آیت آلله بنی فضل تحصیلات خود را از مکتب خانه آغاز کرد و به فراگیری ادبیات فارسی و قرآن پرداخت سپس به حوزه علمیه تبریز رفت و شرح لمعه را فرا گرفت. سپس در نوزده سالگی به قم آمد تا از محضر استادان حوزه علمیه قم بهره مند شود. دوران تحصیل او همواره با فراز و نشیب های فراوان رو به رو بود که برخی از آنها مربوط به وضعیت سیاسی آن دوران می باشد. خفقان رضا خانی می کوشید تا مردم را از روحانیت جدا سازد و حوزه های علمیه را در نگاه جامعه سرکوب و منکوب نماید تا از این راه، نفوذ دولت های استکباری در ایران را هر روز، بیشتر سازد از این رو طلاب آن روزگار محروم و مظلوم بودند.وی پس از ورود به قم، به تکمیل درس های دروه سطح پرداخت. سپس در کلاس درس خارج فقه و اصول بزرگان آن روز رفت و سال ها از محضر آنان بهره مند شد. تحصیلاتش منحصر به فقه و اصول نبود و به علوم عقلی و تفسیر نیز می پرداخت. او در سالیان تحصیل خود، از تدریس نیز غافل نماند. 

آیت الله بنی فضل از نخستین سال های نهضت امام خمینی(ره) همواره یار و حامی این نهضت عظیم بوده است. او در سال های پیش از انقلاب، رابط امام خمینی(ره) با برخی از علما و مراجع بوده و نقش بسزایی در تنظیم حرکت همه جانبه حوزه علمیه قم بر ضد رژیم پهلوی ایفا کرده است. در آن سال ها ایشان با سخنرانی در مجامع عمومی و خصوصی، ماهیت رژیم شاه را افشا می کرد. این امر باعث شد که گاه، ساواک او را حاضر و مورد بازجویی و هتاکی قرار دهد.از فعالیت های مهم وی، عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و شرکت در برنامه های مبارزاتی این نهاد است او در بسیاری از جلسات آن مرکز شرکت و بسیاری از اعلامیه های آن را امضا می کرد. 

آیت الله بنی فضل پس از انقلاب شکوهمند اسلامی نیز دست از تلاش سیاسی برنداشت و خدمات بسیاری را در استان آذربایجان شرقی انجام داد. او همواره با اطاعت از امام و دعوت همگان به پیروی مطلق از ولایت فقیه و نیز با حمایت همه جانبه از مقام معظم رهبری، در صحنه حضور داشت. 

شرح لمعه آیت الله حاج میرزا جواد سلطان القراءآیت الله حاج میرزا باقر مرندی قوانین حاج شیخ نصرت بناروانی میانجی مطول حاج میرزا حسن محدث سرابی منظومه سبزواری آیت الله شربیانی رسائل، مکاسب و کفایه آیت الله مشکینیآیت الله سلطانی طباطبائیآیت الله مجاهدیآیت الله شیخ عبدالجواد اصفهانی خارج فقه آیت الله العظمی بروجردیآیت الله گلپایگانیآیت الله محقق دامادامام خمینی(ره)آیت الله حاج شیخ عباسعلی شاهرودیعلامه طباطبایی 

آیت الله بنی فضل از نخستین سال های تحصیل، به امر تدریس اشتغال داشته و از این رهگذر، شاگردان فراوانی به عالم تشیع تقدیم کرده است زمانی که در تبریز به تحصیل می پرداخت، سیوطی را تدریس می کرد و سپس در طی پنج سال، یازده بار معالم الاصول را درس داده؛ به گونه ای که در هر سال یک دوره آن را به زبان آذری، برای طلاب ترک زبان و یک دوره آن را به زبان فارسی برای دیگر طلاب و یک دوره باقی مانده را در تبریز در ایام تابستان تدریس می فرمود.سه بار رسائل شیخ انصاری، پنج بار مکاسب محرمه بیع و دو بار خیارات کتاب مکاسب و چندین دوره منظومه سبزواری را آموزش داد و بیش از پانزده سال است که به تدریس درس خارج می پردازد. 

شرح هایی بر بخش منطق منظومه سبزواری، مکاسب محرمه، بیع و خیارات مکاسب شیخ انصاریشرح گسترده ای بر کتاب القضاء شرائعتالیف کتاب پنج جلدی مبانی فکری و نهضت حضرت امام خمینی(ره) را که به نام مدارک تحریر الوسیله مشهور است. 

نماینده مردم آذربایجان غربی در دوره اول مجلس خبرگان رهبرینماینده مردم آذربایجان شرقی در ادوار دوم تا چهارم مجلس خبرگان رهبریمسئول رسیدگی به کمیته های آذربایجان غربی و شرقی و حل اختلافات محلیاستاد نمونه حوزه علمیه قم در سال 1383 

آیت الله مرتضی بنی فضل در 9 شهریور 1386 در 74 سالگی به دلیل عفونت ریوی و بیماری كلیوی در تبریز درگذشت.