگم منتظری" بانویی متقی و پرهیزگار بود. "حسینعلی" فرزند اول خانواده، و دارای یک خواهر و پنج برادر بود. آیت الله منتظری 13 شهریور ماه سال 1321، با خانم ماه سلطان ربانی ازدواج کرد که حاصل این ازدواج، 7 فرزند به نامهای محمد، عصمت، اشرف، احمد، طاهره، سعید و سعیده است. فرزند ارشد آیت الله منتظری، شهید محمد منتظری، از روحانیون مبارز و انقلابی بود که در انفجار دفتر حزب جمهوری در 7 تیر سال 1360 به همراه شهيد بهشتی و بسياری ديگر از نمايندگان مجلس، وزيران و مسئولان بلندپايه كشور به شهادت رسيد. در دوران انقلاب، آیت الله منتظری از رهبران روحانی مهمی بود که نقشی عمده در ترویج مرجعیت و رهبری امام خمینی (ره) داشت و بارها به سبب فعالیت‌های سیاسی خود به زندان افتاد و شکنجه شد و مدت درازی را نیز در تبعید گذراند.  پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، آیت‌ الله منتظری رییس مجلس خبرگان قانون اساسی شد. وی تدریس نظریه ولایت‌فقیه را در درس خارج خود گنجاند و چهار جلد کتاب تحت نام "ولایت‌فقیه" منتشر نمود. در سال 1364، مجلس خبرگان رهبری، با آنکه امام خمینی (ره) همچنان در قید حیات بود، آیت‌الله منتظری را به جانشینی رهبر جمهوری اسلامی انتخاب کرد. با گذشت زمان، برخی مواضع و عملکردهای آیت‌ الله منتظری از جمله حمایت وی از باند مهدی هاشمی باعث ایجاد فاصله بین وی و مبانی نظام و انقلاب و شخص امام (ره) شده و ارشادات و تذکرات رهبری فقید انقلاب سودی نبخشید. لذا در تاریخ 6 فروردین‌ماه سال 1368، توسط حضرت امام (ره) از سمت قائم‌مقامی رهبری عزل شد. وی در سال‌های بعد از رحلت امام (ره) نیز بر مواضع قبلی خود ماند به طوری که در حوادث بعد از انتخابات سال 88 به جهت برخی حمایت‌های خود از آشوبگران به عنوان پدر روحانی جنبش سبز شناخته شد. آیت‌ الله منتظری سرانجام در تاریخ 29 آذرماه سال 1388 به دلیل کهولت سن درگذشت.  
آیت الله منتظری از سن 6 -7 سالگی، آموختن را با ادبیات فارسی و‏ ‏سپس صرف و نحو عربی، در مدرسه "شیخ حسینعلی مسجدی معروف به مدیر" آغاز کرد و در 12 سالگی وارد حوزه علمیه اصفهان شد. در سال 1314 عازم حوزه علمیه قم شد و به مدت 10 ماه در مدرسه "حاج ملا صادق" سکونت داشت ولی به دلیل فقر مالی به اصفهان بازگشت و در مدرسه "جده بزرگ" در کلاس درس آیات: حاج آقا‏‏ رحیم ارباب، شیخ محمد حسن عالم نجف آبادی، میرزا علی آقا شیرازی، حاج شیخ احمد حججی، حاج شیخ غلامحسین منصور و حاج شیخ جواد فریدنی شرکت کرد. بهار سال 1320 مجدداً به حوزه علمیه قم بازگشت و در مدرسه فیضیه سکونت گزید و به لباس روحانیت ملبس شد.وی پس از آشنایی با استاد شهید مرتضی مطهری، اكثر مباحث حوزوی را در كنار ایشان فراگرفت. اساتید بزرگوار وی، رجال نامدار و فقهای بزرگی چون آیت الله سید محمد یزدی معروف به محقق داماد، آیت الله حجت تبریزی، آیت الله محمد حسین بروجردی، علامه طباطبایی، سید صدرالدین صدر، شیخ عباسعلی شاهرودی، سید احمد خوانساری و حضرت امام خمینی (ره) بودند كه مباحث گوناگونی چون اصول فقه، فقه و فلسفه را تدریس می كردند. آیت الله منتظری در طی این سال ها به مجتهد و فقیهی مسلم تبدیل شد و آثار متعددی را به رشته تحریر درآورد. 
آیت ‏الله منتظری از مبارزان برجسته دوران ستم‌شاهی و از شاگردان نامور امام خمینی (ره) محسوب می‌گردید. او پس از انقلاب اسلامی سال‌ها بر مسند قائم‌مقام رهبری تکیه زد و به عنوان دوم شخص در ایران پس از انقلاب بود. مروری گذرا بر مواضع و عملکردهای منتظری به خصوص در چند ماه پیش از برکناری، به خوبی بیانگر میزان تأثیر القائات نادرست و تحلیل‌ها و اخبار مغرضانه اطرافیان ناصالح در ایشان است. برای بررسی جامع درباره ایشان باید سه دوره را از هم تفکیک کرد:    دوران مبارزه تا پیروزی انقلاب اسلامی پیروزی انقلاب اسلامی، قائم مقامی و عزل از دوران عزل تا درگذشت  
آیت الله منتظری در دوران انقلاب از رهبران روحانی مهمی بود که نقشی عمده در فعالیت‌های سیاسی داشت و بارها به سبب فعالیت‌های سیاسی خود به زندان و تبعید به مسجدسلیمان در سال 1346 محکوم و شکنجه شد. آیت الله منتظری از سال 42 چندین نوبت بازداشت و در نهایت در سال 54 به 10 سال زندان محکوم شد. وی از شاگردان برجسته امام خمینی (ره) محسوب می‌گردید، به گونه‌ای که امام درباره ایشان فرمودند: «من ایشان را بزرگ کرده‌ام.» او همچنین جزء شش نفر از روحانیونی بود که با صدور فتوایی در زندان، بر نجاست کفار و ملحدان و منکران خدا و اسلام و پرهیز از اختلاط در لباس و غذا تاکید کردند. در سال 55 مبارزان مسلمان پس از آنکه دریافتند مجاهدین خلق تغییر ایدئولوژی داده‌اند سعی کردند تا با اتکا به حکمی فقهی با مارکسیست‌ها مرزبندی کنند این فتوا که در خرداد 1355 به صورت شفاهی صادر و توسط شبکه زندانیان در زندان نقل شد بدین شرح بود: «با توجه به زیان‌های ناشی از زندگی جمعی مسلمان‌ها با مارکسیست‌ها و اعتبار اجتماعی که بدین وسیله آن‌ها به دست می‌آورند و با در نظر گرفتن همه جهات شرعی و سیاسی و با توجه به حکم قطعی نجاست کفار از جمله مارکسیست‌ها جدایی مسلمان‌ها از مارکسیست‌ها در زندان لازم و هرگونه مسامحه در این امر موجب زیان‌های جبران‌ناپذیر خواهد شد.» پای این فتوا را روحانیان و علمای مشهور دیگری چون آیت الله طالقانی، آیت الله هاشمی، آیت الله لاهوتی، آیت الله مهدوی کنی، آیت الله ربانی شیرازی و نیز انوری، معادی خواه و گرامی امضا کرده بودند.  افزون بر این، مقدمه‌ای که آیت الله منتظری بر کتاب "شهید جاوید" اثر "نعمت‌الله صالحی نجف‌آبادی" نگاشته بود، منشأ جنجال و سروصدای بسیاری در سال‌های قبل از انقلاب شد. مؤلف کتاب شهید جاوید با طرح این پرسش که آیا امام حسین (ع) خود از رخداد کربلا و به شهادت رسیدنش خبر داشت یا اینکه فقط به قصد حکومت و پذیرش دعوت مردم به سوی کوفه حرکت کرد؟ که فرجام آن به شهادت رسیدن امام حسین (ع) و 72 تن از یارانش بود. صالحی نجف‌آبادی با طرح این سؤال، آشکارا "علم امام" را زیر سؤال برده و یکی از اعتقادات مسلم شیعیان را دچار خدشه و تشکیک کرده بود! با چاپ کتاب و نقدهای فراوان به خصوص از سوی روحانیون، آیت الله منتظری که بر کتاب مقدمه‌ای نوشته بود نیز در برابر محتوای کتاب و ادعای نویسنده باید پاسخگو می‌بود و لذا مورد آماج پرسش‌ها و نقدها قرار گرفت. سرانجام با اوج‌گیری مبارزات و عقب‌نشینی‌های پی در پی حکومت پهلوی، آیت الله منتظری پس از گذراندن حدود سه سال و نیم از دوران محکومیت به همراه آیت الله طالقانی در 8 آبان ماه سال 1357 از زندان آزاد شد و مورد استقبال چشمگیر مردم قرار گرفت. در پیامی که امام خمینی (ره) خطاب به آیت الله منتظری به مناسبت آزادی وی صادر کرد چنین آمده بود: «هیچ از دستگاه جبار جنایتکار تعجب نیست که مثل جنابعالی شخصیت بزرگوار خدمت گذار به اسلام و ملت را سال‌ها از آزادی، ابتدایی‌ترین حقوق بشر محروم و با شکنجه‌های قرون‌وسطایی با او و سایر علمای مذهب و رجال آزادی‌خواه رفتار کند. خیانتکران به کشور و ملت از سایه مثل شما رجال عدالت خواه می‌ترسند. باید رجال دین و سیاست در بند باشند تا برای اجانب و بستگان آنان هرچه بیشتر راه چپاول بیت‌المال و ذخائر کشور باز باشد.» از جمله رخدادهای مهم مربوط به آیت‏ الله منتظری در دوران قبل از انقلاب اسلامی به «باند مهدی هاشمی و قتل آیت‌الله شمس‌آبادی» بازمی‌گردد. شمس‌آبادی از روحانیون سرشناس اصفهان بود که به همراه تنی چند از مردم معمولی اصفهان به دست باند مهدی هاشمی که نسبت خانوادگی با آیت‏ الله منتظری داشت، به قتل رسید. مدت‌ها این مسئله جنجال‌برانگیز شده و موجب صف بندی در میان بسیاری از روحانیون گردید. بعدها بر اساس اعترافات و نیز اسناد به دست آمده معلوم شد مهدی هاشمی با ساواک همکاری داشته است. به هر حال دوران قبل از انقلاب با این فراز و فرودها طی می‌شود و نام آیت‏ الله منتظری همواره در صدر مبارزان و روحانیون مجاهد قرار دارد تا اینکه انقلاب در بهمن 1357 به پیروزی می‌رسد.  
عصر طلایی آیت‏ الله منتظری با پیروزی انقلاب اسلامی آغاز شد. دورانی که او همه‌کاره انقلاب شده بر مسند ریاست مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی تکیه زد؛ به امامت جمعه تهران انتخاب شده و سال‌ها ریاست هیات امنای دانشگاه امام صادق (ع) را بر عهده گرفت.   نقش آیت الله منتظری در انتصاب مهندس بازرگان‌ به‌ نخست‌وزیری‌ 15 بهمن ماه سال 1357 بود که مهندس مهدی بازرگان از سوی امام خمینی (ره) به عنوان نخست‌ وزیر برگزیده شد و دولت موقت انقلاب را تشکیل داد. درباره‌‌ علت‌ و چرایی‌ این‌ انتخاب‌ باید گفت‌ که‌ در آن‌ مقطع‌ حساس‌ اگرچه‌ امام راحل نسبت‌ به‌ پیروزی‌ انقلاب‌ و شکست‌ طاغوت‌ اطمینان‌ خاطر داشت‌ ولی‌ برخی‌ نه‌ تنها چنین‌ اطمینانی‌ نداشتند، بلکه‌ شکست‌ و به‌ نتیجه‌ نرسیدن‌ انقلاب‌ و مبارزه‌ را محتمل‌ می‌دانستند و می‌گفتند: "هنوز همه‌‌ قدرت‌ نظامی‌ و مادی‌ در اختیار رژیم‌ است‌ و هر کاری‌ از دست‌شان‌ برمی‌آید؛ مثلاً می‌توانند با بمباران‌ محل‌ تجمع‌ رهبران‌ و سران‌ انقلاب‌، کار را یکسره‌ کنند." از این‌ رو این‌ افراد معتقد بودند که‌ باید با دولت‌ بختیار مماشات‌ کرد و از هر اقدامی‌ که‌ وی‌ را برآشفته‌ و احیاناً به‌ اقدامات‌ خشونت‌آمیز وادار می‌کند، خودداری‌ نمود. درخصوص‌ تعیین‌ نخست‌ وزیر هم‌ می‌گفتند که‌ باید فردی‌ میانه‌رو و تا حدی‌ مورد قبول‌ دستگاه‌ تعیین‌ شود تا کار به‌ جاهای‌ باریک‌ و قهرآمیز کشیده‌ نشود. امام با این که‌ شخصاً با انتخاب‌ مهندس‌ بازرگان‌ مخالف‌ بود و می‌توانست‌ شخصیت‌های‌ انقلابی‌، شایسته‌ و توانمندی‌ همچون‌ شهید بهشتی‌ را به‌ این‌ سمت‌ بگمارد، ولی‌ مصلحت‌اندیشی‌ اعضای‌ شورای‌ انقلاب‌ و برخی‌ از اطرافیان‌ بخصوص‌ آیت الله‌ منتظری‌ را که‌ ارتباط‌ نزدیک‌ و تنگاتنگی‌ با بازرگان‌ داشت‌، پذیرفت‌ و مهندس‌ بازرگان‌ را به‌ نخست‌وزیری‌ منصوب‌ نمود. (با استناد به "کتاب خاطرات حجت الاسلام محمد جواد کشمیری"، فصل هشتم)   عضویت در شورای انقلاب و مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی شأن علمی و فقهی و نیز سابقه مبارزه سیاسی و همراهی آیت الله منتظری با امام ایجاب می كرد كه وی در بالاترین مراكز تصمیم گیری حضور یابد و به همین دلیل در شورای انقلاب كه به دستور امام تشكیل شده بود، عضویت یافت و در كنار چهره هایی چون شهید بهشتی و شهید مطهری، به عنوان بازوی مشورتی حضرت امام و در مواقعی تصمیم گیر و تصمیم ساز، در خدمت انقلاب اسلامى قرار گرفت. پس از برگزاری رفراندوم جمهوری اسلامی، ضرورت نوشتن قانون اساسی به صورت جدی مطرح شد و آیت الله منتظری نیز از سوی مردم تهران به عنوان عضو برجسته مجلس خبرگان تدوین كننده قانون اساسی و سپس از سوی اعضای مجلس خبرگان به عنوان رئیس مجلس خبرگان برگزیده شد. هر چند در عمل ریاست و مدیریت مجلس خبرنگان بر عهده شهید بهشتی قرار داشت اما انكار نمی توان كرد كه شأن و منزلت آیت الله منتظری در میان اكثریت علما و روحانیون به اندازه اى بود كه ولو به صورت ظاهری، او را به عنوان رئیس مجلس برگزینند.   تلاش برای گنجاندن اصل ولایت فقیه در قانون اساسی از مسائل مهم این دوره، مطرح شدن بحث ولایت فقیه در مجلس خبرگان بود كه جنجال های مطبوعاتی و سیاسی فراوانی را به همراه داشت. با این كه از سال 42 به بعد، همیشه بحث ولایت فقیه به عنوان مبنای تئوریک حكومت دینی، مطرح بود و حضرت امام به ویژه در سال 47 به شكل گسترده ای بحث ولایت فقیه را ارائه كردند، اما به هنگام مطرح شدن این بحث در مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی، تمامی گروه های ماركسیستی و چپ، منافقین و لیبرال ها، ملی گراها و لائیكها و .... در نشریات خود به انتقاد و اعتراض برخاستند و تلاش كردند كه این اصل در قانون اساسی نباشد، اما به دلیل حمایت قاطع حضرت امام از این اصل و اقدام چهره هایی چون آیت الله منتظری و شهید بهشتی در مجلس خبرگان، بر این فضای غیردینی فائق آمده و اصل ولایت فقیه در قانون اساسی گنجانده شد و سپس در رفراندوم قانون اساسى به تایید قاطع ملت ایران رسید و بدین شكل ماجرایی مشابه دوران مشروطه تكرار نشد. البته این موضوع منوط به همان تلاش‌های فردی نبود و اکثریت خبرگان نیز از این موضوع جداً دفاع می‌کردند ولی در هر حال نقش و تاثیر خبرگانی مثل آیت الله منتظری را هم نمی‌توان کتمان کرد. نكته دیگر آن كه نحوه گزینش ولی فقیه در جمهوری اسلامی و آنچه در قانون اساسی آمده است (انتخاب دو مرحله ای فقیه از سوی خبرگان) دقیقا همان دیدگاهی است كه در كتاب فقهی آیت الله منتظری درباره ولایت فقیه آمده است.   امامت جمعه تهران و قم در سال 1358 و با روی كار آمدن چهره هایی چون مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی، عباس امیرانتظام و امثالهم در دولت موقت، برخی نیروهای انقلابی و خط امامی از جمله افرادی چون شهید محمد منتظری در اعتراض به روند سازشكارانه دولت موقت، دست به فعالیت هایی زدند كه جنبه قانونی نداشت و باعث برانگیختن اعتراض دولت و برخی از مسئولان شدند اما هیچكس همچون آیت الله منتظری در این باره موضعگیری نكرد، موضعی كه از سوی افراد زیادی مورد انتقاد واقع شد. در همان سال، نماز جمعه تهران و قم به ترتیب به امامت آیت الله سید محمود طالقانی و آیت الله منتظری برپا می‏شد ولی بعد از درگذشت آیت‌ الله طالقانی، آیت‏ الله منتظری با حکم امام خمینی (ره) به عنوان امام جمعه تهران برگزیده شد. البته این منصب دوام چندانی نیاورد و با توجه به علاقه مندی آیت الله منتظری به اقامت در قم، ایشان بار دیگر به قم بازگشت و با پیشنهاد وى امام خمینی (ره)، آیت الله خامنه ای را بعنوان امام جمعه تهران منصوب كردند.  انتقاد آیت الله منتظری از مذاكرات صلح دولت موقت با گروه های ضدانقلاب در كردستان از حوادث مهم دوران امامت جمعه وی بود كه بازتاب گسترده ای یافت. هر چند پس از چند روز، وی اعلام كرد كه آنچه در نماز جمعه گفته تنها موضع شخصی او بوده و موضع نظام همان است كه دولت موقت اعلام می كند.   تشكیل نهضت های آزادیبخش اسلامى   در سال 1358، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی شكل گرفت و یكی از واحدهای اصلی و فعال آن، «واحد جنبش و نهضت های آزادیبخش اسلامى » بود. مسئولیت این وا حد كه تحت نظر آیت الله منتظری، راه اندازی و اداره شد، بسط تفكر انقلاب اسلامی در جهان و ارتباط با نهضت های اسلامی و بررسی راه هاى حمایت از مبارزات مردم مسلمان در سراسر جهان بود. از آنجایی كه شهید محمد منتظری از سال های قبل از پیروزی انقلاب با بسیاری از جنبش های اسلامی در كشورهای مختلف در ارتباط بود، به گونه ای آیت الله منتظری نیز به مسأله نهضت اسلامی مرتبط شد و علاقه ایشان به گسترش نهضت اسلامى در سراسر جهان به این پیوند كمک زیادی كرد. لذا در عمل مسئولیت اصلی جنبش های اسلامى بر عهده آیت الله منتظری قرار گرفت ولی پس از شهادت شهید محمد منتظری در سال 60، نقش سید مهدی هاشمی در این فعالیت ها بسیار گسترده و موثر شد. البته همیشه میان عملكرد این واحدها و مواضع وزارت امور خارجه، اختلافاتی بروز می كرد زیرا وزارت خارجه معتقد بود كه مجری اصول و سیاست های كلی و جزئی نظام اسلامی در خارج است و واحد جنبش های اسلامى باید تحت نظر آن وازتخانه عمل كند چرا كه در مواقعی ممكن است از اصول حاكم بر روابط خارجی ایران در منطقه و جهان تخطی صورت گیرد و واحد نهضت ها بدون در نظر گرفتن جهت كلی حركت دولت، دست به كارهایی بزند كه منجر به دشمن تراشی و انزوای جمهوری اسلامی شود. این كشمكش ها تا سال های بعد نیز ادامه یافت اما در سال های اولیه انقلاب به دلیل حاكم بودن روحیه انقلابی بر همه گروه ها و افراد و به دلیل نیاز شدید جهان به شنیدن پیام انقلاب اسلامی و نیز به خاطر درگیر بودن نیروهای اصیل انقلاب به مسائل مهمی چون جنگ تحمیلی، مبارزه با گروه های مسلح ضدانقلاب و تجزیه طلب و تصفیه حاكمیت نظام از عناصر لیبرال و غیرانقلابی، هرگز كسی اقدامات مسئولان واحد نهضت ها را به صورت جدی مورد انتقاد قرار نمی داد اما به تدریج با مرتفع شدن آن موانع و یكدست شدن نیروهای حاكمیت و شكل گیری دولت جدید از سوی نیروهای خط امامی، این پرسش مطرح شد كه آیا آن گونه عمل كردن با مصالح كلی نظام اسلامى سازگار است یا خیر و آیا افرادی چون سید مهدی هاشمی، صلاحیت این را دارند كه مسئولیت تنظیم روابط جمهوری اسلامی با دیگر نهضت های اسلامی دنیا را بر عهده بگیرند و درهر صورت، كدامین نهاد و ارگان رسمی نظام باید متولی چنین امر مهمی باشد؟  حاصل همه این مباحث، بعدها به محدود كردن فعالیت های مستقل واحد نهضت اسلامی انجامید و با تصویب مجلس شورای اسلامى، وزارت امور خارجه، مسئولیت یافت بر اساس سیاست كلی نظام، تنظیم روابط با دیگر نهضت های را بر عهده گیرد. بدین وسیله، حوزه عمل آیت الله متنظری و بیشتر از وی، حوزه اقتدار سید مهدی هاشمی محدود شد و البته همین امر، پیامدهایی نیز داشت.   مسئولیت های کلیدی آیت الله منتظری به روایت بادامچیان اسدالله بادامچیان، عضو هیئت مؤسس حزب موتلفه اسلامی در کتاب "نقد خاطرات منتظری" به چهل مسئولیت کلیدی آیت الله منتظری در دهه شصت پرداخته و در این باره نوشته است: «جالب است که پس از پیروزی انقلاب اسلامی امام خمینی انواع و اقسام کارها را که مربوط به خودشان بوده به آقای منتظری واگذار کرده اند و پس از امام هیچ کس در کشور تا فرودین سال 68 این همه قدرت در اختیارش نبوده است، آن هم قدرت بدون بازخواست و پاسخگویی، و اتفاقا خواست الهی است که خود آقای منتظری ناخوداگاه در این خاطرات یا شبه خاطرات این مسئولیت ها را ذکر می کند و مظلومیت امام خمینی (ره) و فرزندش مرحوم حاج سید احمد آشکار می شود مانند:  قائم مقام رهبری عضویت در شورای انقلاب تعیین و نصب ائمه جمعه در شهرها تعیین و نصب ائمه جمعه در خارج از ایران  تعیین و نصب ائمه جمعه در مناطق اهل سنت امامت نماز جمعه تهران  امامت نمار جمعه قم ریاست مجلس خبرگان قانون اساسی مسئولیت احراز مقام اجتهاد قضات برای شورای عالی قضایی در دوره پنج ساله و تعیین صلاحیت آن ها  تعیین قضات به همراه آیت الله مشکیتی برای سراسر کشور  تعیین 3 قاضی محتهد عادل برای شورای عالی قضایی دوره اول  ماموریت رسیدگی به جبه ها از طرف امام در سال اول جتگ تحمیلی  مسئول هدایت کمک های مردمی به جبهه ها  ارجاع مسائل مروبط به احتکار جهت قاتونگذاری و تعیین سیاست های نظام  ارجاع مسائل مربوط به تعزیرات جهت قانون گذاری و تعیین سیاست های نظامی  ارجاع مسائل به مناسک حج  ارجاع مسائل مربوط به مفسد فی الارض  رسیدگی به اموال جزیره کیش تعین نمایندگان ولی فقیه در سپاه پارسداران انقلاب اسلامی  موضوع عفو زندانیان  تعیین نمایندگان ولی فقیه در دانشگاه ها  تعیین شواری مدیریت حوزه علمیه قم  رسیدگی به موقوفات حسین همدانی ها  پاسخگویی به برخی مسائل قضایی در زمان جنگ  تصمیم گیری در خصوص برخی مسائل قضایی و اجرایی مورد اختلاف قوه مجریه و قضاییه امور مروبط به تاسیس دانشگاه امام صادق (ع)  امور دانشکده پزشکی قم  امور طلاب غیر ایرانی در حوزه علمیه قم  امور مدارس تحت برنامه در حوزه علمیه قم  ریاست مدرسه حجتیه (طلاب غیر ایراینی)  مسئولیت تأسیس مرکز بزرگ اسلامی کردستان و تعیین نماینده در آن  تعیین نمانیده برای دانشجویان ایرانی در اروپا  مسئولیت تأسیس دادگاه عالی در قم  تعیین هیأت رسدیگی به امور زندانیان  نعیین نماینده برای بررسی دادستانی ها و زندان های کشور  تعیین هیأتهای هفت نفره واگذاری زمین و بند ج تعین نمایندگی ولی فقیه در اتحادیه انجمن های اسلامی دانش آموزان  تعیین نمایندگی ولی فقیه در انجمن اسلامی معلمان  ارجاعات گوناگون امام به وی در مسائل مختلف» 
بدون تردید یکی از مهم‌ترین برهه‌های تاریخ معاصر جمهوری اسلامی را باید در فرآیند 4 ساله دوران قائم مقامی رهبری و عزل آیت الله منتظری از این منصب توسط امام راحل، جستجو نمود. دوره‌ای حساس که جدای از حواشی آن، باید به تدقیق مدل رفتار و عملکرد حضرت امام (ره) دراین‌باره پرداخت، به ویژه در زمان اوج این واقعه تاریخی که به طور خاص باید از تاریخ اعدام مهدی هاشمی (مهرماه 66) تا عزل رسمی آیت الله منتظری در فروردین‌ماه سال 68 را مدنظر داشت.    خبرگان و قائم مقامی رهبری با نهادینه شدن جمهوری اسلامی، تشكیل مجلس خبرگان رهبری مطابق قانون اساسی در دستور كار قرار گرفت و اولین مجلس خبرگان در سال 62 رسماً آغاز به كار كرد. شكل گیری این مجلس، خود به خود بحث آینده رهبری در نظام اسلامی را داغ كرد و بسیاری از دلسوزان انقلاب را به تكاپو انداخت كه برای دوران پس از امام، چاره اندیشی كنند. در آن شرایط دیگر چهره هایی چون شهید مطهری و شهید بهشتی در قید حیات نبودند و تنها كسی كه با توجه به مراتب علمی و سیاسی و سوابق مبارزه با شاه و همراهی با امام راحل  اذهان علاقه مندان به امام را به خود متوجه می ساخت، آیت الله منتظری بود. با چنین تلقی و تفسیری، برخی از بزرگان به تلاشی جدی دست زدند تا مجلس خبرگان، آیت الله منتظری را به عنوان قائم مقام رهبری تعیین كند و سپس تلاش شود تا در سطح جامعه، برای وی مقبولیت پذیرش به وجود آید.  سعی دلسوزان نظام برای اندیشیدن تمهیدی برای رهبری پس از امام نهایتاً منجر به این شد که خبرگان در تیرماه سال 64 جهت این امر وارد عمل شوند. در قانون اساسی جمهوری اسلامی هیچ‌وقت منصبی به عنوان "قائم مقامی رهبری" وجود نداشته است، ولی مرسوم است که گفته می‌شود خبرگان آیت الله منتظری را به عنوان "قائم مقام رهبری" انتخاب کردند.   مصوبه خبرگان دراین‌باره چنین بود: «بسم الله الرحمن الرحیم خبرگان امت به موجب تکلیف مصرح در مصوبه روز 64/4/24 و به عنوان مقدمه عقیله لازم برای عمل به اصل 107 قانون اساسی، فقیه عالی‌قدر و مجاهد، حضرت آیت الله منتظری - دامت برکاته - را به عنوان مصداق کامل قسمت دوم اصل مزبور تعیین می‌کنند.» نكته مهم درباره تصمیم خبرگان به گزینش قائم مقام رهبری آن بود كه این تصمیم مطابق با قانون اساسی صورت نگرفته بود چرا كه خبرگان بر طبق قانون اساسی، اولاً باید فقیهی را كه واجد صلاحیت رهبری است، تشخیص داده و به عنوان رهبر به مردم معرفی كنند، ثانیاً اعمال و رفتار رهبر را تحت نظر بگیرند تا در صورت ناتوانی در انجام وظایف قانونی یا از دست دادن صلاحیت ها، از مقامش به تشخیص خبرگان عزل شود، ثالثاً در صورت فوت یا عزل یا كناره گیری رهبر، خبرگان باید رهبر جدید را در اسرع وقت، تعیین و معرفی كنند. جدای از مسئولیت های ذكر شده، هیچ وظیفه ای بر دوش خبرگان نبوده و نیست اما مجلس خبرگان با خیرخواهی و دلسوزی بزرگانش كاری فراتر از قانون اساسی و حوزه وظایف انجام داد و آیت الله منتظری را به عنوان قائم مقام رهبری تعیین كرد. همان طور که دیده می‌شود خبرگان در اینجا فقط بر مصداق ولی فقیه پس از امام توافق کردند اما بنا را بر این گذاشتند كه این خبر به صورت علنی، بیان نشود ولی مدتی پس از این تصمیم، "حجت الاسلام باریک بین" امام جمعه قزوین، در یکی از خطبه های نماز جمعه این موضوع را علنی کرد و اندک اندک این لفظ قائم مقام رهبری برای آیت الله منتظری به کار برده شد. علیرغم خوشحالى بدنه انقلابى كشور از این تصمیم، براى برخی از خبرگان و علما و اعضای جامعه مدرسین، این خبر خوشایند نبود چرا كه معتقد بودند آیت الله منتظری فقیهی چون دیگر فقهاست و در شرایطی كه حضرت امام در قید حیاتند، نباید به عنوان قائم مقام رهبری، تعیین و به مردم معرفی شود. همچنین مردم عادی نیز تصویر یک انسان ساده را از وی در ذهن داشتند و به آسانی به این تصمیم، تمكین نمی كردند اما با گذشت زمان و ایجاد یک جریان گسترده اجتماعی و مطبوعاتی از سوی علاقمندان به آیت الله منتظری، به تدریج زمینه پذیرش قائم مقامی وی فراهم شد و عنوان «امید امت و امام» به همین مناسبت كاربرد زیادی پیدا كرد.      تأسیس نهاد قائم مقام رهبری واضح است که وقتی منصبی در قانون اساسی پیش‌بینی‌نشده باشد به طریق اولی حدود فعالیت و اختیاراتی هم برای آن در نظر گرفته نشده است، ولی به جهت ترویج و تثبیت آیت الله منتظری نهادی تحت عنوان قائم مقام رهبری تأسیس شد كه بسیاری از تصمیمات از آن طریق، اخذ می شدند و مسئولان علاوه بر نظرات حضرت امام، خود را موظف به رعایت آرا و دیدگاه های قائم مقام رهبری نیز می دانستند و گزارش كارها و فعالیت ها و اقدامات خود را برای آیت الله منتظری هم می فرستادند و البته وی نیز از آن پس به صورت فعالانه در بسیاری از مسائل، دخالت و به صورت علنی یا خصوصی، خواسته های خود را به مسئولان و مدیران ابلاغ می كرد. با رسمیت یافتن شأن قائم مقامی رهبری برای آیت الله منتظری، بخش زیادی از اختیارات حکومتی و اداره کشور نظیر عزل و نصب قضات سراسر کشور، تعیین ائمه جمعه، ایجاد دفاتر نمایندگی در دانشگاه ها و عفو زندانیان از سوی امام خمینی (ره)‌ به آیت‏الله منتظری تفویض گردید. درباره عملكرد آیت الله منتظری در دو زمینه عفو زندانیان و ایجاد دفاتر نمایندگی در دانشگاه ها، در همان زمان هم نظرات متفاوتی وجود داشت، اما یقیناً یكی از موضوعاتی كه بعدها مورد انتقاد حضرت امام قرار گرفته بود، دلسوزی های غلط و عفو كثیری از نیروهای مخالف نظام اسلامی توسط هیئت عفوی بود كه تحت نظر آیت الله منتظری فعالیت می كرد. به دنبال تصمیم خبرگان مبنی بر قائم مقامی آیت الله منتظری، شأن و جایگاه وی درمیان علما و روحانیون و نیز نیروهای انقلابی، برجسته تر و به تدریج مساله مرجعیت وی نیز مطرح شد به گونه ای كه جمع كثیری از علما و حتی اعضای مجلس خبرگان، خواستار چاپ رساله عملیه از سوی وی شدند و این مساله پس از مدتی تحقق یافت. از آن پس، آیت الله منتظری به عنوان یک مرجع تقلید هم مطرح شد هر چند از سال ها قبل هم یک مجتهد مسلم به حساب می آمد.  تثبیت مرجعیت وی نیز با ارجاعات حضرت امام در مسائل شرعی و فقه حكومتی صورت گرفت بدین معنا كه در چندین مساله مهم نظیر اعدام مفسدین و همچنین تعزیرات مالی، حضرت امام مسئولان را به فتاوی آیت الله منتظری ارجاع دادند و همین امر باعث شد كه در نزد بسیاری، آیت الله منتظری به عنوان « فالا علم » تلقی شود.   نامه رییس قوه قضاییه وقت در مرداد سال 66 خطاب به امام: حضرت آیت الله العظمی امام خمینی دام عزه اعدام شخص مفسد که در نظر مبارک مورد احتیاط است، به نظر آیت الله منتظری جایز است و این مسئله در محاکم قضایی مورد احتیاج است. اگر اجازه می‌فرمایید در مراجع قضایی طبق نظر ایشان عمل شود. ادام الله عمرکم الشریف عبدالکریم موسوی اردبیلی   امام در جواب این نامه این چنین می‌نویسند: بسمه تعالی  مجازید طبق نظر شریف ایشان عمل نمایید. روح الله موسوی الخمینی 66/5/9 (با استناد به خاطرات آیت الله منتظری ص 493 تا 495)   اقدامات آیت الله منتظری در دوران قدرت آیت‏الله منتظری با استفاده از اختیارات حکومتی در ذیل «مفسد فی‌الارض» رویکرد تندی در نظام قضایی و امنیتی کشور به وجود آورد؛ چرا که از نظر ایشان کسانی که در کار مواد مخدر و تشکیل مرکز فساد بودند، چون منافقین و افرادی که مبارزه مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی دارند، به عنوان «محارب و مفسد فی‌الارض» شناخته شده و حکم آن‌ها اعدام بود. دامنه قدرت آیت‏الله منتظری آن قدر بالا گرفت که مؤلف کتاب نتایج انقلاب ایران در این زمینه می‏نویسد: «اوج قدرت‌نمایی منتظری اعلام قائم‌مقامی رهبری او توسط مجلس خبرگان رهبری است. این جایگاه قانونی که دومین مقام کشور محسوب می‌شد، اجازه عمل گسترده‌تری به ایشان در مداخله امور می‌داد.» بسیاری از عزل و نصب‌های نمایندگان رهبری در نهادهای انقلابی و وزارتخانه‌ها با نظر ایشان صورت می‌گرفت. ملاقات‏ها و دیدارهای مردمی به طور منظم انجام شده و مسئولان کشور، گروه‌گروه برای ارائه گزارش کار و اخذ رهنمود عازم قم می‌شدند و مطبوعات و رسانه ملی به طور منظم به بازتاب اخبار، رویدادها و مواضع آیت الله منتظری می‌پرداخت. اما با کمال تأسف و تأثر، آیت‏ الله منتظری به جای انجام وظیفه قائم‌مقامی و توجه به رهنمودها و نصایح حضرت امام خمینی (ره) و نیز حمایت از آرمان‌های انقلاب و نهادهای مستقر در نظام جمهوری اسلامی، به تدریج زاویه و فاصله خود را با امام و نظام بیشتر و بیشتر می‌کرد و به همین دلیل با سرعت بیشتری کنار گذاشتن ایشان از عرصه سیاسی توسط امام (ره) و نظام کلید خورد. 
در مورد قائم مقامی آیت الله منتظری، آنچه که معمولاً در وهله نخست کمی تأمل‌برانگیز به نظر می‌آید، سؤال پیرامون چرایی و چگونگی انتخاب ایشان به عنوان قائم مقام رهبری توسط مجلس خبرگان در سال 1364 می‌باشد. این تصمیم چرا و با چه تحلیلی توسط مجلس خبرگان اخذ می‌شود؟ و از همه مهم‌تر نظر حضرت امام (ره) پیرامون این انتخاب چه بوده است؟! اگرچه در نامه 6 فروردین‌ماه 68، که امام خمینی (ره) رسماً خطاب به آیت الله منتظری تاکید می‌کنند: «ولله قسم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم ولی در آن وقت شما را ساده لوح می‌دانستم که مدیر و مدبر نبودید» شاید بهترین استناد جهت اعلام نظر حضرت امام (ره) از همان ابتدا در مخالفت با قائم مقامی آقای منتظری باشد، اما بنابر روایت مهمی که آیت الله محمدی ری شهری به نقل از آیت الله محمدی گیلانی از اعضای وقت شورای نگهبان در کتاب خاطرات سیاسی خویش با عنوان" سنجه انصاف" آن را عیناً آورده است، می‌توان به ابعاد پنهان‌تری از این اتفاق تاریخی پی برد. با توجه به نامه های 6 و 8 فروردین حضرت امام مخالفت ایشان با انتخاب آیت الله منتظری مسجّل است، ولی در اینجا دو سؤال مطرح می‏شود: اول اینکه آیا امام از این مخالفت خود کسی را آگاه نموده بودند؟ دوم اینکه اگر امام کسی را از این مطلب آگاه کرده بودند، آیا آن شخص این مطلب را به بقیه مؤثرین در قضیه (خصوصاً اعضای مجلس خبرگان) اطلاع داده بود یا خیر؟ اهمیت مطلب دوم در آن است که پیروان خط امام در همه مسائل می‏خواستند طابق النعل بالنعل پیرو امام باشند ولی گاهی اوقات چون نص و مُرّ نظر امام را نمی‌دانستند، تصور دیگری از نظر امام پیدا می‏کردند و گرچه میل داشتند مطابق نظر امام عمل نمایند، عملشان مطابق خواست امام نمی‏شد. رهبر معظم انقلاب، حضرت آیت الله خامنه‌ای در مصاحبه‌ای به تناسب بحثی فرموده‏اند: «گاهى اوقات است که مصلحت نیست رهبرى در امرى اقدام کند؛ لکن خوب است نظرش دانسته شود تا کسانى که مى‌خواهند مسائلى را رعایت کنند، حواسشان باشد که نظر رهبرى این است... موارد متعدّدى اتّفاق افتاد که انسان درباره‌ انجام امرى تصوّر مى‌کرد کار خوبى است و نظر امام نیز همین است. بعد معلوم مى‌شد که نه؛ امام نظرشان این نیست... البته در خدمت امام، مکرّر مذاکره شده بود؛ اما انسان، تنها دیدگاه‌های صریح و لبّ نظر امام را مى‌دانست. [اگر انسان، صریح‌تر در جریان نظر امام قرار می‌گرفت] شاید در بعضى از مسائل به شکل دیگرى عمل مى‌کرد.» وقتی در سال 64 قرار بر این می‏شود که مجلس خبرگان راجع به موضوع رهبر پس از امام تصمیم‌گیری نمایند، نام آیت الله منتظری بیش از دیگران مطرح می‏شود. با مطرح شدن نام آیت الله منتظری حضرت امام هم مخالفت خود را با این مطلب اعلام می‏کنند و این مطلب را به اطلاع آیت الله هاشمی رفسنجانی نیز می‏رسانند.   اطرافیان آیت الله منتظری، اصلی ترین عامل نگرانی حضرت امام در زمانی كه بحث قائم مقامی آیت الله منتظری در مجلس خبرگان مطرح شد، تلقی اكثریت علاقه مندان به امام خمینی(ره) این بود كه بهترین فقیهی كه می‏تواند سنت فقهی حضرت امام را پاس بدارد و از انقلاب اسلامی حراست كند، شخص آیت الله منتظری است و بنابراین اقدام خبرگان را مورد تایید و حتی با رضایت امام تلقی می كردند. بعدها در نامه 6 فروردین سال 68 حضرت امام خطاب به آیت الله منتظری، این نكته تصریح شده بود كه: «... والله قسم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم » و با این عبارت مشخص می شود كه امام خمینی(ره) در آن شرایط با این تصمیم خبرگان مخالفت بوده اند ولی به خاطر ملاحضاتی كه برای خود در نظر گرفته بودند، اظهار نظری نكردند. وضعیت مقبولیت آیت الله منتظری در میان علاقه مندان به امام و انقلاب به گونه ای بود كه حتی پس از تشكیل مجلس خبرگان هم غالبا ایشان را جانشین شایسته امام می دانستند و كاملا قابل پیش بینی بود كه خبرگان به چنین تصمیمی خواهد رسید. امام خمینی(ره) در پیامی که برای شروع به كار اولین مجلس خبرگان رهبری صادر نمودند، نكاتی را گوشزد كردند كه مخاطبی جز آیت الله منتظری نمی توانست داشته باشد هر چند مستقلا هم دارای حكمت و پندهای مهم و با ارزشی بود.  در همان زمان انتشار این پیام (سال 62) بسیاری از افراد دریافتند كه حضرت امام بر دو نقیصه مهم آیت الله منتظری – كه احتمال رهبری او از همه بیشتر بود – انگشت گذاشته است و متاسفانه حوادث بعدی كه منجر به عزل آیت الله منتظری شد، نشان داد كه نگرانی و تذكر امام، درست بوده است.  اصلی ترین عامل نگرانی حضرت امام، وجود «سیدمهدی هاشمی» و باند وی در میان اصحاب بسیار نزدیك آیت الله منتظری بود. امام(ره) سیدمهدی هاشمی را مورد اعتماد نمی دانست. مسئول وقت واحد اطلاعات سپاه پاسداران در گزارشی در این باره، به نكاتی اشاره می كند كه قابل تامل است. وی با اشاره به یك جلسه مهم فرماندهان سپاه در حضور امام خمینی آن هم در سال 61 و پیش از انتخاب آیت الله منتظری به قائم مقامی رهبری، می‌گوید: «پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی كل قوا، فرماندهی سپاه پاسداران نیز تغییر كرد. اولین جلسه شورای عالی سپاه با ترکیب جدید در حضور حضرت امام تشكیل شد (سال 1361). در این جلسه افرادی چون شهید محلاتی، فرمانده سپاه و مسئولان واحدهای مختلف سپاه حضور داشتند. مهدی هاشمی نیز، كه با توصیه و حمایت كسانی چون آقای منتظری و شهید محمد منتظری مسئولیت واحد نهضت‌های سپاه را برعهده‌گرفته بود، در این جلسه شركت داشت. افراد حاضر خدمت امام معرفی شدند و هر یك از مسئولان واحدها گزارشی از موضوع، شیوه كار خود و ... ارائه كردند. حضرت امام گزارش‌ها را شنیده و مطالبی می‌فرمودند. مهدی هاشمی ضمن گزارش خود، به شیوه صدور انقلاب و ... اشاره كرد. حضرت امام پس از صحبت‌های مهدی هاشمی مطالبی را عنوان فرمودند كه عمدتاً رد نظرات او بود. لحن حضرت امام در عدم تایید و نارضایتی از او به حدی آشكار و صریح بود كه سبب تعجب همگان و ناراحتی مهدی هاشمی شد. در بخش پایانی جلسه هم، چند تن از حاضران، به منظر و ارائه گزارشی سرّی از اوضاع كشور، نزد حضرت امام ماندند. من نیز به عنوان مسئول واحد اطلاعات سپاه جزء این جمع بودم، حضرت امام فرمودند: "مواظب مهدی هاشمی باشید." از برخورد قاطع و در عین حال روشنگرانه حضرت امام با مهدی هاشمی این احساس در ما شكل گرفت كه از دیدگاه ایشان، مهدی هاشمی فردی قابل اعتماد نیست. » (با استناد به خاطرات سیاسی آیت الله ری شهری، ص 26 و 27)   دو ادعا بر مخالفت امام با قائم مقائمی آیت الله منتظری آیت الله محمدی ری شهری که در آن زمان وزیر اطلاعات و مسئول مستقیم پیگیری پرونده سید مهدی هاشمی بوده است، در کتاب خاطرات خود به نقل از آیت‌الله محمدی گیلانی که در آن زمان عضو فقهای شورای نگهبان بوده است، چنین نقل می‏کند: «یک روز قبل از مطرح‌شدن قائم مقامی آقای منتظری در مجلس خبرگان،... من ضمن تماس با دفتر امام (رضوان الله علیه) کتباً (از طریق آقای توسلی و آقای رسولی) از ایشان درخواست ملاقات کردم. در آن موقع اعلام شده بود که امام تا پانزده روز ملاقات ندارند. من در تکه کاغذی نوشتم مطلبی واجب و ضروری است، احساس وجوب کردم به عرض مبارک برسانم، امام اجازه دادند خدمتشان رسیدم. گفتم: فردا قرار است موضوع قائم مقامی آقای منتظری در مجلس خبرگان مطرح شود، خواستم به عرضتان برسانم به آقای هاشمی بگویید مطرح نشود. من به آقای منتظری ارادت دارم؛ خدمتشان درس خوانده‌ام؛ ایشان را عابد و زاهد می‌دانم؛ ولی این خصوصیات، کافی نیست. او از عهده این کار برنمی‌آید... امام، گله‌های سوزانی از آقای منتظری را آغاز کرد که کجا چه کرده و کجا چه...! و اضافه فرمود: "احمد هم از او دفاع می‌کند! از منزل سید مهدی هاشمی، دست‌نویس‌های او را آورده‌اند. من دیدم نامه‌های آقای منتظری از نوشته‌های مهدی هاشمی الهام گرفته! این را من برای ایشان نوشتم" سخن امام که به این جا رسید، من گفتم: آقای منتظری عین نامه شما را آورد و در جلسه خواند و با خنده گفت: "امام خیال کرده که آنچه من برایش می‌نویسم، الهام از سید مهدی می‌گیرم! امام فرمود: "نامه مرا آورد در جلسه خواند؟!" گفتم: بله! آقای سید عباس خاتم و سید جعفر کریمی و چند نفر دیگر هم بودند. امام فرمود: "او این‌طور است." عرض کردم: بفرمایید که فردا ایشان به عنوان قائم مقام رهبری مطرح نشود. امام قدری فکر کرد و فرمود: "احمد نیست، می‌شود شما زحمت بکشید و به آقای هاشمی بگویید بعدازظهر من ایشان را ببینم؟" عرض کردم: بله اما به آقای هاشمی نفرمایید که من آمدم [و این جریان را خدمت شما گفتم]. به هیچ کس نگویید. می‌ترسم مرا هم شمس‌آبادی کنند یا مثل شیخ قنبر در چاه بیندازند"! این را که گفتم، امام -اعلی الله مقامه- سه بار خندید و فرمود: "خاطرت جمع باشد". از دفتر امام، حرکت کردم و آمدم شورای نگهبان. [ایشان در آن وقت عضو شورای نگهبان بودند] جلسه تمام شده بود و بعد رفتم خدمت آقای هاشمی و گفتم صبح، خدمت امام رسیدم. کاری داشتم. فرمودند به آقای هاشمی بگویید که من ایشان را ببینم... شب، بعد از نماز مغرب و عشاء، خانم حاج احمد آقا زنگ زد که "حاج آقا! امام فرمودند: آنچه امروز ما صحبت کردیم، مبادا از شما تجاوز کند". گفتم: همین طور است. فردای آن روز، آقای هاشمی موضوع قائم مقامی آقای منتظری را در مجلس خبرگان مطرح کرد... پس از این ماجرا، روزی آقای هاشمی در حضور جمعی گفت: "من بعدازظهر رفتم خدمت امام. امام فرمودند: "موضوع قائم مقامی آقای منتظری را فردا مطرح نکن". گفتم: چرا؟ ما در اجلاسیه قبل، به آقایان گفته‌ایم که ایشان را به عنوان قائم مقام، مطرح کنیم. فرمود: "نه یکی از دوستان آمده و چنین گفته... گفتم: ما اعلام کرده‌ایم. نمی‌شود...»   آقای ری‌شهری اضافه می‌کند: «تأمل در آنچه از آقای محمدی گیلانی نقل کردیم، نشان می‌دهد که امام در مورد طرح قائم‌مقامی آقای منتظری در مجلس خبرگان، در مقابل کاری انجام‌شده قرار گرفته بود. ... بی‌تردید اگر [اعضای مجلس] خبرگان نظر امام را می‌دانستند، آقای منتظری را به عنوان جانشین او تعیین نمی‌کردند.»(با استناد به کتاب سنجه انصاف، صفحات 16 تا 18)   از این متن دو نکته به وضوح مشخص است. یکی اینکه طرح مسئله قائم‌مقامی بدون اطلاع امام برنامه‌ریزی شده است و دیگر اینکه آیت الله هاشمی به هر دلیل و طبق معمول امام را در برابر عمل انجام‌شده قرار می‌دهد. هزینه‏هایی که قائم‏مقامی آیت الله منتظری برای نظام ایجاد کرد، یکی از نتایج این عمل خودسرانه آیت الله هاشمی است. هراس آیت الله محمدی گیلانی از افشای جلسه‌اش با امام و ترس از ترور حتی در صورت اطلاع آیت الله رفسنجانی، خود مسئله مهمی است. البته آیت الله هاشمی در کتاب خاطرات خود، ماجرا را کلاً به شکل دیگری بیان می‌کند که تطبیق این دو روایت از یک ماجرا هم نیاز به تفحص بیشتر دارد.   روایت هاشمی رفسنجانی از مخالفت امام با قائم مقامی آیت الله منتظری آیت الله هاشمی رفسنجانی در کتاب «امید و دلواپسی»، در روز نوشت تاریخ 14 آبان 1364 اینگونه نوشته‏اند: «آقای محمدی گیلانی به دفترم آمد و پیام امام را درباره برنامه مجلس خبرگان آورد ... و گفت که امام با انتخاب آقای منتظری [برای جانشینی رهبر] موافق نیستند. ... شب خدمت امام رفتم و راجع به پیام ایشان در مورد مجلس خبرگان مذاکره کردیم. نگرانند که تعیین آیت الله منتظری به عنوان رهبر آینده، باعث عداوت و کارشکنی رقبای دیگر شود.» البته آقای هاشمی مدعی است که امام بعداً به آقای محمدی گیلانی پیغام داده‌اند که موضوع را پی گیری نکنند ولی چون از آقای محمدی گیلانی دراین‌باره مطلبی نقل نشده است، فعلاً نمی‌توان دراین‌باره داوری کرد و فقط می‌توان به آنچه از متون بر می‌آید پرداخت: آقای هاشمی دلیل مخالفت امام را این می‌داند که «دیگر رقبا» تحریک نشوند، ولی اولاً در خاطره آقای محمدی گیلانی آمده است که دلیل مخالفت امام همان دلیل آقای محمدی گیلانی (اینکه آقای منتظری از عهده این کار بر نمی‌آید) بوده است و ثانیاً و از آن مهم‌تر اینکه خود حضرت امام در جاهای دیگری، به دلیل مخالفت خود تصریح نموده‌اند. ایشان در همان نامه 6 فروردین نوشته‌اند: «والله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم؛ ولی در آن وقت، شما را ساده لوح می‌دانستم که مدیر و مدبّر نبودید.»امام در اینجا دلیل مخالفت خود را ساده‌لوح بودن و مدیر و مدبّر نبودن آقای منتظری دانسته‏اند. ایشان همچنین در نامه 8 فروردین خطاب به آیت الله منتظری نوشته‏اند: «رهبری جمهوری اسلامی، کار مشکل و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما می‌خواهد و به همین جهت، هم شما و هم من، از ابتدا، با انتخاب شما مخالف بودیم.» در اینجا هم امام دلیل مخالفت خود را همان دلیل قبلی (البته بنا به مصالحی، ملایم‌تر) اعلام کرده‌اند. پس حضرت امام، هم با انتخاب آیت الله منتظری مخالف بودند و هم این نظر را به برخی افراد اعلام کرده بودند ولی بعید به نظر می‏رسد این مطلب به گوش دیگر افراد مؤثر رسیده باشد؛ چون مشی آنان چنین نبوده است که با اطلاع از مُرّ نظر حضرت امام دست به کار دیگری بزنند.   سه دلیل مدارای امام در برابر تصمیم خبرگان اما این که چرا امام اقدام جدی‌تری در برخورد با این تصمیم خبرگان ننمودند موضوع مهم دیگری است که باید بررسی شود. امام در نامه 6 فروردین خطاب به آیت الله منتظری این مطلب را روشن کرده‌اند: «والله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم؛ ولی در آن وقت، شما را ساده لوح می‌دانستم که مدیر و مدبّر نبودید؛ ولی شخصی بودید تحصیل‌کرده که مفید برای حوزه‌های علمیه بودید و اگر این‌گونه کارهایتان را ادامه دهید، مسلماً تکلیف دیگری دارم و می‏دانید که از تکلیف خود، سرپیچی نمی‏کنم. والله قسم، من با نخست وزیری بازرگان مخالف بودم؛ ولی او را هم آدم خوبی می‏دانستم. والله قسم، من رأی به ریاست جمهوری بنی‌صدر ندادم و در تمام موارد، نظر دوستان را پذیرفتم.» برای جواب دادن به سؤالی که مطرح شد می‏توان سه نکته را متذکر شد که دوتای آن‌ها از همین فراز فرمایش حضرت امام به دست می‌آید: اول آنکه حضرت امام ماجرای آیت الله منتظری را مانند ماجرای انتصاب دولت موقت و انتخاب اولین رئیس جمهور می‏دانستند. حضرت امام به دلیل آنکه روحیه استبدادی نداشتند (و اساساً ولایت فقیه با استبداد جمع ناشدنی است) نمی‏خواستند نظر شخصی خود را به دیگران تحمیل کنند. دوم آنکه حضرت امام در این ماجراها «نظر دوستان» را پذیرفته‌اند ولی اینکه این دوستان چه کسانی بوده‌اند و چرا چنین روحیه‌ای داشته‌اند بحثی دیگر است که قصد ورود به آن را نداریم. اما سوم آنکه ایشان به «محدوده قانونی» خبرگان اشاره‌کرده‌اند. در هر حال آیت‌الله منتظری برای منصب رهبری پس از امام تعیین شده بود و خبر آن هم (گرچه ناخواسته) پخش شده بود و لذا مخالفت حضرت امام تنها یک نتیجه داشت: تضعیف نظام؛ تضعیف نظام در زمان حضرت امام از آن جهت که جنگ قدرت به نظر می‌رسید و تضعیف نظام در زمان پس از امام از این جهت که منافقانِ مخالف نظام و فرصت‌طلبان دست به تضعیف ولی فقیه وقت (که قرار بود آیت الله منتظری باشد) می‌زدند که وی مورد قبول بنیان گذار نظام نبوده و امام او را قبول نداشته و ...؛ و با تضعیف این شخص، جایگاه ولایت فقیه (عمود خیمه نظام) و به تبع آن خود نظام را متزلزل می‌نمودند و این مطلبی نبود که از دید بزرگ‌مرد بصیری چون امام مخفی بماند.   دلیل محتمل چهارم برای مدارای امام و توهم اطرافیان منتظری البته شاید بتوان به یک دلیل محتمل دیگر هم اشاره نمود و آن هم اینکه چنان که ذکر شد، طبق قانون اساسی وقت، مرجع تقلید بودن جزو شرایط رهبری بود و در بین مراجع وقت و کسانی که در مظان مرجعیت بودند، آیت الله منتظری سیاسی‌ترین و مبارزترین فرد بود (البته این به معنای جسارت به دیگر مراجع و نعوذبالله توهین به آن‌ها نیست) و در هر حال در آن دایره، مناسب‌ترین فرد به نظر می‌رسید (البته در آن روز)؛ و اگر قرار بود او نباشد، سریعاً این سؤال مطرح می‌شد که «پس چه کسی؟» این امر در ذهن دوستداران نظام هم بود و به همین دلیل بود که در بحث عزل آیت الله منتظری، دائم با امام (ره) بحث می‌کردند که اگر آیت الله منتظری کنار گذاشته شود، کسی را نداریم؛ که امام هم در همان زمان (که بحث بازنگری قانون اساسی و حذف شرط مرجعیت مطرح بود) به حضرت آیت الله خامنه ای اشاره کرده بودند. از طرفی دیگر متأسفانه این امر البته از جهت منفی در ذهن برخی اطرافیان آیت الله منتظری هم بود که به زعم آن‌ها چون حضرت امام به وی احتیاج دارد آیت الله منتظری می‌تواند هر حرفی بزند و هر کاری بکند! مرحوم حاج سید احمد خمینی، در رنجنامه معروف خویش که خطاب به آیت الله منتظری نوشته شده به این مطلب اشاره‌کرده‌اند: «من مطمئنم که آقای هادی هاشمی [داماد و رئیس دفتر آیت الله منتظری] به این نتیجه رسیده بود که امام و نظام چاره‌ای ندارند جز این که دنبال آقای منتظری بدوند و چرا آقای منتظری آنچه را که مایل است نگوید؟ پس باید بگوید و امام هم باید قبول کند که این حرف را از لا بلای چند ساعت بحث با او درآوردم. من برای این که حادثه پیش نیاید بارها فقط و فقط برای دیدن آقا هادی به قم آمدم و با او در تمام زمینه‌ها به خصوص این قضیه تلخ صبحت کردم و بازگشتم و به او گفتم که این کار من صرفاً برای دوستی و علاقه به آقا است یک مرتبه فکر نکنید از موضع ضعف است. او می‌گفت می‌دانم، ولی من می‌فهمیدم که این‌گونه فکر نمی‌کرد و معتقد بود ما از روی احتیاج این‌گونه برخورد می‌کنیم چرا که حضرتعالی را نمی‌شود کنار گذاشت پس چرا او و طیف آقا مهدی [هاشمی] از دهان حضرتعالی مسائلشان را حل نکنند؟» به هر حال آیت الله منتظری با تصمیم مجلس خبرگان به عنوان مصداق ولی فقیه پس از امام تعیین می‏شود و این اتفاق علیرغم نظر حضرت امام و با پافشاری هاشمی رفسنجانی که برخلاف بسیاری دیگر از مسئولین وقت از نظر صریح امام دراین‌باره اطلاع داشت، به وقوع می‌پیوندد و از این زمان، دوره جدیدی در تاریخ جمهوری اسلامی آغاز شد.  اگرچه بنیانگذار کبیر انقلاب در نامه عزل آیت الله منتظری صراحتاً از مخالفت 4 سال قبل خود در انتخاب ایشان به عنوان قائم مقامی رهبری پرده بر می‌دارد لکن دقیقاً 2 روز پس از آن نامه تاریخی و در 8 فروردین‌ماه 68، طی آخرین نامه مکتوب خویش به آیت الله منتظری از علت سکوت خویش پس از تصمیم مجلس خبرگان نیز چنین می‌فرماید: «هم شما و هم من، از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم... ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند و من نمی‌خواستم در محدوده قانونی آن‌ها دخالت کنم» 
مروری گذرا بر مواضع و عملکردهای آیت‏الله منتظری به خصوص در چند ماه پیش از برکناری، به خوبی نشان می‏دهد که تا چه میزان تحت تأثیر القائات نادرست و بر اساس تحلیل‌ها و اخبار مغرضانه اطرافیان ناصالح و بی‌توجهی به توضیحات علاقمندان به انقلاب و ایشان، از خط امام (ره) و انقلاب فاصله گرفتند. گذشته از عوامل شخصیتی و روان‌شناختی باید به مواضع و رویکردهای آیت‏الله منتظری نسبت به انقلاب، نظام و امام (ره) اشاره کرد. آیت‏الله منتظری که خود به نوعی «همه‌کاره» و نفر «دوم انقلاب» بود، مواضعی منفی علیه تمامیت نظام، آرمان‌ها و ارزش‌های اصیل آن و بالأخص رهبری، اتخاذ کرد که به عزل وی از «قائم‌مقام رهبری» و «مخالفت او با نظام» منجر شد.   این مواضع عبارتند از: - تضعیف نهادهای انقلاب اسلامی برآمده از بطن مردم و مواضع ارزش‌های نظام. - تضعیف دادگاه‌های انقلابی و زیر سؤال بردن احکام صادره توسط مراجع قضایی به خصوص در رفتار با گروهک‌های محارب، معاند و برانداز. - انتقاد مستمر از نیروهای ارتشی و انقلاب و نزدیکی و همفکری و غالباً حمایت از لیبرال‌ها و ملی‌گراییان. - ساختارشکنی و حرمت‌شکنی در نادیده انگاشتن فصل الخطاب بودن رهنمودها و دیدگاه‌های رهبری و غالباً نوعی صف آرایی و رودررویی در برابر امام خمینی (ره). - حمایت بی‌حد و حصر از باند تبهکار و جنایتکار مهدی هاشمی به رغم تذکرات اکید امام خمینی (ره) و مقامات ذی‌صلاح. - تضعیف سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در کوران دفاع مقدس و تن دادن به القائات مهدی هاشمی در این خصوص. - تلاش برای خوب جلوه دادن شرایط حاکم بر جامعه در زمان رژیم شاه در مقایسه با شرایط بعد از انقلاب - تضعیف شعارهای اساسی انقلاب و متهم کردن نظام جمهوری اسلامی به اتهاماتی نظیر سلب آزادی از مردم، لجبازی مسئولان و ...   برخی اظهارنظرهای آیت‏الله منتظری  آیت‏الله منتظری که به عنوان عالمی باسابقه مبارزاتی و روحیه انقلابی، پشتوانه محکمی برای نهادها و نیروهای انقلابی در برخورد با گروهک‌ها، لیبرال‌ها، دشمنان خارجی و داخلی بود، کارشان به جایی رسید که همه عملکردها و مواضع اصولی مسئولان نظام جمهوری اسلامی ایران از جمله برخورد با منافقین و گروهک‌های ضد انقلاب، جنگ تحمیلی، برخورد با جهان استکبار و مستکبرین را زیر سؤال برد:   آیت‏الله منتظری در یکی از مصاحبه‌های خود در بهمن‏ماه سال 1367 می‌گوید: «متأسفانه ما به جای عمل و حفظ ارزش‌ها، شعار دادیم و به جای بها دادن به مردم و حفظ آنان در صحنه، روزبه‌روز نیروی عاقل و فعال آنان را ناراضی و منزوی از صحنه کنار زدیم. قهراً کارمان به جایی رسید که برای حفظ خود، ناچار باید در عمل برخلاف شعارهای اولیه خود قدم برداریم و همه ارزش‌ها را فراموش کنیم.»   پس از اعدام سید مهدی هاشمی در مهرماه 1366، آیت الله منتظری کاملاً در جبهه مقابل حضرت امام قرار می‌گیرد و تحت تأثیر شدید بیت خود خصوصاً هادی هاشمی و اقدامات آنان کاملاً از نظام منقطع شده و روزبه‌روز به منافقین و لیبرال‌ها بیشتر متمایل می‌شود. به عنوان نمونه در سخنرانی روز 22 بهمن سال 1367 این‌گونه می‌گوید: «خیلی جاها گوش به حرف ندادیم، افراد عاقل تذکر دادند و در روزنامه‌ها و جراید، اعلامیه‌ها، از داخل و خارج راهنمایی و وساطت می‌کردند، اما ما قبول نمی‌کردیم. حالت لجبازی و گوش نکردن به نصیحت‌ها، خودمحوری‌ها، کنار زدن نیروهای فعال و منزوی کردن افراد دلسوز به ضرر انقلاب بوده است. بیاییم حساب کنیم آن نیروها، هماهنگی‌ها، وحدت، ایثار و فداکاری‌ها چه شده است؟ آیا در طول جنگ تحمیلی توانستیم خوب عمل کنیم یا دشمنان ما که این جنگ را تحمل کردند، پیروز از کار در آمدند؟ حساب کنیم چقدر نیرو از ایران ما از دست رفت و جوان‌ها مثل قرص ماه شهید شدند، چه شهرهایی از ما خراب شد، این‌ها را حساب کنیم بعد ببینیم اگر اشتباهی کرده‌ایم توبه کنیم. چقدر در این مدت شعارهایی دادیم که غلط بود و خیلی از آن‌ها ما را در دنیا منزوی کرد و مردم دنیا را نسبت به ما بدبین نمود. باید بفهمیم اشتباه کرده‌ایم. خیلی جاها لجبازی کردیم و شعارهایی دادیم و دنیا را از خود ترساندیم، جهانیان خیال کردند در ایران کار ما کشتن مردم است. یکی از خواسته‌های ما آزادی بود، اما نه به معنای فساد و فحشا، به این معنی که اگر کسی انتقاد دارد بکند تا کسی حرف زد نباید برای او پرونده‌سازی کرد... زندان پر کردن دردی را دوا نمی‌کند، فکر غلط را نمی‌توان زندانی کرد.» 
فارغ از سکوت 4 ساله امام خمینی (ره) از آغاز دوره قائم مقامی آیت الله منتظری (تیرماه 64) تا عزل وی (فروردین 68)، آنچه که جالب توجه به نظر می‌رسد، توجه به مقاطعی است که طی هر کدام از آن‌ها حضرت امام همواره سعی داشته‌اند تا با تذکرات غیرمستقیم، حساب آیت الله منتظری را با اقدامات مهدی هاشمی (برادر داماد آقای منتظری) جدا نموده و همواره با تذکرات خویش، راه را جهت بازگشت و اصلاح مواضع ایشان باز بگذارند. در مشهورترین این موارد می‌توان به پیام امام به نمایندگان نخستین دوره مجلس خبرگان رهبری در سال 62 اشاره داشت که اگرچه در آن زمان هنوز تصمیم مجلس خبرگان نسبت به انتخاب آیت الله منتظری به عنوان جانشین عالی ترین مقام جمهوری اسلامی ایران جنبه رسمی به خود نگرفته بود، اما با توجه به شرایط آن دوره و هم چنین افکار عمومی که بیش از همه شانس آیت منتظری را در این زمینه تقویت می‌کرد، رهبر انقلاب اسلامی در پیامی معنادار خطاب به مجلس خبرگان چنین می‌نویسند: «باید بدانید که تبهکاران و جنایت پیشگان، بیش از هرکس چشم طمع به شما دوخته‌اند و اشخاص منحرف نفوذی در بیوت شما، با چهره‌های صد در صد اسلامی و انقلابی ممکن است خدای نخواسته فاجعه به بار آورند و با یک عمل انحرافی نظام را به انحراف کشانند و با دست شما، به اسلام و جمهوری اسلامی سیلی زنند. الله الله در انتخاب اصحاب خود ...» و امروز پس از گذشت سال‏ها از پیام تاریخی امام عظیم الشان، ناظران سیاسی بیش از هر زمان دیگر بر این واقعیت صحه می‌گذارند که مخاطب اصلی امام (ره) در آن زمان کسی جز آیت الله منتظری نبوده و ایشان از همان زمان خطر مهدی هاشمی و آنچه که بعدها به واسط اقدامات وی و اطرافیانش به "باند مهدی هاشمی" مشهور شد را گوشزد نموده بودند. از آنجا که انعکاس اظهارنظرها و مواضع تند آیت الله منتظری، می‌توانست چنین القاء کند که جمهوری اسلامی ایران از مواضع اصولی خود عدول کرده و نیز در جنگ تحمیلی ـ که هدف دشمن نابودی انقلاب اسلامی بود ـ شکست خورده است، باعث سلب اعتماد مردم و سستی نظام جمهوری اسلامی ایران می‌شد؛ بار دیگر امام راحل، خروش برآوردند و به این‌گونه اظهارنظرها و سخنان به شدت انتقاد کرده، آن‌ها را رد کردند.   پیام مهم امام (ره) خطاب به حوزه‌ها و روحانیت حضرت امام (ره) در پیام بسیار مهم خود در تاریخ 3 اسفند 1367 که خطاب به حوزه‌ها و روحانیت صادر فرمودند، اظهار کردند: «چه کوته‌نظرند آن‌هایی که خیال می‌کنند چون ما در جبهه به آرمان نهایی نرسیده‌ایم، پس شهادت، رشادت و ایثار و از خود گذشتگی و صلابت بی‌فایده است، درحالی‌که صدای اسلام‌خواهی آفریقا از جنگ هشت ساله ما است؛ علاقه به اسلام‌شناسی مردم در آمریکا و اروپا و آسیا و آفریقا یعنی در کل جهان از جنگ هشت ساله ما است. من در اینجا از مادران و پدران و خواهران و همسران و فرزندان شهدا و جانبازان به خاطر تحلیل‌های غلط این روزها رسماً معذرت می‌خواهم و از خداوند می‌خواهم مرا در کنار شهدای جنگ تحمیلی بپذیرد. ما در جنگ برای یک لحظه هم نادم و پشیمان از عملکرد خود نیستیم؛ راستی مگر فراموش کرده‌ایم که ما برای ادای تکلیف جنگیده‌ایم و نتیجه فرع آن بوده است. ملت ما تا آن روز که احساس کرد توان و تکلیف جنگ دارد به وظیفه خود عمل نموده و خوشا به حال آنان که تا لحظه آخر هم تردید ننمودند، آن ساعتی هم که مصلحت بقاء انقلاب را در قبول قطعنامه دید و گردن نهاد باز به وظیفه خود عمل کرده است. آیا از اینکه به وظیفه خود عمل کرده است نگران باشد؟ نباید برای رضایت چند لیبرال خودفروخته در اظهارنظرها و ابراز عقیده‌ها به گونه‌ای غلط عمل کنیم که حزب‌الله عزیز احساس کند جمهوری اسلامی دارد از مواضع اصولی‏اش عدول می‌کند. تحلیل این مطلب که جمهوری اسلامی ایران چیزی به دست نیاورده و یا ناموفق بوده است، آیا جز به سستی نظام و سلب اعتماد مردم منجر نمی‌شود؟ تأخیر در رسیدن به همه اهداف دلیل نمی‌شود که ما از اصول خود عدول کنیم، همه ما مأمور به ادای تکلیف و وظیفه‌ایم نه مأمور به نتیجه؛ اگر همه انبیا و معصومین (ع) در زمان و مکان خود مکلف به نتیجه بودند، هرگز نمی‌بایست از فضای بیشتر از توانایی عمل خود فراتر بروند و سخن بگویند و از اهداف کلی و بلندمدتی که هرگز در حیات ظاهری آنان جامه عمل نپوشیده است، ذکری به میان آوردند.  درحالی‌که به لطف خداوند بزرگ، ملت ما توانسته است در اکثر زمینه‌هایی که شعار داده است به موفقیت نایل شود. ما شعار سرنگونی رژیم شاه را در عمل نظاره کرده‌ایم، ما شعار آزادی و استقلال را به عمل خود زینت بخشیده‌ایم، ما شعار مرگ بر آمریکا را در عمل جوانان پر شور و قهرمان و مسلمان در تسخیر لانه فساد و جاسوسی آمریکا تماشا کرده‌ایم، ما همه شعارهایمان را با عمل محک زده‌ایم.» (صحیفه امام، ج 21، ص 273) در آخرین روزهای سال 1367 امام راحل دستور عدم انتشار مطالب آیت الله منتظری در رسانه‌ها یا صدا و سیما را صادر می‌کنند. (سنجه انصاف، ص 269)   پیام امام (ره) خطاب به مهاجرین جنگ تحمیلی تنها 4 روز قبل از انتشار نامه رسمی امام خمینی (ره) خطاب به آیت الله منتظری پیرامون عزل وی، معظم له در تاریخ 2 فروردین‌ماه سال 1368 در پیام خویش خطاب به مهاجرین جنگ تحمیلی نکات مهمی را مورد اشاره قراردادند که با توجه به اوضاع آن روز کشور، تفسیر آن کاملاً عیان و آشکار بود. امام عظیم الشان در قسمتی از پیام خویش صراحتاً ابراز می‌دارند: «نفوذی‌ها بارها اعلام کرده‌اند ‌که حرف خود را ‌از دهان ساده‌اندیشان موجه می‌زنند. من بارها اعلام کرده‌ام ‌که با هیچ کس در هر مرتبه‌ای ‌که باشد عقد اخوت نبسته‌ام. چهارچوب دوستی من در درستی راه هر فرد نهفته ‌است. دفاع ‌از اسلام و حزب الله اصل خدشه‌ناپذیر سیاست جمهوری اسلا‌می ‌است» و در ادامه نیز با توجه به موضع‌گیری‌های عجیب آیت الله منتظری در محکومیت اعدام منافقینی که دستانشان به خون هزاران مسلمان بی گناه آلوده بود می‌فرمایند: «ما باید مدافع افرادی باشیم ‌که منافقین سرهاشان را در مقابل زنان و فرزندانشان در سر سفره افطار گوش تا گوش بریدند. ما باید دشمن سرسخت کسانی باشیم ‌که پرونده‌های همکاری آنان با آمریکا ‌از لا‌نه جاسوسی بیرون آمد. ما باید تمام عشقمان به خدا باشد نه تاریخ. کسانی ‌که ‌از منافقین و لیبرال‌ها دفاع می‌کنند، پیش ملت عزیز و شهید داده ما راهی ندارند. اگر ایادی بیگانه و ناآگاهان گول‌خورده ‌که بدون توجه بلندگوی دیگران شده‌اند، ‌از ‌این حرکات دست برندارند، ‌مردم ما آن‌ها را بدون هیچ‌گونه گذشتی طرد خواهند کرد»   انتشار این پیام به روشنی نشان می‏داد که امام تصمیم دارد به زودی آیت الله منتظری را از قائم مقامی رهبری برکنار کند. آیت الله منتظری خود در این باره می گوید:  «من وقتی این قبیل نامه ها و لحن تند امام را دیدم، فهمیدم به زودی تصمیماتی درباره من گرفته خواهد شد و برای اینکه بعضی شبهات را از ذهن امام برطرف کرده باشم و چنان که امام تصمیمی دارند این کار را راحت انجام دهند، دو نامه برای امام نوشتم. یکی به تاریخ 3/1 و دیگری 68/1/4 که همانطور که گفتم نامه اول را آقای قاضی خرم آبادی مانع شد بفرستم و فقط نامه دوم را برای بیت امام ارسال کردم.» (با استناد به کتاب خاطرات آیت الله منتظری ص 671 و 672)  
خیزش مردم مسلمان در کشورهای جنوب غربی آسیا و شمال آفریقا از سال‌ از 2010 و اتفاقات رخ داده در کشورهایی چون بحرین، بهترین پاسخ به کسانی بود که خاستگاه قیام‌های منطقه را، "اسلامی" نمی‌دانستند. اینکه در مقابله با قیام مردم بحرین، "مساجد" تخریب و به آتش کشیده شد، تنها یک پیام داشت و آن هم اینکه این قیام‌ها منشائی جز "اسلام" نداشت و همان طور که پیش از آن در اردن و تونس و مصر و لیبی و یمن و ... پس از برگزاری هر نماز جمعه، موج جدید تظاهرات آغاز می‏شد، همه این اتفاق‌ها به راحتی نشان می‌داد که نه شروع این تحولات با مدیریت و اراده آمریکا بوده است و نه خاستگاهی غیر اسلام و عدالت‌خواهی و استکبارستیزی داشته است.  هر چند این به معنای نفی مطلق تلاش گروه‌های سکولار و ... در این کشورها جهت مبارزه با رژیم‌های وقت نیست، کما اینکه در ایران قبل از 1357 نیز هم نهضت آزادی و جبهه ملی در مبارزات نقش داشتند و هم مجاهدین و فداییان خلق. لکن "محور اصلی و تأثیرگذار" همه این انقلاب‌ها یکسان است و آن جز "اسلام" نیست. همه آنچه که امروز از آن به عنوان "صدور انقلاب" یاد می‌شود، یادآور تفاوت بینش امام راحل (ره) و مرحوم منتظری در سال 67 است. زمستان 1367 و در دهمین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی در 22 بهمن، مرحوم منتظری سخنانی ایراد می‌کند و طی آن سخنان دشمنانی که جنگ 8 ساله نابرابری را به ملت ایران تحمیل کرده بودند را پیروز حقیقی جنگ می‌داند! (با استناد به روزنامه کیهان، 23 بهمن 67) اما نکته جالب‌توجه در این بین، پاسخ قاطعی است که امام خمینی (ره) دقیقاً 11 روز پس از صحبت‌های آیت الله منتظری، در سوم اسفندماه و در پیام "منشور روحانیت" اعلام نمودند، جملاتی که شاید آن روز فقط حکم پاسخ به اظهارات یک نفر به نام حسینعلی منتظری را داشت، اما گذر تاریخ نشان داد فراتر از این‌هاست و آینده تحولات جهان را ترسیم می‌کند: «ما انقلابمان را در جنگ به جهان صادر نموده‏ایم، ما مظلومیت خویش و ستم متجاوزان را در جنگ ثابت نموده‏ایم ... ما در جنگ ابهت دو ابرقدرت شرق و غرب را شکستیم، ما در جنگ ریشه‏هاى انقلاب پر بار اسلامى‏مان را محکم کردیم ... ما در جنگ به مردم جهان و خصوصاً مردم منطقه نشان دادیم که علیه تمامى قدرت‌ها و ابرقدرت‌ها سالیان سال مى‏توان مبارزه کرد، جنگ ما کمک به افغانستان را به دنبال داشت، جنگ ما فتح فلسطین را به دنبال خواهد داشت، جنگ ما موجب شد که تمامى سردمداران نظام‌های فاسد در مقابل اسلام احساس ذلت کنند ... استمرار روح اسلام انقلابى در پرتو جنگ تحقق یافت همه این‌ها از برکت خون‌های پاک شهداى عزیز هشت سال نبرد بود...» واقعیاتی که کمتر از 22 سال فرصت نیاز داشت تا خود را بهتر نشان دهد.  
فارغ از جنایات مهدی هاشمی و عوامل وی، دقت در نوع رفتار آیت الله منتظری پس از اعدام مهدی هاشمی و از آن مهم‌تر زیر ذره‌بین قرار دادن مدل رفتار حضرت امام (ره) با آیت الله منتظری از تاریخ اعدام مهدی هاشمی (مهرماه 66) الی فروردین‌ماه 68 که رسماً آیت الله منتظری از منصب خویش عزل می‌شود، بسیار جالب توجه و خواندنی است.   تلاش یاران امام و انقلاب برای حفظ آیت الله منتظری پس از انتخاب آیت الله منتظری به عنوان قائم مقام رهبری توسط مجلس خبرگان، "آیت‌الله مشکینی" رئیس وقت مجلس خبرگان ضمن نامه‏ای به وی در تاریخ 1 مهرماه سال 1364، درباره نگرانی نمایندگان مجلس خبرگان از اطرافیان او چنین می نویسد: «... نظر اغلب دوستان برای روز مبادا شمایید. لکن با یک نگرانی خاص از ناحیه بیت و بعضی حواشی آن جناب. پیوسته از دوستان صمیمی‌تان اظهار ناراحتی می شنوم، حتی در مجلس نیز مطرح شد و بی سروصدا گذشت و قبلا هم پس از سمینار ائمه جمعه، برخی به حقیر می گفتند به حضورتان گفته شود و اینان از دوستان مخلص آن جناب‌اند و شما را برای اسلام می دانند و راضی نیستند شخصی که از آن عموم است، در قبضه خصوص باشد...»   آیت الله ری‌ شهری، وزیر اطلاعات وقت در کتاب سنجه انصاف می‌نویسد: «نخستین بار که موضوع مهدی هاشمی را با آقای منتظری مطرح کردم، روزهای پایانی سال 1364 بود. در ملاقاتی که در اتاق مطالعه ایشان برگزار شد، تلاش کردم ماجرای مهدی هاشمی را به میان کشیده و با ایشان دراین‌باره گفتگو کنم. خلاصه کلام این بود: ارتباط مهدی هاشمی و همکاران او با بیت شما در شرایطی که همه مسئولان و دوستان و خطوط سیاسی وفادار به انقلاب با آنان مخالفت می‌کنند، ممکن است چندان به مصلحت شما نباشد. جناح‌های سیاسی موجود، دفتر تبلیغات، جامعه مدرسین و... حتی آقای هاشمی رفسنجانی نیز به این رابطه خوش بین نیستند...» منتظری پرسید: «آقای هاشمی هم؟» پاسخ دادم: «آری» ایشان بسیار محکم گفت: «همه آن‌ها بیخود می‌گویند. من به او اطمینان دارم. من او را از کودکی می‌شناسم. با ما هم پیاله بود و با محمد ما بود و از شما چه پنهان که من، به این‌ها کمک می‌کنم تا سلاح بخرند.» ادامه بحث را مصلحت ندانستم. حتی در موقع خداحافظی گفتند: «شما هم شک نکن و به او اعتماد داشته باش!» واقعاً عجیب بود. حضرت امام هیچ کس را به طور مطلق تایید نمی‌کند. چگونه آقای منتظری چنین بی‌حد و مرز و به نحو مطلق، مهدی هاشمی را تأیید می‌نماید؟ آن هم در مقابل مخالفت تقریباً تمامی یاران اصیل انقلاب؟! حضرت امام از سپاه می‌خواهند که مهدی هاشمی را به عنوان مظنون تحت نظر قرار دهند و آقای منتظری از من می‌خواهند به او اعتماد کنم!»   آیت الله ری‌ شهری در ادامه می‌نویسد: «در اوایل سال 65 اوراقی بر ضد یکی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی پخش شد. تحقیقات انجام شده نشان می‌داد که مهدی هاشمی، پیش از پیروزی انقلاب، گزارش‌هایی بر ضد وی به ساواک داده است. برای روشن شدن موضوع پرونده مهدی هاشمی را از اداره کل اطلاعات اصفهان خواستم. با ملاحظه پرونده مهدی هاشمی به مطلب مهم‌تری رسیدم و آن اینکه نقش وی در قتل مرحوم آقای شمس آبادی قطعی است. علاوه بر این، او با ساواک رژیم شاه همکاری داشته است... مطمئن بودم اگر آقای منتظری بفهمد که مهدی هاشمی در قتل مرحوم شمس آبادی نقش و با ساواک همکاری داشته، متأثر می‌شود و لااقل دست از حمایت وی بر خواهد داشت. با این تصور خام، به ملاقات آقای منتظری رفتم و رونوشت بخشی از اسناد موجود در پرونده مهدی هاشمی را در اختیار ایشان گذاشتم؛ اما با کمال تعجب، نه تنها تأثیری در ایشان مشاهده نکردم، بلکه دیدم ایشان همکاری وی را با ساواک به دلیل اینکه تحت فشار بوده، توجیه می‌کند... ایشان اسناد یاد شده را نزد خود نگه داشت. نکته قابل‌توجه اینکه من از ایشان تقاضا کردم اسناد مذکور را در اختیار مهدی هاشمی قرار ندهد، ولی بعدها معلوم شد که در اختیار وی قرار گرفته است.»   هشدار امام (ره) به آیت الله منتظری توسط امام جمعه اصفهان آیت الله جلال الدین طاهری امام جمعه وقت اصفهان در این باره می‌گوید: «حدود چهار ماه قبل از دستگیری مهدی هاشمی، به خدمت حضرت امام رسیدم و با تأکید ایشان، روی نیمکتی که خودشان می‌نشستند، در کنار ایشان نشستم و مطالب خود را گفتم. خواستم دست ایشان را ببوسم و خداحافظی کنم که ایشان بدون مقدمه فرمودند: «آقای طاهری! دریابید آقای منتظری را؛ این وظیفه شماست.» احساس سنگینی از شنیدن کلمه "وظیفه" مرا به نشستن واداشت. عرض کردم: «وظیفه ما چیست؟» امام فرمودند: «بروید و با ایشان صحبت کنید و بگویید من روی شما سرمایه گذاری کرده‌ام. اگر می‌بینید که روحانیون در مقابل شما نمی‌ایستند، به این دلیل است که من هستم و اگر روزی من نباشم، آن‌ها در مقابل شما خواهند ایستاد. لذا شما نباید ضعفی داشته باشید و این مهدی هاشمی بهانه ای است دست آن‌ها. اینکه شما بگویید من چهار ماه است او را ندیده‌ام و یا فرستاده‌ام از قول من دعوایش کرده‌اند، کفایت نمی‌کند. شما باید اعلامیه بدهید که مهدی هاشمی با من هیچ ارتباطی ندارد و کارهایش مورد تأیید من نیست و رفت‌وآمد او را به بیت خودتان ممنوع کنید.»   به ملاقات آقای منتظری رفتم. هادی هاشمی هم حضور داشت. قدری صحبت کردیم تا او برود. او کماکان نشسته بود. به آقای منتظری گفتم: «پیغامی برای شما دارم.» گفت: «بگو» گفتم: «محرمانه است.» هادی هاشمی خارج شد و من مطلب را مطرح کردم. آقای منتظری گفت: «خب، حالا تا ببینم». گفتم: «آقا! این امر ولی فقیه است. مگر شما خودتان ولایت فقیه را قبول ندارید و مگر آن را تدریس نکرده‌اید؟! و...»» نکته‌ای که وجود دارد، این است که این سخنان امام، قبل از کشف خانه تیمی متعلق به مهدی هاشمی و پیش از مشخص شدن قطعی نقش وی در قتل مرحوم آیت‌الله شمس آبادی و دیگران بوده است.   نامه آیت الله منتظری خطاب به امام راحل در دفاع از مهدی هاشمی آیت الله منتظری در یکی از آخرین تلاش های خویش جهت تغییر نظر امام راحل پیرامون اجرای حکم اعدام مهدی هاشمی، در پیامی مکتوب که خطاب به امام بزرگوار در تاریخ 5 مهرماه 66 نگاشته بود، با لحنی دور از انتظار می‌نویسد: «- سید مهدی هرچه بود و شد، بالأخره بیست سال سنگ اسلام و انقلاب و امام را به سینه زد. - او از خیلی از کسانی که مورد عفو امام قرارگرفته‌اند بدتر نیست و مادر پیر او و زن و فرزندان خردسال او مورد ترحم اند و خانواده و بیت آنان مورد احترام است. - او نه مرتد است و نه محارب و نه مفسد و بالأخره به انقلاب و اسلام، اعتقاد کامل دارد، هرچند در سلیقه خطاکار باشد و هست. - او هنوز طرفداران زیادی از حزب‌اللهی‌ها و جبهه بروها و افراد انقلابی دارد و اعدام او در روح آنان اثر بد باقی می‌گذارد. - اعدام او سبب می‌شود در شهرهای مختلف، افراد خوب را به اتهام ارتباط با او خراب و منزوی سازند و قطعاً حضرت عالی به این امر راضی نیستید. - اعدام او پیروزی بزرگی برای دشمنان و سوژه طلبان می‌باشد. و بالاخره آنچه گفته شد، نه به خاطر علاقه شخصی است – که من فعلا هیچ علاقه شخصی ندارم – بلکه فقط از نظر مصالح اسلام و آینده انقلاب است و اینکه اعدام و خونریزی بالأخره بسا کدورت و خون در پی دارد. اعدام همیشه میسر است؛ ولی کشته را نمی‌شود زنده کرد.» مطالعه این پیام اگرچه ممکن است ابتدا کمی تعجب آور باشد، آن هم از این جهت که چطور مسایل ساده‌ای را که آیت الله منتظری در این جا مطرح نموده از چشم امام خمینی (ره) غافل مانده بوده است!   پاسخ مرحوم حاج احمد خمینی به ادعاهای آیت الله منتظری پاسخ مرحوم سید احمد خمینی فرزند بزرگوار امام راحل در رنجنامه معروف خویش به آیت الله منتظری به خوبی روشن کننده ابهاماتی است که مرحوم منتظری سعی در روشن کردن آن برای امام راحل داشت. مرحوم سید احمد در قسمتی از رنجنامه معروف خویش و در پاسخ به ادعاهای آیت الله منتظری در این رابطه می‌نویسد: «شما در نامه‌ای به حضرت امام که در تاریخ 4 مهرماه 66 نوشته شده است یعنی چند روز قبل از اعدام مهدی هاشمی، مسائلی را آورده‌اید که باور نمی‌کردم و باعث تعجب شد. در این نامه آورده‌اید:«او از خیلی از کسانی که مورد عفو امام قرارگرفته‌اند بدتر نیست. مادر پیر و زن و فرزندان خردسال او مورد ترحمند و خانواده و بیت آنان مورد احترام است.» اکنون نامه مهدی هاشمی را هم ملاحظه فرمایید، او می‌گوید: «اکنون و با گذشت قریب به یک سال من به وضوح انحراف و لغزش را در عملکرد خود و دوستان متهم در پرونده می‌بینم و به درایت و هوشیاری مقام معظم رهبری انقلاب، حضرت امام خمینی مدظله‌العالی آفرین گفته که پیش از رشد و توسعه خطر با قاطعیت از آن جلوگیری فرمودند؛ و اطمینان دارم حضرتعالی نیز چنانچه در شرایط حضرت امام و سایر مسئولین محترم کشور قرار می‌داشتید و بیرون از حصار روابط و عواطف ما و دوستانمان به قضیه می‌نگریستید به همان نتیجه می‌رسیدید که مقام معظم رهبری رسیدند.» مهدی هاشمی در صفحه 18 پرونده خود می‌گوید: «یکی از گناهان من این بود که نقاط ضعف فکری و عملی خود را که از قبل و بعد از انقلاب داشتم با حضرت آیت الله منتظری مطرح نساختم تا یا زمینه اصلاح آن فراهم شود و یا حداقل آقا این همه به من اعتماد نکنند بلکه به عکس در هر مسئله‌ای من سعی می‌کردم در حضور ایشان خود را مظلوم جلوه داده و ترحم و حمایت ایشان را به خود جلب کنم.»»   شدت گرفتن مواضع تند آیت الله منتظری بعد از اعدام مهدی هاشمی روند مواضع تند آیت الله منتظری پس از اعدام مهدی هاشمی نه تنها کاهش نیافت که روزبه‌روز فزونی گرفت. به گونه‌ای که در تمامی این موارد نیز امام بزرگوار تمامی تلخی‌ها و مواضع متعصبانه آیت الله منتظری را تحمل نمود و با صبر خویش سعی در پایان دادن به رفتارهای آیت الله منتظری را داشت. این وضعیت حتی تا آنجا ادامه پیدا می‌کند که خود آیت الله منتظری نیز در قسمتی از خاطرات خویش ناخواسته بر صبر امام (ره) و سعی ایشان در پایان دادن به این موضوع ناخواسته چنین اشاره می‌کند: «به دعوت آقای حاج سید احمد خمینی در تاریخ 27 مهرماه 67 آقای سید هادی هاشمی (داماد آیت الله منتظری) با مرحوم امام ملاقات می‌کند و معظم له پس از تعارفات متداوله ... می‌فرمایند: ... آقای منتظری برای مرجعیت باید حفظ شوند و صدمه‌ای به ایشان وارد نشود. من احساس می‌کنم دست‌هایی در غیر معممین نظیر نهضت آزادی و بیشتر در معممین هست که می‌خواهند مرجعیت آقای منتظری صدمه بخورد و ایشان ملکوک شوند و باید نگذاشت این‌ها چنین کاری بکنند... افرادی هستند که حسادت می‌ورزند و روی آقای منتظری و مرجعیت ایشان حساسیت دارند. شما (هادی هاشمی) در بیت آقای منتظری هستید. باید نگذارید این‌گونه افراد به مرجعیت ایشان صدمه‌ای بزنند و موجب ناراحتی بشوند، چرا که شکی نیست این‌گونه افراد به آینده ایشان صدمه می‌زنند» (خاطرات آیت الله منتظری، ص 619)    تذکرات مکرر امام به آیت الله منتظری و بیت وی به منظور عدم دفع ایشان مرور این قسمت از خاطرات آیت الله منتظری و جملات امام در دیدار با هادی هاشمی که از نزدیک‌ترین افراد در بیت آیت الله منتظری بود، بیش از هر چیز گواهی می‌دهد که امام راحل حتی پس از رفتارهای تند آیت الله منتظری در حمایت از مهدی هاشمی، همچنان سعی بر عدم دفع ایشان داشته و بار دیگر با تذکرات خویش اما این بار خطاب به هادی هاشمی، خطر نفوذی‌های به بیت آیت الله منتظری را گوشزد می‌نمایند؛ اما متأسفانه تنها کمتر از 4 ماه از این دیدار می‌گذرد که آیت الله منتظری یکی دیگر از بزرگ‌ترین اشتباهات حیات سیاسی خویش را مرتکب می‌شود. وی که در دهمین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی در 22 بهمن‌ماه 67 سخن می‌گفت، با مواضع عجیب خود، بیش از هر چیز مؤید دیگری بر هشدارهای امام نسبت به خطر نفوذی‌های بیت آیت الله منتظری و تأثیر پذیری وی از آن‌ها گشت. قائم مقام رهبری در قسمتی از سخنان خویش که هم اکنون نیز با مراجعه به روزنامه کیهان 23 بهمن‌ماه 67 قابل رؤیت است و مشخص نیست چرا در خاطرات خود آیت الله منتظری ثبت نشده است! می‌گوید: «دشمنان ما که این جنگ را تحمیل کردند، آن‌ها پیروز از کار آمدند! چقدر نیرو از ایران و از دست ما رفت و چقدر جوانهای را از دست دادیم ...» و دقیقاً پس از این اتفاق تلخ است که حضرت امام دستور عدم انتشار و بازتاب سخنان آیت الله منتظری را در صدا و سیما می‌دهند زیرا با توجه به اوضاع وقت کشور، مواضع آیت الله منتظری حاصلی جز ایجاد یأس و ناامیدی در ملتی که 8 سال ظاهراً با عراق اما فی‌الواقع با تمام جهان جنگیده بود، نداشت و همین امر موجب ناخرسندی و دل شکستگی بسیاری از خانواده‌های شهدای جنگ تحمیلی و هم چنین جانبازان سرافراز جنگ گشته بود؛ و البته در این میان باید به سوءاستفاده‌های رسانه‌های بیگانه از صحبت‌های نا به جای آیت الله منتظری نیز اشاره داشت.  
موضوع اعدام منافقین در تابستان سال 67 از جمله مواردی است که بسیاری از نزدیکان به آیت الله منتظری آن را تنها علت اختلاف بین وی و امام خمینی(ره) قلمداد می‌نمایند و سعی دارند تا با تمسک بدین موضوع، دیگر مسائلی را نیز که در طرد آیت الله منتظری از سوی حضرت امام(ره) نقش داشت، از جمله حمایت‌های متعصبانه آیت الله منتظری از مهدی هاشمی، مواضع خاص وی پیرامون مسایلی چون جنگ تحمیلی، انقلاب اسلامی و ... را کم اهمیت جلوه داده و حتی در مواقعی انکار نمایند. اما نکته شایان توجه در این میان این است که پس از عملیات ناموفق "فروغ جاویدان" از سوی سازمان مجاهدین خلق در تابستان سال 67 که با هدف آزادسازی تهران! و سرنگونی جمهوری اسلامی انجام شد، با اعترافات برخی از دستگیرشدگان مجاهدین خلق و هم چنین اسناد به دست آمده مشخص شد که در جلسات مربوط به چگونگی فتح تهران از سوی مجاهدین خلق و با حضور مسعود رجوی، رییس این گروهک تروریستی زندانی‌های سیاسی درون زندان به خصوص زندان‌های تهران را از نیروهای بالقوه منافقین برای سرنگونی نظام جمهوری اسلامی به حساب می‌آورده است (با استناد به کتاب "سازمان مجاهدین خلق، از پیدایی تا فرجام" ج 3 ص 312) و پس از این ماجراست که رهبر کبیر انقلاب در حکمی ضمن تاکید بر عدم اعدام افرادی که از موضع گذشته خود و محاربه با نظام اسلامی بازگشته‌اند، اعلام می‌دارند: «از آنجا که منافقین خائن به هیچ‌وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آن‌هاست و به اقرار سران آن‌ها از اسلام ارتداد پیداکرده‌اند، با توجه به محارب بودن آن‌ها و جنگ کلاسیک آن‌ها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاری‌های حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آن‌ها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات ناجوانمردانهٔ آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تا کنون، کسانی که در زندان‌های سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می‌کنند، محارب و محکوم به اعدام می‌باشند» اما دقیقاً مشخص نیست آیت الله منتظری به چه علت ضمن پافشاری بر موضع خود و محکوم کردن اعدام منافقینی که بر موضع خویش و محاربه با جمهوری اسلامی تاکید داشته‌اند، آشفته می‌شود و بر امام راحل و جمهوری اسلامی می‌تازد و حتی در اقدامی تأسف‌برانگیز دقیقاً یک روز قبل از نامه امام خمینی خطاب به آیت الله منتظری مبنی بر عزل ایشان، در تاریخ 5 فروردین‌ماه 67، متن نامه محرمانه آیت الله منتظری خطاب به امام (ره) که تقریباً 8 ماه قبل و در اعتراض به اعدام منافقین محارب با نظام اسلامی نگاشته شده بود، از طریق رادیو BBC قرائت می‌شود که قطعاً این اتفاق نیز در تسریع فرآیند عزل وی بی تأثیر نبود و این‌ها همه در حالی بود که برخی آگاهان سیاسی معتقدند آیت الله منتظری زمانی نسبت به وقوع اعدام‌ها حساس شد و اعتراض نمود که برخی از نزدیکان وی از جمله مهدی هاشمی و امید نجف‌آبادی (از اعضای باند مهدی هاشمی) نیز به تازگی اعدام‌شده بودند، وگرنه چطور می‌توان در برابر اعدام منافقین فریاد برآورد اما در برابر جنایات مخوف و آدم کشی‌های مهدی هاشمی سکوت پیشه کرد؟ قتل مهندس بحرینیان، کشتن وحشیانه حشمت و زنده‌به‌گور کردن 2 فرزند نوجوانش، قتل مهدی زاده و صفر زاده، قتل بی‌رحمانه آیت الله شمس‌آبادی و بسیاری دیگر که تنها علت کشته شدنشان توسط باند مهدی هاشمی، تفاوت دیدگاه با وی بود، چطور از دیدگاه آیت الله منتظری توجیه‌پذیر بود؟!   اقدام منافقین به جنگ علیه نظام اسلامی یکی از موضوعات نسبتاً مهمی که پس از قبول قطعنامه 598 سازمان ملل از سوی ایران در تاریخ 27 تیرماه سال 1367، پیش آمد، اقدام منافقین به جنگ علیه نظام و انقلاب در تاریخ 5 مرداد سال 1367 بود که در جریان عملیات مرصاد (فروغ جاویدان) با شکست مواجه شد.  پذیرش قطعنامه 598 از سوی ایران، عراق را در بن بست سیاسی و نظامی قرار داد و بر گروه‌ها و عناصر «اپوزیسیون» نیز شوک شدیدی وارد ساخت. در این میان، منافقین تنها گروهی که همه حیثیت و هستی خود را در گرو جنگ نهاده بودند، برای خروج از بن بست، توطئه‌ای که مأموریت اجرای آن را به عهده داشتند را به مرحله اجرا در آوردند.   شرح عملیات مرصاد منافقین در تحلیل‌های درون گروهی خویش، امکان قبول آتش بس از سوی ایران را ناممکن دانسته و باور داشتند که جمهوری اسلامی زمانی قطعنامه را می‌پذیرد که از جنبه‌های سیاسی، نظامی و اقتصادی به بن بست کامل رسیده باشد و تحت چنین شرایطی سقوط حتمی و قدرت به سازمان منتقل خواهد شد؛ بنابراین فرصت پیش‌آمده را زمان مناسبی دانسته و علی‌رغم آن که طرح حمله به ایران برای سالگرد جنگ تدارک دیده شده بود، زمان آن دو ماه به جلو انداخته شد. عراق به حمایت و پشتیبانی تسلیحاتی و هوایی از منافقین، نیروهای خود را از انجام دخالت مستقیم در ورود به عمق خاک ایران بر حذر داشت و ابتدا برای کاستن از حجم نیروهای خودی در غرب، اقدام به تک وسیعی در خرمشهر نمود و سپس با هجوم و آتش سنگین در منطقه سرپل و صالح‌آباد، این مناطق را تصرف کرده و راه ورود منافقین به داخل را هموار ساخت، عراق هم چنین، پس از ورود منافقین به داخل، جهت پشتیبانی در چندین نوبت، اقدام به بمباران هوایی خطوط و نیروهای ایرانی کرد و هلیکوپترهای نیرو بر عراق نیز، مرتباً به پشتیبانی منافقین مشغول بودند. هدف منافقین از حمله در عمق خاک ایران، با چندین  تانک برزیلی دجله، تسخیر چندین شهر و در آخر رسیدن به تهران و به دست گرفتن قدرت بود.   در این عملیات (فروغ جاویدان) منافقین با 25 تیپ شرکت داشتند و بدین ترتیب مجموعاً بین 4 تا 5 هزار نیروی عملیاتی وارد ایران شدند. مقارن ساعت 14:30 در تاریخ 67/5/3 منافقین و ارتش عراق عملیات مشترک خود را با هجوم زمینی از طریق سرپل ذهاب  و هلی برد از جنوب گردنه پاطاق (نزدیکی سرپل ذهاب) آغاز و به طرف شهر کرند غرب پیشروی کردند و حدود ساعت 18:30 اولین تانک‌های عراقی با آرم منافقین وارد شهر شدند و پس از تصرف شهر به طرف اسلام‌آباد غرب پیشروی کرده، به محض رسیدن به مدخل شهر، اقدام به قطع برق و ارتباط مخابراتی و هم چنین تیراندازی و آشفته نمودن اوضاع کردند. نیروهای خودی در فاصله 200 متری آنان در ارتفاعات  چهارزبر ضمن تشکیل خط پدافندی با آنان درگیر شده و بعدازظهر 4 مرداد با محاصره شهر اسلام‌آباد، به منظور انسداد عقبه و راه فرار، سه راه اسلام‌آباد –  کرند را قطع و آن‌ها را محاصره کردند. نیروهای اسلام در روز 5 مرداد عملیات  مرصاد را به رمز یا علی بن ابی‌طالب (ع) آغاز نمودند و طی چندین ساعت، صدها تن از منافقین را به هلاکت رسانده و مابقی را به فرار وا‌داشتند. در این عملیات، رزمندگان اسلام از قسمت سه راهی اهواز (پشت پمپ‌بنزین اسلام‌آباد) دشمن را دور زدند و تلفات زیادی به منافقین وارد کردند. در این عملیات بیش از 2500 تن از منافقین به هلاکت رسیدند و بیش از چهارصد دستگاه خودرو، نفربر و تانک آنان منهدم شد.   در جریان این اقدام خیانتکارانه منافقین، بسیاری از اعضای زندانی این سازمان در داخل کشور هم فعال بودند بدین صورت که طرح شورش از داخل زندان‌ها نیز تهیه شده بود و در صورتی که منافقین موفق می‌شدند برخی از شهرهای کشور را اشغال کنند، منافقین داخل زندان‌ها نیز شورش می‌کردند و به کمک دیگر منافقین می‏شتافتند. این طرح پس از شکست منافقین، کشف شد و به دنبال این ماجرا، حضرت امام یک تصمیم قاطع و انقلابی گرفت و با انتخاب یک هیئت سه نفره (دادستان، مسئول اطلاعات و مسئول زندان) دستور داد که نسبت به منافقین داخل زندان‌ها، تصمیم جدی گرفته شود بدین صورت که اگر به تشخیص این هیئت، افراد زندانی همچنان سر موضع ضد انقلابی خود هستند و پس از آزادی از زندان، دوباره به سازمان منافقین ملحق می‌شوند، فوراً اعدام شوند و در صورتی که توبه کرده و از گذشته خود پشیمان هستند، فوراً آزاد شوند.   متن نامه منسوب به حضرت امام در ارتباط با اعدام منافقانی که همچنان بر موضع خود اصرار می کنند: بسم ‏الله ‏الرحمن ‏الرحیم‏ از آنجا که منافقین خائن به هیچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه مى‏گویند از روى حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پیدا کرده‏اند، و با توجه به محارب ‏بودن آنها و جنگهاى کلاسیک آنها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاریهاى حزب بعث عراق و نیز جاسوسى آنان براى صدام علیه ملت مسلمان ما، و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانى و ضربات ناجوانمردانه آنان از ابتداى تشکیل نظام جمهورى اسلامى تاکنون، کسانى که در زندانهاى سراسر کشور بر سرموضع نفاق خود پافشارى کرده و مى‏کنند محارب و محکوم به اعدام مى‏باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با راى اکثریت آقایان حجه‏الاسلام نیرى دامت ‏افاضاته (قاضى شرع) و جناب آقاى اشراقى (دادستان تهران) و نماینده‏اى از وزارت اطلاعات مى‏باشد، اگر چه احتیاط در اجماع است، و همین طور در زندانهاى مراکز استان کشور راى اکثریت آقایان قاضى شرع، دادستان انقلاب و یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم‏الاتباع مى‏باشد، رحم بر محاربین ساده‏اندیشى است، قاطعیتاسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردیدناپذیر نظام اسلامى است، امیدوارم با خشم و کینه انقلابى خود نسبت به دشمنان اسلام رضایت خداوند متعال را جلب نمائید، آقایانى که تشخیص موضوع به عهده آنان است وسوسه و شک و تردید نکنند و سعى کنند [اشداء على الکفار] باشند. تردید در مسائل قضائى اسلام انقلابى نادیده ‏گرفتن خون پاک و مطهر شهدا مى‏باشد. والسلام. روح‏الله الموسوى الخمینى ‏   با صدور حکم امام در مورد منافقین و مرتدین از دین اسلام و دشمنان دین و جان مردم،‌ تردیدی در وضعیت نهایی برخی از اعضای منافقین که روزهای پایانی زندان خود را می‌گذراندند و اینکه وضعیت این افراد آیا با منافقین جدید دستگیر شده در نامه امام (ره) صدق می‌کند یا خیر ایجاد شد. این تردید تا آنجا پیش رفت که مرحوم سید احمد خمینی طی نامه‌ای از امام، در خصوص افراد یاد شده سوال کردند.    در پشت نامه مذکور به نقل از مرحوم حاج احمد خمینی نوشته بود: پدر بزرگوار حضرت امام مدظله ‏العالى‏ پس از عرض سلام، آیت ‏الله موسوى‏اردبیلى در مورد حکم اخیر حضرتعالى درباره منافقین ابهاماتى داشته‏ اند که تلفنى در سه سوال مطرح کردند: 1- آیا این حکم مربوط به آنهاست که در زندانها بوده‏ اند و محاکمه شده ‏اند و محکوم به اعدام گشته ‏اند ولى تغییر موضع نداده‏ اند و هنوز هم حکم در مورد آنها اجرا نشده است، یا آنهایى که حتى محاکمه هم نشده‏اند محکوم به اعدامند؟ 2- آیا منافقین که محکوم به زندان محدود شده‏ اند و مقدارى از زندانشان را هم کشیده ‏اند ولى بر سرموضع نفاق مى‏باشند محکوم به اعدام مى‏باشند؟ 3- در مورد رسیدگى به وضع منافقین آیا پرونده‏هاى منافقینى که در شهرستانهائى که خود استقلال قضائى دارند و تابع مرکز استان نیستند باید به مرکز استان ارسال گردد یا خود مى‏توانند مستقلا عمل کنند؟ فرزند شما، احمد   در پاسخ به این پرسش ذیل این نامه به نقل از حضرت امام نوشته شده بود: «بسمه ‏تعالى‏ در تمام موارد فوق هر کس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است، سریعا دشمنان اسلام را نابود کنید، در مورد رسیدگى به وضع پرونده‏ها در هر صورت که حکم سریعتر انجام گردد همان مورد نظر است. روح‌‏الله الموسوى»   اعتراض آیت الله منتظری به حکم امام(ره) مطابق این نظر امام(ره)، چند صد نفر از منافقین و وابستگان دیگر گروه های مسلح که همچنان به مشی مسلحانه علیه نظام اسلامی اعتقاد داشتند، اعدام شدند و صدها زندانی تواب نیز آزاد شده و به خانواده های خود پیوستند. این تصمیم حضرت امام به شدت مورد انتقاد و اعتراض آیت الله منتظری واقع شد. آیت الله منتظری معتقد بود که زندانیان مورد نظر، قبلا محاکمه شده و اکنون در حال سپری کردن دوران محکومیت خویشند و اعدام آنها درست نیست. همچنین این امر در دنیا واکنش منفی دارد و آیندگان هم درباره ما قضاوت مثبتی نخواهند کرد به ویژه آن که احتمال خطا هم وجود دارد و ممکن است کسانی از توابین هم اعدام شوند؛ اما نگاه حضرت امام به این مساله، کاملا متفاوت بود.  به نظر ایشان، هر کسی که علیه نظام دست به اسلحه برده، شرعاً مستحق مجازات مرگ است و افراد زندانی منافق هم چنین وضعیتی دارند. محاکمه قبلی آنان همراه با رأفت و گذشت اسلامی صورت گرفته بود و الا هیچکدام از افرادی که در ترورها و عملیات نظامی دخالت داشته و مستقیم و غیرمستقیم علیه نظام اسلامی جنگیده بودند، مجازاتی کمتر از مجازات محارب ندارند. از طرفی اکثریت این افراد از کسانی هستند که سر موضع ضدانقلابی خویش باقی مانده اند و پس از آزادی به منافقین ملحق می شوند و به عراق میروند و روند خیانت را پی میگیرند. در چنین شرایطی، ما باید به تکلیف شرعی خودمان عمل کنیم و ترسی از قضاوت جهانیان یا تاریخ نداشته باشیم.  به رغم وجود ادله محکم، آیت الله منتظری با همان استدلال ها، نامه های متعددی را برای امام خمینی (ره)، مسئولان قضائی و دستگاه های اطلاعاتی فرستاد و به این تصمیم نظام، اعتراض کرد.   نامه اعتراضی آیت الله منتظری خطاب به امام در خصوص اعدام منافقین بسم الله الرحمن الرحیم  محضر مبارک آیت الله العظمی امام خمینی مدظله العالی  پس از عرض سلام و تحیت، به عرض می رساند راجع به دستور اخیر حضرتعالی مبنی برا اعدام منافقین موجود در زندانها، اعدام بازداشت شدگان حادثه اخیر را ملت و جامعه پذیرا است و ظاهرا اثر سوئی ندارد ولی اعدام موجودین از سابق در زندانها:  اولا در شرایط فعلی حمل بر کینه توزی و انتقام جویی می شود  و ثانیا خانواده های بسیاری را که نوعا متدین و انقلابی می باشد ناراحت و داغدار می کند و آنان جدا زده می شوند. و ثالثا بسیاری از آنان سر موضع نیستند ولی بعضی مسئولین تند با آنان معامله سر موضع می کنند.  و رابعا در شرایط فعلی که با فشارها و حملات اخیر صدام و منافقین، ما در دنیا چهره مظلوم به خود گرفته ایم و بسیاری از رسانه ها و شخصیت ها از ما دفاع می کنند، صلاح نظام و حضرتعالی نیست که یک دفعه تبلیغات علیه ما شروع شود.  و خامسا افرادی که به وسیله دادگاه ها با موازینی در سابق محکوم به کمتر از اعدام شده اند اعدام کردن آنان بدون مقدمه و بدون فعالیت تازه ای بی اعتنایی به همه ی موازین قضایی و احکام قضات است و عکس العمل خوب ندارد.  و سادسا مسئولین قضائی و دادستانی و اطلاعات ما در سطح مقدس اردبیلی نیستند و اشتباهات و تاثر از جو بسیار و فراوان است و با حکم اخیر حضرتعالی بسا بی گناهانی یا کم گناهانی هم اعدام شوند، و در امور مهمه احتمال هم منجز است.  و سابعا ما تا حال از کشتن ها و خشونت ها نتیجه ای نگرفته ایم جز اینکه تبلیغات را علیه خود زیاد کرده ایم و جاذبه ی منافقین و ضد انقلاب را بیشتر نموده ایم، بجاست با رحمت و عطوفت برخورد شود که قطعا برای بسیاری جاذبه خواهد داشت.  و ثامنا اگر فرضا بر دستور خودتان اصرار دارید اقلا دستور دهید ملاک اتفاق نظر قاضی و دادستان و مسئول اطلاعات باشد نه اکثریت، و زنان هم استثنا شوند مخصوصا زنان بچه دار. و بالاخره اعدام چند هزار نفر در ظرف چند روز عکس العمل خوب ندارد و هم خالی از خطا نخواهد بود و بعضی از قضات متدین بسیار نارحت بودند، و بجاست این حدیث شریف مورد توجه واقع شود: قال رسول الله (ص): « ادرتوا الحدود عن المسلمین ما استطعتم فان کان له مخرج فخلوا سبیله فان الامام ان یخطی فی العفو خیر من ان یخطی فی العقوبه». والسلام علیکم و ادام الله ظلکم.  16 ذی الحجه 1408 - 67/5/9 حسینعلی منتظری (با استناد به پیوست شماره 153 از کتاب خاطرات آیت الله منتظری)    نامه اعتراضی دوم آیت الله منتظری خطاب به امام خمینی(ره) نامه 67/5/9 آیت الله منتظری خطاب به رهبر کبیر انقلاب بی پاسخ ماند و باعث شد ایشان در نامه دیگری در سیزدهم مرداد همان سال باز هم بر مواضع خود تاکید کند.   بسم الله الرحمن الرحیم   محضر مبارک آیت الله العظمی امام خمینی مدظله العالی  پس از سلام و تحیت، پیرو نامه مورخه 67/5/9 برای رفع مسئولیت شرعی از خود به عرض می رسانم سه روز قبل قاضی شرع یکی از استان های کشور که مرد مورد اعتمادی می باشد با نارحتی از نحوه ی اجرای فرمان حضرتعالی به قم آمده بود و می گفت: مسئول اطلاعات یا دادستان - تردید از من است - از یکی از زندانیان برای تشخیص این که سر موضع است یا نه پرسید: تو حاضری سازمان منافقیین را محکوم کنی؟ گف آری، پرسید حاضری مصاحبه کنی؟ گفت آری، پرسید حاضری برای جنگ عراق به جبهه بروی؟ گفت آری، پرسید حاضری روی مین بروی؟ گفت مگر همه ی مردم حاضرند روی مین بروند! وانگهی از من تازه مسلمان نباید تا این حد انتظار داشت، گفت معلوم می شود تو هنوز سر موضعی و با او معامله سر موضع انجام داد و این قاضی شرع می گفت من هرچه اصرار کردم پس ملاک اتفاق آرا باشد نه اکثریت پذیرفته نشد و نقش اساسی را همه جا مسئول اطلاعات دارد و دیگران عملا تحت تاثیر می باشند. حضرتعالی ملاحظه فرمایید که چه کسانی با چه دیدی مسئول اجرای فرمان مهم حضرتعالی که به دماء هزاران نفر مربوط است می باشند.  والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته  67/5/13 - حسینعلی منتظری    بررسی تحلیلی از اعدام منافقین محارب با جمهوری اسلامی در سال 1367 پس از تهاجم نیروهای سازمان منافقین در سال 1367 با پشتیبانی ارتش عراق به داخل ایران حضرت امام (ره) حکمی را درباره بررسی مجدد پرونده منافقین زندانی که همچنان بر سر موضع خود بودند و صدور محکومیت اعدام برای کسانی که برنامه شورش در زندان ، هم‌زمان با برنامه‌های بیرون سازمان داشتند، صادر کردند .   دلایل صدور حکم اعدام منافقین زندانی از سوی امام در زمینه دلایل صدور این حکم که از مبانی فقهی و حقوقی مستحکمی برخوردار است به اختصار می توان به موارد زیر اشاره داشت: -وضعیت کلی نیروهای نظامی ایران در جبهه ها -روحیه مردم در داخل کشور به واسطه انعکاس تحولات جبهه ها -تبلیغات وسیع درباره پیشروی های عراق از سوی رادیوهای بیگانه -ورود مستقیم آمریکا به صحنه جنگ با ایران از طریق هدف قرار دادن هواپیمای مسافربری -پیشروی نیروهای منافقین به داخل خاک ایران و تصرف چند روستا و شهر اسلام آباد غرب -انتقال اخبار مربوط به تحولات جبهه ها و ورود منافقین به داخل ایران -بروز تحرکات و تنشهائی در زندان با سردمداری عناصر بر سر موضع منافقین -آغاز فعالیت برخی هواداران منافقین در سطح جامعه و ایجاد حرکت هائی برای برپائی آشوب و شورش در سطح شهرها -انتشار پیامهای مستمر سازمان منافقین از طریق رادیو های متعلق به آنها و ترغیب و تحریک مردم به شورش   اجرای حکم به تشخیص یک گروه فقاهتی و امنیتی بود همزمان با پیشروی نیروهای سازمان مجاهدین خلق به داخل خاک ایران، بروز تحرکات و تنش‌هایی در زندان با سردمداری برخی از اعضای سازمان مجادین خلق، آغاز فعالیت‌های برخی هواداران سازمان در سطح جامعه و ایجاد حرکت‌هایی برای برپایی آشوب و شورش در سطح شهرها و انتشار پیام‌های مستمر سازمان از طریق رادیو و تحریک مردم به شورش رخ می‌دهد. (با استناد به کتاب "پاسداشت حقیقت" ص142) در چنین اوضاع و احوالی حضرت امام (ره) بر مبنای دیدگاه فقهی خود، از مسئولان مربوطه خواستند تا ضمن بررسی مجدد وضعیت منافقین در زندان، آن دسته از این افراد را که همچنان بر سر موضع تشخیص می دهند، به عنوان نیروهای داخلی یک سازمان محارب که با استفاده از فرصت، درصدد آشوبگری و تحریک دیگران به شورش هستند، اعدام کنند. با دقت در متن حکم صادر شده از سوی حضرت امام ملاحظه می شود که ایشان ضمن بیان مبانی فقهی صدور حکم، صرفاً آن دسته از منافقین زندانی که «بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده و می کنند» را «محارب و محکوم به اعدام» برشمرده که لازم است حد محارب در خصوص آنها اجرا شود. و تشخیص این موضوع را نیز به رأی اکثریت قاضی شرع، دادستان و نماینده وزارت اطلاعات واگذار می کند، با تأکید بر اینکه «احتیاط در اجماع است.» و منافقین زندانی ای که از عملکرد «سازمان منافقین» برائت جسته و توبه می‌کردند، اعدام نمی‌شوند. (با استناد به کتاب "پاسداشت حقیقت" ص147)   با آرامش و با احترام عمل کنید البته بررسی مجدد پرونده منافقین زندانی قبل از این مقطع نیز سابقه داشته و بدون حکم و نظر امام نیز اینکار صورت می گرفته است. به عنوان مثال در سال 1360 نیز همزمان با شورشهای شهری و ترورهای گسترده منافقین، شورشی نیز در زندان صورت می گیرد و 12 نفر در این ارتباط تیرباران می شوند. (با استناد به کتاب "پاسداشت حقیقت" منبع شماره 19: روزنامه کیهان سه شنبه 13 مرداد 60 با تيتر " 12 نفر از اعضاى منافقين تيرباران شدند") در اینجا مناسب است به توصیه اکید حضرت امام (ره) در آن ایام مبنی بر پرهیز از تندروی در رفتار با زندانیان گروهک های ضد انقلاب اشاره شود. ایشان در سخنرانی خود به مناسبت فاجعه انفجار در حزب جمهوری اسلامی به تاریخ 60/4/9 فرمودند: «من یک کلمه به برادران دادگاه و کسانی که رئیس زندان هستند و اشخاصی که زندانبان هستند می‌گویم و آن اینکه اینطور نباشد که یک جنایتی واقع شد، اینها آرامش خودشان را از دست بدهند و خدای ناخواسته با زندانیانی که الان هستند، ولو این زندانیان از همین گروه‌های فاسد باشند، با خشونت غیر انسانی عمل کنند. با آرامش و با احترام عمل کنند. لکن دادگاهها احکام را با دقت بررسی کنند، و پرونده ها را بررسی کنند، آنها را بر محکمه‌ها بنشانند و ازشان استفسار کنند. با قاطعیت هرچه باید بکنند، عمل کنند، لکن این طور نباشد که حالا از باب اینکه یک دسته از ما به وسیله همین گروه‌ها از بین رفته، حالا ما در حبس با اشخاصی که محبوس هستند خدای ناخواسته به خلاف موازین اسلام رفتار کنند و من می‌دانم نمی‌کنند، گرچه آنهایی که باید به شما تهمت بزنند، تهمت را می‌زنند.»   حمایت علنی آمریکا از منافقین در سال 67 اما در سال 1367، وضعیت متفاوتی با سال 1360 وجود داشت؛ در سال 60 سازمان منافقین اگر چه از حمایت های سیاسی و تبلیغاتی بیگانه بهره می برد اما به هر حال یک گروه ضد انقلاب داخلی به شمار می آمد که دست به عملیات تروریستی و انفجاری در داخل می زد و البته با عوامل این عملیات نیز برخورد می شد. ولی در سال 67 این گروه در قالب یک «ارتش متجاوز» ظاهر شد که از پشتیبانی کامل نیروهای نظامی بیگانه برخوردار بود و با اتکاء به همین پشتیبانی ها توانسته بود راه خود را به داخل خاک ایران باز کند و بخشی از آن را به اشغال خود در آورند و در کنار آن مسائلی نظیر بروز تحرکات و تنشهائی در زندان با سردمداری عناصر بر سر موضع منافقین، آغاز فعالیت برخی هواداران منافقین در سطح جامعه و ایجاد حرکت هائی برای برپائی آشوب و شورش در سطح شهرها، انتشار پیام های مستمر سازمان منافقین از طریق رادیو های متعلق به آنها و ترغیب و تحریک مردم به شورش، همه بیانگر موج تازه توطئه های این گروهک می باشد. از سوی دیگر آمریکا نیز با حضور پرنگ نظامی در خلیج فارس و هدف قرار دادن یک هواپیمای مسافربری و حمله به ناوچه ها و نفت کشهای ایرانی عملاً وارد عرصه جنگ با نظام جمهوری اسلامی شده و طبعاً از نیروهای نظامی معارض نیز حمایت به عمل می آورد. در این شرایط حضرت امام(ره) به منظور خنثی کردن توطئه و تحرکی که در حال شکل گیری بود، ضمن سفارشهای لازم به منظور تشخیص صحیح «برسر موضع نفاق بودن » دستور برخورد با عوامل داخلی این توطئه را صادر می فرمایند.( با استناد به کتاب "پاسداشت حقیقت")   حکم در چارچوب قانون در مورد اعدام منافقان زندانی در سال 1367، به طور خلاصه می توان گفت که این حکم، حکمی نبود که ناگهان اجرا شده باشد بلکه حکمی بود که از قبل هم بدون فرمان امام خمینی(ره) و در چارچوب قانون اجرا می شد و در تابستان 67 با توجه به فجایعی که منافقان به دنبال پذیرش قطعنامه سازمان ملل مبنی بر آتش بس از سوی جمهوری اسلامی ایران در بخشهای مختلف کشور از جمله مناطق عملیاتی غرب کشور مرتکب می شدند و از جانب نیروهای داخلی و حتی محبوس وفادار به آنان مورد حمایت قرار گرفته و تحرکاتی هم به منظور به بلوا کشاندن زندانها همزمان با اقدامات منافقان در غرب کشور در حال انجام بود امام خمینی(ره) دستور رسیدگی به مساله آنان نمود تا اگر کسانی بر سر مواضع خود پایدار بوده و همچنان به عنوان نیروی دشمن عمل می کنند بر اساس احکام قطعی شرع و قوانین اعدام شده و اگر از موضع خود بازگشته باشند روند قضایی خود را طی نمایند و احیانا حتی مشمول عفو شوند و البته توجه به این نکته لازم است که کسانی که در این جریان مورد بررسی قرار گرفتند کسانی بودند که از قبل به دلیل اقدامات خرابکارانه بر علیه امنیت ملی و اقدامات تروریستی شان دستگیر شده بودند و طبیعتا اتهام و جرم آنان ثابت بود و تنها اجرای حکم آنان با توجه به شرایط خاص جنگی تسریع بیشتری یافت و البته این دستور به نفع کسانی هم بود که در زندان پشیمان شده و از مواضع سابق خود عدول نموده بودند و باعث تسریع در بازگشت آنان به آغوش خانواده هایشان شد.   اعدام‌های سال 67 بر اساس حکم اسلام بود قطعیت امام در برخورد با منافقین و سپس رسیدگی و صدور حکم در این مورد توسط دستگاه قضایی جمهوری اسلامی تا آنجا مهم و قابل ذکر بود که توانست تا حد بسیار زیادی، بازوی عمل منافقین در جمهوری اسلامی را از پا درآورد، با این حال نکته‌ قابل ذکر در این مورد این است که چنانچه تمام این حکم به اجرا می‌رسید، بسیاری از رفتارهای جنایتکارانه منافقین، بعد از تابستان سال 67 به وقوع نمی‌پیوست و حداقل اینکه از شمار شهدای ترور کشور تا حد زیادی کاسته می‌شد، آمار خمپاره زنی‌های منافقین به مراکز مسکونی بسیار کاهش می‌یافت، جاسوسی‌های این فرقه برای اسرائیل کاسته می‌شد و شمار زیادی از 25 هزار نفری که از مردم عراق توسط این فرقه به شهادت رسیدند، امروز در قید حیات بوده و زندگی می‌کردند. با این تفاسیر و با وجود حکم قاطع نظام اسلامی در مورد منافقین اعدام شده در سال 67، باید به این نکته نیز اشاره کرد که در اجرای این حکم علاوه بر دستورات صریح اسلام برای مرتدین از دین خدا، تا حدودی نیز رافت اسلامی شامل بسیاری از منافقین شده بود و شاید تنها ایرادی که می‌توان تا حدودی به اجرای این حکم وارد دانست، رافتی بود که باعث شد عده‌ای از منافقین به چوبه دار سپرده نشوند تا بعدها دست این فرقه بیش از پیش به خون مردم بیگناه آلوده شود.   صلابت بی نظیر امام در برخورد با منافقین برخورد امام با منافقین در آن شرایط بسیار حکیمانه و از روی قاطعیت اسلامی بود. اصل‌ در اسلام‌ و سیره‌ معصوم(ع)، رأفت‌ و نرمش‌ است. اما گاه‌ نیز صلابت‌ و قاطعیت‌ بدون‌ هیچ‌ تسامح‌ و گذشت، ضروری‌ است. اگر قاطعیت‌ و سخت‌گیری‌ و به‌ اصطلاح‌ خشونت‌ نسبت‌ به‌ دشمنان‌ و منافقان‌ و متخلفان‌ نباشد، طمع‌ دشمنان‌ نسبت‌ به‌ چنین‌ ملتی‌ تحریک‌ می‌گردد و بزهکاری‌ در جامعه‌ زیاد می‌شود، زیرا بزهکاران، احساس‌ امنیت‌ کامل‌ نموده‌ و در خلأ خشونت‌ قانونی، امنیت‌ ملی‌ جامعه‌ را بر هم‌ زده‌ و باعث‌ سلب‌ آسایش‌ مردم‌ می‌شوند، و مسلما در این شرایط عدالت‌ از میان می‌رود. بنابراین برای حفظ آرامش در جامعه اسلامی، گاهی خشونت‌ لازم‌ می‌شود. از این‌ رهگذر است‌ که‌ شریعت‌ اسلامی، برای حکام خود قاطعیت در برابر دشمنان را سفارش کرده است و این‌ قوانین‌ نیز همانند جر‌احی‌ عضو فاسدی است که‌ برای‌ صحت‌ بدن، ضروری‌ است. باید دقت‌ کرد که‌ این‌ قاطعیت‌ و سخت‌گیری‌ و خشونت‌ در قانون‌ اسلام‌ که‌ در سیره پیامبر(ص) و معصومین‌ علیهم‌السلام‌ متجلی‌ گردیده، نسبت‌ به مشرکین، منافقین و بزهکاران وجود دارد و روشی که امام از برای مقابله با منافقین انتخاب کرد مصداق بارز مبارزه با نفاق و صلابت اسلامی بود. از این حیث رفتار امام خمینی (ره)‌ به عنوان جانشین ائمه معصومین، بسیار عالمانه و حکیمانه بود.   سکولارها و لیبرال‌ها هم کار امام را تایید کردند چند سال ‌است که منافقین با فرصت طلبی برای مظلوم نمایی در این خصوص، این استدلال کذب را تبلیغ می‌کنند که برخی از نیروهای اپوزیسیون و برخی اصلاح طلبان نیز اعدام‌های سال 67 را محکوم کرده‌اند. منافقین با استناد به برخی نیروهای اپوزیسیون، ‌با بزرگ نمایی در خصوص اعدام‌ها و با استناد به آمار دروغ و ارسال آمار مذکور به سازمان‌‌‌های حقوق بشری، به دنبال اثبات این مسئله هستند که هر روز دامنه محکومیت اعدام‌های سال 67 فراگیرتر می‌شود و همان گونه که گفته شد به تازگی نیز بر روی این مسئله مانور می‌دهند که بخش زیادی از اصلاح طلبان نیز به اردوگاه محکومیت اعدام‌های سال 67 پیوسته‌‌اند. در همین رابطه یک عضو مستعفی حزب مشارکت با حمایت از حکم تاریخی امام خمینی(ره) در این مورد تصریح کرد: «در ماجرای اعدام های سال 67، با حکومتی مواجهیم که قانون گذاران و شارعان آن براساس قوانین اساسی و موضوعه آن که البته مستظهر به رای اکثریت قاطع مردم آن روزگار بوده است در شرایطی خاص که ناشی از بحران خاتمه جنگ و مواجهه با خیانت یک گروه تروریست در تجاوز و حمله نظامی به خاک میهن و بیم پیوند خوردن ارتش بعثی عراق با این حمله بوده است تصمیمی مبتنی بر شرایط ناخواسته و تحمیل شده می گیرد و به مقتضای قانون، عناصر واعضای آن گروه تروریستی را اعدام می کند و سودای خیانت را از میان می برد و حکم امام و تصمیم سیاسی قضایی و نظامی ایشان قابل دفاع است.» البته پیش از این نیز عباس عبدی با دفاع و تأکید بر حکم تاریخی امام خمینی(ره) این حکم را مصداق بارزی از قانون و مشروعیت یک حکم تاریخی اعلام کرده بود. به عبارت بهتر،‌ برعکس آنچه منافقین تلاش می‌کنند از آن برای خود تابویی درست کنند، باید اعلام کرد که حتی افرادی که سابق بر این منافقین را به نوعی تایید می‌کردند،‌ در طول سال‌هایی که منافقین به جنایت بر علیه ملت مشغول بودند و در طی سال‌های پس از آن، به این باور رسیدند که بر اساس اصل امنیت برای یک ملت، حکم امام و اقدام نظام جمهوری اسلامی در اعدام عناصر این سازمان تروریستی کاملا آگاهانه و بر اساس قانون شرع اسلام بود.»   گوشه هائی از جنایات گروهک تروریستی منافقین سازمان تروریستی منافقینی گروهی است که از سال 61 تا 67، 15 هزار بیگناه را در خیابان‌های تهران و دیگر شهرها ترور می‌کردند. منافقین کسانی بودند که در سال 58 و 59 جنگ‌های تجزیه طلبانه‌ای را در کردستان، آذربایجان، ترکمن صحرا و دیگر شهرها به راه انداختند و اینها همان کسانی بودند که در ماه رمضان یکی از سال‌های اوایل دهه 60 با حمله به خانه یک فرد بسیجی که تنها جرمش حزب اللهی بودن و حضور در جبهه‌های نبرد حق علیه باطل بود، سر سفره افطار، سر فرزندانش را با تیغ موکت‌بری بریدند. یک بار در عروسی فرزند یکی از فئودال‌های وابسته به منافقین، تعدادی از جهادگران انقلاب که عموماً از دانشجویان مسلمان و انقلابی بودند را در مقابل عروس و داماد، به جای گوسفند سر بریدند. منافقین ضمن جاسوسی برای صدام در جنگ تحمیلی و نیز برخی دیگر از جنایت‌های ددمنشانه آنها از جمله به گلوله بستن مجروحان در بیمارستان‌ها و نیز به شهادت رساندن 72 تن از بهترین نیروهای انقلاب، از سال 60 و 61 تا آخر جنگ در خیابان‌ها می‌گشتند و هر دختر و پسر حزب‌اللهی را بدون اینکه حتی بدانند این شخص کیست به مسلسل می‌بستند و حتی در مغازه‌هایی که عکس امام(ره) بر روی دیوار آن نصب بود، نارنجک می‌انداختند. شکنجه‌هایی که منافقین بر روی نیروهای انقلابی و حزب اللهی انجام می‌دادند، روی ساواک را نیز سفید کرد.    چرا حکم اعدام منافقین، برخلاف نظر آیت الله منتظری اشتباه نبود؟ آیت الله منتظری در کتاب خاطرات خود ضمن اینکه حکم امام راحل در برخورد با بقایای منافقین را اشتباه عنوان می‌کند، ادعاهایی دیگری را هم در مورد بی‌اطلاعی امام از اوضاع کشور و… پیش می‌کشد. در این زمینه پایگاه تحلیلی تبیینی برهان در گفتگو با یعقوب توکلی، محقق و پژوهشگر تاریخ معاصر و جریان‌شناسی سیاسی به بررسی این موضوع پرداخته است. استاد توکلی در مورد علل چرایی و چگونگی وقوع اعدام‌های سال 67 و نقش امام(ره) در آن، می گوید: «امام(ره) شخصیت کاملا استراتژیستی بود که مسایل پیچیده را خیلی خوب می‌فهمید اما برعکس، خیلی‌ها از این شخصیت، توقع رفتار یک مرجع معمولی را داشتند و یا در حل و فصل سوال راجع به این شخصیت خیلی‌ها درمانده شدند زیرا انصافا آدم پیچیده‌ای بود و مسایل پیچیده را می‌فهمید... در مورد اعدام‌های 67 باید وضعیت مملکت را در نظر گرفت. در فضایی که تازه از شرایط جنگی خارج شده‌ایم، حالا نیرویی در داخل کشور با شعار مبارزه با امپریالیسم ظهور پیدا کرده بود و نیروی ستون پنجم و آلت دست نیروی نظامی و ارتش دشمن شده بود و سپس به کشور لشکرکشی کرده (در قالب عملیات مرصاد) و یک عده‌ای از آنها هم در داخل زندان بسیج شده‌ و می‌خواهند دست به شورش مسلحانه بزنند. شاید سوال شود که مگر می‌شود از داخل زندان با بیرون ارتباط برقرار کرد؟ باید گفت اساسا اگر زندانی سیاسی نتواند با سازمانش یا سازمانی نتواند با زندانی سیاسی ارتباط برقرار کند، باید فاتحه هر دو را خواند. اصلا اولین کاری که یاد می‌گیرند، نحوه برقراری ارتباط است. به خصوص در فضای ایران که آن قدر‌ها هم مشکلات ارتباطی جدی وجود نداشت و آن روزهایی که در واقع وضعیت جنگ هم بهم ریخته بود، اینها جسارت پیدا کرده بودند. نکته بعدی اینکه اگر عملیات منافقین به پیروزی می‌رسید و کشور دست سازمان مجاهدین خلق می‌افتاد منطقه چه وضعیتی پیدا می‌کرد؟ آن موقع «صدام حسین» و «مسعود رجوی» بر خاورمیانه مسلط می‌شدند… اگر این اتفاق نمی‌افتاد و جنگ‌های داخلی در کشور شکل می‌گرفت ما در عوض باید صد‌ها هزار کشته می‌دادیم، ولی امام کسی بود که همیشه روش‌های ایشان ضدجنگ‌ترین روش‌ها بوده است. … امام (ره) جنگ‌گریز است اما اگر در آنجا دست به آن اقدام نمی‌زد کشور وارد یک جنگ داخلی مسلحانه می‌شد یعنی توانست با محاصره کسانی که با دشمن متحد شده بودند از خطر جلوگیری کند. بعد به لحاظ فقهی نیز مساله مشخص بود و دقیقا‌‌ همان اقدامی که پیامبر اسلام (صلی‌الله‌علیه‌ وآله) با بنی‌قریضه انجام داد، از سوی امام(ره) هم صورت گرفت…اگر مجاهدین خلق در آن پروژه به پیروزی می‌رسیدند از آن طرف هم در داخل شورش می‌کردند، از سوی دیگر عده‌ای هم بودند که ناامید شده بودند و می‌توانستند یک الگوی نظامی را در داخل کشور به راه بیندازند و اصلا می‌توانستند جنگ داخلی راه بیندازند. در نظر بگیریم دو، سه هزار نفر اسلحه به دست بیایند در سطح شهر جنگ داخلی به راه بیندازند، در جنگ داخلی که به راه می‌افتد، کسان دیگری هم که حامیان اینها هستند جمع می‌شوند و تبدیل به صد هزار نفر می‌شوند. آن وقت اگر بخواهید صد هزار نفر را داخل شهر خلع سلاح کنید چه تعداد کشته می‌دهید؟ غیر از این صد هزار نفر، چه تعداد خودتان باید کشته بدهید....»   دلایل اقدام پیامبر اسلام در خصوص یهودیان بنی قریظه در کتب روایی و تاریخی شیعه از جمله کتاب ارشاد شیخ مفید ج 1 ص 111 آمده است؛ که بنی قریظه بعد از خیانت به رسول خدا و توطئه برای حمله به مدینه ، بعد از محاصره ای شدید و وقتی قدرت اسلام را دیدند، همگی تسلیم شدند و قبول کردند که هرچه سعد معاذ در مورد آنان حکم کند اجرا شود؛ سعد نیز حکم کرد که همه مردان این قبیله اعدام شده و زنان و کودکان و پیرمردان به اسارت گرفته شوند که حکم اعدام را به دستور رسول خدا امیر مومنان و چند تن دیگر از اصحاب به عهده گرفتند. اما این سوال را باید مطرح کرد که چرا رسول خدا به جای آنکه به بنی قریظه اجازه دهد که مانند سایر یهودیان اموال خود را در اختیار مسلمانان گذارده و جلای وطن کنند، با نظر سعد معاذ موافقت کرده و دستور اعدام همه آنها را دادند؟ پاسخ روشن است زیرا هیچ بعید نبود که این گروه مانند بنی نضیر و بنی قین قاع، وقتی از دسترس مسلمانان بیرون رفتند باز با تحریک نیروهای عرب بت پرست اسلام و مسلمانان را با خطرات بزرگی مواجه سازند؛ (زیرا "بنی قینقاع" بعد از بیرون رفتن از مدینه سبب بروز جنگ احد و کشته شدن بسیاری از مسلمانان شده و بنی نضیر نیز بعد از تبعید از مدینه مشغول فعالیت بر ضد مسلمانان شده و ایشان بودند که سبب بسیاری از جنگ ها مانند جنگ خندق شدند) و باعث شوند که خون عده زیادی ریخته شود؛ از این جهت پیامبر با این نظر موافقت نکرده و نظر سعد را كه خود یهود او را به عنوان حكم قرار داده بودند، پذیرفتند؛ و نظر سعد نظری بود که از روی مدارک و دلائل مستحکم داده شده بود: 1- یهود بنی قریظه با رسول خدا پیمان بسته بودند که اگر بر ضد مصالح اسلام قیام کنند مسلمانان در کشتن آنان آزاد باشند و در عوض بتوانند در مدینه بدون هیچ گونه محدودیتی رفت و آمد داشته باشند و در حقیقت نبض اقتصادی مدینه را در دست گرفتند؛ زیرا مسلمانان نمی توانستند به طور مستقیم با کفار در ارتباط باشند و یهود بنی قریظه در بسیاری مواقع نقش واسطه را ایفا می کردند. 2- یهود بنی قریظه با خود فکر می کردند که بعد از حمله به مدینه عملی می شد ، تمامی مردان را اعدام کرده و زنان و کودکان به اسارت می گیرند و این عمل سعد دقیقا مطابق با طرحی بود که ایشان برای مسلمانان داشتند. 3- در قوانین یهود و تورات چنین آمده است که: هنگامی که به قصد نبرد آهنگ شهری نمودی نخست ایشان را به صلح دعوت نما؛ و اگر آن ها از در جنگ وارد شدند، شهر را محاصره کن و وقتی بر شهر مسلط شدی مردان را از دم تیغ گذرانده و زنها و کودکان و حیوانات و هرچه در شهر موجود است را به غنیمت بگیر و در واقع او به همان قانون خود یهود دستور داده است.  
با فرارسیدن بهمن 67، آرمان ها، شعارها و همچنین عملکرد یک دهه انقلاب در سخنرانی‏ها، نوشته ها و مصاحبه های آیت الله منتظری مورد بررسی و نقد قرار گرفت. وی در سخنرانی روز 22 بهمن سال 67 به صورت صریح به نقد عملکرد ده ساله انقلاب پرداخت. طرح دیدگاه ها از موضع قائم مقام رهبری، چیزی نبود که دامنه اثرش، ناچیز باشد، لذا بسیاری از مردم را دچار حالتی از بهت و نگرانی ساخت و این پرسش را مطرح نمود که آیا واقعاً ما اشتباه کرده ایم و اگر در برخی از زمینه ها، موفق نبوده ایم ناشی از غلط بودن شعارهاست یا قدرتمندی موانع و فراوانی دشمن؟   واکنش حضرت امام به اظهارات جنجالی آیت الله منتظری در انتقاد از عملکرد نظام امام خمینی (ره) که در این شرایط، به تدریج از آیت الله منتظری قطع امید کرده بودند، نتوانستند نسبت به پیامدهای منفی این گونه تحلیل ها، ساکت بمانند و عدول از اصول را تحمل کنند. این بود که به هر مناسبتی به این گونه اظهارات، پاسخ می گفتند و از جمله در پیامی به مراجع، روحانیون، مدرسین، طلاب و ائمه جمعه و جماعات، در تاریخ 67/12/2 صریحاً به تحلیل آیت الله منتظری پاسخ گفتند. در این ایام، هنوز عموم مردم احساس دوگانگی و اختلاف مواضع میان حضرت امام و قائم مقام رهبری نمی کردند ولی خواص و یاران امام، می دانستند که عملکرد و مواضع آیت الله منتظری، مورد انتقاد امام خمینی(ره) است و برخی نیز در قالب نامه های خصوصی یا در ملاقات حضوری، از آیت الله منتظری انتقاد می کردند و خواستار اصلاح عملکرد و مواضع وی می شدند. در همین ایام، برخی از نامه های آیت الله منتظری به مسئولان درباره مساله اعدام منافقین، به دست عناصر ضدانقلاب افتاد و در نشریات ضدانقلابی خارج از کشور درج شد. امام که قبلا بارها و بارها درباره اینگونه نامه نگاری ها به آیت الله منتظری هشدار داده و تاکید کرده بودند که این مدارک به دست دشمنان می افتد و اسرار نظام برملا می گردد، با چاپ نامه آیت الله منتظری در نشریات ضدانقلابی، سخن خود را صریح تر کردند و در پیام به مهاجرین جنگ تحمیلی در تاریخ 68/1/2 چنین نوشتند: «نفوذی ها بارها اعلام کرد ه‏اند که حرف خود را از دهان ساده اندیشان موجه میزنند. من بارها اعلام کرده ام که با هیچ کس در هر مرتبه ای که باشد عقد اخوت نبسته ام، چهارچوب دوستی من در درستی راه هر فرد نهفته است. دفاع از اسلام و حزب الله اصل خدشه ناپذیر سیاست جمهوری اسلامی است. ما باید مدافع ا فرادی باشیم که منافقین سرهاشان را در مقابل زنان و فرزندانشان سر سفره افطار گوش تا گوش بریدند. ما باید دشمن سرسخت کسانی باشیم که پرونده های همکاری آنان با آمریکا از لانه جاسوسی بیرون آمده. ما باید تمام عشق مان به خدا باشد نه تاریخ! کسانی که از منافقین و لیبرال ها دفاع می کنند پیش ملت عزیز و شهید داده ما راهی ندارند. اگر ایادی بیگانه و ناآگاهان گول خورده که بدون توجه بلندگوی دیگران شد هاند از این حرکات دست برندارند، مردم ما آنها را بدون هیچگونه گذشتی طرد خواهند کرد.» این گونه اظهارات علنی امام خمینی(ره) به همراه تصریح مخالفتشان با آیت الله منتظری در جلسات خصوصی، برای همه نزدیکان و یاران امام مسلم ساخت که ایشان تحت هیچ شرایطی به ادامه وضع موجود راضی نیستند و برای اصلاح آن، کاری جدی خواهند کرد، اما تا چهار روز قبل از تصمیم امام  کسی از مسئولان و اطرافیان امام تصور هم نمی‏کرد که ایشان دستور عزل آیت الله منتظری را از قائم مقامی رهبری صادر کنند.   
پس از پیام دوم فروردین سال 68 امام خطاب به مهاجرین جنگ تحمیلی، آیت الله منتظری که بسیاری از مطالب پیام مذکور را علیه خود می دید، در تاریخ چهارم فروردین ماه همان سال، نامه‏ای خطاب به امام خمینی(ره) نگاشت و در آن، ضمن دفاع از خود، موارد زیر را مطرح کرد:   نامه 4 فروردین آیت الله منتظری خطاب به امام خمینی(ره)  بسم الله الرحمن الرحیم محضر مبارک آیت الله العظمی امام خمینی –مدظله العالی- پس از سلام و تحیت و تبریک ایام نوروز و ولادت باسعادت حضرت ولی عصر – عجل الله تعالی فرجه الشریف – در رابطه با پیام اخیر حضرت عالی لازم دیدم به عرض برسانم : 1– این جانب تا حال، خود و بیت خود را شعبه ای از بیت حضرت عالی می دانستم و مراجعات گوناگون مردم در مسائل شرعیه و مسائل اجتماعی و درد دل های مسئولین و ارگان ها و مشکلات ذوی الحاجات که دستشان به حضرت عالی کمتر می رسد را به عنوان حضرت عالی پاسخ می داده ام و در حد توان و قدرت ، سعی من و بیت من بر راضی نمودن افراد و توجیه آنان و کم کردن توقعاتشان از حضرت عالی بوده است. در مقایسه با وضعیت حاکم بر بعضی از بیوت و بر بسیاری از محافل حوزوی، تنها بیت این جانب است که از انقلاب و نظام و مقام معظم رهبری دفاع می کند و ملجای برای قشر وسیع طلاب جوان انقلابی و زجر کشیده می باشد. 2– در مورد منابع اطلاعاتی این جانب نیز به عرض می رسانم : یکی از مهمترین منابع، بسیاری از مسئولین ارگان های انقلابی و دولتی است که دائما مشکلات ارگان های خود و راه حل ها را مستقیما با من مطرح می کنند و برای حل آنها از من استمداد می جویند و دیگری، بولتن های محرمانه کشور است از قبیل بولتن مجلس، سپاه، وزارت اطلاعات، وزارت ارشاد، وزارت خارجه، تلکس ها و غیر ذلک که حاوی اخبار و گزارش ها و تحلیل های مختلفی می باشند و به علاوه ، مراجعات متفرقه مردم و ائمه جمعه و سایر شخصیت های روحانی مورد مراجعه مردم اند که در اکثر ایام هفته، هر روز دو ساعت با آنان ملاقات و گفتگوی بدون حاجب و مانع دارم و بدیهی است که وقتی یک سری مشکلات و نارسایی ها و یا احیانا خلافکاری ها از منابع ذکر شده را هر روز انسان مطلع می شود، تحت تاثیر قرار می گیرد و قهرا احساس تکلیف می کند . البته ممکن است بعضی از افراد ناراضی بازداشتی یا آزاد، به دلایل و انگیزه های سیاسی و غیره – که قطعا از حضرت عالی پوشیده نیست –  اظهاراتی نموده باشند که لازم است انگیزه ها و شرایط آنان بررسی شود و قهرا قابل اعتماد و استناد نخواهد بود. 3– این جانب تا به حال معتقد بوده ام که تذکرات و انتقادات من نه فقط موجب تضعیف نظام نمی شود، بلکه از این نظر که اکثریت مردم را امیدوار ساخته و مسئولین را نیز در صدد رفع نواقص و توجه بیشتر به مسائل می سازد، موجب تقویت انقلاب و نظام هم می باشد. مع ذلک اگر حضرت عالی تشخیص می دهید که این شیوه به مصلحت نیست و موجب تضعیف نظام و انقلاب می باشد، این جانب شرعا نظر حضرت عالی را بر نظر خود مقدم می داند و هیچ گاه غیر از خیر اسلام و انقلاب را در نظر نداشته ام. والسلام علیکم و رحمة الله و برکاته حسینعلی منتظری 68/1/4  
انقلاب اسلامی از ابتدای پیروزی بستر تحولات و اتفاقات تاریخی عبرت آموزی بوده است که با هوشیاری خواص و تببین صحیح آنها می تواند مسیری روشن برای پیمودن ادامه این راه پر فراز و نشیب را فراهم سازد. 6 فرودین سال 1368 نیز یکی از روزهایی بود که حادثه ای مهم در تاریخ انقلاب ورق خورد. در این روز مقارن با ایام نوروز سال 1368 آیت الله منتظری که به دلیل سوابق انقلابیش از سوی مجلس خبرگان به عنوان قائم مقام رهبری تعیین شده بود با نامه تاریخی امام خمینی(ره) صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده انقلاب را از دست داد. نوع نگاه آیت الله منتظری در برخورد با تحولات سیاسی انقلاب اسلامی و رفت و آمد منافقین و عناصر ضدانقلاب در دفتر وی همچنین حمایت های بی پرده از آنان از دلایلی بود که امام را به این تصمیم واداشت.   در این بین ارتباط اطرافیان ناسالم آیت الله منتظری با عناصر بیگانه و رسانه های اپوزیسیون هم قابل توجه بود. آیت الله ری شهری، وزیر اطلاعات وقت در خاطرات خود می گوید: «پیام امام به مهاجرین جنگ تحمیلی (68/1/2) به روشنی نشان می داد که ایشان تصمیم خود را در مورد برکناری آقای منتظری گرفته؛ اما دو روز بعد از این پیام، حادثه ای پیش آمد که ظاهرا موجب تسریع در این امر و تشدید برخورد امام با منتظری شد و آن این بود که نامه محرمانه منتظری به امام که مربوط به هشت ماه قبل می شد و در آن نامه، آقای منتظری نسبت به اعدام منافقین اعتراض کرده بود از رادیو BBC منتشر شد. برای این جانب تاکنون مشخص نیست که چه کسی نامه یاد شده را به BBC داده؛ لیکن به نظر می رسد پس از انتشار پیام امام به مهاجرین جنگ و روشن شدن تصمیم امام در مورد برکناری آقای منتظری، برخی از هواداران ایشان که دسترسی به آن نامه داشته اند، برای نشان دادن منشا اختلاف امام و آقای منتظری، نامه مورد اشاره را منتشر کرده باشند.» (با استناد به کتاب "سنجه انصاف"، ص 274) آیت الله منتظری در مورد پخش نامه خود به امام از رادیو BBC می گوید: «با کمال تعجب مشاهده شد فردای آن روز که من نامه 4/1 را برای بیت امام فرستادم، نامه محرمانه من خطاب به مرحوم امام که درباره اعدام ها بود و مربوط به هشت ماه قبل می شد، از طریق بخش فارسی رادیو BBC خوانده شد و پیدا بود که اگر امام این قضیه را می فهمیدند به شدت عصبانی می شدند، بخصوص اگر به ایشان بگویند این نامه از طریق بیت من برای بی بی سی فرستاده شده است. (با استناد به "خاطرات آیت الله منتظری"، ص 672)  پس از این حادثه امام خمینی(ره) در تاریخ 6 فرودین 68 طی نامه ای خطاب به آیت الله منتظری مخالفت خود را با رهبری آینده ایشان صریحا اعلام کرد. کوتاه سخن اینکه رییس بخش فارسی بنگاه خبر پراکنی BBC، بیست سال پس از این حادثه در ایام فتنه 88 با حضور در منزل آیت الله منتظری با وی به گفت‎وگوی اختصاصی پرداخت و اتهامات واهی وی به نظام را به ابزاری برای ضربه زدن به انقلاب اسلامی مبدل کرد. 
امام خمینی (ره) پس از ناامید شدن از تذکرات، راهنمایی‌ها، پیام‌ها و هشدارها وارد عمل شده و در ششم فروردین‏ماه سال 1368، در اقدامی سرنوشت‌ساز و عبرت‌آموز در واپسین ماه‌های عمر خویش، آیت‏الله منتظری را از قائم‌مقامی رهبری عزل نمودند. شاید خطر نفوذ افراد ناصالح، سرخورده و ایادی دشمن در بالاترین و خطیرترین مرکز نظام پس از مقام رهبری و احساس خطر تهدید انقلاب از این ناحیه، علیرغم هشدارها و پیغام‌های مکرر حضرت امام و دیگر علاقمندان به نظام و ایشان، امام راحل را بر آن داشت که تا نظر خود را نسبت به آینده رهبری اعلام کرده، تصمیم به برکناری ایشان بگیرند.  امام (ره) که با صبر و تحملی وصف‌ناپذیر مصائب و مشکلات را تحمل می‌کردند و تا آنجا که امید به هدایت و اصلاح افراد داشتند سعی می‌کردند تا شخص را راهنمایی و هدایت نمایند. در برخورد با این ماجرا نیز بیش از دو سال از زمانی که مهدی هاشمی به اتهام اقدام‌ها و جنایات سنگینی توسط مسئولان دستگیر گردید، خون دل‌ها خوردند.  بدون شک این واقعه برای امام (ره) بسیار جان‌گداز بود که او یکی از شاگردان مورد علاقه خود را که عنوان قائم‌مقامی رهبری داشت و امید امام و امت خوانده می‌شد، همسو با انقلاب نمی‌دید و پس از ماه‌ها مطالعه و بررسی در یک آینده‌نگری خردمندانه به دلیل عدم تأثیر نصایح، به این نتیجه می‌رسند که رهبری منتظری برای آینده انقلاب زیان‌بار است.  فرازهایی از سخنان امام (ره) در این خصوص قابل توجه است: حضرت امام (ره) پیوسته به بزرگان و مسئولان نسبت به اطرافیان و نزدیکان و عوامل نفوذی در بیوت آن‌ها و دستگاه‌ها هشدار می‌دادند. پیام تاریخی رهبر فقید انقلاب اسلامی در تاریخ 23 تیرماه سال 1362، هنگام افتتاح مجلس خبرگان، هشدار شدید و قاطعی به همه به ویژه آیت‏الله منتظری بود که در همان مجلس به قائم‌مقامی رهبری انتخاب شد. امام (ره) در این پیام به رهبر آینده فرمودند: «باید بدانید که تبهکاران و جنایت‌پیشگان بیش از هرکس چشم طمع به شما دوخته‌اند و با اشخاص منحرف نفوذی در بیوت شما به چهره‌های صد درصد اسلامی و انقلابی ممکن است خدای نکرده، خدای ناخواسته فاجعه به بار آورند با یک عمل انحرافی نظام را به انحراف کشانند و با دست شما به اسلام و جمهوری اسلامی سیلی زنند. الله الله در انتخاب اصحاب خود. الله الله در تعجیل در تصمیم‌گیری خصوصاً در امور مهمه و باید بدانید و می‌دانید که انسان از اشتباه و خطا مأمون نیست، به مجرد احراز اشتباه و خطا از آن برگردید و اقرار به خطا کنید که آن کمال انسانی است و توجیه و پافشاری در امر خطا، نقص و از شیطان است. در امور مهمه با کارشناسان مشورت کنید و جانب احتیاط را مراعات نمایید.»  
سرانجام حضرت امام خمینی (ره) پس از سال‌ها نصیحت و ارشاد به این نتیجه قطعی می‌رسند که مشکل آیت‏الله منتظری خیلی فراتر از ساده‌اندیشی است و رهبری نظام نوپای اسلامی در جهان وانفسای امروز، طاقت و توانی بیش از قدرت و ظرفیت ایشان می‌طلبد، لذا طی نامه‌ای شدید الحن خطاب به آیت الله منتظری در تاریخ 6 فروردین‏ماه سال 1368 نظرات خود را پیرامون ایشان اعلام می‌دارند و وی را از قائم مقامی عزل می‌کنند. البته شایان ذکر است که این نامه ابتدا بنا بر صلاح دید حضرت امام قرار بود تا از رسانه‌های عمومی از جمله صدا و سیما منتشر شود اما به واسطه درخواست برخی از مسئولین وقت از جمله حضرت آیت الله خامنه‌ای، آیت الله مشکینی، آیت الله هاشمی رفسنجانی و آیت الله امینی از امام مبنی بر عدم انتشار این نامه به صورت عمومی، امام خمینی (ره) در پاسخ، بنابر آنچه که حجت الاسلام روح الله حسینیان در یکی از سخنرانی‏های خویش در سال 71 مطرح کرد، می‌فرمایند: «البته اینکه من نامه 68/1/8 را پس گرفتم، نه اینکه پشیمان شدم و نه اینکه اصرار شما مرا وادار کرد که این نامه را پس بگیرم، فقط ترسیدم که با پخش این نامه، خون مردم به جوش بیاید و بریزند و آقای منتظری را بکشند...» (با استناد به کتاب "از جدایی تا رویارویی"، ص 80) با این حال، برای اولین بار نسخه‏ای از آن توسط حجت الاسلام فاکر در اختیار روزنامه جمهوری اسلامی قرار گرفت و در تاریخ 1 آذر سال 1376 در روزنامه مذکور به چاپ رسیده و مورد تأیید دفتر نشر آثار امام نیز قرار گرفت و در سال 1378 در ضمن کتاب صحیفه امام به چاپ رسید. امام (ره) در ابتدای این نامه تصریح می‌کنند که با دلی پر خون و قلبی شکسته هدفی از نوشتن این نامه جز آگاهی مردم ندارند و در ادامه نیز تاکید می‌کنند: «از آنجا ‌که روشن شده ‌است ‌که شما ‌این کشور و انقلاب اسلا‌می عزیز ‌مردم مسلمان ایران را پس ‌از من به دست لیبرال‌ها و ‌از کانال آن‌ها به منافقین می‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را ‌از دست داده‌اید» و در قسمتی دیگر از نامه نیز به گوشه‌ای از اشتباهات تاریخی آیت الله منتظری اشاره می‌کنند: «مثلاً در همین دفاعیه شما ‌از منافقین تعداد بسیار معدودی ‌که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین ‌از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌بینید ‌که چه خدمت ارزنده‌ای به استکبار کرده‌اید. در مسئله مهدی هاشمی قاتل، شما او را ‌از همه متدینین متدین‌تر می‌دانستید و با اینکه برایتان ثابت شده بود ‌که او قاتل ‌است مرتب پیغام می‌دادید ‌که او را نکشید. ‌از قضایای مثل قضیه مهدی هاشمی ‌که بسیار ‌است و من حال بازگو کردن تمامی آن‌ها را ندارم»   روزی که امام امت آرزوی مرگ می‏کند... امام (ره) در ادامه این نامه منتظری را فردی "ساده لوح" می‌نامد که نباید در کار سیاسی دخالت کند چرا که این خصوصیت وی منجر به تحریک شدن وی و عدم اخذ تصمیمات درست می‌شود و از وی می‌خواهند به اشتباه خود اعتراف کرده و توبه نماید تا شاید خداوند از سر تقصیرات وی بگذرد؛ و در ادامه نیز ضمن تاکید بر مخالفت خویش از ابتدا با قائم مقامی آیت الله منتظری، ضمن اشاره به این که "تاریخ اسلام پر ‌است ‌از خیانت بزرگانش به اسلام" در پایان از خداوند متعال می‌خواهند تا با نزدیک قرار دادن زمان مرگ خویش، باعث شود تا بیش از این طعم تلخ خیانت‌های دوستان را در دنیا نچشد و این دقیقاً همان نکته‌ای است که مرحوم سید احمد خمینی نیز در رنج‌نامه معروف خویش به آیت الله منتظری بر آن تاکید دارد: «یادتان هست در ملاقات آخر خود با امام شما نیم ساعت حرف زدید و امام سکوت کردند وقتی بلند شدید بروید امام فرمودند: "بیشتر حرف‌های شما درست نبود، خدا انشاء الله مرا ببخشاید و مرگم را برساند." امام تنها همین دو جمله را فرمودند آیا از خود پرسیده‌اید که چه کردید که امام مرگ خود را از خدا خواسته است و آن را به اطلاع شما رسانده است؟» و در نهایت تنها 63 روز پس از آنکه خمینی کبیر، از خداوند متعال مرگ خود را مطالبه نمود، به سوی آرامگاه ابدی خویش پرواز کرد، ملتی عزادار شد و روح خدا به خدا پیوست.   متن نامه حضرت امام (ره) خطاب به آیت الله منتظری به شرح ذیل است: بسم الله الرحمن الرحیم جناب آقای منتظری با دلی پر خون و قلبی شکسته چند کلمه‌ای برایتان می‌نویسم تا مردم روزی در جریان امر قرار گیرند. شما در نامه اخیرتان نوشته‌اید که نظر تو را شرعاً بر نظر خود مقدم می‌دانم؛ خدا را در نظر می‌گیرم و مسائلی را گوشزد می‌کنم. از آنجا که روشن شده است که شما این کشور و انقلاب اسلامی عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من به دست لیبرال‌ها و از کانال آنها به منافقین می‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید. شما در اکثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضعگیری‌هایتان نشان دادید که معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند. به قدری مطالبی که می‌گفتید دیکته شده منافقین بود که من فایده‌ای برای جواب به آنها نمی‌دیدم. مثلا در همین دفاعیه شما از منافقین تعداد بسیار معدودی که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌بینید که چه خدمت ارزنده‌ای به استکبار کرده‌اید. در مساله مهدی هاشمی قاتل، شما او را از همه متدینین متدین‌تر می‌دانستید و با اینکه برایتان ثابت شده بود که او قاتل است مرتب پیغام می‌دادید که او را نکشید. از قضایای مثل قضیه مهدی هاشمی که بسیار است و من حال بازگو کردن تمامی آنها را ندارم. شما از این پس وکیل من نمی‌باشید و به طلابی که پول برای شما می‌آورند بگویید به قم منزل آقای پسندیده و یا در تهران به جماران مراجعه کنند. بحمد الله از این پس شما مساله مالی هم ندارید. اگر شما نظر من را شرعاً مقدم بر نظر خود می‌دانید -که مسلماً منافقین صلاح نمی‌دانند و شما مشغول به نوشتن چیزهایی می‌شوید که آخرتتان را خراب‌تر می‌کند-، با دلی شکسته و سینه‌ای گداخته از آتش بی‌مهری‌ها با اتکا به خداوند متعال به شما که حاصل عمر من بودید چند نصیحت می‌کنم دیگر خود دانید: 1 - سعی کنید افراد بیت خود را عوض کنید تا سهم مبارک امام بر حلقوم منافقین و گروه مهدی هاشمی و لیبرال‌ها نریزد. 2 - از آنجا که ساده‌لوح هستید و سریعاً تحریک می‌شوید در هیچ کار سیاسی دخالت نکنید، شاید خدا از سر تقصیرات شما بگذرد. 3 - دیگر نه برای من نامه بنویسید و نه اجازه دهید منافقین هر چه اسرار مملکت است را به رادیوهای بیگانه دهند. 4 - نامه‌ها و سخنرانی‌های منافقین که به وسیله شما از رسانه‌های گروهی به مردم می‌رسید؛ ضربات سنگینی بر اسلام و انقلاب زد و موجب خیانتی بزرگ به سربازان گمنام امام زمان -روحی له الفدا- و خون‌های پاک شهدای اسلام و انقلاب گردید؛ برای اینکه در قعر جهنم نسوزید خود اعتراف به اشتباه و گناه کنید، شاید خدا کمکتان کند. و الله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم، ولی در آن وقت شما را ساده‌لوح می‌دانستم که مدیر و مدبر نبودید ولی شخصی بودید تحصیل‌کرده که مفید برای حوزه‌های علمیه بودید و اگر این گونه کارهاتان را ادامه دهید مسلما تکلیف دیگری دارم و می‌دانید که از تکلیف خود سرپیچی نمی‌کنم. و الله قسم، من با نخست‌وزیری بازرگان مخالف بودم ولی او را هم آدم خوبی می‌دانستم. و الله قسم، من رای به ریاست جمهوری بنی‌صدر ندادم و در تمام موارد نظر دوستان را پذیرفتم. سخنی از سر درد و رنج و با دلی شکسته و پر از غم و اندوه با مردم عزیزمان دارم: من با خدای خود عهد کردم که از بدی افرادی که مکلف به اغماض آن نیستم هرگز چشم‌پوشی نکنم. من با خدای خود پیمان بسته‌ام که رضای او را بر رضای مردم و دوستان مقدم دارم؛ اگر تمام جهان علیه من قیام کنند دست از حق و حقیقت برنمی‌دارم. من کار به تاریخ و آنچه اتفاق می‌افتد ندارم؛ من تنها باید به وظیفه شرعی خود عمل کنم. من بعد از خدا با مردم خوب و شریف و نجیب پیمان بسته‌ام که واقعیات را در موقع مناسبش با آنها در میان گذارم. تاریخ اسلام پر است از خیانت بزرگانش به اسلام؛ سعی کنند تحت تاثیر دروغ‌های دیکته شده که این روزها رادیوهای بیگانه آن را با شوق و شور و شعف پخش می‌کنند نگردند. از خدا می‌خواهم که به پدر پیر مردم عزیز ایران صبر و تحمل عطا فرماید و او را بخشیده و از این دنیا ببرد تا طعم تلخ خیانت دوستان را بیش از این نچشد. ما همه راضی هستیم به رضایت او؛ از خود که چیزی نداریم، هر چه هست اوست. و السلام. یکشنبه 6 / 1 / 68 روح‌الله الموسوی الخمینی (با استناد به صحیفه نور، ج 21، ص 330)   توضیحات آیت الله ری شهری در خصوص قسمت خط خورده اصل نامه امام خطاب به منتظری حجت‌الاسلام ری شهری در بیان خاطرات خود در مورد قسمت خط خورده اصل نامه دست‌نویس 68/1/6 حضرت امام به آیت الله منتظری می‌گوید: «قبل از ظهر به وزارت خانه آمدم. خبردار شدم که جمعی شب گذشته خدمت امام رسیده‌اند تا امام از ارسال نامه 68/1/6 با آقای منتظری منصرف کنند. ضمن تماس تلفنی از حاج احمد آقا پرسیدم که جریان شب گذشته چه بود؟ ایشان پاسخ دادند که آقایان [خامنه‌ای، مشکینی، هاشمی، امینی] می‌خواستند امام مسئله سلب عدالت [قسمت خط خورده نامه دست‌نویس امام به آیت الله منتظری] را از نامه بردارد که ایشان نپذیرفتند. تفصیل ماجرا این است: عصر یکشنبه 68/1/6 دفتر امام از آیت الله خامنه‌ای و آقای هاشمی می‌خواهد که نامه یادشده را به آقای منتظری در قم برسانند. همچنین مجلس خبرگان تشکیل شود و به دستور امام در خصوص عزل آقای منتظری تصمیمی گیری نماید. لذا آیت الله خامنه‌ای، آیت الله مشکینی، آیت الله امینی، آیت الله مؤمن و آیت الله طاهری خرم آبادی در دفتر آیت الله هاشمی رفسنجانی جلسه‌ای را ترتیب می‌دهند که دراین‌باره تصمیم‌گیری کنند. در آن جلسه جمع مذکور به این نتیجه می‌رسند که ابلاغ چنین نامه تندی به آقای منتظری و تشکیل مجلس خبرگان برای عزل ایشان مصلحت نیست و لذا تصمیم می‌گیرند که خدمت امام برسند و نظر خود را به امام بگویند. شب هفتم فروردین 68 نام بردگان به استثنای آقایان مؤمن و طاهری خدمت امام می‌رسند و نظر خود را می‌گویند و از ایشان می‌خواهند که از ارسال نامه به آقای منتظری منصرف شود و به گفته حاج احمد آقا لااقل موضوع سلب عدالت را از نامه حذف کنند.» همچنین حضرت امام در جلسه هیئت‌رئیسه مجلس خبرگان که جهت وساطت مبنی بر عدم پخش نامه 68/1/6 و یا حداقل حذف قسمت سلب عدالت خدمت حضرت امام رسیده بودند می‌فرمایند: «در وضعیت فعلی حجت بر من تمام‌شده و اگر روزی مملکت دست آقای منتظری بیفتد نزدیکان و محرکان ایشان مملکت را قبضه می‌کنند و سپس خود شورا می‌کشند. من وظیفه دارم انقلاب را نجات دهم. کسی که یک بیت را نمی‌تواند اداره کند چگونه می‌تواند یک مملکت را به او سپرد.» نکته قابل‌توجه در کارنامه نخست‌وزیر وقت میرحسین موسوی این است که او در همان روز 6 فروردین و قبل از جواب دادن آیت الله منتظری به نامه حضرت امام، در نامه‌ای جمع‌آوری عکس آیت الله منتظری را ابلاغ می‌کند. 
آیت‏ الله منتظری پس از دریافت نامه حضرت امام (ره) و آگاهی از نظرات معظم له درباره خود، طی نامه‌ای استعفای خویش را اعلام می‏دارد. وی در کتاب خاطرات خود با ذکر متن نامه حضرت امام(ره) می‏نویسد: «حدودا یکی دو ساعت بعد از ظهر، آقای حاج شیخ عبدالله نوری از تهران وارد شد و گفت: "قرار بوده این نامه را در رادیو تلویزیون بخوانند ..." و با حالت گریه، متنی را از جیبشان درآوردند و گفتند: "من در ماشین این متن را نوشته ام که شما این مضمون را به امام بنویسید."  در حقیقت یک چیزی متضمن اعتراف به گناه و همکاری با منافقین و توبه نامه بود که می خواستند از من امضا بگیرند. آقای دری هم متن مشابهی را آماده کرده بود. به خیال خودشان می خواستند بیت امام را راضی کنند تا نامه ایشان در رسانه ها پخش نشود. من گفتم: "آخر این چه حرف هایی است که شما می زنید؟ من گناه کار نیستم که توبه کنم. اعتراف به امر دروغ گناه است... حالا که اصرار دارید، من خود سر فرصت یک چیز مناسبی با فکر خودم می نویسم." آنها رفتند و من به فکر خود، نامه 7/1 را – که از رسانه ها منتشر شد- نوشتم و به وسیله آقای نوری برای دفتر امام فرستادم.» (با استناد به کتاب خاطرات آیت الله منتظری، ص 677 و 678)   متن نامه آیت‏الله منتظری خطاب به رهبر فقید انقلاب چنین است: بسم‌الله الرحمن الرحیم محضر مبارک حضرت آیت‌الله العظمی امام خمینی مدظله‌العالی با سلام و تحیت، مرقومه شریفه مورخ 68/1/6 واصل شد. ضمن تشکر از ارشادات و راهنمایی‌های حضرت‌عالی به عرض می‌رساند، مطمئن باشید همان‌گونه که از آغاز مبارزه تاکنون، در همه مراحل همچون سربازی فداکار و از خود گذشته و مطیع در کنار حضرت‌عالی و در مسیر اسلام و انقلاب بوده‌ام، اکنون نیز خود را ملزم به اطاعت و اجرای دستورات حضرت‌عالی می‌دانم؛ زیرا بقا و ثبات نظام اسلامی مرهون اطاعت از مقام معظم رهبری است. برای هیچ کس قابل شک نیست که این انقلاب عظیم تاکنون در سایه رهبری و ارشادات حضرت‌عالی از خطرات مهمی گذشته است و دشمنان زیادی همچون منافقین کوردل که دستشان به خون هزاران نفر از مردم و شخصیت‌های عزیز ما و از جمله فرزند عزیز خود من آغشته است و سایر جناح‌های مخالف و ضد انقلاب و سازش‌کار و لیبرال مآب‌های کج فکر و رسوا را از صحنه خارج نموده است. آیا جنایات هولناک و ضربات ناجوانمردانه این روسیاهان کوردل به انقلاب و کشور و ملت عزیز و فداکار ما فراموش‌شدنی است؟ و اگر بلندگوهای آنان و رادیوهای بیگانه خیال می‌کنند با جوسازی و نشر اکاذیب و شایعه‌پراکنی‌ها به نام این‌جانب می‌توانند به اهداف شوم خود برسند و در همبستگی ملت ما رخنه کنند، سخت در اشتباهند؛ و راجع به تعیین این‌جانب به عنوان قائم‌مقام رهبری، خود من از اول جداً مخالف بودم و با توجه به مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، همان وقت به مجلس خبرگان نوشتم که تعیین این‌جانب به مصلحت نبوده است. و اکنون نیز عدم آمادگی خود را صریحاً اعلام می‌کنم و از حضرت‌عالی تقاضا می‌کنم به مجلس خبرگان دستور دهید مصلحت آینده اسلام و انقلاب و کشور را قاطعانه در نظر بگیرند و به من اجازه فرمایید همچون گذشته یک طلبه کوچک و حقیر در حوزه علمیه به تدریس و فعالیت‌های علمی و خدمت به اسلام و انقلاب، زیر سایه رهبری حکیمانه حضرت‌عالی، اشتغال داشته باشم. اگر اشتباهات و ضعف‌هایی که لازمه طبیعت انسان است رخ داده باشد، ان‌شاءالله با رهبری‌های حضرت‌عالی مرتفع گردد؛ و از همه برادران و خواهران عزیز و علاقمند تقاضا می‌کنم مبادا در مورد تصمیم مقام معظم رهبری و خبرگان محترم، به بهانه حمایت از من، کاری انجام دهند و یا کلمه‌ای بر زبان جاری نمایند؛ زیرا مقام معظم رهبری و خبرگان جز خیر و مصلحت اسلام و انقلاب را نمی‌خواهند. امید است این شاگرد مخلص را همیشه از راهنمایی‌های ارزنده خود بهره‌امند و از دعای خیر فراموش نفرمایید. والسلام علیکم و رحمه‌الله و برکاته 1368/1/7   آیت الله ری شهری وزیر اطلاعات وقت در خاطراتش بیان می‌کند: «آقای سید حسن خمینی برای من نقل کرد موقعی که صدای جمهوری اسلامی متن این نامه [68/1/7 منتظری به امام] را در ساعت 14 پخش می‌کرد من در منزل نزد امام بودم و کسی در منزل نبود. حضرت امام با شنیدن آن سه بار فرمود: خدا لعنت کند مهدی هاشمی را» (با استناد به کتاب "سنجه انصاف"، ص 283) 
حضرت امام خمینی(ره) در تاریخ 14 فروردین ماه سال 1368، در پاسخ به نامه استعفای آیت الله منتظری از سمت قائم مقامی، نامه‏ای خطاب به ایشان منتشر می کنند که متن کامل نامه به شرح ذیل است:   بسم الله الرحمن الرحیم جناب حجت‌الاسلام و المسلمین آقای منتظری دامت افاضاته با سلام و آرزوی موفقیت برای شما، همان طور که نوشته‌اید، رهبری نظام جمهوری اسلامی کار مشکلات و مسئولیت سنگین و خطیری است که تحملی بیش از طاقت شما می‌خواهد و به همین جهت هم شما و هم من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودیم و در این زمینه هر دو مثل هم فکر می‌کردیم؛ ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند و من هم نمی‌خواستم در محدوده قانونی آن‌ها دخالت کنم. از اینکه عدم آمادگی خود را برای پست قائم‌مقامی رهبری اعلام کرده‌اید، پس از قبول صمیمانه از شما تشکر می‌نمایم. همه می‌دانند که شما حاصل عمر من بوده‌اید و من به شما شدیداً علاقمندم. برای اینکه اشتباهات گذشته تکرار نگردد، به شما نصیحت می‌کنم که بیت خود را از افراد ناصالح پاک نمایید و از رفت‌وآمد مخالفین نظام که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می‌زنند، جداً خودداری کنید. من این تذکر را در قضیه مهدی هاشمی هم به شما دادم. من صلاح شما و انقلاب را در این می‌بینم که شما فقیهی باشید که نظام و مردم از نظرات شما استفاده کنند. از پخش دروغ‌های رادیو بیگانه متأثر نباشید؛ مردم ما شما را خوب می‌شناسند و حیله‌های دشمن را هم خوب درک کرده‌اند که با نسبت هر چیزی به مقامات ایران، کینه خود را به اسلام نشان می‌دهند. طلاب عزیز، ائمه محترم جمعه و جماعات، روزنامه‌ها و رادیو و تلویزیون باید برای مردم این قضیه ساده را روشن کنند که در اسلام، مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر هر چیز است و همه باید تابع آن باشیم. جنابعالی ان‌شاءالله با درس و بحث خود، حوزه و نظام را گرمی می‌بخشید. والسلام علیکم روح‌الله الموسوی الخمینی. 68/1/14   بدین‌سان سرانجام یکی از مسائل مهم نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران که می‌رفت تا اساس و بنیان جمهوری اسلامی ایران را به خطر اندازد، با سرپنجه تدبیر حکیمانه بنیان‌گذار کبیر انقلاب اسلامی، از سر راه جریان قدرتمند انقلاب اسلامی برداشته شد.  
عواملی چون عدم استقلال شخصیت سیاسی و اجتماعی، سادگی، خودمحوری، خود بزرگ بینی، عدم اعتقاد قلبی به باورها، عدم ثبات فکری، تأثیرپذیری از لیبرال‌ها و منافقین، قدرت‌طلبی، نداشتن تحلیل جامع از اوضاع ایران و جهان را می‌توان درباره شخصیت آیت‏الله منتظری و دلایل عزل او مورد توجه قرارداد.  آیت‌الله مهدوی کنی از مبارزان پیشتاز و یاران حضرت امام خمینی (ره) تک‏روی را مورد تاکید قرار می‌دهد و بر این باور است: «آقای منتظری نوعی تک‌روی در مسائل داشت و نظرات خودشان را بیان می‌کردند. نقدهایی نسبت به مسائل سیاسی کشور از جمله سپاه، قوه قضائیه و دولت داشتند گاهی به خود امام (ره) مستقیم و غیرمستقیم اشکال وارد می‌کرد... یک بار آقای منتظری خودش به من گفت: «امام مرا خواسته است و گفتند چرا حرف‌هایی می‌زنید که رادیو بغداد این‌ها را می‌گوید؟»» برخی تحلیل گران، سادگی، احساسی بودن و عدم تحلیل جامع را مورد توجه قرار داده‌اند. این دسته از تحلیل گران، به صدور بیانیه توسط آقای منتظری در حمایت از منافقین که علیه نظام مبارزه مسلحانه به راه انداخته بودند، اشاره می‌کنند. منتظری طی نامه‌ای خطاب به امام خمینی (ره) از منافقین با عنوان «جوان‌های مسلمان و متدین که تصلب آنان نسبت به شعایر اسلامی و اطلاعات عمیق و وسیع آنان بر احکام و معتقدات مذهبی معروف است» یاد می‌کند و از امام خمینی (ره) «جهت تقویت و حفظ دماء آنان که مخالفین سعی می‌کنند آن‌ها را منحرف قلمداد کنند» استمداد می‌طلبد. حمایت آیت الله منتظری از منافقین باعث شد شکاف بین امام خمینی (ره) و آیت الله منتظری بیشتر نمایان شده و امام دیگر سکوت را جایز نداند. امام در نامه معروف خود به آیت الله منتظری خاطر نشان می‏کند: «شما در اكثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضعگیری هایتان نشان دادید كه معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر كشور حكومت كنند. به قدری مطالبی كه می‌گفتید دیكته شده منافقین بود كه من فایده‌ای برای جواب به آنها نمی‌دیدم. مثلا در همین دفاعیه شما از منافقین تعداد بسیار معدودی كه در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محكوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌بینید كه چه خدمت ارزنده‌ای به استكبار كرده‌اید.» در مقابل، آیت الله  منتظری تا آخر عمر این مطلب را نمی پذیرفت و قویاً هرگونه حمایت از منافقین و تحت تأثیر آنها قرار گرفتن را رد می‏کرد.  در خاطرات آیت الله منتظری سؤال کننده از وی پرسیده است: «مسئله دیگری که به شما نسبت داده شده این است که شما از منافقین و لیبرال ها حمایت می کرده اید، اصولاً مبنای این نسبت چیست؟ آیا حضرتعالی موضعگیری خاصی داشتید که اینها چنین نسبتی به شما داده اند؟» منتظری هم در جواب گفته: «من به زندان ها نماینده می فرستادم که زندان ها را بازرسی کنند که اخلاق اسلامی در آنها رعایت شود... من با تندروی مخالف بودم...!» اما وی هیچ وقت توضیح نداد که با وجود اینکه هیچ گاه رفتارهای ضد اسلامی در زندانها به وی گزارش نشد چرا در این زمینه سکوت کرده بود.  
تاریخ اسلام و انقلاب، ماجراهای عبرت‌انگیز، کم به خود ندیده است، ولی سرگذشت آیت آلله منتظری یکی از عبرت‌انگیزترین آن‌هاست. کسی که روزی «امید امت و امام» تلقی می‌شد و به عنوان یک مخالف تئوریک سازمان مجاهدین خلق در رد آنان مطلب می‌نوشت و سخن می‌گفت و حتی داغ فرزندش را هم از جنایت منافقین در هفت‌تیر بر دل داشت، بعدها به مرور به سمت حمایت از آنان (اگرچه نه به لفظ) کشیده شد و همین تفاوت نگاه به منافقین از جانب او و امام (به انضمام برخی مسائل دیگر) کار را بدان جا کشید که حضرت امام «حاصل عمر» خود را «با دلی شکسته و سینه‌ای گداخته از آتش بی‌مهری‌ها» کنار بگذارند.   نمونه مستند از تأثیرگذاری هدفمند منافقین بر ذهن آیت آلله منتظری حضرت امام (ره) در این مدت سعی بسیار نمودند تا آیت آلله منتظری حقایق مربوط به منافقین را درست درک کند ولی وی با تأکید گسترده بر وجود «شکنجه‌های سبعانه و اعدام‌های بی‌رویه» در زندان‌ها، منافقین را افرادی مظلوم فرض می‌کرد که برای احقاق حق آنان باید هر کاری کرد؛ یعنی آیت آلله منتظری در ذهنیت خود به عنوان یک عمل صحیح اسلامی و واجب شرعی به دفاع از منافقین در برابر شکنجه‌ها و اعدام‌هایی که ادعا می‌شد وجود دارد بر خواسته بود. وی در نوشته کوتاهی خطاب به حضرت امام آورده است: «شنیده شد فرموده‌اید: "فلانی [یعنی آیت آلله  منتظری] مرا [یعنی امام را] شاه و اطلاعات مرا ساواک شاه فرض می‌کند" البته حضرت عالی را شاه فرض نمی‌کنم ولی جنایات اطلاعات شما و زندان‌های شما روی شاه و ساواک شاه را سفید کرده است، من این جمله را با اطلاع عمیق می‌گویم.» (خاطرات آیت آلله منتظری، جلد 2، صفحه 1212) اما این اطلاع عمیق، از کدام منابع موثق برای آیت آلله منتظری حاصل شده بود که حاضر نبود هیچ سخن مخالفی دراین‌باره را (ولو از صدیق‌ترین افراد) بپذیرد؟      تبیین امام از تأثیرپذیری آیت آلله  منتظری از منافقین  حضرت امام (ره) در نامه معروف 6 فروردین سال 68 به آیت آلله منتظری بر چند نکته تأکید کرده‌اند که تا حدی ماجرا را تبیین می‌کند. ایشان به آیت آلله منتظری نوشته‌اند: «ساده‌لوح هستید و سریعاً تحریک می‌شوید» و در بخشی دیگر از همان نامه به تحریک شدن آیت آلله  منتظری توسط منافقین اشاره فرموده و در باب انتقادات او به نظام نوشته‌اند: «به قدری مطالبی که می‌گفتید دیکته شده منافقین بود که من فایده‌ای برای جواب آن‌ها نمی‌دیدم» و در ادامه نامه هم به این مطلب که آیت آلله منتظری تریبون منافقین شده است پرداخته و مرقوم کرده‌اند: « نامه‏ها و سخنرانی‌های منافقین که به وسیله شما از رسانه‏هاى گروهى به مردم مى‏رسید؛ ضربات سنگینى بر اسلام و انقلاب زد و موجب خیانتى بزرگ به سربازان گمنام امام زمان -روحى له الفداء- و خون‌های پاک شهداى اسلام و انقلاب گردید.»   تکذیب این موضوع توسط آیت آلله منتظری؛ بیرون آمدن کلید قضیه  در مقابل، آیت آلله منتظری تا آخر عمر این مطلب را نمی‌پذیرفت و قویاً هرگونه حمایت از منافقین و تحت تأثیر آن‌ها قرار گرفتن را رد می‌کرد. در خاطرات آیت آلله منتظری، سؤال‌کننده از وی پرسیده است: «مسئله دیگری که به شما نسبت داده‌شده این است که شما از منافقین و لیبرال‌ها حمایت می‌کرده‌اید، اصولاً مبنای این نسبت چیست؟ آیا حضرتعالی موضع گیری خاصی داشتید که این‌ها چنین نسبتی به شما داده‌اند؟» آیت آلله منتظری هم در جواب گفته است: «من همیشه زندانبان‌ها و مسئولین زندان را از برخورد غیر اسلامی با زندانیان بر حذر می‌داشتم. من به زندان‌ها نماینده می‌فرستادم که زندان‌ها را بازرسی کنند که اخلاق اسلامی در آن‌ها رعایت شود و به زندانیان ظلم نشود... آیت آلله انصاری نجف‌آبادی و ... مدت‌ها نماینده من در زندان‌ها بودند و به شکایات زندانیان رسیدگی می‌کردند. خلاصه من با تندروی‌ها مخالف بودم.» آیت آلله منتظری در این فراز، به صورت ناخواسته یکی از کلیدهای روشن شدن ماجرا را رو می‏کند: "انصاری نجف‌آبادی".   ایرج مصداقی و نمونه‌ای از تأثیرگذاری بر ذهن آیت آلله منتظری ایرج مصداقی یکی از اعضای پروپا قرص سازمان منافقین بود که در سال 60 دستگیر شد و به 10 سال زندان محکوم گردید. (طبق آنچه از خاطراتش بر می‌آید) از رهبران اصلی تشکیلات و شبکه مخفی منافقین در زندان محسوب می‌شده و (به اعتراف خودش در کتاب خاطراتش) نقشی بسیار پررنگ در شستشوی مغزی جوانان فریب‌خورده منافقین و تلاش برای عدم بازگشت آنان به دامن نظام داشته و خلاصه طبق اصطلاحی که خودش از قول مسئولان زندان نقل کرده، «منافق تیر» محسوب می‌شده است. او پس از آزادی از زندان به خارج از کشور رفت و با انواع تبلیغات و پمپاژ دروغ، به مبارزه با نظام اسلامی ایران پرداخت. وی در کتابی مفصل در چهار جلد که توسط انتشاراتی در سوئد منتشر نمود به خاطرات زندان خود پرداخت. نقد این کتاب فرصتی دیگر می طلبد، ولی در لابه‌لای این کتاب (در عین آنکه بسیار ماهرانه سعی کرده تصویر وحشتناک مورد نظر خود را از زندان‌های ایران عرضه کند) ناخواسته حقایقی را لو داده است. در جلد دوم کتاب مصداقی، ماجرایی نقل‌شده که ما را به همان کلید فوق‌الذکر می‌رساند: «روزی، درحالی‌که در بهداری روی تختم دراز کشیده بودم، در اتاق باز شد و آخوندی به نام ناصری به همراه پاسداران و مسئول بهداری وارد اتاق شدند. وی خودش را ناصری "نماینده‌ی آیت‌الله منتظری در امور زندان‌ها" معرفی کرد و تلاش کرد که با تک تک ما صحبت کند. "ناصری" نام مستعار وی بود و نام اصلی‌اش انصاری نجف‌آبادی بود» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 136) بنا بر قول این کتاب، مصداقی از صحبت با او امتناع می‌کرده و او با خواهش و اصرار به صحبت با مصداقی می‌پردازد. طبق مطالب این کتاب، مصداقی در این صحبت‌ها بسیار از موضع بالا برخورد می‌کرده است. اما با کمال تعجب، چند روز بعد از آن صحبت‌ها او را به دفتر زندان می‌خوانند و در آنجا با «انصاری نجف آبادی» مواجه می‌شود که منتظر اوست. مصداقی در ادامه به شرح گفتگوی خود با انصاری پرداخته و نقل می‏کند که چطور شکنجه‌ها و سبعیت های انجام‌گرفته (!) روی خود و دیگر زندانیان را برای انصاری توضیح داده است.   مشی تشکیلاتی منافقین برای واقعی جلوه دادن شایعه شکنجه باید توجه کرد که طبق یک مشی تشکیلاتی، منافقین موظف بودند با توان هرچه تمام‌تر راجع به انواع شکنجه‌های (البته خیالی) روی خود سخن بگویند و آن را واقعی جلوه دهند. حتی از برخی مسئولین امنیتی نقل‌شده که برخی زندانیان زن منافق که محکوم به اعدام بودند، خود را ازاله بکارت می‌کردند و برخی زندانیان مرد منافق محکوم به اعدام، آلت خود را با سیگار می‌سوزاندند تا پس از آنکه جسدشان به خانواده‌شان تحویل داده شد، آن‌ها به شکنجه شدن عزیزانشان یقین کنند و از این طریق تضاد جامعه و نظام افزایش یابد. در همین زمینه می‌توان به خاطره‌ای از آیت آلله  طاهرزاده (که خود پیش از انقلاب از اعضای مجاهدین خلق بوده) هم استناد کرد که گفته است: «بعد از انقلاب در اوین لاجوردی از من دعوت کرد و گفت بیا این تخم و ترکه‌هایت را ببین. ببین توی ایران چی پاشیدی! آن موقع من در کمیته ستاد مشترک بودم. من به اوین رفتم. با لاجوردی از قبل هم‌سلول بودیم و همدیگر را خوب می‌شناختیم. آقای لاجوردی از بعضی مسائل اصلاً نمی‌گذشت. در میان مجاهدین، غیر از من فکر نمی‌کنم کسی را قبول داشتند، حالا چه دلیلی داشت؟ نمی‌دانم، ولی می‌دانم که آدم باهوشی بود. ایشان آمد و به من گفت: چطوری داداش؟ گفتم:‌ خوبم. تو چطوری؟ داری جلادی می‌کنی؟ قاه قاه خندید و گفت:‌ بیا می‌خواهم نشانت بدهم که دارم چه می‌کنم. همین طور که به طرف دفترش در طبقه 2 یا 3 می‌رفتیم، چند تا دختر آمدند. صدایشان زد و گفت بیایید. آمدند جلو. از آن‌ها پرسید: در اینجا کسی شما را شکنجه کرد؟ هیچ یادم نمی‌رود. یکی از دخترها که مشخص بود او را نمی‌شناخت، گفت:‌ بله. آقای لاجوردی ما را شکنجه کرد. لاجوردی به من اشاره کرد و گفت:‌ این آقا را آورده‌ایم که لاجوردی هر کاری کرده، تنبیهش کند. حالا بگویید چه شکایتی دارید؟ آن‌ها حرف‌هایی زدند و بعد آقای لاجوردی به یکی از پاسدارها گفت آن‌ها را ببرد. بعد رفتیم دفترش و آقای طهوری هم آمد و ناهار را هم باهم خوردیم و تا عصر بودم و برگشتم به کمیته. گفتم: اسدالله! من از این چیزها اطلاعی ندارم. این‌ها تخم و ترکه‌های ما نیستند. ما این قدر آدم‌های نپخته که این جوری به کسی اتهام بزند، نداریم. اگر حقیقت را بگوید، چه بهتر و این شهامت است، ولی اینکه ندیده و نشناخته حرف بزند و بدون اینکه کسی را بشناسد، به خود تو بگوید لاجوردی مرا شکنجه کرده، چنین آدمی نداریم. این خاطره هیچ یادم نمی‌رود. در محوطه اوین بود.» (ویژه‌نامه رمز عبور 1، صفحه 82) مصداقی در خلال نقل همان گفتگو با انصاری، نوشته است: «[انصاری] چند بار در خلال صحبت‌هایش گفت: من دست شما را می‌بوسم، می‌دانم مظلوم واقع‌شده‌اید. "آقا [منتظری] از طریق من مطلع شده‌اند که در این جا چه گذشته است و بر سر زندانیان و به ویژه زنان چه آمده است... او تأکید کرد: وقتی "آقا" متوجه اوضاع شدند، از خشم در اتاق دور خودشان می‌چرخیدند و بدوبیراه می‌گفتند. عاقبت خبر داد که دو روز پیش نیز جمعی از بازجویان و کارمندان دادستانی و زندان‌ها را به حضور پذیرفته و خیلی به آن‌ها تاخته که امکان پخش آن از تلویزیون نیست.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 137) مصداقی تأکید دارد تا اینجای کار حرف خاصی از انصاری نشنیده، ولی در اینجا یک مطلب رخ می‌دهد که امید مصداقی را برای پیش برد خط تشکیلاتی‌اش زیاد می‌کند: «او [یعنی انصاری] سپس افزود که در اوین عده‌ای امامشان شده است لاجوردی، این "قصاب" و "فاشیست جنایت‌کار". این‌ها دقیقاً تعابیر وی نسبت به لاجوردی بود... ارزیابی او از لاجوردی دست من را برای برخوردهای بعدی باز کرد.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 138) (با عرض پوزش از خوانندگان، به دلیل ذکر این عبارات سخیف راجع به آن شهید بصیر). از همین جاست که انصاری (که ظاهراً دچار همان ساده‌لوحی معهود بوده و حسابی توسط دروغ‌های مصداقی و دیگر منافقین پخته‌شده بوده) با اصرار و حتی نوعی التماس از مصداقی می‌خواهد شخصاً این مسائل را برای آیت آلله منتظری بنویسد: «او گفت: خواهش می‌کنم این‌ها را برای "آقا" بنویس. گفتم: به من چه ربطی دارد، من که نماینده‌ی او نیستم. شما که نماینده‌ی او هستید، این وظیفه را دارید. گفت: من خودم این کار را انجام خواهم داد ولی شما نیز لطفاً دریغ نکنید و از نگاه خودتان مسائل را مطرح کنید. ... دوباره تأکید کرد: خواهش می‌کنم این‌ها را برای "آقا" بنویس و توضیح بده.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحات 138 و 139) ادامه صحبت‌های آن دو مفصل است و انصاری هرچه را مصداقی می‌گوید تأیید می‌کند و دائم برای آخرت خود و دیگران دل می‌سوزاند که چطور می‌خواهند جواب این همه ظلم (همان ادعاهای منافقین) را بدهند! بعد از اتمام بحث، انصاری مجدداً از مصداقی می‏خواهد که این‌ها را برای آیت آلله منتظری بنویسد.   نوشتن نامه برای تکرار ماجرای بنی صدر درباره آیت آلله منتظری  مصداقی در ادامه کتاب خاطراتش (ضمن تلاش برای آن که آن دستور تشکیلاتی از پرده بیرون نیفتد) به تفکرات خود در باب نوشتن یا ننوشتن نامه پرداخته و نقطه عزیمت خود را چنین توضیح داده است: «من یک موضوع کلی را در ذهنم مبنا گرفتم و آن واقعی بودن تضاد بین منتظری و وابستگانش با خمینی و جریان حاکم بر زندان‌ها بود.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 141) مصداقی تحلیل خود را برای تلاش در جهت جدا کردن آیت آلله منتظری از امام و نظام و رو در رو قرار دادن آن‌ها را این‌گونه شرح نموده است: «شرایط حاکم بر زندان‌ها، پاشنه آشیل منتظری بود. او خود در زمان شاه در زندان به سر برده بود و با شرایط زندان به خوبی آشنا بود و به سادگی می‌توانست شرایط زندان‌های جمهوری اسلامی را با شرایط زندان‌های زمان شاه و آن چه که خود در رژیم "طاغوت و ضد اسلامی" تجربه کرده بود، مقایسه کند. احساس می‌کردم برملا کردن شرایط وحشتناک زندان‌ها و تمامی اعمال ضد بشری که بر زندانیان روا می‌داشتند، ممکن است او را بِشکَند. معتقد بودم که منتظری از یک صداقت نسبی برخوردار است. احساسم این بود که فاصله گرفتن او از خمینی، چه بسا به سود جنبش باشد و باعث آزاد شدن انرژی‌های زیادی شود. اگر نگاشتن آن چه که ناصری بر آن اصرار می‌ورزید، در این راستا به کار آید چه ایرادی دارد؟» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحات 141 و 142) البته بد نیست در همین جا اشاره کنیم که این ترفند (بیرون بردن مسئولان نظام از دایره آن، با روش‌های گوناگون) از سوی منافقین مسبوق به سابقه بود و قبلاً درباره بنی صدر هم اجرا شده بود (همان مطلبی که امام هم بدان اشاره کرده و منافقین را گرگ‌های اطراف بنی صدر که او را تباه می‌کنند خوانده بود). مصداقی در جلد اول کتابش طی شرح ماجرایی، به آن موضوع هم اعتراف کرده است: «بنی صدر رئیس جمهور وقت رژیم که هنوز توسط مانورهای ماهرانه‌ مجاهدین از خمینی جدا نشده بود، نقشی دوگانه در این میان داشت و تلاش می‌کرد تا آن جا که ممکن است منافع خود را تأمین کرده و گلیمش را از آب بیرون بکشد.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد اول، صفحه 267) در هر حال مصداقی در نهایت، تصمیم خود را بر همان مبنای جدا کردن آیت آلله منتظری از نظام استوار می‌کند: «می‌دانم قصدم از این کار چیست و آگاهانه نسبت به آن اقدام می‌کنم. شاید اندکی تأثیرگذار باشد و او را در مسیری دیگر قرار دهد... به این نتیجه رسیدم که نوشتن آن چه که بر من رفته یا شاهدش بوده‌ام، می‌تواند مفید باشد.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 142)   کتابچه‌ای اختصاصی برای آیت آلله منتظری مصداقی سپس شرح سوزناکی از تعدادی از شکنجه‌های رایج (که اصولاً حقیقتی جز در ذهن او نداشت) را ذکر می‌کند که آن‌ها را برای آیت الله منتظری نوشته و صریحاً اذعان می‌کند که این نامه (کتابچه) را به گونه‌ای نوشته که بر روی آیت آلله منتظری تأثیر بگذارد: «به هر حال نامه به یک گزارش و شرح ماوقع شبیه بود. در گزارش مزبور به شکلی مشروح و مبسوط شرایط غیرانسانی حاکم بر زندان‌ها ... را در یک دفترچه‌ی 40 برگی با ذکر نمونه‌های متعدد توضیح دادم. در خاتمه تلاش کردم بیشتر روی مسائلی که برای کسی چون منتظری مهم و به گونه‌ای اصلی بود، تمرکز کنم و از پرداختن به دیگر موضوعات بگذرم.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 142) در نهایت مصداقی این دفترچه را به انصاری نجف آبادی تحویل می‏دهد. انصاری هم آن را به دست آیت آلله منتظری می‌رساند تا خواسته یا ناخواسته، نقشه منافقین را تکمیل نموده باشد: «یک هفته بعد او [انصاری] ضمن مراجعه به بند گفت: مطالب را به همان شکل به "آقا" (منتظری) دادم. فقط نام تو را حذف کردم، زیرا ترسیدم "آقا" حواسشان نباشد و این‌ها را به شورای عالی قضایی و یا نهادهای ذی‌ربط برای بررسی و رسیدگی بدهند و آن‌ها گریبان تو را بگیرند که چرا چنین چیزهایی را مطرح کرده‌ای.» (خاطرات زندان ایرج مصداقی، جلد دوم، صفحه 143) این تنها یک نمونه بود از گزارشاتی که به آیت آلله منتظری می‌رسید (و با توجه به حضور باند مهدی هاشمی در اطراف وی و با توجه به اصرارهای امثال انصاری نجف آبادی و دیگر یارانش به زندانیان برای نوشتن این قبیل مطالب، باید متعدد اندر متعدد هم بوده باشد) و آیت آلله منتظری بر مبنای آن‌ها نظام و انقلاب را محکوم می‌کرد.  
پس از برکناری آیت الله منتظری، طبعاً زمزمه هایی به طرفداری از ایشان در میان برخی از شخصیت‏های سیاسی مطرح شد. حضرت امام خمینی(ره) برای پیش گیری از هر نوع فتنه انگیزی و تبیین این موضوع که برکناری آیت الله منتظری اقدامی سنجیده و برپایه مطالعه دو ساله در جهت حفظ نظام بوده است، در نامه ای خطاب به نمایندگان مجلس شورای اسلامی و وزیران اینطور مرقوم نمودند:    بسم الله الرحمن الرحيم خدمـت فرزندان عزيز، نمايندگان محترم مجلس شوراى اسلامى و وزراء محترم دامت افاضاتهم بـا سلام؛ شنيدم در جريان امر حضرت آقاى منتظرى نيستيد و نمى دانيد قضيه از چه قرار است. همين قدر بدانيد كه پدر پيرتان بيش از دو سال است در اعلاميه ها و پيغام ها تمام تلاش خود را نموده است تا قضيه بدين جا ختم نگردد ولى مـتـاسفانه موفق نشد. از طرف ديگر وظيفه شرعى اقتضا مى كرد تا تصميم لازم را براى حفظ نظام و اسلام بگيرد، لذا با دلى پر خون حاصل عمرم را براى مصلحت نظام و اسلام كنار گذاشتم . انشاء الله خواهران و برادران در آينده تا اندازه اى روشن خواهند شد. سفارش اين موضوع لازم نيسـت كه دفاع از اسلام و نظام شوخى بردار نيست و در صورت تخطى، هر كس در هر موقعيت بلافاصله به مردم معرفى خواهد شد. توفيق همگان را از خداوند متعال خواستارم. والسلام عليكم و رحمه الله و بركاته روح الله الموسوى الخمينى تاريخ 68/1/26 (با استناد به صحیفه نور حضرت امام، ج 21، ص 350)   
سقوط آیت الله منتظری را می‌توان از ابعاد مختلف مورد بررسی قرارداد اما بدون تردید این ماجرا از هر زاویه که مورد بررسی قرار گیرد، یک وجه غیرقابل‌انکار دارد و آن هم شخصیت ساده ایشان است. این مسئله تا آنجا آشکار بود که امام خمینی (ره) در نامه معروف 6 فروردین سال 68 خود دو بار به این مسئله اشاره می‌کنند:  «از آنجا که ساده‌لوح هستید و سریعاً تحریک می‌شوید در هیچ کار سیاسی دخالت نکنید، شاید خدا از سر تقصیرات شما بگذرد.» «و الله قسم، من از ابتدا با انتخاب شما مخالف بودم، ولی در آن وقت شما را ساده‌لوح می‌دانستم که مدیر و مدبر نبودید ولی شخصی بودید تحصیل‌کرده که مفید برای حوزه‌های علمیه بودید و اگر این‌گونه کارهاتان را ادامه دهید مسلماً تکلیف دیگری دارم و می‌دانید که از تکلیف خود سرپیچی نمی‌کنم." اما جدای از تصریح امام به این موضوع، روایت کریم سنجابی از آیت الله منتظری نیز جالب توجه است. سنجابی از چهره‌های ارشد جبهه ملی و همراه دکتر مصدق است که پیش از انقلاب مدتی رییس دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران بود و بعد از انقلاب به عنوان وزیر خارجه دولت بازرگان انتخاب گردید و بعد از استعفای دولت موقت به یک ضدانقلاب تمام‌عیار تبدیل شد و از ایران گریخت. وی در 21 اکتبر 1983 و در گفتگو با بخش تاریخ شفاهی دانشگاه هاروارد، پیرامون سؤالی درباره آیت الله منتظری چنین می‌گوید: «بنده ایشان را آدم فوق‌العاده ساده و سطحی می‌دانم ... و تاکنون اغلب تظاهراتی که کرده نشان‌دهنده یک آخوند ساده‌لوح بوده است.»  
حضرت امام خمینی (ره) در آخرین روزهای عمر شریفشان درخواست ملاقات آقای منتظری را در بیمارستان نپذیرفتند و در حضور علما فرمودند: «نه حالا بیاید و نه بعداً» و حتی امام با درخواست یکی از خطبای جمعه مبنی بر تسلیت گفتن به آقای منتظری به مناسبت رحلت پدرشان مخالفت کرده و وی را از این عمل نهی کرد و فرمودند: «ترویج ایشان از رادیو حرام است» (با استناد به کتاب "از جدایی تا رویارویی" ص 80) 
دوره سوم حیات سیاسی اجتماعی آیت‏الله منتظری با عزل وی از قائم مقامی رهبری به واسطه نامه 68/1/6 حضرت امام آغاز می‏شود. با تصمیم حضرت امام درباره آیت الله منتظری، همه نیروهای درون انقلاب، حتی اگر فلسفه و علت این تصمیم را نمی دانستند، پذیرفتند كه مصلحت نظام ایجاب می كرد چنین تصمیمی اتخاذ شود و امام خمینی (ره) كاملا آگاهانه و هشیارانه به چنین نتیجه‏ای رسیده‏اند. مطبوعات و رسانه ها نیز در این باره، مطالب كلی فراوانی را مطرح و متناسب با سلیقه و دیدگاه خود در این باره، اظهار نظر می‏كردند.  البته در آن زمان كسی از مضمون نامه 68/1/6 امام، اطلاع نداشت، اما مضامین كلی به صورت شفاهی نقل می شدند و به همین دلیل بر سر نحوه قضاوت و ارزیابی شخصت آیت الله منتظری، اختلافاتی ظهور كرده بودند. عده ای ملاک اصلی موضعگیری در مقابل آیت الله منتظری را نامه منتشر نشده امام خمینی (ره) می‏دانستند و شنیده های خود از محتوای نامه 68/1/6 را حجت برخورد با آیت الله منتظری تلقی می‏كردند. عده ای دیگر نیز معتقد بودند كه مبنای برخورد با آیت الله منتظری، باید نامه 68/1/14 امام خمینی (ره) باشد. از نظر این عده، آنچه درباره محتوای نامه اول امام نقل می شود، قابل اعتماد نیست و بر فرض صحت، به وسیله محتوای نامه بعدی امام، منسوخ شده است.  نوع واكنش بسیاری از مسئولان و نیروهای سیاسی جامعه درباره مساله عزل آیت الله منتظری، نشانگر حالت بهت همراه با ابهام جامعه بود و ضمن آنكه به خاطر شخصیت حضرت امام، جملگی آن را پذیرفته بودند و آن را بدون حكمت نمی دانستند اما دلیل یا توجیه كاملا قانع كننده ای نیز در اختیارشان نبود. این وضعیت موجب شد كه امام خمینی (ره) در تاریخ 68/1/26 در نامه ای خطاب به نمایندگان مجلس و وزرای كابینه، بار دیگر تاكید كنند كه از دو سال قبل تلاش كرده بودند تا كار به اینجا نكشد ولی متاسفانه موفق نشدند لذا بنا به وظیفه شرعی و برای مصلحت نظام و اسلام با دلی پرخون، حاصل عمر خویش را كنار گذاشتند. حضرت امام در این نامه وعده دادند كه انشاءالله در آینده برادران و خواهران در این باره تا اندازه اى روشن خواهند شد.    
4 اردیبهشت ماه سال 1368، نزدیک به 10 سال پس از تصویب اولین قانون اساسی، رهبر کبیر انقلاب اسلامی در نامه ای به رییس جمهور وقت، حضرت آیت الله خامنه ای هیئتی متشکل از بیست نفر از رجال مذهبی و سیاسی و همچنین 5 نماینده به انتخاب مجلس شورای ملی را مأمور بازنگری و اصلاح قانون اساسی نمود که ریاست این گروه را حضرت آیت ‌الله مشکینی برعهده داشت. سه ماه، بعد تغییرات در نظر گرفته شده توسط شورای بازنگری قانون اساسی در تاریخ 6 مرداد 1368 به رأی گذاشته شد و با اکثریت آرای مردم به تصویب رسید.    تغییرات عمده قانون اساسی بر اثر این بازنگری: حذف شرط مرجعیت برای مقام رهبری افزایش اختیارات رهبری تغییر نام ولایت به ولایت مطلقه افزایش اختیارات شورای نگهبان تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام حذف مقام نخست وزیری تغییر نام مجلس شورای ملی به مجلس شورای اسلامی   شرایط و صفات رهبری بعد از بازنگری  یكی از موضوعات مهم و اساسی بازنگری قانون اساسی بحث رهبری بود. در صدر تغییرات ایجاد شده در قانون اساسی، حذف عنوان مرجعیت از شنون رهبری قرار داشت و این امر بر اساس نامه 9 اردیبهشت سال 1368 حضرت امام به آیت الله مشكینی، رئیس مجمع بازنگری قانون اساسی صورت می گرفت. امام خمینی(ره) در این نامه تصریح كرده بودند كه از ابتدا با گنجانیدن شرط مرجعیت در ویژگی هاى رهبری، مخالف بودند ولی به سیاق همیشگی شان، نخواستند در روند تصمیم گیری نهادهای قانونی كشور دخالت كنند و اینكه هم بر این باورند كه نیازی نیست كه رهبر حتما مرجع تقلید هم باشد بلكه مجتهد واجد شرائط را به رهبری برگزینند و به صورت قهری او ولی منتخب مردم خواهد بود و تمامی مسئولیت های رهبری را برعهده خواهد گرفت. (با استناد به مندرجات موجود در مشروح مذاکرات شورای بازنگری قانون اساسی، جلد 1، صفحه 58) به این ترتیب بود که بر اساس تصمیم شورای بازنگری قانون اساسی، در اصل جدید شرایط و صفات رهبری به صورت زیر تعریف شد: صلاحیت علمی لازم برای افتاء در ابواب مختلف فقه عدالت و تقوای لازم برای رهبری امت اسلام بینش صحیح سیاسی و اجتماعی، تدبیر، شجاعت، مدیریت و قدرت کافی برای رهبری در صورت تعدد واجدین شرایط فوق، شخصی که دارای بینش فقهی و سیاسی قوی‌تر باشد مقدم است بر اساس اصل 109 قانون اساسی، «شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری» عبارت بودند از: «صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتاء و مرجعیت» و همچنین «بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری».  
با گذشت زمان، آیت الله منتظری احساس كرد كه سكوت كامل به صلاح نیست و ضرورت دارد كه به گونه‏ای از خود دفاع كند و به ویژه وقتی متوجه شد كه به خاطر نرمش امام در نامه دوم، هنوز بسیاری از نیروهای درون نظام از وی به عنوان یک فقیه مورد احترام یاد می‏كنند و از آن برخوردهای تند و انقلابی كه با دیگر مغضوبان امام امت مى شد، خبری نیست. این بود كه با پایان یافتن ماه مبارک رمضان، در تاریخ  18 اردیبهشت سال 1368، نامه اى را در 5 صفحه خطاب به امام خمینی(ره) نوشت و در آن از خود در برابر انتقادات امام، دفاع كرد. با نگارش این نامه، فصل جدیدى از فعالیت هاى آیت الله منتظری آغاز شد و این همان چیزی بود كه امام خمینی(ره) نیز در نامه 68/1/6 خود پیش بینی و تصریح كرده بودند كه علی رغم ادعای آیت الله منتظری مبنی بر مقدم داشتن نظر رهبری بر نظر خود به حكم شرع، وی نمی تواند به این سخن پایبند بماند و مشغول به نوشتن چیزهایی می شود كه آخرتش را خرابتر می كند.  آیت الله منتظری در این نامه تاكید كرد كه همچون گذشته در خدمت اسلام و انقلاب است و هرگز علاقه ای به قائم مقامی رهبری و مرجعیت نداشته و ندارد اگر شرعاً جایزه بود از اجتماع و اجتماعات به طور كلی منزوی می شد. وی همچنین اعلام كرد كه بیتش مأمن لیبرالها و منافقین نیست و ارتباط او با امثال بازرگان، یزدی، پیمان، سامی و ... بسیار محدود بوده است و عمدتا جلسات با آنها به گفت گوهای خودمانى و شكایات یكطرفه آنها گذشته است. وی حضور نفوذی در بیت خود را یک اتهام قلمداد و از این كه به این دلیل مورد بی مهری امام قرار گرفته، گلایه داشت و در این نامه برای اولین بار علناً علیه اعترافات مهدی هاشمی اظهارنظر كرده و نوشت: «...آیا شایعات بى اساس و یا بافته های سیدمهدی كه در چه شرایطی و به چه انگیزه هایی این مقدار رطب و یابس بهم بافته، صحیح است ملاک قضاوت ها واقع شود؟! و شاید او چون از ناحیه نظام ضربه خورده، می خواسته است انتقام بگیرد و نیروهای فعال نظام را به یكدیگر بدبین كند...» آیت الله منتظری كه قبلا مدعی بود به خوبی سید مهدی هاشمی را می شناسد، در این نامه وی را یک فاسق معرفی می كند و معتقد است كه اعترافات او را در شرایط زندان نباید جدی تلقی كرد. وی تصریح می کند: «...سید مهدی یک روز هم عضو دفتر و بیت من نبود. این مطلب همه كسانی كه در قم با دفتر و بیت من سروكار دارند، می دانند. او فقط از طرف من مسئول نهضت ها بود و مركز جدایی داشت و وقتی كه من فهمیدم روی او حساسیت هست به او پیغام دادم به بیت من رفت و آمد نكند. البته تا قبل از مصاحبه او، از او دفاع می كردم و لی پس از مصاحبه او طی نامه ای به حضرتعالی از او كاملا تبری جستم و از موضعگیری حضرتعالی نسبت به او تشكر كردم...» همه افراد سیاسی جامعه از عمق نفوذ مهدی هاشمی در دفتر و بیت آیت الله منتظری مطلع بودند و برادر سید مهدی یعنی سید هادی، داماد آیت الله منتظری و مسئول دفتر وی و همه كاره بیت بوده است و بسیاری از امور آنجا با هماهنگی مهدی هاشمی جریان داشته است اما آیت الله منتظری همچنان اصرار داشت كه مهدی هاشمی كاره ای نبوده است. وی همچنین حمایت خود را از مهدی هاشمی تا قبل از مصاحبه تلویزیون وی قلمداد می‏كند در حالى كه پس از آن و حتی شب اعدام مهدی هاشمی نیز به امام نامه نوشته و از مهدی هاشمی دفاع كرده بود.    آیت الله منتظری در این نامه درباره افشا شدن اسرار نظام در پیرامون اعدام منافقین از طریق نامه نگاری های وی، متذكر می شود كه این مساله ربطی به او ندارد بلكه از طریق دیگران این كار صورت گرفته است؛ اما وقتی قضایا را خود تشریح می كند معلوم می شود كه این كارهم به گونه ای به خاطر سهل انگاری های وی صورت گرفته است. وی در این باره می نویسد: «...در اثر احساس وظیفه نامه را نوشتم و چون شورای عالی قضایی را در این قبیل موضوعات مسئول می‏دانستم، فتوكپی آن را هم برای شورا فرستادم ... و ضمناً من به دست خود به بعضی از قضات كه به حالت اعتراض مراجعه می كردند و به نظر من مورد اعتماد بودند، رونوشت نامه ها را دادم. حالا پس از هفت ما به خارج سرایت كرده افراد بیت من هیچ گناهی ندارند و جوسازی علیه انان گناه است.»  آیت الله منتظری در این نامه تصریح كرده كه هیچگاه داعیه مقابله با ناظم و رهبری را نداشه و البته مدعی خطا و اشتباه هم نیست. وی در این نامه، یک گام به جلو برداشته و مدعی می‏شود كه عده ای با بزرگ كردن بافته ها و القائات (احتمالا امثال مهدی هاشمی) برای رهبر معظم، ذهنیتی درست كردند كه موجب ناراحتی شدید ایشان شده است و در واقع با این كلام، امام خمینی(ره) را نیز تحت تاثیر دیگران معرفی می‏کند. چند روز پس از ارسال این نامه، دروس حوزه های علمیه از سرگرفته شد و آیت الله منتظری هم درس خود را با یک سخنرانی آغاز كرد كه اهم مطالب آن را قرائت نامه 68/1/4 و نیز نامه 68/2/18 وی به حضرت امام تشکیل می داد و علاوه بر موارد ذكر شده در آن نامه، مسائلی مثل عفو زندانیان نیز مورد بحث قرار گرفته بود.  
هنوز كار اصلاح قانون اساسی به مرحله پایانی خود نرسیده بود كه بیماری حضرت امام شدت پیدا كرد و سرانجام روح بلند معمار کبیر انقلاب در 14 خرداد سال 1368 به ملكوت اعلی پیوست.  كم نبودند كسانى كه معتقد بودند حادثه تلخ عزل قائم مقام رهبری، بیشترین تاثیر را بر روح و جسم حضرت امام باقی گذاشت و موجب تشدید بیماری حضرت امام شد؛ اما در این روزها، آیت الله منتظری نیز چون دیگر علمای قم و به عنوان كسی كه خود را شاگرد و مرید امام خمینی می‏دانست، در رحلت آن بزرگ، اطلاعیه داد و مراسم ختم و عزاداری گرفت. پس از رحلت امام خمینی (ره)، اصلی‌ترین و ضروری‌ترین كار، تعیین رهبر و جانشین برای امام راحل بود. در این زمان هنوز قانون اساسی سابق اعتبار داشت و كار مجمع بازنگری در اصلاح قانون اساسی به پایان نرسیده بود؛ اما مجلس خبرگانی كه بلافاصله پس از رحلت حضرت امام تشكیل جلسه داده بود، بر اساس‌نامه امام به آیت الله مشكینی، مرجعیت را شرط رهبری نمی‌دانست و در جستجوی فقیهی بود كه قادر به اداره جامعه اسلامی در شرایط پیچیده جهانی باشد.  در خبرگان، عمدتاً این گرایش وجود داشت كه رهبری به صورت شورایی باشد و به همین سیاق از مراجع و فقهای متعددی به عنوان عضو شورای رهبری نام‌برده می‌شد كه نام آیت الله خامنه‌ای در رأس این اسامی قرار داشت. خبرگان با توجه به مسئولیت سنگین رهبری، از رأی دادن به فقها و مراجعی كه امر اداره و سرپرستی جامعه را نمی‌دانستند، خودداری می‌کردند  به تدریج فردی شدن رهبری در دستور كار خبرگان قرار گرفت و همه نگاه‌ها متوجه حضرت آیت الله خامنه‌ای شد چرا كه برخی از اعضای برجسته خبرگان و از اعضای هیئت رئیسه آن، خود شاهد بودند كه امام خمینی (ره)، ایشان را مجتهدی مسلم و شایسته رهبری می‌دانستند و به همین امر در جمع خبرگان، شهادت دادند. افرادی چون "آیت الله مشكینی"، "آیت الله موسوی اردبیلی"، "آیت الله هاشمی رفسنجانی" و "مرحوم سید احمد خمینی" خود شاهد مستقیم تأیید صلاحیت حضرت آیت الله خامنه‌ای برای رهبری از سوی امام راحل بودند و با شهادت این بزرگان و با صلاحیت‌هایی كه خبرگان در وجود ایشان سراغ داشتند، امر رهبری را به حضرت آیت الله خامنه‌ای محول كردند و ایشان هم پس از اتمام حجت كردن و تضمین گرفتن از خبرگان مبنی بر پذیرش امر و نهی‌های حكومتی رهبر، این مسئولیت سنگین را پذیرفتند.  با انتخاب حضرت آیت الله خامنه‌ای به رهبری انقلاب، دور تازه‌ای از حیات انقلاب اسلامی آغاز شد. استقبال علما و مراجع و چهره‌های سیاسی و توده‌های مردم از رهبری ایشان، كم نظیر و چشمگیر بود و از همان ابتدا مراجع بزرگواری چون آیت الله اراكی و آیت الله گلپایگانی با ارسال پیام برای ایشان، بر تصمیم خبرگان صحه گذاشتند و بدین صورت، با رهبری جدید بیعت كردند. آیت الله منتظری نیز با ارسال پیام برای حضرت آیت الله خامنه‌ای به تأیید تصمیم خبرگان و رهبری جدید پرداخت و برای ایشان، طلب توفیق كرد. مقام معظم رهبری نیز به پیام وی پاسخ گفته و از وی به خاطر حمایت از تصمیم خبرگان تشكر نمود.  
با ارتحال رهبر کبیر انقلاب و بنیان‌گذار جمهوری اسلامی دور جدیدی از حیات سیاسی آیت الله منتظری آغاز شد. در این دوره، آیت‏ الله منتظری چون دوران حیات امام(ره) که به نصایح ایشان عمل ننمود، برخلاف توصیه امام(ره) که در حکم عزل آیت‏ الله منتظری از او خواسته بود که مشغول تدریس در حوزه علمیه باشد؛ همچنان راهبرد مقابله با نظام و رهبری آن را در دستور کار خود قرار داد. ارتباط گسترده با اپوزیسیون، برقراری مصاحبه‌ها و گفتگوهای مستمر با رسانه‌های بیگانه، تبدیل کردن دفتر و حسینیه به عنوان کانونی برای رفت‌ و آمد ضد انقلاب و اتخاذ مواضع ضد انقلاب و رهبری به طور مستمر، از جمله رویکردهای آیت‏ الله منتظری در این دوران بود. بعد از انتخاب حضرت آیت الله خامنه‌ای به رهبری انقلاب تا مدت‌ها پس از آن آیت الله منتظری فقط به درس و بحث مشغول بود اما در 11 دی ماه سال 68 و در سخنرانی خود در جمع نجف‌آبادی‌هایی كه به دیدن وی آمده بودند، به مسائل سیاسی روز پرداخت و همین مسئله در شهر قم، مخالفت‌هایی را برانگیخت.   آیت الله منتظری در این سخنرانی با اشاره به سوابق انقلابی و مبارزاتی خویش و این كه «دوم شخص انقلاب» بوده، اعلام كرد كه در این ایام علیه وی حرف‌های زیادی زده شد كه وی به خاطر انقلاب، سكوت كرده و به آن‌ها پاسخ نگفته است ولی این بار مسئله‌ای در جریان است كه نمی‌تواند سكوت كند و آن گنجانیدن استقراض از خارج در برنامه توسعه اقتصادی كشور است. وی سپس با اشاره به نظر امام خمینی(ره)، استقراض از بیگانه را به زیان كشور معرفی كرد و خواستار تجدیدنظر در این قضیه شد. به دنبال این سخنرانی، عده‌ای از طلاب و مردم قم از این كه وی به نصیحت امام راحل بی‌اعتنایی و در مسائل سیاسی كشور دخالت و درباره آن‌ها اظهارنظر كرده، اعتراض كردند. در واقع اظهارات آیت الله منتظری از نظر مضمون و محتوا چیزی نبود كه باعث مخالفت شود اما مخالفان اصرار داشتند كه وی نباید در امر سیاسی وارد شود و تنها به شرط رعایت این نظر امام راحل، مجاز به داشتن جلسات درس و بحث است. آیت الله منتظری پنج روز پس از سخنرانى اول، بار دیگر در شروع درس خود، به مسئله تظاهرات عده‌ای علیه وی، اشاره كرده و در دفاع از خود اعلام نمود كه مخالف نظام و ولایت فقیه نیست. وی تصریح كرد كه قصد خیرخواهی و تذكر داشته و افزود: «اگر كسی مخالف باشد با حكومت اسلام، با نظام اسلامى، با ولایت فقیه، من چشماشو از حدقه درمی‌آوردم» وی در این سخنرانى با اشاره به نظر "آیت الله بروجردی" گفت: «ولایت فقیه و حكومت اسلامی از ضروریات اسلام است. اصل حكومت اسلامی از ضروریات اسلام است. معنایش این است كه اگر كسی منكر شود، كافر است.» این حوادث شروع یک سلسله کشمکش‌هایی بود كه از آن پس به صورت مداوم در پی هر سخنرانی و اظهارنظر آیت الله منتظری پیش می‌آمد و البته موافقان و مخالفانی را حتی در درون نیروهای نظام به صحنه می‌کشاند. در این زمان، آیت الله منتظری عمدتاً به عنوان یک مرجع تقلید مورد توجه بود و در درون نیروهای انقلاب هم كسانى وی را به عنوان مرجع تقلید خویش قبول داشتند و همین‌ها نیز اظهارنظر در مسائل سیاسی روز را حق وی تلقی می‌کردند ولو آن كه ترجیح می‌دادند وی بهتر است در این مسائل وارد گود نشود.  در مقابل، كسانی با توجه به مضمون كلی نامه 68/1/6 امام، وی را عادل نمی‌دانستند و تقلید از وی را نادرست تلقی می‌کردند لذا بر سكوت وی در مسائل سیاسی اصرار داشته و این را نظر قطعی حضرت امام می‏دانستند. هر دو گروه فوق در این كه آیت الله منتظری صلاحیت‌های لازم برای پذیرش مسئولیت رهبری و زعامت جامعه اسلامی را ندارد، متفق بودند اما در حیطه مرجعیت وی، باهم اختلاف داشتند. اختلاف نظر در این امر در اواخر سال 70 به صورت یک بحران جدی درآمد.   در آبان ماه سال 1370، جمع كثیری از نمایندگان مجلس سوم به دیدار آیت الله منتظری رفته و با او ملاقات كردند. این اقدام نمایندگان مذكور باعث برانگیختن مخالفت‌هایی در سطح جامعه و در بین مسئولان شد و برخی از مطبوعات هم به انتقاد و اعتراض برخاستند. نمایندگانی كه با آیت الله منتظری دیدار كرده بودند حركت خود را صرفاً احترام گذاشتن جمعی از مقلدان به مرجع تقلید خود معرفی می‌کردند؛ اما مخالفان بر این باور بودند كه این عمل، بار سیاسی زیادی دارد و گامی هماهنگ و حساب‌شده برای باز گردانیدن آیت الله منتظری به صحنه سیاسی است و الا چه نیازی به ملاقات دسته‌جمعی و سازماندهی شده نمایندگان با یک مرجع تقلید است و این عمل می‌تواند به صورت فردی یا در قالب گروه‌های کوچک‌تر صورت گیرد. حساسیت مخالفان به این امر عمدتاً به این دلیل بود كه سردمداری نمایندگان مذكور را افرادی از طیف موسوم به چپ تشكیل می‏دادند كه پس از امام به صورت جدی در دفاع از ولایت فقیه، سخن نمی‏گفتند. به دنبال این ملاقات، "حسین هاشمیان" نماینده وقت مردم رفسنجان و نایب رئیس مجلس سوم شورای اسلامی كه یكی از سازمان دهندگان اصلی این امر بود به دادگاه ویژه روحانیت احضار شد و در اعتراض به احضار وی، مرتضی الویری نماینده مردم تهران و دیگر سازمان دهنده آن ملاقات، در نطق قبل از دستور خود، مدعی شد كه 80 تا 100 نماینده مجلس، مقلد آیت الله منتظری هستند. وی در این نطق خواستار حل معضلات فقهی نظام از طریق مراجعه به فتاوای آیت الله منتظری شده بود.  
از همان اولین روزهای عزل آیت الله منتظری از قائم مقامی رهبری، هواداران افراطی وی كه عمدتاً از بقایای طیف مهدی هاشمی بودند، تلاش كردند با تهیه اعلامیه‌ها و جزوات متعدد، به دفاع از وی بپردازند. آن‌ها در صدد بودند اثر برخورد حكیمانه و مصلحت اندیشانه امام خمینی (ره) با آیت الله منتظری را كاهش داده و با ایجاد فضای مظلومیت برای آیت الله منتظری، وی را ذی‌حق جلوه دهند. همچنین از نظر آنان تبلیغ مرجعیت وی و زیر سؤال بردن رهبری انقلاب و مسئولان جامعه نیز گامی دیگر برای احیای موقعیت گذشته آیت الله منتظری به حساب می‌آمد. عناوین برخی از اطلاعیه‌های مورد بحث عبارتند بودند از: مرجعیت و اعلمیت، واقعیت‌ها و قضاوت‌ها، اسلامی زدایی چرا؟ قضاوت با شما، آنان كه درد دین دارند و بررسی نامه 68/1/6. در بخشی از جزوات و اطلاعیه‌ها سعی شده بود مسئله عزل آیت الله منتظری را امری عادی كه به درخواست و پیشنهاد خود وی صورت گرفته جلوه دهند و نامه‌ها و اسناد باقی‌مانده از حضرت امام (ره) در مسئله عزل را مخدوش و ساخته دست اطرافیان حضرت امام (ره) معرفی كنند. در بعضی دیگر تلاش شده بود تا مسئله عزل را نقشه حساب‌شده‌ای از سوی برخی از مسئولین و... معرفی كنند.  محور بعضی از جزوات مورد اشاره، تبلیغ بعد علمی، فقاهتی و ترویج مرجعیت آیت الله منتظری بود و در این راستا تلاش گسترده ای شد تا از حیث فقاهتی او را یگانه زمان معرفی كنند و بدین منظور تعریف و تمجیدهائی كه از ناحیه بعضی از شخصیت‌های علمی و سیاسی قبل از عزل ایشان از قائم مقامی رهبری وجود داشت جمع‌آوری و روی آن‌ها مانور زیادی داده شده است. در تاریخ 30 دی ماه سال 1371، به حكم دادگاه ویژه روحانیت، تعدادی از عوامل تهیه و پخش این‌گونه اعلامیه‌ها دستگیر شدند و این در حالی بود كه جلسات درس و بحث آیت الله منتظری، رونق نسبی پیداکرده و ملاقات های وی تا حدودی گسترش یافته بود. این وضعیت به همراه رفت‌ و آمد بعضی از چهره‌های سیاسی و مذهبی از مسئولان و شخصیت‌های حوزوی به بیت و ارتباط آن‌ها با آیت الله منتظری باعث شد كه وی با اطمینان بیشتری به طرح آرای خود بپردازد و آن کناره‌گیری سیاسی مورد نظر امام را نقض كند.  در همین ایام، مسئله تخریب مسجد بابری هند توسط هندوهای افراطی پیش آمد و آیت الله منتظری در آغاز درس خارج خود در تاریخ 17 آذر ماه سال 1371 و در حاشیه اظهارنظر درباره آن ماجرا، به انتقاد از مخالفان خود پرداخت و گفت: «حمله به حریم مرجعیت و فقاهت و روحانیت به هر نحوی كه باشد، این حمله به اسلام است. مرجعیت شیعه همیشه در وقت‌های حساس كه حکومت‌ها، انحرافاتی داشته‌اند، اشتباهاتی داشته‌اند، حافظ استقلال مسلمین بوده، حافظ اسلام بوده، تحقیر كردن مرجعیت، تنزل دادن مرجعیت... این كارهایی كه چند تا بچه یک وقت می‌بینید برای مراجع وظیفه معین می‌کنند، اظهارنظر می‌کنند، اعتراض می‌کنند، این‌ها به ضرر اسلام است و به ضرر تشیع است... سازمان‌های كفر جهانی، سازمان سیا، آن‌هایی كه همه جا ایادی دارند، متأسفانه یک وقت می‌بینی توی حوزه هم ایادی دارند، ما چه می‌دانیم، همان سیاست استعماری كه مسجد بابری را خراب می‌کند ... همان سیاست مقام مرجعیت و فقاهیت را تضعیف می‌کند ... اعلامیه پراكنی می‌کند علیه علما...» (با استناد به پیوست 202 از کتاب خاطرات آیت الله منتظری) نوع برخورد آیت الله منتظری در این جریان‌ها نشان می‌داد كه وی پس از عزل از قائم مقامی رهبری، به عنوان مرجعیت خود تكیه زده است و همان سخنان و مواضع گذشته را این بار به عنوان ادای مسئولیت مرجعیت خویش مطرح می‏كند. در این ایام كه برخی از هواداران او به خاطر تهیه و تكثیر و پخش اعلامیه‌هایی علیه مسئولان و سوءاستفاده از امكانات دولتی (وزارت پست و تلگراف و تلفن) دستگیر شده بودند، وی مواضع انتقادی علیه مسئولان را تندتر كرد و حتی از بهانه قرار دادن مسئله‌ای چون سقوط هواپیمای مسافربری هم - كه در دنیا به کرات اتفاق می‌افتد حتی در كشورهاى صنعتی و پیشرفته - نگذشت.    در تاریخ 21 بهمن ماه سال 1371، آیت الله منتظری در آستانه چهاردهمین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی، سخنانی را در جلسه درس خویش مطرح كرد كه سرمنشأ مسائل گوناگونی شد. وی در این سخنرانی مطالبی را مطرح نمود كه اهم آن عبارت بود از: «...فردا روز 22 بهمن است و روزی است كه انقلاب به پیروزی رسید و هر سال معمول است برای زنده نگه‌داشتن این روزه، راهپیمایی می‌کنند راهپیمایی كه خرجی ندارد، حالا با بعضی از خرج‌ها ما مخالفیم برای این كه گرفتاری‌های زیادی هست و پول‌ها اگر خرج آن‌ها بشود بهتر است اما راهپیمایی، هم خلاصه موجب عظمت اسلام و تقویت انقلاب است و هم در ضمن آقایان ورزش هم کرده‌اند، پولی هم خرج نکرده‌اند. علی ایحال اقتضا می‌کند كه اعتقاد آقایان به انقلاب و به اصل انقلاب و این كه فراموش نشود این روز بزرگ، آقایان همه در راهپیمایی شركت بكنند و البته این را هم باید توجه داشته باشید مردم ما از انقلاب زده نشده‌اند و لذا مردم در این روزها مثل روز 22 بهمن یا روزی كه برای حمایت از فلسطین است كه روز جمعه آخر ماه رمضان است ما می‌بینیم واقعاً مردم ما با همه گرفتاری‌هایی كه دارند، با همه نق‌هایی كه می‌زنند اما همه هماهنگ در راهپیمایی‌های این روزها شركت می‌کنند، یعنی مردم آن قدر رشد دارند كه حیثیات و جهان را از هم جدا می‌کنند و به ما بالعرض و ما بالذات را باهم قاطی نمی‌کنند ولو مردم از من طلبه ناراحت باشند؛ از اشخاص ناراحت باشند، اما از انقلاب مردم زده نشده‌اند. این همه شهید داده‌اند مردم، فداكاری کرده‌اند برای انقلاب و چیزی را كه محصول خودشان و این همه خون برایش داده‌شده و این همه نیرو مصرف‌شده، هیچ‌وقت مردم تركش نمی‌کنند و بنابراین بایستی كه مردم همه شركت و اشخاص هم خلاصه بی‌رودربایستی، راهپیمایی مردم، حمایت مردم را به حساب حمایت از اصل نظام و انقلاب بگذارند نه به عناوین حمایت از اشخاص. فرق است ما بین حمایت از شخص و حمایت از اصل نظام و انقلاب و اهداف انقلاب و شما این معنا را بفهمانید به مردم كه ما واقعاً به اصل انقلاب پشت نکرده‌ایم، هیچ كس پشت نكرده، من طلبه هم به انقلاب پشت نکرده‌ام...من حرف خیلی دارم بزنم اما اگر حرف نمی‌زنم و ساكتم، نه از ترسم است نه از طمعم، خدا شاهد است برای این است می‌خواهم اصل اهداف انقلاب محفوظ بماند و حتی‌المقدور مردم اصل انقلاب و نظام را حفظ بكنند. روی این اصل است كه من ساكت بودم و ساكت هستم و الا نه این كه حرفی نداشته باشم. اونوقت می‌بینیم حق کشی‌هایی می‌شود، خلاف واقع‌هایی و بسیار كسانی ... كه فتوای امام را ... جلوگیری می‌کردند ... حتی فتوای امام را نمی‌گذاشتند بگویند، این‌ها خیلی هاشون حالا شدند حامی انقلاب و تعبیر می‌کنم فرصت‌طلبان، این‌ها حالا دارند خط می‌دهند به حافظ انقلاب و بچه‌هایی كه مخلص انقلابند خیلی شون، این‌ها باید تو زندان‌ها باشند، به بهانه‌های مختلف براشون پرونده درست می‌کنند، خیلیشون الآن تو زندانند. مردم می‏دانند كه بچه‌های مخلص انقلاب تحت تعقیبند، خیلی شون زندان می‏روند ... آن وقت یک عده فرصت‌طلبانی كه اصلاً هیچ با انقلاب جور نبودند، اسم امام را نمی‌شد پیششان بیاری، انقلاب شما را مسخره می‌کردند، این‌ها حال شدند حامی انقلاب برای این بچه‌ها پرونده درست می‌کنند و تهدید می‌کنند. من نسبت به بچه‌هایی كه بی‌اطلاعند، خیلی شون بی‌اطلاعند كه این‌ها تحریک می‏كنند، ما را تحت فشار می‌گذارند، دوستان ما را تحت فشار می‌گذارند، من نسبت به این بچه‌ها چون اطلاع ندارند، اما نسبت به اون گنده هایی كه می‏دانند قضایا چه خبره، می‌دانند كه مفتنین چه كارهایی كردند و مع‌ذلک ساكتند، من اونهارو روز قیامت، پیش خداوند تبارک و تعالی به حسابشون خواهم رسید. انشاء الله، حالا تو این دنیا كارشون ندارم.» این سخنرانی آیت الله منتظری نیز ابعاد اعتراضی وسیعی پیدا كرد و اعتراض اصلی مردم به دخالت كردن وی در مسائل سیاسی و اظهارنظر علیه مسئولان كنونی بود.  23 بهمن همان سال، طلاب، روحانیون و مردم شرکت‌کننده در نماز جمعه، طوماری به طول 30 متر امضاء كرده و از مقامات قضایی خواستار برخورد با سخنران شدند. فردای آن روز نیز جمعی از طلاب و روحانیون در درس فقه آیت الله منتظری حاضرشده و یكی از طلاب كه به مدت 6 سال در درس‌های وی شركت می‌کرد، علیه اظهارات آیت الله منتظری سخنرانى كرد.  در این جلسه، درگیری میان هواداران و مخالفان وی رخ داد كه منجر به دستگیری یكی از هواداران آیت الله منتظری به جرم چاقوكشی شد. پس از وقوع این ماجراها، دادگاه ویژه روحانیت وارد صحنه شد و "حجت‌الاسلام روح الله حسینیان"، دادستان ویژه روحانیت تهران با هماهنگی نیروی انتظامى، سپاه، شهرداری و ... جلسه‌ای را در قم تشكیل داد تا درباره این مسئله، تصمیم گرفته شود. در این جلسه قرار شد كه به چند مسئله رسیدگی شود:  اولاً پیگیری شود كه آیا اعلامیه‌ها علیه رهبری و مسئولان و در دفاع از آیت الله منتظری در بیت و دفتر و خانه‌های اطراف – كه در اختیار فرزند (سعید منتظری) و داماد آیت الله منتظرى (هادی هاشمی) قرار داشت – تهیه و تكثیر می‌شود یا خیر؟ ثانیاً اسناد و مداركی كه از اسناد محرمانه و سری نظام بوده و در دوران قائم مقامی رهبری در اختیار وی قرار می‌گرفت و ظاهراً راضی به تحویل دادن آن‌ها نمی‌شد به جای امنی منتقل گردد. ثالثاً خیابان كنار بیت و دفتر وی كه به خاطر حفاظت از قائم مقام رهبری، از گذشته مسدود شده بود بازگشایی و نرده‌ها و درهای فلزی آن برداشته شود. این بازرسی شبانه بر اساس اعترافات برخی از دستگیرشدگان صورت می‌گرفت و به گزارش حسینیان در ضمن آن از پنج خانه مربوط به بیت آیت الله منتظری كه برخی از آن‌ها در اختیار سعید منتظری و هادی هاشمی قرار داشت، چندین وانت‌بار از همان اطلاعیه‌های ضدانقلابی كشف و وسایل تكثیر آن اطلاعیه‌ها نیز توقیف شد و مأموران شهرداری هم موانع خیابان جنب بیت آیت الله منتظری را برداشتند و اسناد مورد نظر به جای امنی منتقل شدند.  این اقدام دادگاه ویژه روحانیت طبعاً با اعتراض آیت الله منتظری مواجه شد وی مدتی بعد در 10 اردیبهشت سال 1372 بیانیه‌ای را علیه مسئولان نگاشت که در آن بیش از همه، از دادگاه ویژه روحانیت انتقاد شده بود. در این بیانیه كه حدود یک سال و نیم بعد به صورت گسترده انتشار یافت، آیت الله منتظری باز هم اساس را بر مسئله مرجعیت قرارداد و از حوزه مرجعیت به صورت برجسته دفاع كرد. وی در بخشی از این بیانیه گفته بود: «دشمن از ابتدای پیروزی سعی داشته هر یک از نیروهای اصیل انقلاب و من جمله روحانیت متعهد را به بهانه‌ای منزوی و یا ملكوک و یا دلسرد نماید و با كمال تأسف مشاهده می‌شود كه به نام دفاع از انقلاب و نظام اسلامی از چهره هائی كه در انقلاب موثر بوده‌اند به نحوی انتقام گرفته می‌شود و این اعمال نوعاً از ناحیه اشخاصی انجام می‌شود كه نسبت به مسائل انقلاب و گذشته‌های آن بی‌اطلاع و یا هنگام انقلاب نسبت به آن بی‌تفاوت بوده‌اند؛ که تفصیل آن كتابی بزرگ می‌طلبد و آنچه كه امروز دشمنان بیشتر بدان عنایت دارند لطمه زدن به روحانیت متعهد و ترور شخصیت‌های بارز روحانیت است و چون اكثر موارد اقدام شده در خفای از انظار عموم ملت بوده است و بیان و استدلال به آن مستلزم اطلاع قبلی از اصل قضایا است. لذا در این نامه مختصر خدمت ملت عزیزمان بیشتر به موردی استدلال می‌شود كه مربوط به خود این‌جانب است و از نزدیک شاهد آن بوده‌ام و كم و بیش اخبار آن از طریق بعضی جرائد و رادیوها پخش شده است... ذكر داستان بیت خود نه به منظور خودنمایی و یا به عنوان استمداد است بلكه از باب مشت نمونه خروار گوشه هائی از آن را یادآور می‌شوم تا نحوه برخوردهایی كه با نیروهای مؤمن به اسلام و انقلاب انجام می‌شود، برای افراد بی‌اطلاع روشن شود.» وی سپس به نقد دادگاه ویژه روحانیت پرداخت و اولاً آن را مخالف قانون اساسی خواند. ثانیاً عملكرد آن را منفی ارزیابی كرد. ثالثاً آئین نامه داخلی و مقررات آن را ناعادلانه دانست. البته آیت الله منتظری اذعان کرد كه در حیات حضرت امام و به دست ایشان این دادگاه تشكیل شد و در همان زمان هم وی نظرات خود را در مخالفت با تشكیل این دادگاه برای حضرت امام نوشته بود اما امام خمینی(ره) با این استدلال كه دادگاه های متعارف، قدرت برخورد با جرایم روحانیت را ندارد - به ویژه اگر آن روحانیون، صاحب نفوذ و قدرت باشند - پیشنهاد وی را نپذیرفتند و بار دیگر دادگاه ویژه روحانیت را تأسیس كردند. یكی از نكات بسیار منفی این بیانیه، صدور حكم قتل روح الله حسینیان به عنوان مسئول بازرسی بیت آیت الله منتظری از سوی وی بود: «در تحریر الوسیله مرحوم امام (ره) در تعریف محارب و حد آن مطالبی ذکرشده كه مخلص آن چنین است: <محارب كسی است كه در پناه اسلحه مردم را بترساند و فساد برپا كند چه در بیابان و چه در دریا، چه در شهر و چه در غیر شهر، چه در شب و چه در روز و شرط نیست كه مهاجم از اشرار و اهل ریبه باشد و حد محارب یا قتل است یا به دار آویختن یا قطع یکدست و یک پا بر عكس یكدیگر؛ یعنی دست راست و پای چپ و یا تبعید و بهتر است اگر محارب مرتكب قتل شده او را بكشند یا به دار آویزند و اگر اموال را به غارت برده دست و پای او را، قطع كنند و اگر فقط سلب امنیت كرده تبعید شود. (تحریرالوسیله ج 2 ص 429) در شب 25 بهمن 1371 تهاجم شبانه‌ای به بیت این‌جانب با محاصره منطقه‌ای در پناه نیروهای مسلح و به‌کارگیری بیش از هزار نفر و ایجاد رعب و وحشت و سلب امنیت حتی از همسایگان انجام شد و قفل‌ها و درب‌ها را شكستند و اموال زیادی را به غارت بردند. این عمل وحشیانه مصداق كامل محاربه است. اگر یک دادگاه عادلانه و قانونی تشكیل شود، عاملان این تهاجم غیرانسانی را محارب خواهند شناخت كه مجازات آنان حداقل قطع دست و پا است.»  پس از انتشار این بیانیه برخی از مسئولان خواستار برخورد قضایی با آیت الله منتظری شدند چرا كه وی در یک نظام اسلامی برای مسئولان قضایی كشور كه به وظیفه قانونی خود عمل کرده‌اند، حكم قتل صادر كرده بود اما با نظر برخی از بزرگان، برخورد قضایی با وی از دستور كار خارج شد و در مقابل، بیانیه‌هایی افشاگرانه علیه آیت الله منتظری صادر گردید.  در همان ایام و در تاریخ 4 اسفند ماه سال 1371، وی نامه‌ای خطاب به آیت الله گلپایگانی نگاشت و در آن خواستار موضع‌گیری قاطع ایشان در قبال طرح‌های اصلاحی شورای مدیریت حوزه علمیه قم شد. وی در این نامه نوشت: «متأسفانه مشاهده می‌شود كه مسیر حوزه علمیه قم به سمتی است كه در آینده چیزی شبیه حوزه‌های دولتی اهل سنت خواهد شد كه از خود استقلال ندارند و حقوق‌بگیران حکومت‌ها هستند و بالاجبار ثناگوی دولت‌ها و ابزاری در دست مراكز قدرت و ملعبه سیاست‌های حاكم می‌باشند... و بالأخره اگر حضرت عالی اقدام نكنید و چاره‌ای نیندیشید در آیند های نه چندان دور، حوزه علمیه قم، هویت معنوی و استقلال و عظمت خود را از دست خواهد داد.»  
آیت الله منتظری از هنگام كناره گیری از قائم مقامی رهبری، به روحانیت سنتی حوزه‌های علمیه نزدیک‌تر شد و از روحانیت انقلابی مدافع انقلاب و رهبری فاصله گرفت. مخالفت آیت الله منتظری با ایجاد اصلاحات ضروری در حوزه‌های علمیه - كه خواست حضرت امام بوده است - و تلاش وی برای برانگیختن علما و مراجعی چون آیت الله گلپایگانی به مخالفت با طرح‌های اصلاحی شورای مدیریت حوزه علمیه قم، در همین راستا قابل توجیه است.  در فاصله بین سال‌های 72 تا 75 آیت الله منتظری، جسته و گریخته درباره مسائل سیاسى و عملكرد مسئولان اظهارنظر می‌کرد و موجب برانگیختن اعتراض‌هایی می‌شد اما هیچ‌کدام از آن‌ها در حد سخنرانی وی در 22 آبان ماه سال 1376 واکنش نداشت.  در این فاصله بسیاری از علما و مراجع بزرگ مانند آیات عظام اراكی، گلپایگانی، مرعشی نجفی، خویی، آقا هاشم آملی و ... از دنیا رفتند و نیاز مردم به نسل جدیدی از نسل فقها و مراجع تقلید، احساس شد. خلأ مراجع بزرگ از نسل فقها گذشته، به ویژه در سطح نیروهای سیاسی انقلاب، باعث رویكردشان به مراجع جدید شد و در این میان، جمعی نیز به آیت الله منتظری مراجعه كردند. از نظر سیاسی، عمدتاً نیروهای موسوم به چپ به سراغ آیت الله منتظری رفتند و طیف موسوم به راست كه خود را مدافع جدی ولی‌فقیه می‌دانست، تمایلی به تقلید از آیت الله منتظری نشان نمی‌داد و حتی افرادی از این طیف، وی را عادل نمی‌دانستند. با گذشت زمان و با آغاز تحولات سیاسی مربوط به انتخابات مجلس پنجم، برخی از جریان‌های سیاسی كه در چندین سال گذشته چندان فعال نبودند، پا به صحنه نهادند و گروه‌های سیاسی جدیدی نیز تأسیس شدند. فضای سیاسی كشور با فعال شدن همه جریان‌های سیاسی به عرصه رقابت جدی مبدل شد. در این دوران، فضای سیاسی كشور، عمدتاً حول محور چند گروه سیاسی درون نظام می‌گشت و چهره‌هایی چون آیت الله منتظری بر این فضا تأثیر نداشتند. البته درس و بحث و رسیدگی به مسائل حوزوی از سوی ایشان پیگیری می‌شد و گهگاهی نیز به سیاق گذشته درباره مسائل سیاسی روز نیز اظهارنظرهایی صورت می‌گرفت. در این دوران آیت الله منتظری به خاطر ملاحظاتی، كمتر به طرح مسائل سیاسی می‌پرداخت و به همین دلیل در این ایام، شایعه‌ای بر سر زبان‌ها افتاد كه وی از انقلاب و سیاست توبه كرده و پشیمان شده است. در پاسخ به این‌گونه مباحث، آیت الله منتظری، مطلبی را به صورت پرسش و پاسخ منتشر كرد و در ضمن آن اعلام كرد كه تاكنون به تكلیف شرعی خود عمل كرده و عمل به تكلیف هم پشیمانی و توبه ندارد.    
مرحوم سید احمد خمینی پس از شهادت برادر بزرگوارش آقا مصطفی و علی‌الخصوص در طول 11 سال پس از انقلاب به عنوان رازدار و امین حضرت امام بود تا جایی که در وصف امانت‌داری او همین شهادت امام کافی است که می‌فرماید: «من خدای قاهر حاضر منتقم را شاهد می‌گیرم که احمد از آن روزی که در کمک اینجانب در بیرونی مشغول ادارۀ امور من بوده تا الآن که این ورقه را می‌نویسم قدمی یا قلمی برخلاف گفتار و نوشتار من برنداشته و با وسواس عجیب در کلیه گفتارهای من یا نوشته‌های من سعی نموده که حتی یک کلمه بلکه گاهی یک حرف را که به نظر او محتاج به اصلاح است، بدون اذن من تصرف نکند.» یکی از شرایط حساس در این 11 سال، ماجرای عزل آیت‌ الله منتظری از قائم‌ مقامی رهبری بود. پس از این ماجرا مرحوم سید احمد خمینی که به مکاتبات و نامه‌های ارسال شده به بیت امام، آگاهی داشت، شروع به نوشتن رنج‌نامه‌ای خطاب به آیت‌ الله منتظری کرد. وی در مقدمه این نامه آورده است: «از آنجا که در متن وقایع انقلاب خصوصاً در جزء جزء ماجرای حضرتعالی و برخورد گرم و صمیمانه حضرت امام با شما و تلاش معظم‌له برای نجاتتان از چنگال توطئه‌گران و نفوذی‌ها بودم فکر کردم اگر حقایق را بازگو نکنم به اسلام و انقلاب و امام و مردم خیانت کرده‌ام.» رنج نامه در شرایطی که تحرکات مجدد آیت الله منتظری و برخی از هواداران وی آغاز شده بود، بسیار مورد توجه و استقبال قرار گرفت چرا كه برای اولین بار بسیاری از نامه های رد و بدل شده میان حضرت امام و آیت الله منتظری را در معرض مطالعه مردم قرار داده و پرده از جنایات باند سیدمهدی هاشمی كنار زده و حمایت گسترده آیت الله منتظری از این فرد جنایتكار را افشا كرده بود.  این نوشته از سوی كسی بود كه به صورت دقیق در جریان مساله آیت الله منتظری قرار داشت و به امام نیز نزدیک بود و بهتر از هر كسی می توانست راوی مسائل آن دو سه سال كذایى در پیرامون آیت الله منتظری باشد و به همین دلیل تا حد زیادی از اذهان علاقه مندان به نظام و اسلام ابهام زدایی شد اما با وجود این، احترام آیت الله منتظری به عنوان فقیهی كه با نظر امام خمینى(ره) باید به حوزه و نظام گرمی ببخشد، پیش بسیاری از مسئولان كشور محفوظ بود و مثلا در جریان فوت پدر آیت الله منتظری، در دوم خردادماه سال 1368، بیش از 200 نماینده مجلس شورای اسلامی به وی نامه تسلیت نوشتند.    
پس از اینکه مراجع بزرگوار حوزه علمیه قم، یكی پس از دیگری رحلت فرمودند و مراجعه به مراجع زنده و جوان تر حوزه و یافتن مرجع اعلم از دغدغه‌های جدی مردم شد؛ لذا از سوی افراد و مراكز علمی و روحانی، چهره‌های فقهی و علمی متفاوت و متعددی به عنوان اعلم به مردم معرفی شدند. نیاز به این امر به ویژه پس از رحلت آیت الله العظمی اراكی در حوزه‌های علمیه جدی‌تر شد. در نهایت نهادهای اصیل روحانیت مانند "جامعه مدرسین قم" و "جامعه روحانیت مبارز تهران" نام مراجعی را ذكر كرده و رجوع به هر كدام از آن‌ها را جایز تلقی كردند.  یكی از فقهایی كه نامش در لیست آن دو نهاد روحانی آمده بود حضرت آیت الله خامنه‌ای بود و در مقابل نامی از آیت الله منتظری در میان نبود. در همان زمان، این بحث مطرح شد كه چرا جامعه مدرسین تنها هفت فقیه و جامعه روحانیت مبارز تهران تنها سه فقیه را مشخص کرده‌اند درحالی‌که مراجع زیادی در حوزه علمیه قم هستند كه مردم هم به آن‌ها مراجعه كرده‏اند؟ از سوی دیگر برخی نیز به معرفی مقام معظم رهبری به عنوان مرجع تقلید در كنار مراجع دیگر منتقد بودند و آن را یک كار صرفاً سیاسی تلقی می‌کردند در این میان آیت الله منتظری و هواداران مرجعیت وی بیش از دیگران به این مسئله اعتراض می‌کردند. درحالی‌که این افراد گناه همه علما و مدرسین و روحانیون مدافع مرجعیت مقام معظم رهبری را می‌خریدند و این تصمیم را به خاطر ترس از گروه‌های فشار و طمع در حطام دنیا و جاه و مقام دنیوی می‌دانستند و مقام علمی و فقهی آیت الله خامنه‌ای را از سر حقد و حسد انكار می‌کردند و علی‌رغم آن كه بسیاری از علما و مدرسین بر مرجعیت ایشان گواهی كرده بودند ولی مقام معظم رهبری به تشخیص خودشان، اعلام كردند كه با بودن مراجع بزرگوار مورد تایید فقها و مدرسین حوزه، ایشان مرجعیت مردم مسلمان داخل كشور را نمی‌پذیرند و فقط برای مردم خارج كشور به این دلیل كه مفهوم مرجعیت و انقلاب اسلامی در باورشان با یكدیگر پیوند جدی دارند، تن به این مسئولیت می‌دهند.   
فضاى سیاسى كشور پس از دوم خرداد 76، برخی از مخالفان نظام و انقلاب را به طمع انداخت كه در پس آراء 20 میلیونی مردم سنگر بگیرند و آن را مخالفت با نظام یا رهبری جلوه دهند و آراء و دیدگاه‌های خلاف اصول و ارزش‌های اسلام و انقلاب را به عنوان پیام دوم خرداد معرفی نمایند. زمینه تأثیرپذیری این‌گونه تبلیغات در ایام انتخابات به وسیله طیف موسوم به راست مهیا شده بود چون تلاش جدی آن‌ها استفاده از وجهه رهبری برای كسب حمایت مردمی بود و همین امر در برخی اذهان این توهم را ایجاد كرد كه علی‌رغم حمایت رهبری از كاندیدایی خاص، سید محمد خاتمی با 20 میلیون رای رئیس‌جمهور شد.  آیت الله منتظری از كسانی بود كه دچار همین توهم شد به ویژه وقتی مشاهده كرد برخی از وزرا و مسئولان هم از مقلدین وی به حساب می‌آیند و در یک مورد، یكی از وزرای كابینه جدید هم به دیدن وی رفته است. در همان زمان برخی از دلسوزان، هشدار داده بودند كه ملاقات مسئولان با آیت الله منتظری، امر را بر خودش متشبه می‌کند و باعث موضع‌گیری غلط وی خواهد شد كه متأسفانه این‌گونه هم شد. سخنرانی 13 رجب سال 1376 آیت الله منتظری با یک چنین پشتوانه ذهنی غلطی صورت گرفت که با سخنان قبلی وی متفاوت بود: اول اینكه وی برای اولین بار صلاحیت رهبری را به بهانه اعلم نبودن فقهی- زیر سئوال برد. دوم اینكه با مرجعیت ایشان كه به تأیید چندین نهاد بزرگ روحانی رسیده بود، مخالفت كرد. سوم اینكه رأی مردم به سید محمد خاتمی را در ضدیت با رهبری تفسیر نمود. چهارم اینكه بسیاری از مبانی فقهی خود را زیر پا گذاشت و مسائلی چون ناظر بودن نه مجری بودن، اعلم بودن نه صرفاً فقیه بودن را مطرح كرد. پنجم اینكه با فقیه منتخب خبرگان به مخالفت برخاست و در اطلاعیه‌ای كه پس از تعرض به دفتر و حسینیه خود منتشر كرد، اعلام نمود كه ممكن است شخص رهبر را فاقد صلاحیت بداند اما با عنوان كلی ولایت فقیه مخالف نیست!    
آیت‏ الله منتظری به خصوص پس از رخداد دوم خرداد 1376 که موج تجدیدنظر طلبی، ساختارشکنی و هنجارشکنی کشور را فرا گرفته بود، با بهره‌گیری از فضای حاکم، موضع‌گیری تندتری نسبت به گذشته علیه نظام اتخاذ کرد. از جمله سخنرانی ایشان، 5 ماه بعد از انتخاب سید محمد خاتمی به ریاست جمهوری، در جمع مردم نجف‌آباد، در تاریخ 22 آبان ماه سال 1376 بود که به سخنرانی 13 رجب معروف شد و آیت الله در آن سخنان ضمن وارد نمودن اتهامات مختلفی به نظام و رهبر معظم انقلاب اسلامی، صریحاً از رئیس جمهور خواست كه در مقابل رهبری ایستادگی كرده و طریق طغیان را بپیماید. ایشان در این سخنرانی مواضع گذشته خود راجع به ولایت فقیه را زیر سؤال برده و گفت: «ولایت فقیه مثل ولایت امیرالمؤمنین باید نظارت بر کشور داشته باشد نظارت بر احزاب داشته باشد نظارت بر دولت داشته باشد اما نه اینکه در همه جا دخالت کند.» این در حالی است که ایشان سال‌ها قبل و در کتاب معروف "دراسات فی ولایت الفقیه و دوله الاسلامیه" در رابطه با اختیارات ولایت فقیه این‌چنین می‌گوید: «پس رهبر جامعه اسلامی همانند پادشاه در حکومت‌های مشروطه رایج زمان نیست ما مثلاً انگلستان نیست که صرفاً یک وجود تشریفاتی باشد که از بیش‌ترین و گران‌بهاترین امکانات جامعه استفاده کند بدون اینکه کوچک‌ترین مسئولیت عملی یا انجام کاری مفید متوجه وی باشد و از همان ابتدا مسئولیت اداره جامعه متوجه قوای سه‌گانه باشد. (دراسات، ج 3 ص 105) همچنین در جایی دیگر وظیفه ولی فقیه را نگهبانی دین و اداره دنیا می‌داند. (دراسات، ج 3 ص 61) آیت الله منتظری در این سخنرانی و در ادامه صحبت‌های خود با تحلیل تقابل رأی سید محمد خاتمی با رهبر انقلاب این‌چنین می‌گوید: «من یکی از اشکالاتم به آقای رییس جمهور آقای خاتمی واقعاً این است، من پیغام دادم که من اگر جای شما بودم می‌رفتم پیش رهبر می‌گفتم: شما مقامت محفوظ، احترامت محفوظ، ولی 22 میلیون مردم به من رای دادند به من هم که رای دادند این 22 میلیون همه می‌دانستند که رهبر کشور به کسی دیگر نظر دارد. دفترشان و خودشان و همه شخص دیگری را تأیید می‌کردند؛ 22 میلیون آمدند به ایشان رای دادند.»  
آیت‏الله منتظری فردی است که با نگارش کتاب دو جلدی ولایت‌فقیه به عنوان یکی از حامیان اصلی نظریه ولایت در دهه 50 و 60 شناخته می‌شد و همواره به منصوب بودن حاکمان فقیه از سوی خدا تاکید می‌کرد؛ اما او نیز مانند برخی دیگر، دیدگاه و حرف‌های جدیدتری یافته بود؛ دیدگاهی که با دیدگاه حضرت امام (ره) و حتی دیدگاه خودش در دهه 60، فاصله فراوانی داشت. آیت‏الله منتظری در مصاحبه‌ای عنوان کرد: «نظریه انتصاب فقیه پایه شرعی ندارد.» وی تا آنجا از نظرات پیشین خود درباره ولایت‌فقیه، وظایف و اختیارات ولی حاکم و پایگاه مشروعیت آن بازگشته بود که مخالف‌ترین عناصر ضد انقلاب و نظریه‌پردازان مقابله با ولایت‌فقیه از او تمجید می‌نمودند. عزت‌الله سحابی، از فعالان نهضت آزادی چنین می‌گفت: «امروز دیگر حتی منتظری پایه‌گذار اندیشه ولایت‌فقیه هم از اندیشه خود عدول کرده و در درون حاکمیت هم زمزمه‌هایی در مورد تعدیل ولایت‌فقیه به گوش می‌رسد.» وی درباره ولایت‌فقیه و رأی ندادن به ولایت مطلقه فقیه نوشت:«مبنای فقهی این‌جانب در مورد ولایت‌فقیه با مبنای فقهی مشهور و مرحوم امام در کتب فقهی ایشان تفاوت دارد. ایشان ولایت‌فقیه را از باب نصب می‌دانستند و طبعاً لوازم خاص خودش را خواهد داشت، ولی این‌جانب ادله نصب را از نظر ثبوت و اثبات مخدوش می‌دانم که در جلد اول کتاب ولایه الفقیه به تفصیل متعرض آن شده‌ام. بنا بر نظریه نخست، مشروعیت ولایت «فقیه جامع‌الشرایط» موقوف به انتخاب صحیح او توسط مردم و بیعت آنان با او می‌باشد و قهراً مردم که یک طرف عقد بیعت هستند حق دارند ضمن بیعت و انتخاب، مدت ولایت را محدود و نیز شرایطی را که خلاف شرع نباشد و مصلحت می‌بینند در آن مقرر نمایند؛ و فقیه منتخب نیز شرعاً باید مطابق شرایط مندرج در بیعت عمل نماید. مطابق نظریه نخبگان، همان‌گونه که اصل نصب به ولایت از نظر دلیل مخدوش است، به طریق اولی دلیل ولایت مطلقه فقیه ـ به معنای رایج و معمول فعلی ـ نیز مخدوش می‌باشد. به همین جهت این‌جانب در همه‌پرسی بازنگری قانون اساسی که ولایت مطلقه را به آن اضافه کردند شرکت جامع‌الشرایط موقوف به رای مردم است، مشروعیت اجرایی قانون اساسی که ضوابط کلی مدیریت کشور را معین می‌کند نیز بستگی به آرای مردم دارد، زیرا اعمال قانون اساسی در کشور نوعی تصرف در مقدرات مردم و ایجاد محدودیت برای سلطه آن نسبت به نفوس و اموال و کشورشان می‌باشد و تصرف در سلطه دیگران بدون اجازه شارع مقدس و رضایت آنان جایز نیست.   او در مصاحبه‌ای گفت: «در نوشته‌های من بود که ولایت‌فقیه این جور که آقایان می‌کنند، از آقای خمینی شروع شد و به این آقا [آیت‌الله خامنه‌ای] ختم می‌شود. دیگر بعدش ولایت‌فقیه جا نمی‌افتد. با این روشی که آقایان پیش‌گرفته‌اند، در نوشته‌هایم هم هست.»   
سخنرانی 13 رجب سال 76 آیت منتظری با واکنش طلاب و فضلای حوزه علمیه قم، برگزاری تجمع‌ها و تحصن‌هایی مواجه شد که هر یک از این اقدامات در جای خود ارزنده و مؤثر بود، اما شاید یکی از مهم‌ترین و مؤثرترین موضع گیری‌ها را مرحوم آیت الله مشکینی داشت.  اظهارنظر آیت الله مشکینی در مقابل سخنان آیت الله منتظری از آن جهت اهمیت زیادی داشت که از ابتدای نهضت امام خمینی (ره)، همواره نام این دو، در کنار هم برده می‏شد و همچنین آیت الله مشکینی از نظر سطح علمی و فقاهتی هم رده آیت الله منتظری و در حد مرجعیت بود.  آیت الله مشکینی که در آن برهه زمانی ریاست مجلس خبرگان رهبری را بر عهده داشت، چند روز پس از سخنان آیت الله منتظری، در تاریخ 29 آبان ماه سال 1376، در درس اخلاق خود در مدرسه فیضیه قم، مطالبی را درباره شخصیت گوینده این اظهارات و دلایل عزل او از قائم مقامی رهبری در سال 68 به طور تفصیلی مطرح کرد.   متن مهم‌ترین بخش‌های این سخنرانی تاریخی در ادامه آمده است: «مطلب زیاد بود گرچه حالم مقتضی نبود، اما جو امروز تقاضا می‌کند که چندجمله‌ای از حوادث روز بگویم. تا حال چیزی دراین‌باره نگفته‌ام و نمی‌خواستم اول کسی باشم که دراین‌باره سخنی ذکر کنم. مختصری راجع به این حادثه و آفریننده آن برایتان صحبت کنم. بدانید که من هر چه می‌گویم روی دلسوزی به افراد و حتی به دشمن است. به خدا قسم گاهی دشمن‌ها را هم دعا می‌کنم، خدایا آن‌ها هم آدم بشوند. هیچ نشده است من علیه کسی به عنوان دشمن قدم برداشته باشم و صحبت کنم.  این آقایی که این صحبت‌ها را کرده است و این جو ناسالم را ایجاد کرده است و تقریباً در داخل و خارج صداهای دشمنان به خوشحالی بلند شده است و ناراحتی برای دوستان انقلاب ایجاد کرده است. این آقا با این فضلش، یک عیب داشت و این عیب، او را در تمام جهات ساقط کرد. همه کمالاتش تحت‌الشعاع این عیب قرار گرفت. من مشکوکات را نمی‌گویم، معلومات قطعی را برایتان می‌گویم، یک عیب که تمام محسناتش را در زیر چتر قرار داد، این بود که از روز اول فکرش دست یک عده معدود ناصالح افتاد. اصلاً این آقا را قبضه کردند و نتوانست از این قبضه بیرون بیاید.  قبل از آنکه مهدی هاشمی اعدام بشود، چندین بار پیش او رفتم و گفتم آقا! آخر این کیست؟ چرا این همه از این شخص تعریف می‌کنی؟ چرا این همه دنبال او هستی؟ جنایت‌های او را می‌خوانی و می‌بینی که چه گفته است و در افغانستان چه کرده است، هر چه گفتم، گفت (این عبارت ایشان است): من به مهدی هاشمی ایمان دارم. من هم ناچار بلند شدم و رفتم. من آنجا رفته بودم و دل برده بودم که دل پیدا کنم، ایشان گفت: من به او ایمان دارم. در این مدت در قبضه دیگران بود و ائمه جمعه را در سمیناری هر سال آنجا می‌آوردند، بیت ایشان در دست اطرافیانش وسیله‌ای برای قدرت ایشان، علم ایشان، اجتهاد ایشان شده بود، وسیله‌ای برای پیاده کردن یک هدف‌های انحرافی که امام می‌دانست، یک عده معدودی می‌دانستند که آخرش چه چیز است که اگر ادامه پیدا می‌کرد، رئیس‌جمهوری ما مهدی هاشمی بود و خود او را هم بعد از اینکه به هدف می‌رسیدند نابود می‌کرد، مطلب این بود.   تلاش امام خمینی در اصلاح ایشان این مطلب را امام فهمید و قبلاً هم می‌فهمید، با اطلاعی که من دارم، مدت‌ها تلاش کرد که ایشان را از بین اطرافیان ناصالح جدا کند، یک وقت در آنجا من با ایشان تنها بودم، گفتم: ‌اگر من به جای شما بودم، از این بیت بیرون می‌آمدم؛ هم چنان‌که مار از پوست خودش بیرون می‌آید، جای دیگر می‌رفتم و آنجا شروع به فعالیت می‌کردم. ولی گوش نداد، ... با همه این زحمات ابتدا زیر پرده‌ای و بعداً آشکار نتوانست ایشان را از اطراف خودش جدا کند. بعضی از نامه‌ها را اگر مطالعه کنید، خواهید فهمید.  علناً هرچه کرد و گفت: از این طرف جدا شود، عوض اینکه بپذیرد در همان اواخر عمر امام علیه امام شروع به فعالیت کرد، علناً مخالفت کرد. چه مخالفت‌هایی، نامه‌هایی به بعضی‌ها نوشت... ائمه جمعه آمدند، خدا می‌داند که از اجتماع ائمه جمعه در آن بیت که من هم جزو ائمه جمعه بودم، چه سوءاستفاده‌های شخصی به نام ایشان در این مملکت انجام شد. من هر وقت آنجا می‌رفتم با ناراحتی بیرون می‌آمدم... اما اینکه سخنرانی چه بود؟ اغلب شما الحمدالله شاید در قسمت سیاست بهتر از من هستید، من در کل همیشه مشغول کارهای شخصی هستم، درصدد این هستم که یک زاد و توشه‌ای برای رفتن تهیه کنم. اصلاً محال است که یک چنین چیزهایی را به عنوان غرض و مرض به کسی بگویم. هرکس خیال کند که من به عنوان غرض خاصی این حرف‌ها را می‌زنم، گناه کرده است من او را بخشیدم.  این شخص در این سخنرانی کوتاه و مختصر راجع به توهین از رهبری و رهبریت اشکال در مرجعیتش، اشکال در ولایتش، اشکال در توهین به ائمه جمعه، توهین به قضات، توهین به وزیر کشور، توهین به عده زیادی از خبرگان، از قاضی‌ها که در توهین از این‌ها هیچ سنگ کمی نگذاشته است.    سعه صدر حکومت اسلامی در برخورد با عامل این توطئه در دنیای امروز هر که به قدرت رسید، یا از سابق در قدرت بود، اگر حس کند که یک مخالف اصلی و ریشه‌ای دارد، به لطایف‌الحیل و زود هرکسی باشید پدرش، پسرش، برادرش را نابود می‌کند، این رحمانیت و رحیمیت اسلامی است که با مخالفین رفتار بدی نشده است. ما می‌دانیم که در این مملکت چه قلم‌هایی علیه ملت و اسلامی هست؛ اما رحمانیت اسلام تقاضا می‌کند که چیزی گفته نشود.  به توهین‌های او کار ندارم که گفت: همه ائمه جمعه، حقوق‌بگیر هستند، در صورتی که من می‌دانم ائمه جمعه چقدر حقوق می‌گیرند. اولاً یکی از ائمه جمعه من هستم. یک ریال حقوق نمی‌گیرم بلکه بخش زیادی از کیسه‌ام (چون امام جمعه هستم، این قدر مشتری برایم پیدا شده است) می‌دهم که اگر دخل و خرجش را حساب کنید مثلاً اگر ماهی صد تومان درآمد داشته باشم، باید هزار تومان خرج کنم و از همه هم شرمنده‌ام... شما این‌ها را متهم کنید به اینکه این‌ها حقوق‌بگیر هستند، این واقعاً بی‌انصافی است! آدم باید در سخنش انصاف داشته باشد! تحریک کردن رئیس‌جمهوری به این نحو علیه رهبری که بیست میلیون، بیست و دو میلیون به شما رأی دادند، شما بگویید که «آقا من این قدر رأی دارم در برابر شما، تو نمی‌گذاری من کار کنم، این شما و این ریاست جمهوری، نمی‌گذارند وزرای من کار کنند، من هم خداحافظ، مردم، این آقا نمی‌گذارد من کار کنم، خداحافظ»، این تحریک بزرگی است، این ضایع کردن انقلاب است، این خراب کردن انقلاب است، این صحیح نیست و الله این در مملکت مفسده است. آقایان خیال می‌کنید رهبر عوض کردن شوخی است تا مملکت یک انقلاب شدید ایجاد نکند و دشمنان انقلاب استفاده کامل نبرند، مگر می‌شود رهبر عوض کرد؟! این آقا را علیه رهبر تحریک کند که بگو من مستقل هستم و بی‌ارتباط با تو کار می‌کنم، اگر نمی‌گذاری خداحافظ، این بد تحریکی است، انصافاً این تحریک، بی‌انصافی است.  از آن طرف می‌گوید «این بیست و دو میلیون به ریاست جمهوری من رأی دادند آقای رئیس‌جمهوری به رهبر بگو این‌ها همه به تو گفتند: نه بیست میلیون انسان به تو گفتند: نه». آیا آدم صحیح است که این جوری بگوید!... به مردم این نسبت را ندهید که چون بیست میلیون نفر رأی داده است، پس بیست میلیون به رهبر «نه» گفتند، این بی‌انصافی است. بیشتر آن‌ها به این جهت رأی دادند که رهبر گفته است...   عدم التزام ایشان به قانون اساسی معلوم می‌شود ایشان به اصطلاح سنگ تمام را در تمام جهان، گذاشته است و مطالبی گفته است که برخلاف قانون اساسی برای رهبر وظیفه تعیین کرده است، برخلاف قانون اساسی که خودش هم این قانون را در جلسه‌اش و در شورایش شرکت داشته است و امضا کرده است، حرف زده است.  به هر حال ما راضی نبودیم ایشان چنین چیزی بگوید، خودش را این جور ساقط کند. آن موضعی که امام نوشته بود: بنشین در حوزه کارت را بکن، او که درس می‌داد، خودش را این جور ساقط کند، این همه ضرر به خودش و به مملکت و انقلاب بزند. من نمی‌دانم این فکر را خودش در خانه تولید کرد و زایید و اخبار کرد یا نه گاه‌گاهی یک دست‌های مرموز کثیفی وارد حوزه می‌شود، با جیب خالی وارد حوزه می‌شوند با جیب پر از حوزه بیرون می‌آیند، شاید از همین راه باشد، علم ندارم ولی احتمال خیلی قوی می‌دهم که این جور باشد.»   ما هیچ اشکالی در رهبری نظام نمی بینیم. حضرت آیت الله مشکینی همچنین در خطبه های نماز جمعه مورخ 7 آذرماه سال 1376 در خصوص این بخش از سخنان تحریک آمیز آیت الله منتظری فرمودند: «این سخنرانی بسیار بد بود. به صلاح نظام، انقلاب و وجود آن شخص نبود. در این سخنرانی رعایت نزاکت هم نشده بود، این سخنرانی مفسده دار بود که هیچ رعایت مسایل اخلاقی هم در آن نشده بود... در این سخنرانی به ائمه جمعه کشور توهین شده بود و ائمه جمعه حقوق بگیر عنوان شده بودند... در این سخنرانی ریاست جمهوری مورد تحریک قرار گرفته بود. آیا تحریک نمودن نهاد ریاست جمهوری درست است؟ آیا این دعوت به افساد نیست؟ این مسأله، بسیار زننده است در عین حال بسیار مسأله مهمی است که مطرح شده است. من نمی دانم چرا این مسایل مطرح شده است... تمام مسایل علمی مطرح شده در این سخنرانی ناتمام است... ما هیچ اشکالی را در رهبری نظام نمی بینیم.» 
سيد محمد خاتمی جزو اولين نفراتی بود كه نسبت به سخنان آیت‌الله منتظری واكنش نشان داد، وی در مصاحبه تلويزيونی خود تنها چند روز بعد از سخنرانی آیت‌الله منتظری در گزارشی به مردم در مورد روند انتخاب وزرا و فعالیت‌های دولت و مسئله ولایت‌فقیه مطالب مهمی را عنوان كرد: «در رأس ديدارها، هفته‌ای يک بار در خدمت مقام معظم رهبری ديدار داريم كه از آرا و نظرات ايشان بهره می‌گیریم و اگر مطالبی باشد خدمتشان عرض می‌کنیم... نظارت عاليه و اشراف عاليه با رهبری است كه همه قوای سه‌گانه زير نظر ايشان كار می‌کنند...» آیت‌الله منتظری بعد از انتخاب سيد محمد خاتمی پيام تبريكی را خطاب به وی منتشر كرد و انتخاب وی را به اين سمت این‌گونه تحليل كرد: «انتخاب جنابعالی در شرايط فعلی ايران يک انتخاب عادی نبود بلكه يك انقلاب مردمی بود در برابر وضع موجود.» سيد محمد خاتمی اما بعد از انتخابات در اولين پيام به مردم نظر خودش را این‌گونه عنوان كرد: همه همدل باشيم و با محوريت و هدايت مقام معظم رهبری به سوی اقتدار و افتخار بيشتر گام برداريم.» سيد محمد خاتمی 3 روز بعد از انتخابات و در اولين كنفرانس خبری خود، مواضعش را این‌گونه تکمیل کرد: «مردم در درجه اول به آرمان‌های دينی، نظام جمهوری اسلامی و استقلال كشورمان رای دادند... اين رای به رهبری و نظام و نشانه هوشياری مردم بود... قوای سه‌گانه در چارچوب قانون و زير نظر مقام معظم رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای است...» 
22 شهریور ماه سال 1359، آیت الله منتظری در یک پیام رادیو و تلویزیونی با اشاره به اختلافات موجود میان رئیس جمهور وقت و دیگر مقامات، بروز علنی این اختلافات در سطح کشور و در آن شرایط را حرام اعلام می کند. وی به رئیس جمهور وقت یعنی بنی صدر اخطار می دهد که او تنها منتخب مردم نیست بلکه باید با مجلس هماهنگ باشد. وی در این پیام می گوید: «الان کشور ما در شرایط حساسی قرار دارد و ابرقدرت ها کشور ما را در محاصره اقتصادی قرار داده اند و در خارج هر اندازه می توانند عوامل امپریالیزم و صهیونیسم تبلیغات علیه انقلاب و رهبر انقلاب می نمایند و از طرف دیگر دشمن با ما در حال جنگ است و عراق رسما با ما در حال جنگ می باشد و در غرب کشور سربازان و پاسداران شهید می شوند، اقتصاد کشور فلج است و دانشگاه ها تعطیل است و ما احتیاج به این داریم که وضع بهتری برای دانشگاه ها درست بکنیم. در چنین اوضاعی و شرایطی که مملکت ما با وضع بحرانی اقتصادی و فرهنگی گرفتار هستیم و لزوم هماهنگی تمام قوا از هر زمان دیگر بیشتر است و اگر اختلاف جزئی وجود دارد باید آنها را کنار گذاشت و به نفع کشور قدم بردارند و اقدام کنند.» آیت الله منتظری با ابراز علاقه به طرفین اظهار می دارد: «حال امام را باید ملاحظه کرد زیرا الان استقرار کشور ما وابسته به سلامت ایشان است و می دانیم که ایشان از این گونه مسائل چقدر متأثر می شوند باید که حال ایشان را ملاحظه بکنیم و مسائل کشور را در نظر بگیریم.»   انتقاد از بنی صدر وی در ادامه ضمن انتقاد از بنی صدر می گوید: «ایشان اول شروع کردند و بایستی کاری را که انجام داده اند جبران بکنند . دنبال این نزاع را کشیدن چه از ناحیه آقای بنی صدر و چه از ناحیه دوستان دیگر در شرایط فعلی جدا حرام است و به ضرر انقلاب تمام می شود.» آیت الله منتظری در بخش دیگری از سخنان خود می گوید: «آقای بنی صدر باید سعی بکنند برای مجلس احترام قائل شوند اگر ایشان منتخب مردمند و وکلای مجلس زیاد هستند که منتخب مردم هستند و ایشان خیال نکنند که وکلای مجلس باید همه شان دنبال ایشان بروند نخیر هر کدام فکر دارند و قوه مجریه باید دنبال مجلس باشد یعنی رئیس جمهور و دولت باید همیشه مجری دستورات مجلس باشند.»   سخنان آیت الله منتظری را می توان در دو بخش مجزا به بررسی نشست: - در شرایطی که کشور از همه سو در محاصره دشمنان قرار دارد، جنگ و تحریم اقتصادی از یک سو و نیز بحران های متعددی که از ابتدای انقلاب روز به روز بر انقلاب تحمیل شده است چرا و با چه مجوزی مسئولان اختلافات را به میان مردم کشیده و بحران زایی می کنند؟    - اگر رئیس جمهور منتخب مردم است نمایندگان مجلس شورای اسلامی نیز منتخبان مردم هستند و بنی صدر نباید در سخنان خود با تکیه بر این که از سوی مردم انتخاب شده است درصدد رسیدن به مقاصد سیاسی خاصی باشد ، دولت همواره باید با مجلس هماهنگ باشد .    به موازات این دو نکته دو سوال نیز مطرح است: - همه شرایط بحرانی که آیت الله منتظری مستند حکم خود برای حرام بودن کشیدن اختلافات به میان مردم اعلام کردند در میانه دهه 60 وجود داشته و عامل جنگ همه جانبه با رژیم بعث عراق و در واقع شرق و غرب نیز بر این بحران ها اضافه شده بود و با همه این اوصاف آیت الله منتظری همواره با کشیدن اختلافات به میان مردم و نیز تمکین نکردن به قانون در محاکمه متخلفان وابسته به خود از جمله باند مهدی هاشمی کشور را با بحران مواجه می ساخت حال سوال این است که آیا آیت الله منتظری سخنان و فتوای تاریخی خود را فراموش کرده بود؟ یا دشمنی دشمنان کم و به صفر رسیده بود؟   - آیت الله منتظری پس از انتخاب سید محمد خاتمی در خرداد سال 1376  به ریاست جمهوری می گوید: «ایشان(خاتمی) قاعده اش این بود می رفت پیش مقام رهبری و می گفت شما احترامت محفوظ، 22 میلیون به من رأی دادند، از من انتظارات دارند و اگر بنا بشود که بخواهید در وزرای من و در استاندارهای من دخالت بکنید و افرادی را به من تحمیل کنید، من نمی‌توانم کار بکنم، بنابراین من ضمن تشکر از مردم استعفا می دهم. به مردم می گویم: ایها الناس می خواهند در کار من دخالت کنند. قاعده این بود که به این صورت عمل نماید.» حال چگونه است که آیت الله منتظری از بنی صدر می خواهد در برابر قانون تمکین کرده و با نمایندگان مجلس هماهنگ شود و از خاتمی می خواهد در برابر قانون بشورد و به استناد آرای خود از مجلس و بالاتر از آن ولایت فقیه و رهبری عبور کند؟!  
سخنرانی آیت الله منتظری در 13 رجب سال 1376  كه حاوى شدیدترین توهین‌ها و تعرضات به جایگاه رفیع ولایت فقیه بود درحالى صورت می‌گرفت كه وى خود به عنوان یكى از تئوریسین‌های اصلى اصل ولایت فقیه شناخته می‌شد. سخنرانى مذكور آیت الله منتظرى كه در 13 رجب سال 76 منعقد شد، فضاى سیاسى كشور را تحت تأثیر خود قرار داده و  باعث بروز واكنش های گسترده‏ای در میان مردم و به ویژه طلاب، علما و روحانیون سرار کشور در جهت محکوم کردن آن شد. به دنبال این اعتراضات شورای عالی امنیت ملی دولت اصلاحات به ریاست سید محمد خاتمی، ریئس جمهور وقت ، تشکیل جلسه داد. جلسه‏ ‏ای که به منظور محدودتر شدن ارتباطات آیت الله منتظری به دلیل اقدامات غیر قانونی و تحریک‏آمیز وی و نیز به خاطر مصالح شخصی ایشان، حصر وی را تا سال 1381 به تصویب رساند. اکبر اعلمی، نماینده اصلاح طلب مردم تبریز در مجلس ششم و هفتم، دراین‌باره می‌گوید: «حدود یک هفته بعد از این واقعه شورای عالی امنیت ملی به ریاست سید محمد خاتمی و با ترکیب اعضای دارای حق رای شورا... تشکیل و با اشاره به بعضی از همان دلایلی که در قطعنامه معترضین آمده بود، حبس خانگی آیت الله منتظری را به تصویب رساند...» با تصمیم شوراى عالى امنیت ملى، حسینیه محل سخنرانی و درس آیت الله منتظری تعطیل و از سال 1376 تا 1381 به مدت 5 سال رفت‌ و آمد به منزل ایشان به خویشاوندان و علما محدود شد و وى عملاً در حصر قرار گرفت.  البته این حصر بیشتر به دلیل ایجاد مانع براى رفت‌ و آمد چهره‌های سیاسى و برخى مسئولان دولتى یا نمایندگان مجلس به بیت آیت الله منتظرى صورت گرفت و محدودیتى براى سایر علما و خانواده و شاگردان وى به وجود نمی‌آورد. تا جایى كه آیت الله منتظرى در تمام این دوران به كار علمى، دیدار عمومى، سخنرانى، انتشار کتاب، انجام مصاحبه‏ های متعدد حضوری و مکتوب با خبرگزاری‌های داخلی و خارجی از جمله BBC و دویچه‌وله و ... پرداخت. درس‌های او به طور كاملاً آزادانه با حضور شاگردانش برقرار بود و مردم از نجف‌آباد به دیدار او می‌رفتند. در عیدهای اسلامی مطابق رسم علما، جلوس ‌كرده و سخنرانی می‌نمود و مراسم می‌گرفت. تابستان‌ها به ویلاى اختصاصى خود در روستاهاى خوش آب و هواى قم می‌رفت و از همه آن چه كه یک مرجع تقلید بهره‏مند بود دسترسى داشت. دسترسی‌های رسانه‌ای او از جمله سایت اینترنتى كه امروزه مهم‌ترین ابزار رسانه‏اى به شمار می‌رود نیز به طور فعالانه برقرار بود تا جایی كه سایت اینترنتى وى یكى از فعال‌ترین سایت‌های اینترنتى مراجع تقلید بود. 
در شهریور سال 1379 کتاب خاطرات آیت الله منتظری منتشر می‌شود. این خاطرات در دو جلد و 1600 صفحه به چاپ می‌رسد که شامل زندگی ایشان از بدو تولد تا ایام پس از سخنرانی 13 رجب است که در آن برخی واقعیت‌های تاریخی مورد غفلت و یا عمداً مورد تحریف واقع شده‌اند. عده‌ای نوشتن و انتشار این خاطرات توسط آیت الله منتظری را محقق شدن پیش‌بینی امام راحل در نامه 6 فروردین سال 68 راجع به ایشان می‌دانند که امام می‌فرمایند: «...و شما مشغول به نوشتن چیزهایی می‏شوید که آخرتتان را خراب‌تر می‌کند.» (صحیفه نور، ج 21، ص 330) به طور نمونه، کتاب خاطرات آیت‏الله منتظری حاوی ادعاهای فراوانی علیه امام، نظام و انقلاب می‌باشد. این کتاب متضمن توهین‌های فراوانی به حضرت امام و بسیاری از شخصیت‌های حقوقی است.    جهت روشن شدن بیشتر موضوع تنها به چند جمله از این کتاب اشاره می‌شود:  «امام در ایجاد دشمنی با کشورهای منطقه نقش اول را داشته و نسبت به تذکرات من بی‌تفاوت بودند و می‌گفتند: ول کن بابا ما کاری به این دولت‌ها نداریم. این اولین بار نبوده که به منزل ما حمله می‌شد، قبلاً هم به دستور رهبری همه چیز را غارت کرده بودند. در مورد آمار جنگ به امام دروغ می‌گفتند و امام همین دروغ‌ها را در سخنرانی‌ها مطرح می‌کردند. اعدام منافقین که در زندان‌ها به دستور امام انجام شد، یک جنایت بزرگ بود. رهبری در ظلمی که به من شده بود، مهر تأیید زدند.» سید حسن خمینی نوه امام راحل از نگارش کتاب "پاسداشت حقیقت" توسط سلیمی نمین که به نقد خاطرات آیت الله منتظری پرداخته تشکر کرده و چنین می‌گوید: «نوشتن این‌گونه کتاب‌ها را ادامه دهید تا زمانی که منتظری از دنیا نرفته است پاسخ اهانت‌های وی به حضرت امام راحل داده شود.» (با استناد به کتاب "برش‌هایی از تاریخ حصر"، ص 69)   انتقاد از کتاب خاطرات آیت الله منتظری اسدالله بادامچیان، در کتاب "نقد خاطرات منتظری" بعد از اشاره به مسئولیتهای کلیدی آیت الله منتظری، در انتقاد از وی نوشته است: «...ملاحظه می شود که در عرض 10 سال آقای منتظری در محوریت اصلی تمام مسائل نظام و کشور قرار داشت و رئس جمهور و نخست وزیر و وزراء و فرماندهان نیروهای مسلح و قضات و نمایندگان مجلس دائم با او ارتباط و جلسه داشتند و بولتن های گوناگون از سری محرمانه و عادی نزد او می رفت و نمایدگان وی در همه جا حضور داشتند. آنگاه وی در این خاطرات آنچنان سخن می‏گوید که گویی حق وی را غصب کرده اند و کاری در اخیار او نبوده است و به وی ظلم شده است و امثال این بحث ها...در حالی که وی باید درباره آنهمه اختیارات و مسوئلیت ها به امام و مردم پاسخگو باشد و مسئولیت خود را در دهه اول بعد از پیروزی بپذیرد و جواب دهد.»  در قسمت پشت جلد کتاب بادامچیان آمده است: «منتظری در این کتاب کوشیده است خود را در پیشگاه تاریخ تبرئه کند غافل از آنکه این خاطرات بلندترین ادعانامه علیه خودش است و بهترین دلیل بر ضرورت عزل او از قائم مقامی رهبری است، شخصا معتقدم که این خاطرات، آقای منتظری را از اعتبار مردمی کاملا بی بهره می سازد ...هر چه تعداد بیشتری از مردم این خاطرات را بخوانند بیشتر از منتظری و جریان او فاصله می‏گیرند.» 
حصر خانگی آیت الله منتظرى که به دلیل جلوگیرى از شکل‌گیری بستر تشنج و نزاع سیاسى به واسطه اظهارات نسنجیده و احساسى وى صورت گرفته بود؛ به واسطه بیمارى آیت الله منتظرى و با نظر مقام معظم رهبرى در بهمن ماه سال 1381 پایان یافت.  مرحوم "حجت الاسلام محمد هادی مروی" که در فاصله بین سالهای 1378 تا 1383 معاونت اول قوه قضاییه را برعهده داشت، در گزارشی که در هفتمین نشست آموزشی ائمه جمعه، در تاریخ 15 و 16 بهمن ماه سال 1381، ارائه داد به تشریح روند حصر و نیز رفع حصر آیت الله منتظری پرداخت: «در این فرصت قصد دارم جریان رفع حصر آقای منتظری را خدمت شما عزیزان گزارش دهم. این گزارش خدمت همه مراجع ارائه شد و اثر مطلوبی بر جای گذاشت. نخستین نکته در این گزارش این است که 30 درصد این حصر از ناحیه نظام بود و 70 درصد بقیه از سوی خود آقای منتظری بود. آنچه مد نظر نظام بود صرفا محدود کردن رفت و آمد جمعیت ها و گروهها به بیت ایشان بود و از نظر نظام، رفت و آمد علماء، بزرگان،بستگان و نزدیکان مانعی نداشت و همچنین بیرون رفتن ایشان از منزل به قصد زیارت حرم حضرت معصومه(س) سفر و زیارت مشهد مقدس بلامانع بود.   درخواست عجیب آیت الله منتظری در مورد نحوه حصر ایشان در خاوه قم، منزل و باغچه ای داشتند که تابستانها می توانستد از آن استفاده کنند در ابتدای حصر، دادگاه ویژه روحانیت به ایشان گفت که در بسیاری از موارد، شما آزاد هستید ولی خود آقای منتظری گفت: "یا همه حصرها برداشته شود یا اینکه کاملا برقرار باشد." لذا 70 درصد این حصر به خواست خود ایشان بود، زمانی پزشکان به ایشان توصیه کردند که از منزل بیرون رفته و قدم بزنند، اما ایشان در پاسخ گفته بود نمی گذارند از منزل بیرون بروم، مسئول حفاظت آنجا حضور داشته و اعلام کرده بود که بیرون رفتن ایشان هیچ مانعی ندارد و اینکه ما همواره همراه ایشان هستیم به این خاطر است که دشمنان نظام می توانند با کشتن ایشان به نظام، ضربه بزنند و چون جان ایشان در خطر است و همچنین ایشان در زمان قائم مقام بودن محافظ داشته و بدین کار عادت دارند، ما همواره در کنار ایشان خواهیم بود.   من از خدا می خواهم حصر رفع شود. پروژه حصر آقای منتظری از ابتدای کار به شورای عالی امنیت ملی محول شده بود ولی در هرمقطع که تلاش می شد حصر ایشان برداشته شود، مقام معظم رهبری روی خوش نشان می دادند، به عنوان مثال زمانی آیت الله امینی پیغام دادند که قصد داریم در جامعه مدرسین راجع به حصر آقای منتظری بحث کنیم، حال می خواهیم بدانیم آیا مقام معظم رهبری این کار را می پسندید یا خیر، اگر ایشان نمی خواهند کسی وارد این بحث شود، به ما اعلام نمایید که وارد بحثی که مورد رضایت آقا نیست، وارد نشویم، مقام معظم رهبری در پاسخ فرمودند: «این کار هیچ اشکالی ندارد و من از خدا می خواهم که آقابان بتوانند طرحی برای رفع حصر ارائه دهند.» هرچند مقام معظم رهبری با جنبه عاطفی قوی خویش هیچ گاه نمی توانست بپذیرد که این پیرمرد محصور باشد اما هیچگاه به شورای امنیت ملی در این زمینه امر و نهی نکرده است؛ چرا که بحث عواطف و مصالح نظام، در این مقوله کاملا جدا از هم است؛ معظم له از اینکه شخصی با آن سوابق و در سن کهولت محصور باشد ناراحت هستند اما از نقطه نظر مصالح عالیه انقلاب اجازه نمی دهد که مسایل احساسی بر این قضیه سایه افکند. پس از مطرح شدن قضیه حصر در جامعه مدرسین، آیت الله امینی خدمت آقا رسیدند و مقام معظم رهبری فرموند: «من قصد ندارم در این قضیه امر و نهی کنم که این حصر برداشته شود یا نشود چرا که برای برداشتن حصر از جایی که ممکن است کانون فتنه، مایه انحراف جوانان و سبب امید بستن دشمن شود حجت شرعی لازم است تا بتوان در روز قیامت بدان تمسک کرد.» معظم له از آیت الله امینی که با آقای منتظری سابقه رفاقت داشته اند، خواستند که بدون اعلام رسمی، مصاحبه یا ثبت و ضبط شخصاً نزد آقای منتظری رفته و شفاهاً از ایشان قول بگیرند که پس از برداشته شدن حصر غیر از درس و بحث و کارهای خودشان به کارهای ضد نظام دست نزنند. رهبر معظم به کمترین کار در این زمینه بسنده کردند تا صرفاً حجت شرعی داشته باشند تا اگر خلاف آن صورت گرفت بتوانند قول آقای منتظری را به ایشان گوشزد نمایند. اما زمانی که آیت الله امینی برای این کار به منزل آقای منتظری رفتند که ایشان آیت الله امینی را راه نداده و گفتند یا دستور می دهند حصر برداشته شود یا اینکه هیچکس حق ندارد وارد شود... اوضاع به همین منوال بود تا اینکه یکی از وزرا که با بیت آقای منتظری مرتبط است، در هیات دولت گزارش داد که حال آقای منتظری خوب نیست و روزی 16 تا 17 ساعت می خوابند که برای فرد در این سن علامت خوبی نیست. در آن جلسه آقای خاتمی به وزیر بهداشت دستور داد یک تیم پزشکی به قم بفرستند تا گزارشی از وضعیت جسمی ایشان تهیه کنند. معاون وزیر بهداشت که پزشک خوبی است همراه یک تیم پزشکی به قم رفته و طی گزارشی اعلام می کنند که ایشان دلمردگی و افسردگی پیدا کرده اند. زمانی که آقای خاتمی در جلسه هفتگی خود با مقام معظم رهبری این قضیه را عنوان می کنند، شورای عالی امنیت ملی این قضیه را پیگیری می کنند... در هر حال حضرت آقا فرمودند که اگر بیماری ایشان معلول حصر است حصر را برداشته و فکری برای درمان ایشان بنمایید. شورای امنیت ملی نیز به بررسی کار پرداختند...»   
بهمن‌ماه سال 1381 با عنایت رهبر معظم انقلاب و مساعدت شوراى عالى امنیت ملى، موضوع حصر آیت الله منتظرى برطرف شد و وى اجازه یافت آزادانه به انجام همه امور خود بپردازند. دوران پس از حصر آیت الله منتظرى از این جهت قابل توجه است كه در این دوره وى آزادانه به بیان دیدگاه‌های خود پرداخته و به راحتى با شخصیت‌ها و جریان‌های مختلف و همچنین رسانه‌های خارجى و رادیوهاى بیگانه دیدار و گفت و گو می‌کرد اما نكته مهم در این دوره، عدم تأثیرگذاری وى بر فضاى سیاسى كشور و به قولى بی‌اعتنایی اقشار مختلف مردم به مواضع و اظهارات تحریک‌آمیز وى بوده است.  نكته دیگرى كه براى دوره پایانى عمر آیت الله منتظرى می‌توان به آن اشاره كرد، سوءاستفاده جریان‌ها و چهره‌های سیاسى مطرود ملت و نظام از ساده‌انگاری وى می‌باشد. آیت الله منتظرى گهگاه با انتشار برخى فتاوا و یا اظهارنظرها و همچنین مصاحبه با رسانه‌های بیگانه و رادیوهایى كه در وابستگى آن‌ها شكى وجود ندارد، بیش از بیش مردم و سیاسیون را بر این امر مطمئن می‌ساخت كه هیچ امیدى به بازگشت و اصلاح نیست. نكته دیگرى كه در دوره پایانى عمر آیت الله منتظری، ذهن‌ها را به خود مشغول كرده بود، تغییر موضع آشكار چهره‌ها و افرادى بود كه در زمان امام و به ویژه در دوره تشدید اختلافات بنیان‌گذار انقلاب و آیت الله منتظرى، بیش‌ترین حملات را به وى كرده تا جایی كه برخى وى را قاتل امام خواندند و برخى دیگر هم قصد داشتند تا بابولدوزر بیت وى را با خاک یكسان كنند. این افراد كه در زندگى سیاسى خود دچار عارضه افراط و تفریط شده بودند، زمانى آن چنان بر آیت الله منتظرى تاختند و خواستار محاكمه وى شدند و زمانى هم كه به جهت همین افراطی‌گری‌ها از دامان نظام طرد شدند، به بیت آیت الله منتظری پناه بردند.    چهره‌هایی همچون اعضاى برجسته نهضت آزادى، روشنفكرمآبان تجدیدنظر طلب همچون عبدالكریم سروش، اكبر گنجى، احمد زیدآبادى و چهره‌های سیاسى چون سعید حجاریان، احمد قابل، هادى قابل، عبدالله نورى، مهدی كروبى، میرحسین موسوى، محمدرضا خاتمى و... دوره پس از حصر آیت الله منتظرى را حقیقتاً می‌توان دوره افول و رسیدن وى به نقطه صفر دانست این حقیقت تا جایی پیش‌رفت كه حتى گروهک‌های ضد انقلاب و سلطنت‌طلب كه هیچ جایگاهى در بین مردم نداشته و ندارند هم به این نتیجه رسیدند كه از تنور بیت آیت الله منتظرى نانى برایشان گرم نمی‌شود.  
آیت الله منتظری در حوادث بعد از انتخابات ریاست جمهوری سال 1388، در نقش پدر معنوی جنبش سبز ظاهر شد و با بیانیه‌ها، پیام‌ها و دیدارهای خود با عناصر فتنه حمایت کاملی از آن‌ها نمود. به عنوان نمونه ایشان در پیام خود در روز 26 خرداد سال 1388، این‌گونه گفت: «به جان فرزندان این مردم و این مملکت افتاده و با شدت و خشونت کامل با زنان و مردان بی‌دفاع و دانشجویان عزیز برخورد کرده و آن‌ها را سرکوب و مضروب و دستگیر نمودند و اینک به دنبال تسویه حساب‌های سیاسی با فعالان و اندیشمندان و روشنفکران برآمده و عده کثیری را که بعضاً از مسئولین بلندمرتبه نظام جمهوری اسلامی بوده‌اند بی‌جهت دستگیر و بازداشت می‌کنند.» وی به خصوص در یک ماه آخر عمر خود به صورتی فعال از اغتشاشگران حمایت کرد. سایت‌های ضد انقلابی چون بالاترین، جرس، کلمه و نیز BBC و رادیو فردا در آن ایام به صورتی هماهنگ و حساب‌شده فتاوای وی را منتشر کرده و از او به عنوان مرجع سبز یاد می‌کردند. کمتر از یک ماه پیش از فوت آیت الله منتظری، کانون مدافعان حقوق بشر ایران که متشکل از عناصر ضد انقلاب بوده و معروف‌ترین عضو آن شیرین عبادی است، همزمان با روز جهانی حقوق بشر، آیت الله منتظری را تلاشگر حقوق بشر در سال 2009 نامید.  بر اساس این خبر که در وب سایت رسمی آیت‌الله منتظری نیز منتشر شد برخی از اعضای این کانون از جمله "عبدالفتاح سلطانی"، ابراهیم یزدی، "تقی رحمانی"، نرگس محمدی، "محمدعلی دادخواه" و حبیب‌الله پیمان با حضور در منزل آیت‌الله منتظری تندیس حقوق بشر را به او اهدا کردند. در بیانیه کانون مدافعان حقوق بشر تاکید شده بود: «آنچه کانون را در تقدیم این جایزه به شخصیت برجسته و علمی آیت‌الله ترغیب نموده، مواضع عملی ایشان است از جمله مخالفت با اعدام‌های بی‌رویه در سال‌های 1360 و 1367، مخالفت با سخت‌گیری حکومت علیه شهروندان و دفاع همه‌جانبه، شجاعانه و مقتدرانه ایشان از جنبش سبز مردم ایران.» "عبدالفتاح سلطانی" با اشاره به تعطیلی کانون، خطاب به آیت‌الله منتظری گفت: «برای همین بنا گذاشتیم خدمت رسیده از شما که از قدیم‌الایام در راستای تحقق حقوق بشر از دیدگاه اسلام فعال بوده‌اید و عملاً از حقوق زندانیان از سال 1360 به بعد دفاع کرده‌اید و بر کاهش فشار بر آنان با هر ایده، فرقه و فکری موثر بوده‌اید و حتی از حقوق کسانی که گفته می‌شود فرزند شما را به شهادت رسانده‌اند دفاع کردید، لازم دیدیم از شما تقدیر و تشکر کرده و به طور مرسوم یک جایزه را تقدیم کنیم.» آیت‌الله منتظری در این دیدار با مقایسه زندان‌های رژیم شاه با زندان‌های فعلی گفته بود: «آن‌ها عاقل‌تر بوده‌اند» BBC فارسی بعد از درگذشت آیت‌الله منتظری در یک گزارش به قلم "علی‌اصغر رمضان پور"، به رابطه نزدیک آیت‌الله منتظری با زندانیان کمونیست و غیرمذهبی در زمان شاه و نیز اعتراض وی به اعدام منافقین در سال 1367 اشاره‌کرده و نوشت: «زندانیان غیرمذهبی که در زمان شاه در زندان بوده‌اند همواره از رابطه نزدیک آیت‌الله منتظری با زندانیان غیرمذهبی و کمونیست گفته‌اند. احساس مسئولیت آقای منتظری در برابر زندانیان غیرمذهبی تا آن جا پیش‌رفت که اعتراض به اعدام زندانیان مخالف جمهوری اسلامی در سال 1367 به جدا شدن کامل آقای منتظری از حکومت جمهوری اسلامی منجر شد.» BBC نخستین وجه تمایز بین امام خمینی (ره) و آیت‌الله منتظری را تفاوت نظر این دو در ماجراهای پس از فتح خرمشهر دانست: «نخستین خط تمایز عمده میان آیت‌الله منتظری و آیت‌الله خمینی و چهره‌هایی مانند اکبر هاشمی رفسنجانی رییس کنونی مجلس خبرگان رهبری و آیت‌الله خامنه‌ای رییس جمهوری وقت پس از بازپس‌گیری خرمشهر توسط نیروهای ایرانی به وجود آمد، در آن زمان آیت‌الله منتظری بر این باور بود که با باز پس گرفتن مناطق اشغالی از عراق نباید به جنگ ادامه داد.» 
آیت‏الله منتظری در مصاحبه‌ای با سایت جرس به مناسبت 13 آبان و سالگرد اشغال سفارت آمریکا در تهران، ماجرای گروگان‌گیری و حمایت خود را "اشتباه" خواند. وی در این مصاحبه کتبی با سایت وابسته به جنبش سبز اظهار داشت: «اشغال سفارت آمریکا هم به لحاظ عواقب و هم به لحاظ اصول بین‌المللی کار اشتباهی بوده است.» آیت‌الله منتظری نوشت: «اشغال سفارت آمریکا در بدو پیروزی انقلاب که مورد حمایت اکثر اقشار انقلابی و مرحوم امام خمینی (ره) بود، مورد تأیید این‌جانب نیز بود؛ ولی با آن عوارض منفى و حساسيت شديدى كه بين مردم آمريكا به‏ ‏وجود آورد كه هنوز آثار آن باقى است، معلوم شد كه كار درستى نبوده، و‏ ‏اصولاً سفارت يك كشور به منزله جزئى از آن كشور است، و كشورى كه‏ ‏در حال جنگ رسمى با ما نبود اشغال سفارت آن به منزله اعلان جنگ با آن‏ ‏كشور است و كار صحيحى نمی‌باشد. از قرار اطلاع بعضى از جوانان انقلابى‏ ‏و متعهدى كه متصدى اين كار بودند نيز اشتباه بودن آن را قبول دارند.»  
به گزارش برخی منابع آگاه، اوایل دی ماه سال 1388 دو تن از اعضای گروهک نهضت آزادی از مراودات و مشورت های خاص به آیت الله منتظری و دریافت مطالب سری نظام از وی خبر داده بودند. عبدالعلی بازرگان دوم دی ماه سال 1388 در سایت ملی-مذهبی نوشت: «آیت الله منتظری در برابر کسی ایستاد که حاصل عمر او [امام خمینی] حساب می شد و کمتر از «حضرت امام» درباره ایشان نگفته بود... در خانه آیت الله منتظری همواره به روی مخالفان باز بود. ما نیز در نهضت آزادی بیانیه های خود از جمله علیه ولایت فقیه و ادامه جنگ را برای ایشان می بردیم...»  این عضو گروه نهضت آزادی به ملاقات خود با آیت الله منتظری در حول و حوش ایام  عزل ایشان از قائم مقامی اشاره کرده و نوشته بود: «نگارنده حامل بیانیه و پیامی از تهران از ناحیه پدر و دوستان نهضت آزادی در امور جاری برای آقای منتظری بودم. در این ملاقات خصوصی ماجرا را ناباورانه با جزئیات از ایشان دریافت کردم، ناباورانه از این جهت که ایشان صادقانه و غیرسیاستمدارانه، اصل حکم و جزئیات را به عضوی از یک حزب مخالف اطلاع می دهد. این دلالت بر صفا و سادگی می کرد.» ابراهیم یزدی رئیس گروهک غیر قانونی نهضت آزادی نیز در گفت وگو با رادیو زمانه از صمیمیت ویژه با آیت الله منتظری خبر داده و گفته بود: «من به ایشان توصیه کردم بهتر است اندکی مماشات و صبر کند تا امور به ایشان واگذار شود. معمولا به دیدن ایشان می رفتم و یادم هست در زمستان سال 67 [ یکی دو ماه قبل از برکناری آقای منتظری] در دیداری که با ایشان در قم داشتم، ایشان به من لطف داشت و نامه هایی را که با آقای خمینی مبادله کرده بودند، برای من خواند.»   
آیت الله حسینعلی منتظری نهایتاً در نیمه شب 29 آذرماه سال 1388، برابر با دوم محرم الحرام سال 1431 قمری، بر اثر بیماری و کهولت سن درگذشت. سعید منتظری، فرزند کوچک آیت‌ الله منتظری، در تاریخ 30 آذر ماه سال 1388 در گفتگو با خبر آنلاین درباره آخرین ساعات زندگی وی تصریح کرد: «حال عمومی ایشان در سه روز اخیر ناخوش بوده است و احمدآقا (فرزددیگر آن مرحوم) نیز دیشب کنار ایشان بوده‌اند. آقای منتظری نیمه شب تجدید وضو هم کردند و مجدد می‌خوابند که بعد از آن از دنیا می‌روند. ایشان وصیت‌نامه مختصری دارند که در اختیار برادر بزرگ‌تر است و هنوز باز نشده است.»   توضیحات پزشک معالج آیت الله منتظری دکتر "غلام رضا باهر"، پزشک معالج آیت الله منتظری، در تاریخ 29 آذر ماه سال 1388 در گفت و گو با خبرنگار خبرگزاری رسا، کهولت سن و عارضه قلبی یا مغزی را دلیل فوت ایشان اعلام کرده و گفت: «ایشان طی ده روز گذشته دچار ضعف مفرط و بی حالی بود و از قبل نیز دچار بیماری قلبی شده بود و سابقه بزرگی پرستات نیز داشت. می توان کهولت سن و بیماریهایی که ایشان سابقا داشتند را دلیل فوت ایشان دانست. چون ایشان سابقه تنگی عروق قلب داشتند، به اضافه بزرگی پروستات و حساسیت ریه و برخی حالتهای عصبی مانند پریدن پلک چشم که در مجموع چهار پنج بیماری با هم داشتند.» وی برخی مطالب منتشره در مورد بیماری سرطان وی را نادرست دانست و افزود: «آنچه مهم است این است که ایشان 87 سال سن داشتند و بیماریهای مزمنی نیز از قبل داشتند بنابراین علت مرگ ایشان می تواند عارضه قلبی و یا مغزی باشد.» گفتنی است،‌ دکتر باهر پزشک معالج امام راحل و برخی دیگر از مراجع نیز بوده است.   پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به خانواده آیت الله منتظری حضرت آیت الله خامنه‏ای، رهبر معظم انقلاب، به مناسبت درگذشت آیت الله منتظری، پیام تسلیتی صادر کردند. متن پیام بدین شرح بود: بسم الله الرحمن الرحیم اطلاع یافتیم که فقیه بزرگوار آیت الله آقای حاج شیخ حسینعلی منتظری رحمه الله علیه دار فانی را وداع گفته و به سرای باقی شتافتند. ایشان فقیهی متبحر و استادی برجسته بودند و شاگردان زیادی از ایشان بهره بردند. دوران طولانی از زندگی آن مرحوم در خدمت نهضت امام راحل عظیم‌الشأن گذشت و ایشان مجاهدات زیادی انجام داده و سختی‌های زیادی در این راه تحمل کردند. در اواخر دوران حیات مبارک امام راحل امتحانی دشوار و خطیر، پیش آمد که از خداوند متعال می‌خواهم آن را با پوشش مغفرت و رحمت خویش بپوشاند و ابتلائات دنیوی را کفاره آن قرار دهد. این‌جانب درگذشت ایشان را به همه بازماندگان به ویژه همسر مکرمه و فرزندان محترم آن مرحوم تسلیت میگویم و رحمت و مغفرت الهی را برای وی مسألت می‌کنم. سید علی خامنه‌ای 29 آذر 1388   توصیه ویژه رهبر معظم انقلاب برای تدفین آیت الله منتظری رهبر معظم انقلاب اسلامی برای برنامه تدفین آیت الله منتظری توصیه های ویژه ای به متصدیان برنامه تشییع ایشان نمودند. به نقل از منابع آگاه، حضرت آیت الله خامنه ای، رهبر معظم انقلاب، به برگزارکنندگان و متصدیان برنامه تشییع و تدفین آیت الله منتظری در حرم حضرت معصومه (س) توصیه نموده بودند تا برای تدفین پیکر ایشان تدابیر ویژه‏ و محل مناسب در نظر گرفته شود. ایشان با اعزام 2 نفر از دوستان خود به بیت آیت الله منتظری به آنها اعلام می‏کنند که برای دفن وی در هر محلی از حرم حضرت معصومه (س) که مایلند اقدام نمایند. گفته می‏شد توصیه های ویژه رهبری معظم انقلاب به مسئولین حرم مطهر حضرت معصومه، با استقبال بیت آیت الله منتظری مواجه شد. این در حالی بود که گفته می شد برخی از اعضای خانواده آیت الله منتظری معتقد بودند که باید پیکر وی در نجف آباد به خاک سپرده شود و برخی گمانه‌زنی‌ها حاکی از تمایل بیت و خانواده ایشان به دفن آیت الله منتظری در خانه خود بود؛ اما نهایتاً  بعد از برگزاری مراسم تشییع در روز دوشنبه، 30 آذر ماه سال 1388 در شهر مقدس قم، پیکر آیت الله منتظری در حرم حضرت معصومه (س) و در کنار فرزند شهیدشان محمد منتظری دفن شد. مطمئنا اگر دستور مستقیم ایشان نبود تدفین آیت الله منتظری با مشکل و مخالفت مردم روبرو می شد. فرزند آیت الله منتظری ضمن تشکر از رهبر معظم انقلاب از مردم خواست که در این مراسم جهت گیری های سیاسی را دخالت ندهند.   در تشییع پیکر آیت الله چه گذشت؟ با وجود اینکه احمد منتظری، فرزند آیت الله منتظری 29 آذر ماه 88 در گفت و گو با ایرنا، اظهار داشته بود که: «پدرم از من خواسته است که تشییع جنازه وی به هیچ‌وجه حالت سیاسی پیدا نکند.» اما این اتفاق نیفتاد و مراسم تشییع پیکر آیت الله منتظری تبدیل به میتینگ مخالفان حکومت و فتنه گران پس از انتخابات شد. حضور تشییع‌کنندگان با نمادهای سبز و شعارهای ساختارشکنانه خلاف وصیت ایشان اتفاق افتاد. 
بعد از درگذشت آیت‏ الله منتظری، مایکل همر، سخنگوی شورای امنیت ملی آمریکا مستقر در کاخ سفید، با انتشار بیانیه‏ای درگذشت وی را تسلیت گفت. در این بیانیه آمده بود: «ما درگذشت آیت ‏الله العظمی حسینعلی منتظری را تسلیت می‏‏گوییم. او چهره شناخته شده‏ای بود و تعهد راسخش در دفاع از حقوق جهان شمول، برای وی احترامی بین ‏المللی به همراه آورد. خانواده او و همه جویندگان حقوق جهان شمول و آزادی هایی که او پیوسته مدافع آنها بود در یادها و نیایش ما خواهند بود.» 
تحریف نظرات و خاطرات حضرت امام (ره) که در ماهای پایانی نیمه اول سال 1392 کلید خورد و با ماجرای نقل قول دروغ "مخالفت امام با شعار مرگ بر آمریکا" به اوج خود رسید، در مراسم سالگرد درگذشت آیت الله منتظری با ایراد تهمت به مرحوم حاج سید احمد خمینی پیگیری شد. مراسم چهارمین سالگرد درگذشت آیت ‌الله منتظری، پنجشنبه 16 آبان 1392 همزمان با سومین روز ماه محرم در حسینیه اعظم نجف‌آباد اصفهان برگزار شد. در این مراسم و در جریان پرسش و پاسخ، نامه تاریخی 6/1/68 حضرت امام توسط فرزند آیت الله منتظری نیز زیر سوال رفت.    ماجراهای رخ داده در مراسم سالگرد احمد منتظری در پاسخ به این سوال که آیا خود آیت الله منتظری قاطع می‌دانستند که این نامه از حضرت امام نیست؟ اگر می‌دانستند چرا نمی‌گفتند تا رفع شبهه گردد؟ اظهار داشت: «وقتی نامه ششم فروردین را آوردند، آن نامه را آقای انصاری کرمانی آورد، خب ایشان خیلی متعجب شد که چنین نامه‌ای از چنین شخصیتی صادر شده است و نمی‌خواست که قبول کند که نویسنده آن مضامین استاد سابق ایشان، همرزم ایشان، دوست صادق ایشان (خیلی با هم غیر از استاد و شاگردی، این دو بزرگوار خودمانی بودند) و این متن را نمی‌خواست باور کند که ایشان نوشته‌اند به طور اتفاقی من چند روز قبل از این نامه، نامه‌ای را دیده بودم که حاج احمد آقای خمینی نوشته بود به دفتر تبلیغات قم و با این جمله شروع می‌شد که: امام فرمودند: جناب آقای فهیم کرمانی باید از تولیت مدرسه کرمانی ما برکنار شود و آقای کشمیری و یک کس دیگری (آقای جان …) به جای آقای فهیم کرمانی باشند. امضا کرده بود احمد خمینی. این نامه را من برداشتم و وقتی کنار نامه 6/1 گذاشتم دیدم کاملاً خط آن یکی است یعنی آن دو نامه را یک نفر نوشته است و این را بردم خدمت آقا (آیت الله منتظری) و ایشان دید و تصدیق کرد که بله این دو نامه را یکی نوشته است. طبق آن قانونی که رهبر انقلاب (امام خمینی) نوشته بودند در وصیت‌نامه که در حیات من چیزهایی را به من نسبت می‌دهند و حتی در فوت من هم بیشتر نسبت می‌دهند و این نامه‌ها در صورتی از من است که یا در صدا و سیما پخش شده باشد و یا با خط و امضای من باشد به تصدیق کارشناسان! که اخیراً من دیده‌ام گفته می‌شود که ما از دادگاه ویژه پرسیدیم که این خط امام هست؟ تایید کرده‌اند که بله با این که امام فرموده‌اند تطبیق کارشناسان و نه تطبیق دادگاه ویژه روحانیت! و کارشناسانی که این دو خط را دیده‌اند، خط شناسان همه تایید می‌کنند که این خط امام نیست و در زمان حیات ایشان هم از صدا و سیما پخش نشده و بنابراین نمی‌شود گفت که منتسب به ایشان است.» احمد منتظری در ادامه ادعاهای خود اظهار داشت: «این نامه را وقتی آیت‌الله منتظری جواب می‌دهند یعنی در تاریخ هفتم فروردین جواب نامه را آقای منتظری می‌نویسند و در هشتم فــروردین آقای خمینی جواب می‌دهند که این نامه اخیر در صدا و سیما پخش می‌شود و این دو نامه هست که می‌شود استناد کرد طبق آن گفته وصیت‌نامه ایشان که این‌ها از امام صادر شده است و از آقای منتظری صادی شده ولی نامه ششم فروردین چون خط حاج احمد آقا است به تصدیق کارشناسان من حاضرم هر کارشناسی می‌گوید بیاید و با هم بررسی می‌کنیم، این را تایید نمی‌کند که از امام باشد و می‌گویند خط حاج احمد آقا است و دادگاه ویژه روحانیت هر وظیفه‌ای دارد کارشناس خط نیست، هر کاری می‌کنند حالا یا به جا یا نابه‌جا. ولی مسلم این است تطبیق خط کار او نیست و کارشناس خط نیست.»   تناقض سخنان فرزند آیت الله منتظری با خاطرات پدر هرچند خدشه به نامه تاریخی 68/1/6 حضرت امام(ره) به دلیل محتوای روشنگرانه و محکم آن، دور از انتظار نیست، اما ظاهراً فرزند آیت الله منتظری حتی به خود زحمت نداده تا نظر پدرش را در این زمینه جویا شود، چنانکه آیت الله منتظری پس از ماجرای نامه 1/6 اظهار داشت: «در این دو سه ماه آخر، چه مسایلی پیش آمده بود و چه گزارش‌هایی به ایشان داده بودند که ذهن امام را ملکوک کرده و ایشان را عصبانی کرده بود و زمینه شد برای نامه 68/1/6، من نمی‌دانم.» این سخن و همچنین موضعگیری‌های خود آیت الله منتظری در دوران حیات امام، به روشنی نشان می‌دهد که وی لااقل در دوران باقی مانده از عمر امام، تردیدی در این که نامه 1/6 از امام بوده، نداشته است؛ لیکن به تدریج، تشکیک‌های دیگران از یک سو و ضربه‌های روحی‌ای که از ناحیه این نامه به ایشان وارد شده از سوی دیگر، سبب شده که در انتساب نامه شک کند و بگوید: «به هیچ وجه نمی‌توانم قاطعانه بگویم که این نامه از ایشان (امام) است» یا در جای دیگر بگوید: «ما در این که دست خط این نامه –و همچنین برخی از نامه‌هایی که این اواخر، به نام امام منتشر شد- از امام باشد تردید داریم.» در تحلیل دیگری نظرشان این است که: «بر فرض این نامه را امام، شخصا نوشته باشند، یقینا گزارش‌های غلط و خلاف واقع، از ناحیه افراد خاص در صدور آن، موثر بوده است.»   دلایل قطعی بودن صدور نامه 68/1/6 از طرف امام(ره) دلایل فراوانی وجود دارد که ثابت می‌کند نامه یاد شده، قطعا از سوی امام(ره) صادر گردیده و تشکیک آیت الله منتظری و هوادارانش در این باره ارزشی ندارد. اینک به برخی از این دلایل اشاره می‌کنیم:   - شهادت آیت الله مشکینی براصالت انتساب نامه 6/1/68 حضرت امام(ره) پس از صدور نامه مذکور، حضرت آیت الله خامنه‌ای، به همراه آیت الله مشکینی، آیت الله هاشمی و آیت الله امینی برای پیشگیری از ارسال و حداقل عدم انتشار آن، خدمت امام رسیده‌ و امام، به رغم اصرار ایشان، با ارسال نشدن نامه موافقت نمی‏کنند و تنها موافقت می‏نمایند که موقتاً منتشر نشود. در واقع، پس از تمکین آیت الله منتظری از دستور امام و اعلام کناره‌گیری از قائم مقامی رهبری، امام، دستور می‌دهند نامه یاد شده منتشر نشود. سه نفر از حاضران در آن جلسه، در پاسخ به درخواست حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی، گزارش ملاقات یاد شده را نوشته‌اند و متن آن موجود است. از جمله آیت الله مشکینی که در پاسخ خود، ضمن اشاره به جلسه یاد شده، نوشته است: «… صحبت در اطراف انتشار و عدم انتشار نامه مزبور بود و از معظم له درخواست عدم انتشار یا تخفیف مفاد آن می‌شد، و اگر کسی در آن حال، سخنان ایشان را درباره آقای منتظری می‌شنید، نه فقط یقین می‌کرد نامه، نامه ایشان است، بلکه یقین می‌کرد که ایشان در نوشتن نامه، ارفاق نموده و رعایت برخی مصالح را کرده است… به هر حال، بنده می‌دانم و شهادت می‌دهم که نامه فوق الذکر، نامه معظم له و مطالب آن، منظور ایشان بوده».   - عدم تکذیب از سوی امام  موضوع برکناری آیت الله منتظری از رهبری، بزرگترین حادثه سیاسی و یا یکی از بزرگترین حوادث سیاسی تاریخ انقلاب اسلامی است. آیا می‌توان باور کرد که چنین حادثه عظیمی در برابر دیدگان امام، مستند به یک نامه مجعول شود و ایشان سکوت نماید؟! اگر آن گونه که آیت الله منتظری احتمال داده، نامه یاد شده از امام نبوده، چرا وقتی آیت الله منتظری، در پاسخ آن به ایشان نوشت که: «مرقومه شریفه مورخ 68/1/6 واصل شد…» و این نامه از رسانه‌ها پخش گردید، امام اعلام نکرد که نامه مذکور را من ننوشته‌ام؟   واکنش موسسه تنظیم آثار امام به اظهارات فرزند آیت الله منتظری در پی تشکیک چندباره فرزند آیت الله منتظری در مورد اصالت انتساب نامه 6 فروردین ماه سال 1368 حضرت امام (ره) خطاب به آیت الله منتظری، حجت الاسلام محمد علی انصاری، قائم مقام وقت مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (ره)، در واکنش به این ادعای کذب واکنش نشان داد. انصاری در این خصوص در تاریخ 24 آبان همان سال به خبرنگار پایگاه اطلاع رسانی جماران گفت: «موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی به کرات و به طور رسمی نسبت به صحت انتساب نامه مذکور به حضرت امام خمینی که در آن حضرت امام مرحوم آیت الله منتظری را مخاطب قرار داده اند، اعلام نظر نموده است بدون شک و تردید این نامه بسیار مهم و تاریخی از تصمیمات قطعی الصدور امام عظیم الشان است که پس از نگارش آن تعدادی از چهره های شاخص سیاسی و حوزوی نظام و امنای امام از متن آن در حضور ایشان مطلع گردیدند لکن امام بنا به آنچه صلاح می دیدند که به نظرم بیشتر به سبب نامه 7 فروردین آقای منتظری بوده باشد، از انتشار آن جلو گیری نموده و نامه دیگری را به تاریخ 8 فروردین برای آقای منتظری ارسال داشتند که همان نامه ملاک عمل قرار گرفت. یقینا هر گونه تشکیک و نسبت جعل و تحریف نسبت به نامه 6 فروردین ناشی از جهل یا خدای ناکرده ناشی از عناد و یا انتقام جویی است و به نوعی تلاش در جهت وارونه جلوه دادن حقایق و واقعیات تاریخ انقلاب است.   خشم امام نسبت به منتظری قابل انکار نیست حقیقتا برای اینجانب که از مدت ها قبل ازنگارش این نامه از وجود شکاف و اختلاف عمیق میان حضرت امام و ایت الله منتظری مطلع بودم و نامه 6 فروردین را به ترتیبی خاص و شخصا از سوی امام به قم برده و تحویل آقای منتظری دادم و علاوه بر ان دو فقره وصیت نامه امام که نزد ایشان بود را باز پس گرفته و به تهران آوردم و موارد متعدد دیگری که همه آن ها حکایت گر نارضایتی و دل گیری و خشم امام نسبت به آقای منتظری بود، تعجب آور است که کسانی چشمان خود را بر روی حقایق ملموس بسته اند و بر عملی که روح مرحوم منتظری را هم آزار می دهد اصرار می ورزند و در شرایط امروز کشور که مردم محتاج همدلی و آرامش هستند نغمه ای آن هم از نوع تهمت به مرحوم یادگار امام سر می دهند کسی که بالا ترین جرمش دفاع عاقلانه و عارفانه و خالصانه از راه و رسم مکتب امام بود. ای کاش در این زمانه که امام و یادگار امام و آیت الله منتظری در میان ما نیستند بعضی از منسوبین و طرفداران افراطی آقای منتظری به جای القای شبهه و تحریف حد اقل می پذیرفتند که ایشان هم اشتباهاتی داشته است. و شجاعانه برای ثبت در تاریخ از نقش بعضی از اطرافیان در ایجاد شکاف و تخریب رمز گشایی می نمودند.»   ادعای فرزند آیت الله منتظری، صدای هاشمی رفسنجانی را هم درآورد آیت الله هاشمی رفسنجانی ضمن انتشار خاطرات خود، مقصر جلوه دادن مرحوم حاج سید احمد خمینی در زمینه ناراحتی حضرت امام از آیت الله منتظری را "جفاکاری" توصیف کرد.  آیت الله هاشمی رفسنجانی در ذکر خاطرات مربوط به 22 مهر ماه 1365می نویسد: «مقصر جلوه دادن حاج احمد آقا در تلخی روابط امام و آقای منتظری جفاکاری است... آقای [مرتضی] بنی فضل تلفنی از قم مسئله آقای منتظری، قطع ملاقات ها و پخش خبر و ناراحتی طلبه ها را گفت و از من برای حل مشکل استمداد کرد. احمد آقا از اینکه بعضی ها او را مقصر معرفی کرده اند و به دروغ مانع ملاقات آقای منتظری با امام معرفی کرده اند و... اظهار ناراحتی کرد، حق دارد، چون بیشترین تلاش را برای اعتبار آقای منتظری دارد. ساعت 3 بعدازظهر به طرف قم حرکت کردم. نزدیک غروب به منزل آقای منتظری رسیدیم. کمی پشت در معطل شدیم. ظاهر این بود که ایشان مصمم بوده کسی را نپذیرد ولی در مقابل حضور من، ناچار پذیرفتند. گفتند آقای  [ابراهیم] امینی را نپذیرفته اند. تا ساعت 9 شب با ایشان بودم. پس از صرف شام به تهران برگشتم. آقای سیدهادی [هاشمی] هم در مذاکرات شرکت داشت. ایشان از دستور امام در خصوص تعقیب گروه سیدمهدی هاشمی رنجیده اند و دستور امام به اینکه دیگر عفو زندانیان با آقای منتظری نباشد، کار را بدتر کرده و مخصوصاً شیوه ابلاغ که به واسطه افرادی مثل آقای محمدی گیلانی و [سیدمحمد] ابطحی و شورای عالی قضائی که برای ایشان قابل توجیه نیست. آقای منتظری به خط 3 خیلی بدبین بودند و به خصوص از احمد آقا گله می‌کردند. من شرحی از اقدامات و مذاکراتمان را با امام برای تعدیل قضیه گفتم. از احمدآقا دفاع کردم. از خود من هم گله داشتند که کمک لازم را نکرده ام. بالاخره مسئله حل نشد.»  

تاریخ ایجاد:۱۳۹۶/۱۱/۲۹ ۲۰:۰۵:۵۹

آخرین بروزرسانی:۱۳۹۶/۱۱/۲۹ ۲۰:۰۶:۰۴

آیت الله منتظری

خلاصه زندگی نامه

  آیت الله حسینعلی منتظری، از مراجع تقلید تأثیرگذار در روند انقلاب که پس از پیروزی انقلاب اسلامی به ریاست مجلس خبرگان قانون اساسی رسید و اصل ولایت فقیه به پیشنهاد او وارد قانون اساسی شد. منتظری که در سال 1364 از سوی مجلس خبرگان رهبری به قائم‌مقامی ولی فقیه انتخاب شده بود در فروردین 1368، توسط امام خمینی (ره) از مقام خود عزل شد.  

درخت واره
ورود/ثبت نام

اسناد و مراجع