آیت‌الله طالقانی در نوزده سالگی برای فراگیری بیشتر و دقیق تر علوم اسلامی عازم حوزه علمیه قم شد و از درس استادان بزرگی چون آیت‌الله حجت و آیت‌الله خوانساری بهره فراوان برد.آیت‌الله طالقانی، مدتی نیز برای بهره‌گیری از درس استادان مشهور نجف اشرف، راهی آن مرکز بزرگ علمی شد، اما دوباره به قم و مدرسه فیضیه برگشت. پرداختن به دانش هیچ‌گاه او را از توجه به مسایل سیاسی ـ اجتماعی دور نکرد. 

آیت‌الله طالقانی پس از سال‌ها تحصیل در حوزه علمیه قم، از آیت‌الله حائری یزدی، بنیان‌گذار حوزه علمیه قم، اجازه اجتهاد گرفت و با عزمی راسخ و گامی استوار، راهی تهران شد و در مدرسه عالی شهید مطهری (سپهسالار سابق) به آموزش علوم اسلامی پرداخت.او که از مدت‌ها پیش درد جامعه و مردم را حس کرده بود و تنها راه نجات را در بازگشت به اسلام و قرآن می‌دانست، با برقراری جلسات تفسیر قرآن، در این مسیر قدم نهاد و رسالت عظیم خویش را به انجام رسانید. 

در سال 1341 ش، به دنبال واکنش امام خمینی (ره) به انقلاب سفید شاه، آیت‌الله طالقانی (ره) برای برداشتن نقاب از چهره نوکران استعمار به افشاگری دست زد. نظام سرسپرده که مصمم به اجرای برنامه دیکته شده از سوی آمریکا بود، آیت‌الله طالقانی را دستگیر و روانه زندان کرد. او با وجود شکنجه‌های بی‌رحمانه در زندان، به برقراری جلسات تفسیر قرآن، نهج‌البلاغه و تاریخ اسلام برای زندانیان مسلمان همت گماشت و برای ایجاد وحدت بین مبارزان مسلمان نخستین نماز جماعت را در زندان برپا کرد و استقامت وصف‌ناپذیرش در برابر شکنجه‌های خون‌آشامان ساواک، مایه قوت قلب دیگر زندانیان بود. 

آیت‌الله طالقانی از جمله متفکرانی بود که گام‌های شایسته‌ای برای اتحاد جهان اسلام برداشت. او در کنفرانس های متعددی، گاه به عنوان نماینده شخصیت‌های بزرگی چون آیت‌الله کاشانی و بروجردی و گاه به طور مستقل شرکت کرد.وی در حمایت از تأسیس ˈدار التقریب بین المذاهب الاسلامیهˈ که به دست آیت‌الله بروجردی و با همکاری اندیشمندان ˈالازهرˈ مصر، به ویژه شیخ محمد شلتوت ایجاد شده بود، نوشت: راه تقریب، که جمعی از علمای بیدار و مجاهد پیش گرفته‌اند همین است که با نور تفکر، محیط ارتباط اسلامی را روشن سازند و با نوک قلم، باقی‌مانده ابرهای تاریک را از افق فکری مسلمانان زایل گردانند تا وحدت واقعی پایه گیرد، نه اتحاد صوری و قراردادی. 

در 25 اردیبهشت سال 1327 ش، هم زمان با خروج آخرین سرباز انگلیس از خاک فلسطین، ˈبن گورینˈ رئیس یکی از سازمان‌های صهیونیستی، خبر شوم تأسیس دولت اشغالگر صهیونیستی را اعلام کرد. از آن تاریخ به بعد، تلاش‌های گسترده‌ای در ابعاد مختلف برای حمایت از حقوق مردم فلسطین صورت گرفته است. آیت‌الله طالقانی نیز از مبارزانی بود که هرگز در برابر این تجاوز، سکوت نکرد و در کنفرانس های متعدد از حق ملت فلسطین دفاع کرد. وی در خطبه نماز عید فطر سال 1348 ش، به مسأله فلسطین پرداخت و ضمن آگاه کردن مردم از وضعیت مسلمانان فلسطین و یادآوری مسؤولیت آنان در این مبارزه، از آن‌ها خواست تا فطریه خود را برای کمک به مبارزان مسلمان هدیه کنند. 

محرم سال 1357 ش، برای انقلاب لحظه حساس و سرنوشت سازی بود. آیت‌الله طالقانی هم گام با امام، برای شدت بخشیدن به قیام مردم، در اول محرم با بهره‌گیری از فرهنگ عاشورا و سخنان قافله‌سالار شهیدان حضرت امام حسین (ع) پیامی حماسی خطاب به ملت ایران فرستاد که منجر به راهپیمایی‌ها و اعتصابات گسترده‌ای شد. ایشان برای وارد کردن ضربات نهایی بر پیکرِ رو به زوال حکومت پهلوی، تصمیم گرفت در حمایت از پیام امام، پیامی دیگر به مناسبت روز تاسوعا (نهم محرم) صادر کند. از این رو، بدون توجه به اخطارهای پی در پی مقامات دولتی، در روز چهارم محرم پیامی دیگر برای ملت ایران فرستاد و اعلام کرد که خود نیز در راه‌پیمایی روز تاسوعا شرکت خواهد کرد. این اعلامیه همراه پیام امام و تأکید دیگر رهبران دینی، غوغایی به پا کرد، به طوری که در تهران حدود چهار میلیون نفر به خیابان‌ها ریختند و حمایت خود را از رهبری امام خمینی (ره) و برقراری حکومت اسلامی اعلام کردند. 

در شب 23 فروردین 1358 مسئول دفتر سازمان آزادیبخش فلسطین ضمن تماس تلفنی با آیت الله طالقانی می‌گوید پیامی از سوی یاسر عرفات آورده است. آیت‌الله هم صبح هنگام فرزندانش (ابولحسن، مجتبی و همسرش) را مأمور دریافت پیام می‌کند. فرزندان طالقانی بعد از گرفتن پیام در زمان بازگشت، در خیابان شادمان، به وسیله عده‌ای که مدعی بودند پاسدار هستند، توقیف و دستگیر شدند و بعد از کش و قوس‌های فراوان و به فاصله‌ی چند ساعت از این اتفاق سرانجام آزاد شدند. سفر اعتراضی آیت الله طالقانی: ساعتی پس از آزادی فرزندان طالقانی، وی برای اعتراض به مسأله بازداشت فرزندانش، به اتفاق خانواده به سوی شمال (حوالی شهسوار) می‌رود. سفر اعتراض‌آمیز آیت‌الله طالقانی موجی از نگرانی را درباره اختلاف میان رهبران انقلاب به وجود آورد. همین مسأله باعث شد دفتر آیت‌الله طالقانی در اعلامیه‌ای به بیان جزئیات وقایع پیش آمده و تشریح دلایل سفر آیت‌الله به شمال کشور اقدام کند و در خاتمه از مردم بخواهد با حفظ آرامش و متانت اسلامی و انقلابی زمینه مساعد برای رسیدگی به این مسأله از طرف دولت و عناصر مسئول را فراهم نمایند. مواضع فعالان سیاسی در مورد بازداشت‌ها: دستگیری فرزندان آیت‌الله طالقانی و سپس قهر ایشان بازتاب های زیادی داشت. جبهه‌ی ملی ایران، سازمان مجاهدین خلق (منافقین) و فداییان خلق، جبهه‌ی دموکراتیک ملی ایران و حزب جمهوری‌خواه طی اعلامیه‌هایی، خواستار بازگرداندن آیت‌الله طالقانی شدند. به دنبال این ماجراها، منافقین که با تصویب نظام جمهوری اسلامی در رفراندوم 12 فروردین، خود را شکست‌خورده می‌دیدند، این مسئله را به مثابه‌ فرصتی برای عقده‌گشایی علیه انقلاب اسلامی تلقی کردند. از این رو، آن‌ها چندین تظاهرات در تهران و برخی از شهرستان‌ها به بهانه‌ی هواداری از طالقانی و اعتراض به دستگیری فرزندان وی به راه انداختند. در این زمان منافقین نه تنها با راه‌اندازی تظاهرات در صدد بر هم زدن نظم کشور و اختلال در نظام نوپای اسلامی برآمدند، حتی اعلام کردند که حاضر هستند نیروی نظامی خود را در اختیار آیت‌الله طالقانی قرار دهند. به دنبال این ماجراها، حاج احمدآقا، فرزند امام (رحمت الله علیه)، در صدد برآمد به منظور خنثی‌سازی نقشه‌ی گروه‌های ضدانقلاب، آیت‌الله طالقانی را پیدا کند. مذاکرات حجت‌الاسلام سیداحمد خمینی و بازگشت آیت‌الله طالقانی: مذاکرات سید احمد خمینی با آیت‌الله طالقانی به بازگشت ایشان به تهران منجر شد و آیت‌الله طالقانی بعد از مراجعت به تهران، در سفری به قم با امام خمینی ملاقات کرد. وی در جریان این سفر طی سخنانی که در مدرسه فیضیه ایراد کرد کمیته‌ها را از تهمت‌ها بری دانسته و حمله‌ها را مغرضانه خواند. 

با برپایی حکومت جمهوری اسلامی، آیت‌الله طالقانی از طریق یکی از شخصیت‌های بزرگ کشور، برگزاری نماز جمعه در سرتاسر ایران را به امام پیشنهاد کرد که با موافقت وی، این مراسم وحدت‌بخش در سرتاسر میهن اسلامی برگزار شد. بر این اساس به دستور مستقیم حضرت امام، نخستین نماز جمعه تهران به امامت آیت‌الله طالقانی در پنجم مرداد سال 1358 در دانشگاه تهران برپا شد و بیش از یک میلیون نفر در آن شرکت کردند. او هفت نماز جمعه را اقامه کرد که آخرین آن در بهشت‌زهرا، در شانزدهم شهریور سال 1358 بود.آیت‌الله طالقانی درباره اهمیت نماز جمعه می‌گوید: "نماز جمعه مظهر کاملی است از صف توحیدی تمام ملت‌های مسلمان و درعین‌حال آگاهی، تنبه، هوشیاری، افشا کردن دسایس دشمن و مطلع کردن همه مسلمانان به وظایف و مسؤولیت‌هایی که دست کم در مدت یک هفته در پیش دارند.نماز جمعه صف عبادت، صف حق پرستی، صف روابط قلوب و وجدان‌های بیدارِ خداپرستان، درعین‌حال صف نظام، صف جنگ، صف فرماندهی و فرمان بری است. از این جهت برای امام جمعه شرایط خاصی قائلند که هم بتواند فرماندهی کند، هم بتواند آگاهی بدهد و از حوادثی که در پیرامون کشورهای اسلامی و جامعه مسلمان‌ها و دسیسه‌های زیر پرده است، مسلمانان را آگاه کند." 

اگرچه زندگانی آیت‌الله طالقانی سراسر مبارزه بود و بارها زندانی و تبعید شد، اما با این حال، آثار ارزشمندی از خود به جا گذاشت. گنجینه‌های ارزشمندی همچون پرتوی از قرآن، مقدمه و تعلیق بر کتاب تنبیه الامة و تنزیه الملة، اسلام و مالکیت، به سوی خدا می‌رویم، پرتوی از نهج‌البلاغه، آینده بشریت از نظر مکتب ما، آزادی و استبداد، آیه حجاب، مرجعیت و فتوا، درسی از قرآن و درس وحدت از یادگارهای جاودان آن عالم فرزانه به شمار می روند. 

آیت‌الله طالقانی پس از سال‌ها مبارزه، سرانجام روز دوشنبه 19 شهریورماه سال 1358 به سوی حق شتافت و ملتی در غم فراقش غرق ماتم شدند. انبوه جمعیت پیکرش را برای خاک سپاری به بهشت‌زهرا بردند و صبح سه شنبه در میان شیون مردم، آن پیکر در خاک پنهان شد و دولت یک روز تعطیل و سه روز عزای عمومی اعلام کرد.امام خمینی (ره) در پیامش به ملت داغ دار چنین فرمودند: آقای طالقانی یک عمر در جهاد و روشنگری و ارشاد گذراند. او شخصیتی بود که از حبسی به حبسی و از رنجی به رنج دیگر در رفت‌وآمد بود و هیچ‌گاه در بهار بزرگ خود سستی و سردی نداشت. من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پر ارج خودم را یکی پس از دیگری از دست بدهم. او برای اسلام به منزله حضرت ابوذر بود و زبان گویای او چون شمشیر مالک اشتر برنده بود و کوبنده. مرگ او زودرس بود و عمر او پربرکت.