محمدی گلپایگانی از مبارزین سیاسی علیه رژیم پهلوی و از حاضرین در واقعه حمله به مدرسه فیضیه در سال 1342 بوده است. او همچنین از سال 1360 تا 1368 نماینده دفتر امام خمینی (ره)، در نیروی هوایی ارتش بود.   خاطرات گلپایگانی از دوران انقلاب تصدی ریاست دفتر رهبر معظم انقلاب کار پر مشغله ای است که مجالی باقی نمی گذارد تا حجت الاسلام والمسلمین محمدی گلپایگانی از خاطرات دوران مبارزه با رژیم طاغوت بگوید. اما برگزاری مراسم بزرگداشت روز نیروی هوایی در 6 آبان 1391 و حضور رییس دفتر مقام معظم رهبری در این مراسم فرصتی را فراهم کرد تا ایشان در زمانی کوتاه از خاطرات دوران مبارزه بگویند. حجت الاسلام و المسلمین محمد محمدی گلپایگانی از خاطرات خود از دوران رژیم طاغوت می گوید؛ از روزی که امام خمینی گریه کرد و از روزی که طنین صدای' خلصنا من شاه، یا رب' در شهر پیچید:   روزی که امام گریه کرد! از شروع نهضت اسلامی در سال 1341 با آن همراه بودم و علیه رژیم طاغوت مبارزه می کردم اما اوج فعالیت من در سال 1356 و هم زمان با اوج گرفتن حرکت انقلابی مردم بود. با وجود اینکه هیچ وقت دستگیر نشدم اما همواره مورد تعقیب بودم که با زرنگی توانستم فرار کنم. حجت الاسلام والمسلمین محمدی گلپایگانی یکی از خاطرات تلخ خود از دوران مبارزات انقلابی را مربوط به سال 1342 و هجوم وحشیانه ماموران شاه به مدرسه فیضیه می داند: «در سال 1342و زمانی که ماموران به فیضیه ریختند و آن جنایتها را مرتکب شدند طلبه ای جوان در قم بودم و دیدم که چه کردند. فردای فاجعه، حضرت امام خمینی (ره) به فیضیه آمدند و از نزدیک جنایتهای ماموران شاه را مشاهده کردند. عمامه ها روی زمین ریخته بود؛ کفش ها گوشه کنار پراکنده شده؛ و لباس های پاره پاره در صحن فیضیه پخش شده بود. در این زمان، امام با مشاهده این فجایع به گریه افتادند و سپس آن نطق تاریخی را در محکومیت این فاجعه ایراد کردند.» رییس دفتر رهبر معظم انقلاب ادامه داد: «موج جدید انقلاب از سال 1356 شروع شد که در این مقطع زمانی فعالیت من نیز گسترده تر شد. در آن زمان کارهای زیادی را انجام دادیم که از جمله آنها تصرف مقر ساواک بود.»   خلصنا من شاه، یا رب در دوران مبارزه با رژیم طاغوت برای همراه کردن مردم با موج انقلاب به شهرهای مختلف سفر می کردیم که در یکی از این سفرها که در واقع آخرین ماه رمضان در دوران طاغوت بود و در شب بیست و یکم این ماه شریف و در شب قدر، زمانی که قرار شد دعای جوشن کبیر در مسجد این شهر خوانده شود پیشنهاد دادم به جای ذکر 'خلصنا من النار یا رب'، خوانده شود 'خلصنا من شاه، یا رب' که این ابتکار، موثر واقع شد و این ذکر در تمام شهر پیچید و کسی هم نمی توانست جلوی آن را بگیرد.  

رییس دفتر رهبر معظم انقلاب در همایش «تجدید مطلع کتاب و کتابخوانی» در تاریخ 7 دی ماه سال 1390، با اشاره به بیداری ملت‌های مسلمان در زمان حاضر گفت: «به یاری خدا این بیداری آغاز شده و طلیعه روشنی است که آثار آن را امروز نظاره‌گر هستیم. کسی باور نداشت که روزی فرعون مصر، این نامبارک زمان این چنین ساقط شود، سازمان‌های عریض و طویل متعدد جاسوسی آمریکا تا یک ماه پیش نیز این امر را پیش‌بینی نمی‌کردند، امروز نسل جوان بیدار شده و این از برکات انقلاب اسلامی است و دنیا فهمیده در دنیا کشوری به نام جمهوری اسلامی وجود دارد که زیر سطله ستمگران نمی رود.» محمدی گلپایگانی با بیان آنكه اكنون مساله بیداری اسلامی در دنیا مطرح است،‌ میگوید: «بیداری اسلامی واقعی همان است كه پیامبر اكرم(ص) فرموده است.» وی اساس بیداری اسلامی را «خداپرستی، عبودیت و بندگی خدا در دنیا و حاكمیت خدا در دنیا» بیان كرده و معتقد است: «دعوای ما با استكبار در این مساله است كه آنها می‌گویند بنده ما باشید اما ما می‌خواهیم براساس تعالیم پیامبر(ص)، بنده خدا باشیم. در دوران حكومت 'حسنی مبارك' در مصر، بوی از اسلام در این كشور وجود نداشت، بطوریكه اكنون میلیون ها نفر در میدان 'التحریر' نماز جماعت اقامه می‌كنند و علیه شورای نظامی فریاد الله‌اكبر سر می‌دهند. محمدی گلپایگانی به تلاش استكبار در بهره ‌برداری از بیداری اسلامی اشاره كرده و میگوید: ویژگی استكبار آن است كه مقابل انقلاب‌ها بایستد و یا اینكه برای رسیدن به مقاصد خود، سوار بر موج آنها شود.» رئیس دفتر مقام معظم رهبری در ادامه بیداری اسلامی سال‌های اخیر جهان و برگزاری نماز جماعت، تلاوت قرآن و ندای اذان در میدان التحریر قاهره را نشأت گرفته از نظام و انقلاب اسلامی دانسته و وی تصریح کرد: «این خیزش اسلامی در جهان اسلام به مانند نوری جاویدان در حال نورافشانی است و چه بخواهیم و چه نخواهیم سرنوشت نامبارک و قذافی در انتظار تمامی طاغوتچه‌های جهان است.»  

محمد محمدی گلپایگانی رئیس دفتر مقام معظم رهبری 6 آبان 1391 در مراسم صبحگاه مشترک تشییع پیکر مطهر خلبانان شهید نهاجا با گرامیداشت یاد و خاطر خلبانان شهید با بیان اینکه مردم تا آخر پای انقلاب اسلامی ایستاده اند، گفت: بنده مطمئن هستم اگر روزی لازم شود و فرمانده کل قوا اراده فرمایند باز دفاع مقدس تکرار خواهد شد و جوانان، مردان و زنان این سرزمین لحظه ای در دفاع از مملکت، نظام و رهبر خود دریغ نخواهند کرد و تا آخر پای انقلاب خود ایستاده اند. رئیس دفتر مقام معظم رهبری با بیان اینکه البته نقش مردم در پاسداری و حفاظت از انقلاب اسلامی بسیار مهم است، افزود: ما این نقش را به خوبی در دوران دفاع مقدس دیدیم. مردم درآن دوران از رزمندگان و نیروی هوایی حمایت کردند و هرگاه پروازی برای حمله اعزام می شد این مردم بودند که دستهای خود را بلند می کردند و برای موفقیت رزمندگان خلبانان ما دعا می کردند. معتقدم حرکت اصلی پیروزی انقلاب از زمان تجدید پیمان ارتش با امام خمینی (ره) آغاز شد. 19 بهمن روز بسیار مهمی  است ما در آن روز شاهد تجدید پیمان ارتش با امام خمینی (ره) در مدرسه رفاه بودیم.  

حجت‌الاسلام ‌محمد محمدی گلپایگانی، 20 مهر 88 در نهمین همایش سراسری روحانیون ارتش با اشاره به وقایع تأسف بار بعد از انتخابات خرداد 88، با یادآوری اینکه که تاریخ در حال تکرار شدن است، گفت: «در فتنه‌های اخیر افرادی ذکر سجود و دعاهایشان، اطراف را پر می‌کرد، صدای راز و نیاز خوارج نهروان نیز به گونه ای بود که عده‌ای را به اشتباه انداخته بود.» وی با اشاره به اهمیت بصیرت در میان نخبگان افزود: ندر فتنه حق و باطل مخلوط می‌شود و باید ابتدا حق را شناخت و بعد اهالی حق را معرفی کرد. ما امروز نیاز به عمار‌ها و یاسر‌ها داریم؛ همان‌های که در سخت‌ترین دوران برای شناساندن امیر‌المومنین به مردم روشنگری کردند و وظیفه امروز ما روحانیون نیز تبیین حقایق است.»  محمدی گلپایگانی با تاکید بر پرهیز از هر گونه ترس و ملاحظه در معرفی فتنه افزود: «اگر تدابیر هوشمندانه رهبر انقلاب در این برهه نبود چیزی از اسلام الا اسم و ظاهر آن نمی‌ماند. بحث در انتخابات اخیر این نبود که فلانی رئیس‌جمهور شود یا نشود، بلکه اساس نظام را نشانه گرفته بودند و اگر چه این فتنه خسارت‌های فراوانی داشت اما چهره‌های اصلی عده‌ای را به همگان معرفی کرد و راستگو و دروغ‌گو از هم تفکیک داده شدند.»  رئیس دفتر مقام معظم رهبری در پایان با تاکید بر اینکه روحانیون در نیروهای مسلح نباید وارد دسته‌بندی‌های سیاسی شوند، گفت: «اما تبیین اصل حق وظیفه همگان است و همان‌طور که خداوند تاکنون نظام و انقلاب را حفظ کرده ما نیز باید با عمل به وظایف خود، انقلاب را یاری کنیم.»   تدبیر مقام معظم رهبری در فتنه 88 موجب شکست نقشه‌های دشمن شد محمدي گلپايگاني معتقد است ولي فقيه با تدبير عالمانه و آگاهانه اين فتنه را اداره و مديريت كردند: «تمام تيرهاي دشمن در حال حاضر به طرف خاكريز ولايت فقيه نشانه گرفته شده و ولي فقيه با تمام وجود به دفاع از اسلام ايستاده است. اين فتنه از چند سال گذشته برنامه‌ريزی شده بود و افراد ساده و بی عقل تحت تاثير آن قرار گرفتند.»  رئيس دفتر مقام معظم رهبري تنها راه سعادت را عنايت و توجه نايب امام زمان (عج) دانسته و می‏گوید: «دجال‌ها در كارند و كساني كه جلو و عقب ولي فقيه حركت كنند هلاك مي‌شوند. همگام با ولي فقيه بايد حركت كرد و اساساً مشروعيت تمام افراد به اين امر است.»  محمدی گلپايگانی تمام مشروعيت‌ها را برگرفته از ولايت فقيه خوانده و میگوید: «فعاليت‌ها و تصرفات مسئولان در قوای مقننه، قضائيه و مجريه تا زمانی مشروع است و روز قيامت مجازات و مكافات ندارد كه در خط ولايت باشند و غير از اين راهی وجود ندارد. پيروزی نزديك است و مقام معظم رهبری نويد شنيده شدن صدای انقلاب در اروپا را داده‌اند.»    مجازات فتنه‌گران مسلّم است محمد محمدی گلپایگانی، روز پنجشنبه 28 بهمن 89 در حاشیه همایش مدیریت سرمایه های فکری و تعالی سازمانی در گفت وگو با ایرنا با اشاره به وقایع تلخ 25 بهمن 89 گفت: «اینکه کی، چگونه و به چه نحوی اینها باید به مجازات برسند باید از سوی مسؤولان مربوطه تصمیم گیری شود. مسؤولان مربوطه در نظام اسلامی حواسشان جمع است و همه اقدامات و اتفاقات را رصد می کنند.» محمدی گلپایگانی با اشاره به اقدامات فتنه گران در روز 25 بهمن ماه تاکید کرد: «در حال حاضر ماهیت فتنه گران کاملاً افشا شده و آنچه مسلم است همان گونه که دادستان کل کشور هم در سخنان روز چهارشنبه از برخورد با سران فتنه خبر داد، باید فتنه گران مجازات شوند. مردم هم خواهان برخورد با سران فتنه هستند و تصمیم گیری در این ارتباط با مسؤولان مربوط است.»   اتحاد باید دور محور ولایت باشد آیت‌الله محمدی گلپایگانی اختلاف را یکی از خطرات بزرگی که به عنوان آسیب به نظام محسوب می‌شود، دانست و تاکید کرد: «در کمتر صحبتی نبود که امام خمینی (ره) مسئله اتحاد را مطرح نکنند.» رئیس دفتر مقام معظم رهبری با تاید بر اینکه اتحاد باید دور محور ولایت باشد، گفت: «با آن کسی که از طرف امام زمان (عج) به عنوان نایب عام است با کسی که ما با دلسوزی‌اش برای نظام آشنا هستیم.»  

رییس دفتر رهبر معظم انقلاب با توجه به وضعیت اقتصادی كشور و گرانی ها میگوید: «گرانی‌های كنونی در جامعه به علت آن است كه استعمارگران می‌خواهند با تنگنا قرار دادن ملت ایران، آنها را در مقابل نظام قرار دهند.» محمدی گلپایگانی با تاكید بر آنكه دشمنان نظام به این خواسته خود نخواهند رسید، معتقد است: «ملت ایران مردمی مقاوم و صبور هستند، هرچند برخی گران‌فروشان با سوءاستفاده از این شرایط، خون مردم را می ‌مكند.»   تحریم ها با شکست مواجه خواهد شد وی، تحریم‌های اخیر آمریکا و غرب علیه جمهوری اسلامی ایران را آخرین حربه و تلاش دشمن دانسته و میگوید:‌ به فضل خداوند این تحریم‌ها نیز خواهد شکست، چراکه در این چند سال چنان قدرت و توان گرفته‌ایم که هیچ قدرتی نمی‌تواند جرأت دست درازی به این کشور را در سر بپروراند. با توجه به تحریم‌های گسترده، پیشرفت‌های علمی ایران در عرصه هسته‌ای، جهانیان را به تحسین وا داشته، هر چند که دشمن در پی تبلیغ این نکته است که مکتب اسلام توان مدیریت جامعه را ندارد.   دشمنان از ترسشان است که کوتاه می‏آیند آنها دست و چنگال پلیدشان را به همه جا دراز کرده‏اند و ایران می‏تواند این دست‏ها را قطع کند. نخست وزیر بدبخت رژیم اشغالگر قدس که گویی جنون اخلاقی دارد هر از چندگاهی حرف‏هایی می‏زند اما خدا می‏داند که در دلش از ترس چه می‏گذرد. وی با اشاره به سخنان رهبر حزب‏الله درباره توان نظامی این گروه خاطرنشان کرد: «زمانی که سید‏ حسن نصرالله، آن رزمنده شجاع و مجاهد فی سبیل‏الله در کلماتش می‏گوید که همه جای سرزمین‏های اشغالی زیر موشک ماست، آنها آسایش و آرامش ندارند. برادران و خواهران در بهترین دوران عمر خود به سر می‏بریم، امروز وجود یک مجتهد فقیهِ عالیقدرِ مرجع تقلید و امام جمعه در راس نظام مقدس اسلامی در کجای دنیا وجود دارد.» حجت الاسلام والمسلمین محمدی گلپایگانی با بیان اینکه دشمنان ما از ترسو‌های جهان هستند، گفت: «اگر ترس از مقام معظم رهبری و نیروهای که تحت فرمان ایشان هستند نبود یقینا وضعیت ما از دست دشمنان قسم خورده این نبود، ولی آن‌ها آسیب پذیرهستند و می‌ترسند.»  

حجت الاسلام محمدی گلپایگانی: «یکی از این توطئه ها را در دو سه ماه اخیر و بعد از انتخابات مشاهده کردیم که اگر هوشمندی رهبر انقلاب نبود معلوم نیست چه اتفاقاتی ممکن بود رخ دهد و خداوند آنها را رسوا کرد. حالا BBC و شبکه های رادیو و تلویزیونی آن خیرخواه ما شده اند اما اگر پرونده ننگین کشور انگلستان را در تاریخ نسبت به ما مطالعه کنیم می بینیم در سالهای گذشته ثروت ما را غارت کردند. در همین دوران انتخابات اضافه کاری که شبکه BBC به کارمندان خود می داد بیش از 8 میلیون پوند بوده است، حتی 2 ماهواره برای پخش برنامه های خود اضافه کرده و ساعات برنامه خود را در تمام شبانه روز گسترش داده است، حالا یک عده آدم ظاهربین و کوته نظر به این اظهارات گوش کردند و بلوا ایجاد نمودند.»  

رییس دفتر مقام معظم رهبری به اوج قدرت کشور در حال حاضر معتقد است: «از اول انقلاب تا کنون هیچ پس رفتی نداشته ایم، تاکید کرد: همین امروز خبر مهم تاسیس یک کارخانه جدید هسته ای به گوش همه رسیده و این تاسیسات جدید چشم دشمنان را کور کرده است. همانطور كه رهبر معظم انقلاب تاكید كردند، بحث مخالفت با جمهوری اسلامی موضوع 'هسته‌ای'‌ نیست؛ اگر در برابر خواسته استكبار تسلیم شویم و غنی‌سازی را متوقف كنیم، آنها موضوع حقوق بشر و مسایل دیگر را بهانه می‌كنند.» محمدی گلپایگانی مهمترین مساله مورد نظر غرب در بهانه ‌تراشی علیه ایران را 'انرژی مورد نیاز آینده جهان' برشمرده و میگوید: «جمهوری اسلامی ایران با داشتن ذخایر فراوانی از نفت و گاز، لقمه چربی است كه در گلوی آنها گیر كرده و ملت ایران اجازه ورود دوباره آنها به كشور را نمی‌دهند.» رییس دفتر رهبر معظم انقلاب با تاكید دوباره بر آنكه جمهوری اسلامی ایران نیازی به بمب اتم ندارد، افزود: ‌«هر بسیجی در این كشور یك بمب اتم است كه در برابر دشمنان سینه سپر كرده‌ و در روز مبادا، اسراییل از آتش این بسیجیان در امان نخواهد بود.» محمدی گلپایگانی با تاكید بر آنكه اگر بسیج و سپاه و اقدامات مدبرانه رهبر معظم انقلاب نبود دشمنان، ملت ایران را به تاراج برده بودند، افزود: «تمام فعالیت و اقدامات آنها در بخش اقتصادی به انرژی نفت بستگی دارد. وی گفت: خداوند در این مملكت هرچه كه امام عصر(عج) نیاز داشته باشد، ذخیره كرده است؛ از این رو دعوای دشمنان با جمهوری اسلامی فقط مساله انرژی و آینده آنها است كه به این انرژی بستگی دارد. در صورتیكه اقتصاد آنها در نتیجه مساله انرژی نفت از حركت باز ایستد، آنها همدیگر را خواهند خورد؛ همانطور كه اكنون نیز دچار این وضعیت هستند.»  

حجت الاسلام و المسلمین محمدی گلپایگانی معتقد است که دشمنان ایران اسلامی با بسیج امکانات سعی دارند بر انتخابات ریاست جمهوری تاثیر بگذارند: «دشمنان به انتخابات ریاست جمهوری امید بسته‌اند و سعی دارند در این مقطع، با شبهه‌افکنی مردم را نسبت به انتخابات دلسرد کنند، اما مردم ایران اسلامی نشان دادند پشتیبان نظام و رهبر خود هستند. دشمنان از هر کوششی برای ضربه زدن به انقلاب اسلامی دریغ نکرده‌اند، اما با حمایت همه‌جانبه مردم از ولایت، کشتی انقلاب اسلامی با هدایت مقام معظم رهبری از طوفان‌های حوادث به سلامت عبور کرده است.»   در انتخابات آینده استحکام نظام ما دو چندان خواهد شد حجت الاسلام والمسلمین محمدی گلپایگانی 29 دی ماه 91 در اولین همایش تجلیل از معمرین حوزه علمیه قم با بیان اینکه در روز انتخابات راه درست و مستقیم مشخص خواهد شد اظهار داشت: «در انتخابات آینده استحکام نظام ما دو چندان خواهد شد گرچه دشمن می‌خواهد با القای ناکارآمدی نظام مردم را بترساند و تبلیغ کند که اسلام نمی‌تواند جامعه را اداره کند. سرو صدا‌ها زیاد است ولی باید بد را از خوب تشخیص بدهیم و با شرکت همگانی و دعوت از بستگان و دوستان در پای صندوق‌های فعالانه شرکت کنیم. پیشرفت کشور و جهش‌های علمی که اتفاق افتاده است، ثابت کرد اسلام می‌تواند جهان را اداره کند این وعده الهی است و ما معتقد هستیم که در عصر ظهور امام زمان(عج) دنیا اداره خواهد شد.»   من که این چند دوره در خدمت مقام معظم رهبری بودم، نمی‌دانستم ایشان به چه کسی رای داده‌اند بنده که این چند دوره خدمت مقام معظم رهبری بوده‌ام، نمی دانستم که ایشان به چه کسی رای داده‌اند و اهل خانه‌شان هم نمی‌دانستند. البته ممکن است کسی حدس بزند اما کسی از دل ایشان خبر ندارد و بارها نیز مقام معظم رهبری فرموده‌اند که بنده یک رای دارم و از آن هم هیچ کسی خبر ندارد.  

محمدی گلپايگاني معتقد است که انقلاب اسلامی توانسته است موجب بيداری ملت‌های مسلمان جهان شود: «امروز انقلاب اسلامی به صورت فراگير همه بشريت را بيدار و طي يك سال گذشته زمينه سقوط ديكتاتورهای بزرگ منطقه را فراهم كرده است. وی با تاکيد بر اينکه "ايران امروز بهترين نقطه در جهان برای مسلمانان است. امروز امن‌ترين و مقتدرين نظام سياسی كه به تعيين‌كننده نهايی سياست‌های جهان تبديل شده است، نظام اسلامی است و با جديت به حمايت از مظلومان و مستضعفان جهان می‏پردازد.» وی با بيان اينكه در هيچ كشوری دولت، مردم را به عبادت و رعايت احكام دينی دعوت نمی كند، می‏گوید: «امروز دولت جمهوری اسلامی ايران، زنان را به رعايت حجاب و عفاف و مردان را به رعايت تقوا و احكام دينی دعوت می كند و تحقق اين ارزش‌ها را برای خود افتخار بزرگی می‏داند.» رييس دفتر مقام معظم رهبری، اكثريت مردم نظام اسلامی را متدين و دين‌مدار میداند: «مردم در ايران اسلامی اقبال روزافزونی به نظام و رعايت احكام اسلامی دارند و آنها را به ارزش‌های رايج زندگی خود تبديل كرده‌اند. نوجوانان و كودكان اين سرزمين بايد ارزش‌ها و احكام دينی را از والدين خود بياموزند و نسبت به رعايت و استمرار آن پايبند باشند.»  

حجت‌الاسلام والمسلمين محمد محمدی‌گلپايگانی در خطبه‌های پيش از نماز جمعه 29 بهمن سال 90، با بيان اينکه امروز دنيای سرمايه‌داری در دوران انزوا و شکست برنامه‌ريزی های خود به سر می برد، افزود: «امروز اکثريت مردم آمريکا مخالف سياست‌هاي مداخله‌جويانه و سلطه‌جويانه آمريکا هستند و در مقابل يک درصد اقليت سرمايه‌دار ايستاده‌اند. وی معتقد است که امروز مردم آمريکا از وضعيت حاکم بر اين کشور و سياست‌های جنگ‌افروزانه اين کشور ابراز انزاجار می کنند: «امروز مردم آمريکا با دردست‌داشتن عكس شهدای هسته‌يی ايران در تظاهرات خود، پرده از واقعيت‌های جنايات سران کاخ سفيد برمی دارند. هريك از شعارهايی كه مردم معترض غرب و آمريكا از جمله "دشمن ما ايران نيست و اقليت حاكم است"، "فاجعه 11 سپتامبر منشاء داخلی دارد"، به منزله بمب هسته‌یی عليه دولت‌های غربی محسوب می‌شود و پايه‌های حكومت نامشروع آنان را متزلزل كرده است.»