شیخ قاسم تحصیلات مقدماتی خود را در همان روستای محل تولد خود (الدراز) به پایان رساند. هوش و نمره‌های درخشان او مایه شگفتی همه شد؛ سپس با راهنمایی برادرش برای گذراندن دوران دبیرستان به شهر منامه، پایتخت بحرین، رفت و پس از آن، تدریس خود را در مدارس دولتی در ابتدای دهه ی 60 آغاز کرد و تا سال 1962 در روستای الدراز در مدرسه بدیع(مدرسه دوران تحصیل خودش) به معلمی پرداخت. آیت الله شیخ عیسی احمد قاسم، همزمان به تحصیل علوم دینی نیز اشتغال داشت.  تحصیل در نجف آیت‏الله شیخ عیسی قاسم، در سال 1964 میلادی برای ادامه ی تحصیل علوم اسلامی به نجف اشرف هجرت نمود و تحصیلات دانشگاهی را در دانشکده فقه و اصول نجف اشرف ادامه داد و در عین حال از اساتید بزرگ حوزه علمیه مانند شهید سید محمد باقر صدر استفاده نمود که شخصیت ممتاز او، ایشان را تحت تأثیر قرار داده و از افکار تابناکش استفاده برد.   تحصیل در قم شیخ قاسم در ابتدای دهه 1990 میلادی برای اتمام تحصیلات عالیه دینی خود، عازم شهر مقدس قم شد و تحصیلات حوزوی و علوم دینی خود را در محضر اساتیدی چون آیات عظام: مرحوم آیت الله فاضل لنکرانی، سید محمود هاشمی و سید کاظم حائری ادامه داد. وی تا هشتم مارس سال 2001 میلادی (18 اسفند ماه 1379) در قم اقامت داشت و مشغول به تحصیل بود تا اینکه در این سال خود را برای بازگشت به بحرین آماده کرد.  

امامت نماز جمعه شیخ عیسی در سال 2001، از قم به وطن بازگشت و با ورود به بحرين، با استقبال وسيع و شورانگيز مردم اين کشور روبه‏رو شد و رسالت تدريس و آگاه سازی و بيدارسازی شيعيان بحرين نسبت به ظلم و استبداد آل خليفه و اقامه نماز جمعه را برعهده گرفت. وی امام جمعه مسجد امام صادق(ع) روستای الدراز است و نماز جمعه‏های با امامت وی همواره از پرجمعیت ترین نماز جمعه ها به شمار می‏آید.   سخنرانی های پر شور در نماز جمعه خطبه‏های وی در نماز جمعه بحرین نیز همواره یکی از نگرانی های آل خلیفه بوده است؛ زیرا صدور یک کلام از سوی شیخ، برای مردم به منزله موضع ولایت امر و مراجع تلقی می‏شود و می تواند در ظرف زمانی کوتاهی، سرنوشت منطقه را تغییر دهد.   موضوع خطبه های پر شور شیخ عیسی قاسم را می‏توان در چند مورد کلی چنین بیان کرد: منع اقدامات خشونت آمیز و برگزاری تحصن و اعتراضات مدنی و تأکید بر مسالمت آمیز بودن فعالیت‏ها و تظاهرات ایجاد همکاری و اتحاد بین شیعه و سنی وحدت اسلامی و ملی و جلوگیری از درگیری های فرقه ای احقاق حق و باز پس‏گیری کرامت و آزادی  دفاع از زندانیان سیاسی  خروج نظامین آل سعود از بحرین و محکوم کردن اقدامات آنها علیه انقلاب اعتراض به هتک حرمت مساجد و اماکن مقدس پایبندی مردم به انقلاب و دست نکشیدن از خواسته های خود تا پیروزی نهایی  

مجلس علمای شیعی در سال 2004، مجلس علمای شیعی با تلاش آیت الله شیخ عیسی قاسم و آیت الله سید عبدالله الغریفی برای شکل گیری مجلس علما، تشکیل شد. مجمع عمومی مجلس علمای بحرین 150 عضو دارد که هفت نفر به عنوان هیأت مرکزی انتخاب شدند و این انتخابات، هر سه سال یکبار صورت می گیرد. مجلس علمای بحرین مستقیماً در مسائل سیاسی دخالت نمی کند، بلکه از احزاب و گروه‏هایی که به لحاظ فکری به مجلس نزدیک هستند، از قبیل جمعیت الوفاق و جمعیت التوعیة حمایت می کند. مجلس علمای بحرین در مواقع حساس وارد عمل شده و اعتراضات و نکات خود را مطرح می‏کند و همواره نسبت به فساد، ظلم و تبعیض موضع گیری دارد. اعضای این مجلس اعلام می‏کنند: «ما به دنبال به دست آوردن مقام و حکومت نیستیم بلکه و به دنبال عدالت برای تمام شهروندان بحرینی اعم از شیعه و سنی هستیم.»   جمعيت التوعية جمعيت التوعية شاخه‏ای از حزب الدعوة عراق است كه شيخ عيسی قاسم، شيخ سليمان مدنی و شيخ عبدالاميرالمجمری بنيانگذاران آن بودند. در حال حاضر اين جمعيت با نظارت مجلس علمای شيعی بحرين اداره می شود و مدير فعلی آن (سال 2013) شيخ باقر الحواج است. لازم به ذكر است كه فعالیت اين جمعيت جنبه ی فرهنگی دارد و بعد سياسی در آن كمرنگ است.   الوفاق اسلام‌گرایان شیعه، با توجه به اکثریت جمعیتی که در اختیار دارند، از همان ابتدا در صحنه سیاسی بحرین و به‌ویژه در بلوک مخالفان دولت آل‌خلیفه حضور بالفعل داشته‌اند. بی‌تردید جمعیت وفاق ملی اسلامی به‌عنوان محبوب‌ترین جریان سیاسی، نه‌تنها مخالف نظام است بلکه تمامی ساختار جامعه بحرین و محور اصلی فرایند قیام مردم این کشور را در اختیار دارد. جمعیت وفاق ملی اسلامی بحرین در 7 نوامبر 2001 برابر با 16 آبان ماه  1380،اعلام موجودیت کرد. این ساختار سیاسی، همچنین بزرگ‌ترین جمعیت سیاسی بحرین محسوب می‌شود که اعضای آن به 35 هزار نفر می‌رسد که محوری‌ترین جریان سیاسی شیعه در این کشور است. بنیان‌گذاران این حزب، یکصد تن از علمای شیعه بحرین، نظیر: دکتر سعید شهابی، شیخ علی سلمان، شیخ عبدالامیر الجمبری، استاد عبدالوهاب حسین و استاد حسن المشیمع بودند. ساختار تشکیلاتی وفاق شبیه به شورای عالی شیعیان لبنان (مجلس اعلای اسلامی لبنان) است که شخصیت‌های معروف شیعی عضو جریان دعوت (الدعوه) و ولایت فقیه را در کنار شماری از سرمایه‌داران شیعه در خود گنجانده است. در اساسنامه این جمعیت تأکید شده که این جمعیت برای تأسیس دولتی نوین و مدرن تلاش می‌کند؛ کشوری که در آن، حاکمیت، از آن ملت، به‌عنوان منبع اصلی حاکمیت باشد. در بخش دیگری از اساسنامه تأکید شده است که هدف اصلی جمعیت وفاق، تحقق اصول آزادی، عدالت و برابری در سایه دیدگاه‌های اسلامی برای بحرین است. شیخ عیسی پدر معنوی جمعیّت الوفاق است. زیرا شیخ علی سلمان، رهبر جمعیت الوفاق با آشنایی با شیخ عیسی مسیر زندگی خود را تغییر داد و به تحصیل در علوم دینی مشغول شد. این اعتماد و نزدیکی استاد و شاگرد به حدی بود که در زمان اقامت شیخ عیسی در قم برای ادامه تحصیلات، شیخ علی سلمان جانشین وی در امامت مسجد امام صادق(ع) می‏شود. ولی مخالفان همواره در پی ایجاد اختلاف بین استاد و شاگرد هستند.   

شیخ عیسی قاسم نقش سیاسی محوری را در بحرین ایفا می‌کند. وی ترجیح می‌دهد با خودداری از پشتیبانی از یک گروه معین یا به دست گرفتن رهبری یک گروه خاص، محبوبیت و استقلال رأی خود را حفظ کند.   کاندیداتوری نمایندگی مجلس ملی بحرین در سال 1971 با آغاز فعالیت برای تأسیس پارلمان بحرین که قصد داشت پس از شکل‌گیری کشور، کار تدوین قانونی اساسی بحرین را به انجام برساند، مردم بحرین از شیخ قاسم خواستند با بازگشت به این کشور خود را برای حضور در این پارلمان کاندیدا نماید و در عمل شیخ عیسی موفق شد با بالاترین رأی به پارلمان بحرین راه یابد و در کنار جریان اسلامگرای پارلمان، نقش مهمی در تدوین مواد و بندهای اسلامی در قانون اساسی بحرین ایفا کند. در سال 1971 میلادی، وی نامزد نمایندگی در مجلس ملی شد و با به دست آوردن آرای لازم به این مجلس راه یافت و تا زمان انحلال این مجلس با اخلاص و وفاداری با هر آنچه در توان داشت، به مردم بحرین خدمت کرد.  

شرایط سیاسی حاکم بر بحرین  پس از استقلال بحرین در سال 1971 میلادی چالش اصلی خاندان حاکم آل خلیفه، کسب مشروعیت سیاسی و تحکیم پایه قدرت خود بود. از اینرو خاندان حاکم تلاش کرد با تدوین قانون اساسی و برگزاری انتخابات پارلمانی در نیمه اول دهه  1970 میلادی، با انگیزه قانونی ساختن حاکمیت خود و مشارکت نسبی مردم زمینه این مشروعیت را فراهم آورد. اما دیری نگذشت که با مخالفت پارلمان با تصویب "قانون امنیت دولتی" در سال 1975 میلادی، امیر بحرین پارلمان را منحل کرد. بر اساس این قانون هرگونه اقدام یا موضع گیری علیه دولت، مخالفت با امنیت کشور تلقی می شد و حکومت اجازه داشت افراد مظنون را به سرعت بازداشت و بدون محاکمه زندانی کند.   شکل گیری انقلاب 14 فوریه در مرحله اول انقلاب در 14 فوریه 2011 (25 بهمن 1389) كه حدود دو ماه به درازا كشيد، رژيم آل خليفه درصدد توافق با رهبران انقلاب بود. رهبران در گفتگوها روی لزوم اصلاحات بنيادی در قانون اساسی به گونه ای كه متضمن تغيير رژيم فعلی از «پادشاهی مطلقه» به «حكومت پارلمانی» باشد و مجلس سر رشته امور مختلف كشور را در دست داشته باشد، تأكيد كردند و بركناری عوامل حكومتی از پست هايی مانند نخست وزيری و سپردن اداره امور به دست دولت منتخب مجلس را خواستار شدند. در اين مرحله پادشاه بحرين توافق كرد كه گفتگوها درباره نحوه و مراحل اجرايی شدن خواسته های مخالفان ادامه پيدا كند. رهبران احزاب و گروه‏های انقلابی ضمن موافقت با گفتگو به حضور در ميدان مركزی منامه «لؤلؤ» ادامه دادند تا به نتيجه رسيدن گفتگوها ضمانتی داشته باشد. اما بعد از حدود دو ماه، گفتگوها قطع شد و رژيم آل خليفه به شدت عمل روی آورد و از شورای همكاری خليج فارس درخواست كمك نظامی كرد كه به دنبال آن حدود دو هزار نيروی نظامی امنيتی از عربستان و امارات راهی منامه شده و خيابان‏های اصلی و ميدان مركزی را به اشغال درآوردند. حملات نظام در سال اول انقلاب، حسینیه‌ها، اماکن مقدس و مساجد را در برگرفت، همچنین رهبران معارض و در رأس آنها «آیت‏الله شیخ عیسی قاسم»، مورد حملاتی قرار گرفت و با ادعای تحریک به کشتار، شکایت‌های قضایی صوری علیه وی انجام شد.   تهدید شیخ عیسی قاسم به اخراج از بحرین و لغو تابعیت مرحله دوم انقلاب دو سال به طول انجامید و در این مرحله رژیم آل خلیفه با بستن درب بیمارستان‏ها و جلوگیری از ورود آنها جهت مداوا اقدامات بی رحمانه ی خود را در کشتار پرستاران و بازداشت پزشکان کامل کردند. تابعيت بحرينی بسياری از عناصر كليدی شركت كننده در تظاهرات لغو و بسياری ديگر از جمله رهبر انقلاب بحرين آيت‏الله شيخ عيسی قاسم تهديد به لغو تابعيت و اخراج از بحرين شدند كه اين در هيچ كجای دنيا مرسوم نيست اما نمازهای جمعه با شركت انبوه تظاهركنندگان برگزار می‏شد و در هر جمعه بر استمرار انقلاب تا تحقق خواسته های مردم تأكيد می‏گرديد. رژيم آل خليفه به «گفتگو» گرايش نشان داد و شيخ حمد، پادشاه اعلام كرد كه حاضر است با مخالفان به توافق برسد. به گمان رژيم عده ای از رهبران شامل بزرگترين حزب مخالف الوفاق كه نيمی از اعضای پارلمان منحله را در اختيار دارد از گفتگو حمايت می كنند و گروه های ديگر كه از گذشته هم اسقاط رژيم را مطالبه می كرده اند، با گفتگو مخالفت كرده و رو در روی هم قرار می گيرند. آيت الله شيخ عيسی قاسم رهبر انقلاب بحرين در خطبه های نماز جمعه ضمن پرهيز دادن نيروهای انقلاب از پذيرش گفتگو، پيش بينی كرد كه رژيم بحرين به زودی دچار شكاف می شود. او خطاب به آل خليفه گفت: «شما قطعاً شكست خواهيد خورد و صفوفتان از هم پاشيده خواهد شد، شما هنگامی كه با هم به درگيری می پردازيد، رسوا خواهيد شد.» نیروهای امنیتی و نظامی بحرین بسیاری از تظاهرکنندگان در روستاهای این کشور را به دلیل رد اصلاحات پیشنهادی توسط پادشاه بحرین سرکوب کردند. همچنین حملات خود را علیه اهالی منطقه الدراز افزایش دادند که محل اقامت آیت الله شیخ عیسی قاسم به شمار می‌آمد.  

انقلاب بحرین علاوه بر این که «تنها ترین انقلاب بیداری اسلامی» است، تنها انقلاب بیداری اسلامی است که دارای رهبری واحد است که همه گروه های معارض از «الوفاق» گرفته تا «ائتلاف جوانان انقلاب» قبولش دارند و از همین رو پس از شروع انقلاب و با وجود دخالت نظامی اردن، عربستان و امارات نه تنها آتش انقلاب سرد و خاموش نشده که روز به روز شعله ورتر می شود. «آیت الله شیخ عیسی احمد قاسم»، رهبر شیعیان بحرین، در رسانه ها «رهبر معنوی انقلاب بحرین» خوانده می‏شود. با آغاز قیام مردمی بحرین در چهاردهم فوریه 2011، شیخ عیسی قاسم که رهبر معنوی جنبش الوفاق بحرین به ریاست شیخ علی سلمان، از جمله جنبش‌های معارض بحرینی است، رهبری و هدایت مردم این کشور را جهت تبیین اعتراضات مسالمت‌آمیزشان نسبت به ظلم و ستم آل خلیفه و مطالبه حقوق بر حقشان از این خاندان جائر بر عهده گرفت و هر گاه آل خلیفه با ترفند و توطئه‌ای خواسته با فریب مردم و به بهانه انجام مذاکرات و گفتگو با معارضان آتش قیام آنها را فرو بنشاند، شیخ عیسی قاسم در کنار دیگر علمای این کشور با روشنگری‌های خویش، این ترفند آل خیلفه را نقش بر آب ساخته است.   محبوب ترین روحانی بحرین پرهيزگاری، تسلط بر مسائل و جزئيات روز کشور و جهان، در کنار مهربانی و مردمداری و علم فراوان و تسلط بر مسائل فقهی، موجب شده تا شيخ، جايگاه بسيار با نفوذی در ميان مردم بحرين بيابد و به جرأت بتوان گفت، محبوب ترين روحانی در ميان مردم بحرين باشد. او از ميان مردم برخاست و اين مردم بودند که به وی اين جايگاه رفيع را بخشيدند. شهرت و معروفيت خود را از طريق رسانه‌ها و راضی و خشنود کردن آنها به دست نياورده و به همين دليل، شيعيان بحرين، همواره مطيع و فرمانبر اوامر، دستورات و اشارات او هستند.   همراهی با انقلابیون به روش های مختلف زيرکی در عمليات های روانی و تبليغاتی و مانورهای سياسی و فرهنگی، از ديگر ويژگی‏های شيخ است. عيادت از خانواده شهدا و جانبازانی که در حملات وحشيانه آل خليفه مجروح شده‏اند و در بيمارستان ها و منازل شان بستری هستند، يکی از اشتغالات شيخ است که اين اقدام وی، به کابوسی برای رژيم آل خليفه و سعودی‏ها تبديل شده و آرامش روانی را از آنها گرفته است.   مشهورترین پیام شیخ عیسی به انقلابیون مشهورترین و شاید حماسی ترینِ سخنرانی های آیت الله قاسم به پنج کلمه هم نمی‏رسد، اما آل خلیفه را همین پنج کلمه به خاک مذلت خواهد نشاند: «لــــــــن نــــــرکــــــع الّـــــا للــّـــه: بــــه جــــز بـــرای خــــدا ســر خـــم نمــی کـنیـــم.» 

نامه توهین آمیز خالد بن علی بن عبدالله آل خلیفه، وزیر دادگستری بحرین، خطاب به آیت الله شیخ عیسی قاسم، در بین شیعیان این کشور خشم و نارضایتی را پدید آورد. وزیر دادگستری بحرین در نامه‌ای توهین آمیز به شیخ عیسی قاسم، وی را متهم به ایجاد فتنه انگیزی در کشور کرده و مدعی شده بود که چندین سخنرانی‌ شما در خطبه‌های نماز جمعه را بررسی و بازبینی کردیم، از مضمون و مفهوم سخنرانی‌های شما این‌گونه برداشت می‌شود که شما درصدد ایجاد فتنه در کشور و تشویق مردم و زیر پاگذاشتن قانون هستید. در این نامه تلاش شده بود، تمام مساعی آن شیخ بزرگوار مبنی بر ایجاد اخوت، برادری و پیگیری و تحقق خواسته‌های ملی از راه‌های مسالمت‌آمیز و احترام به دیگران در برابر خطاب مملو از خیانت، تزویر و تبعیض‌نژادی رژیم وارونه جلوه گردد. وزیر دادگستری بحرین در بخش دیگری از این نامه با توهین به جایگاه رهبر شیعیان بحرین خطاب به وی ادعا کرد: «شما جایگاهی نیستید که از منبر رسول‏الله(ص) درباره مسلمانان حکم صادر و گروهی را متهم و گروهی را ظالم معرفی کنید.»   واکنش شیعیان بحرین در پی انتشار محتوای این نامه، تمامی انقلابیون بحرین نمازهای جمعه را در شهرهای خود تعطیل کردند و فقط نماز جمعه 26 آگوست 2011 (4 شهریور 1390) را تحت تدابیر شدید امنیّتی به امامت شیخ قاسم و با شعار "خون و جانمان را فدای فقیه می کنیم"، برگزار کردند؛ وی در این نماز جمعه گفت: «چاره‌ای جز اصلاحات اساسی سیاسی به خصوص اصلاحاتی که مردم را خشنود گرداند، نیست. تأخیر در این موضوع خطرناک خواهد بود.» پس از آن به دعوت شیخ عیسی قاسم تظاهراتی با عنوان «لبیک یا بحرین» با حضور تعداد کثیری از مردم در منامه انجام گرفت.    بیانیه ی جمعیت الوفاق جمعیت الوفاق در جوابیه این نامه توهین آمیز نوشت: «نامه وزیر دادگستری و امور اسلامی و اوقاف بحرین در واقع وارونه جلوه دادن واقعیت‌ها و حقایق بود، آن هم در زمانی‌ که سخنان آیت الله شیخ عیسی قاسم در طول دهه‌های گذشته همواره دعوت کننده به اخوت اسلامی و احترام به دیگران و توسل به اقدامات مسالمت‌آمیز در برابر سخنان رسمی مملو از خیانت و پاکسازی نژادی و حقارت رژیم بود.»  

در تاریخ 4 بهمن ماه 1390 گروهی از مزدوران رژیم آل‌خلیفه که آشکارا سرسپردگی خود را به "خلیفه بن سلمان آل خلیفه"، نخست وزیر بحرین، اعلام کرده بودند، بر ترور و کشتن معارضان این کشور تأکید کردند. این مزدوران نخست‌ وزیر بحرین که بر لباس‌های خود عکس خلیفه بن سلمان آل خلیفه را دارند و خود را "ابناء الفاتح"، (فرزندان فاتح) می‌نامند، تهدید کردند، در رأس معارضان بحرینی "آیت الله شیخ عیسی قاسم" را ترور خواهند کرد و به قتل خواهند رساند.   واکنش رهبر جناح صدر در عراق در پی تهدید به ترور «آیت الله شیخ عیسی قاسم» از سوی آل خلیفه، «مقتدی صدر»، سرشاخه جریان صدر در عراق، در بیانیه‎ شدید اللحنی در تاریخ 6 بهمن ماه 1390، به آل خلیفه هشدار داد در برابر این توطئه سکوت نکرده و همراه با ملت بحرین خواهد بود. مقتدی صدر در ادامه بیانیه تأکید کرد: «هرگونه تعرض به رهبر شیعیان بحرین، تعرض به کل شیعیان و اسلام و مخالف با دین و سیاست است.» سید مقتدی صدر همچنین آمادگی خود را برای حضور در بحرین و پشتیبانی از ملت قهرمان بحرینی و مرجعیت دینی در آن اعلام کرده و گفته بود: «در صورتی که یک مو از سر شیخ عیسی احمد قاسم، روحانی برجسته شیعی بحرینی کم شود به عربستان یورش می بریم. اگر احساس کنیم کوچکترین آسیبی به آیت الله شیخ عیسی احمد قاسم وارد شود، وارد عربستان می شویم و تر و خشک را با هم می‏سوزانیم.»   اقدام به ترور نافرجام دیگر نيروهای امنيتی بحرين بامداد جمعه 23 اردیبهشت ماه 1390، به مسجد امام صادق(ع) در الدراز واقع در نزديکی منامه پايتخت بحرين حمله کردند. مسجد ياد شده محل برگزاری نماز جمعه به امامت آيت الله شيخ احمد عيسی قاسم است. شاهدان به پايگاه خبری «شبکه التوافق الأخباريه» اعلام کردند: نيروهای امنيتی بحرين با حمله به مسجد، در ورودی و پنجره های آن را شکستند و به ساحت مقدس قرآن مجيد اهانت کردند و دستگاه‏های رايانه را به سرقت بردند و بمب صوتی در آن انداختند. به گفته شاهدان، نيروهای امنيتی، مسجد و منازل اطراف را محاصره کردند و متولی مسجد را که فردی پاکستانی است، مورد ضرب و شتم قرار دادند و نسخه های قرآن کريم را نيز پاره کرده و دستگاه های کامپيوتر را شکستند اما این ترور نافرجام بود و شیخ عیسی قاسم در همان روز در نماز جمعه شرکت کردند.  

شیخ عیسی قاسم که ریاست شورای علمای بحرین را نیز بر عهده دارد در اوایل سال 2012 میلادی (اواخر سال 1390) در پی تعرض و تجاوز گروهی از نظامیان وابسته به رژیم، به زنان مسلمان بحرین، فتوایی تاریخی صادر کرد. وی با تأکید بر اینکه مردم نباید به ذلت و خواری تن دهند، از مردان این کشور خواست که در صورت مشاهده تعرض نیروهای آل خلیفه به زنان و دختران، این نیروها را زیر بگیرند. آیت‏الله شیخ عیسی قاسم که در منطقه الدراز بحرین سخن می گفت، اعلام کرد که: «هرکسی را که مشاهده کردید در حال تعرض به یک دختر مؤمن است، او را زیر بگیرید… بله او را زیر بگیرید.» پس از این سخنان بود که دیگر خبری از تجاوز و تعرض به زنان و دختران بحرینی مخابره نشد.  

نیروهای اشغالگر سعودی از آغاز خیزش مسالمت آمیز مردم بحرین به هدف کمک به رژیم آل‌خلیفه در سرکوب اعتراض‏ها به این کشور اعزام شده و همچنان در این کشور به سر می‌برند. نیروهای نظامی رژیم آل خلیفه در اقدامی گستاخانه در روز جمعه 27 اردیبهشت ماه 1392 در ساعت 2 بامداد به منزل آیت الله شیخ عیسی قاسم یورش برده و در حالی که هنگام حمله نقاب به چهره داشتند علاوه بر ارعاب زنان و کودکان، خسارت‏هایی را به منزل وی وارد کردند.  نظامیان مسلح پس از حمله به منزل رئیس شورای اسلامی علمای بحرین، زنان و کودکان را در یک اتاق حبس کرده و به تخریب لوازم منزل پرداختند. آیت الله شیخ عیسی قاسم هنگام یورش این نظامیان مسلح در منزل حضور نداشت. در پی این اقدام تجاوزکارانه، این کشور صحنه راهپیمایی ده‏ها هزار نفری مردم در حمایت از وی بود. این تظاهرات بعد از ظهر 27 اردیبهشت 92 پس از نماز جمعه در غرب منامه پایتخت بحرین برگزار شد. "عبدالجلیل خلیل" از رهبران جمعیت وفاق در خصوص علت حمله به منزل شیخ عیسی گفت: «رژیم بحرین به دو دلیل به منزل شیخ عیسی قاسم حمله کرد، نخست این که وی در خطبه های خود مردم را به وحدت ملی و مخالفت با فتنه مذهبی دعوت می‌کرد. شیخ عیسی قاسم تأکید کرده است که ما با حاکمیت مخالفیم و نه اقشار مختلف مردم یا سنی ها. دلیل دوم نیز پافشاری شیخ عیسی قاسم بر این موضوع است که راه حل واقعی بحران بحرین کاملاً سیاسی است و وی با راهکارهای امنیتی و سرکوبگرانه رژیم مخالف است.» در پی این اقدام نیروهای آل خلیفه احزاب، گروه ها و شخصیت‏های سیاسی و مذهبی این اقدام نیروهای آل خلیفه را محکوم کردند.   واکنش حزب الله لبنان حزب الله لبنان در بیانیه ای یورش عوامل رژیم آل خلیفه به منزل شیخ عیسی قاسم رئیس شورای اسلامی علمای بحرین در منامه را محکوم کرد. در این بیانیه آمده است: «این یورش یک تجاوز آشکار و از بین بردن ارزش ها و حرمت های دینی و توهین به شخصیت های مذهبی به شمار می رود.» حزب الله ضمن ابراز تأسف نسبت به هتک حرمت شیخ عیسی قاسم عالم ربانی و ابراز همبستگی با ایشان از ملت مؤمن و شجاع بحرین خواست که از این شخصیت دینی حمایت کنند. در ادامه بیانیه از کشورهای عربی و اسلامی خواسته شده است مانع از ادامه توهین به رهبران دینی و زنان و کودکان بحرینی شوند و در راستای تحقق خواسته های ملت بحرین تلاش کنند.   واکنش وزارت خارجه جمهوری اسلامی ایران عراقچی، سخنگوی وقت وزارت امورخارجه، در خصوص حمله افراد به منزل شیخ عیسی اظهار داشت: «عنصر خشونت و ارعاب و ورود سازماندهی شده به محل مسکونی افراد با هیچ منطقی سازگار نبوده و مغایر با همه معیارهای اخلاقی، دینی و انسانی است. دولت بحرین ضمن عمل به مسؤولیت خود در دفاع از حقوق شهروندان، توجه داشته باشد كه هتک حرمت علمای بزرگ، حمله و یورش به منازل مسكونی افراد و اعمال خشونت جز پیچیده تر كردن اوضاع نتیجه ای ندارد. با اجتناب از رفتارهای غیرمنطقی از دامن زدن هرچه بیشتر به التهاب موجود جلوگیری کرده و اجازه ندهد گرهی را که می توان با دست باز کرد، به سمت شیوه‏های غیرمسالمت آمیز سوق داده شود.» عراقچی همچنین مجدداً بر آمادگی ایران در به کارگیری ظرفیت های خود به منظور کمک برای حل و فصل عادلانه بحران در بحرین به صورت شفاف و علنی و در پاسخ به دعوت پادشاه بحرین تأکید کرد. همچنین در پی این حادثه شورای علمای شیعه افغانستان، معاون دبیرکل جمعیت وفاق بحرین، حوزه‌های علمیه بحرین و آیت‏الله سیستانی نیز با ارسال پیام‏هایی این اقدام را محکوم کردند.   اعتراض سعودی‏ها به گفته‏های سخنگوی وزارت خارجه ایران وزارت خارجه عربستان با صدور بیانیه‏ای، اظهارات معاون وزیر امورخارجه جمهوری اسلامی ایران در خصوص حمله به منزل آیت‏الله شیخ عیسی قاسم را غیر قابل قبول و مداخله جویانه دانست! در این بیانیه آمده است: «بیان این اظهارات، اقدامی غیر مسؤولانه در روابط بین المللی و منطقه‌ای است و کاملاً با اصول سازمان ملل متحد متناقض است و در قوانین بین المللی و سازمان شورای همکاری اسلامی بر ضرورت احترام به حاکمیت و استقلال کشورها تأکید شده است.»  

«استکبار جهانی هنوز از حالت رعب و وحشتی که انقلاب و پیروزی "سید الإمام" در آن ایجاد کرد خارج نشده است. "سید الإمام" با انقلابش، با پیروزیش و با حکومتش نسلی از رهبران مسلمان را تربیت کرد که پرچم اسلام را حمل کرده، برای عزت امت اسلامی می جنگند.» 

مقام معظم رهبری حضرت آيت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی، آيت‌الله شيخ عيسی قاسم را "ستاره‌ای در آسمان تشيع" توصيف نموده و فرمودند: «اينجانب به وجود شيخ افتخار می‌کنم.» حجت الاسلام والمسلمين شيخ اسد قصير، از اعضای دفتر استفتائات مقام معظم رهبری که مسؤوليت انتقال استفتائات مقلدان عرب زبان معظم له را بر عهده دارد، درباره ديدگاه ولی امر مسلمين در مورد شيخ قاسم گفته است: «اگر من هم در بحرين بودم، خود را ملتزم به ديدگاه‌ها و مواضع سياسی حضرت شيخ عيسی می‌دانستم و اگر از سيدنا القائد نيز سؤال شود قطعاً پاسخ ايشان هم همين خواهد بود.»   دعوت برای عضویت در مجمع جهانی اهل بیت(ع) توسط رهبر معظم انقلاب شیخ عیسی قاسم از اعضای مجمع جهانی اهل بيت(ع) و نماينده مقام معظم رهبری است، بی‏شک انتخاب وی توسط رهبر معظم انقلاب برای عضويت در مجمع جهانی اهل بيت(ع) به دليل ارجحيت شيخ بر ساير علمای کشور بحرين است.    علامه سید عبدالله الغریفی این عالم که خود از علمای بزرگ و محبوب بحرین است، درباره عظمت مقام شیخ قاسم می‏گوید: «من تا این لحظه به هیچ شخصیت بزرگی به اندازه شیخ عیسی احمد قاسم، ایمان عمیق نداشته ام و در مورد رهبری ایشان در چنین سطحی، به هیچ وجه نگران و مردد نیستم.»  

کربلا با دو گروه رودرروی خود، مکتبی است لبریز از مواضع حق و باطل و شاهد راستی و حقانیت و عظمت دین و اهل آن و پستی بدکاران می‏باشد. کربلا عرصه ای است سرشار از درس برای کسی که در پی یادگیری زندگی ایمانی و جاودانگی است. درسی که معلمان آن زندگی پرثمری داشتند و کژی‏های زندگی خود را راست نموده و راه را برای خود و آیندگان روشن نمودند. زنده نگاه داشتن عاشورا نیز یک عمل تعبدی صرف نیست که میزان تأثیر آن بر واقعیت موجود مد نظر نباشد. به همین سبب باید میان شیوه و ابزار این عزاداری و واقعیت موجود و مقتضیات زمان، تناسب برقرار باشد تا تأثیر کمّی و کیفی مورد نظر از آن حاصل شود و تأثیرات منفی بر اهداف مورد نظ آن نگذارد. به همین جهت باید در شیوه های عزاداری و ابزارهای آن دقت شود تا مورد تأیید شرع بوده و از اموری که به سود اسلام نیست به دور باشد تا چه رسد به اینکه این عزاداری ها موجب انحراف از پیام رسالت بشود.   8 حقیقت کربلا از نگاه آیت‏الله شیخ عیسی : پذیرفتن مسؤولیت اصلاح و تغییر فساد امت و کوتاهی نکردن در انجام این وظیفه. هدف دائمی کربلا اصلاح همه انسان ها و تمام ابعاد زندگی آنها است و اصلاحات جزئی که زمینه ساز این اصلاح کلی باشد و غفلت از این امور جایز نیست. منشأ و شعار و ابزار و روش اسلامی "رضایت خداوند در رضایت ما اهل بیت است." اسلام از همه چیز برتر است و بالاتر از هر شخصیت و هر خاندانی است. این حسین بود که در کربلا خود و خانواده خود را فدا کرد. حسینی که تنها فرزند رسول خدا(ص) بر روی زمین بود و امام معصومی بود که تمام جهان محتاج او بود و خاندان او نیز که در راه اسلام مورد آزار و اذیت و اسارت قرار گرفت، گرامی ترین و پاک ترین خاندان جهان بود. از جمله دروس ثابت کربلا وحدت امت و مسؤولیت حاضران در قبال آیندگان است. دعوت زیبا و مجادله به بهترین شکل ممکن و گفتگوی آگاهی بخش و هدفمند و همواره اولویت دارد. در هیچ زمانی جایز نیست که مسلمانان در برابر فساد سیاسی ساکت بمانند زیرا فساد سیاسی رأس همه فسادها است و با فساد سیاسی دیگر اسلام واقعی وجود نخواهد داشت. مخالفت مطلوب آن مخالفتی است که اوضاع را از فساد به صلاح و سامان برساند: لم أخرج أشرا و لا بطرا و لا مفسدا.   

در پی شهادت مظلومانه شیخ حسن شحاته، رهبر شیعیان مصر، در جریان حمله وحشیانه سلفی‏های تکفیری در روز نیمه شعبان به محل سخنرای وی، آیت‏الله شیخ عیسی قاسم در تاریخ 8 تیر 1392 در خطبه های نماز جمعه مسجد "امام صادق (ع) در شهر "الدراز" از همه مسلمانان خواست مقابل اینگونه فتنه انگیزی ها و عاملان آن و صاحبان تفکرات تکفیری و تروریستی که خون مسلمانان را مباح اعلام می کنند، بایستند. وی گفت: «افراد نادانی هستند که درک اشتباهی از اسلام و مذاهب آن دارند و برخی نیز از مسائل تفرقه آمیز در امت اسلامی استفاده کرده و به دنبال ضربه زدن و نابودی وحدت امت اسلامی هستند. این افراد با روشن کردن آتش فتنه و مسائل طایفه‌ای در این جنایت‏ها شریک هستند و شرایط را برای انفجاری ویرانگر آماده می کنند.  حمله به خانه ها و قتل 4 شهروند مصری از جمله "شیخ حسن شحاته" جنایتی وحشتناک است. افراد نادان با این اقدام جاهلانه خود ارزش‏های اسلامی و احکام شرعی را زیر پا گذاشتند. جنایتی که وجدان انسان را به لرزه می اندازد و انسانیت را زیر پا می گذارد. آیا می توان پذیرفت که دولت و یا هر نهاد و طرف مسؤول در مصر به سادگی از کنار این جنایت بزرگ و آشوبگری عبور کند؟ این امر نه از نظر دین پذیرفتنی است و نه از نظر مسائل سیاسی عادلانه.»